1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
3J7ZO 5DM7L 3CC7N 3CCUN 1K9MO 1M90O 1Q86O 1QVGM 1VQ5N 5GAEP 1YI2N 1K73O 1YJNN 3G71N 3CD6N 5GAHP 4WFNL 1YHQN 3G6EN 1M1KO 1S72N 5HL7L 5H1SQ 1K8AO 1KD1O 3CCLN 3DLLL 1VQKN 3CPWM 1YITN 1YJ9N 2ZJQL 1JJ2M 1VQ6N 1NJIO 4WCEL 5JVGL 1VQPN 3OW2M 3PIPL 1Q7YO 5GAGP 1OVYA 4IOCL 3I55N 1VQMN 1YJWN 3CCQN 3CMEN 4WFAL 4UY8O 1ILYA 2ZJPL 3G4SN 5JVHL 1W2BM 3CCMN 1KC8O 3I56N 3CCVN 1KQSM 4WFBL 1Q81O 4WF9L 3CC4N 3CMAN 2QA4N 1N8RO 3CCEN 1VQLN 4IO9L 5DM6L 3CC2N 1VQON 1Q82O 3CF5L 1VQ4N 1QVFM 5GADP 4U67L 1VQ8N 1VQ9N 1VQNN 2OTJN 1YIJN 1VQ7N 3CCJN 3CXCM 2OTLN 2ZJRL 3CCSN 3PIOL 3CCRN 5MLCQ 4IOAL 2QEXN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NU0A 4OPHA 3TAFA 4YHHK 3ZLJA 4CGGA 4MDAA 4V19S 1K9MO 4FJNA 4AILC 4DR7K 1RDAA 3KWGA 1M90O 2UUCK 4JI5K 3K5OA 4FVMA 4YDUC 4LSLA 5EXWA 4M7XA 3ZETB 1TK5A 2NRWA 5KRSA 4AHUA 5HOOA 4OPAA 3P4IA 5LJWA 4LH4A 2D4WA 1NM1A 3ULEB 1Z6RA 2EWSA 3ZSXA 1C0TA 1TAUA 1JCFA 1RT2A 2OPSA 2OCEA 4LH5A 4IDHA 4Z4EA 3J81O 1KD1O 4FLXA 4CJFA 5C10A 4LFAK 3DLLL 1D9FA 1XI1A 1RNHA 4FYDA 4JKAA 3D2EB 1NJIO 4CD1A 4H5NA 1GOBA 4CECA 4MLHA 1XNRK 3DOLA 3WNFA 2VG7A 4BREA 1V4SA 5GINA 2IVPA 4IKFA 3WNHA 4QS7A 2HVIA 1C0UA 4LD0A 4E1JA 2YJFA 3BF1A 3P5JA 4LY7A 1S6PA 2Q1NA 3R9PA 2HNZA 5KQ8A 4FJIA 1QSSA 3H3NO 4CHPA 1YT3A 4R79A 1N8RO 1B9DA 2HNDA 4CFBA 3J7YP 1QHAA 5ADXA 4RW6A 4BQLA 2O8EB 4B8AB 4CJWA 4LC9B 4DWIA 2YX6A 4YOTA 5AFUA 3O1BA 5JLHA 5AQMA 1TVRA 3HRGA 5BRHA 4QOZB 2OZMA 1EWRA 5HRRA 4XH5A 2NUBA 3O9TA 2YHXA 4DSJA 3HM8A 2VG5A 4HCBA 1UOCA 1JLQA 1HYZA 1K6YA 3A5MC 5AQXA 3VQ7A 4CJVA 2P5GA 2XY6A 2V52B 1B9FA 4KKOA 1ZBLA 1NNEA 1J5EK 2H3GX 3EKUA 4CIFA 1D9DA 4YOXA 3M8PA 1LOTB 2O8FB 4B3SK 4CHNA 1SL1A 1S5JA 1DKGD 4O5FA 5HRNA 3DLBA 4OO1J 5F0XA 5KRTA 4CHQA 1CLQA 3RWUA 3R6MA 3L6QA 4CJPA 4JD2B 1YJNN 1ZBFA 2R7YA 3ID8A 4KHUA 3MN7A 4FJHA 2IAJA 3CG7A 3UKRA 3QEWA 3RR8A 1KAXA 4DU1A 2QXFA 2HSTA 1V4TA 4ISFA 2V7YA 3CFOA 1JL1A 2X78A 3U9ZA 4AHCA 3CERA 5JVGL 1NMDA 5J1EA 4DTSA 4FJKA 4IOCL 1S22A 3H1VX 3F2KA 3M8QA 1GLDG 1GLBG 