1K9MO

Co-crystal structure of tylosin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k9mO00
1Q86O 1VQNN 1VQ9N 1VQON 1Q7YO 3CC4N 1K9MO 3CCVN 1NJIO 1ILYA 4IOCL 4WFBL 3CC7N 4WCEL 2ZJRL 1VQPN 2OTLN 2OTJN 3CCMN 1VQ4N 2QA4N 1VQLN 1S72N 1N8RO 1YIJN 1YJNN 3CCSN 3CCLN 1VQ6N 5GAGP 3DLLL 2ZJQL 5JVGL 1VQKN 5DM7L 2QEXN 1Q81O 5GAHP 3CMAN 3CCJN 3I55N 3OW2M 3CF5L 3PIOL 4U67L 3PIPL 3CXCM 3CD6N 1K73O 5DM6L 5MLCQ 5GADP 1JJ2M 1KC8O 3CCEN 1K8AO 1QVFM 1KQSM 3CMEN 3G4SN 4WFAL 1VQ8N 3G71N 3CCUN 1VQ5N 1KD1O 1OVYA 2ZJPL 5HL7L 4WF9L 1W2BM 4IO9L 1YI2N 1Q82O 1M90O 1YJWN 3CPWM 5GAEP 1VQMN 5H1SQ 3G6EN 1M1KO 4WFNL 4IOAL 4UY8O 1VQ7N 1YJ9N 1QVGM 3CCQN 1YHQN 3I56N 5JVHL 3CC2N 3J7ZO 1YITN 3CCRN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 1CLQA 2RKIA 3FFIA 1YTUA 4O5BA 3LWMA 5HBMA 3VN5A 4CESA 1NGBA 4RW4A 2D0AA 4BREA 3OYGA 3A5LC 4FPAA 4YFUA 2EWSA 1X9JA 4KO0A 2A41A 4MLEA 4AM7A 5HRPA 3HBTA 4QOZB 4B8CA 3F5TA 4NCBA 3ENOA 3ZT4A 2OPQA 1VQLN 2ZGZA 3OYLA 4B3TK 3MEGA 1ZYQA 3K57A 4A5AA 4ELTA 3VQDA 3VQPA 3EYZA 3KD5E 1KFDA 1BG3A 4OVLA 2E8AA 2AA4A 3CJBA 2QEXN 2WC9A 1FK9A 3DAWA 4BRMA 4JV5K 3ZSOA 3H3NO 1CZBA 4JNEA 3VMFB 1VK0A 1BIZA 4WYBA 1HNVA 3VGKA 3PIPL 1T7PA 5A2QO 3O4NA 4X64K 4CJEA 4JKGB 4M3TA 3V81A 1QS4A 3KLIA 2YCHA 1T8EA 3QIOA 3QFPA 2V7YA 5AQUA 4CD1A 4CF8A 2VG6A 1ASUA 5AZJB 2ZD1A 3C6UA 3A2FA 2KTQA 1N36K 1BWFO 4W5QA 3CERA 1ZBUA 1T6DA 5JS1A 2QM1A 4IO9L 4CBWA 3JXUA 4KI4A 3WQTA 4YOXA 2A40A 1R0AA 1EXQA 1X1PA 3LPTA 4AHSA 1X9MA 1NK0A 3OYJA 2GWJA 2GV9A 4LF5K 3I56N 4LH4A 3VESA 2Q36A 4JHDA 1LOTB 2E2OA 3V9SA 4C8KA 5F1XA 2HBKA 5EU7A 2A5XA 3V1RA 1HQEA 1E4GT 3HSTB 2W42A 1JLBA 3CPEA 4LSLA 3E9PA 4JK7A 1W7AA 3ID6A 1G15A 1JXEA 3OVNA 4DS5A 2P9IA 2NNWA 1LW2A 2IVNA 3LAMA 2VGMA 1BCOA 2YKNA 3LM9A 4JN4A 2OYQA 3HPOA 1N8RO 1BO5O 2VGNA 3SUPA 4IG3A 4O4GA 1UOCA 3ZSRA 1VQ6N 1ZBIA 5GAGP 1WSJA 1A5VA 4O44A 2NRRA 1HYZA 5AZJA 2QWMA 2ZE2A 3NDKA 4DR4K 1U2VB 4WE1A 4DQQA 1U49A 1JCFA 4AILC 4CCHA 4KB0A 1DKGD 2PZSA 2QKKA 2GELA 3PX0A 3WXIA 1EQYA 5HRNA 4FSVA 3VQ6A 5B8HA 1SS6A 3K9KA 4LY7A 5GADP 