1K9MO

Co-crystal structure of tylosin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k9mO00
5MLCQ 3CC7N 1YHQN 2OTJN 1M1KO 5JVHL 3CCSN 2QA4N 3J7ZO 1Q82O 3CCQN 1KC8O 1ILYA 3CCUN 5H1SQ 1K9MO 1KQSM 3G4SN 2QEXN 4IOCL 1Q86O 3CCEN 1K73O 1VQ8N 4IOAL 5GADP 1VQ9N 2ZJRL 1KD1O 5DM7L 1N8RO 1M90O 3G6EN 3G71N 1VQ6N 4WFBL 1JJ2M 1Q7YO 3CXCM 1VQMN 1VQPN 1VQLN 3PIPL 1YJ9N 1Q81O 3CCRN 5DM6L 1YJWN 1VQ7N 1QVFM 3CD6N 1K8AO 3OW2M 4WFNL 3CC2N 5GAGP 1YJNN 1S72N 1VQ5N 1NJIO 4UY8O 1YITN 3I56N 1VQKN 4WF9L 3CCLN 3CMEN 1VQNN 4U67L 3CC4N 2ZJPL 1W2BM 4IO9L 4WFAL 3CCJN 1OVYA 2ZJQL 3CF5L 1VQ4N 4WCEL 1YIJN 3I55N 1YI2N 3CCVN 5HL7L 3PIOL 3CPWM 1VQON 5JVGL 5GAEP 3DLLL 3CCMN 1QVGM 2OTLN 3CMAN 5GAHP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EYZA 4BDPA 4MQ3A 1Z26A 3QO9A 2ZQBA 4H5RA 4DV4K 1NKCA 1G99A 2OZSA 4B9MA 3OVNA 3OYLA 5M1NA 2O8CB 1S22A 4DWIA 4FK4A 2E2PA 4FJXA 4FVMA 1VQ9N 2G8UA 2B6AA 3VEVA 1EQYA 1Y64A 3C65A 2BDPA 3HM8A 3VGMA 4DU1A 2YNHA 1GLFO 1ASVA 3NDKA 1EKEA 3R9PA 4NCAA 1YXQA 3H3OB 2QWPA 4DTOA 4JKBA 1VQPN 3IKMA 1X9JA 1ZBFA 1BL3A 4JLHA 4DTPA 2UU9K 3JYTA 3PX0A 2D5RA 2OPSA 1S1TA 5ADXA 3QLHA 1X9SA 4DF4A 1OH6A 1EXQA 3V9UA 3SBTA 3ZSOA 3A5NC 4BC3A 2EX3A 4CIEA 4DLGA 3C7NA 3HRGA 3IMXA 4K0KK 3AVAA 3C0BA 2HNDA 3EE8A 3EKSA 3A2FA 4BRKA 4GVEA 3NGIA 3OYGA 3AGRA 3VERA 4KHSA 4DTRA 3DLEA 3DRPA 4BC5A 1BCMA 5DMRA 1OH5A 1RT4A 3QESA 2ZD1A 3NFAA 4IO9L 4WE1A 2I5JA 2GWKA 4C8LA 3PLAA 2VQFK 3ULEA 1JCFA 3CYMA 2IAJA 3CJ1A 1WSHA 2O8DB 1LV5A 4BRAA 1SAZA 4NO7A 2HBMA 2WFBA 3OYBA 1GLCG 2O8BA 4NYFA 3K5NA 5AZJB 5M1FA 4DFMA 2I7PA 1GOAA 3TARA 1XWLA 3NGZA 2O8EA 3ATUA 3OHRA 1FK9A 1QQNA 2YJEA 4FJ8A 2QK9A 4DUYK 1SUQA 3CCUN 4B3TK 3J7AP 2Z1JA 3DAWA 4DMNA 3M6GA 4ISGA 3P1GA 1NK4A 1LW2A 2OYQA 1NGHA 1C0TA 4OGEA 3THVA 1VSKA 3F9KA 2PYLA 1BIUA 3ENBA 1XHXA 3PX6A 4HWIA 3NH2A 3NE6A 4FYDA 4DSEA 4FZZA 3DXKB 4N76A 3VGLA 3AV9A 3OS2A 4LH4A 2UUCK 4H0XB 2KW4A 1VQ6N 5KTQA 4DFKA 4WFBL 3GDQA 4J2DA 1G15A 4CJRA 2I7NA 1N34K 4A2AA 3VPZA 4J8FA 4CHQA 3S3OA 4LF9K 1Z6RA 4NXMK 3R8EA 3V9ZA 3NVKA 2ETJA 4BGAA 4IJAA 