1K6PA

Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
96
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL polyprotein
publication title Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug-resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 96
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k6pA00
4CPTA 3SA6A 1FMBA 5P1PA 3LZUA 3EC0A 3EL9A 2ANLA 2FIVA 1MSNA 3OHHA 5P6FA 3I2LA 5OZBA 3AIDA 5P5IA 1G6LA 2PSVA 4K9HA 4ZPEA 1A9MA 5P69A 3T7XA 4RCEA 1B6LA 1IZEA 4TVHA 2WF3A 4Y3YA 1BBSA 2WF4A 4AA8A 1ODYA 1QBTA 4Y5BA 1KJGA 4EXHA 3IXJA 3LIYA 5P49A 1FQXA 5P28A 3VF3A 5IVQA 4OBZB 3VYDA 2O4LA 3NDXA 2QHCA 3EM6A 3CYWA 2I4UA 5P4FA 5APRE 1M43A 4WY6A 2AOCA 4I0EA 3RTNA 3EL5A 4Y36A 2B42A 3C9XA 4Y5NA 4LP9A 5OZXA 3RU1A 3OQ7A 2QD7A 4Y3RA 4FE6A 5P2HA 5P1YA 1XDHA 3KYRA 4TRYA 5P3PA 1YG9A 2I4VA 4D88A 5P5RA 3UQWA 3APPA 1BWBA 3TPRA 3SO9A 3S45A 2HB4A 3DJKA 3VLBA 3Q70A 1EPRE 4CP7A 3ZPUA 5HVPA 1KZKA 3O9HA 5I3YA 2VJ7A 5P1UA 4Q5MA 2WEZA 1SDVA 4DQFA 1VIJA 3INDA 1C6XA 1YTGA 4BFDA 5P2VA 4Y5AA 5P68A 2VS2A 4APEA 3UQRA 2BPXA 4EP3A 3OUDB 2PWRA 2I0DA 4X7IA 4M8XA 3PLDA 4I8WA 5P8AA 3CYXA 3NWXA 1UH8A 4YD4A 4Y56A 1QRPE 5P20A 4GJDA 3EM3A 2OHTA 4QGIA 2CENA 9HVPA 2QMDA 3LZYA 5P83A 4COEA 1NPWA 5P0BA 4I0ZA 5OZ6A 3MSJA 2IKUA 4OC6B 5P0YA 4DH6A 5P18A 1TSQA 5P27A 1UPJA 3PSGA 1K1UA 1XN2A 5ISKA 1EC3A 1LS5A 3UF3A 1FFFC 4Y3MA 4QLHA 5P71A 2ZHSA 3UDNA 5P3FA 3WZ7A 5P4OA 3EM4A 4CMSA 3IVHA 4LAPA 2RENA 5P8SA 3O9BA 3ER5E 5P37A 5JFUA 3QN8A 2WEBA 4FCOA 4YOBA 3ZKSA 4CPXA 5P7CA 4NPTA 5HD0A 5P4KA 3R2FA 1UH7A 5P6QA 1FG8C 3U6AA 1N49A 2AOIA 1HVKA 3HAUA 4PHVA 4CPWA 5P7OA 3I8WA 4Y4EA 3MSKA 3PCZA 4YBIA 1DAZC 5OYXA 1FMXA 3NDWA 2VNNA 1IZHA 1D4JA 2JXRA 3K5FA 5ENKA 1HPXA 3OQDA 2I4DA 3OUAA 1PSAA 2NXMA 3GI4A 3NWQA 2UY0A 2O4PA 