1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
3CXCM 3CCVN 3CMEN 1YJNN 3CCQN 4WFAL 1OVYA 1YHQN 2QA4N 4WF9L 3G4SN 1M90O 3J7ZO 3CCJN 1JJ2M 1VQMN 5GAGP 1VQPN 3I55N 4U67L 5HL7L 5DM7L 1K73O 4WCEL 2OTJN 1K9MO 1Q7YO 1VQ6N 1Q86O 1VQNN 1YJ9N 1Q82O 5GAEP 2QEXN 2ZJPL 3CMAN 1VQON 1KD1O 2OTLN 4IOCL 1VQ4N 3CCSN 1N8RO 3OW2M 1VQKN 1YIJN 1QVGM 4WFBL 3DLLL 5H1SQ 3CF5L 1VQ5N 1VQ9N 4IO9L 1VQLN 3CD6N 1Q81O 3PIOL 3CC4N 1QVFM 3CCRN 4WFNL 5MLCQ 3G71N 1VQ7N 5JVHL 1YJWN 3CPWM 3CCUN 1YI2N 1S72N 5GAHP 2ZJQL 3CCLN 1KQSM 1YITN 1M1KO 3PIPL 1VQ8N 4IOAL 1ILYA 3CC2N 3I56N 5DM6L 1NJIO 1KC8O 3CCEN 1W2BM 5JVGL 5GADP 3CC7N 3G6EN 4UY8O 2ZJRL 3CCMN 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTJA 1GLFO 4EFHA 1IG9A 1U49A 1VSEA 3AARA 3O1BA 2YKMA 4B9LA 4BRMA 4AHUA 3VA3A 2ATQA 4RWTA 2RKIA 4BR9A 4YDUA 4H8KA 1HNWK 3NF9A 1Y97A 3VQQA 1VRTA 4DR2K 5HBMA 3UKUA 1NGFA 4B9TA 3M1FA 1C0TA 1J53A 2B4JA 4FJLA 1K8KA 2YI1A 1HNVA 1NKCA 3CYMA 2FF3B 4DV2K 4O0JA 2QEXN 2KFZA 4DSLA 3VETA 4B1UB 4M41A 3O9SA 4W5OA 3VF6A 3SV3A 3OJSA 3W3DA 4KRFA 2NUBA 1VQKN 5F2RA 4ZTFA 3DXKA 3QINA 1BIUA 4H5WA 4C8KA 4K8ZA 4KI4A 1VSJA 1L3VA 1RBVA 3PX4A 4KPYA 4QCLA 2HHXA 5J2MA 1HR0K 3TAEA 1Z6RA 3NF7A 4JLHA 3A0IX 4CEZA 4IBNA 1R59O 4CFDA 3RWUA 3CERA 5GINA 4DSKA 3CCUN 3CIPA 5FPEA 2VQFK 3SNNA 3TAPA 3AO2A 3CJCA 4DMNA 3VENA 4X64K 3V9WA 4LH4A 1I39A 2X78A 3MEDA 4CJUA 4IG0A 3HVRA 3OYCA 4B1XB 4ELTA 3VQ8A 1W9HA 1ZXOA 1ILYA 2OANA 5C24A 1S6QA 1ZBHA 2VWBA 3AGRA 2VYPA 3QFUA 4FJ7A 2VG7A 4ILJA 1Q18A 3V4IA 2GX9A 3HRGA 4DG1A 4DR6K 4JRQA 2D0PA 3KTQA 1S9EA 3C6UA 3ULEB 5E41A 4WQ5C 4IOXA 4RG8A 4MO5A 4BDPA 4MQ3A 2HMPA 1D5AA 3JSMA 4JI6K 1QTMA 3IUCA 3HM9A 4LD0A 2YV0X 3SMSA 3MN6A 4BR0A 1RGIA 5M1QA 3J7ZO 4EP4A 4IDHA 4CJPA 2IVOA 3OVNA 2PFUA 1T03A 5JS2A 3ZT3A 4BRKA 1IKWA 3QNNA 3A5NC 5FLXO 4B1VA 3ZSQA 4KB1A 5KRTA 3D0PA 4WCEL 2A40A 4IWVA 4CVNE 4H0VB 4JKGB 1NLVA 2D0OA 4N76A 2P9UB 3CFOA 1Q7YO 1E4GT 4EP5A 1C0FA 3OYGA 1P90A 3AVNA 3GDQA 4BY9C 3CFRA 2E5LK 2YHBA 1YVNA 1FK9A 4KHPK 4CEAA 4IFEA 3C6HA 1YIJN 3N4PA 2Q97A 5AQZA 