1K73O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k73O00
5HL7L 5H1SQ 3G6EN 2ZJPL 1Q86O 5MLCQ 3I55N 5GAEP 1S72N 1YIJN 1N8RO 1VQ5N 1W2BM 3OW2M 1VQNN 1YJNN 2QA4N 1VQ7N 1VQ4N 1VQ6N 3CF5L 4U67L 3DLLL 2ZJQL 3CMEN 1QVGM 5GAHP 1QVFM 4IO9L 1VQLN 1K73O 3CC7N 3CC4N 1Q81O 3I56N 4WFNL 5DM6L 1KQSM 3CCVN 3G71N 5JVHL 5GAGP 1Q82O 4WFAL 1M1KO 1YITN 3CCQN 5DM7L 1NJIO 1YJWN 3PIOL 1Q7YO 1K8AO 2ZJRL 3CCUN 1YJ9N 1KD1O 3CCJN 3CCEN 3CC2N 2QEXN 1ILYA 1VQ9N 2OTLN 1YHQN 5JVGL 3CCMN 1VQMN 1JJ2M 3CMAN 5GADP 4WFBL 4WCEL 1M90O 3CD6N 3CPWM 1VQ8N 1KC8O 3CXCM 1K9MO 4IOCL 1OVYA 1VQON 4WF9L 3J7ZO 3G4SN 2OTJN 1VQPN 1VQKN 3PIPL 1YI2N 3CCLN 4UY8O 3CCRN 4IOAL 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVLA 1S1XA 3AA3A 4JEPA 4BROA 4B9MA 3TAQA 3SMPA 5AQXA 3CYMA 2G8IA 3VF2A 4F8RA 1YIJN 4DTJA 3TU5A 5HBMA 4CK1A 4BVOA 3DJCA 2NLXA 4FJNA 3AO1A 1YVUA 4DCHA 4DMNA 4M3ZA 4FZZA 4LF5K 3LDLA 3EKSA 3NGYA 4GVMA 4MFBA 3DLGA 3O9SA 3D0PA 1VSMA 1NK0A 1ZXOA 4E7LA 3DXMB 5M1NA 5GAHP 3FR0A 4DTPA 4A62A 2VWBA 1HLUA 3MN5A 2HBKA 3VQ8A 3CC7N 3BZCA 3K59A 1KQSM 3TPQA 1KFDA 4BGBA 1HJOA 4IG0A 1IG8A 1VSDA 3D6RA 3ZSYA 4BRKA 2WONA 3VQ6A 4IDKA 3HBTA 2ZQBA 1BA1A 1DTQA 4R79A 4OPAA 3SLCA 1L3SA 1CLQA 5CR4A 3K5LA 5AFUA 1QS4A 2QWRA 3QDKA 2Y1JA 5A2QO 2HHQA 3DLBA 3BUZB 2YHYA 3N4PA 5GINA 2QM1A 3HOTA 3THXA 1VQ9N 5AQGA 4KHNA 3AVJA 3RMBA 5KRSA 4FWRA 3KIOA 3FFIA 3HI0A 3MEEA 3EEQA 2E2NA 3ZT0A 3RSEB 5KQ8A 3AGKA 4E19A 4N76A 4FWQA 4PL8A 1J54A 5JLHA 4PA1A 2X78A 1NMDA 3K5OA 4FLTA 4KO0A 3CCSN 2E4LA 1Q9YA 5M1PA 3B8AX 4ID5A 4NCGA 1X9MA 2IAJA 2IVPA 3DRPA 4R5PA 4I6MA 5CHIA 3OTOK 1ZBHA 5AZIB 5BRDA 3VEXA 4CD1A 2O8BB 4DV3K 3CERA 2X6NA 4M3TA 4LF7K 4Z94A 3HT3A 4EP4A 4DFKA 2NRRA 1CXQA 4ISFA 3PO4A 4FJ7A 1HNIA 3SUQA 1OKJA 2ZJQL 3O4QA 3WXLA 4CZMA 4H5TA 4AHUA 1KVCA 4ISGA 3RMDA 4FW1A 4OPKA 4YORA 4FPBA 1YT3A 3HL8A 4PKIA 1K73O 1YVNA 4FO0A 3L2QA 4MO4A 1J5EK 4DTMA 1W9HA 1HYVA 4FW2A 4RW6A 4PWDA 1Y97A 1NK9A 4CEFA 3IKMA 1KLNA 3FZLA 3SQ0A 5GAGP 2JWLA 2HNZA 3ZSWA 2RHKA 5ELZA 1XHXA 3VTIA 1YJWN 2A40A 3LP0A 3CIPA 2ZJRL 