1RBVA 4JYAK 4W5TA 2FSNA 5T7BA 1KCFA 1QVFM 2ASMA 1E4GT 1CZAN 4FW2A 4ID1A 3JS6A 1EWRA 1HJOA 4JI5K 3FZMA 2NRVA 3P83D 4CJFA 1JLGA 2QI2A 4DV1K 3TSUA 1RDBA 3KD1E 3T1AA 1SKSA 1ZBIA 1Q9YA 3SQ2A 3UE5A 3SBGA 5C2DA 4BR2A 4FK2A 4BRQA 1E4FT 4LF8K 4N5SA 1NMNA 4MDBA 3U3YA 5EU7A 4CEAA 2KHOA 1D9DA 1WLJA 3H6EA 3VENA 1X3NA 4DV6K 2HMIA 1HQEA 1GLDG 3V6DA 3JSMA 3EN9A 3DLLL 4O44A 4YOYA 4JKGB 4IXCA 2Q3SA 4EP4A 3ZEUB 3AGKA 4CJ5A 4FCYA 2YKNA 3FFIA 5FLXO 3O3GA 3THXB 1B92A 1KAXA 4JI3K 2YNGA 4OKJA 4KHWA 1A5VA 4IKFA 1RGIA 3LDQA 5E26A 2O8DA 2F96A 4ZTJA 3VF2A 3VQDA 1KVCA 4G9ZA 4BRMA 1ILYA 2UXCK 1KQSM 1NM1A 3G4SN 1SL1A 1YTAA 4KKOA 3KJVA 5AQGA 1TK0A 3AA4A 3SJHA 4AHUA 4CE9A 2YNFA 3RR7A 2QXLA 3OYFA 1WAFA 5A2QO 3W0LA 1QSYA 4WQ5A 1VSEA 3NF6A 1RT5A 1N8RO 1EP4A 2A40A 2BH1A 2HMPA 4GKJK 3ZLJA 1QS4A 1KAZA 2DFEA 1VSJA 3IDHA 4Z4CA 1I94K 5KRSA 3LPUA 1SKWA 3Q7CA 4HVJA 3O9QA 4F3TA 4KTZA 4AHVA 2Y1IA 4DR3K 3KLGA 4I2PA 3DXKA 4BQZA 3KTQA 4LY7A 1TUUA 3CFPA 4ZHRA 5EXWA 3LP2A 2IVNA 1VSDA 4KHNA 2O4IA 4FWQA 2DFHA 1S9EA 3GBTA 4W5NA 5BPLA 2BANA 3HK2A 3LAMA 3EL2A 5I9EB 4GW6A 3IAYA 4KH6A 5GAGP 4CJ3A 3TTDA 1D8YA 2GUIA 4LFBK 3AO3A 1BI4B 3L2WA 4H5WA 2WTUA 3ZSVA 2EWSA 3VGKA 1NK8A 3CETA 4FJKA 2RN2A 3PUFA 5J2QA 3DYAA 5CZ2A 1TKXA 2YHBA 5C24A 4BC4A 3MXMA 3QERA 4BR0A 5AZIB 5AQZA 5KGXA 1WSJA 3QEIA 5KI6A 4WCEL 4KI6A 3TSQA 4FJ7A 3UKRB 1XQSC 3T69A 4ILJA 2OA8A 4DR4K 5GINA 4M45A 4HCCA 3RVCA 3CERA 4EP5A 3SMSA 3VF4A 1EWQA 1QQMA 3J80O 4K41A 3ASMA 3VTHA 3KWGA 3LDPA 3ZYYX 5CHIA 4AF1A 3G25A 3I8BA 3K5OA 5JVHL 3B6PA 3UKUB 2D0AA 2UUBK 2GUPA 2B4JA 3CQYA 4O0JA 1D5AA 3E9OA 4JK9A 4DQSA 1K9MO 3ZEUA 3WNGA 1WAJA 3LZIA 2QWRA 4K42A 4H0TB 4ILGB 4AM7A 2P51A 3WNHA 1XI1A 1LAVA 3ZX3A 1BGXT 2H3GX 3U8XA 5AQYA 1NKBA 3F2KA 1BIZA 3HOSA 4HUEA 4CERA 4CGDA 3AA5X 3KKSA 3D2FB 1DEJA 4FSVA 1KD1O 2FBYA 1JLQA 3SMPA 2XO7A 3VQ9A 1T6DA 1JL1A 4FWRA 4DF8A 2V7YA 1ASUA 4KHPK 4B3OA 4BVOA 4LF7K 4X65K 3QINA 2F8TA 4GV9A 4BRFA 3O4QA 4RG8A 3TSPA 1T05A 1T44A 1J6ZA 3AO1A 2V7ZA 5AQFA 1VSFA 4CI6A 1NGGA 4EAHD 2E4LA 4CF1A 1XMOK 4CJQA 4KHUA 4UY8O 