1K8AM

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 31
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1k8aM02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1k8aM01
1N8RM 1VQ5L 3G4SL 3CCQL 1VQOL 1Q82P 1KC8P 1VQ7L 3CC2L 1YJNO 1VQKL 3CC7L 1VQ9O 1YHQO 1YIJO 1M90P 3CCJL 2OTLL 1VQNO 3CCRO 1Q81P 2QEXO 2QA4O 1VQ4O 3I56L 2OTJL 1YI2L 3CCSL 1K9MP 3OW2N 3OW2K 3CD6L 1VQMO 1JJ2K 1VQLO 3G71L 1M1KP 1Q7YP 1YJ9O 3I55L 3CC4O 1K73M 1VQ8L 1S72O 1N8RP 1W2BK 3CCUL 1YJWO 1VQ6L 3CMAL 1NJIP 3CCVL 3CMEO 1Q82M 1JJ2N 1YITO 1KC8M 3CCMO 3CCEO 1YJNL 3G6EO 1VQPO 1M90M 3CCLO 1VQ9L 1YHQL 1YIJL 1VQNL 1Q81M 1Q86M 1KD1M 3CCRL 3CPWK 2QEXL 2QA4L 1K9MM 1VQ4L 1VQ5O 3G4SO 3CCQO 1VQOO 1VQ7O 3CC2O 1QVGN 1VQML 1W2BN 1QVGK 1VQLL 1VQKO 1KQSN 1KQSK 3CC7O 1M1KM 1Q7YM 3CXCK 3CCJO 2OTLO 1K8AM 1YJ9L 3CC4L 3I56O 2OTJO 1YI2O 3CCSO 3CD6O 1S72L 3G71O 1YJWL 3CPWN 3I55O 1NJIM 1Q86P 1K73P 1KD1P 3CMEL 1YITL 1VQ8O 3CCML 3CCEL 3CXCN 3G6EL 1VQPL 3CCUO 3CCLL 1QVFN 1QVFK 1VQ6O 3CMAO 3CCVO 1K8AP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N8RM 1VQ5L 3G4SL 3CCQL 1VQOL 1Q82P 1KC8P 1VQ7L 3CC2L 1YJNO 1VQKL 3CC7L 1VQ9O 1YHQO 1YIJO 1M90P 3CCJL 2OTLL 1VQNO 3CCRO 1Q81P 2QEXO 2QA4O 1VQ4O 3I56L 2OTJL 1YI2L 4W8KA 3CCSL 3OW2N 3OW2K 1K9MP 3CD6L 1VQMO 3GODA 1JJ2K 1VQLO 3G71L 1M1KP 1Q7YP 1YJ9O 3I55L 3CC4O 1K73M 4QDLA 1VQ8L 1S72O 1N8RP 5DQZA 1W2BK 3CCUL 1YJWO 4P6IC 5DS5A 5FCLA 1VQ6L 3CMAL 1NJIP 3CCVL 4XTKA 3CMEO 1Q82M 1JJ2N 1YITO 1KC8M 3CCMO 1YJNL 3CCEO 3G6EO 1VQPO 1M90M 3CCLO 1VQ9L 1YHQL 1YIJL 5DS4A 1VQNL 1Q81M 1Q86M 1KD1M 3CCRL 3CPWK 2QEXL 4WJ0A 2QA4L 1K9MM 1VQ4L 1VQ5O 3G4SO 3CCQO 1VQOO 1VQ7O 3CC2O 1QVGN 1VQML 1W2BN 5DQTA 1QVGK 1VQLL 1KQSN 1KQSK 1VQKO 3CC7O 1M1KM 1Q7YM 3CXCK 3CCJO 2OTLO 1K8AM 1YJ9L 3CC4L 5DS6A 3I56O 2OTJO 1YI2O 3CCSO 3CD6O 1S72L 3G71O 1YJWL 3CPWN 3I55O 1NJIM 4N06A 1Q86P 1K73P 1KD1P 3CMEL 1YITL 1VQ8O 3NKDA 5DLJA 3CCML 3CCEL 3CXCN 3G6EL 1VQPL 3CCUO 3CCLL 1QVFN 1QVFK 1VQ6O 3CMAO 3CCVO 2YZSA 1K8AP
chains in the Genus database with same CATH topology
1N8RM 1VQ5L 3G4SL 3CCQL 1VQOL 1Q82P 1KC8P 1VQ7L 3CC2L 1YJNO 1VQKL 3CC7L 1VQ9O 1YHQO 1YIJO 1M90P 3CCJL 2OTLL 1VQNO 3CCRO 1Q81P 2QEXO 2QA4O 1VQ4O 3I56L 2OTJL 1YI2L 4W8KA 3CCSL 3OW2N 3OW2K 1K9MP 3CD6L 1VQMO 3GODA 1JJ2K 1VQLO 3G71L 1M1KP 1Q7YP 1YJ9O 3I55L 3CC4O 1K73M 4QDLA 1VQ8L 1S72O 1N8RP 5DQZA 1W2BK 3CCUL 1YJWO 4P6IC 5DS5A 5FCLA 1VQ6L 3CMAL 1NJIP 3CCVL 4XTKA 3CMEO 1Q82M 1JJ2N 1YITO 1KC8M 3CCMO 1YJNL 3CCEO 3G6EO 1VQPO 1M90M 3CCLO 1VQ9L 1YHQL 1YIJL 5DS4A 