5OZ0A 1SDUA 4GJAA 2P8HA 2Q3KA 2JE4A 4Z22A 2ZE1A 2ER6E 4FM8A 3VSXA 1KJHA 1AVFA 3CIDA 4Y4ZA 4CKUA 4EJDA 1B11A 4TRZA 5P05A 5HE4A 2QI6A 5P5UA 5P4DA 4K4QA 1K6VA 5AH8A 5P2AA 1BDRA 1RV7A 3BGBA 5P7VA 1HWRA 5P29A 5HU0A 5OYQA 1T7IA 4RZ1A 5P8EA 4Y3WA 5TOLA 2IS0A 5P1HA 4GJ9A 3PMYA 4DJRA 4B00A 2WF2A 2QI4A 2FNSA 3S7MA 4DV9A 4Y4TA 5P41A 5OZWA 5P6EA 5P7FA 2Z54A 1PPLE 3S53A 5P7NA 2G27A 2WJOA 4OBDA 4Y5KA 1SP5A 5P32A 4Y37A 3D1ZA 3KN0A 5OZ2A 2HC0A 4FAFA 3R0YA 2G1NA 3TPPA 2HIZA 2WHHA 3LIVA 5J25A 5P6HA 3R1GB 4J17A 2V11C 3PWMA 4Y44A 3L3AA 4J55A 4F75A 5OYTA 3QVCA 4S1GA 1HPVA 4EJLA 2CEJA 5P35A 2AOGA 3WB4A 3ZPTA 4ZSQA 5HDVA 4YD3A 5P76A 1W5XA 5P3BA 2P83A 1IVPA 5P61A 1W5VA 2F81A 3GGUA 1GNNA 4QJ8A 3PLLA 5B18A 3S2OA 1MTRA 1YT9A 3O9GA 5P4YA 3DOXA 4YCKA 5C9FA 1FKNA 5AH9A 2P3BA 4RROA 2VIZA 2BJUA 2VNMA 2PQZA 3VV6A 4DQBA 1BDQA 5P89A 4Y3LA 4I0JA 4JOOA 4EXGA 4I0DA 5KOQA 1DPJA 4APRE 4H3FA 5P34A 2ER0E 1FF0C 4ZPGA 5ENMA 3URLA 2IKOA 5DGUA 3HLOA 8HVPA 5P62A 4OBGA 1PROA 3EKVA 4KE0A 5P01A 3O9FA 3QIHA 1EPQE 5P2NA 5P8KA 1MT9A 1NH0A 1HSHA 5P19A 5E5KA 4RYCA 4Y3PA 5COPA 4Y58A 5P3YA 5P6IA 1SGUA 1SIVA 1DIFA 2V12C 5P1IA 3OHFA 1G2KA 5AH6A 2G94A 5P6KA 3GI5A 4JPCA 5P03A 3TH9A 5PEPA 2FXDA 5KQZA 1MT7A 3NXNA 4Y38A 1MVPA 4I0HA 3LINA 3OK9A 3OQFA 2QI1A 4FL8A 5P8BA 3ZKXA 5P3XA 4PYVA 4L7GA 3SA8A 4HDFA 4CPSA 4Y5GA 3VLAA 3FNUA 2AVSA 1D4YA 1ME6A 4YCTA 5P6NA 1OHRA 5P5CA 5P7MA 3QAAA 2V10C 5P08A 5OZOA 2Q64A 2F3FA 4IVSA 1ZAPA 4DJVA 3EL0A 4J54A 2OHLA 5P7PA 5P51A 5P0CA 3D1YA 1IDAA 1B6MA 2B8LA 2IQGA 4K4RA 1XL2A 5JG1A 5P4MA 3R0WA 5P8HA 5BRYA 5KR2A 4HLAA 2OHKA 4Z4XA 3T6IA 2F80A 3O9DA 4DJYA 5OZ7A 3PSYA 4HEGA 3BXSA 4DVFA 1DW6C 5P3RA 3ZKNA 5P85A 3NDUA 5P3NA 1FQ7A 1RQ9A 2RKGA 3NYGA 4IVTA 5P8LA 3TNEA 1F34A 1HVSA 4FRKA 4LC7A 4NKKA 4NJTA 3OY4A 