1K73O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k73O00
1YJWN 3G6EN 5JVHL 1M90O 2OTJN 1YIJN 1QVFM 1K8AO 3PIOL 3CC4N 1YI2N 5GAGP 3CC7N 1Q86O 1YJ9N 1QVGM 1OVYA 3CCSN 1YHQN 1K73O 5GADP 3G4SN 3CCQN 3CD6N 4U67L 3PIPL 1YJNN 1VQ7N 3CMEN 3DLLL 3CCRN 1KQSM 4WCEL 2QEXN 4WFBL 4UY8O 1Q7YO 4IO9L 2QA4N 1VQLN 4IOAL 1KD1O 1VQMN 3I56N 5DM7L 1VQ5N 1W2BM 2ZJPL 1VQ4N 1VQNN 1Q82O 2OTLN 2ZJRL 3G71N 4WFNL 3CC2N 1Q81O 1N8RO 1JJ2M 3CCLN 5JVGL 1S72N 1VQPN 5GAEP 3CXCM 5DM6L 3OW2M 1VQ6N 3I55N 3CF5L 1ILYA 3J7ZO 3CCVN 4WFAL 5HL7L 1YITN 2ZJQL 3CCEN 1NJIO 5MLCQ 3CCJN 1K9MO 5H1SQ 4IOCL 3CCUN 5GAHP 3CCMN 1M1KO 3CPWM 1VQON 1KC8O 1VQKN 3CMAN 4WF9L 1VQ9N 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPEA 3F9MA 1TYQA 3SV4A 2BH1A 4B8AB 2G8WA 3JS6A 2X6NA 3U3GA 4C1NK 2UXDK 1D4XA 4J2BA 1VSHA 5GAGP 3TPQA 2G8UA 2XRIA 3QINA 1VSEA 3NGYA 4GMJB 3PO5A 3CCQN 4CERA 3ZCMA 3O1BA 4M3XA 4KHWA 4J2EA 3VEZA 2CGKA 1TK0A 3VQDA 2HMIA 1N6QA 3RR7A 4CHPA 1EWRA 4JAXA 4CI6A 3TSPA 4IO8A 3C7NB 1BOTO 2KTQA 3HJFA 1S3XA 2E2OA 4JKEA 1G15A 4JHDB 4H5TA 1MU2A 2ITGA 2WONA 3RMCA 1IG8A 1HMVA 3RR8A 2E4LA 1W97L 3RTVA 3V1RA 2FXUA 5B8HA 4M7XA 4N76A 1U45A 3R9PA 1G99A 3CFRA 3O4QA 2IC3A 4FJ5A 3WNEA 4RW9A 1F21A 2IIRA 1X9MA 3H45C 2P9PB 2KFZA 4BE1A 4CJQA 4LF4K 4R79A 3QIPA 3LP2A 1NJXA 5CYMA 2PY5A 5FPDA 1L3VA 1JKHA 3WNGA 3ZT1A 3SPYA 4FJXA 5C24A 3V1OA 4OPKA 1EETA 4L8RB 3P31A 4DV7K 3VENA 3J7AP 1ZC6A 3MEDA 4B9LA 1T6DA 4FWQA 2VGNA 4AHRA 4DU1A 3CJ9A 3K5OA 4CZHA 4GV9A 1QHTA 5AZIB 2IS3A 4KRFA 5MLCQ 4JK7A 3EE9A 4ILHA 4Z4CA 1YUWA 5GAHP 4KHSA 1B9DA 4CIGA 3HSCA 1X3MA 4FWMA 3D45A 1N5YA 1E4GT 4JKFA 4CJUA 2PFUA 1BU6O 3TTDA 1XQSC 2D1KA 1KFSA 4CBWA 1SV5A 2Q0RA 1RT7A 5CZ2A 4JHDA 3FZHA 2YJFA 1H1VA 5BRHA 4FLTA 2VWJA 2Q2RA 1U04A 4FWPA 4FLWA 4CJKA 4JKCA 3SI6A 4OX9K 1TUYA 4CZIA 1YI2N 4H0XB 1YJ9N 3S3MA 1ZBFA 3MN5A 4C1NI 1C0TA 1KLNA 3DLGA 1IKWA 4JI8K 1ATSA 1S9GA 2QKKA 3VESA 3ZSWA 1KQSM 1BI4A 4Y1CA 2BTFA 3MECA 4DFJA 3RMDA 1VSFA 4JRPA 3VGKA 1TVRA 1E3MA 5HRNA 2YKNA 4IJAA 1RFQA 5KQ8A 1KD1O 4E7KA 1W9HA 1NK4A 