2PY5A 1YJWN 2E2NA 4GV9A 3NE6A 3AGRA 1EO1A 3FGUA 3VTHA 4KREA 1O1WA 1WAJA 4PA1A 1BCOA 3NVKA 1BA1A 3W0LA 3EKSA 3V9ZA 1X1PA 4J2EA 3TTFA 3E01A 3NH0A 3CCVN 1GLFO 4BC4A 2G8FA 4F8RA 4DSEA 3AVLA 4ILJA 1IKVA 2QM1A 3DLGA 4B3MK 3GL1A 5EVZA 4AHSA 2KW4A 3D0PA 4MDBA 4IG0A 3ZSZA 4DFMA 1RDBA 3G25A 3TARA 2QK9A 4EHTA 3SBGA 1WLJA 4JKBA 3LALA 4FWQA 4YFUA 3KLGA 3VF2A 4BR5A 2HOEA 4CFCA 3HZ6A 1YVUA 3DLEA 4QS9A 3MWPA 4G9ZA 4CJ7A 3V9SA 2NNWA 2QKKA 2E2PA 4JEPA 5LMUK 3WEEA 2PFUA 5AQOA 3S41A 2PYLA 1MU2A 4CJTA 3LL3A 2VWJA 3VQDA 4DFJA 3VGKA 3L2VA 1OVQA 3TAMA 3O9QA 3ULDA 3CQ8A 3LP3A 5FRMA 1K73O 2G8VA 1XNQK 3QEVA 3FZFA 3WQTA 3DRPA 5I3UA 5GIPA 4H5RA 2BUPA 1WB9A 4CEOA 4DCHA 4YOYA 3QERA 1GLCG 2ASPA 1JLCA 3THVA 3DM2A 4EIAA 5DK5A 3NDKA 4OJRA 3AA3A 5AQRA 4CEBA 4NLBA 2FBVA 3H46O 4B3OA 4FK0A 3O6WA 3A0IX 3KZBA 5C12A 3THYB 3QDKA 4H8KA 1NK9A 2ASMA 1NWKA 1HLUA 1SZ2A 2FF6A 4E1NA 4BC2A 4DMNA 4CZHA 3H1QA 4JKHA 3KIOA 4DV1K 2HBMA 1ZC6A 4B1XB 4FWKA 4JI4K 3PO5A 4FCYA 2HHHK 4FWMA 2X74A 3LZIA 4IOXA 4BVOA 2P9NB 5C42A 2E6LA 3BF3A 1SAZA 3CETA 5B8HA 1NK7A 4F4KA 5CZ1A 4DFKA 3AA4A 3O80A 3OYBA 1S6QA 1DLOA 4F3OA 3VERA 2GTDA 2ASOA 3VQ5A 1CZ9A 1VQLN 4BR2A 1HNIA 1VSFA 4DQSA 1QS4A 3CC2N 1VQON 1MWKA 2QTDA 3WNEA 1C0GA 3I0RA 1IH7A 1HMVA 5EU7A 1NKCA 4KB0A 4U67L 4KTZA 2F8SA 1D5AA 1KVBA 3DRSA 3ZSWA 5J2MA 1FXXA 4JK9A 5AR0A 4M3UA 1RBTA 5ELZA 5C25A 3SAFA 3WXIA 1C0MA 4GV6A 4FM0A 2DTUA 3KD1E 3IMXA 3J8AA 5FLXO 5MLCQ 3LP2A 2WC9A 4MFBA 3DAWA 3K2PA 3SUOA 1U4BA 1X9SA 4JS4A 4FO0A 4MQ3A 3OYCA 2P9SB 3O9RA 1KFDA 4DQIA 1QVGM 4CK3A 3J80O 2NRRA 1GOAA 1HKGA 2WTUA 3VEVA 3OHRA 4J2AA 1E3MA 4M7YA 4DKWA 3BZKA 2ZWHA 4Q0BA 1S9GA 1NK8A 5BPMA 4KI4A 1C1AA 4DTXA 4BR7A 5CYMA 2OPPA 3HP9A 2YKMA 5CYQA 4C8NA 1KLNA 4FWSA 4A2BA 1VQPN 1QZ6A 2W40A 3MCPA 4FOEA 4QAGA 4Z4HA 3MEDA 3VPZA 1KVAA 5CR4A 4B9TA 5AZJB 1NGCA 5T7BA 1DT9A 4JI0K 3T19A 4RTFD 4A5AA 4B9MA 3NH1A 4J2DA 1TUYA 5AZIB 5HLFA 3AVJA 3EE8A 3SYZA 1KTQA 2GUPA 4MLEA 4A2AA 4IFVA 1TK8A 2RN2A 1NOZA 3GG4A 5E84A 1XHZA 4FZYA 3LP1A 4CGDA 1JLAA 4BRIA 4ID1A 4BE1A 4BE2A 4DB3A 