1K73O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k73O00
1ILYA 3CCSN 3OW2M 3G4SN 3DLLL 3CF5L 1VQKN 4WF9L 1M1KO 1Q86O 4WFAL 1VQON 4WCEL 5GAHP 5JVGL 3CCVN 5GADP 3CMAN 3CCLN 1KD1O 1JJ2M 1Q81O 3PIOL 3CCRN 3I56N 3CCEN 1YHQN 2OTJN 1K9MO 1QVGM 3CCQN 1KC8O 2QEXN 2ZJQL 1YJWN 3J7ZO 1YITN 1M90O 1K73O 3CCUN 3I55N 3CD6N 1VQ7N 1Q82O 5HL7L 4IO9L 1YI2N 3G6EN 2OTLN 5GAGP 5JVHL 1VQ6N 4WFNL 3CCMN 1OVYA 4WFBL 1VQMN 1VQ9N 3CC4N 1YIJN 3CC7N 1W2BM 1YJNN 1VQLN 4IOCL 1VQ5N 1NJIO 1YJ9N 5H1SQ 2QA4N 4UY8O 2ZJRL 5DM6L 4U67L 5GAEP 3CPWM 3CMEN 3G71N 2ZJPL 1KQSM 5DM7L 1QVFM 1Q7YO 5MLCQ 3CC2N 4IOAL 1VQNN 1VQ8N 3CXCM 1S72N 1VQ4N 3CCJN 3PIPL 1K8AO 1N8RO 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT0A 3CJAA 1NGHA 2YKMA 2QM1A 1O1WA 4MLEA 1GLEG 3THWB 4OPJA 4RWTA 1SUQA 3TI0A 4DR4K 4KI6A 4WCEL 1A5WA 3HPHA 3C6AA 4O0JA 2GBZA 4BRIA 2UYTA 1EO1A 5EU7A 2IS3A 3G0ZA 1HKCA 2GELA 4Y0WA 4FM0A 1TGOA 3AVHA 3V1QA 1YHQN 1SZ2A 4JI0K 4BE1A 1NKCA 3V9ZA 2HF4A 3ZX2A 1NJXA 4HCBA 1HKGA 1V4SA 1EWRA 3I55N 2WBNA 5KRSA 3SBTA 4FM2A 4CHZA 4RG8A 1LWEA 5HL7L 2O8CB 3MECA 3RMDA 3D2FB 3RWUA 3UKUB 5JVHL 1ASWA 3V1RA 1R59O 4LFBK 3J7YP 2B6AA 3SV4A 5ELZA 4ILHA 3M8PA 3FE1A 4YY3K 5BR9A 1ATSA 3EKSA 4IJAA 2E2PA 3U4LA 3K5MA 5AZIB 1Y64A 4AHRA 1KVAA 3SQ1A 3HRGA 3VPZA 3R6MA 3TPQA 5FLXO 1NBWA 2KQ2A 4Z4HA 1VAZA 3V4IA 1JLFA 2XY5A 3LP3A 1B92A 1S5JA 3O3GA 3AA4A 4EIAA 4IOAL 3ZSWA 1TKXA 4W5OA 2KHOA 2WONA 4O44A 1X9MA 3U3YA 2Q0UA 1TYQB 3TAEA 3V9XA 3MEEA 4M41A 3KTQA 2CGJA 1C0FA 3HBTA 1EKEA 2FBYA 4ISGA 4B9TA 3A2FA 3NF9A 4FLXA 1XWLA 4I9LA 4CJ4A 3VGKA 1RBSA 3CCVN 5DMRA 4YDUC 3ZT1A 2D5RA 3LDSA 1VHXA 1XMOK 2BGGA 3FZFA 1HYVA 2XY7A 2KLAA 1BOTO 2QWPA 4BRAA 4DV0K 2OTJN 1X9JA 5AQFA 5KPZA 4M3WA 4WYBA 2Z1JA 3CM6A 5M1QA 4CJLA 1E3MA 4RCHA 4NCAA 1XC3A 3HYFA 4M3YA 1RDCA 3O1WA 4BDYA 4KI4A 3SAFA 3HK2A 