1ASUA 3VQPA 4BWJA 3G10A 1SL0A 2YI1A 5I9EB 2HSTA 3QETA 4RG8A 2NRXA 4GW6A 3EYZA 1RBTA 2AP1A 1FKPA 1K8KA 1RT6A 4BRHA 3P1GA 4BWMA 3CC2N 1IKVA 1QZ5A 4KPYA 3MWTA 5JS2A 1ZBIA 4AHCA 3EL2A 1JJ2M 1NK5A 3HK2A 4FK2A 1KAYA 1BA0A 1C0MA 2J4RA 4K8XA 5DK5A 3AVBA 1A5WA 1NGFA 5AZJB 3GOIA 3R8EA 3SUQA 3THXA 4CEQA 1DT9A 1Z05A 3HTVA 4MDBA 1RNHA 5KPZA 1CXUA 1IBLK 1RBVA 4DKWA 3M8QA 1C6VA 3O9RA 1DKGD 1KTQA 5HBMA 2E88A 1XWLA 4PHTX 5AQYA 2OPSA 4JI1K 2A1SA 4F2RA 2JWLA 4IOCL 2QWMA 4JI3K 1T6CA 2KQ2A 1BCMA 2BDPA 3ZSVA 4E89A 1NGIA 1XHXA 4LSNA 1JLCA 3VGLA 3A5MC 2KFNA 4ISEA 3SBTA 2O4GA 4I7FA 5AQJA 2B4JA 2W41A 1D9DA 1JLBA 3SAGA 1WLJA 3AGRA 4BVPA 1YIJN 2EWSA 4AM6A 1HQEA 1KCFA 4RW8A 4M3UA 2PBDA 3ZSRA 3O9TA 5M1OA 4DQQA 2E2PA 2VQFK 5AQKA 1TK8A 1S5JA 5FLXO 3PIPL 3ULDA 1NKCA 3ENOA 1HNWK 3SLCA 1SKRA 4G9ZA 4CK2A 5LJWA 4CJPA 2Q97A 4WQ5C 3OA9A 1B92A 3QBXA 2JLEA 4BRQA 2P9NA 4BACA 4LFCK 1LOTB 4BRKA 1XHZA 2ZD1A 5D3GA 1VQNN 5AQQA 1XMQK 2QWOA 2F9TA 3D2EA 3VOVA 2ZJRL 4AM7A 2X74A 4JK9A 4JNEA 2I5JA 1U6ZA 3QDKA 3FR0A 3KTQA 1MWKA 3VQBA 4BR4A 2IAJA 3T19A 2V7YA 5BPLA 4BG8A 4DHYA 2HHWA 4DG1A 4CGGA 2P5GA 3QEVA 4QOZB 4DLGA 2OCEA 2P9UB 3IUCA 2QXFA 3O6WA 4FJJA 1VQ6N 3UB5A 2O8FA 1RTHA 1GOAA 3J7ZO 3CCVN 1OH8A 4BY9C 4W5NA 1HRHA 2RHKA 1NJZA 2QWQA 3UKUB 3LDQA 4NCGA 3OYFA 4B9TA 3CJCA 2FBXA 1NGCA 2CGJA 4B1YB 4DTSA 3DRRA 4FJLA 3O9SA 3VQ4A 3TI0A 4DUYK 2CGLA 4DTOA 4H5NA 1EXQA 2GWKA 3C65A 3SUOA 2P5OA 3VF6A 4DMNA 4CHOA 1S1TA 4JYAK 3KLFA 3G6EN 1A5VA 5J1EA 4HUFA 2PYJA 1UOCA 4IKFA 1RILA 4KI6A 1LCUA 2G8FA 4BR5A 3C6HA 3KHYA 4CEAA 5BR8K 4KREA 1A5XA 5AZIA 2KW4A 3D7EO 3KK7A 3AAPA 2B6AA 3HM8A 2DTUA 3QESA 1ESVA 2RE2A 3G0ZA 2Z1GA 5I3UA 1YHQN 1SL2A 4DSEA 1W7AA 1SL1A 4AQYK 3CD6N 3THYB 4PL7A 4HUGA 1VQ7N 3THWB 2BANA 1Q9YA 1BQNA 4LC9B 1BWFO 3BUZB 2O8CA 3SAFA 1JCEA 3ID6A 3OYJA 4EAHD 4O0JA 4CIEA 2CH6A 3LM2A 1Z6RA 2YJEA 4FLUA 1HKBA 1VQ4N 1BO5O 1JL2A 4CHQA 4K8ZA 1HKGA 4YY3K 4OGEA 4JD2B 3LP0A 4NLCA 3VQQA 4JS4A 4DFMA 1T7PA 4Z4HA 4RW4A 1N8RO 2ASOA 4NCAA 1HNVA 4YOWA 5KQDA 4BDYA 3U6FA 2Q3SA 2E1ZA 3K58A 