5BPNA 2HF3A 3TTDA 5AQLA 3AVNA 1IO2A 1SKRA 4FJHA 5IT9O 4FWRA 4H0XB 3S41A 4FL9A 3SAFA 3O9TA 4Z4FA 1HYSA 5I42A 1YAGA 1V4TA 4OO1J 5J2QA 5C42A 2G8WA 4H0OA 3B8AX 1J5EK 3C7NA 1FKPA 5CYMA 1YI2N 2ZGYA 4N56A 3ZSQA 3QEXA 1SL0A 4OKJA 1KLNA 1S5JA 3AVBA 4BRAA 4E1MA 4IOAL 2E5LK 4CJ7A 1Y97A 3QESA 2HHQA 2O8FA 5I9EB 3EN9A 3MN5A 4DF8A 3UB5A 2FSKA 4E7LA 3IMXA 4B08A 1YITN 4IDHA 1R59O 2B5JA 1RCHA 4CZIA 3Q7BA 4CJRA 3MDQA 4FLXA 4EHTA 1CXQA 1O1WA 3KLFA 1ASVA 1HPZA 3IKMA 4CJ5A 1TUYA 3VQCA 1HLUA 4PWDA 3L0QA 2VYPA 1C1BA 3LALA 1KLMA 3O3FA 3M5RA 2YV0X 4DFKA 3FZKA 4Q5VA 3OYCA 1RBVA 4B3RK 4KTWA 2QTDA 3NVKA 4A61A 4DV1K 5J2NA 3LZJA 5F2RA 3EZ5A 5AQGA 1IKYA 2KKZA 4M7XA 4IBNA 3ZETB 2PY5A 1NWKA 4GV9A 3K5LA 3RWUA 2Q0RA 4CJUA 1N34K 1QHAA 4IWVA 2FBXA 1IKXA 1XHZA 4F8RA 4FVUA 5JLHA 3OS1A 3DLRA 4CFCA 1QVFM 5M1NA 1OH7A 5E84A 2V51B 2ASMA 1VRUA 1BU6O 4DFJA 4CZLA 2Z1JA 4JKCA 4DQ8A 1NLVA 4DR6K 1KD1O 3CYMA 1SL1A 3DLKA 2RN2A 2CH6A 5FPEA 4OJRA 3ULEB 4A59A 4DMNA 3PO5A 4GKJK 3LDSA 1Z6RA 2A6AA 2QWRA 2O8EB 1M1KO 3VQ4A 3MMVA 3BF3A 3VQ8A 2GBZA 3AGRA 1YJ9N 1VQ7N 3NHGA 1QZ6A 4K8XA 5BRDA 1NKEA 4B8AB 5KRTA 1XQSC 2Q31A 4FJLA 1LW0A 4BRPA 4KHPK 4AHCA 3ITHA 4CJSA 3SQ4A 1QQCA 3BGRA 3QETA 4GMJB 1TKZA 2DFHA 4Z94A 3SYZA 1RGIA 2OANA 4OX9K 3RMAA 3AVAA 3EKUA 3CCVN 2R7YA 2W40A 3PX6A 1NK5A 4FZZA 4O8UA 2ZWHA 4B9MA 2VWKA 4CK3A 1JLGA 2I5JA 4W5OA 1UA1A 1RNHA 2BUPA 5AQNA 3D6RA 3S9HA 3CCMN 5AZIB 2OTJN 3KK7A 3QO9A 3ULEA 4DV6K 4H5NA 4CW7B 1WSFA 3LDPA 2Q97A 4KH6A 4RG8A 4FZXC 3A0IX 1T3VA 4DFMA 3DLLL 3U9DA 4CJPA 4KV8A 4E7JA 1HMVA 4B3OA 4CFBA 5C24A 1RT6A 4WQ4A 3RMCA 3C65A 5FRNA 4KFBA 3OTOK 1CZ9A 2AP1A 3WEEA 1HJRA 3IRXA 1QSSA 4JHDB 3AY9A 3NF6A 4YNQA 4JI4K 4AH9A 4CK1A 4X62K 4HHTA 4CHYA 1D9FA 4K42A 3HPHA 3D2FA 1SKWA 2HF4A 4M41A 1HUXA 2VWBA 2G8FA 3KTQA 3M8QA 3CM6A 4LFCK 4JLHA 3TAFA 3CFOA 1P90A 3NF9A 1RDAA 4BR5A 4A2AA 1WSEA 4JKAA 3TAQA 5E26A 1W2BM 2QW9A 3ALYA 2BGGA 3OBWA 4FK0A 3HSCA 3THWA 5FRMA 3V9XA 4J2BA 1D9DA 5GAEP 4LF9K 3BZKA 3VQEA 5AQRA 1E3MA 3PO4A 4IXCA 4C1NK 2Q0UA 1BHLA 4FOEA 1TVRA 3E1YA 3VQAA 3O4QA 3ISNC 