5C12A 3O3HA 2P9PB 1U2VB 1RCHA 5CR4A 4W5NA 3J81O 4H0XB 3HT3A 3VESA 3WNHA 1IBMK 1BIUA 2XO7A 1VSHA 3NCIA 4WFBL 3LWMA 4FSVA 4PKGA 4MLHA 3D2FA 1HPZA 3E1YA 3TU5A 4N41A 4B9SA 1MA9B 2BE2A 3NFAA 2A6AA 4EFHA 3KWIA 4Z94A 4BRLA 3JSMA 4QAGA 1BU6O 1BQMA 4CK1A 1DTQA 1X9WA 3SK3A 1HNWK 1ATNA 3VOVA 4CW7B 2EHGA 3E9PA 3F2KA 2G8KA 3E9LA 4CGFA 5M1KA 4OKEA 4YNQA 1WAJA 4CFDA 3MN5A 1Q7YO 1HPMA 3TTCA 4C8OA 4CIGA 4BR7A 3DXKB 1A5VA 3WQTA 4CEOA 3EEQA 2P9SB 3IRXA 5ADXH 1QQNA 2FBVA 4WFAL 3THYA 2DFEA 1C1CA 3OYBA 1JXBA 2NNWA 3F5TA 2D0AA 5JVGL 4DU1A 3FR0A 4JI1K 1QHTA 2ZE2A 3ZT2A 4H0PA 3ATUA 1TKDA 1WUAA 2E8AA 1LCUA 4H8KA 4B3RK 4O8KA 3QFPA 4FYDA 1IKYA 4F2RA 2E4LA 4B3TK 4AHUA 2ZJQL 2Z1HA 3VA0A 4IBNA 3DJCA 2VCPA 1M90O 4FWQA 1KFSA 3M8QA 3A0IX 5HRRA 3R8EA 4KH4A 1K8KA 3K0SA 4C8LA 3RVCA 1Q82O 4DS4A 4CCHA 3DOKA 3VQ9A 4MO5A 4DQPA 4FPBA 4K41A 4KFBA 1IH7A 4F8RA 1L3SA 4WQ4A 3K5NA 3CCMN 4K8XA 3SUQA 3AVBA 2E88A 1HMVA 3C0BA 1SKSA 1NOYA 3MN7A 5LJVA 1WSIA 4BR4A 3H6EA 3K58A 4FJKA 3CJ7A 2HNDA 3GOIA 4CEDA 4YOXA 1NK7A 4DFPA 4H0TB 2QK9A 4CEAA 5FPDA 2ZQBA 2B5JA 3O08A 4IZ9A 5DM6L 4CERA 1HYZA 1IKVA 2ZJPL 4F2SA 4KRFA 4LSNA 4OPKA 4O5FA 4KHUA 4FLWA 3CETA 2Q2RA 1DEJA 3AVLA 3H3OB 5AQTA 5ADXA 1P90A 3V9UA 4B1XB 4I7FA 1VQ8N 3SQ0A 4OKKA 1UA1A 1TL3A 5E84A 3O3FA 3DRPA 2YJEA 2KFZA 3EZ5A 3OJSA 3C6TA 4PA1A 3SUOA 1B9FA 1YTAA 2IIRA 2FC0A 4CZLA 1LW2A 5AFUH 5AQYA 3QESA 1VQON 1C0GA 3VETA 4CF1A 4B9QA 3SYZA 4K0KK 3FZHA 1Z26A 4DR5K 2P5OA 4DSFA 4YOTA 2IC3A 2D0PA 2NZTA 3QLHA 4CZEA 3V6DA 1TUUA 3BGRA 4JI3K 3OVNA 1WN7A 3P31A 3WEEA 1TAUA 1W97L 3EYZA 2W6LA 2HHVA 3NDKA 1IG8A 2F8TA 4JKHA 3DLEA 4Y1DA 2G8IA 3ZSYA 1Z6RA 4R5PA 3HL8A 4M7YA 5AJ3K 2P9SA 1N5YA 4KHSA 5C15A 4FM1A 3D0PA 4FLTA 2NRZA 3TAGA 3IUCA 4BR0A 4NO7A 1ZBIA 1F21A 3KLEA 4NXNK 3T1YK 4KTQA 1YF5L 4FW2A 2JGUA 5FPMA 4H0YB 4CESA 4DV4K 4DR2K 