4HUEA 4JKBA 1L3UA 2HBJA 4CD3A 5FROA 3DRPA 3HT3A 1L3SA 1JLAA 3D2FB 2E2QA 4CJRA 1SAZA 3ENHA 3ITHA 4FWRA 2ITMA 4FJHA 1VHXA 1U2VB 2FF3B 1RT3A 2ETJA 4Z4IA 2HF4A 1DLOA 4FLYA 4DTMA 4BE2A 4BR9A 5IWAK 4DQIA 1Q18A 1HYZA 2DFFA 4DTRA 2VG6A 2O8BB 4W5TA 5TKWA 1GLJO 4EZ6A 5BRFA 3SQ1A 2GUIA 3CPWM 3QMLA 1JLQA 4KB0A 3E9LA 3K5LA 4JN4A 3QNOA 1VQKN 4RTFD 3CI5A 3IMXA 3CJAA 5BREA 1K8KB 3CJ7A 4J8FA 3VETA 3ASMA 3PLAA 1S1WA 5C2DA 3A5LC 4CEEA 5AQSA 2WBNA 1UAXA 3ZT3A 4FM2A 1VSIA 4C8MA 3LZIA 1K73O 1QQCA 2NLXA 4CZEA 5HRPA 4JS5A 4M42A 1NKBA 4XIUA 4DWIA 3A5NC 1LAWA 3MEEA 3WNFA 2NRHA 5HLFA 4JI6K 3RVCA 4CGJA 3D2FA 3IKMA 3CFOA 1QHAA 2IVOA 4ELVA 2VYPA 4CBUA 5DM7L 4A5BA 3S3OA 2G8VA 4ISGA 1QZ6A 2OTLN 5T7BA 1OH5A 4DTUA 4OJRA 1RDCA 2UUAK 4DTJA 1NBWA 1RT5A 4DR7K 3QNNA 1KAZA 4YNQA 1RTDA 3KZBA 4FPBA 3L8BA 4WQ4A 3BZCA 4CZGA 3DJCA 1TKTA 4QCLA 3JYTA 4ELTA 5J2QA 1BIUA 2Z1JA 3CXCM 1BISA 3CHWA 4A5AA 4CF0A 4N47A 3AO3A 4G1QA 2FC0A 2YNHA 2FSJA 4OKKA 4GV3A 2B5JA 5AQFA 4CIFA 2QXLA 2NRRA 4BC4A 2YHBA 4GVEA 4M3YA 1XC9A 1WB9A 3CCJN 5GIPA 3OS1A 1FXXA 3TU5A 4KHQA 4J2DA 5EX5A 2UXCK 1KC8O 4O5BA 3TWHA 1VQ9N 1ZYQA 2DPNA 5CR4A 1WNSA 3IFRA 4QS8A 3IDHA 3OY9A 3M3ZA 1CLQA 5F2RA 3SBGA 3K0SA 4F3TA 4DSIA 5F1XA 1C0UA 3HYFA 3KKRA 3ZSQA 1WBDA 1BL3A 4H5WA 1D9FA 2O4IA 3TAPA 3SNNA 4Z4FA 1CXQA 3HO1A 3T3FA 1HJRA 5CZ1A 2YHAA 3LWLA 2O8FB 3A0IX 2ZQBA 1QTMA 5M1KA 3FZFA 4WFBL 3NBPA 1X1PA 3GG4A 4B1UB 4W5RA 4E7IA 1VQLN 2XY6A 3WEEB 4BR7A 3O08A 3T1HK 4DR3K 3KK2A 3OBWA 1Q82O 1RDBA 3BP8A 2KKZA 3LWMA 2YV0X 4DSLA 3A8YA 3OVNA 3PX4A 4KAZA 4BQZA 4H0PA 4BRMA 3LPTA 5C10A 2GWJA 3VTHA 1D5AA 2P9LB 3ZX3A 3J7YP 3DAWA 4K41A 1S72N 1MA9B 3H1VX 4OO1J 4I2PA 3AVLA 1J5OA 4LH4A 2D4WA 4FJMA 4UQGA 2XY7A 3ZLJA 4M3ZA 4BRGA 1VAZA 2NNWA 5SZTA 4LH5A 2HHTA 1XI1A 4GVMA 3DLRA 4DS4A 1WSGA 3DXMB 3A5OC 1RT1A 2D0OA 2OANA 2HNDA 1TL1A 2HB5A 3HVRA 4PY5A 1U47A 4JI4K 3OTOK 2O8EA 3CYMA 4A2AA 4V19S 1VSMA 4F2SA 5C25A 3BY5A 3U3YA 4BDPA 3AVHA 2FSNA 1W0HA 3LDPA 4GY2B 4E7HA 2A40A 4C8NA 2JWKA 3NF7A 3CG7A 1SZ2A 3L3UA 4CCHA 4A61A 4CFBA 4E19A 2O8EB 