1RT6A 3AGKA 4N47A 3AO5A 3OJSA 1Q9XA 4DR1K 3E1YA 3V81A 5C0YA 5AQGA 3O3FA 5JS1A 4BG9A 2FC0A 3K0SA 2GV9A 3CJAA 2CGJA 4CZKA 1DGKN 1Q18A 4Y0WA 1YIJN 3OYGA 2O8DA 4JHDA 4DR2K 3TR8A 3RRGA 2WONA 1SKRA 3SPYA 2V7ZA 4E19A 3AVAA 3AVNA 4BACA 2YV0X 2BE2A 1QTMA 3ZSYA 3LDSA 4Z4GA 4BRAA 2UU9K 4XEIA 3KLEA 2B4JA 2P9IA 3KD5E 1YI2N 3P38A 4CZLA 3T3FA 5KTQA 1TYQA 2IIRA 1C0FA 4BRNA 2JGUA 3K57A 2HHUA 4Y1CA 4L3QA 1IBLK 3H6EA 1G99A 5HL7L 1RBUA 4CHZA 4DU4A 3OA9A 3QEXA 1VAZA 1J5OA 3U3YA 1BISA 5F2RA 1VSHA 2CGKA 4N5SA 2P1JA 4JS5A 1DEJA 5K14A 1XHXA 1IKXA 3EL2A 3OYMA 2BH1A 3L2QA 4C8OA 3VGMA 3NGIA 2QI2A 3HP6A 3JYTA 2ZGZA 3VQQA 1ILYA 3MXMA 3SBTA 4CE9A 1IBMK 3CYMA 4FJ9A 2KFNA 3QMLA 3JXUA 1W2BM 1SV5A 4B1YB 4X64K 1RTJA 3AVMA 5EY4A 3AY9A 1IJJA 1BGXT 3K5LA 2ZQBA 1U04A 4DSFA 4RG8A 3VN5A 3SZ2A 5BREA 3U3GA 4ZHRA 3RTVA 5FPDA 4CBWA 4RW4A 4HVJA 3VA0A 3ITHA 4NCGA 3HBTA 4PUOA 1RTHA 3AO2A 1HQEA 3SJJA 4OPJA 2P9PA 4E7JA 5AQLA 3O9UA 1A5XA 1HNVA 2ZD1A 3I8DA 2XY7A 3PSIA 1TKDA 2AJQA 1VSMA 4KV8A 3CCSN 1NBWA 1LWFA 1NGHA 1TL1A 4CGFA 4ISEA 1I39A 4BRLA 3MECA 2ATQA 4PWDA 4IJAA 2E2OA 3OBWA 4NXMK 1OH6A 1VQ5N 3OYEA 1RCHA 2OYQA 2LSNA 4PKGA 1NGIA 1TUUA 3THWB 2HBLA 1C6VA 3UKUB 3M8SA 3CQYA 1M1KO 1P8ZA 4ELUA 4EP5A 1HPMA 3HOTA 1N32K 1K8AO 4IWVA 2O8CA 1BIZA 3A8YA 3PV8A 2A42A 3NVMA 1YJ9N 4K8ZA 3LAKA 1U49A 1L3TA 4MO5A 5J2PA 1N34K 5JLFA 3TAGA 1JLGA 1BA0A 2E8AA 4HHTA 4FLZA 4ISGA 3OS1A 3TI0A 1VSDA 3V1RA 1Y64A 4KO0A 4HUGA 4RW7A 4DF4A 3TAPA 3B8AX 4FLVA 2ZJPL 3DOKA 3P1GA 2OPQA 4E1MA 4B9VA 1KC8O 2Z1GA 2WUSA 4A62A 3CJBA 4C8MA 3VEZA 3HYFA 3ZETA 3CMAN 3FZLA 3HO1A 3EE9A 4BY9C 1NK4A 3CCEN 3CHWA 4YORA 3ULEA 4R5PA 1XUPO 3SCXA 4DLEA 3BZCA 2RKIA 4B9LA 4W5RA 4J8FA 4CGIA 4H5WA 1WNSA 4JKFA 3TSQA 2UYTA 4HWIA 2PAVA 2YCHA 3MX2A 3U4LA 4DV3K 4GVMA 4AM7A 3C6HA 3KLHA 4B1VA 1WSJA 4PQUA 3TTDA 1EQYA 3ZYYX 3VTIA 3LDOA 2Q36A 4KH4A 4DS5A 1SKSA 1TKTA 3CCUN 1C1BA 3AAQA 4HCCA 2WBNA 3LAMA 3MX5A 2D0CA 4PKHA 1Q86O 1NMNA 3C6AA 2X6SA 5HRPA 2O4IA 5ADXH 1JKHA 1NK6A 4H5TA 3T1HK 4Y1DA 5HBMA 4GKJK 4AHTA 4CFDA 1X9JA 3K58A 5AFUH 