5FLXO 4IWVA 2BTFA 1ZBUA 3U3YA 3P1GA 1U2VA 2FSJA 3FGUA 4JV5K 3TTFA 4HWIA 2YNHA 5FRMA 4FWOA 4C1NI 4LFBK 2KZMA 4BRCA 5AQFA 4DQSA 2QW9A 5J2NA 1ILYA 2Q0RA 2E2QA 3AVMA 1SZ2A 1XUPO 3SV3A 3CQXA 2VG7A 2FXUA 3AAPA 4CHYA 3LPTA 2KZZA 4M45A 3OYKA 2F9TA 3KHYA 1W97L 4H8KA 3P31A 1VQ8N 3IDHA 4ILJA 4J2BA 3RMCA 1IBLK 4YNQA 4FJHA 2NRTA 4I2PA 3J7ZO 3G4SN 3H45C 4JHDA 3K9KA 3ZSQA 3SUOA 1JCGA 1JKHA 4JNEA 5AQTA 3WNHA 1IH7A 3E9LA 3I8DA 3WNEA 3CM5A 3KLGA 1U49A 1C0GA 2OZSA 4JRQA 3ASMA 1ESVA 3C6UA 1VQNN 4X66K 2QI2A 2XY8A 3HPHA 4ISEA 4B9TA 4FL9A 5AR0A 1JLEA 4DR5K 4U67L 4B1WB 2OZMA 2WOMA 4ZHRA 2YHBA 3HK2A 1TUYA 3OYLA 2HHWA 3HXMA 2DFEA 2HHHK 3C6TA 5ADXA 2BDPA 1WN7A 1C0UA 2G8HA 5JVHL 3U3GA 4RW9A 2UXDK 2E6LA 4DV0K 1NK4A 4B1VA 2VG5A 3OYEA 2VWKA 2UYTA 4CJQA 5LL6Z 2BGGA 4KKOA 4E7IA 1U04A 3T69A 3CCUN 4BQLA 3MWPA 2E88A 2P9NA 2GWKA 1ZBSA 1HYZA 2QWLA 5EU7A 3ZEUA 2HHXA 2FSKA 4H0OA 1YHQN 3R6MA 5J2PA 3OYDA 4IJNA 4OPHA 5AQSA 4CEDA 1TKDA 1N36K 2RN2A 5GADP 4BREA 4F9OA 1HKBA 4RW8A 4B1YB 1RDBA 4M63C 2HHVA 2GX9A 3GDQA 4KHUA 2WFBA 1Q9XA 1T3VA 4B9VA 4LSNA 4YOYA 3UE5A 2QK9A 2DFHA 3MAQA 2QKKA 2W42A 4CZLA 1NGEA 2UU9K 1BIUA 4BRDA 5LY3A 2OTJN 1BI4A 4CBUA 4W5TA 4YDUA 4O5FA 2FLOA 1GLJO 4DKWA 4BRAA 1FJGK 4IOAL 4PUOA 2F8SA 4O55A 2ZJPL 1W0HA 5C15A 5JS2A 3QLHA 4LF6K 4CF1A 4JI2K 4B1ZA 3ENOA 4FJJA 3WNFA 1RBTA 1P90A 2NRHA 4LFAK 3OW2M 4PHTX 1JXBA 5KI6A 4CD3A 2ZF5O 3H3NO 3VQDA 5C12A 1KFSA 4FWSA 3MECA 1FKOA 5DMRA 2VYPA 1HPMA 3DLLL 1MWKA 1BQMA 5FPEA 4WQ5A 2YKMA 1KAYA 5F1XA 4CJWA 4BWMA 1HR0K 3M8QA 3QFUA 2P9SB 4BGAA 1BISA 3O5BA 4CZIA 3VEOA 1RBVA 5BR9A 3SZ2A 4BRQA 1KSPA 1BQNA 4YHHK 2P1JA 3ZX3A 1YUWA 1EWQA 2JWKA 3ZT2A 1RT6A 3KK7A 3W3DA 1HYSA 2NUBA 5AQZA 4O44A 1LAVA 3MK6A 2FBYA 4LH4A 1A5XA 3DLEA 4DR4K 2B4JA 3I0SA 1JL2A 4E3SA 4KPYA 2Z1JA 5BN8A 3KVGA 1YJ9N 4I9LA 3BF1A 3FZMA 3TABA 3CC2N 1CZAN 1JLQA 5I3UA 4OKJA 1GLDG 1SKWA 2QWNA 3DOKA 2WUSA 3NF7A 1DKGD 4M3WA 4YY3K 4JKHA 1NJZA 3ZLJA 2WTUA 2EHGA 3VF6A 2VCPA 2AJQA 3FZKA 3QINA 1S9EA 1XNRK 5CZ2A 4M3UA 3TAGA 1SKRA 3QFPA 3S41A 4CHOA 4DTRA 4A57A 