1K73O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k73O00
1K73O 1KQSM 3G6EN 4IO9L 1VQ8N 3DLLL 3G71N 4U67L 1JJ2M 1VQKN 3CMAN 4WF9L 1YJNN 1YJ9N 1KD1O 3CC7N 1VQLN 3CCLN 1K8AO 3G4SN 4WFBL 4WCEL 4WFAL 3CCEN 1VQPN 1VQNN 3CD6N 3CC4N 4UY8O 1Q86O 2ZJRL 3CF5L 3CCMN 3OW2M 1M1KO 2QEXN 5H1SQ 3CCQN 1YIJN 1OVYA 5GAGP 5GAEP 3CXCM 3PIOL 1NJIO 3I55N 5JVGL 1QVGM 2QA4N 3CCJN 1W2BM 1Q7YO 1Q81O 1VQ4N 5JVHL 5DM7L 1VQON 1Q82O 3CC2N 1YHQN 2ZJQL 1YJWN 1VQ7N 1VQ9N 1N8RO 1YI2N 3CMEN 2OTJN 3PIPL 3CCSN 3J7ZO 3CCRN 5HL7L 4IOCL 5GADP 1VQMN 1QVFM 1KC8O 1K9MO 1VQ6N 3CCVN 1VQ5N 3I56N 4IOAL 1ILYA 1M90O 5GAHP 3CPWM 1S72N 5MLCQ 3CCUN 1YITN 5DM6L 4WFNL 2OTLN 2ZJPL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3UA 3SYZA 4FLTA 3D45A 5KPRA 3V9SA 4DF8A 1GLDG 5C12A 4YOXA 2PY5A 3G71N 3LZIA 3AAPA 3THXA 2D0OA 4LF4K 1X9WA 4EHTA 2RF2A 3SCXA 4KH5A 1BU6O 1W0HA 1D4XA 5AQJA 1TV6A 4E89A 5DK5A 3JYTA 1T05A 3WNFA 2BTFA 5AFUA 2OPSA 3GL1A 4B1UB 1GOBA 2A1RA 1KRPA 2D0CA 5BN8A 5AQXA 3MEDA 3MN6A 1JLAA 4DMNA 2Z1JA 3AO3A 4DSIA 3FZFA 4BE0A 1LV5A 3MX5A 4CF0A 3VOVA 2ASMA 4CEDA 4CK2A 4JEPA 1T8EA 1SKSA 2E5LK 4C8OA 4CCHA 4KHQA 4PL7A 3O9SA 3A5LC 1KAYA 1U04A 3I55N 4KHYA 1BI4A 2I7NA 4GKJK 3THYB 3O9UA 3RRHA 2FSNA 3QEIA 3AVFA 4BQZA 3TSPA 3OS2A 2O8BA 1X3MA 3U3YA 4JI3K 3KLFA 3W0LA 4AM7A 3SQ0A 3MN9A 3C6HA 1VQON 1C0GA 3F9MA 4CFBA 3IDHA 4FJ5A 3S3NA 3J7YP 3J7ZO 3O4NA 3CJ1A 5HL7L 4PKGA 2YHYA 1EQYA 4CIEA 5KTQA 3HPGA 4JD2A 3THWA 4IDHA 1NKBA 3H08A 4LF8K 3THXB 4FOEA 3LAKA 3P39A 2BANA 3TTFA 3UKUA 4BVOA 1HQUA 4W5QA 4IXCA 2YHBA 4KTWA 1TKXA 2GV9A 1NJYA 4DV4K 5BREA 1S1UA 1ZYQA 2QWPA 3AGRA 4B1ZA 4I6MA 2D0BA 3VQBA 3OYNA 2BGGA 4H4OA 1B9FA 3SJHA 3O9QA 4DTUA 4JI7K 3TU5A 4DTSA 3CCLN 1RBVA 3OYLA 3SJJA 1ZBSA 4QS8A 4O0JA 2EWSA 4CJPA 4CJVA 1IBLK 4LSNA 4B9TA 3PX0A 4C8NA 1BI4B 3O3GA 3I0RA 2HVHA 1VSDA 2Q2RA 5FLXO 3NGZA 5HRPA 1QHAA 5AQGA 5I3UA 2QM1A 2O8BB 5BR8K 2GEMA 3V9UA 4FLYA 5D3GA 3NFAA 2YCHA 4FZYA 2G8VA 5BRDA 4CFCA 5AQZA 4FJGA 2P5OA 3EZ5A 2E8AA 3TI0A 1TUYA 5FRNA 1RBSA 2ZM6K 4H0XB 3HSTB 2VGMA 