The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
17
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJW Q; 1YI2 Q; 3CC2 Q; 1VQ7 Q; 1VQ5 Q; 1YJN Q; 1K9M R; 3CD6 Q; 3I56 Q; 1VQP Q; 1KD1 R; 3G71 Q; 1NJI R; 1N8R R; 1VQK Q; 3CME Q; 1VQ6 Q; 2OTL Q; 1Q7Y R; 3CCR Q; 1KC8 R; 1YJ9 Q; 3CCV Q; 1Q86 R; 3CCJ Q; 2QEX Q; 1VQO Q; 3G4S Q; 1QVG P; 1KQS P; 3I55 Q; 1VQ8 Q; 3CCE Q; 1QVF P; 3CC4 Q; 3CCU Q; 1VQ9 Q; 3CCM Q; 1VQL Q; 3CXC P; 1VQN Q; 1VQM Q; 1M90 R; 3CCQ Q; 1VQ4 Q; 1JJ2 P; 3CPW P; 1YHQ Q; 2OTJ Q; 1YIT Q; 1W2B P; 1K8A R; 3CMA Q; 3CCS Q; 3OW2 P; 1YIJ Q; 1Q82 R; 1K73 R; 1M1K R; 1Q81 R; 3G6E Q; 3CCL Q; 2QA4 Q; 1S72 Q; 3CC7 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FRY A; 4M75 F; 2KI7 A; 2GTJ A; 2XDD A; 5FU7 C; 5GAN 2; 4RKU E; 2MPX C; 3TQ7 P; 4J9C A; 4XTY A; 1V1C A; 1D0Z A; 2EYX A; 1GXI E; 3QDF A; 1QVF P; 4PJO F; 3G1J A; 3OYM A; 4OB1 B; 3D7S B; 1PWT A; 5CQY A; 2QQ9 A; 1RUW A; 1JU5 C; 1HSQ A; 3X28 B; 2KXD A; 1GFD A; 4K11 A; 1GRI A; 2G6F X; 5LJ5 d; 1WFW A; 1TS9 A; 2RQR A; 3GPL A; 1PD1 A; 3OS2 A; 1FX7 A; 4BI3 A; 1T0J A; 4OB0 B; 1KD1 C; 4M7D A; 2WSC E; 4M4Z A; 1BI2 A; 1GBR A; 3UDC A; 4LD9 K; 2OJ2 A; 5GAM f; 1UGS B; 2JTM A; 2L3S A; 2J7I A; 3CCL A; 5KE3 A; 3UPU A; 5C6S A; 1K4U S; 1WHJ A; 3CC2 A; 2E41 A; 1UGP B; 5GMK j; 5GAN 8; 3N5B B; 4D8D A; 4M75 D; 3NGP A; 4HA8 A; 1B34 A; 4F7U F; 3OYI A; 4ZGJ B; 1PSE A; 2NUT A; 2LMJ A; 3CBM A; 5C0M A; 3L2U A; 5LJ3 e; 5FU7 B; 3GNF B; 3CME T; 1QVF S; 3ZL7 C; 2CH4 A; 4PJO D; 3I55 T; 2M51 A; 2ZAE A; 4X9C A; 2PTK A; 3HRS A; 4C0F A; 1BIA A; 2F5T X; 2EBP A; 4M7A G; 2BZ8 A; 2ZPB B; 1E6G A; 1IRX A; 1K9M C; 1K0S A; 3CCM Q; 1VQ9 A; 3M0R A; 1WDX A; 4PJN A; 1MHN A; 4IIO A; 4M77 C; 3A8M B; 2FYK A; 1VQK T; 4L59 A; 2LP5 A; 1AWW A; 3CCE T; 2EYW A; 1VQ8 T; 2R5A A; 1KQ1 A; 2L89 A; 1G5V A; 2ECZ A; 2O4X B; 3QWX X; 1VQ5 A; 3HP9 A; 2GNC A; 4NL2 A; 2R57 A; 2M9U A; 2F2X A; 2EKO A; 3VS6 A; 