1TK0A 2LSNA 5GAGP 3I8BA 3WNFA 3VEOA 3VQ8A 1VQ6N 1BO5O 1ZC6A 4CEFA 3VQ7A 4IKFA 3J8AA 1CLQA 4CJPA 1WSGA 4BQZA 3HM9A 2HB5A 2IDOA 4A2AA 3NE6A 3OYDA 2DY4A 2ZF5O 3NGYA 4DTOA 3CFOA 4B9UA 3D6RA 1S1XA 2W41A 3KLFA 3OHRA 4BGBA 3IS9A 1ZYQA 2P9IB 4PKIA 2HHWA 1OH6A 3A5MC 4DLGA 1QVFM 4KH6A 1HNVA 3BDPA 5FDLA 4BWMA 4BROA 1D8YA 3TANA 1OH5A 4BWJA 5LJWA 3GDQA 3MWPA 4BR5A 5E26A 5C25A 5CZ1A 4NYNA 1HUXA 3CHWA 1ZBSA 3L2WA 3E66A 1NK6A 3L0QA 3WXJA 5C24A 2A1SA 3MN6A 3LAKA 3WXKA 2O8BB 1RDBA 3CFPA 1D5AA 3QEXA 4QS7A 4OVLA 1I39A 1TKTA 5C42A 4M7XA 4H5RA 4ISEA 3KLIA 1ASVA 1W7AA 2QTDA 2YX6A 4CFBA 4NXMK 3QICA 3SAHA 4FJ8A 3DI6A 1QVGM 3QDKA 3T1HK 2PY5A 2FF3B 3S9HA 1YJWN 3BF1A 4A5BA 4DV7K 1YITN 1OKJA 3ASMA 4CHPA 4BRNA 1HNIA 2AA4A 4JRQA 3T1AA 1YUWA 3AARA 4H5TA 5C0YA 2YCHA 4W5QA 1L5UA 1NK9A 2V51B 3DMJA 3OS2A 3O9QA 2NRRA 1GLCG 3VEWA 3MDQA 4BRMA 2ZM6K 4M3UA 1KAXA 4CHYA 4K8ZA 1GLLO 3P1GA 3GL1A 5DK5A 2HHUA 1QTMA 4B1UB 1J9AA 1DTTA 4CZMA 3N4PA 3SCXA 2QW9A 3IKMA 3OBYA 2A41A 4KV8A 3VGMA 2UUAK 4FK0A 1WSJA 4PL7A 4U67L 5HRPA 3NH2A 1XHXA 4OX9K 4JHDA 4BRFA 3U9DA 3HSTB 1ASUA 4MQ3A 4C8KA 3D45A 2AJQA 2HBLA 4FJMA 4YOUA 1GLBG 1U47A 2V52B 1SV5A 3M8RA 1ZBFA 4MO4A 1VSDA 2AP1A 4FL9A 4CF2A 1U49A 2WC9A 1TVRA 4JD2B 4TSXA 1ILYA 2P9PA 1EP4A 5JS1A 3VF4A 3THYB 5FROA 1NK0A 1Q86O 1U6ZA 4DFKA 2HVHA 5AQUA 4HCCA 4FLVA 1DKGD 1U48A 1RTJA 3D2EA 3SAGA 2YI1A 2X6SA 3QETA 4IJNA 3TWHA 5HP1A 2P9IA 2KTQA 2P51A 4DV1K 3HVTA 4HUGA 1I94K 4KREA 1WAFA 2F9WA 4A5AA 4YHHK 1KD1O 4EZ6A 4CZIA 1TK5A 3I56N 2RPIA 5BRDA 3ZSRA 4GKKK 4IEIA 5AQPA 4PKHA 3B8AX 1VSLA 4DLEA 4AQYK 1NGEA 1XNQK 4DV2K 5AZJA 3THXA 4ICLA 4I2PA 4KH5A 2UXDK 3R9PA 3A5LC 1BG3A 2YNFA 3T7ZA 3O4NA 4ZTFA 3QNNA 2FXUA 3AO2A 3HOSA 4HHTA 4H03B 5KPTA 2YHXA 1EWQA 5AQLA 2HNYA 1XQSC 2IAJA 5KI6A 3TR8A 2KFNA 2DFFA 4CJTA 3OS0A 4KPYA 3CJ1A 3PX4A 3RTVA 