4AHSA 4DR6K 4RWTA 5J1EA 3HBTA 2IGIA 2P9NA 4X62K 1UOCA 3RR8A 1WSFA 4BC2A 1TKDA 3MWPA 5AQMA 1JL2A 3FZHA 3CC4N 2IVOA 5I42A 4B1UB 5KPTA 3TTFA 4CJPA 4BR9A 2W6LA 1VQ4N 2ASPA 2QTDA 3O1BA 5CYMA 3OYHA 4M41A 5AJ3K 2QKKA 2IIRA 5AZIA 3AO4A 5SWMA 3M8RA 5GAHP 5H1SQ 1YF5L 4KBOA 2RF2A 4DHYA 4I9QA 4C1NI 1J54A 4BR4A 2RHKA 3E1YA 3KVGA 4KV8A 2YI1A 4CJEA 3OJSA 3NF9A 1IKVA 1SZ2A 3HT3A 1L5UA 1OH7A 2GWJA 4B3MK 1QZ6A 3E01A 3AA3A 1HJRA 3W3DA 4HCBA 3QIPA 5BPNA 4FZXC 1XMQK 2XY8A 1NGJA 4E7KA 2XY5A 4OJRA 4O55A 2YHWA 3T3FA 1ATSA 1Z25A 3CJ9A 4A59A 4CEOA 4YY3K 1UWBA 4DV3K 4CEBA 4K8ZA 1LW0A 4EZ6A 4E7JA 1GLLO 2PFUA 1NJWA 4KHYA 1S1WA 1BUPA 1C6VA 3HL8A 2KTQA 1J9AA 4F2RA 1YJ9N 1C0FA 4E1NA 3H1VX 2CGJA 5EVZA 3SPYA 5BR8K 1HLUA 2V52B 1R0AA 1ASWA 3U3GA 4C8KA 4JI8K 3MN5A 2G8WA 1QE1A 1HNZK 1RT1A 3OW2M 3VQCA 4O0IA 1IG9A 3GG4A 5CY4A 2AA4A 5JICA 1RT7A 3VESA 3CQ8A 3MAQA 5BRHA 3SV4A 2E2NA 1YAGA 4NCGA 4CJUA 3C7NB 2A3ZA 1N33K 3LDNA 1HNWK 3O9UA 4IEIA 4CEFA 1N32K 4BDZA 2P9LA 2ZF5O 4QCLA 2NRZA 4PWDA 1ZXOA 4O8KA 4CEEA 5AQLA 4YOTA 1T3VA 1Y97A 1UA0A 3HO1A 1RTIA 4U7BA 4X66K 3FFKB 2VQEK 3PY8A 3DRRA 3U4LA 3ULEB 3U6FA 4C8MA 3TU5A 1I3AA 3B8AX 4YHHK 4FWKA 3K5LA 5AR0A 1JXBA 1CLQA 1GLJO 4FLXA 5EX5A 1S9GA 3EZ5A 5C12A 4E7HA 3KKRA 3I33A 3TAGA 3V9WA 3MCPA 3SZ2A 1M1KO 2ZGZA 2WONA 3CCSN 2UYTA 4GY2B 3OS1A 4CJSA 2IVPA 3CIPA 3RWUA 4Z4GA 4CK1A 3M5RA 4CGFA 2XY7A 2ZE2A 1HKGA 5TKWA 3T19A 4CEZA 5ELZA 1C0UA 2EHGA 4DR5K 2RE2A 3ZSXA 2ZJRL 1Z05A 5I3UA 4CFBA 5F0XA 3KK1A 1BG3A 4BE2A 1M90O 4B9QA 2QM1A 3QEPA 4ILHA 3UIQA 3TR8A 1J5OA 1JJ2M 4BQLA 3L2UA 3NCIA 1SKRA 1RT2A 3FR0A 1MA9B 1HMVA 1ESVA 3OYAA 3SUPA 3OYNA 3KLHA 1K8AO 4ZTFA 4CD3A 2KKZA 4M3YA 4OKEA 3NBPA 3MCAB 3I56N 3VA0A 4M63C 1QQCA 4Q0BA 1X9WA 3KK7A 1HYVA 3HI0A 3BZCA 3MN7A 4JKEA 1HRHA 3ZX2A 4E19A 4QS7A 4FJ9A 1DGKN 3LM2A 3HSTB 1JKHA 3LALA 5EOYA 3S3NA 3VEOA 3IS9A 4OLAA 3H45C 5C42A 3CF5L 4BDYA 3P39A 1L3VA 2HVIA 4RW6A 3RMBA 3LDOA 4CD1A 4CIFA 2HSTA 4BVPA 1JLEA 2V51B 4PHTX 5TKYA 1DLOA 4JAXA 3VETA 4C23A 4A57A 5AQSA 2B5JA 3CM6A 5HLFA 1E3MA 3PSIA 3AVCA 4BE0A 1FKPA 