2YUN A; 5GAO r; 1YHQ Q; 1Q86 U; 4R56 A; 4RG8 A; 4LD6 A; 4LDX A; 2V8I A; 1TH7 A; 2CP6 A; 1YJW Q; 1M3B A; 1TTH B; 3OS0 A; 4C8Q A; 2EGC A; 4QW2 A; 2DLP A; 2X51 A; 3PVQ A; 3HSB A; 3AT1 B; 3VS0 A; 4F17 A; 4ZN1 A; 5DLQ E; 1TSF A; 2BZX A; 3EGX B; 3E9F A; 1W70 A; 2H8H A; 4X34 A; 2DTH A; 1VA7 A; 1KK7 A; 1M90 U; 4ELZ C; 1AEY A; 2CZ0 B; 1KQS A; 4MZT A; 1WI7 A; 2Y90 A; 3VS5 A; 1BB9 A; 1YWP A; 3M0S A; 4KUL A; 1NJI R; 3BY7 A; 3EG9 B; 2VVK A; 2FG0 A; 3CQT A; 1HYO A; 2ENM A; 4FYX B; 1I4K 1; 1RAA B; 1YJN T; 5HK0 A; 3MP6 A; 4LE9 A; 2JS0 A; 4AG2 C; 1Z9Z A; 3TEE A; 2LJ3 A; 1NLP C; 5FLX E; 2RQU A; 3CCV T; 3C0C A; 2RH2 A; 2MWP A; 1AWO A; 1ZHI A; 4L5G A; 4QVZ A; 2XIC A; 1I5L A; 3OB9 A; 5HKC A; 2P0P A; 5GAN 5; 3HHT B; 1MUZ A; 4C0G A; 1CSK A; 2YRD A; 2E65 A; 4E47 A; 2EQU A; 2ROT A; 4QQ6 A; 1AZE A; 2OI3 A; 1D3B A; 2EVR A; 2EIF A; 5KCO A; 4HT8 A; 2QYZ A; 3FEO A; 5LJ3 d; 3NMZ C; 4M78 D; 1QWF A; 5GAO m; 2YWW A; 1D1C A; 4CC3 A; 3OYA A; 1W2B A; 4XTV A; 3TVT A; 1AD5 A; 2HBW A; 4LN2 A; 4C92 C; 3I9Q A; 5A0D A; 2AKK A; 5CVI A; 4FM4 B; 2HL3 A; 4D8K A; 2EYZ A; 1YFN A; 3PNW C; 3V8J A; 1JBM A; 5AT1 B; 2DER A; 4DBR A; 1QKW A; 4GBQ A; 3QPH A; 3LGF A; 1KD1 R; 1M5Q 1; 4J5Y A; 1BU1 A; 3CME A; 3J80 E; 1UDL A; 1K1Z A; 5EC7 A; 1AZG B; 2CT3 A; 2DX1 A; 2FZK B; 4M7A F; 2YUQ A; 3BW1 A; 1IXD A; 5KYX B; 2K2V A; 1PCX A; 2X9H A; 2DXT A; 2KT1 A; 3QBY A; 3G71 Q; 1ARK A; 1EX4 A; 1VQK A; 1H92 A; 3CCE A; 2WAC A; 2A7Y A; 2E3I A; 3RNJ A; 1VQ8 A; 4C92 E; 2CZ7 B; 1SSH A; 3GBQ A; 2A37 A; 8AT1 B; 5LJ5 g; 1N9R A; 4OMQ A; 3REA B; 5DLO A; 5CO7 A; 1PRM C; 2PU9 B; 2EWN A; 4C92 B; 1K9M R; 4C8Q G; 1OX8 A; 2DRM A; 3UAT A; 1UEC A; 2MWO A; 3EGD A; 3ASK A; 3S3O A; 3RES A; 3PIO A; 4JPB W; 2D8H A; 1NG2 A; 4DOW A; 1K0X A; 4OML A; 2LDM A; 2CSQ A; 3LYI A; 1MV3 A; 4FT2 A; 3HPW A; 4GY5 A; 1KQS S; 2FO0 A; 4PJO C; 3EFS A; 1Y96 B; 1KFZ A; 2ED1 A; 2QA4 A; 1MND A; 1PD0 A; 1X6B A; 4M7A D; 