1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
4U67L 3I56N 2QA4N 1VQ7N 4WFBL 2QEXN 3CF5L 1JJ2M 2OTLN 1W2BM 1VQ5N 1K8AO 1VQNN 2ZJPL 1KC8O 3CD6N 1VQPN 1KD1O 5DM7L 1VQLN 1YITN 5GAEP 4WF9L 2ZJRL 3CCUN 5GAGP 5JVGL 3CPWM 3CCEN 1OVYA 3CXCM 3CMEN 1M1KO 4WFNL 1YJNN 3PIOL 1K73O 3CCJN 1KQSM 3J7ZO 1VQ9N 3G4SN 1VQON 3CMAN 1VQMN 3PIPL 1QVGM 3CC2N 3CCVN 3CCQN 1Q82O 1Q81O 1VQ4N 3G71N 3CCLN 4WCEL 3CC7N 1ILYA 3I55N 1S72N 1QVFM 5GADP 4IOAL 3OW2M 5GAHP 4UY8O 3CCSN 3G6EN 5MLCQ 5H1SQ 4IOCL 1NJIO 3CCMN 1YJ9N 4IO9L 1M90O 1VQ6N 1YJWN 1YI2N 4WFAL 3CCRN 3CC4N 5JVHL 1N8RO 3DLLL 1K9MO 5DM6L 1YIJN 1Q86O 1YHQN 1VQKN 5HL7L 2ZJQL 1Q7YO 1VQ8N 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVQA 2KFZA 4YFUA 5M1KA 2IAJA 2VWKA 3HVRA 5EVZA 2QEXN 3TANA 2Q36A 4JHDA 2P9IA 3V1RA 4BG9A 2P5OA 3MX2A 3BF3A 4CHPA 1V4TA 4BC3A 4CGGA 1X9SA 1BOTO 2XY8A 3MXJA 3LAKA 4KHSA 4BC4A 3LM2A 2IVOA 1J54A 2FXUA 4A2AA 4LFCK 4OKKA 4L8RB 2FBVA 2OPQA 1KAXA 2ASMA 3DMJA 1LW0A 3O9SA 3AVFA 2ZE2A 4BRKA 1DTQA 2RN2A 3DRSA 4DR1K 4BDYA 1Y97A 4DV6K 3NH2A 3NF6A 1VSEA 5AQRA 1KFSA 3K59A 2P9NB 3BF1A 2IIRA 4M63C 3VQ4A 4FWLA 4CFAA 3VQEA 2OCEA 5AFUH 5ADXH 3FZKA 3AA4A 3J80O 3CETA 4NYNA 4LF5K 5I42A 4BVPA 3K5MA 4MDBA 3NFAA 2Z1JA 3VTHA 3V9UA 4FLZA 4E7LA 2KFNA 3AO5A 3CJ9A 3OS1A 3CFOA 5KGWA 1HKGA 4FM1A 1LW2A 1QQNA 4Z4EA 5C24A 1BCOA 4GMJB 3KD5E 4JKEA 4WYBA 3L4QA 3OA9A 3S41A 3VQ9A 3FFKB 2GWKA 3RSEB 4BRNA 2R7YA 3ALYA 1D5AA 3L3VA 1RDAA 4XH4A 1GLCG 4CZKA 1D9FA 1GOCA 3QBXA 1XHZA 5AQHA 3ZSRA 4YORA 3V9WA 1UAXA 3R8EA 5KPTA 4K8XA 1WBDA 1WN7A 4I7FA 3HPOA 3NVMA 2NRHA 4WQ5A 1BCMA 4ZTFA 4A59A 5EY4A 4W5RA 1TKDA 4CJWA 2IC3A 3D2EB 3R1XA 4FJGA 3E9PA 4CEAA 1IBKK 4FLXA 5HRPA 1KFDA 1U48A 2GUPA 3OYAA 1UOCA 2PBDA 3WXJA 4ELVA 3I0SA 4QCLA 4CECA 1HRHA 4MO5A 3DLKA 4CIFA 4B1XB 4Z0UA 3LAMA 3KLIA 4OPHA 1VSLA 1T03A 3CMEN 4M7YA 4IWVA 2B5JA 3SUOA 2BH1A 4HWIA 4FWKA 1VQ9N 3G4SN 1S1UA 3TU5A 1X3NA 1GLBG 3VQPA 4CHQA 2RKIA 2F4VK 2HHWA 1N32K 2HW3A 3HRGA 4J2DA 3HM9A 2WFBA 1A5WA 5AQNA 3V1OA 3VGMA 2HVHA 5BRFA 1NGJA 4BQZA 