3VYEA 2QU3A 2VA7A 5HCOA 2OF0A 5P5QA 1QBSA 3QBHA 5OZAA 3GI6A 1WBKA 5HDZA 1B6PA 4KB9A 2OHPA 4CPRA 3OXWA 3O99A 4OD9B 3TPJA 5P6SA 5OZKA 1SMEA 4DQEA 1K1TA 2Q54A 2XYFA 2ZHVA 3UDHA 1HEGE 5P2CA 2AOEA 5DGWA 4Y41A 5P38A 2ZYEA 3BUGA 4Y51A 3PWWA 4JPEA 3PMUA 5P1RA 3T11A 5P0RA 5P2RA 5P4BA 4DFGA 5P48A 3APRE 3L58A 3URIA 3LPJA 5P2EA 1J71A 4GJ7A 2PSGA 1W5WA 5IVTA 1EPLE 5P2ZA 1EBKC 5P0PA 2QMFA 5P17A 5P04A 2AZ9A 5ER2E 5P4PA 1AZ5A 1BDLA 5P6JA 4DJQA 2WKZA 4FM7A 3KFPA 3L5BA 1FLHA 4H3IA 5DR3A 4EWOA 1HOSA 7HVPA 5P5DA 1XN3A 3WB5A 1PFZA 4HA5A 1HVRA 3NR6A 4Y6MA 5P74A 3UDJA 5C9DA 3SLZA 4R8YA 4YDGA 4Y45A 3PRSA 5P3JA 4J1IA 5P1GA 2G22A 4A6BA 3R4BA 1DMPA 5P58A 3TL9A 5DQ1A 4AA9A 3SA3A 4RCFA 4I0IA 2ZJIA 2FDPA 1UH9A 2FLEA 5P5BA 5P8FA 4Y5EA 1EC1A 2P3CA 2R3TA 5P7QA 5P5SA 4Y3ZA 3BVBA 1APWE 2IEOA 4FIVA 1BV9A 5P6BA 4B77A 5P5PA 1TCWA 5P7YA 2QNNA 3A2OA 1EPME 3WSJA 2G26A 3B7VA 2H6SA 3DK1A 2HB3A 4MC6A 3O9AA 1EBYA 1ZPAA 1SH9A 1EAGA 1FG6C 5DR4A 3OQAA 5T4SA 3CKRA 3L59A 4FRJA 4Y3FA 5P5NA 5P2JA 5F01A 4U7VA 3PI0A 1Q9PA 1W5YA 3UHLA 3BGCA 4YBFA 4EPJA 3OXXA 5P0XA 3KFRA 1TW7A 1IZDA 2FDDA 4H1EA 1HIVA 4J1FA 5DR8A 1HSGA 1U8GA 1NSOA 5OZYA 2QNQA 4DJPA 3ZKQA 1C6ZA 5P2QA 1RNEA 5P4WA 3UCBA 2QD8A 5OZFA 5P1OA 4RRSA 5P3CA 4HZTA 4FLGA 2B7ZA 1FMUA 3ER3E 4I1CA 4YD6A 2QNPA 4B72A 3DCKA 3VEUA 4J1CA 3LZSA 4Y3TA 1C70A 2I4WA 1HXBA 2BPWA 3TOGA 5P7HA 3EKTA 3KFNA 5FIVA 4XKXA 1A94A 4DJWA 1GVVA 1GNMA 5OYUA 5P40A 1EPNE 5OZ8A 2J9JA 4Y5LA 5P8MA 5P8NA 3RVIA 1E5OE 5P63A 4DQGA 4Y4JA 4DPFA 2Q15A 3S54A 1LZQA 4D85A 1JLDA 5JODA 3I7EA 1KJ4A 5P6DA 3RSXA 3VF5A 3SA7A 1D4LA 3L5FA 5JFPA 3D91A 4XXSA 2NTRA 1BXOA 1GKTA 3WZ8A 1ODXA 2Q63A 1IZIA 5P55A 1HHPA 3SFCA 3TOFA 4J0VA 2OHUA 5OYVA 1FGCC 2PYMA 1KJ7A 3S7LA 1D4HA 5P8DA 5P84A 5AGZA 3N4LA 2OHNA 5OZQA 3SAAA 