3A8YA 2ASOA 4IFVA 5M1OA 2YV0X 4B9VA 4FJHA 1Q9XA 4CZHA 3TWHA 3A5OC 1NGAA 2AP1A 1Q82O 4CHZA 3N4PA 3TTCA 3SQ0A 4F8RA 3T1HK 3OYEA 5BN9A 4B1VA 4FM2A 4JI1K 3MX2A 1W7AA 2O8FA 3MECA 4KTWA 1S6QA 4JI7K 1IG8A 2E20A 4B1YB 1WBBA 2P9UB 5DM7L 4PY5A 1RDDA 1TV6A 4LF5K 4BRDA 1MWKA 1A5WA 1REVA 1J53A 3K5MA 4DU4A 5GIOA 3VQ8A 1N6QA 3KLFA 4BWJA 3WT0A 1T8EA 4CGIA 3QMLA 1U6ZA 4FWOA 1SL0A 4MO5A 3O4WA 5F1XA 2IC3A 1TYQB 4PL8A 1D4XA 4B8AB 1X1PA 1RBRA 5J2MA 3G10A 2QKBA 2RPIA 2X74A 1L3UA 2JWKA 3GOIA 3DLRA 2QWOA 4BRGA 2VYPA 1IO2A 2R7YA 1RDCA 4ISEA 1NJYA 1JLCA 1UAXA 4U67L 4QS8A 3A5MC 3V4IA 3QEXA 2FLOA 2OPRA 2P9KB 3HPOA 2VGMA 3HJFA 1NGFA 4GNIA 4M3XA 3THWA 1RBTA 1NJZA 1VQON 5BRFA 4Y1CA 3HTVA 4FO0A 1LWCA 5GAEP 3CPEA 4KH5A 2HHWA 1VSHA 3P5JA 4PA1A 2HHXA 4B9LA 2E6LA 1VAZA 1TAUA 3DJCA 4CHNA 1TKZA 4GKKK 4CZEA 1ITGA 3CM5A 5AQNA 3QNOA 2Z1HA 3M8PA 4CBUA 1SL2A 1OH8A 3J8AA 3TPQA 5CE3A 4Z4FA 4JK8A 1HUXA 3FE1A 4CZMA 1BDGA 4KB1A 1NMDA 2VG6A 1T03A 1VSIA 3RSEB 4ICLA 4DR1K 2G8VA 4IOAL 4E89A 3L2RA 4FWNA 3ZSWA 1NK6A 2CH6A 2KZZA 2G8IA 4K43A 1IH7A 3PV8A 3VQQA 1N5YA 1RDAA 2PAVA 4OPHA 3EO3A 2HF4A 3G71N 4JD2A 4HUFA 3LWMA 3MXIA 4WQ4A 2XHBA 1EO1A 3D7EO 4B3SK 3CJCA 3AVNA 3U9ZA 1WN7A 2P9UA 1DKGD 5FPNA 3WXMB 5FDLA 4BROA 2OZMA 2X6NA 3F9MA 4FWLA 2YJFA 3ENHA 2W41A 2QXFA 2QWNA 4OVLA 3WQUA 1YJNN 1VQ5N 1JLBA 1WNSA 1JLAA 2E2QA 4E1JA 4B1ZA 3HPHA 2UUAK 1TL1A 1TYQA 3N4QA 3OYJA 1FJGK 3PX4A 2IDOA 2P9NB 3KIOA 3ID6A 5JS1A 2PBDA 4JKDA 4IJNA 2ZJQL 2NUBA 3MDQA 3I8DA 3TAMA 4IG3A 4F3OA 3AVJA 2LSNA 3VQ6A 4R79A 1YUWA 3ZSQA 4N47A 3A5LC 3U9DA 3E66A 1XC9A 4LFAK 1ATNA 2P9KA 4WQ5C 4CZJA 3SAGA 3AARA 3LDSA 4W5OA 5E41A 3CC7N 1YHQN 2OTJN 2HBJA 2XY6A 5LJVA 2HBKA 2FBVA 3WUHA 2PY5A 1NU0A 3ZT1A 5C15A 1IKYA 1B9DA 5AQVA 2GEMA 4IOCL 1U49A 3CJBA 5CZ1A 4DV5K 3EEQA 3CCEN 4XEIA 2HB5A 4OLBA 3OJUA 3E9LA 4YOUA 4YFUA 5FPMA 1X3MA 4RW7A 1RDUA 3DI6A 3PSFA 2QWLA 2OPPA 3RSEA 2FC0A 1NGDA 3ISNC 3QDKA 2HHHK 2HHSA 3CXCM 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  3CC7 N;  1YHQ N;  2OTJ N;  1M1K O;  5JVH L;  3CCS N;  2QA4 