4FK4A 5JMVA 3VQ7A 3TAMA 3OS0A 3HL8A 4KAZA 4ELUA 5C2DA 3R6MA 3U6FA 2QWOA 2OPSA 4DU3A 2HB5A 3KK1A 2HHUA 1Z05A 4NO7A 3MAQA 4YOWA 3JYTA 3TAGA 3ZSZA 1ILYA 4H5VA 4CHNA 1XMQK 3ZT0A 3LDOA 3MX2A 1XWLA 2IS3A 4FWNA 4YOUA 3RMBA 4FLWA 2IVOA 3LZIA 2OTLN 1NK6A 1ZBFA 2IC3A 1NOYA 4B9UA 4DTMA 3UIQA 3S3OA 1RBRA 2X74A 3CFPA 1TL3A 3HVTA 4BDPA 1UAXA 3F9KA 1N32K 1WB9A 3CQ8A 3SMSA 2ITMA 1GLFO 2P9LB 4M3ZA 2HVHA 2XY7A 3I55N 3J8AA 1YUWA 3WNGA 3TANA 1VSLA 3CXCM 3VEYA 4BQLA 3VGMA 1H1VA 3SBGA 4Z4EA 1WUAA 4LF6K 1KQSM 5BRFA 4PY5A 4M63C 4YOYA 4A57A 4E1NA 2YHAA 1XUPO 4XH4A 3OY9A 3SAHA 1ZC6A 1KAYA 1KVBA 1NJZA 4CD3A 5AQSA 4BC5A 4NLBA 3V4IA 2YHBA 1OH8A 1IKVA 3VPZA 2HMPA 5M1PA 4KHWA 4AM6A 3SPYA 1FXXA 3QBWA 3G6EN 3DOKA 4DG1A 3HT3A 3D2FB 4CEZA 4MDBA 2HOEA 4UY8O 2CGLA 2XHBA 3CFRA 1QSLA 1ATSA 4CERA 5JVHL 4E89A 1SZ2A 5GIOA 4BR0A 1IBLK 3OYDA 4FJKA 5AQYA 1Q86O 3AVMA 4CGGA 4BE1A 3MN9A 4OPAA 3PY8A 4EP4A 1XHXA 4J8FA 4DR5K 2E1ZA 4MFBA 3CC4N 3QNOA 4JI2K 3P1GA 4IOCL 3U3YA 1SQKA 5BRHA 4WFBL 4GNIA 1MA9B 4UQGA 3SUNA 3FZFA 4FJNA 4EZ9A 4F3TA 4DS4A 2VQFK 4BC4A 5KPZA 3UKUB 3CG7A 3OJUA 1VQ4N 5AQIA 1EETA 3HJFA 3BDPA 2Z1IA 4DFPA 1YJNN 3ZEUA 3WUHA 3VOVA 2HNDA 4TSXA 4JI5K 5BN8A 3KK3A 1I3AA 4RW9A 3KVGA 3F2KA 2XO7A 4BVOA 3QNNA 2BE2A 4E3SA 2GEMA 2BH1A 4E19A 3QMLA 3MXMA 4DKWA 1C0UA 1RT7A 1O13A 3NF8A 3DXKA 3NGIA 4RW6A 4BROA 3L3UA 1WAJA 3KK2A 3VEZA 3F9MA 3CM5A 5AQVA 3KKRA 3D45A 2ATQA 2D0PA 2FBTA 3NH1A 1BA1A 4JI6K 4M7YA 3O80A 4DTPA 3G0ZA 2YNHA 3DMJA 3OYIA 2O8BA 1NK4A 2LSNA 1NKBA 2UXDK 3AO1A 1XNRK 3RSEB 2HHXA 4CBXA 3MK6A 2NUBA 1WSGA 3ZT2A 3I0RA 5FPMA 3I33A 3QEVA 3B6OA 3KZBA 3O4WA 2CGKA 4JI3K 1IV0A 4FJJA 3O08A 3OHRA 4FJXA 3WNFA 3SMPA 3LL3A 1Q82O 2BTFA 4MO4A 3BF1A 3OYBA 1BUPA 4Y0WA 5H1SQ 3H45C 4A62A 5GINA 4H4MA 4MLHA 3QEPA 1J5OA 3M8PA 4FJ8A 1UWBA 1EO1A 4EAHD 1Z26A 3O8MA 3D0PA 3MXIA 3E66A 3O6WA 1Q18A 3A8YA 1RBUA 2W41A 5HRRA 1KCFA 1V4SA 4BRDA 2NRWA 5FROA 2FBVA 4IJNA 4DUZK 3VTIA 1D8YA 4DWIA 3TTCA 4JS5A 4DV3K 4RCHA 3NH0A 5AQTA 1MWMA 3T69A 3VF6A 2P9SB 2D1KA 2G8UA 2P9UA 2QWQA 2E4LA 2FLOA 3FLCO 