4JI8K 3AVAA 4DV0K 3OYLA 1TYQB 5AQIA 4PKHA 1OH7A 3U9DA 3H46O 3R8EA 2E6MA 5M1OA 3RSEB 4RW8A 5C15A 1TGOA 1TUUA 2DPNA 3AO3A 4B9NA 3HK2A 1HYZA 5BPMA 1QSYA 3T69A 3E9OA 3H1VX 3ZETA 1HNXK 4KB0A 1T6CA 3VA0A 4LSLA 4CF8A 3SPYA 4KTQA 4H4MA 1RDCA 3P1GA 5AQNA 1SKWA 3ATVA 3FLCO 3WEEA 4ISEA 4E3SA 3ID6A 4OGCA 1T7PA 5LJWA 4DSJA 5AQYA 3HO1A 3NF8A 4WQ4C 4FOEA 3J7YP 3C7NB 4W5NA 4JKDA 4FM2A 5IWAK 4DCHA 1RTHA 3KK2A 2JLEA 2D0AA 4LFCK 2GEMA 4MLEA 3DOKA 1L3SA 2QK9A 1GOBA 5JVGL 4RW9A 4FJGA 4FL9A 2ASPA 4ISFA 3CM6A 3G6EN 1T6DA 1JLBA 4YOXA 3TSQA 2ZM6K 4Z0UA 4FZZA 2CGKA 3FZKA 2W40A 4FOIA 4Y1DA 3CXCM 1RFQA 3PSFA 2PZSA 3ZLJA 1FW6A 3LPTA 3C6TA 4HTLA 3B8AX 4CEOA 1NU0A 1KLNA 4JV5K 4YY3K 1OH8A 4BWMA 3CI5A 3O9QA 1JJ2M 1NKEA 1RT7A 2E20A 1RBSA 5FPDA 3AO5A 3L2QA 2VG6A 1KSPA 2VCPA 3KWIA 4E7IA 4CHZA 3H45C 4BR4A 3KK7A 3P4IA 4DV6K 2NRWA 1XHXA 4C23A 3LZIA 1KFDA 4IOCL 2WTUA 2GWJA 4HWIA 1E3MA 3OYKA 1IKVA 1BWFO 1MDUB 1TK0A 4WFBL 3DLLL 3U6FA 2EHGA 2OZMA 1IO2A 1L3UA 4OLAA 4W5TA 5AQGA 1FKOA 4X65K 4LFAK 3KK3A 3M8SA 1S1TA 4Q0BA 3L3VA 1GOCA 5AQKA 3ULEA 1NK0A 3VOVA 3KLEA 3MEGA 3RMDA 4KAZA 3VN5A 1QZ6A 3VQ9A 4B3RK 1IBKK 4F8RA 3N4QA 1Z05A 2QXFA 4FW1A 1SS6A 3AVIA 2F7TA 5AQUA 4DR4K 1KQSM 3V9XA 1B9DA 2EWSA 3Q7BA 5EU7A 4B9QA 4FLWA 5AQSA 3J80O 4BRGA 4JK9A 3THWB 3VF4A 3S3NA 3IG1A 1ZBIA 3U4LA 2W42A 1JKHA 3LP3A 4CZGA 3CCEN 1TKTA 4JKGA 4Y0WA 3PV8A 1GLEG 2P9UA 5JMVA 3SJJA 5AZJB 1C0GA 1N34K 1RDAA 1B9FA 4I6MB 4HUGA 1HJOA 2ETJA 2FBTA 1KAZA 1XNRK 1WBDA 1GLDG 2IGIA 4IJNA 1NG9A 3HP9A 2O4IA 2FBYA 4LF6K 3L2UA 3MX5A 1RBTA 4M63C 2I7NA 1D9DA 3ULDA 1ZBSA 3RSEA 3L2VA 1XMOK 3AVLA 3A2FA 2O8EB 1FXXA 4C1NI 2KLAA 5J2NA 4ELVA 4LF4K 1IG8A 2BGGA 1HUXA 1WOQA 1NK4A 2IDOA 1JCGA 4H0PA 3ZSXA 5GIPA 4A59A 1WUAA 1GLJO 3UKRA 3M8QA 1RDWX 4DV5K 3OYAA 1EWQA 3WT0A 2KQ2A 4FWPA 3RMBA 1J54A 3NBPA 3OW2M 5CYMA 5SWMA 3NGZA 4R5PA 4B3TK 2YHXA 3BUZB 1EQYA 1VQ9N 1BGXT 4C8OA 1BO5O 4K43A 4A61A 3NH0A 2HBLA 3H3NO 4FJMA 4GVMA 4NCBA 4AHSA 1N33K 1T05A 1HRHA 4LY7A 2X6SA 5MLCQ 4DUYK 3G71N 3SPZA 3D7EO 4CF0A 3SUPA 1EKEA 2HF3A 3LPUA 