The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
|
structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| total genus |
17
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G6E Q; 1K73 R; 3CMA Q; 2QEX Q; 3CME Q; 1YI2 Q; 3CCL Q; 1Q86 R; 3I56 Q; 1YJ9 Q; 1M90 R; 1Q82 R; 1JJ2 P; 3CCE Q; 1VQ6 Q; 1NJI R; 1VQ8 Q; 3CCS Q; 3OW2 P; 1KD1 R; 2QA4 Q; 3G71 Q; 1VQP Q; 1QVF P; 3CC4 Q; 1VQN Q; 1YIT Q; 1VQ9 Q; 3G4S Q; 1Q7Y R; 3CC7 Q; 1VQO Q; 3CCR Q; 3CCM Q; 1VQL Q; 3CCU Q; 1Q81 R; 1VQK Q; 3CCJ Q; 1YJN Q; 1N8R R; 1M1K R; 1YHQ Q; 3CCV Q; 3CC2 Q; 2OTJ Q; 1S72 Q; 3CCQ Q; 1QVG P; 3CPW P; 1K8A R; 1KQS P; 1YJW Q; 1KC8 R; 2OTL Q; 1VQ5 Q; 3I55 Q; 1VQM Q; 1W2B P; 1YIJ Q; 1VQ7 Q; 3CD6 Q; 3CXC P; 1K9M R; 1VQ4 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QMC A; 3G1J A; 4FL6 A; 1KSW A; 3M0T A; 2RB6 A; 2EKO A; 2Y4Y A; 1K4U S; 1M2V B; 2A08 A; 2COW A; 2LP5 A; 1BU1 A; 1W70 A; 3H0H A; 3FDR A; 1PRM C; 2EYW A; 3QWX X; 2K7A A; 4C92 E; 4ESR A; 3SEM A; 1M3B A; 1MMD A; 2FO0 A; 1QKW A; 3JCM c; 1UG1 A; 3CCJ T; 3CC2 T; 3EGD B; 3OYM A; 1D09 B; 3WXM B; 5GAN f; 5LJ5 d; 2DYB A; 3VS0 A; 1Y07 A; 3TU4 K; 1YWP A; 3NPF A; 1TH7 A; 3EFO A; 4BD3 A; 5IH2 A; 2O88 A; 1WHG A; 2EJF A; 5KE2 A; 5CCA A; 1M5Q 1; 7AT1 B; 2P84 A; 2LT1 A; 4QT7 A; 1H3H A; 4M7D E; 4AMC A; 4A4F A; 5D6Y A; 3V8K A; 4XTU A; 3MCA B; 2C0O A; 1WJQ A; 3AHU A; 4X1V A; 2AT1 B; 2CYZ B; 4ZGE B; 2P0P A; 2OJ2 A; 5GAM e; 4E7J A; 3AT1 B; 2QA4 Q; 1WNL A; 3CME T; 1NM7 A; 1WLP B; 2DRK A; 2BZX A; 2DAQ A; 1C0M A; 2RA2 A; 4J6W A; 3QZ9 B; 3L2V A; 2BTT A; 4Y28 E; 3I5R A; 3CCS A; 2L5Q A; 1RAC B; 1VQM A; 2VUB A; 4JLI A; 2GBQ A; 4JRQ A; 4M77 F; 3PFS A; 2FHD A; 2LJ3 A; 3O5Z A; 4M7D A; 3M56 A; 2DIG A; 1JXM A; 1VA7 A; 4RTU A; 1KHC A; 3H6Z A; 2NUP A; 3EG0 A; 4JLG A; 3VYG A; 2CT3 A; 4M7A E; 3C12 A; 2KAF A; 3CCE Q; 2DL8 A; 4DOV A; 2HEQ A; 3F70 A; 3G71 T; 2A3L A; 2QQR A; 2RQR A; 1SSF A; 4M75 F; 4MML A; 3S3N A; 