1OH8A 3KLEA 3LDSA 5AQFA 4R5PA 1T3VA 4JD2B 3AA4A 3THWB 1WB9A 4JKHA 1QE1A 4E7KA 3VPZA 4Y0WA 1RDUA 1GOAA 4E1JA 3F2KA 3VQAA 2E2OA 3UKUB 3D7EO 3KK1A 3OHRA 1TAQA 2PYJA 2HHXA 1X9JA 1NM1A 3VEVA 5KRSA 3GOIA 4BG9A 4WYBA 2Z1GA 4WQ4C 2JLEA 2OPQA 4NLBA 4C8MA 2P9KA 4H0OA 4I6MB 5FRMA 2HHUA 1NNEA 4I2QA 4WFNL 3IUCA 2UUAK 1N32K 5LY3A 4H5NA 4HWIA 4JKBA 2YNFA 4IO9L 5BRFA 1E3MA 3ASMA 3LDNA 2PAVA 4CF2A 3JAMO 4DV5K 4DR5K 4JLHA 3PLAA 1Z26A 2UUBK 4FLXA 4KHPK 1YJ9N 3MWPA 3ZSQA 1XI1A 4WQ4A 4DKWA 5CHIA 4MLHA 1ZBLA 1QHTA 3UE5A 2IOCA 4M3ZA 4R79A 2Q31A 4ID1A 5AQNA 1MA9B 4JI5K 2IS3A 2F4VK 5F1XA 3PSFA 4CIFA 3AVAA 3EYZA 1EKEA 2YJFA 5E84A 2VYPA 3OYAA 4O0IA 4JK7A 4CVNE 3NH0A 4FLVA 5GAEP 3V9XA 3HT3A 1DEJA 1IKXA 4B08A 1BQMA 4FWOA 4NYFA 3L4QA 1JXEA 1Q18A 3IKMA 4ILJA 2ASOA 1EO1A 4Y1CA 4GY2B 1WBBA 1Y97A 4CGIA 2P9NA 1KFDA 2HOEA 1VRUA 2YHWA 2NRTA 5DMRA 4Z0UA 1YI2N 3QDKA 4A5BA 4NXNK 4KRFA 2P9KB 2XY5A 1RDBA 2DPNA 4PKHA 3H46O 1LOTB 1IKVA 1S22A 3MEEA 1BO5O 3I8BA 3VTIA 3I0SA 1BWFO 5C15A 4BWJA 3O1BA 3QINA 3L8BA 5AZJA 4RW9A 4CK3A 2H3GX 1T7PA 1V4TA 4PY5A 4LSLA 3R8EA 1KXPA 1KAXA 3U9DA 3ZT1A 3RR7A 4NLCA 5BPNA 2YHAA 2NLXA 3TANA 5HROA 2ZJPL 3CJBA 3QNNA 2VG5A 4JS5A 3VERA 3C6AA 1EETA 5F0XA 2FSKA 4F2RA 1IKWA 3ZT2A 1W9HA 4EAHD 4M42A 4DUYK 2LSNA 3ZSYA 2HBLA 3LP3A 1OH6A 3T1HK 2BE2A 3CFPA 2NNWA 3ID6A 4JKFA 2F9TA 1U48A 4DFPA 4FLWA 4F2SA 4KB1A 3VQPA 4DV6K 3DRSA 4E3SA 5AQUA 1LW0A 3H3OB 1FJGK 3CF5L 4DR2K 1S1VA 1WNSA 4FWRA 4W5OA 1YIJN 3G10A 4YNQA 4HHTA 3RR8A 3BZKA 1RDWX 3T7ZA 3AAQA 5JLHA 2WOMA 2P9NB 3EZWA 4C1NI 4ELVA 4B9LA 4GVEA 4CBUA 2FF6A 2G8FA 2AA4A 4CEEA 3CETA 4PUOA 4DQSA 3EKUA 3VEOA 1RGIA 3OBYA 2X78A 4CFAA 5JLFA 2QWOA 3DOLA 2KLAA 1T6CA 1ZBUA 4A5AA 5AZJB 5AJ3K 5KPZA 1RDCA 4KHSA 4NB4A 4DWIA 1BA1A 4AM6A 4CJTA 2IVNA 5M1FA 1VSLA 3VQQA 3V1RA 3U9ZA 3AV9A 4DSLA 2Q3SA 1ESVA 4JI8K 4B9QA 4FWPA 2RHKA 4FWSA 4DR7K 1G15A 3DJCA 4HUGA 1WSIA 2CGJA 1TK5A 2ZWHA 5DM6L 2FXUA 3C6TA 3LM9A 1D9FA 1KQSM 4IO8A 3SV4A 3TAQA 1VQ8N 4HUEA 1NGGA 2F7TA 3TAMA 4CHYA 1NKCA 4N41A 4CJEA 3ZSXA 1NJWA 3W3DA 4KHUA 