The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
17
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G6E Q; 1K9M R; 1VQ4 Q; 1M90 R; 3CCV Q; 1YI2 Q; 1VQM Q; 1K73 R; 3CXC P; 1VQK Q; 1YIJ Q; 3CCJ Q; 2QA4 Q; 3G4S Q; 1QVG P; 1N8R R; 1YJ9 Q; 1VQ5 Q; 1VQ9 Q; 1W2B P; 1VQL Q; 1JJ2 P; 2OTL Q; 3CCQ Q; 1Q7Y R; 3I56 Q; 3CCU Q; 1KC8 R; 1VQ7 Q; 3G71 Q; 3CCL Q; 3OW2 P; 1YJN Q; 1YHQ Q; 1YIT Q; 1K8A R; 3CCR Q; 1M1K R; 3CC2 Q; 1NJI R; 1VQ8 Q; 1VQN Q; 1VQP Q; 3CD6 Q; 3CCS Q; 2QEX Q; 3CCM Q; 1S72 Q; 1Q81 R; 3CC4 Q; 3CME Q; 1QVF P; 1VQ6 Q; 1Q86 R; 3CC7 Q; 3I55 Q; 3CPW P; 1KQS P; 2OTJ Q; 3CCE Q; 1YJW Q; 3CMA Q; 1VQO Q; 1KD1 R; 1Q82 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PTA A; 5GAO r; 2X4X A; 5KCO A; 1OOT A; 1ZSZ B; 2JTM A; 4OVA A; 4PJO B; 1JQQ A; 5D6X A; 5GJW B; 1HXD A; 4XU0 A; 1KJW A; 2DET A; 1OQK A; 2C0T A; 1NJI U; 3EG0 A; 3VS3 A; 1BU1 A; 3SEM A; 1ZLM A; 4RTV A; 3E19 A; 3DB4 A; 1OU8 A; 2X51 A; 3QKJ A; 2QXF A; 2J7I A; 2MOX A; 4M75 D; 4BE2 A; 1LJO A; 2X9H A; 3PFS A; 3L2V A; 2BE7 D; 2QDL A; 4XTX A; 3HPW A; 1Z9Z A; 3L42 A; 4E7L A; 5KYY B; 2XG8 D; 4A4G A; 5GAN d; 3OYF A; 2JJ9 A; 2L2P A; 1UJ0 A; 2PUK B; 1XJW B; 1QVG A; 4IUR A; 3A5Z B; 5HK0 A; 3ZL7 C; 4LXC A; 2HL5 C; 4HA8 A; 4HCB A; 5CKD A; 4C8Q G; 3HHT B; 2VGM A; 2WSE E; 1MNE A; 1VQK A; 4IUP A; 2QGF B; 3EHQ A; 4J9C A; 3A8L B; 4M78 A; 1KD1 C; 2DKG A; 3GIB A; 2R57 A; 1VIE A; 3HTR A; 1M8V A; 3CPF A; 2X3X D; 2JTE A; 4R55 A; 4DBF A; 3LW5 E; 5D7U A; 9ATC B; 2DL5 A; 2CUD A; 1PD0 A; 4LNP A; 2WAC A; 5A0D A; 2NWM A; 1EFN A; 4J5Y A; 4FYY B; 2RHI A; 2RI5 A; 3AHU A; 2RNA A; 3MEA A; 4Y28 E; 2HKN A; 1F1B B; 1RAI B; 2A36 A; 1RL2 A; 3V7R A; 1VQP T; 2FO0 A; 5A0G A; 1YWO A; 2CZ0 B; 1M90 C; 1U06 A; 2RJF A; 1FXX A; 1K76 A; 1WHM A; 5EG2 A; 4OGE A; 1YBY A; 1KSW A; 3UPU A; 1ZX6 A; 4IIM A; 2DBK A; 2CSQ A; 1C0M A; 2YT6 A; 4DBH A; 2EGA A; 3SWN A; 4C0G A; 4OB0 B; 1KQS S; 5KYY A; 5J3B A; 3S3O A; 1W2B A; 2F5K A; 2P0Q A; 1YJN T; 2HAX A; 2QQA A; 3X28 B; 2EQJ A; 2EWN A; 3OSS C; 4ZNX A; 2E10 A; 1SEM A; 1M1K U; 2MMP A; 4JRP A; 4A4H A; 2NUT A; 1MV3 A; 4M78 F; 3L1A A; 1WHL A; 