3Q7BA 2WONA 4GNIA 4EZ9A 4R5PA 3TABA 3AVMA 3SPZA 4BRLA 3G6EN 1EX4A 5H1SQ 3PSIA 4CGIA 4HCBA 1KAYA 3SBTA 2G8HA 5SZTA 3P4IA 3CM5A 4CHOA 3HP9A 1XHXA 5BN8A 3LDLA 3LP1A 4E0DA 3VF6A 1JXEA 3MN7A 3NAEA 4FXDA 4BC2A 1D4XA 3C6AA 3VMFB 1NK4A 1X9JA 3HO1A 5JLFA 3NHGA 3E66A 3V6DA 2HOEA 4FZYA 4ILJA 3M1FA 4O55A 1FW6A 2G8KA 1IG9A 2YHBA 1O13A 4CJKA 3WUHA 2F7TA 4GV9A 4AHCA 4DV4K 2GTDA 4CK3A 1JCGA 4BDZA 1RT5A 1W9HA 4BRQA 1KLNA 2HNYA 4DTNA 3G10A 1WB9A 5FRMA 3WNHA 4FWNA 3ZT1A 2EX3A 3CQXA 1K8AO 2QWMA 1RDDA 1JLCA 1QSSA 3DLEA 4DTJA 4Z4FA 3C6HA 4RW7A 2P9LB 3NMUA 5LJWA 1TK8A 5DMRA 5IWAK 4U7BA 3KWIA 4CEEA 3FZHA 3U3YA 2XY7A 1WSIA 4WFNL 4JKBA 4GV6A 4KPYA 1DKGD 1B9DA 3CMAN 4EHTA 5AQLA 4HUGA 4DMNA 2VCPA 3L0QA 1Y64A 1SL1A 4WQ4A 2YKNA 5M1OA 4E1MA 2A41A 4LC9B 4CEOA 4FJMA 1KTQA 4W5TA 3AA5X 1YTUA 2QWPA 4JK7A 3QEWA 3M8PA 4CZLA 1BIUA 3V9ZA 2HBMA 4AHTA 3VGKA 1C1AA 3SUPA 3O3FA 4DF4A 2F9WA 3TR8A 2D0CA 3RMBA 2E5LK 4CIEA 4JKGB 4ELTA 3ZT2A 4PUOA 3U3GA 2P9LA 4Q0BA 4BREA 3LP3A 4M3TA 2E6LA 3ZSWA 3VQQA 4RTFD 3KJVA 3AVCA 3SQ4A 3KK7A 3DLLL 1K9MO 1TVRA 4IKFA 3SK3A 2O8DA 3CQ8A 4A61A 1SKWA 2D4WA 4I2PA 3W3DA 2D0BA 1EO1A 2NRTA 2O8BA 3ZSYA 4ZHRA 3TAMA 1JXBA 4J2EA 2QI2A 1G15A 4RW8A 3JS6A 5FRNA 4WQ5C 1XI1A 3QDKA 1NWKA 1S1XA 1T6DA 2E20A 4FVMA 4KBOA 1B92A 3C65A 3OYEA 3QB0A 3KWGA 4AHSA 1TKZA 4FWRA 4A62A 3EKUA 4PKGA 1KCFA 1XNRK 1TAQA 1RTJA 1BO5O 4BQLA 4V19S 4K0KK 1KD1O 2HMIA 3SYZA 4FPBA 1NK9A 1OH5A 1Z25A 2E2OA 1NG9A 4XIUA 1KVCA 2G8UA 3CCUN 3QNOA 3JXUA 3NH0A 1WAJA 3CXCM 2GBZA 2Q1NA 4ZTJA 4FWPA 1JLGA 2HHXA 3SQ1A 1FJGK 4FW2A 5AQJA 5C10A 3SNNA 4NXMK 2FSKA 3SCXA 3A5OC 4IEEA 1KVBA 5HRRA 1J53A 3O3GA 3AVKA 1JLFA 3SBGA 4DR5K 3ZSOA 5EOYA 1RT6A 5C2DA 1K8KB 5AQMA 3DXMA 4EP4A 3NH1A 4N47A 4DCHA 2NRZA 3O9TA 4JKAA 3AA3A 1G99A 1CLQA 2QWQA 4K8ZA 2GX9A 2Q97A 2BGGA 3P5JA 2IGIA 1V4SA 1HKBA 2V52B 4Y1DA 4DU1A 4GKJK 4B9NA 3ULDA 2DFFA 1SQKA 1BUPA 1JCFA 3TAQA 4EIAA 3WXLA 3SUQA 3T3FA 4YNQA 4A2BA 3THXB 5AQIA 5DM6L 4CHYA 3WNGA 2P1JA 2EHGA 3OYGA 2UUBK 3H1VX 4YDUA 3SQ0A 3V9XA 4PKIA 2P9UA 1ASUA 5KRTA 