3WNEA 3CC7N 4B1VA 1IKWA 3WEEB 3TAEA 4GKKK 5KGWA 5ADXA 2UU9K 1GOCA 1LWEA 1TK0A 4ZTJA 2NRZA 3CCSN 3HM9A 2UUBK 5LL6Z 2DTUA 4KKOA 4V19S 4DSJA 3ENBA 4N5SA 2D0CA 4PL8A 4GY2B 3D2EA 3RRHA 1RBSA 1BQNA 3TARA 3SUQA 3I0SA 1BOTO 1U6ZA 4DU1A 5AQXA 3MCPA 5EY4A 3VEXA 3VENA 4BRQA 4K0KK 1EWRA 3IG1A 4CGDA 1GOAA 3OW2M 2BDPA 3HOSA 3KIOA 5JLFA 3CF5L 4JKHA 2IDOA 1U2VA 4CECA 4BR9A 3RR7A 5AR0A 4KPYA 3CI5A 4ICLA 4NXMK 1JJ2M 5SZTA 4DSIA 1HNWK 1NGEA 5C12A 4DTNA 1JL1A 2E2NA 3LPUA 5FPDA 2UUCK 1C0TA 3N4PA 1VQ8N 4M42A 1GLDG 4CZEA 1OVYA 4MO5A 4JAXA 3DRPA 3DXMB 3TAPA 3JAMO 3VA0A 4C8NA 3OYEA 3VA3A 2J4RA 2A3ZA 5EXWA 3VERA 4CGIA 3OJSA 3SCXA 2ASPA 1X3MA 4K41A 4CZMA 1YJWN 4IFVA 3OYFA 1IBKK 3ZT1A 4I9LA 4BDZA 2F8TA 4L8RB 3K2PA 2I7NA 1HNIA 3G10A 4FM0A 3GDQA 2KHOA 1YHQN 3OBYA 4JYAK 1RDDA 3CC2N 2DFFA 2DPNA 1SAZA 4O0JA 3TU5A 3E9OA 4ILJA 1RTDA 3LM2A 3HO1A 1NOZA 1VQNN 1RT1A 4B1ZA 1S9GA 4BRNA 1XNQK 1RDCA 3OYAA 3DYAA 2ETJA 1WBDA 1HKBA 4KH4A 4FYDA 4CF2A 4NXNK 4XH1A 2RF2A 3EL2A 4AQYK 1HRHA 2Z1GA 3L2RA 4DB3A 1NGFA 3ZEUB 4C23A 5I3UA 2P9UB 2YHYA 4PUOA 2D5RA 5J2MA 3FFKB 1REVA 2FXUA 4CJQA 1ATRA 5HOOA 3UKUA 1E4FT 2FF3B 4BR4A 1A5WA 1GLBG 5JVGL 2A42A 3C6AA 4DTJA 3IUCA 4BWMA 3DXKB 1JL2A 3KWGA 3GG4A 1EWQA 3L2QA 4MDAA 4IG0A 1C1CA 2WBNA 4DSEA 2A1SA 3TSUA 3NH2A 1Y64A 4JS4A 1NGDA 4PL7A 5KQDA 4BACA 1RBTA 3NGYA 2PBDA 1VHXA 3FE1A 4CIFA 3H46O 4E7IA 3DWLA 3U9ZA 1KC8O 4JKDA 1K8AO 3SAGA 1NU0A 3DLHA 1GLAG 3BEXA 2E1YA 5AQQA 1FJGK 3JS6A 1QQNA 3DXMA 3T1AA 3J7YP 2VQEK 2HHSA 2HHTA 2F9WA 4JK8A 3WXMB 3LWLA 4MQ3A 2O8BB 2F4VK 4IDKA 5FPNA 5AQKA 4Z0UA 2QI2A 3THYB 3ZX3A 4B1WB 2FSJA 1VSEA 2UUAK 1QTMA 4CF0A 4OLBA 4Q0BA 4WFNL 5AQHA 2P9PB 5AJ3K 5BPMA 3HP9A 4CEEA 1KXPA 3AVGA 3CCQN 3PV8A 5ELZA 3L2VA 4CE9A 1UA0A 5AQOA 2CH5A 4OPKA 4N76A 1BI4A 5DK5A 3OYNA 4B9TA 3RRGA 4CJLA 2V7ZA 4FLTA 5AFUA 4KRFA 4F4KA 1K9MO 3ZYYX 4BQZA 3QEIA 3SQ1A 1XI1A 4FWMA 4AHUA 4B1YB 4FXDA 1CXUA 2E20A 5HP1A 4DSKA 3THXB 3KLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q86 O;  1VQN N;  1VQ9 N;  1VQO N;  1Q7Y O;  3CC4 N;  1K9M O;  3CCV