The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
17
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ8 Q; 3CCJ Q; 1S72 Q; 1YHQ Q; 1VQ7 Q; 1KQS P; 1VQL Q; 1NJI R; 1JJ2 P; 2OTJ Q; 1VQN Q; 3G71 Q; 1Q82 R; 1Q86 R; 3CCQ Q; 3I55 Q; 1QVG P; 3G6E Q; 2QEX Q; 1K8A R; 1N8R R; 1VQ9 Q; 1Q81 R; 3CPW P; 3CCU Q; 1YJ9 Q; 1K9M R; 1VQK Q; 3CCR Q; 3CC2 Q; 1KC8 R; 1M90 R; 3CCS Q; 1QVF P; 1YIT Q; 3I56 Q; 1K73 R; 1M1K R; 1VQ4 Q; 3CD6 Q; 1VQM Q; 2QA4 Q; 1YI2 Q; 3CMA Q; 1Q7Y R; 1W2B P; 3CCM Q; 3CCL Q; 2OTL Q; 3CME Q; 3OW2 P; 1VQ5 Q; 1KD1 R; 1VQ6 Q; 3CCV Q; 1YIJ Q; 1YJW Q; 1VQO Q; 1VQP Q; 3CC4 Q; 3CC7 Q; 3G4S Q; 1YJN Q; 3CCE Q; 3CXC P; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H8H A; 2DL3 A; 2YUP A; 1Q86 R; 1WXT A; 3H41 A; 1T0J A; 1D0Z A; 3KUF A; 1G3Y A; 2GF7 A; 2EQJ A; 1K73 C; 2COW A; 1PRM C; 1ZSG A; 3I5S A; 2YRV A; 3V7S A; 3JB9 D; 2FB7 A; 3F70 A; 4HCB A; 5KH6 A; 2GFA A; 1TH7 A; 5CIU A; 2CZ1 B; 1UEC A; 1PG5 B; 3C12 A; 4N0A C; 3OYI A; 2JS0 A; 4F14 A; 4OMQ A; 2VGN A; 3A8O B; 5KYY A; 1OOT A; 3BFM A; 2JMC A; 3QG1 A; 5CR2 A; 1E6G A; 2D0Q B; 2DPP B; 1YI2 T; 2EWN A; 2V8I A; 2QQ9 A; 3CCJ A; 3RKW A; 2DNU A; 3NTK A; 1I07 A; 3CCJ Q; 1JQQ A; 1AHJ B; 1DJ7 B; 3LW5 E; 3CCV T; 1HD3 A; 2FO0 A; 1PNJ A; 1QCN A; 2Y4Y A; 1QVG P; 2LT4 A; 2A28 A; 3EG3 A; 1VQ7 T; 1W2B S; 2B8A A; 1Y57 A; 2FZC B; 3EGX B; 2CS7 A; 3PMT A; 5KE2 A; 2DTH A; 4XU3 A; 4M77 G; 4FU6 A; 3RES A; 1Y0M A; 3HFO A; 4QVC A; 1XJW B; 2RO0 A; 3FC3 A; 1WDX A; 1D3B A; 2CGH A; 3V8K A; 2XDP A; 1WHG A; 5GAO n; 4F7U F; 2E4H A; 1OPK A; 5FRO A; 4J6Y A; 3WVE B; 1VQL T; 1BI1 A; 2BZX A; 3NHN A; 2OTL A; 1RAI B; 1GL5 A; 1M2V B; 5IHI A; 2DYB A; 3PGG A; 1NYF A; 5FU7 B; 1MND A; 4J9B A; 5GAM f; 1AWW A; 5I2M A; 3MPU B; 2OTJ A; 2DKG A; 1I1J A; 2RJD A; 3G1J A; 2BZY A; 2CT3 A; 3I56 A; 2CP3 A; 