4A63 B; 2HQE A; 4OB2 B; 2QA4 T; 4OP0 A; 2SEM A; 5LJ3 g; 1VYT A; 3CCU Q; 3DB3 A; 1FMK A; 1WHK A; 4MDX A; 1WLP B; 3FJP A; 4RG2 A; 2YHT A; 4EMK A; 2YUN A; 1VQO Q; 1UG1 A; 3V8J A; 1NEB A; 5GAN h; 3CCR T; 1NYF A; 4M77 F; 4V2S A; 4Y92 A; 1VQ7 A; 3LWH A; 1SSF A; 3EFS A; 1P92 A; 1NE8 A; 3O5Z A; 5IH2 A; 2K79 A; 2DEQ A; 4M7D G; 4F04 B; 5CVI A; 3CC2 A; 5CKF A; 2A0F B; 2CP2 A; 5LJ5 f; 4GY5 A; 2QAS A; 4NS5 A; 1IZ6 A; 2PNI A; 2ABL A; 5HCK A; 2E70 A; 4FCY A; 3CC4 A; 1ZUU A; 2O4X B; 1QCF A; 3REA B; 2DXC A; 3TSW A; 5GAM h; 1VQ4 A; 2LCS A; 4M7A C; 3H6Z A; 1V29 B; 4M7A B; 1EZZ B; 5HKC A; 2ZGW A; 2IPO B; 2QTX A; 3LWI A; 2QEX Q; 1AWO A; 3QZ9 B; 3VS1 A; 1MUZ A; 1I5O B; 2MIO A; 1MMA A; 3JV3 A; 3PT9 A; 1YIT A; 3ZFJ A; 1NBE B; 3JCM d; 1CKB A; 1Q86 U; 2DIG A; 2X3W D; 5CO7 A; 3V7S A; 2E1H A; 4M7A E; 2K9G A; 1YIJ A; 2JT4 A; 5IN1 A; 1ZSG A; 4BUG A; 4M78 G; 2L5Q A; 2LQ8 A; 4C5G A; 2QA4 A; 3CCE T; 3G6E Q; 2B86 A; 2KBT A; 4EMG A; 1VQN T; 2DXU A; 4FT4 A; 3J81 E; 1GFC A; 1T3L A; 2L89 A; 2JXB A; 1RUW A; 7AT1 B; 4M77 A; 2L3P A; 4ZN3 A; 2EW3 A; 1QP2 A; 2YSQ A; 3HSB A; 3M53 A; 4HVW A; 2RF0 A; 1BB9 A; 3EFO B; 4IKF A; 3LX7 A; 3SWN B; 1K0S A; 1AVZ C; 1Q81 U; 2AZV A; 1X01 A; 3CMA T; 2E5K A; 3I56 T; 1YHQ Q; 2LT1 A; 5GAN e; 2LNH B; 2XU8 A; 1I1J A; 4JJD A; 1KQS P; 1K9M C; 1RAF B; 2BIV A; 2JN0 A; 1G3T A; 1X27 A; 4PJO F; 3QWX X; 3RR6 A; 2MF2 A; 2K4Y A; 4J9E A; 2K2M A; 3V8L A; 1WZO A; 1QW1 A; 4JS4 A; 4E7I A; 2CSI A; 1KQ1 A; 3P8B B; 3L2U A; 5KE3 A; 1HD3 A; 2L0A A; 1YCY A; 2JZ2 A; 4C0D B; 3I55 A; 3CMA Q; 3OYL A; 1JBM A; 3P8H A; 3M0S A; 1M4Z A; 1SPK A; 4F7U B; 2A28 A; 1ZSZ C; 1KHC A; 2EYW A; 1I0C A; 2COY A; 2E41 A; 1VA7 A; 2VAS A; 1HK9 A; 2ZPI B; 3NMZ C; 1AWJ A; 2F2X A; 4KT0 E; 4OB3 B; 4C5I A; 1VQP Q; 2K5L A; 1KIK A; 3CCM Q; 1Q81 R; 3F70 A; 1ZUY A; 3DLL A; 3A98 A; 2KY9 A; 4Y91 A; 1UUE A; 2NUP B; 1D1A A; 1YCS B; 3CCU T; 1VIF A; 1DJ7 B; 2FPD A; 2JMA A; 1H3H A; 5CAI A; 4C92 D; 1K73 C; 3HFO A; 3WVE B; 2KE9 A; 2KT8 A; 3JCM g; 3CPW P; 2CH4 A; 2RJC A; 1Q82 U; 3CC7 T; 4J7I A; 1QWE A; 4PJM A; 3S3N A; 2O88 A; 4PJO A; 4FYX B; 2YUP A; 2R5M A; 1UGQ B; 4XU2 