1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
4WFNL 1KD1O 1M1KO 1YITN 3CD6N 1K73O 3CCVN 3CCRN 4U67L 1VQ8N 4WCEL 2QA4N 1VQ5N 5GAHP 1K9MO 2ZJQL 3CPWM 1Q81O 1VQKN 1VQ6N 3I55N 3CC7N 5DM6L 4IOCL 1QVFM 3CF5L 1M90O 1VQLN 3CCJN 5GAGP 1YHQN 3CMEN 3OW2M 1VQMN 1S72N 1YI2N 1VQPN 3CC4N 4WFAL 1VQON 1JJ2M 4WFBL 1Q82O 3CCMN 3I56N 1VQ7N 1YJWN 5DM7L 1YJ9N 1VQ9N 2OTLN 2QEXN 1VQNN 3DLLL 3CCQN 3CCUN 5H1SQ 2ZJPL 3CC2N 1KQSM 1Q7YO 3CXCM 5GAEP 3CCEN 1K8AO 1VQ4N 1YJNN 4IOAL 3CCLN 5MLCQ 1NJIO 1N8RO 4IO9L 3CCSN 4WF9L 3PIOL 5JVHL 2ZJRL 3CMAN 2OTJN 1W2BM 1YIJN 1OVYA 5JVGL 4UY8O 3G4SN 3G6EN 3J7ZO 3PIPL 5HL7L 5GADP 3G71N 1QVGM 1Q86O 1ILYA 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4VK 5JS2A 1FW6A 1KFDA 3TWHA 1KCFA 4H0PA 3TAQA 2NRTA 4B9TA 3O6WA 3P39A 4FW2A 5AQUA 4DFMA 4IEEA 2HMIA 1C0MA 4YOYA 2D4WA 4LF7K 1TL3A 2Y1IA 5AJ3K 2A42A 4DSFA 3CC7N 4CE9A 4I7FA 3V4IA 4L8RB 4JKAA 1D4XA 4K42A 1OH8A 3AVCA 1R59O 1M90O 3MCPA 3ZSRA 1KXPA 4O44A 1NWKA 3Q7CA 1LW0A 4A59A 1Z6RA 1WOQA 4CEAA 1VRTA 3P31A 4CIGA 4CHOA 3ENOA 4ILHA 2ASMA 2Q36A 3AO5A 4J2DA 1JLFA 3LWLA 2IVOA 2QWQA 3VEZA 4O4GA 5AQYA 4H0XB 5AQMA 3M8PA 4WFBL 5AQIA 3DMJA 2QWLA 1HMVA 3AVKA 3U9DA 4CFBA 4AQYK 2E2PA 4KKOA 1NGDA 5DM7L 1TAUA 2Y1JA 3N4QA 4AHRA 4B9VA 3IG1A 3AVFA 4EFHA 3LPTA 1WBDA 3AVIA 3PSFA 2OANA 3D45A 3MXMA 3I8DA 3LWMA 4DR7K 5AQZA 3E9OA 3S3OA 1HKCA 4BE2A 1ZYQA 3L4QA 4FVMA 4DLEA 1JLCA 4JI5K 2BUPA 2D5RA 1HPZA 2O8DA 1GLBG 3MCAB 3OA9A 4DU4A 3TARA 4B9NA 3AV9A 2W41A 3AO2A 3PIOL 1JLAA 4HCCA 3L3VA 2IVPA 3D2EA 4TSXA 2NRXA 4CF9A 3EEQA 3TSPA 5DMRA 4KAZA 4DSEA 4DS4A 2Z1HA 4FLTA 4JYAK 5K14A 3SAFA 3MXJA 1VSEA 3KLGA 1TK8A 2WFBA 1K8KB 3U3GA 3WUHA 4YY3K 1L5UA 1S5JA 3K57A 1M1KO 3KTQA 5ADXA 4CZKA 3AA4A 2HNYA 3PX0A 4W5QA 5HROA 4DSIA 1UA1A 2VWJA 4CJRA 3T69A 1RDAA 2HOEA 4FLVA 1TGOA 1DGKN 3SJJA 1W7AA 5HRRA 3H6EA 1BA0A 3HJFA 4FZYA 2W42A 3WXLA 4E7HA 1J6ZA 3V1RA 1HNWK 3C6TA 1JLGA 3NAEA 1HPMA 3VQDA 4A5AA 2OYQA 1LW2A 3CMEN 1X9JA 1S72N 1QHTA 4H5WA 1IKXA 4BE1A 3T19A 1VSMA 5HRNA 3ID8A 4H0YB 3B6PA 3S3NA 