N;  1NJI O;  1ILY A;  4IOC L;  4WFB L;  3CC7 N;  4WCE L;  2ZJR L;  1VQP N;  2OTL N;  2OTJ N;  3CCM N;  1VQ4 N;  2QA4 N;  1VQL N;  1S72 N;  1N8R O;  1YIJ N;  1YJN N;  3CCS N;  3CCL N;  1VQ6 N;  5GAG P;  3DLL L;  2ZJQ L;  5JVG L;  1VQK N;  5DM7 L;  2QEX N;  1Q81 O;  5GAH P;  3CMA N;  3CCJ N;  3I55 N;  3OW2 M;  3CF5 L;  3PIO L;  4U67 L;  3PIP L;  3CXC M;  3CD6 N;  1K73 O;  5DM6 L;  5MLC Q;  5GAD P;  1JJ2 M;  1KC8 O;  3CCE N;  1K8A O;  1QVF M;  1KQS M;  3CME N;  3G4S N;  4WFA L;  1VQ8 N;  3G71 N;  3CCU N;  1VQ5 N;  1KD1 O;  1OVY A;  2ZJP L;  5HL7 L;  4WF9 L;  1W2B M;  4IO9 L;  1YI2 N;  1Q82 O;  1M90 O;  1YJW N;  3CPW M;  5GAE P;  1VQM N;  5H1S Q;  3G6E N;  1M1K O;  4WFN L;  4IOA L;  4UY8 O;  1VQ7 N;  1YJ9 N;  1QVG M;  3CCQ N;  1YHQ N;  3I56 N;  5JVH L;  3CC2 N;  3J7Z O;  1YIT N;  3CCR N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJM A;  1CLQ A;  2RKI A;  3FFI A;  1YTU A;  4O5B A;  3LWM A;  5HBM A;  3VN5 A;  4CES A;  1NGB A;  4RW4 A;  2D0A A;  4BRE A;  3OYG A;  3A5L C;  4FPA A;  4YFU A;  2EWS A;  1X9J A;  4KO0 A;  2A41 A;  4MLE A;  4AM7 A;  5HRP A;  3HBT A;  4QOZ B;  4B8C A;  3F5T A;  4NCB A;  3ENO A;  3ZT4 A;  2OPQ A;  1VQL N;  2ZGZ A;  3OYL A;  4B3T K;  3MEG A;  1ZYQ A;  3K57 A;  4A5A A;  4ELT A;  3VQD A;  3VQP A;  3EYZ A;  3KD5 E;  1KFD A;  1BG3 A;  4OVL A;  2E8A A;  2AA4 A;  3CJB A;  2QEX N;  2WC9 A;  1FK9 A;  3DAW A;  4BRM A;  4JV5 K;  3ZSO A;  3H3N O;  1CZB A;  4JNE A;  3VMF B;  1VK0 A;  1BIZ A;  4WYB A;  1HNV A;  3VGK A;  3PIP L;  1T7P A;  5A2Q O;  3O4N A;  4X64 K;  4CJE A;  4JKG B;  4M3T A;  3V81 A;  1QS4 A;  3KLI A;  2YCH A;  1T8E A;  3QIO A;  3QFP A;  2V7Y A;  5AQU A;  4CD1 A;  4CF8 A;  2VG6 A;  1ASU A;  5AZJ B;  2ZD1 A;  3C6U A;  3A2F A;  2KTQ A;  1N36 K;  1BWF O;  4W5Q A;  3CER A;  1ZBU A;  1T6D A;  5JS1 A;  2QM1 A;  4IO9 L;  4CBW A;  3JXU A;  4KI4 A;  3WQT A;  4YOX A;  2A40 A;  1R0A A;  1EXQ A;  1X1P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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