4CGDA 2OA8A 1DLOA 3E9OA 4CEZA 4FZXC 1Q18A 1GOAA 2RE2A 3D2EB 3G25A 3M3ZA 4YOWA 4BDZA 5A2QO 4JS5A 2ZJRL 4E89A 4N5SA 3AA3A 1HJOA 3W3DA 4GV3A 4K43A 4FCYA 1T6DA 1HRHA 1J6ZA 1RBTA 3LDQA 1DT9A 3L8BA 4DFMA 2QWLA 5KGWA 2X78A 5AQWA 2E1ZA 3ENBA 2QWOA 2QXLA 2CGLA 1CZAN 1G99A 3RMBA 1KSPA 4LF6K 1JLQA 4FOIA 2VYPA 2O4IA 4WF9L 1NGBA 1QSYA 1O13A 2CGKA 4CVNE 2HSTA 4FVMA 1BGXT 2FBTA 4DTSA 3LDNA 2YKNA 3S3OA 3DLKA 1DGKN 3N4QA 4N47A 3KLGA 4AHVA 3L6QA 4CIFA 1T8EA 4MFBA 1VRTA 3AO1A 3AVIA 1GOCA 2ZWHA 3VQ6A 3KKSA 4EP4A 1NGFA 4FXDA 4HVJA 1LOTB 1X3NA 3OYGA 2VGNA 4LC9B 1LAWA 4BRHA 1KC8O 2ZGZA 3T69A 3ZSXA 1S1WA 4BREA 3OYAA 4FJ7A 4CGGA 3M5RA 2WTUA 3DLGA 3CD6N 3KVGA 4BR9A 4JS4A 4YORA 4CJFA 2YHAA 3RR7A 2ATQA 3QBXA 4C1NK 1ATRA 2ZGYA 4H0OA 3FZLA 3ZSQA 2NRWA 3NF6A 2HOEA 5E41A 4O4GA 1UOCA 1Q9XA 3OYFA 5IWAK 3PX0A 1TK8A 3LP2A 2A1RA 3A5OC 4DUZK 1VQMN 4DSLA 3KD1E 4KB1A 1FJGK 4GW6A 4DB3A 3B6OA 1VQLN 3QFUA 4CD1A 1S9EA 3V9WA 3AVFA 3O1BA 1VSFA 2YV0X 5KGXA 2W40A 2WUSA 3SI6A 2IGIA 4CJRA 2QA4N 2BH1A 2W42A 2Q1NA 3FLCO 3C95A 5CYMA 4JI2K 4CBXA 1CZ9A 1ZXOA 4DTJA 1I3AA 1QZ6A 3CMEN 3LDPA 3CFRA 1XHZA 4DG1A 5CY4A 3JYTA 1NKBA 1NWKA 3OYMA 1KQSM 5DM7L 2VQEK 2OCEA 4C1NI 4U7BA 3HPOA 4DSKA 3QERA 4Q0BA 3DXMB 4E0DA 4E3SA 2Q3SA 3O9UA 4BE2A 4HUEA 4RW9A 3PIPL 1NJWA 3ZX0A 3WNEA 3OW2M 2QKKA 3AAPA 2GEMA 1ZBHA 1JCEA 4EHTA 3K2PA 2FSJA 2YJFA 3TARA 4ZTJA 1WNSA 1RBUA 4WE1A 4E7IA 5BN8A 3BZKA 3RMCA 2DFHA 3O4WA 4DQQA 4CBUA 4C8MA 4DTXA 1IBLK 1SQKA 4EZ9A 3TSQA 3K9JA 5BPMA 5M1NA 1L3UA 2UXCK 1LWCA 4ELUA 1T6CA 5BN9A 5M1PA 3QIOA 4MDAA 3H1VX 3Q7CA 1MWKA 3OTOK 1XMQK 4FLYA 1WBDA 3LALA 3JS6A 2O8FA 3AVGA 2HHXA 5BPLA 4DQIA 4LF5K 4FWRA 1NGIA 2B4JA 1N34K 3A8YA 3CCUN 4M3XA 1EXQA 2A5XA 3CJ9A 2PYJA 1Z25A 3GBTA 4JI5K 2NUBA 4NLBA 1IKWA 5C10A 5I42A 4A59A 1BISA 3P5JA 4L8RB 1NU0A 3EE8A 1SL1A 2F8SA 3D7EO 