4XH5A 3LWLA 3GL1A 3GG4A 4CJ3A 3SJHA 2XY7A 3CCLN 1Q8IA 3FZHA 4NCGA 1BOTO 4Q5VA 1NJWA 5IT9O 3RMCA 2O8FA 2B6AA 1DT9A 4FK2A 2ZF5O 2HOEA 2I5JA 1QHTA 2HVHA 3UKUB 2JWLA 4KHNA 2BE2A 3CQ8A 3ENOA 3T3FA 4I2PA 1WSFA 4FWQA 2BTFA 4JN4A 2Z1GA 3ZT2A 3VQCA 4MLHA 2KHOA 4BVOA 3HPOA 4FWRA 1KRPA 2Z1IA 2Q31A 1NGCA 3LP0A 3VQ4A 4L8RB 4MDBA 3SLCA 4B9MA 3KKRA 3MN7A 3DXKB 2ZD1A 4ID5A 3KLIA 3DLKA 4WF9L 2UXDK 4R79A 2YHWA 2W6LA 5LMUK 1U2VA 5JS1A 4CF2A 1M90O 1WLJA 1HQUA 4AHRA 4Z94A 1G15A 3K5NA 1T8EA 1CZ9A 4CGIA 4M3WA 3HOTA 4DQSA 3IMXA 3O3FA 4HHTA 1X9SA 2O8BB 3DOLA 3AAPA 3KLHA 4DV7K 3EZWA 3LALA 4BWJA 4B08A 3OS2A 1N8RO 3WNGA 2P9PA 3O4QA 4C1NK 3K0SA 2W41A 4JI2K 3HXMA 2JWKA 4RCHA 3P83D 3THWA 3CJBA 2VQEK 5FROA 1KXPA 3CD6N 3HP6A 2NNWA 4CZLA 1KVAA 3PIOL 2FSJA 3O08A 3RR7A 1EWRA 3KKSA 1SKRA 4J8FA 4CD3A 2NRTA 3DAWA 4WQ4A 1VSDA 2P9KA 4I6MA 2YHAA 2Q0UA 4OKJA 3WXIA 4A5AA 2WC9A 5HRPA 1LW0A 2HMIA 2A5XA 3V6DA 3TABA 2YNGA 4BVPA 1RTDA 3RR8A 5AQLA 3B6PA 4DTMA 2O4GA 3CM5A 1X3NA 2O8EA 4FXDA 4KI6A 1JXBA 1WAFA 3LM9A 4K0KK 3O4WA 5LMNK 3TAMA 1UAXA 3MX2A 4NB4A 2GUPA 5BPLA 5DM6L 4AF1A 4CGHA 1U4BA 3FZFA 4J2EA 5AQQA 1EETA 2HBMA 4UY8O 1C0UA 3HYFA 1S6PA 3H1QA 3O4NA 5AQVA 4E7KA 4CBWA 1JLQA 3NHGA 3VQ5A 1S1UA 1CZBA 1YHQN 2E2OA 1FKPA 4A2AA 4CJEA 2GV9A 2WUSA 4M3TA 3O1WA 4LC9B 4DQQA 3DLBA 5I3UA 3LAKA 1V4SA 3RVCA 5ADXH 3V1OA 1U48A 4CJWA 3D2EA 4K25A 5HROA 1K6YA 5KTQA 3SYZA 2NLXA 4F4KA 3DM2A 2OTJN 4I2QA 4JEPA 2X6NA 2QTDA 4CESA 4IEEA 3ZYYX 3ZT0A 5CZ2A 4LFBK 3WEEB 3IKMA 2NRZA 1JCFA 1KCFA 5ELZA 3BZCA 2YKNA 4KO0A 1F21A 4DR3K 1QHAA 4OPJA 3I8BA 3SV4A 3AVFA 3OHRA 1B92A 4DV4K 1NK7A 2ZWHA 3K5MA 4RTFD 3O8MA 5BN8A 4OPAA 2E8AA 5KRSA 1YUWA 1NBWA 5JVHL 5CYQA 4CZKA 4BQZA 5GIOA 2E2PA 5KQ8A 3E66A 3KIOA 3OYJA 3FFKB 3SAGA 2CGJA 1YI2N 3WXMB 1ZYQA 4DLGA 2B5JA 5GAHP 1X9WA 4JD2B 3HSTB 3QNOA 1YITN 4IKFA 3LP1A 1ASVA 1WAJA 3MXIA 1HJRA 2Z1JA 4BGBA 2HW3A 1J6ZA 1TUYA 4H0XB 4KFBA 4J2DA 3O3HA 3VQ7A 4FLXA 4HCBA 3R3LA 2O8BA 1T3VA 3VEZA 4CERA 3CC7N 2CH5A 5KI6A 3B6OA 4FO0A 1KTQA 3ALYA 2IIRA 3WXLA 2HHHK 4FK4A 3CCMN 