4BY6 C; 1Q7Y U; 1PM3 A; 1AOJ A; 1N8R C; 1QWF A; 2D8J A; 4A54 A; 4JLI A; 5KYX B; 2MOX A; 1TWB A; 1RAA B; 2CZ0 B; 2LNH B; 3NGP A; 2DX1 A; 4C8Q D; 2YXY A; 5IXF A; 1X6B A; 4M75 F; 2KRN A; 4EMK B; 4HT9 A; 2W0Z A; 4DBQ A; 3AT1 B; 3MEW A; 4M7A A; 1VQO T; 5GAO p; 2DRK A; 1LPL A; 3KBG A; 2QAS A; 4JJN K; 3CQT A; 2QDL A; 4C5G A; 4IUR A; 1PKS A; 4M77 B; 3MET A; 1NG2 A; 4LDX A; 1NJI U; 1VYV A; 5CO7 A; 4XU2 A; 4MZT A; 3LLR A; 5HY6 A; 5FU6 C; 4OB0 B; 2E6N A; 2F5K A; 4PJM A; 4M7A C; 2OTL T; 5LL6 S; 1S72 Q; 2R58 A; 4Z88 A; 3UWN A; 4M4Z A; 3REB B; 2YT6 A; 2OTJ T; 1ZBJ A; 3QDF A; 2NUP A; 2JTM A; 4OMM A; 2HZY A; 2AIR B; 2C0O A; 3VS1 A; 3EH2 A; 1EIF A; 1JJ2 S; 2PQW A; 4CC7 A; 2AHJ B; 1NLP C; 2K57 A; 4XTZ A; 1HJD A; 4ATO A; 4F7U G; 5LJ5 e; 5A0L A; 3JB9 F; 1N5Z A; 3V8L A; 2QI2 A; 2XDD A; 1AZE A; 2JVV A; 4IUQ A; 3M53 A; 4E7S A; 3L2Q A; 2K7A A; 5ECA A; 5GAN h; 2KVQ G; 4M78 D; 2RA2 A; 3OYB A; 1KD1 R; 2LCL A; 1VQ8 A; 2FVU A; 1UJY A; 1VQP Q; 2XDB A; 2RMO A; 1QVP A; 3RIR A; 1H3H A; 3JCM J; 5A0G A; 2DFU A; 4LD6 A; 2QG9 B; 1VOM A; 2PNI A; 1I5O B; 3CBM A; 4MDW A; 4N4I A; 4FSX A; 2DD5 A; 2KNB B; 3VJP A; 1VQ9 T; 3OYF A; 5GMK h; 3UAT A; 1YIJ A; 1KC8 U; 4OF1 A; 1KFZ A; 3M0P A; 1Y7X A; 1YIJ Q; 4M75 G; 5GMK l; 2M02 A; 2F1L A; 2KXC A; 2HMA A; 2YWW A; 1I4K 1; 2ZPB B; 4EDU A; 3VS7 A; 4F16 A; 4C0F A; 2BUD A; 1M9S A; 3VUB A; 1LOJ A; 3JCM e; 1BIA A; 1VQ4 A; 2EJF A; 2NLU A; 2J6O A; 1MV0 B; 5IN1 A; 1VQ4 Q; 5L23 A; 1Q86 U; 1VQ5 A; 2ZPH B; 2EQU A; 3N5B B; 2QGG A; 1N9R A; 5CKD A; 4RG2 A; 2FZK B; 4BUG A; 4F7U B; 2CKK A; 5I11 A; 3DB3 A; 3V7C A; 3QSU A; 1OU8 A; 3X24 B; 1WHM A; 4X9D A; 4CRI A; 2DRM A; 1MGQ A; 4M7D C; 4J9H A; 4J8O A; 3L2V A; 3R6N A; 4QQ6 A; 4JUV A; 1NEB A; 1XTD A; 2VC8 A; 1BI0 A; 4QKU A; 1K8A C; 1XNI A; 2FYK A; 4OMO A; 4PJO D; 1I0C A; 2LQK A; 3C4S