1VQNL 1Q81M 1Q86M 1KD1M 3CCRL 3CPWK 2QEXL 4WJ0A 2QA4L 1K9MM 1VQ4L 1VQ5O 3G4SO 3CCQO 1VQOO 1VQ7O 3CC2O 1QVGN 1VQML 1W2BN 5DQTA 1QVGK 1VQLL 1KQSN 1KQSK 1VQKO 3CC7O 1M1KM 1Q7YM 3CXCK 3CCJO 2OTLO 1K8AM 1YJ9L 3CC4L 5DS6A 3I56O 2OTJO 1YI2O 3CCSO 3CD6O 1S72L 3G71O 1YJWL 3CPWN 3I55O 1NJIM 4N06A 1Q86P 1K73P 1KD1P 3CMEL 1YITL 1VQ8O 3NKDA 5DLJA 3CCML 3CCEL 3CXCN 3G6EL 1VQPL 3CCUO 3CCLL 1QVFN 1QVFK 1VQ6O 3CMAO 3CCVO 2YZSA 1K8AP
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N8R M;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCQ L;  1VQO L;  1Q82 P;  1KC8 P;  1VQ7 L;  3CC2 L;  1YJN O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQ9 O;  1YHQ O;  1YIJ O;  1M90 P;  3CCJ L;  2OTL L;  1VQN O;  3CCR O;  1Q81 P;  2QEX O;  2QA4 O;  1VQ4 O;  3I56 L;  2OTJ L;  1YI2 L;  3CCS L;  1K9M P;  3OW2 N;  3OW2 K;  3CD6 L;  1VQM O;  1JJ2 K;  1VQL O;  3G71 L;  1M1K P;  1Q7Y P;  1YJ9 O;  3I55 L;  3CC4 O;  1K73 M;  1VQ8 L;  1S72 O;  1N8R P;  1W2B K;  3CCU L;  1YJW O;  1VQ6 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CCV L;  3CME O;  1Q82 M;  1JJ2 N;  1YIT O;  1KC8 M;  3CCM O;  3CCE O;  1YJN L;  3G6E O;  1VQP O;  1M90 M;  3CCL O;  1VQ9 L;  1YHQ L;  1YIJ L;  1VQN L;  1Q81 M;  1Q86 M;  1KD1 M;  3CCR L;  3CPW K;  2QEX L;  2QA4 L;  1K9M M;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  3G4S O;  3CCQ O;  1VQO O;  1VQ7 O;  3CC2 O;  1QVG N;  1VQM L;  1W2B N;  1QVG K;  1VQL L;  1VQK O;  1KQS N;  1KQS K;  3CC7 O;  1M1K M;  1Q7Y M;  3CXC K;  3CCJ O;  2OTL O;  1K8A M;  1YJ9 L;  3CC4 L;  3I56 O;  2OTJ O;  1YI2 O;  3CCS O;  3CD6 O;  1S72 L;  3G71 O;  1YJW L;  3CPW N;  3I55 O;  1NJI M;  1Q86 P;  1K73 P;  1KD1 P;  3CME L;  1YIT L;  1VQ8 O;  3CCM L;  3CCE L;  3CXC N;  3G6E L;  1VQP L;  3CCU O;  3CCL L;  1QVF N;  1QVF K;  1VQ6 O;  3CMA O;  3CCV O;  1K8A P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1N8R M;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCQ L;  1VQO L;  1Q82 P;  1KC8 P;  1VQ7 L;  3CC2 L;  1YJN O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQ9 O;  1YHQ O;  1YIJ O;  1M90 P;  3CCJ L;  2OTL L;  1VQN O;  3CCR O;  1Q81 P;  2QEX O;  2QA4 O;  1VQ4 O;  3I56 L;  2OTJ L;  1YI2 L;  4W8K A;  3CCS L;  3OW2 N;  3OW2 K;  1K9M P;  3CD6 L;  1VQM O;  3GOD A;  1JJ2 K;  1VQL O;  3G71 L;  1M1K P;  1Q7Y P;  1YJ9 O;  3I55 L;  3CC4 O;  1K73 M;  4QDL A;  1VQ8 L;  1S72 O;  1N8R P;  5DQZ A;  1W2B K;  3CCU L;  1YJW O;  4P6I C;  5DS5 A;  5FCL A;  1VQ6 