3RSEB 3QMLA 1S1VA 4WFNL 4LSLA 3SNNA 1R0AA 4ZHRA 2KW4A 1VQ9N 5AQJA 5F2RA 4GNIA 4I6MA 1OH7A 3QIPA 4IOCL 4BRCA 4FZZA 3DXKA 4F3OA 3DYAA 1BCOA 3OYJA 1NNEA 2VWJA 1J5EK 1IBKK 4UY8O 3JXUA 4GV9A 3L3UA 3OJUA 4JKAA 3LM9A 3QB0A 3VEXA 1QSSA 1BI4A 2IVNA 3ZT4A 3CC2N 5GIOA 2UUCK 2GX9A 3LZJA 1YVNA 4W5TA 1V4TA 1LV5A 2P9UB 1IKXA 3CXCM 1WLJA 1TL1A 2BUPA 2E6LA 2G8UA 1JL1A 3FZKA 3F73A 3DLLL 1J5OA 4DR1K 3CF5L 4CJWA 4JKCA 3QEPA 2P9KA 3C7NB 3HTVA 4KTWA 3K9KA 1VK0A 2HNZA 3I0RA 4I6MB 3AAQA 1JCGA 1WOQA 2P9NB 4CE9A 1W0HA 4B08A 4A2BA 5JLHA 1WBBA 2JWKA 1JLEA 4R79A 5GADP 5EY4A 2R7YA 4CIEA 3HSCA 3CI5A 4IXCA 2FLOA 4Q5VA 3CCRN 3VTHA 1UAXA 1QQCA 1K9MO 3J7AP 2Q31A 1E4GT 4ID5A 1W9HA 1GLFO 3OBWA 3HOTA 2HBJA 5AQGA 2FBXA 2HVIA 3ID6A 4H0VB 3ZEUB 4KHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ILY A;  3CCS N;  3OW2 M;  3G4S N;  3DLL L;  3CF5 L;  1VQK N;  4WF9 L;  1M1K O;  1Q86 O;  4WFA L;  1VQO N;  4WCE L;  5GAH P;  5JVG L;  3CCV N;  5GAD P;  3CMA N;  3CCL N;  1KD1 O;  1JJ2 M;  1Q81 O;  3PIO L;  3CCR N;  3I56 N;  3CCE N;  1YHQ N;  2OTJ N;  1K9M O;  1QVG M;  3CCQ N;  1KC8 O;  2QEX N;  2ZJQ L;  1YJW N;  3J7Z O;  1YIT N;  1M90 O;  1K73 O;  3CCU N;  3I55 N;  3CD6 N;  1VQ7 N;  1Q82 O;  5HL7 L;  4IO9 L;  1YI2 N;  3G6E N;  2OTL N;  5GAG P;  5JVH L;  1VQ6 N;  4WFN L;  3CCM N;  1OVY A;  4WFB L;  1VQM N;  1VQ9 N;  3CC4 N;  1YIJ N;  3CC7 N;  1W2B M;  1YJN N;  1VQL N;  4IOC L;  1VQ5 N;  1NJI O;  1YJ9 N;  5H1S Q;  2QA4 N;  4UY8 O;  2ZJR L;  5DM6 L;  4U67 L;  5GAE P;  3CPW M;  3CME N;  3G71 N;  2ZJP L;  1KQS M;  5DM7 L;  1QVF M;  1Q7Y O;  5MLC Q;  3CC2 N;  4IOA L;  1VQN N;  1VQ8 N;  3CXC M;  1S72 N;  1VQ4 N;  3CCJ N;  3PIP L;  1K8A O;  1N8R O;  1VQP N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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