4JK7A 1NK0A 1YUWA 2FSKA 3RMDA 1W7AA 4CF8A 1YHQN 3SQ2A 2P9LA 1KAYA 2KQ2A 4WQ5C 1IG8A 1REVA 3KK7A 4GNIA 1IBKK 3QBWA 4JYAK 1SUQA 4YOWA 3RMCA 3O3HA 3CFPA 3D2FA 3V1QA 1VQKN 1S1UA 3D45A 3QNOA 2UUAK 3HPGA 3UKRB 4M3RA 4BRHA 4FVUA 4JRPA 5AQUA 3V9XA 4Q5VA 1L5UA 4F3TA 2E4LA 1QHTA 1T05A 1VSIA 1X3NA 1OH5A 4DTRA 3OYJA 1UA0A 4H0XB 3O08A 2ITMA 3AV9A 2O8BA 2O8FA 2IC3A 3HK2A 4BRPA 4FL9A 4FJ8A 4CEFA 4CF0A 1T7PA 3BEXA 4DFPA 1B92A 1ZXOA 3SI6A 3TPQA 1UAXA 4PY5A 2ITGA 1ZBIA 3KK2A 4FSVA 2YI1A 3E9LA 4NLCA 3KKSA 4QS8A 2Z1IA 3N4QA 2ZF5O 3QB0A 1RTDA 1NG9A 3HSCA 3AVCA 2JLEA 3ZT2A 1VQNN 2OTJN 2JWLA 3S3MA 4DR6K 1WBBA 1RILA 4H4MA 4BRMA 1HRHA 3WUHA 5LL6Z 4O4GA 4DV5K 1GLLO 2OTLN 3TU5A 1RBSA 3V6DA 1RT3A 4BGBA 3U6FA 2Z1HA 4CZFA 3AO4A 5EX5A 4BWJA 3R1XA 4A59A 3NHGA 3FE1A 1RT7A 2Q0UA 3HSTB 2WOMA 3I0SA 4FWRA 4FM2A 5FROA 3RRHA 4B1ZA 3UE5A 5FPNA 3ZSRA 3A5LC 4FPAA 3CD6N 1LW0A 3ZEUA 2GWJA 1JXEA 3WEEB 4YOVA 3TANA 2DFHA 3MCAB 3BP8A 3CM5A 1Q8IA 4N41A 1S72N 2XO7A 2A1SA 3MEGA 4JI8K 2BANA 3SV4A 4DSKA 4YDUA 3FZMA 4O5BA 4DG1A 4Z4FA 1W97L 2P9KA 2PZSA 1EKEA 3M5RA 3L3UA 3ZT4A 2YHWA 3QLHA 1QQOA 4DTJA 3EO3A 2I7NA 1KAZA 3JAMO 1LAWA 2IOCA 4CEZA 3AVGA 3CMEN 5C15A 4OX9K 5BR9A 4FW2A 4KAZA 1BO5O 3LM2A 4H0PA 4DS4A 3OS0A 2FF3B 1HUXA 3SK3A 2OA8A 3RMAA 3NF8A 4A5BA 4CD3A 3OYDA 3ID6A 3QIPA 4XH1A 2Q3SA 4CJQA 2PBDA 3UB5A 1ZBHA 4FLUA 2RHKA 4U7BA 4FJJA 4DU3A 4CJRA 4CZJA 4I7FA 4JI2K 4H0TB 3CF5L 2J4RA 4MO4A 3C7NA 3MN5A 4KH5A 3HPHA 4B1WB 1BI4A 4OLBA 4DV2K 5AQSA 2KZZA 3EYZA 3M8RA 5LY3A 1VQ8N 5C2DA 5A2QO 1BOTO 1VRUA 3A2FA 4B08A 1BDGA 3OYLA 4FJGA 4FWOA 3QFUA 1VQ7N 3CCJN 3VQEA 3DJCA 3QIOA 1N6QA 3O9SA 1SS6A 4W5OA 2FXUA 3OYHA 3TTCA 1WSHA 3VF4A 3MMVA 3EZWA 2HHSA 3PUFA 3QEPA 5M1NA 2I7PA 4DTPA 1I3AA 1N36K 1E4GT 2W41A 2E2QA 5J2NA 1E4FT 3ZT0A 2P9NA 3VMFB 2HF4A 2FBYA 3U9DA 3EZ5A 2E5LK 4WQ5A 3DXMA 3K59A 2D0OA 4DR4K 4W5TA 4B3RK 3N4PA 5IWAK 4C8KA 1P90A 2YHAA 5M1OA 3DLKA 3G6EN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3J7Z O;  5DM7 L;  3CC7 N;  3CCU N;  1K9M O;  1M90 O;  1Q86 O;  1QVG M;  1VQ5 