5GMK l; 1Y7X A; 5GAN f; 3DLM A; 1VQO Q; 5FRN A; 4EMK A; 3KUF A; 3PFS A; 3OS1 A; 3A5Z B; 4BE1 A; 4DQ2 A; 2FPF A; 3EFO A; 2DIL A; 1U1T A; 1IRE B; 1RAC B; 2DF6 A; 3A8L B; 1YJN A; 2A36 A; 4N4I A; 2DXB A; 8ATC B; 2CP5 A; 3OYF A; 3OW2 A; 4RTT A; 1EFN A; 4M75 E; 2KR3 A; 3JB9 G; 3I55 Q; 3FC3 A; 3CCV A; 1M2V A; 2HQX A; 1SHF A; 2QTV A; 1XQH A; 1Q7Y C; 5IXB A; 3L2V A; 1X75 C; 3BDL A; 3CCS Q; 4OGC A; 2B8A A; 3MEU A; 4M75 B; 4OB2 B; 3JB9 H; 2VWF A; 4M78 A; 3QYG B; 2LJ1 A; 5LJ5 j; 4PJO E; 3CCM T; 4M7D F; 1W4S A; 1BI1 A; 3PTA A; 3VJP A; 2J6K A; 1LNX A; 3G4S Q; 4IUV A; 5GAO l; 4PJO B; 4C0D C; 2C0T A; 2KQW A; 3OY9 A; 4A4G A; 4PK4 A; 2CZ1 B; 4Z88 A; 3EAE A; 1YBY A; 4HVU A; 2VXF A; 3RBB B; 2JNG A; 5GMK h; 1YHQ T; 2QK0 A; 4E2F B; 3MEW A; 4J9H A; 1EZZ B; 2DK3 A; 2SEM A; 1KG1 A; 1RAH B; 4B9W A; 2EJG A; 1M8M A; 3I56 T; 2X4J A; 3BE3 A; 1XTD A; 5IH2 A; 2KVQ G; 4LUE A; 4AFQ C; 4BUG A; 2EPD A; 3HTR A; 5HCK A; 1R8O B; 4F7U E; 1B07 A; 1WZO A; 2AKL A; 2XK0 A; 4C5I A; 4J7I A; 5AYF A; 1R77 A; 3JCM g; 4F7U B; 3MP1 A; 1QVP A; 1GCQ A; 1R0B G; 5KH6 A; 1OI1 A; 2K3B A; 2LCL A; 2RHX A; 1PC0 A; 5CR2 A; 3HFO A; 1TU0 B; 1M1K U; 3H0I A; 1C6V X; 2HNI A; 4C0D B; 2KDS A; 2KRM A; 3CC7 T; 1RAF B; 3CCJ Q; 3JSC A; 1ZSZ A; 3CXC P; 1PHT A; 3OQ5 A; 2GQV A; 4C8Q F; 5LJ3 g; 1MMN A; 2DVE A; 1XOV A; 3M56 A; 2EQJ A; 3M0U A; 2QEX T; 1QP3 A; 5KYY B; 3EG3 A; 1NZ9 A; 1V76 A; 2LZ6 B; 4P5N A; 2RQT A; 2KSS A; 4OMO A; 1QVF A; 1OUL A; 2QGG A; 4AT1 B; 1UE9 A; 2C0I A; 4ZNX A; 2HDA A; 2KBT A; 1VUB A; 2A28 A; 4CC2 A; 1TUG B; 1RI0 A; 1VOM A; 2OTL T; 4AFZ C; 3V8L A; 4O5V A; 2JOY A; 1I07 A; 2O01 E; 3GP8 A; 5GAO p; 1NEG A; 1ZA2 B; 2DYI A; 1VYT A; 3CD6 T; 4WTO B; 3JAM E; 1X01 A; 3OYL A; 2PNI A; 1D0X A; 4PJL A; 3OYK A; 1WJS A; 3MEA A; 3SWN C; 3MO8 A; 1ABQ A; 2J6F A; 2CS7 A; 4M78 G; 3UT1 A; 2K5F A; 1T0H A; 2XDP A; 3A1P A; 3MPU B; 3RKW A; 4C8Q D; 2K6D A; 3SFM A; 4FW2 A; 4RCB A; 