5P07A 3O9EA 1TCXA 1AJVA 3BXRA 2Q5KA 1A8GA 5P0GA 3U71A 4OBHA 1ZP8A 2R5QA 2V00A 1A30A 5P72A 5P13A 3UDPA 2BBBA 1PPKE 4DI2A 4R95A 4DQHA 5P75A 1BVEA 4BEKA 5P4TA 3K1WA 4YD5A 4YD7A 3OU3A 5P1WA 1LEEA 4Y39A 3K5CA 3MSLA 2IL2A 1SDTA 2QZLA 3OUBA 1ZTZA 3MXDA 1FB7A 5P7RA 5P8TA 1E81E 4I0FA 1HRNA 2QCIA 5P3MA 5OZTA 1BXQA 5P73A 5P65A 2QI0A 5P5LA 3RSVA 5SXNA 5HTZA 5KR1A 4ZIPA 5P6XA 5P39A 3LPIA 2VIYA 2QI3A 5OZDA 4DJXA 2IGYA 4R93A 3KT2A 5P5EA 2HS1A 2JYSA 3OU4A 2BQVA 3Q5HA 2QI5A 1T6EX 5P7SA 1AM5A 3VV7A 1SIPA 5P6YA 1FEJC 1K2CA 4L1AA 4UPJA 4F73A 5P5XA 5P0DA 3RTMA 5CONA 5OZSA 5P7BA 5P6CA 2SAMA 5P7AA 5P5GA 5P3QA 2AZ8A 2BPZA 4XX3A 5IVRA 2WF0A 2PC0A 2ZJMA 3HBOA 4Y5MA 4FSLA 5P0NA 2G69A 4J0ZA 5P4NA 3L5EA 5OYWA 3LHGA 5P4ZA 2PWCA 4H3JA 2HS2A 4Y53A 5P1TA 3IA9A 1OEWA 1BAIA 2QAKA 3HVGA 2VA6A 4Y5PA 2IENA 3NUOA 5P33A 3IXOA 5IS4A 2O4KA 5OZ9A 3UDMA 4EP2A 3KA2A 5P10A 2AVOA 5SY2A 5P1EA 3JW2A 3BUHA 3PCWA 5P47A 3KDBA 4BELA 5P3TA 3L5CA 4GB2A 1YM2A 2VIEA 1HTEA 3GGXA 3OOZA 4Q1NA 5P0VA 4DJOA 3JVWA 2ZHUA 5OYZA 4B05A 5OZIA 3LZVA 4OBKA 2R8NA 3ZKMA 1ZPKA 5P7IA 4Y3GA 1HBVA 2G1YA 6FIVA 1E80E 2OAHA 4R5NA 2Z4OA 2R9BA 4J1KA 2PH8A 4JP9A 1SMRA 5P1AA 2UPJA 5P2UA 2B7FA 2P3BB 4QJ6A 4OBFA 4BFBA 5F00A 5P2YA 1TSUA 1VIKA 4Y57A 3LPKA 1META 5OZMA 5P82A 1W6HA 2V13A 1E82E 3UPJA 4Y3NA 3QRVA 4Y4GA 2A4FA 1B6KA 5P7TA 1LYAA 2QK5A 4D83A 5OYRA 2AVQA 2EWYA 3HVPA 2WECA 2QU2A 5P4XA 4ER4E 3CICA 5P70A 2WEDA 5P7XA 5P79A 5P6AA 3EMYA 4WY1A 3VSWA 5P60A 5OZCA 5KOSA 4ZSRA 1IBQA 4GYEA 3EKPA 4F76A 2P3DA 2O4NA 2IRZA 4R92A 1HPSA 4Y3HA 3UTLA 2XFIA 5P53A 3UDKA 3Q3TA 2HB2A 1W51A 3OU1B 5P6OA 1G35A 6APRE 2AZCA 3MXEA 3OU1A 5OZ3A 1MIQA 1FQ5A 4DUSA 4R91A 5AHBA 1APVE 1WBMA 4ACUA 4L7HA 1M4HA 2RSPA 3DCRA 3D1XA 3VUCA 5HDXA 4PEPA 2O4SA 1FQ6A 4M8YA 2IDWA 2QHZA 3QP0A 