1K9MP

Co-crystal structure of tylosin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1k9mP00
3I56O 1VQ5O 3CCLO 3CCRO 1YI2O 1Q81P 1Q82P 1Q86M 1M1KP 1YJ9O 3CC4L 3CMAL 1VQKO 1JJ2N 1VQ9O 1S72L 3CCVO 3CC7L 1W2BN 3CCSL 1Q86P 1K73M 3CD6O 3CXCN 1VQ6L 1YHQO 3G6EO 1K73P 1JJ2K 2OTLO 1VQ7L 1YIJL 1W2BK 3CCEO 3CPWN 1VQNO 2QEXO 3I55L 3CMEO 1VQ4L 1M1KM 1QVFN 3CCML 3CXCK 3CCJL 3CCQL 1YJWO 1VQ8O 3CC2L 3CPWK 1QVFK 1VQLL 1VQPO 3I56L 3CCLL 1VQ5L 1VQOL 1Q7YM 3CCRL 1YI2L 1YJ9L 1YITL 3CCUL 1VQKL 2OTJL 1Q7YP 3G71L 2QA4L 3G4SO 1VQ6O 3CD6L 1YHQL 3G6EL 1NJIP 2OTLL 1KC8M 1VQMO 1VQ4O 1YJNL 3CCEL 3OW2N 3CMEL 1KQSN 1M90M 3CCJO 1QVGN 1KC8P 1N8RM 3CC4O 1YJWL 3CMAO 1M90P 3CC2O 1S72O 3CC7O 3CCSO 1N8RP 1VQ9L 1VQLO 3CCVL 3OW2K 1KQSK 1VQOO 1K8AM 1VQPL 1QVGK 1NJIM 1K9MM 1YITO 3CCUO 2OTJO 1K8AP 1VQ7O 1YIJO 3G71O 1K9MP 1KD1M 3I55O 2QA4O 3CCMO 1VQNL 2QEXL 3G4SL 3CCQO 1KD1P 1YJNO 1VQ8L 1Q81M 1VQML 1Q82M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I56O 1VQ5O 3CCLO 3CCRO 1YI2O 1Q81P 1Q82P 1Q86M 1M1KP 1YJ9O 3CC4L 3CMAL 1VQKO 1JJ2N 1VQ9O 1S72L 3CCVO 4W8KA 3CC7L 1W2BN 3CCSL 1Q86P 1K73M 3CD6O 5DS5A 3CXCN 1VQ6L 1YHQO 3G6EO 1K73P 1JJ2K 2OTLO 1VQ7L 1YIJL 5DLJA 1W2BK 3CCEO 3CPWN 1VQNO 2QEXO 2YZSA 3I55L 3CMEO 1M1KM 1VQ4L 3CCML 1QVFN 3GODA 3CXCK 3CCJL 3CCQL 1YJWO 1VQ8O 3CC2L 3CPWK 1QVFK 1VQLL 1VQPO 3I56L 3CCLL 1VQ5L 1VQOL 1Q7YM 3CCRL 1YI2L 5DQZA 1YJ9L 1YITL 3CCUL 1VQKL 2OTJL 1Q7YP 4P6IC 3G71L 4WJ0A 4QDLA 2QA4L 3G4SO 1VQ6O 3CD6L 1YHQL 3G6EL 1NJIP 2OTLL 1KC8M 1VQMO 1VQ4O 1YJNL 3CCEL 3OW2N 3CMEL 1KQSN 1M90M 3CCJO 4XTKA 1QVGN 1KC8P 1N8RM 3CC4O 1YJWL 5DQTA 3CMAO 1M90P 3CC2O 1S72O 3CC7O 3CCSO 1N8RP 1VQ9L 1VQLO 3CCVL 3OW2K 1KQSK 1VQOO 1K8AM 1VQPL 1QVGK 1NJIM 5DS6A 1K9MM 1YITO 3CCUO 2OTJO 1K8AP 1VQ7O 1YIJO 3G71O 1K9MP 5DS4A 3I55O 2QA4O 1KD1M 3CCMO 1VQNL 2QEXL 3G4SL 3CCQO 4N06A 1KD1P 5FCLA 1YJNO 1VQ8L 3NKDA 1Q81M 1VQML 1Q82M
chains in the Genus database with same CATH topology
3I56O 1VQ5O 3CCLO 3CCRO 1YI2O 1Q81P 1Q82P 1Q86M 1M1KP 1YJ9O 3CC4L 3CMAL 1VQKO 1JJ2N 1VQ9O 1S72L 3CCVO 4W8KA 3CC7L 1W2BN 3CCSL 1Q86P 1K73M 3CD6O 5DS5A 3CXCN 1VQ6L 1YHQO 3G6EO 1K73P 1JJ2K 2OTLO 1VQ7L 1YIJL 5DLJA 1W2BK 3CCEO 3CPWN 1VQNO 2QEXO 2YZSA 3I55L 3CMEO 1M1KM 1VQ4L 3CCML 1QVFN 3GODA 3CXCK 3CCJL 3CCQL 1YJWO 1VQ8O 3CC2L 3CPWK 1QVFK 1VQLL 1VQPO 3I56L 3CCLL 1VQ5L 1VQOL 1Q7YM 3CCRL 1YI2L 5DQZA 1YJ9L 1YITL 3CCUL 1VQKL 2OTJL 1Q7YP 4P6IC 3G71L 4WJ0A 4QDLA 2QA4L 3G4SO 1VQ6O 3CD6L 