A; 1IB8 A; 2PVO B; 5LJ3 f; 2RK1 A; 3WVD B; 2KQW A; 5GAN 8; 2C06 A; 2K2V A; 4O5V A; 3O8V A; 1UGR B; 1QCO A; 3HRU A; 3GNG A; 3HRS A; 4DA4 A; 1KG1 A; 3KUF A; 4M78 E; 4QT7 A; 3MP6 A; 2CKK A; 1IXD A; 3EH2 A; 2KYM A; 2OAU A; 3IQL A; 1JB0 E; 2YRD A; 1IRX A; 4E7J A; 3EGX B; 2BZ8 A; 1ACM B; 2BUD A; 4JUV A; 3CCS Q; 2DLP A; 4JJC A; 1VQL A; 2OTJ Q; 4C0F A; 1WQ7 A; 1WNL A; 1K1Z A; 1RAE B; 1D3B A; 2WSF E; 1KD1 R; 2VVK A; 4PL6 A; 1VQ4 Q; 3OYD A; 4M77 G; 5CQX A; 2L3S A; 2FRY A; 2DYI A; 2BTT A; 1B34 B; 1UDL A; 4ZTF A; 2V1Q A; 2EYZ A; 4OB1 B; 1R0B G; 1YHQ A; 1BIB A; 2RN8 A; 4JPB W; 5DM7 R; 2HZY A; 4FW1 A; 4LDU A; 4A54 A; 4KGX B; 2V8J A; 2K3X A; 2ZCF B; 5I2M A; 2RJE A; 2XIC A; 1TTH B; 4RKU E; 3L2Q A; 4IUV A; 2H8H A; 1MV0 B; 2DER A; 4PFO A; 4BDZ A; 1ZUK A; 4OMO A; 2RHX A; 5I11 A; 4J9D A; 1XTD A; 1JO8 A; 4ZGJ B; 3CCU A; 1UE9 A; 2FZK B; 1AWX A; 2LJ3 A; 1C6V X; 4C0Z A; 1S72 A; 3MPU B; 5DLQ E; 1ABQ A; 5GMK l; 3I56 A; 2H3J A; 1BCO A; 4ME7 A; 1N8R R; 3KBG A; 1VQL Q; 5FRM A; 4ANJ A; 2BZX A; 3BDL A; 4PJJ A; 2RJD A; 5GJV B; 1K8A R; 1Y07 A; 2AK5 A; 3LGL A; 2CP6 A; 1YNZ A; 2DL7 A; 4R56 A; 4HT8 A; 3G1J A; 1YJW T; 1VQ9 T; 5FU7 B; 3FJ5 A; 1LVK A; 2GQI A; 1PHT A; 3H0F A; 3GLX A; 3CXC P; 4M75 F; 1QMC A; 3MP1 A; 2D8J A; 4C92 A; 2DEU A; 4RCC A; 2QQB A; 1H3Z A; 2MYS A; 2Y4Y A; 1GBQ A; 2ATC B; 2VXE A; 5GAN 5; 3G4S T; 4LUD A; 3NFC A; 2KI7 A; 4C8Q D; 3I5R A; 3QUI A; 2VV5 A; 2DZC A; 1UJY A; 4LUE A; 2PVD B; 3DLM A; 3M0P A; 2OI3 A; 2RHU A; 3QDR B; 1AT1 B; 2HNI A; 2GQV A; 2NUT B; 3OYE A; 4JRK A; 4M75 A; 3RER A; 1BYM A; 2VB6 A; 3RNJ A; 2ZPF B; 4C8Q C; 4J6X A; 1SG5 A; 1QVF A; 1BI3 A; 4PJO G; 2ED1 A; 4FYW B; 4QVD A; 1OZ3 A; 2LQW A; 2YRV A; 1OUL A; 1VQP A; 3JCM b; 4BAC A; 2VGN A; 4DEX A; 5CCA A; 3G7Z A; 4BI3 A; 1PWT A; 2KRS A; 3T9N A; 2Z0W A; 4DOW A; 2KRN A; 3OW2 P; 1O9S A; 2G6F X; 2CS7 A; 3VRY A; 4WTO B; 4RTX A; 2HQX A; 2DVE A; 3CC4 Q; 3OYM A; 3I55 Q; 2K3Y A; 2JNG A; 2F2V A; 1T0H A; 2W10 A; 4M78 B; 3ER0 A; 1ABO A; 5KH6 A; 1OPL A; 2ZZD A; 3H0I A; 4J83 A; 4PKC C; 3A8H B; 1GCQ C; 2OTL T; 5L8R E; 1WPY A; 1IHV A; 2HBP A; 1D0X A; 1ZBX A; 1WJQ A; 