3AVKA 2Y1IA 4CGFA 4KH4A 1YJNN 4E0DA 4OPHA 2A3ZA 1MU2A 3BF3A 4FJ9A 3L8BA 1OVYA 4BDYA 4J2AA 3VQ6A 1OH5A 4I9LA 2OPQA 5J1EA 5BPNA 4C8LA 4WYBA 4AHTA 3G4SN 5C2DA 3F2KA 3WNFA 1W0HA 2FLOA 1JL2A 3V9UA 2RPIA 4CJSA 1UOCA 3VGMA 3M3ZA 2RN2A 3I55N 4PL8A 4OGEA 4V19S 4YORA 3L0QA 1S1XA 4CJTA 1A5XA 5D3GA 3DRRA 3OS0A 4CZJA 3WXJA 2ITMA 3LZJA 4XH1A 4H5TA 4JI7K 5JLHA 1TV6A 1VQ4N 3A5OC 4CE9A 3MXMA 4OKKA 4CIGA 2OPSA 1Q9XA 4YOYA 3V9SA 1UA1A 3K57A 5BREA 1NK6A 3CF5L 2RF2A 1RT6A 4FJXA 3V1RA 3NH1A 1NGGA 4FM1A 1HPMA 1T44A 3CC4N 5AZIA 4YOTA 3AVHA 3TU5A 3VTHA 5C2FA 3THXA 4FLUA 2Q36A 4AHCA 4ZHRA 4CF9A 4HVJA 4BACA 5TKYA 3VQEA 1LCUA 3O9TA 3CHWA 3ZSOA 4Z4CA 1S72N 3VQAA 4CJVA 4CF1A 1LAWA 3VEYA 3HI0A 3LM2A 3U3YA 1RT1A 3MCPA 2QWLA 1NGBA 4CHYA 4JS5A 3K9JA 5HRNA 2QKKA 2DFEA 3VEXA 1IJJA 5DK5A 4YNQA 3O80A 4EZ6A 3HPHA 1C1AA 1SAZA 4E7JA 4FWLA 4DU1A 3KD1E 3T1YK 1KC8O 4IG3A 4BGAA 3UKRB 4KREA 2A42A 1REVA 4GKKK 5AR0A 3V9ZA 4DTPA 4H0TB 3MK6A 1C1BA 4DF4A 3HM8A 3KD5E 1X1PA 4BR5A 2BANA 3ZSRA 3RRGA 1OH6A 4G1QA 3K5LA 1JXEA 3CCJN 2PYLA 4O8UA 3SUQA 4B8AB 3M8RA 3FZMA 1VQMN 4NLBA 3NDKA 1VQPN 4JI4K 3CJ9A 1K73O 4QS8A 1TK5A 2FC0A 4AHVA 3S9HA 3SUOA 3OYMA 3T7ZA 4JD2A 2OTLN 4FLTA 2HF4A 4B3MK 4BRCA 5CE3A 1BI4A 1V4TA 4E7LA 4BC2A 2O8FB 4CFAA 1DTTA 2D1KA 4IFYA 3HSCA 5EXWA 3BF1A 2E4LA 2D4WA 3OYNA 1VQLN 1WN7A 4DHYA 2HHWA 3P5JA 4W5RA 3G10A 1HLUA 3C0BA 1W7AA 3BDPA 3CCRN 5DMRA 4BRHA 4WFNL 1ITGA 1UA0A 3IRXA 1VQ7N 5BN9A 1YTUA 3WNEA 3ZCMA 5FDLA 5KPTA 4CBUA 1NOYA 2QWRA 4TSXA 3SBTA 1BQNA 2ZE2A 1U2VB 2D0BA 2KKZA 4DFJA 1M1KO 1LOTB 2IVPA 3QEXA 3OYFA 2GTDA 2NRRA 3S41A 1E4FT 2FBXA 3BP8A 1R0AA 4HUFA 1ASWA 4DFPA 4FWKA 5FRMA 4O44A 1IBMK 3TR8A 1W2BM 1NWKA 5GADP 4JI0K 3IFRA 2WFBA 4NLCA 4DTXA 2P1JA 3DXMB 1MA9B 3MXJA 3K59A 1WB9A 3LWMA 3P31A 2XY5A 4DF8A 4GY2B 5AQPA 3PY8A 2P9PB 3VERA 3WUHA 2AA4A 1XNQK 1KAXA 4M3UA 3MN9A 2UUBK 2BH1A 2IS3A 2G8UA 4JI1K 4EZ9A 4H0YB 4BDZA 3ZSYA 3C94A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CXC M;  3CCV N;  3CME N;  1YJN N;  3CCQ N;  4WFA L;  1OVY A;  1YHQ N;  