4I2QA 1N34K 3VEZA 3UKRA 1NM1A 3S3NA 3ULDA 1KLMA 4E7JA 3CJCA 3T19A 3PO5A 4B3SK 5HL7L 4LF4K 3G6EN 4B1XB 4BWJA 1VSJA 1JLBA 2WBNA 2FBTA 4JI7K 3J8AA 3I55N 4A61A 2XRIA 3VPZA 2HSTA 3O9RA 4W5NA 3C95A 4H0XB 3AVLA 2YHWA 2FBVA 3TWHA 1WB9A 1QQMA 4B9QA 1RT1A 4CGJA 3T1AA 5HP1A 1BA0A 3E1YA 4DQPA 4FWLA 4CJ4A 4BR0A 3NGIA 1EWRA 4EHUA 1RDDA 5BPNA 2UUCK 4B3TK 3O08A 1JLGA 4KTQA 3HOSA 1XNQK 5DM6L 4DLGA 1TK8A 2D1KA 3EO3A 2BANA 4CZFA 2QTDA 2G8KA 4DF4A 5AQKA 4DTUA 1X9JA 3VQQA 1YITN 3FZFA 3G10A 3TR8A 4O8UA 1HNXK 4DQ8A 5TKYA 2ZM6K 3NDKA 3SCXA 2O8EA 1WSGA 5AQMA 2G8FA 2NRVA 2XY5A 4AQYK 3MN9A 4BRGA 4FSVA 5D3GA 1HX1A 3ZSXA 4CJFA 4CHZA 2P9NB 3CJBA 4X62K 4BQZA 3C0BA 4HHTA 1WBBA 3H46O 1HQUA 3SPZA 3CETA 1ASVA 3F9MA 3PX0A 1WBDA 2HBMA 4EIAA 3C6HA 3NF6A 1LAWA 4Y1CA 1ATRA 3L0QA 5AQHA 1T8EA 4DR2K 3Q7CA 4FJXA 4C8LA 1RDAA 1BL3A 2HNDA 4CJ7A 4PL7A 1OVYA 4BDZA 4GKJK 1NGGA 3M1FA 1YTAA 1KRPA 1TV6A 3FE1A 4GY2B 1J53A 4JYAK 3CCLN 5F2RA 3AVIA 3MEDA 3V9WA 3EKUA 4J2EA 2XHBA 1TL3A 3FLCO 4DV1K 3VQ4A 1E4GT 4V19S 3JYTA 5MLCQ 4CGIA 5BPLA 3K2PA 2BE2A 3AA4A 4LFCK 4HUFA 4E1JA 4A2BA 3L2UA 3C7NA 4FM0A 4B9SA 1L3UA 4FK4A 1S1UA 4CEQA 1HKCA 1U4BA 4GMJB 4CI6A 5E41A 1CZBA 3DLRA 2QWMA 2XO7A 3LAKA 3UKUB 4M3RA 2OYQA 3DYAA 3NBPA 1ZBIA 1WNSA 2YX6A 4DS4A 1NK7A 1E4FT 3O8MA 3J81O 3LM2A 4B1UB 3AVBA 1OH7A 4IG3A 2F96A 4CHNA 5EX5A 3LDSA 1TK0A 4RCHA 4AF1A 4CEEA 3THYB 1GLEG 3SQ2A 5ADXH 1D8YA 3L4QA 4CZHA 4CJKA 1S6QA 1WSFA 2O4GA 2A42A 4FLYA 3EZWA 1BU6O 4EHTA 1XMQK 3M3ZA 1NJYA 1SUQA 3CJ1A 4O0JA 3DM2A 3HZ6A 1HMVA 1NGFA 4W5OA 5FPDA 1NJWA 4BC2A 3KD1E 3SJHA 3P39A 3OS1A 1C6VA 3MWTA 1T05A 4DR1K 1VSEA 1BGXT 4JK9A 4FLVA 3LPUA 5SZTA 2Z1HA 1O1WA 2V7YA 1HUXA 4A5AA 1EX4A 4NYNA 3OYGA 4CGFA 1TL1A 4CFAA 4FLZA 4E7KA 3NE6A 3SMSA 5I9EB 1JXEA 4PKGA 1B92A 4Z4EA 4KHPK 5AQVA 2KW4A 4JKFA 1NG9A 3EZ5A 3BF3A 1R0AA 4KHWA 3WXKA 4FZXC 3IUCA 4CF2A 1N5YA 4N41A 4IOCL 3PX6A 1KAZA 3WQUA 4CERA 1S1TA 1VQPN 1DGKN 1LV5A 5DK5A 1N6QA 2HMIA 4RWTA 3Q7BA 2IS3A 3D7EO 4BRLA 3NH1A 4E89A 4A2AA 1UWBA 1NKEA 3IS9A 3SYZA 4JHDB 4CK3A 4AHTA 3O80A 4WQ4A 