3DV5A 5P0MA 3NXEA 5P0ZA 3HW1A 1MTBA 4YHQA 1K6CA 4ER1E 4QJ7A 2OHMA 2I4QA 2RKFA 5P02A 3CKTA 3O9LB 5I3WA 4ZSMA 4FRSA 3K5GA 5P7KA 3O9LA 3S43A 1EC0A 5DQCA 5P3HA 5P44A 1RPIA 4KE1A 4PZWA 5P2XA 1T3RA 4B1DA 4I12A 5OZRA 1AJXA 1EC2A 3IAWA 4ZE6A 1MRXA 2WEAA 5P6UA 5P8OA 4DQCA 4Y47A 1A8KA 2F3KA 1MEUA 1Z1RA 2UXZA 5I3VA 2BB9A 3QS1A 4YCYA 1YTJA 1HIIA 3VCMA 5P3KA 5P64A 3PJ6A 2QD6A 2NR6A 4GMIA 4FS4A 4Y4WA 1LYWB 2PK5A 2FS4A 3OXVA 3NU9A 4TVGA 1QBRA 1D4SA 5P1ZA 1T6GA 4LHHA 1LYWA 5P8VA 2FMBA 4A6CA 5P14A 5P2OA 1NPAA 4EQ0A 4KUPA 5P7UA 5OZNA 3QBFA 3BC4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPT A;  3SA6 A;  1FMB A;  5P1P A;  3LZU A;  3EC0 A;  3EL9 A;  2ANL A;  2FIV A;  1MSN A;  3OHH A;  5P6F A;  3I2L A;  5OZB A;  3AID A;  5P5I A;  1G6L A;  2PSV A;  4K9H A;  4ZPE A;  1A9M A;  5P69 A;  3T7X A;  4RCE A;  1B6L A;  1IZE A;  4TVH A;  2WF3 A;  4Y3Y A;  1BBS A;  2WF4 A;  4AA8 A;  1ODY A;  1QBT A;  4Y5B A;  1KJG A;  4EXH A;  3IXJ A;  3LIY A;  5P49 A;  1FQX A;  5P28 A;  3VF3 A;  5IVQ A;  4OBZ B;  3VYD A;  2O4L A;  3NDX A;  2QHC A;  3EM6 A;  3CYW A;  2I4U A;  5P4F A;  5APR E;  1M43 A;  4WY6 A;  2AOC A;  4I0E A;  3RTN A;  3EL5 A;  4Y36 A;  2B42 A;  3C9X A;  4Y5N A;  4LP9 A;  5OZX A;  3RU1 A;  3OQ7 A;  2QD7 A;  4Y3R A;  4FE6 A;  5P2H A;  5P1Y A;  1XDH A;  3KYR A;  4TRY A;  5P3P A;  1YG9 A;  2I4V A;  4D88 A;  5P5R A;  3UQW A;  3APP A;  1BWB A;  3TPR A;  3SO9 A;  3S45 A;  2HB4 A;  3DJK A;  3VLB A;  3Q70 A;  1EPR E;  4CP7 A;  3ZPU A;  5HVP A;  1KZK A;  3O9H A;  5I3Y A;  2VJ7 A;  5P1U A;  4Q5M A;  2WEZ A;  1SDV A;  4DQF A;  1VIJ A;  3IND A;  1C6X A;  1YTG A;  4BFD A;  5P2V A;  4Y5A A;  5P68 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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