3T69A 1NGJA 3QEWA 3H3NO 4CZFA 4E0DA 2O8CB 1FW6A 3MX5A 2Q1NA 3DYAA 4ISFA 2D5RA 2GV9A 1Y97A 4BC5A 3A2FA 3C6AA 4K43A 2HVIA 5C12A 4KHPK 1TV6A 3AVKA 3DLLL 1HPZA 1ZXOA 4IFVA 2FSKA 4IOXA 4A2BA 3OYDA 4KFBA 1HNZK 1N36K 1YTAA 4HTLA 4IFYA 3VN5A 2YHXA 1BGXT 5AZJA 3D0PA 2DFEA 4IOAL 3CM6A 1VQMN 5FRNA 4FW1A 3I0SA 4NYFA 1P90A 3VQ7A 4Y0WA 1O13A 1SUQA 2Q36A 3P39A 2P9KA 3VQ9A 5JMVA 1J53A 1NLVA 4FJGA 2D0PA 5I42A 4DQ8A 3HSTB 4BR2A 3VEYA 1WUAA 4CFDA 4FSVA 1NKEA 4EHTA 3THVA 3AGKA 5EXWA 2Y1JA 4O8KA 4H8KA 3CF5L 1BI4B 1KAXA 2NUBA 3BZKA 1GLFO 4FZXC 4H4MA 2QWPA 3ZX2A 4B8CA 4LF8K 4DQSA 5KGWA 4Z0UA 1JL1A 1KFDA 4H5VA 1SQKA 1NK6A 1ZBUA 3GDQA 4DR5K 1NU0A 5ELZA 2P9UA 4FLVA 4B9NA 1LW0A 3WQTA 4FJ8A 3VEWA 1FK9A 3SUNA 3F2KA 4IG0A 3P4IA 4FWLA 4ZTJA 5AQUA 5CE3A 1WSJA 4HWIA 3CMAN 4FWSA 1TKXA 2NRTA 5BPMA 1I39A 3SPZA 3OHRA 1GLAG 3ZX0A 2P9SA 4CESA 1KRPA 1RTJA 3O4NA 4F3OA 1QE1A 4O5FA 4H0YB 1NGBA 3NH0A 5TKYA 3AVMA 3UKRA 4OVLA 4EFHA 4CF2A 1K8AO 3N4QA 4A57A 4B08A 5BR9A 1X3NA 1MDUB 2YX6A 3AO5A 2E6MA 2RN2A 4CF9A 1QSSA 4FL9A 3LAKA 3G4SN 3TAEA 3VQEA 2UU9K 5BRDA 2UXBK 1C0FA 3NVKA 3O9UA 2E1YA 4YHHK 1GOCA 1L5UA 3EO3A 4AHVA 3MEGA 3LZJA 3FLCO 2W40A 2V52B 4PKIA 3B6PA 3VEXA 3QB0A 3E1YA 5HRRA 3I33A 3KLEA 3TTCA 4KHUA 5AQZA 1HQUA 3TTFA 2GEMA 1X9SA 1HR0K 1WSHA 4HHTA 1JLEA 5EU7A 3AVFA 3CJ1A 3ZETA 3FE1A 3KD5E 4A59A 1RBUA 2WUSA 3LPUA 4KTZA 3OYGA 4B1WB 3ULEA 4YOTA 3E9PA 5AQLA 3BF3A 1RBRA 3W3DA 3ZT2A 1QSYA 3JAMO 2Z1HA 5GAEP 4BGBA 4FCYA 3CETA 4LSLA 3T1YK 2OZMA 3HM9A 4PKGA 4BRPA 2QWRA 1IKYA 2WFBA 2E2NA 1KSPA 2A41A 4F8RA 4FM1A 4GKKK 5KI6A 4BQLA 5AQVA 3AVNA 3IG1A 2AJQA 4E3SA 5J2NA 1DEJA 3WXMB 3QEPA 5ADXH 4LFAK 2A3ZA 3MN7A 4W5OA 2P9LA 5HP1A 5LMNK 4U7BA 1RDDA 2F7TA 2YNFA 4ZTFA 1YTUA 1RT4A 3EEQA 3ZSYA 3V9UA 5AQHA 4DR1K 1VSJA 5F0XA 2HBMA 3OS2A 3OYHA 4C8OA 3VA3A 3C0BA 3LL3A 4JV5K 4PQUA 4LY7A 1LV5A 4ICLA 4LF6K 4YORA 2BUPA 2VCPA 5M1QA 4O0IA 2E5LK 4B9VA 3PIOL 2OYQA 5LMUK 3WEEA 2QW9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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