1YHQL 3G6EL 1NJIP 2OTLL 1KC8M 1VQMO 1VQ4O 1YJNL 3CCEL 3OW2N 3CMEL 1KQSN 1M90M 3CCJO 4XTKA 1QVGN 1KC8P 1N8RM 3CC4O 1YJWL 5DQTA 3CMAO 1M90P 3CC2O 1S72O 3CC7O 3CCSO 1N8RP 1VQ9L 1VQLO 3CCVL 3OW2K 1KQSK 1VQOO 1K8AM 1VQPL 1QVGK 1NJIM 5DS6A 1K9MM 1YITO 3CCUO 2OTJO 1K8AP 1VQ7O 1YIJO 3G71O 1K9MP 5DS4A 3I55O 2QA4O 1KD1M 3CCMO 1VQNL 2QEXL 3G4SL 3CCQO 4N06A 1KD1P 5FCLA 1YJNO 1VQ8L 3NKDA 1Q81M 1VQML 1Q82M
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I56 O;  1VQ5 O;  3CCL O;  3CCR O;  1YI2 O;  1Q81 P;  1Q82 P;  1Q86 M;  1M1K P;  1YJ9 O;  3CC4 L;  3CMA L;  1VQK O;  1JJ2 N;  1VQ9 O;  1S72 L;  3CCV O;  3CC7 L;  1W2B N;  3CCS L;  1Q86 P;  1K73 M;  3CD6 O;  3CXC N;  1VQ6 L;  1YHQ O;  3G6E O;  1K73 P;  1JJ2 K;  2OTL O;  1VQ7 L;  1YIJ L;  1W2B K;  3CCE O;  3CPW N;  1VQN O;  2QEX O;  3I55 L;  3CME O;  1VQ4 L;  1M1K M;  1QVF N;  3CCM L;  3CXC K;  3CCJ L;  3CCQ L;  1YJW O;  1VQ8 O;  3CC2 L;  3CPW K;  1QVF K;  1VQL L;  1VQP O;  3I56 L;  3CCL L;  1VQ5 L;  1VQO L;  1Q7Y M;  3CCR L;  1YI2 L;  1YJ9 L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQK L;  2OTJ L;  1Q7Y P;  3G71 L;  2QA4 L;  3G4S O;  1VQ6 O;  3CD6 L;  1YHQ L;  3G6E L;  1NJI P;  2OTL L;  1KC8 M;  1VQM O;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CCE L;  3OW2 N;  3CME L;  1KQS N;  1M90 M;  3CCJ O;  1QVG N;  1KC8 P;  1N8R M;  3CC4 O;  1YJW L;  3CMA O;  1M90 P;  3CC2 O;  1S72 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1N8R P;  1VQ9 L;  1VQL O;  3CCV L;  3OW2 K;  1KQS K;  1VQO O;  1K8A M;  1VQP L;  1QVG K;  1NJI M;  1K9M M;  1YIT O;  3CCU O;  2OTJ O;  1K8A P;  1VQ7 O;  1YIJ O;  3G71 O;  1K9M P;  1KD1 M;  3I55 O;  2QA4 O;  3CCM O;  1VQN L;  2QEX L;  3G4S L;  3CCQ O;  1KD1 P;  1YJN O;  1VQ8 L;  1Q81 M;  1VQM L;  1Q82 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3I56 O;  1VQ5 O;  3CCL O;  3CCR O;  1YI2 O;  1Q81 P;  1Q82 P;  1Q86 M;  1M1K P;  1YJ9 O;  3CC4 L;  3CMA L;  1VQK O;  1JJ2 N;  1VQ9 O;  1S72 L;  3CCV O;  4W8K A;  3CC7 L;  1W2B N;  3CCS L;  1Q86 P;  1K73 M;  3CD6 O;  5DS5 A;  3CXC N;  1VQ6 L;  1YHQ O;  3G6E O;  1K73 P;  1JJ2 K;  2OTL O;  1VQ7 L;  1YIJ L;  5DLJ A;  1W2B K;  3CCE O;  3CPW N;  1VQN O;  2QEX O;  2YZS A;  3I55 L;  3CME O;  1M1K M;  1VQ4 L;  3CCM L;  1QVF N;  3GOD A;  3CXC K;  3CCJ L;  3CCQ L;  1YJW O;  1VQ8 O;  3CC2 L;  3CPW K;  1QVF K;  1VQL L;  1VQP O;  3I56 L;  3CCL L;  1VQ5 L;  1VQO L;  1Q7Y M;  3CCR L;  