3ATUA 2QA4N 4LF9K 5J2QA 3QICA 4RTFD 3KKSA 1VQ7N 3R1XA 3CF5L 4CGHA 4IEEA 4QS8A 3HVRA 2PAVA 3P83D 4GW6A 4H03B 3OYCA 1WLJA 2VQFK 5C24A 1VQLN 3VETA 2GV9A 2Q97A 2Z1GA 3QERA 2B5JA 4FJGA 3B6OA 4N47A 4QOZB 4H0VB 3CFPA 4AHRA 1SL1A 1C1BA 4OJRA 2AA4A 3HTVA 3VENA 1NGJA 4WFAL 2A1RA 1L5UA 2HMPA 4AH9A 4CGDA 3GE1A 2DY4A 4JK7A 1TKZA 3RRGA 3AA5X 3RR7A 1Q7YO 3DAWA 1U45A 1I3AA 3QNNA 3T1HK 1S22A 4DUYK 4JKGA 3MXJA 3QESA 4X64K 3HPOA 3K5NA 2OPSA 3MEGA 1V4SA 3JAMO 4B3OA 2CGJA 3SUPA 2P9IB 4L3QA 3QMLA 2V51B 3CMAN 2ASMA 4FZYA 2O4IA 3VN5A 4CZGA 2ZD1A 4Q5VA 5C2DA 5M1FA 1NMNA 5IT9O 3C94A 4AHVA 3V9SA 4JKAA 1U6ZA 1KCFA 3ENHA 4KI4A 4BR2A 3SBTA 3M5RA 3PUFA 3SAHA 1RBSA 1EXQA 4JLHA 1EKEA 4UY8O 1GLBG 2KTQA 3ZSRA 4LC9B 1Q18A 1TVRA 4Y1DA 2QWQA 4AHCA 4HUEA 1Q86O 3TAPA 4CHPA 1SV5A 4E1MA 2D0PA 3NH0A 2NRWA 4BRPA 2GWJA 3AVHA 3T1YK 2YKNA 2ATQA 3V6DA 3O4WA 5AFUH 1H1VA 1QZ5A 4BC3A 1RT3A 2CH5A 3KZBA 3VQPA 3SNNA 3C7NB 3G0ZA 2UUBK 1BG3A 4EAHD 3J7YP 2P9UB 1DT9A 1U48A 3CI5A 4LY7A 2YNGA 3SV4A 1J5OA 4MO5A 5F0XA 5AQNA 3ZSZA 1Z6RA 3NF9A 4CF9A 1HPZA 4CVNE 4GV9A 2P9PB 1XMOK 3HP9A 1ZC6A 4EZ9A 1BHLA 1JCFA 2HBJA 2E2OA 5C42A 2HBLA 3RVCA 1SQKA 4B08A 3CCQN 4Z4CA 1UA1A 4WE1A 4CFDA 4FJMA 3UKRB 1C0TA 1DEJA 3DI6A 3V9ZA 4YOXA 3LDNA 2P9SA 1NOYA 4K25A 1KTQA 1QQOA 3JXUA 2AP1A 1C0MA 3E9PA 3QBWA 3WXJA 4QAGA 4JI1K 1G99A 3K5MA 3VQCA 1Q8IA 1FXXA 1VRTA 5K14A 1S1WA 2PYJA 4CECA 4KRFA 3HO1A 1KVBA 3HPGA 1Z05A 2F4VK 3QEPA 4C8OA 3TSUA 1ZBLA 2D0OA 3O3HA 2YHXA 1QSSA 2YJFA 5KTQA 3SQ1A 1A5VA 2IDOA 5H1SQ 3HVTA 3EE8A 4BRMA 4CEAA 4FPAA 3KKRA 4C8NA 5KGXA 1T6DA 5GAEP 1S72N 1MDUB 4C8MA 4A59A 3OYNA 5LMUK 2GTDA 3AY9A 5FPMA 3TSPA 3K9JA 4BE2A 5FROA 3D2EB 4JRPA 2ITGA 4JN4A 4B8CA 3QEIA 2E1YA 1BWFO 3S3MA 4F2SA 4OKEA 5LMNK 4XH1A 4KAZA 1X9WA 2NRZA 1WSHA 2G8WA 5AQYA 3P5JA 4W5RA 1Q81O 4C23A 1OH6A 4Z0UA 1HNZK 3MMVA 4RW7A 1GOBA 3CM6A 4LF8K 1QZ6A 1K6YA 2OA8A 3MCPA 2KFZA 3VESA 1M1KO 4FJLA 2HVHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HL7 L;  5H1S Q;  3G6E N;  2ZJP L;  1Q86 O;  5MLC Q;  3I55 N;  5GAE P;  1S72 