N;  5GAE P;  1YI2 N;  1K73 O;  1YJN N;  3G71 N;  3CD6 N;  5GAH P;  4WFN L;  1YHQ N;  3G6E N;  1M1K O;  1S72 N;  5HL7 L;  5H1S Q;  1K8A O;  1KD1 O;  3CCL N;  3DLL L;  1VQK N;  3CPW M;  1YIT N;  1YJ9 N;  2ZJQ L;  1JJ2 M;  1VQ6 N;  1NJI O;  4WCE L;  5JVG L;  1VQP N;  3OW2 M;  3PIP L;  1Q7Y O;  5GAG P;  1OVY A;  4IOC L;  3I55 N;  1VQM N;  1YJW N;  3CCQ N;  3CME N;  4WFA L;  4UY8 O;  1ILY A;  2ZJP L;  3G4S N;  5JVH L;  1W2B M;  3CCM N;  1KC8 O;  3I56 N;  3CCV N;  1KQS M;  4WFB L;  1Q81 O;  4WF9 L;  3CC4 N;  3CMA N;  2QA4 N;  1N8R O;  3CCE N;  1VQL N;  4IO9 L;  5DM6 L;  3CC2 N;  1VQO N;  1Q82 O;  3CF5 L;  1VQ4 N;  1QVF M;  5GAD P;  4U67 L;  1VQ8 N;  1VQ9 N;  1VQN N;  2OTJ N;  1YIJ N;  1VQ7 N;  3CCJ N;  3CXC M;  2OTL N;  2ZJR L;  3CCS N;  3PIO L;  3CCR N;  5MLC Q;  4IOA L;  2QEX N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NU0 A;  4OPH A;  3TAF A;  4YHH K;  3ZLJ A;  4CGG A;  4MDA A;  4V19 S;  1K9M O;  4FJN A;  4AIL C;  4DR7 K;  1RDA A;  3KWG A;  1M90 O;  2UUC K;  4JI5 K;  3K5O A;  4FVM A;  4YDU C;  4LSL A;  5EXW A;  4M7X A;  3ZET B;  1TK5 A;  2NRW A;  5KRS A;  4AHU A;  5HOO A;  4OPA A;  3P4I A;  5LJW A;  4LH4 A;  2D4W A;  1NM1 A;  3ULE B;  1Z6R A;  2EWS A;  3ZSX A;  1C0T A;  1TAU A;  1JCF A;  1RT2 A;  2OPS A;  2OCE A;  4LH5 A;  4IDH A;  4Z4E A;  3J81 O;  1KD1 O;  4FLX A;  4CJF A;  5C10 A;  4LFA K;  3DLL L;  1D9F A;  1XI1 A;  1RNH A;  4FYD A;  4JKA A;  3D2E B;  1NJI O;  4CD1 A;  4H5N A;  1GOB A;  4CEC A;  4MLH A;  1XNR K;  3DOL A;  3WNF A;  2VG7 A;  4BRE A;  1V4S A;  5GIN A;  2IVP A;  4IKF A;  3WNH A;  4QS7 A;  2HVI A;  1C0U A;  4LD0 A;  4E1J A;  2YJF A;  3BF1 A;  3P5J A;  4LY7 A;  1S6P A;  2Q1N A;  3R9P A;  2HNZ A;  5KQ8 A;  4FJI A;  1QSS A;  3H3N O;  4CHP A;  1YT3 A;  4R79 A;  1N8R O;  1B9D A;  2HND A;  4CFB A;  3J7Y P;  1QHA A;  5ADX A;  4RW6 A;  4BQL A;  2O8E B;  4B8A B;  4CJW A;  4LC9 B;  4DWI A;  2YX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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