9ATC B; 1KQS P; 2DL4 A; 2LCC A; 1WJS A; 2WSC E; 2KR3 A; 1PWT A; 3JV3 A; 2QEX Q; 4J5Y A; 3P8H A; 1DJ7 B; 2OTL T; 5AT1 B; 2RN8 A; 3LX7 A; 4HXJ A; 3JRZ A; 3PVQ A; 1IGU A; 2DXB A; 1N8R R; 4D8K A; 2Z0W A; 1QVG P; 4PJO A; 2YRD A; 1K8A R; 1AWW A; 3LGF A; 4IIM A; 1WJR A; 5GMK j; 4PL6 A; 1FMW A; 5KYW B; 4XU1 A; 1M90 U; 2XHC A; 1EIF A; 2GQI A; 1YJ9 Q; 4M78 G; 4J9G A; 2G3R A; 3EFS A; 4PFP A; 4B6M A; 2M9U A; 1UJY A; 1EX4 A; 3BW1 A; 1MND A; 2DVE A; 5IXF A; 4ZN3 A; 3M0S A; 4KRT A; 4M75 D; 1JO8 A; 1RLP C; 2ED0 A; 2GFU A; 5KYW A; 2NYS A; 3VS4 A; 4RTW A; 3D7S B; 3NHN A; 2A0F B; 5I2M A; 5GAN 3; 4J9B A; 2O2O A; 1Q86 C; 2GTJ A; 3JB9 D; 4C8Q F; 2X4W A; 4JRK A; 1YIJ T; 1LVK A; 2F5T X; 2RQT A; 1M1G A; 3CCQ Q; 2E12 A; 1H3Z A; 3ZFJ A; 3CCM T; 1UFF A; 4C5G A; 1GBR A; 3GIB A; 1B3Q A; 4J7F A; 1YJ9 A; 1YJN T; 1KD1 U; 3OYK A; 1BI3 A; 2EYZ A; 1TUD A; 3EG9 B; 2VVK A; 2LJ1 A; 4DBF A; 2R5A A; 1PD0 A; 4XTV A; 1VQ5 T; 4C5H A; 3JCM W; 5L23 A; 1B34 B; 3EFR A; 3CXC P; 2RHY A; 2V26 A; 3ASK A; 4X9D A; 2CUB A; 4ZTJ A; 4XK8 E; 1Q86 U; 5GAN 2; 4X9C A; 4FSS A; 2QEX T; 1VYT A; 2AHJ B; 4LDW A; 1Q81 R; 2IG0 A; 3NFC A; 3GOX A; 1Q95 G; 3CC2 Q; 1KC8 U; 1OU8 A; 2AKK A; 3H9N A; 1UEB A; 1RAH B; 2CP5 A; 4JRP A; 2YUN A; 4EMK B; 1BIB A; 2CSQ A; 4KGZ B; 4Y91 A; 1YN8 A; 1Q81 U; 2K4Y A; 2LQK A; 5GAN 5; 3CC7 A; 3OB9 A; 1J3T A; 4OB0 B; 4KH1 B; 5LJ3 d; 2DA9 A; 5A2Q E; 1K76 A; 4A4H A; 3UA6 A; 1ZSG A; 1OI1 A; 1GXI E; 1T0H A; 1M8V A; 2DM1 A; 4J83 A; 2ZGW A; 5EC7 A; 3JCM Q; 2A37 A; 5GAO p; 2LJ0 A; 4RKU E; 1UGP B; 1TXQ A; 2A36 A; 2R57 A; 3CC4 Q; 3TQ7 P; 2DBK A; 1UUE A; 2QA4 T; 4FSX A; 4J6X A; 3CCM A; 4DEX A; 2FL7 A; 3HPW A; 2D6F A; 2OTJ T; 4BI3 A; 2D8H A; 4LXC A; 3UPU A; 1KG1 A; 1HSQ A; 3VUB A; 5CIU A; 2BIV A; 4C92 F; 1K9M U; 1I5O B; 1GFD A; 4MZM A; 3OYH A; 1RAI B; 4LN2 A; 4ELY C; 2VWF A; 1YHQ T; 1GFC A; 1AEY A; 3CPF A; 4N0A A; 2JXB A; 2L8D A; 1N8R C; 3REA B; 1OV3 A; 4KBM B; 3H0I A; 