2QA4 N;  4WF9 L;  3G4S N;  1M90 O;  3J7Z O;  3CCJ N;  1JJ2 M;  1VQM N;  5GAG P;  1VQP N;  3I55 N;  4U67 L;  5HL7 L;  5DM7 L;  1K73 O;  4WCE L;  2OTJ N;  1K9M O;  1Q7Y O;  1VQ6 N;  1Q86 O;  1VQN N;  1YJ9 N;  1Q82 O;  5GAE P;  2QEX N;  2ZJP L;  3CMA N;  1VQO N;  1KD1 O;  2OTL N;  4IOC L;  1VQ4 N;  3CCS N;  1N8R O;  3OW2 M;  1VQK N;  1YIJ N;  1QVG M;  4WFB L;  3DLL L;  5H1S Q;  3CF5 L;  1VQ5 N;  1VQ9 N;  4IO9 L;  1VQL N;  3CD6 N;  1Q81 O;  3PIO L;  3CC4 N;  1QVF M;  3CCR N;  4WFN L;  5MLC Q;  3G71 N;  1VQ7 N;  5JVH L;  1YJW N;  3CPW M;  3CCU N;  1YI2 N;  1S72 N;  5GAH P;  2ZJQ L;  3CCL N;  1KQS M;  1YIT N;  1M1K O;  3PIP L;  1VQ8 N;  4IOA L;  1ILY A;  3CC2 N;  3I56 N;  5DM6 L;  1NJI O;  1KC8 O;  3CCE N;  1W2B M;  5JVG L;  5GAD P;  3CC7 N;  3G6E N;  4UY8 O;  2ZJR L;  3CCM N;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RTJ A;  1GLF O;  4EFH A;  1IG9 A;  1U49 A;  1VSE A;  3AAR A;  3O1B A;  2YKM A;  4B9L A;  4BRM A;  4AHU A;  3VA3 A;  2ATQ A;  4RWT A;  2RKI A;  4BR9 A;  4YDU A;  4H8K A;  1HNW K;  3NF9 A;  1Y97 A;  3VQQ A;  1VRT A;  4DR2 K;  5HBM A;  3UKU A;  1NGF A;  4B9T A;  3M1F A;  1C0T A;  1J53 A;  2B4J A;  4FJL A;  1K8K A;  2YI1 A;  1HNV A;  1NKC A;  3CYM A;  2FF3 B;  4DV2 K;  4O0J A;  2QEX N;  2KFZ A;  4DSL A;  3VET A;  4B1U B;  4M41 A;  3O9S A;  4W5O A;  3VF6 A;  3SV3 A;  3OJS A;  3W3D A;  4KRF A;  2NUB A;  1VQK N;  5F2R A;  4ZTF A;  3DXK A;  3QIN A;  1BIU A;  4H5W A;  4C8K A;  4K8Z A;  4KI4 A;  1VSJ A;  1L3V A;  1RBV A;  3PX4 A;  4KPY A;  4QCL A;  2HHX A;  5J2M A;  1HR0 K;  3TAE A;  1Z6R A;  3NF7 A;  4JLH A;  3A0I X;  4CEZ A;  4IBN A;  1R59 O;  4CFD A;  3RWU A;  3CER A;  5GIN A;  4DSK A;  3CCU N;  3CIP A;  5FPE A;  2VQF K;  3SNN A;  3TAP A;  3AO2 A;  3CJC A;  4DMN A;  3VEN A;  4X64 K;  3V9W A;  4LH4 A;  1I39 A;  2X78 A;  3MED A;  4CJU A;  4IG0 A;  3HVR A;  3OYC A;  4B1X B;  4ELT A;  3VQ8 A;  1W9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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