4DTOA 3VEXA 1VSKA 3HOSA 1TKXA 3MWTA 3I56N 2HHVA 1CZ9A 3K2PA 4KB1A 4DLGA 3GG4A 4AHUA 2Q0UA 4B8AB 4B1YB 1HPMA 3MN9A 4X62K 3LL3A 1DGKN 4B1ZA 1S1TA 3CERA 1S22A 4CZIA 3DM2A 4GY2B 4DV2K 2D0PA 4B9QA 1CZBA 1NGCA 2ZQBA 5C2FA 1VQ5N 3ZEUB 3M5RA 2Q31A 1KC8O 4KH4A 2P51A 2DFHA 4B9UA 2NNWA 1DLOA 1RBSA 3M6GA 4Q5VA 4BE0A 1OVYA 3R9PA 4N5SA 2QKBA 5F0XA 3VF2A 3MX5A 2HHQA 3SMSA 2HBLA 1NGGA 2BDPA 2G8WA 1GLEG 4QS7A 5KQDA 5CE3A 1KQSM 4FJ7A 4Y0WA 3J7ZO 3HSCA 1N6QA 2V51B 4LFAK 1Q82O 3MN6A 4HHTA 1Q81O 1SUQA 4CZEA 2WBNA 1WLJA 2YNIA 5HP1A 3QO9A 5EX5A 5AQQA 3V1QA 3GDQA 3MECA 4CI6A 1S72N 1BHLA 4AF1A 4B8CA 4UY8O 3AAPA 3OYIA 1WAFA 3HVTA 1FKOA 1NJIO 2DTUA 3U4LA 3TWHA 2W40A 1QZ5A 3CG7A 1QHTA 1NOZA 1N33K 4JN4A 3HTVA 1ATRA 4KV8A 4MO4A 4NLBA 2QXFA 1HPZA 3RMAA 3QESA 3SV4A 2Q0RA 2EWSA 1YI2N 4FW1A 2DPNA 3TPQA 3D2FA 4KHNA 2P9IB 4FJKA 4CEQA 5BR9A 2Q2RA 4JI7K 3ZSZA 1YXQA 1NGEA 3CIPA 4CE9A 4OPJA 4IG0A 4O4GA 4M7XA 3OYFA 4DU3A 3TAPA 4M3ZA 1VQ8N 1BU6O 4CJEA 1UWBA 2QA4N 3F73A 2UU9K 4QAGA 4B3OA 1VQ7N 4WFBL 5CYQA 1IKYA 2O8FA 1D9DA 1RDCA 4CJVA 3T1HK 2VG5A 2PFUA 2OTLN 3B8AX 4A57A 3CQYA 2PY5A 2E6MA 5E41A 4JS5A 1OKJA 4NO7A 2RPIA 1OH6A 4ISGA 4FJ8A 1WUAA 1J5EK 4CHZA 4I9QA 2WC9A 3NE6A 3VA0A 1NMNA 3O1BA 3AV9A 1K6YA 3P31A 4HTUA 1VSHA 1YITN 1NK7A 3LP2A 3K5OA 4EHUA 2UXDK 4DV5K 2NRXA 4CEFA 1E4GT 4EZ6A 5E84A 3WEEA 2NZTA 3O80A 3DYAA 4FWSA 4E1NA 4FJNA 1QVGM 2D0AA 4G1QA 4FLWA 1NK5A 4JI8K 1Z26A 1BG3A 3CC7N 4DSJA 4CD3A 3OJUA 1QVFM 1EKEA 2F8TA 5GAHP 4FLVA 2FC0A 5FLXO 3NF8A 2Q3SA 5MLCQ 2RE2A 1KXPA 2HBJA 3WT0A 4GW6A 5KRSA 2B4JA 4EP5A 1IBLK 4LY7A 1TGOA 1BL3A 3Q7CA 1NJWA 1ZBHA 1RBVA 2QM1A 1Q8IA 1C1BA 1FK9A 3MN5A 3C6UA 1IO2A 4DSLA 2AA4A 1XC9A 3MEGA 4DB3A 4YOUA 4AQYK 3IKMA 3CCRN 2FBXA 5M1NA 2VQFK 5CYMA 4BDPA 4X64K 4YDUC 3F9MA 3ENHA 3IDHA 5LL6Z 5AQTA 1FKPA 3U8XA 3S3MA 2A40A 2YI1A 3ZSXA 1YUWA 3LWLA 1RT7A 4E7JA 3OJSA 4DTSA 1TUUA 5JICA 4DR3K 4DSKA 4JKDA 1Q18A 4GKKK 4LF9K 1VRTA 2G8IA 2IS3A 4YOTA 5AJ3K 4FJHA 1NGHA 1U2VA 1BA1A 4JNEA 3PX6A 3ZCMA 4XEIA 5F1XA 3KK3A 1HLUA 1QE1A 4JD2A 2PYJA 