2XID A; 4Z02 A; 1QP3 A; 3CEY A; 3OSV A; 3SHW A; 1K73 C; 4TVR A; 2M0Y A; 2DKG A; 1JXO A; 3CCL Q; 1D3B A; 3C0C A; 4WF2 A; 3JB9 H; 3HHT B; 2LC4 A; 3A8H B; 3JCM b; 3CC7 Q; 5C0M A; 2RHZ A; 4WCI A; 2JNG A; 4RTX A; 1M4Z A; 5GMK i; 1VQ6 A; 2K5I A; 4E7L A; 2V1Q A; 2XIC A; 1M90 R; 2FRY A; 1M27 C; 3L2Q A; 1Y96 B; 3SWN C; 1MNE A; 1V76 A; 3RNJ A; 2KRM A; 1VQ7 A; 3CD6 A; 4M78 D; 2ZPG B; 4PJM A; 4MZP A; 2EJ9 A; 3RUX A; 4M75 A; 1NYF A; 2NUP B; 4M7A G; 5LJ5 f; 2QDL A; 3RDV A; 3QYH B; 3OBW A; 1JEG A; 5FLX E; 4O6J A; 5CKB A; 4M75 C; 4RCB A; 5GAO q; 2AKL A; 4EIK A; 3M55 A; 4UC4 A; 3EG9 A; 2WSF E; 2YUO A; 3FLG A; 1D3B B; 4RTT A; 3MET A; 2X4Y A; 2D9T A; 2JJ9 A; 4OMN A; 1VQM Q; 4PJO B; 1S72 A; 2BKD N; 2LQN A; 1VQ6 T; 2DEU A; 2D0N A; 1YCS B; 4WTO B; 2FG0 A; 4QQD A; 3PE0 A; 1QW1 A; 3OMG A; 2ZPE B; 1VQO Q; 5DLQ E; 2CUD A; 1XTD A; 5D6X A; 1M3C A; 2JM9 A; 2W10 A; 4JS4 A; 4C8Q A; 4HVV A; 4LE9 A; 1Y57 A; 4JDS A; 2JTM A; 1NJI C; 2DJQ A; 3MHX A; 1UGS B; 1IB8 A; 3ZEH A; 4RTZ A; 3CMA T; 1I07 A; 4PLI A; 2JM8 A; 1TUC A; 1G5V A; 1PCX A; 4M78 F; 2FRW A; 1EFN A; 4PJL A; 2RHU A; 4MDW A; 3JCM f; 2GFA A; 1VQ5 Q; 2RPN A; 3SB2 A; 4DBQ A; 3CCS T; 1HD3 A; 3JSC A; 4QVD A; 1TWB A; 1AVZ C; 4OMP A; 1WHL A; 1E6G A; 1OX9 A; 4RG2 A; 4RG8 A; 4FT2 A; 3V7S A; 2KGT A; 5GAO n; 2DBM A; 1KFZ A; 3JCM X; 1GCQ C; 4GLK A; 1G3Y A; 3N5B B; 4PJJ A; 2COZ A; 5LJ3 f; 3VRZ A; 1B07 A; 3QWY A; 2DL7 A; 3CXC A; 4R0K A; 5GAM d; 2JS0 A; 1VQP A; 3I55 A; 4C8Q E; 2QK0 A; 1X69 A; 4MDX A; 5FRN A; 1OEB A; 2EYY A; 5GJV B; 5DLO A; 1FXX A; 2EKH A; 3JCM e; 5KYX B; 2FPD A; 2F69 A; 3I9Q A; 1MMA A; 5GJW B; 4OP0 A; 5CKF A; 2ED1 A; 3SWN B; 1Q81 C; 3E9G A; 2FPF A; 1U1S A; 2KXC A; 2ECZ A; 3URG A; 2XK0 A; 4BY6 B; 3RBB B; 4FYY B; 1VQ4 Q; 2QQA A; 3M4Y A; 1GCQ A; 4PFZ A; 1VQ8 A; 1HK9 A; 2L89 A; 3OBY A; 2L3Q A; 2P0K A; 4HCZ A; 2H3E B; 3CCV Q; 1BCO A; 3OS0 A; 1V1C A; 2JZ2 A; 2CH4 W; 5GMK m; 1VQL A; 2DER A; 2O31 A; 