N;  3J7Z O;  1Q82 O;  3CCQ N;  1KC8 O;  1ILY A;  3CCU N;  5H1S Q;  1K9M O;  1KQS M;  3G4S N;  2QEX N;  4IOC L;  1Q86 O;  3CCE N;  1K73 O;  1VQ8 N;  4IOA L;  5GAD P;  1VQ9 N;  2ZJR L;  1KD1 O;  5DM7 L;  1N8R O;  1M90 O;  3G6E N;  3G71 N;  1VQ6 N;  4WFB L;  1JJ2 M;  1Q7Y O;  3CXC M;  1VQM N;  1VQP N;  1VQL N;  3PIP L;  1YJ9 N;  1Q81 O;  3CCR N;  5DM6 L;  1YJW N;  1VQ7 N;  1QVF M;  3CD6 N;  1K8A O;  3OW2 M;  4WFN L;  3CC2 N;  5GAG P;  1YJN N;  1S72 N;  1VQ5 N;  1NJI O;  4UY8 O;  1YIT N;  3I56 N;  1VQK N;  4WF9 L;  3CCL N;  3CME N;  1VQN N;  4U67 L;  3CC4 N;  2ZJP L;  1W2B M;  4IO9 L;  4WFA L;  3CCJ N;  1OVY A;  2ZJQ L;  3CF5 L;  1VQ4 N;  4WCE L;  1YIJ N;  3I55 N;  1YI2 N;  3CCV N;  5HL7 L;  3PIO L;  3CPW M;  1VQO N;  5JVG L;  5GAE P;  3DLL L;  3CCM N;  1QVG M;  2OTL N;  3CMA N;  5GAH P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EYZ A;  4BDP A;  4MQ3 A;  1Z26 A;  3QO9 A;  2ZQB A;  4H5R A;  4DV4 K;  1NKC A;  1G99 A;  2OZS A;  4B9M A;  3OVN A;  3OYL A;  5M1N A;  2O8C B;  1S22 A;  4DWI A;  4FK4 A;  2E2P A;  4FJX A;  4FVM A;  1VQ9 N;  2G8U A;  2B6A A;  3VEV A;  1EQY A;  1Y64 A;  3C65 A;  2BDP A;  3HM8 A;  3VGM A;  4DU1 A;  2YNH A;  1GLF O;  1ASV A;  3NDK A;  1EKE A;  3R9P A;  4NCA A;  1YXQ A;  3H3O B;  2QWP A;  4DTO A;  4JKB A;  1VQP N;  3IKM A;  1X9J A;  1ZBF A;  1BL3 A;  4JLH A;  4DTP A;  2UU9 K;  3JYT A;  3PX0 A;  2D5R A;  2OPS A;  1S1T A;  5ADX A;  3QLH A;  1X9S A;  4DF4 A;  1OH6 A;  1EXQ A;  3V9U A;  3SBT A;  3ZSO A;  3A5N C;  4BC3 A;  2EX3 A;  4CIE A;  4DLG A;  3C7N A;  3HRG A;  3IMX A;  4K0K K;  3AVA A;  3C0B A;  2HND A;  3EE8 A;  3EKS A;  3A2F A;  4BRK A;  4GVE A;  3NGI A;  3OYG A;  3AGR A;  3VER A;  4KHS A;  4DTR A;  3DLE A;  3DRP A;  4BC5 A;  1BCM A;  5DMR A;  1OH5 A;  1RT4 A;  3QES A;  2ZD1 A;  3NFA A;  4IO9 L;  4WE1 A;  2I5J A;  2GWK A;  4C8L A;  3PLA A;  2VQF K;  3ULE A;  1JCF A;  3CYM A;  2IAJ A;  3CJ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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