N;  1YIJ N;  1N8R O;  1VQ5 N;  1W2B M;  3OW2 M;  1VQN N;  1YJN N;  2QA4 N;  1VQ7 N;  1VQ4 N;  1VQ6 N;  3CF5 L;  4U67 L;  3DLL L;  2ZJQ L;  3CME N;  1QVG M;  5GAH P;  1QVF M;  4IO9 L;  1VQL N;  1K73 O;  3CC7 N;  3CC4 N;  1Q81 O;  3I56 N;  4WFN L;  5DM6 L;  1KQS M;  3CCV N;  3G71 N;  5JVH L;  5GAG P;  1Q82 O;  4WFA L;  1M1K O;  1YIT N;  3CCQ N;  5DM7 L;  1NJI O;  1YJW N;  3PIO L;  1Q7Y O;  1K8A O;  2ZJR L;  3CCU N;  1YJ9 N;  1KD1 O;  3CCJ N;  3CCE N;  3CC2 N;  2QEX N;  1ILY A;  1VQ9 N;  2OTL N;  1YHQ N;  5JVG L;  3CCM N;  1VQM N;  1JJ2 M;  3CMA N;  5GAD P;  4WFB L;  4WCE L;  1M90 O;  3CD6 N;  3CPW M;  1VQ8 N;  1KC8 O;  3CXC M;  1K9M O;  4IOC L;  1OVY A;  1VQO N;  4WF9 L;  3J7Z O;  3G4S N;  2OTJ N;  1VQP N;  1VQK N;  3PIP L;  1YI2 N;  3CCL N;  4UY8 O;  3CCR N;  4IOA L;  3CCS N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OVL A;  1S1X A;  3AA3 A;  4JEP A;  4BRO A;  4B9M A;  3TAQ A;  3SMP A;  5AQX A;  3CYM A;  2G8I A;  3VF2 A;  4F8R A;  1YIJ N;  4DTJ A;  3TU5 A;  5HBM A;  4CK1 A;  4BVO A;  3DJC A;  2NLX A;  4FJN A;  3AO1 A;  1YVU A;  4DCH A;  4DMN A;  4M3Z A;  4FZZ A;  4LF5 K;  3LDL A;  3EKS A;  3NGY A;  4GVM A;  4MFB A;  3DLG A;  3O9S A;  3D0P A;  1VSM A;  1NK0 A;  1ZXO A;  4E7L A;  3DXM B;  5M1N A;  5GAH P;  3FR0 A;  4DTP A;  4A62 A;  2VWB A;  1HLU A;  3MN5 A;  2HBK A;  3VQ8 A;  3CC7 N;  3BZC A;  3K59 A;  1KQS M;  3TPQ A;  1KFD A;  4BGB A;  1HJO A;  4IG0 A;  1IG8 A;  1VSD A;  3D6R A;  3ZSY A;  4BRK A;  2WON A;  3VQ6 A;  4IDK A;  3HBT A;  2ZQB A;  1BA1 A;  1DTQ A;  4R79 A;  4OPA A;  3SLC A;  1L3S A;  1CLQ A;  5CR4 A;  3K5L A;  5AFU A;  1QS4 A;  2QWR A;  3QDK A;  2Y1J A;  5A2Q O;  2HHQ A;  3DLB A;  3BUZ B;  2YHY A;  3N4P A;  5GIN A;  2QM1 A;  3HOT A;  3THX A;  1VQ9 N;  5AQG A;  4KHN A;  3AVJ A;  3RMB A;  5KRS A;  4FWR A;  3KIO A;  3FFI A;  3HI0 A;  3MEE A;  3EEQ A;  2E2N A;  3ZT0 A;  3RSE B;  5KQ8 A;  3AGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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