2ZZD A; 3BY7 A; 3OYI A; 3VKI A; 1W2B P; 4V2S A; 2EGE A; 4F16 A; 2O9S A; 4FYV B; 1KQS S; 4LNP A; 2CDT A; 2KEA A; 4RTY A; 2K9G A; 4PJO C; 1JB0 E; 3C94 A; 4NOY A; 3CCJ A; 2E70 A; 1VYU A; 3RMS A; 5LJ5 g; 4QVC A; 5J26 A; 1Q7Y U; 1GL5 A; 2MWO A; 1YHQ Q; 4LD9 K; 4M7A C; 1WXB A; 5HK0 A; 3M54 A; 1QVG A; 3P8D A; 2HQH A; 4OF1 A; 4OMM A; 1LCK A; 4PNO A; 4HCB A; 2YLC A; 3CCS Q; 4RTV A; 4XU3 A; 3GF5 A; 2XDD A; 1ZBJ A; 2KI7 A; 3EGX A; 1RAD B; 3OYD A; 2E3H A; 1NEB A; 4LDX A; 4X34 A; 5GAN g; 3M58 A; 1BB9 A; 2KNB B; 1OPL A; 4IIO A; 2QTX A; 2LQ8 A; 4A54 A; 3QDR B; 2E6N A; 2HL5 C; 4HVW A; 4E6R A; 2CZ6 B; 5KYU A; 1LJO A; 1M2V A; 4N4I A; 3G4S A; 1Y0M A; 1Y96 A; 2K79 A; 2L3S A; 5HY6 A; 2F2X A; 3EH1 A; 1VQ8 T; 1VQ7 Q; 3CD6 Q; 1X75 C; 4KUI A; 1SSH A; 2H3J A; 1M90 C; 5ECA A; 1SF9 A; 5CO7 A; 1D1A A; 1H64 1; 3WVD B; 1PKT A; 3L2Z A; 3UT1 A; 2EYX A; 2EGC A; 5J3B A; 1VQL T; 1G3T A; 1VQK T; 3CC4 T; 3CME A; 1AHJ B; 2EJG A; 3SD4 A; 2KYB A; 3OYJ A; 2DE0 X; 2DO3 A; 2QI2 A; 1I0C A; 1TOV A; 1BKB A; 4R56 A; 4OMF B; 4J9I A; 1MMN A; 3KFV A; 2RK2 A; 1OOT A; 3BDU A; 4HCC A; 1HJD A; 5IT9 E; 1QCF A; 4DBR A; 4JJB A; 5CKD A; 3I5S A; 4BY6 C; 2QTV A; 1XOV A; 3OW2 P; 3X25 B; 1SEM A; 4AFZ C; 1NE8 A; 2WAC A; 2XDB A; 4N4H A; 5J39 A; 5CR2 A; 1W2B S; 2VGM A; 2M1H A; 4M75 B; 2PUO B; 3A8G B; 3HRS A; 1OU9 A; 1JU5 C; 1B34 A; 3I55 Q; 3HP9 A; 5GAO r; 5M9O A; 4A53 A; 2DYI A; 2KRO A; 2L3P A; 3I56 A; 3CCL T; 5FRM A; 1WPY A; 2EWN A; 4M77 G; 4F04 B; 1KD1 R; 1YIT A; 3OW2 A; 3JCM h; 2CP3 A; 1WI7 A; 2OI3 A; 1PG5 B; 2RNA A; 1KHI A; 1T3L A; 4CC2 A; 3U23 A; 1N9R A; 1WXU A; 1N8R U; 1H8K A; 1VYV A; 2XD0 A; 1UJ0 A; 3JCM J; 3CC4 A; 1K0S A; 1CSK A; 2XU8 A; 2J6K A; 2QG9 B; 4AFU C; 3TCJ A; 2QXF A; 5KYY B; 2E10 A; 2QDY B; 1OZ2 A; 2ATC B; 2HBW A; 1W4S A; 2K2M A; 4Z89 A; 3CCV A; 4OB3 B; 4LD6 A; 1YBY A; 1ZHI A; 5GMK h; 1U5S A; 4KT0 E; 2ZCF B; 1E7O A; 5I22 A; 2RJF A; 2HDA A; 1S72 Q; 2RQV A; 2YT6 A; 