3THK A; 4FCY A; 4BDZ A; 2VYT A; 3PMT A; 4R55 A; 3CCM A; 4N0A C; 5A2Q E; 2JM9 A; 4XU1 A; 3FB9 A; 4JS5 A; 2P4T A; 1UHC A; 1MMG A; 3HRU A; 5LJ3 j; 3CCU T; 4D6W A; 1I1J A; 2MF2 A; 3VS2 A; 2A0F B; 1Q7Y R; 4NL3 A; 5CKF A; 1QCO A; 2JT4 A; 2KYB A; 3NTK A; 4KH0 B; 2BE7 D; 1TUC A; 3OYC A; 2F2V A; 3E1S A; 3FJP A; 1YHQ A; 4WF2 A; 4JUV A; 1YJW A; 2DNU A; 2ED0 A; 2MCN A; 4XU0 A; 1ZUK A; 4FL6 A; 1WJR A; 2AK5 A; 3PT9 A; 3JB9 D; 3SWN B; 2RMO A; 5HY6 A; 3OSS C; 4M77 A; 3M55 A; 3UA6 A; 3J81 E; 4XTW A; 4A4F A; 1VQO T; 2DMO A; 4VUB A; 3RKX A; 3OYD A; 2SRC A; 1WQW A; 4ZTJ A; 2CSI A; 1JRI A; 1NM7 A; 1WHK A; 4M7A E; 1AHJ B; 2Z0W A; 4J9B A; 4UC4 A; 5DM7 R; 4JJD A; 3JB9 J; 2NUP B; 3SB2 A; 4M7A B; 2Y4Y A; 1OU8 A; 3A8H B; 2XMF A; 1AOJ A; 5GAN 3; 5IHI A; 3MP8 A; 3EFR A; 3CEY A; 1X2K A; 1X69 A; 3CCS T; 2YRC A; 2COZ A; 3EH2 A; 1JQQ A; 4PJJ A; 4AFU C; 2KRN A; 3EGU A; 4C5E A; 2H3E B; 1C1A A; 3KFV A; 2RQW A; 3JCM P; 3BDU A; 1SRL A; 3G4S T; 5GAN e; 2ROL A; 1O9S A; 2X4X A; 2MIO A; 1M1F A; 1ZQ1 A; 1V29 B; 2CT4 A; 5CK9 A; 3JCM Q; 4Z8A A; 3C94 A; 2RJE A; 2RNA A; 2V8K A; 3M53 A; 5I22 A; 4JJN K; 3L2W A; 1NJI U; 4M7D C; 4BDY A; 3TCJ A; 2K9G A; 3SHW A; 1QMC A; 1YIT Q; 3GIB A; 2ESW A; 1NYG A; 1FMK A; 2KYM A; 4RUG A; 4ORZ A; 3NHN A; 1MV0 B; 3I56 Q; 4HCZ A; 1QKX A; 2JXB A; 2JVV A; 2DJQ A; 1Q95 G; 4LDW A; 2CRE A; 5KYX A; 1KHC A; 2BKD N; 2DZC A; 2HQE A; 1VYU A; 3E19 A; 5L23 A; 2P0K A; 4M78 F; 4PFZ A; 1NPR A; 3V7S A; 4FSS A; 1FMV A; 4BI8 B; 5GMK e; 5LJ5 h; 2E4H A; 2VAS A; 3INZ A; 4A4E A; 2XU8 A; 2K5I A; 3G71 A; 1NEB A; 2JJ9 A; 3MEV A; 5EG2 A; 1M2O A; 3DB3 A; 1WYX A; 4M7D E; 3M5A A; 2DXC A; 3CC7 Q; 3CCJ T; 4ZTF A; 2F5K A; 1YI2 Q; 1D1A A; 2DIQ A; 3OYH A; 1K73 C; 1UJY A; 1B3Q A; 4M7D B; 3IQL A; 4KT0 E; 2FPE A; 2PVD B; 1NE8 A; 2CUB A; 2OAW A; 1Z9Q A; 4PLI A; 3EG1 A; 2QEX Q; 2KY9 A; 1KD1 U; 2LCS A; 1SHG A; 2HEQ A; 1VQ4 Q; 4J83 A; 2RF0 A; 4M77 G; 2KEA A; 