4BC5A 3QEIA 5AQWA 3VF4A 4FJ9A 3NF9A 4L3QA 3K9JA 2ATQA 4CZJA 1C0TA 4B9LA 4OLAA 4BGBA 4EFHA 4DTRA 1BDGA 2FLOA 3ATVA 2P9SB 3ZX2A 3CJCA 1YVNA 1IKXA 5JMVA 3AO1A 1KVAA 3EYZA 3PSFA 4IBNA 3M3ZA 1HUXA 3MXIA 1VQON 2B6AA 4DV7K 4KAZA 2YJFA 1QQCA 3H6EA 5LMUK 1A5VA 3TAGA 1H1VA 2OPPA 3DLHA 4DQIA 4NCGA 3ZSVA 4RW6A 4CD1A 1NGFA 4H0PA 4DTMA 3KLEA 3NVKA 3KTQA 3JAMO 4C8OA 4I6MA 2X74A 2HSTA 4LF7K 4IEIA 4OLBA 1KLMA 4CJTA 1L3VA 4ID1A 4JYAK 1NK0A 5AQYA 3C95A 3JSMA 3ID6A 3ZETA 3K58A 3I33A 4BR9A 4KHYA 3U6FA 2HHUA 2F96A 3L2UA 1C0UA 3P39A 1TAUA 4NLCA 4BROA 3THWB 2P9SA 1R0AA 5SWMA 3S9HA 4OGEA 4C8KA 1XMOK 4CGHA 4IXCA 1GLLO 3PLAA 1Q86O 4A5BA 2I7PA 2O4IA 4LH5A 5HL7L 2G8VA 1HJRA 2ZJQL 3DRPA 2CH6A 4JI5K 3AAQA 4C1NK 1LWCA 1RT4A 1VK0A 4CGDA 4JKCA 2E88A 1S1WA 3WXMB 3I0RA 1X9WA 3MCAB 3QIPA 4K43A 4JRPA 3AGRA 4CJQA 1SAZA 2ZJPL 3KVGA 2O4GA 1RDWX 5DM7L 4BRGA 3TAFA 1I94K 4E3SA 3W0LA 1BQNA 4CF9A 4B9TA 1N5YA 4N76A 2UYTA 3F9KA 3CCEN 4DQPA 3AO4A 4O8UA 3NGYA 3DI6A 3VEOA 4Z94A 5BPLA 4HCCA 2YNGA 1YJNN 4C8LA 5AQUA 4ILHA 3THWA 2JLEA 5CZ1A 2KKZA 3MWPA 2HF3A 3RR8A 3BEXA 4ISEA 3N4QA 4KHWA 1NK8A 4FJJA 1SV5A 3CCLN 3SMPA 1ITGA 4RG8A 4IOXA 1ILYA 2O8CA 1CXQA 3ENOA 3U9DA 3EE9A 5AQOA 1WSFA 3VEVA 1IKVA 4KTZA 2O8DB 2E1YA 4MFBA 1GLJO 5C15A 1NKBA 5KTQA 2OPSA 2O8BB 4FM0A 3LPUA 3PX4A 4B08A 1RBRA 2KW4A 3J7YP 1IH7A 4O0JA 2HHHK 5AQPA 4JAXA 2IOCA 4KKOA 2X6NA 2UUCK 3VEZA 2HBKA 4DKWA 3ITHA 4F3OA 3CM6A 4CBWA 4NXNK 1N8RO 4BRIA 3SAFA 4DR6K 1X1PA 2PZSA 2E8AA 3EY1A 1VQKN 4O0IA 2YNHA 3OYKA 1R59O 4M3YA 4KI6A 4BGAA 1YT3A 3MXMA 4FLYA 4O44A 3LALA 1C1CA 4H0XB 3M8QA 5GIPA 4J2AA 5AZIA 5BPNA 1JJ2M 2A5XA 3QEPA 1BWFO 1LV5A 4OKEA 2DY4A 2NRVA 5BN9A 4CJSA 3B6PA 4MDAA 1XNQK 2YCHA 4IJNA 4DSEA 1BI4B 4I2QA 1VQLN 3TTDA 5HOOA 5J2MA 3VGLA 2YHYA 5EXWA 3H45C 3OYMA 2QXLA 4WF9L 3OS0A 1O1WA 3DXMB 4B1VA 5CY4A 2RF2A 3KKSA 5TKWA 3ASMA 3HI0A 4JK8A 3CFRA 1WSEA 3SAHA 4FO0A 4X66K 3H3OB 1NGBA 1REVA 2CH5A 3CJAA 1LOTB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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