3AO1A 2ITGA 3CMAN 3ZT0A 1B9DA 3O3FA 5TKWA 1RILA 5AZIA 1KAZA 2OPPA 5I9EB 1LWFA 3CYMA 3VQ5A 4O8KA 4M3XA 3C65A 1NGFA 3MXJA 3KD5E 3A5MC 3HSCA 3SMSA 3O6WA 3G4SN 4OPKA 3SPZA 3HPHA 4WCEL 4K41A 3AO5A 3F5TA 4KREA 3AVKA 3WQTA 4UY8O 4BACA 2HHHK 1QTMA 1TKZA 4X65K 3DLEA 3KVGA 4E7HA 4CERA 3LPTA 1X9SA 4B1XB 4LF6K 5EOYA 3CM5A 5EXWA 2RN2A 4M45A 2GUIA 1ASVA 2QWRA 4B3OA 4M7YA 3TTCA 1TL1A 3LZJA 4ZHRA 1EP4A 4CBWA 2OYQA 1QQOA 3J81O 2XRIA 2FLOA 1DKGD 2NRWA 4C8KA 4CHQA 3WXIA 3D6RA 4CK1A 3PO5A 3CI5A 3VQ7A 4A2BA 4A62A 5ADXA 1HJRA 3O4QA 2AJQA 4BDYA 1BUPA 4LC9B 5AQRA 4Z4CA 4KB0A 4JKAA 4A59A 3LWMA 4BROA 1GLAG 2KHOA 3H6EA 3HJFA 3GDQA 4CEBA 2RKIA 1K8KB 3ZLJA 4AF1A 2P1JA 4IOCL 1NK6A 5I42A 3LAMA 5LMNK 4OX9K 1HR0K 5CZ1A 4JYAK 1D8YA 3FZHA 4DV7K 1O1WA 3CCVN 4Z4HA 4K43A 5AQQA 2VQEK 5HRNA 4KO0A 2RE2A 4DV1K 4RW7A 2BDPA 2D1KA 3NMUA 4CZHA 5AZIB 1HPZA 4KI6A 4OLAA 1A5WA 4OJRA 2A41A 4YHHK 3D0PA 1KVBA 3K5OA 4FO0A 4W5TA 3TR8A 1NGEA 3AVHA 1UOCA 2X6SA 5JICA 3P38A 4DTNA 4NO7A 2GBZA 4PWDA 4PHTX 4HCBA 4CZEA 4N47A 4DTMA 4YOYA 3DRRA 3JSMA 5BRHA 2P9PA 1UA1A 1EWRA 3MXMA 4YOWA 3OYBA 4DR4K 1U45A 1C0FA 3L3UA 3CCEN 4H0VB 3MN7A 1U47A 3RWUA 5E26A 2ZJRL 4H0PA 3GE1A 3CCMN 2BH1A 1NGCA 3LPUA 1HNVA 3AVLA 3KIOA 3ZX0A 5ADXH 3VTHA 4CZKA 1REVA 3T69A 4BRNA 3LP1A 4KKOA 5IT9O 3L2VA 1YXQA 1CZBA 5AQVA 3OS1A 5JS1A 5CR4A 4KTQA 4FLUA 1WSHA 3HM9A 4RW4A 1RT2A 4KBOA 5C24A 2HHQA 1QQMA 3K5MA 4X66K 1Y64A 2V7ZA 3ZX2A 5JVHL 3V9WA 3FGUA 3QB0A 3U6FA 4FJJA 4BE1A 4K25A 5CY4A 2XY8A 4FJIA 4OPAA 4RTFD 3NE6A 2DFFA 4MO4A 2E6LA 4FYDA 1RTIA 3WXLA 1QQNA 3OJSA 1RDDA 3ZYYX 4M3WA 2HSTA 4CJFA 3CIPA 1EX4A 1HNXK 2PYLA 2QTDA 4B9MA 4B1VA 4FM0A 4BRDA 1T03A 3CCRN 1YVNA 4DCHA 1RFQA 4FJNA 2NRXA 2WC9A 5FPMA 1N36K 2ZD1A 2P9IA 2KFNA 3TAFA 1NK4A 3K5NA 2P9SA 1JLBA 1RT6A 1BOTO 1HMVA 1DTTA 2UXDK 4H5VA 2PFUA 3OYEA 1ILYA 3TAPA 4AHTA 5M1KA 4FJ8A 3NF8A 3RMDA 1YITN 2OTLN 1NGBA 3P5JA 4OKKA 2O4IA 4E1NA 4F9OA 4M3TA 4M3RA 3HK2A 2P9PB 3WNGA 3TWHA 3UKRA 4CJSA 4B9SA 2WFBA 3KZBA 3MXIA 1CLQA 3RVCA 2NRHA 3GG4A 3U8XA 1HYZA 2ZF5O 1C6VA 1YJNN 