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CCV L;  4XTK A;  3CME O;  1Q82 M;  1JJ2 N;  1YIT O;  1KC8 M;  3CCM O;  1YJN L;  3CCE O;  3G6E O;  1VQP O;  1M90 M;  3CCL O;  1VQ9 L;  1YHQ L;  1YIJ L;  5DS4 A;  1VQN L;  1Q81 M;  1Q86 M;  1KD1 M;  3CCR L;  3CPW K;  2QEX L;  4WJ0 A;  2QA4 L;  1K9M M;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  3G4S O;  3CCQ O;  1VQO O;  1VQ7 O;  3CC2 O;  1QVG N;  1VQM L;  1W2B N;  5DQT A;  1QVG K;  1VQL L;  1KQS N;  1KQS K;  1VQK O;  3CC7 O;  1M1K M;  1Q7Y M;  3CXC K;  3CCJ O;  2OTL O;  1K8A M;  1YJ9 L;  3CC4 L;  5DS6 A;  3I56 O;  2OTJ O;  1YI2 O;  3CCS O;  3CD6 O;  1S72 L;  3G71 O;  1YJW L;  3CPW N;  3I55 O;  1NJI M;  4N06 A;  1Q86 P;  1K73 P;  1KD1 P;  3CME L;  1YIT L;  1VQ8 O;  3NKD A;  5DLJ A;  3CCM L;  3CCE L;  3CXC N;  3G6E L;  1VQP L;  3CCU O;  3CCL L;  1QVF N;  1QVF K;  1VQ6 O;  3CMA O;  3CCV O;  2YZS A;  1K8A P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1N8R M;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCQ L;  1VQO L;  1Q82 P;  1KC8 P;  1VQ7 L;  3CC2 L;  1YJN O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQ9 O;  1YHQ O;  1YIJ O;  1M90 P;  3CCJ L;  2OTL L;  1VQN O;  3CCR O;  1Q81 P;  2QEX O;  2QA4 O;  1VQ4 O;  3I56 L;  2OTJ L;  1YI2 L;  4W8K A;  3CCS L;  3OW2 N;  3OW2 K;  1K9M P;  3CD6 L;  1VQM O;  3GOD A;  1JJ2 K;  1VQL O;  3G71 L;  1M1K P;  1Q7Y P;  1YJ9 O;  3I55 L;  3CC4 O;  1K73 M;  4QDL A;  1VQ8 L;  1S72 O;  1N8R P;  5DQZ A;  1W2B K;  3CCU L;  1YJW O;  4P6I C;  5DS5 A;  5FCL A;  1VQ6 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CCV L;  4XTK A;  3CME O;  1Q82 M;  1JJ2 N;  1YIT O;  1KC8 M;  3CCM O;  1YJN L;  3CCE O;  3G6E O;  1VQP O;  1M90 M;  3CCL O;  1VQ9 L;  1YHQ L;  1YIJ L;  5DS4 A;  1VQN L;  1Q81 M;  1Q86 M;  1KD1 M;  3CCR L;  3CPW K;  2QEX L;  4WJ0 A;  2QA4 L;  1K9M M;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  3G4S O;  3CCQ O;  1VQO O;  1VQ7 O;  3CC2 O;  1QVG N;  1VQM L;  1W2B N;  5DQT A;  1QVG K;  1VQL L;  1KQS N;  1KQS K;  1VQK O;  3CC7 O;  1M1K M;  1Q7Y M;  3CXC K;  3CCJ O;  2OTL O;  1K8A M;  1YJ9 L;  3CC4 L;  5DS6 A;  3I56 O;  2OTJ O;  1YI2 O;  3CCS O;  3CD6 O;  1S72 L;  3G71 O;  1YJW L;  3CPW N;  3I55 O;  1NJI M;  4N06 A;  1Q86 P;  1K73 P;  1KD1 P;  3CME L;  1YIT L;  1VQ8 O;  3NKD A;  5DLJ A;  3CCM L;  3CCE L;  3CXC N;  3G6E L;  1VQP L;  3CCU O;  3CCL L;  1QVF N;  1QVF K;  1VQ6 O;  3CMA O;  3CCV O;  2YZS A;  1K8A P; 
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