4IDHA 3JSMA 3M8SA 2YNFA 5BRFA 1KLNA 4ID5A 1ZBIA 3QEVA 3VGKA 3P1GA 4MQ3A 2G8VA 3W3DA 2YJEA 3M1FA 4LSNA 3AA3A 1QS4A 1VRUA 3RSEA 3D2FB 3QBWA 2OTLN 2HHWA 3THVA 3QIOA 2HHVA 4BRGA 3VQCA 4C8KA 1VAZA 2E2NA 4OLBA 5C15A 3R1XA 4DTXA 1WSJA 5T7BA 2D1KA 3K5MA 2E1ZA 3CCLN 3ZYYX 3BF1A 1RDUA 2BTFA 4NB4A 2XRIA 5AQKA 4JN4A 5E41A 4O55A 5AZIA 3NFAA 4IO9L 4H8KA 3DYAA 2IS3A 4WE1A 4Z4IA 2P9SA 2IGIA 3F73A 3AY9A 5KPRA 4BRIA 4UY8O 2E1YA 3G4SN 2G8FA 3LP3A 3SNNA 4OLAA 3QEIA 1ILYA 4FPBA 1HKGA 3DLEA 1ZXOA 3SUQA 4DR1K 3THXA 1RT2A 1C1AA 3WNGA 3TTFA 3QFPA 3L2VA 1K9MO 2YKMA 4B8AB 2X6SA 1Q81O 4CCHA 4LF8K 3IS9A 3FFIA 3R9PA 1R0AA 3VETA 1RT3A 1UA0A 2G8HA 4FWOA 4LY7A 2HBLA 4CJ4A 4E7IA 1VHXA 4KI6A 3AAPA 1NGFA 5BREA 2UUAK 3HZ6A 3M5RA 4FO0A 2RN2A 4A61A 4DF8A 3CC4N 1BO5O 4DTUA 3RMBA 3EE8A 5HOOA 2DPNA 1EKEA 1NGBA 3JS6A 3THYA 2O8EA 4DR5K 4F4KA 1DTTA 2OPQA 4M3WA 1NK7A 4F3TA 4DB3A 4IOXA 4BR9A 3HSTB 3ZSVA 4DQ8A 3NGIA 3CQ8A 2P9IB 1FK9A 1ATSA 2WC9A 1GLLO 2E6LA 4DQSA 4RW7A 1J9AA 4FVUA 3L0QA 3RRHA 4B9SA 3K5LA 3QERA 4JI2K 4PQUA 3QBXA 3NH2A 3DJCA 1WSIA 4WYBA 4YOTA 3O1BA 4BRDA 3DM2A 3LDQA 1GOCA 4CGHA 1EX4A 2D0AA 3V6DA 4FWRA 3A5OC 4I2QA 4PY5A 1HJOA 5IWAK 3NDKA 1BDGA 3FZFA 3LM9A 4EAHD 3MN5A 1UAXA 4RG8A 4O8UA 1HR0K 4WQ5A 3KK3A 3H1VX 2HSTA 4IO8A 2W6LA 3UKUA 3J8AA 4ELUA 3QEWA 3EY1A 2B4JA 2E6MA 2HF3A 2XHBA 2F8TA 3OYJA 3VMFB 4JS4A 1TK5A 3AVLA 1NJXA 5JMVA 4AHVA 4DQQA 4CZLA 3KHYA 3DXMA 1NGIA 1OH5A 4CIEA 3SJHA 3LAMA 4KHWA 1SQKA 4DV4K 2O8DB 3CM6A 1YHQN 2QWRA 1C0GA 4ISEA 3ZCMA 1VQMN 2B6AA 3DRPA 1TYQA 3V9UA 2G8UA 1DKGD 3TR8A 3DXKA 1E4GT 3BF3A 3NF7A 4CF0A 3LDSA 4K8XA 1RT1A 3D2EB 5AQVA 3C7NB 1IKWA 1GLJO 1IBLK 1Q18A 4W5RA 1QE1A 3ZT1A 4IBNA 2P9NA 4HUGA 1TKDA 1KRPA 1VQ9N 4MLEA 1L3UA 4Z0UA 1B9DA 4OGEA 3MN6A 3BZCA 3VPZA 4O8KA 4FLZA 2Q3SA 3WXIA 2HB5A 3QLHA 4CEZA 3O1WA 2NLXA 1NGCA 2FBXA 3L2UA 3MN9A 1Z05A 1BHLA 5BPLA 3R6MA 2OPSA 2RPIA 3OJUA 3H46O 1NGEA 4DQRA 2F7TA 4BRMA 2NRVA 4H0VB 2DY4A 4ICLA 1IKYA 3I0RA 4DTOA 3TU5A 2NNWA 4KTQA 3DI6A 3OS0A 1Q9YA 4CZHA 3TSQA 3RMAA 1BQMA 2P9LA 2E88A 