3ZBD A; 5GAN h; 1JBM A; 2ESW A; 5GMK l; 1U8R A; 2LCS A; 2OX7 A; 5CVI A; 1XNI A; 4YTL A; 2RD1 A; 1BK2 A; 2KRS A; 2VB6 A; 4HKE A; 2LTO A; 2RI2 A; 3RKW A; 1M1F A; 4F7U G; 1G8X A; 4C5I A; 1NJI U; 2E5Q A; 1YJW A; 1NEG A; 1VQ8 Q; 4JPB W; 1JQQ A; 2DK3 A; 2FEI A; 3EFO B; 5L8R E; 3C95 A; 2J6O A; 2M02 A; 3EG3 A; 2MAM A; 3HL8 A; 3CPW P; 2ROT A; 3FC3 A; 2FYK A; 5GAN 8; 1K9M R; 1PHT A; 5FWB A; 1K73 R; 4CC3 A; 1YJ9 T; 3CME Q; 2LRQ A; 1IO6 A; 3VYH B; 2BUD A; 3PMI A; 3VS2 A; 1VQ6 Q; 1VQ7 T; 3CD6 T; 1QKX A; 4XAX B; 1RLQ C; 1YIT Q; 1AT1 B; 1PD1 A; 5FW9 A; 3CCU Q; 1RL2 A; 2YHT A; 1ZUU A; 4C0Z A; 2P0Q A; 2KYM A; 3CCV T; 4OB1 B; 4A4E A; 1AZE A; 1WQW A; 5GAN 4; 3HFN A; 3L2W A; 1QVF A; 2RHI A; 4A63 B; 2X51 A; 2B8A A; 2CT4 A; 2YUQ A; 2X3X D; 1QWE A; 4LDU A; 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3JAM E; 1X01 A; 2QGG A; 2GF7 A; 4O5V A; 1IHW A; 1NPP A; 2IPO B; 1MHN A; 3NGP A; 4JJD A; 5GAM f; 2NWM A; 2KT8 A; 3I55 T; 4J9E A; 3OYA A; 4C92 G; 1ZUY A; 4ME7 A; 2HQE A; 2D8J A; 5HKC A; 1QVG S; 3H41 A; 4IUQ A; 4EMK C; 4GLM A; 1VQO T; 4L6V 5; 1UGV A; 4MMK A; 1C1A A; 1UHF A; 3CCM Q; 3GP8 A; 1K1Z A; 1ABQ A; 2BZY A; 2OAU A; 2CSI A; 5FU6 B; 2AZV A; 1O9S A; 2DEQ A; 1KC8 C; 2GQV A; 2E64 A; 3M59 A; 4J6Y A; 2QAZ A; 3IQL A; 3MJX A; 4EPC A; 4AT1 B; 3OQ5 A; 2O01 E; 1VIF A; 1TU0 B; 4EMH A; 1W1F A; 2D0Q B; 2KRN A; 3TSZ A; 3L2R A; 4OGC A; 1JJ2 S; 3MEV A; 5GAO m; 2ZPB B; 1S1N A; 2VKN A; 4J9C A; 5GAM g; 3QII A; 1M1K R; 2JN0 A; 3BE3 A; 3OYG A; 1YP5 A; 5HK3 A; 1MV0 B; 3UA7 A; 2X35 A; 3EHR A; 1U06 A; 1Q82 U; 1VQN A; 1CKB A; 2FPE A; 3CPW S; 4ZGD B; 4DEY A; 2K5L A; 2OAW A; 2DTI A; 2A7Y A; 2DX1 A; 2RI3 A; 4LUE A; 1AD5 A; 2K3Y A; 2LCL A; 3L1A A; 1BYM A; 1Y71 A; 2CP7 A; 2DIL A; 2KSS A; 4CRI A; 2CP6 A; 4XQ3 A; 1YJN A; 3JCM V; 2VYT A; 3QJY A; 4ZN1 A; 2C0T A; 2GCX A; 2YLB A; 5C6S A; 5I21 A; 1I1J A; 1OPK A; 2YRC A; 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