A; 2KYM A; 4JS5 A; 2EAY A; 3EGX A; 1OX9 A; 2G6F X; 3OYC A; 3E19 A; 4OMP A; 4JJB A; 3EGD B; 4ELY C; 1SHG A; 3JB9 G; 4C8Q F; 3JB9 H; 2O01 E; 4ESR A; 2QA4 A; 5LJ3 d; 1VYU A; 4A53 A; 4M75 B; 1UE9 A; 2D6F A; 2QA4 Q; 2CP7 A; 4ZTF A; 2COZ A; 1GCQ C; 2RK2 A; 5IH2 A; 1K0X A; 2X9H A; 1AWX A; 4HA8 A; 1M2V A; 2MIO A; 2G3R A; 3OYA A; 3JCM c; 2M0Y A; 2KXD A; 3EH1 A; 2JM8 A; 4JZ3 A; 2QAZ A; 4OGC A; 1K9M R; 2C0T A; 3OW2 S; 2E12 A; 3CCQ T; 5LJ5 f; 2EYW A; 1K76 A; 2GTO A; 2GBQ A; 2JZ2 A; 4C92 F; 1W1F A; 5GAM h; 5KYX A; 5GAN g; 3U23 A; 2AK5 A; 2QEX A; 1QKW A; 2VV5 A; 1FMW A; 4EMK A; 3CD6 A; 4M7A E; 2Y90 A; 5FLX E; 4M77 A; 3RR6 A; 4D8D A; 3OYM A; 1YIT T; 2DO3 A; 1IGU A; 3BW1 A; 1CKA A; 2VYT A; 4GLK A; 3ULR B; 3M54 A; 3SHW A; 1TU0 B; 1NBE B; 4VUB A; 3FIF A; 1SPK A; 3QBY A; 2E10 A; 3I55 Q; 2J06 A; 4D6W A; 1VQM A; 2LC4 A; 1NPP A; 2EPD A; 1PC0 A; 2GFU A; 3VU3 C; 3EHQ A; 3OY9 A; 1ARK A; 5CQX A; 2FHD A; 2YRC A; 3JCM f; 4D8K A; 2NYS A; 5IHK A; 4A4H A; 1WJQ A; 1YP5 A; 3CC4 Q; 3G4S Q; 1BI2 A; 1QQJ A; 3G71 A; 1YBY A; 4FYY B; 1VQ6 T; 4JDS A; 4JLG A; 5J26 A; 4C8Q G; 3L2R A; 1Z9Q A; 1M3C A; 1K9M C; 1ZUK A; 1BKB A; 4RTU A; 1B3Q A; 1ZSZ C; 1M3A A; 2E64 A; 2R5M A; 2WSE E; 1R0C B; 1BCO A; 4J5Y A; 3A1P A; 2HAX A; 1M1F A; 4J9C A; 3CMA T; 1ZUY A; 1C6V X; 1D0Y A; 2RI2 A; 4LUD A; 2ESW A; 1H64 1; 3TU4 K; 1RAB B; 1NZ9 A; 2O4X A; 3MEV A; 1MV3 A; 4OP0 A; 1Y96 B; 2C06 A; 1CKB A; 3RDV A; 2P84 A; 3MP8 A; 5HKC A; 2KDS A; 2DK3 A; 4N4G A; 1HK9 A; 3CCM A; 2M16 A; 3CCR T; 4AMC A; 2ED1 A; 2XID A; 4C92 G; 1OV3 A; 2CP0 A; 2DL7 A; 2ZPI B; 3ASK A; 1WA7 A; 2DIQ A; 2RNA A; 1FX7 A; 4AG2 C; 1QVG S; 1AWO A; 2ZGW A; 4CC4 B; 4E7J A; 1O75 A; 2JOY A; 2HD0 A; 4Z02 A; 3E9F A; 2M0O A; 1BU1 A; 2RH2 A; 3FJ5 A; 3MKD A; 2X35 A; 3OMC A; 2RQW A; 3E1S A; 4M7D E; 4BE1 A; 2RHY A; 3BDL