4H0YB 3AVGA 4DSJA 4RCHA 4B3RK 3A5NC 3KWGA 4BRFA 3SMPA 1NGHA 1K8AO 2VWJA 1NOYA 3VQDA 1WUAA 4B1YB 1JCGA 2QXLA 4O4GA 4Y1DA 4MQ3A 1O13A 2YHXA 3BY5A 1HJOA 3O8MA 1J53A 3OW2M 1M1KO 2HHVA 3PUFA 1WSGA 2A6AA 5F2RA 3UIQA 5FPNA 1QS4A 1ATSA 1RTHA 3OS0A 3PX4A 1JXBA 1RTJA 1S1WA 1VSKA 1NLVA 3M5RA 2QWNA 1WAJA 1T44A 1HUXA 4BC3A 4E19A 4CW7B 4YDUC 3DRPA 4J8FA 3L3VA 3R9PA 3L2QA 4O55A 2IAJA 2Q1NA 3ULDA 3AA5X 1HQEA 2G8IA 4KH6A 2VWBA 3NF7A 1C1BA 2P9IB 2P9SB 3EE9A 4K8ZA 4RG8A 4B9UA 3FZLA 3TABA 1TAUA 3OYHA 1FKOA 5FPDA 1RT3A 4YDUA 4AH9A 4LH5A 5GADP 1OH5A 1ASUA 3SBTA 2Q0RA 2YV0X 4BGAA 3ISNC 1HYSA 1GLLO 4JHDA 3VA0A 1TYQA 3UKRB 2GTDA 2CGKA 3O9RA 2WONA 4B1WB 4DUZK 3NHGA 3FZMA 1BIUA 4YORA 1RT1A 2P9LA 2XHBA 3T19A 2A5XA 4BE2A 1K73O 5CYQA 4FM1A 3LL3A 1DGKN 3B6PA 3SUNA 4IZ9A 1XMOK 3OYIA 4A57A 3M8PA 3HBTA 3ZETA 1BG3A 2DFHA 3S3OA 1YF5L 4CJLA 2OANA 1S1TA 4GV6A 4X62K 4BR4A 2QXFA 3TSQA 4O5FA 4CF1A 2GELA 4IBNA 5M1QA 3ZT3A 4ISGA 3KKRA 4K8XA 4FK2A 1DTQA 4CD3A 2X74A 1MU2A 1SAZA 3DLGA 3VENA 1WSFA 4LFBK 3V6DA 3M8RA 4PKIA 3T1YK 4DG1A 5AQMA 4DQQA 3TAEA 4H8KA 4AILC 3DLHA 2F8SA 3CXCM 1WN7A 3NF9A 3RRGA 4CD1A 4NCBA 2QA4N 4IFVA 4B9VA 1W2BM 3N4PA 3SK3A 1JL1A 1S9GA 3O5BA 1U4BA 1WBDA 4PA1A 4AHVA 4G9ZA 2KW4A 4BRMA 4CJWA 1RT5A 4FJ7A 3VEXA 2ZJQL 1JLCA 4C23A 1Q9XA 4AHCA 4JHDB 1TYQB 5FPEA 1TK0A 3SNNA 3B8AX 2FBXA 4RW6A 4I9LA 2P9LB 2JWLA 1CZ9A 3WXMB 4FW1A 3NGIA 3HPOA 1F21A 3AVJA 3SAFA 3V1OA 4KH4A 3ZX3A 2HBJA 3ITHA 4Q5VA 1XC9A 4FLZA 3MCPA 1IV0A 3I56N 4DSKA 2QWLA 1LAVA 3ZETB 4EHUA 4U7BA 1LCUA 3CPWM 5BR9A 3OBWA 2KZZA 3KD1E 3TPQA 4NYNA 1VRTA 1U49A 1NWKA 4LFCK 4BRQA 3CQXA 3CJ7A 1R59O 2JGUA 3EN9A 3VF6A 1UA0A 2XO7A 2UUCK 4V19S 1KTQA 1BA0A 5A2QO 4B3MK 4DU4A 3RTVA 4MO5A 2UXBK 3P4IA 4WF9L 4FZZA 1RNHA 2VWKA 3CC7N 3CERA 3SZ2A 3WXJA 3KLHA 4BRHA 4FJMA 3PSIA 2YNHA 5AQKA 4BRLA 2OZSA 4E0DA 1E4FT 4O5BA 1VQPN 3CC4N 2P9UA 3QBXA 3OYDA 4L3QA 5TKYA 3PX6A 3KLIA 1JLGA 2I7PA 3R3LA 4RWTA 1HX1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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