1LWEA 4CZEA 5C24A 4FK4A 5BR8K 2NRRA 4CJFA 4AF1A 5JLHA 3ZETA 4RWTA 1L3VA 4FLYA 4WQ4C 4LF6K 1L3TA 3RSEB 2IVNA 1VK0A 3CI5A 3P38A 4BWMA 5DM6L 3UIQA 1RILA 2XO7A 2A1SA 4JKDA 5FDLA 1P8ZA 1TUYA 3DLKA 3VQEA 3OYIA 5HBMA 3RMDA 1NK8A 4PHTX 4E1MA 3HL8A 4Z94A 2ZQBA 1HRHA 4B1XB 4YFUA 1W0HA 2FBVA 5ADXH 1NJWA 1CLQA 1HYSA 3CETA 3CM5A 2P5OA 1U6ZA 2UUCK 1T8EA 2OZMA 5AZIB 5I9EB 4QS8A 1TUUA 4BROA 1TKTA 4CI6A 5HP1A 4WFAL 1ZC6A 5C10A 1VQON 2YHYA 2P9SB 1JJ2M 4XH4A 5KTQA 1REVA 4KHSA 1N32K 4E89A 4M63C 4BRQA 3V1QA 1U45A 3QICA 5EXWA 5EY4A 4CGGA 3TAPA 3V1OA 2AA4A 5AQXA 1HX1A 1YJ9N 1IH7A 4YNQA 4H0OA 3C65A 2YV0X 2VGMA 1SZ2A 3OJSA 1S1XA 3THXB 2GEMA 1RBRA 3OYNA 4A2BA 2EX3A 4AHCA 4RW8A 3VQ6A 1GOBA 3K9JA 4OVLA 3QB0A 1NMNA 3KWIA 3CIPA 1BIUA 4KRFA 4BC5A 3CCSN 2PBDA 2OPRA 5JVHL 2F9WA 2V51B 2VG6A 3T1YK 1HNZK 5AQLA 4BR7A 3HP6A 4B3TK 1YUWA 3QETA 4I6MA 4J2EA 5E26A 2CGLA 1HYZA 1BCOA 5AZJA 3AVNA 3WEEA 3TTCA 3ZT0A 1N33K 3F5TA 1QZ6A 4M7XA 3LANA 5GADP 3B6OA 4C8LA 3LP0A 3TAGA 3GBTA 4CJ7A 4XH1A 1XHZA 2VWKA 4IJAA 2P9PA 3MEDA 2HHHK 3PX4A 3KLFA 3AVMA 5F2RA 4MLHA 4CF2A 1XMQK 3V9ZA 3V81A 3THYB 2O8EB 4OKKA 3ZEUA 2E2QA 3CPWM 3LP2A 2QXFA 3NF6A 4NXMK 3SBTA 4B1YB 3KKRA 4GMJB 4C23A 1UOCA 4BVPA 1CZAN 2YKNA 4I9LA 3K5NA 4CESA 3ZX3A 1B92A 1HYVA 4DR6K 5GINA 5AR0A 1VSIA 5AQFA 1XHXA 4CF8A 4DTNA 1EWRA 4OPKA 3R8EA 2FF3B 2HW3A 3V9WA 3NF9A 3LDNA 1XNQK 4Y0WA 3TI0A 3AO4A 3AA2A 3A0IX 1YXQA 1BI4A 1S9GA 2GV9A 1FXXA 1XNRK 1KFSA 5FRNA 4FXDA 2GUIA 2GUPA 5FRMA 4HVJA 4NCGA 3FLCO 5M1KA 4HTLA 5KPTA 3THWB 1NGHA 1WSEA 4CFDA 4O5BA 4CEQA 1BOTO 1VSLA 5BPMA 3CJ7A 2KFNA 3O9RA 3OYDA 4K41A 5M1PA 1YT3A 2P9UA 4C8OA 3S9HA 5KGXA 4NYFA 3LZJA 4B9QA 5CZ1A 2YNHA 3ITHA 3UE5A 3OYFA 5AQNA 3HSCA 4MDAA 3UKUB 1VQ4N 4E7KA 5C2DA 4IOAL 5CE3A 3RR8A 3L2RA 2PAVA 3PY8A 4FJIA 4B8CA 3SMSA 4OKJA 1NMDA 4WF9L 3WXJA 4B3RK 3J7AP 3DXMB 1YAGA 5ELZA 4FM0A 4DS5A 4BWJA 4AHSA 4Z4CA 2OCEA 4K43A 4DMNA 3AVAA 4FYDA 4M42A 3BP8A 3RTVA 3J7ZO 4CGFA 3G71N 1TYQB 3DXKB 4CEFA 2WBNA 4UQGA 4JI8K 3DOLA 4FJ8A 3CD6N 3SQ2A 1J5EK 2WOMA 1IO2A 1IG8A 