2YT6 A; 4OMF B; 1O75 A; 3RDV A; 4Y92 A; 4B6M A; 3OSV A; 1B34 B; 3JCM b; 1K8A C; 2DPP B; 2RB6 A; 2KRO A; 2E70 A; 1SKU B; 2NUT B; 3P8B B; 2OTL Q; 2GFA A; 2DKG A; 1Y07 A; 3M57 A; 1VQO A; 3J7A F; 3M58 A; 3VU3 C; 5GAM g; 1G2B A; 3E9G A; 3QJY A; 4ZN3 A; 2LNH B; 2RM4 A; 2DL4 A; 1S72 Q; 4HVV A; 4XK8 E; 5I2M A; 4A4H A; 1MMD A; 2C0O A; 4RTU A; 3CD6 Q; 5GAN d; 1OPK A; 3KXT A; 1VQ6 Q; 3RR6 A; 3JCM W; 4AFS C; 1UGV A; 2EYY A; 1BYM A; 1K9M U; 3SDZ A; 2J6O A; 4FYV B; 1W6X A; 3I55 A; 4C5G A; 2AT1 B; 5FU6 B; 5IHK A; 2L3P A; 4RTZ A; 2K3Y A; 3HRT A; 3EHQ A; 2GBQ A; 3M0Q A; 3QZ9 B; 1YIJ Q; 3CCS A; 1OYX A; 7AT1 B; 1OV3 A; 2DZ9 A; 5GAO n; 4RMO A; 2BE9 B; 4C8Q E; 1PNJ A; 3A98 A; 2ZPH B; 2EJF A; 1RI9 A; 2WSE E; 2D9T A; 1PM3 A; 1YN8 A; 4XQ3 A; 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2LT4 A; 1OZ3 A; 3OYG A; 4IUU A; 1TXQ A; 2F1L A; 1IHW A; 1XNI A; 2IG0 A; 3I35 A; 1D1B A; 4KUI A; 2P84 A; 1K73 R; 1WJQ A; 1X43 A; 5IAY A; 3LX7 A; 1I81 A; 4IUT A; 2MOX A; 1IGQ A; 3VKI A; 4QKU A; 4EPC A; 3JB9 I; 1YIT T; 4IUP A; 2DXU A; 4EMH A; 2VKN A; 3A8O B; 1QVG P; 2HSE B; 3FIF A; 4RTW A; 4OVA A; 2NUZ A; 1RL2 A; 1K8A R; 4J9E A; 3TU4 K; 2M16 A; 1ZSG A; 1I5O B; 1YWO A; 1BBZ A; 2MYS A; 2LQN A; 1N5Z A; 1VQ7 Q; 3LGL A; 1S1N A; 2E3H A; 2O2O A; 5CCA A; 2JMA A; 1VQP Q; 2YLB A; 3ZBD A; 4KBM B; 2YHT A; 2QTX A; 1IGU A; 4V2S A; 2RI2 A; 3JCM J; 2JUF A; 2LQK A; 3CPW P; 1JJ2 P; 2DL8 A; 4M77 D; 5GJW B; 1JB0 E; 3VS3 A; 3EGD B; 4CC4 B; 3O5Z A; 2QAS A; 4M78 C; 1JEG A; 2Y4X A; 5GAN 6; 1Q81 C; 1RLQ C; 1UGQ B; 2KK4 A; 1AVZ C; 3CC2 T; 1YI2 T; 4MDX A; 2K79 A; 4JRI A; 1H3Z A; 2W0Z A; 3VS4 A; 1VIF A; 1VQM Q; 1N8R C; 4Q5W A; 1KC8 U; 2PUO B; 3OYB A; 4A4K A; 4F7U G; 1QVG S; 1P92 A; 3VS7 A; 1AWX A; 2W10 A; 2JN0 A; 2EGA A; 4F04 B; 2DEU A; 1VQ4 T; 3LH0 A; 3C12 A; 4EMK B; 4LXC A; 2EYQ A; 1PKT A; 2LRQ A; 2ZCF B; 3M0P A; 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