2DNU A; 1T0J A; 1XOV A; 3H0H A; 2JS0 A; 1OX9 A; 3S3M A; 4KUD K; 1KC8 C; 2AIR B; 4HCZ A; 2EYX A; 1YJ9 Q; 3JB9 I; 4QVZ A; 4J9G A; 3RMS A; 3C4S A; 3OYH A; 2CGH A; 3VS2 A; 3R6O A; 4LN2 A; 3VKI A; 3M4G A; 6AT1 B; 2XDB A; 3LH0 A; 4C0D C; 2VWF A; 1VQ4 T; 5GAO n; 1R0C B; 2M0O A; 4RTT A; 1VQ5 A; 1WHG A; 1SRM A; 3Q1J A; 4EMK B; 1YIJ T; 1W1F A; 1K73 R; 1Y57 A; 2DYB A; 2DTO A; 5GAO l; 2X4J A; 4HCK A; 3SB2 A; 4MZM A; 1B34 A; 2HMA A; 3EG9 A; 2X4Y A; 5ECA A; 1VQ8 A; 4E7K A; 3OS2 A; 2HCK A; 2DO3 A; 1B7T A; 4NL3 A; 5FRN A; 3PVQ A; 4MDW A; 4CC7 A; 3CCM A; 2JTF A; 1KQ2 A; 3C95 A; 4MML A; 5FRO A; 4Z89 A; 4AFZ C; 3UWN A; 4F16 A; 4C92 B; 1B07 A; 1I8F A; 5D6Y A; 1VQM A; 2W0Z A; 2RQU A; 2DD5 A; 2KRM A; 2CDT A; 1JEG A; 2DL3 A; 3EGX A; 3NPF A; 2P0K A; 5HK3 A; 1WJR A; 4J7F A; 2DVJ A; 4P5N A; 1KC8 U; 2IG0 A; 3FLG A; 1YN8 A; 3KFV A; 4E7H A; 1G3S A; 5CQY A; 1VQO T; 3OS5 A; 5GAN 4; 2EGE A; 3CC2 T; 3JSC A; 1QP3 A; 3VYH B; 3G71 A; 2DTI A; 2QQS A; 2MI6 A; 2DRK A; 3JB9 G; 1WIE A; 4MMK A; 3MEW A; 3A8O B; 4PJL A; 4B9W A; 3OBW A; 1NLP C; 2XK0 A; 4J6Y A; 3QWY A; 4PNO A; 4X34 A; 2H3E B; 2QTV A; 3OYA A; 5KYU A; 3FEO A; 2HQH A; 4M7D B; 4JDS A; 1XQH A; 2AT1 B; 2D9T A; 3OW2 S; 1M3A A; 1VYV A; 4R0K A; 1U5S A; 4FT2 A; 3J7A F; 2M1H A; 2KYB A; 1Q7Y U; 2XD0 A; 3CC2 Q; 4MZT A; 2QEX T; 2FRW A; 2V26 A; 4FIB A; 3VUB A; 4A4F A; 3X25 B; 3FRN A; 3OQ5 A; 3JB9 F; 2V8K A; 2E64 A; 1YJW Q; 2DJZ A; 3G71 T; 3QDF A; 2DD4 A; 1U1T A; 1B3Q A; 4RTW A; 1TXQ A; 1TS9 A; 2K57 A; 3RES A; 2CZ1 B; 4Q5W A; 3CME A; 2LRQ A; 3HP9 A; 3MEV A; 2VYT A; 4WF2 A; 2E3I A; 2I2L A; 2CP5 A; 2HSP A; 3G6E T; 4DEY A; 4X1V A; 3RKX A; 4FL6 A; 2IIM A; 2LJ0 A; 1ARK A; 4EPC A; 3PMI A; 5IXB A; 4KBM B; 3HL8 A; 5A2Q E; 2C0I A; 3ME9 A; 3OS1 A; 4CC3 A; 1YJ9 A; 1PRM C; 2HDA A; 3VV0 A; 3RKW A; 2DZ9 A; 2PQW A; 4N4H A; 4FSS A; 2CRE A; 1G8X A; 2Y90 A; 4XTZ A; 2DJQ A; 1RAD B; 1Q82 R; 2MWO A; 1WX6 A; 2GFU A; 1G3Y A; 2CZ7 B; 3CMA A; 3E1S A; 2OTL A; 3VJP A; 2OTL Q; 3M56 A; 3I56 Q; 1M1G A; 1YHQ T; 2CH4 W; 4J9I A; 1YI2 A; 2M9U A; 4C92 F; 3INZ A; 1ZA2 B; 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