3VEYA 1C0TA 2P51A 3QMLA 4ELTA 3CCRN 4IXCA 3IRXA 3OYMA 2P1JA 3G25A 5GAHP 4EHTA 1NGAA 1NGGA 4Z4HA 1VSFA 1RCHA 4KH5A 2KQ2A 3MAQA 4YOXA 3E9LA 2YJFA 3VTHA 4DWIA 5B8HA 4BE0A 1D5AA 4B9UA 1XMOK 5F1XA 1JXBA 1SS6A 4JNEA 1NKEA 4PUOA 1WN7A 3AO1A 1RBVA 3SQ4A 4CEEA 3VN5A 4CJLA 2QKKA 1T6CA 3KWGA 3AARA 5EX5A 1LWFA 1O13A 2E4LA 1QZ5A 2QXLA 4BR2A 4KPYA 4DR2K 3ULDA 2QWNA 3KD5E 4ID1A 4BRCA 2UYTA 1WBBA 2QI2A 3OYLA 3LAKA 1Z26A 4QCLA 4N76A 4BRLA 3HPOA 1ESVA 4CF1A 1LAWA 4XH5A 4NXNK 1J5OA 2HF4A 4CJPA 4LH5A 2A5XA 1ZBUA 3VERA 3ZETB 4FJ9A 3EN9A 1RTDA 3HXMA 4CD3A 3H45C 4JS5A 1V4SA 1RGIA 3ASMA 2GWJA 5C12A 3BUZB 1QSYA 4KHUA 2FBYA 3FFKB 4OPJA 3OS1A 2WUSA 2OTJN 4CFAA 1QQCA 3CHWA 3DRSA 4F2RA 3O08A 3O3GA 5BRHA 2RHKA 4OJRA 3CFOA 1C0UA 4G9ZA 1VSDA 2RF2A 4JI3K 1MU2A 5JLFA 1Y97A 3C95A 4X65K 4WFNL 3O9SA 3QDKA 1RBSA 1BWFO 3ZT4A 2CGKA 2NRWA 4JI6K 4FJMA 1XQSC 4A57A 4JHDB 2P5GA 1RBUA 2O4GA 3QIPA 2UXDK 2VYPA 1L3SA 2QK9A 3K59A 2ASPA 4Q5VA 4FJGA 3LP1A 4FSVA 4JI1K 4N5SA 4M3UA 3PO5A 1JKHA 4IOCL 5AQGA 3VQBA 4DCHA 4JK8A 3ZX2A 3L3UA 2YHAA 4CHPA 2ITMA 5GAGP 1NU0A 1NJYA 1MWKA 5BPNA 3HVRA 1DTQA 1D9FA 3VA0A 3PV8A 3QEPA 3SAHA 1HKBA 3OYCA 2FSKA 4KTZA 1V4TA 2FXUA 2NRZA 4I6MB 3L2QA 2OZSA 4IDKA 5AZJB 4DLGA 4XIUA 3GL1A 3WEEB 3ZLJA 2H3GX 3VEOA 4DU1A 3TANA 1IBMK 4GNIA 1W97L 2PYJA 4N56A 2D0CA 5FPDA 2O8FA 2P9PB 5CHIA 4I9QA 1EP4A 2VCPA 3E01A 2QWMA 3SPYA 5H1SQ 4YOUA 1NKBA 4Z4FA 4FJLA 3CFPA 1N36K 4DU3A 4DTRA 2E5LK 3ZEUB 1CXQA 2YCHA 4JI0K 3HOTA 3S41A 1A5VA 5BN9A 4DV5K 4CZFA 1ASUA 4H4OA 4DG1A 3DRRA 4CJKA 1N5YA 1Y64A 1NNEA 1KSPA 3OY9A 1LV5A 4X64K 1QQMA 3ATVA 1S6PA 2ZE2A 4PKIA 2A41A 2Q97A 3JAMO 3TAEA 2PY5A 4E0DA 3H3OB 4FW1A 1LWCA 4B08A 3KK2A 4CHNA 2FSJA 3P4IA 5EOYA 1KD1O 5AQQA 1BI4B 4W5NA 5J2PA 4CJQA 2E2OA 4JI7K 3UKRA 1U47A 3CCVN 4U67L 3JYTA 1NOZA 4E7LA 2VQFK 2RKIA 3HYFA 2Q0RA 3MWTA 4WCEL 1U2VA 2QA4N 2E20A 5EU7A 4OGCA 3NHGA 3OHRA 1RNHA 1E4FT 2PZSA 1RDDA 3LDOA 1T3VA 4C8NA 2P9UB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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