1YI2 L;  5DQZ A;  1YJ9 L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQK L;  2OTJ L;  1Q7Y P;  4P6I C;  3G71 L;  4WJ0 A;  4QDL A;  2QA4 L;  3G4S O;  1VQ6 O;  3CD6 L;  1YHQ L;  3G6E L;  1NJI P;  2OTL L;  1KC8 M;  1VQM O;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CCE L;  3OW2 N;  3CME L;  1KQS N;  1M90 M;  3CCJ O;  4XTK A;  1QVG N;  1KC8 P;  1N8R M;  3CC4 O;  1YJW L;  5DQT A;  3CMA O;  1M90 P;  3CC2 O;  1S72 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1N8R P;  1VQ9 L;  1VQL O;  3CCV L;  3OW2 K;  1KQS K;  1VQO O;  1K8A M;  1VQP L;  1QVG K;  1NJI M;  5DS6 A;  1K9M M;  1YIT O;  3CCU O;  2OTJ O;  1K8A P;  1VQ7 O;  1YIJ O;  3G71 O;  1K9M P;  5DS4 A;  3I55 O;  2QA4 O;  1KD1 M;  3CCM O;  1VQN L;  2QEX L;  3G4S L;  3CCQ O;  4N06 A;  1KD1 P;  5FCL A;  1YJN O;  1VQ8 L;  3NKD A;  1Q81 M;  1VQM L;  1Q82 M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3I56 O;  1VQ5 O;  3CCL O;  3CCR O;  1YI2 O;  1Q81 P;  1Q82 P;  1Q86 M;  1M1K P;  1YJ9 O;  3CC4 L;  3CMA L;  1VQK O;  1JJ2 N;  1VQ9 O;  1S72 L;  3CCV O;  4W8K A;  3CC7 L;  1W2B N;  3CCS L;  1Q86 P;  1K73 M;  3CD6 O;  5DS5 A;  3CXC N;  1VQ6 L;  1YHQ O;  3G6E O;  1K73 P;  1JJ2 K;  2OTL O;  1VQ7 L;  1YIJ L;  5DLJ A;  1W2B K;  3CCE O;  3CPW N;  1VQN O;  2QEX O;  2YZS A;  3I55 L;  3CME O;  1M1K M;  1VQ4 L;  3CCM L;  1QVF N;  3GOD A;  3CXC K;  3CCJ L;  3CCQ L;  1YJW O;  1VQ8 O;  3CC2 L;  3CPW K;  1QVF K;  1VQL L;  1VQP O;  3I56 L;  3CCL L;  1VQ5 L;  1VQO L;  1Q7Y M;  3CCR L;  1YI2 L;  5DQZ A;  1YJ9 L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQK L;  2OTJ L;  1Q7Y P;  4P6I C;  3G71 L;  4WJ0 A;  4QDL A;  2QA4 L;  3G4S O;  1VQ6 O;  3CD6 L;  1YHQ L;  3G6E L;  1NJI P;  2OTL L;  1KC8 M;  1VQM O;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CCE L;  3OW2 N;  3CME L;  1KQS N;  1M90 M;  3CCJ O;  4XTK A;  1QVG N;  1KC8 P;  1N8R M;  3CC4 O;  1YJW L;  5DQT A;  3CMA O;  1M90 P;  3CC2 O;  1S72 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1N8R P;  1VQ9 L;  1VQL O;  3CCV L;  3OW2 K;  1KQS K;  1VQO O;  1K8A M;  1VQP L;  1QVG K;  1NJI M;  5DS6 A;  1K9M M;  1YIT O;  3CCU O;  2OTJ O;  1K8A P;  1VQ7 O;  1YIJ O;  3G71 O;  1K9M P;  5DS4 A;  3I55 O;  2QA4 O;  1KD1 M;  3CCM O;  1VQN L;  2QEX L;  3G4S L;  3CCQ O;  4N06 A;  1KD1 P;  5FCL A;  1YJN O;  1VQ8 L;  3NKD A;  1Q81 M;  1VQM L;  1Q82 M; 
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