A; 3CCL A; 2FL7 A; 5GAN 4; 5A2Q E; 3L2U A; 2IIM A; 4FYV B; 2E6Z A; 1K4U S; 3CC7 A; 2P0Q A; 4C8Q B; 3HSB A; 1R0B G; 3CC7 Q; 2QK0 A; 2JUF A; 5FRN A; 4F7U A; 1K9A A; 4KBM B; 3FEO A; 4C0Z A; 2EQM A; 3UDC A; 1FMV A; 4X34 A; 2VGM A; 3SWN C; 4RKU E; 3CBP A; 4PLL A; 3TRE A; 3LX7 A; 2MMP A; 1WI7 A; 2C0I A; 4BDZ A; 2M51 A; 3HP9 A; 3EGD A; 3QKJ A; 4C92 B; 5GAN d; 2EYY A; 3PT9 A; 2DXB A; 3S6W A; 3A8L B; 2DZC A; 1TOV A; 3RKY A; 2EJ9 A; 3EFO B; 4XK8 E; 4M75 A; 3H9N A; 4PK4 A; 1MMN A; 1YHQ Q; 1K0S A; 2MAM A; 9ATC B; 2LCC A; 1I5L A; 1KQ2 A; 3UT1 A; 1G83 A; 1YI2 A; 1TS9 A; 1Y71 A; 2DE0 X; 2K79 A; 2GCX A; 3E9G A; 4M78 B; 4IUU A; 5LJ3 j; 1PWT A; 2BTT A; 3CCV A; 2ZPE B; 4JZ4 A; 2L2P A; 2LJ0 A; 1WGS A; 3CCV Q; 1XQH A; 4RCB A; 3QXE B; 5KCO A; 4ORZ A; 3PTA A; 2F2X A; 1YJN Q; 2QQA A; 1VQ7 Q; 2A36 A; 5FWC A; 2L5Q A; 1YJW T; 3OYD A; 1Q81 R; 1YCS B; 1G3S A; 1ZBX A; 3A8H B; 3EGU A; 3OS0 A; 1AZG B; 4KH0 B; 3J7A F; 5LJ5 h; 1K9M U; 5GMK m; 3TSW A; 1U06 A; 3HRU A; 4M77 E; 4KH1 B; 2JMA A; 4RTZ A; 3HRS A; 1VQL A; 3OMG A; 2HEQ A; 3UPU A; 3VS4 A; 2E41 A; 2EW3 A; 2VXF A; 2LP5 A; 2KI7 A; 2RQR A; 2DEU A; 3SD4 A; 3EG2 A; 1VYT A; 4LDV A; 3G6E T; 3CCU T; 1EZZ B; 5CKB A; 4X1V A; 1JEG A; 2CDT A; 1YN8 A; 1B7T A; 3CBO A; 1NM7 A; 1XOV A; 1O9S A; 1Q95 G; 1UJ0 A; 4II1 A; 4KRT A; 1WIE A; 1WXB A; 1WYX A; 1PHT A; 4KUI A; 3IQL A; 4C0G A; 1S1N A; 1N9S A; 3QHS A; 1GXI E; 3P8B B; 1G8X A; 2DTO A; 4AFZ C; 1JXO A; 1M2O A; 4EIK A; 2FEI A; 3ZBD A; 1KC8 C; 4PJO B; 1V29 B; 1PCX A; 1VQO A; 1UGR B; 4BDY A; 2DJZ A; 3PE0 A; 2SEM A; 3JCM h; 4KUD K; 4KGX B; 1LNX A; 3THK A; 1IRE B; 1D09 B; 1NE8 A; 1T3S A; 2RHI A; 3EG9 B; 4FYX B; 4XQ3 A; 1UGP B; 5DM7 R; 5AYF A; 5I22 A; 4RTW A; 1Q86 C; 1BK2 A; 2VKN A; 3DLM A; 2DA9 A; 4WCI A; 2YLB A; 1Y96 A; 2EBP A; 1IGQ A; 2DBM A; 1SHF A; 6AT1 B; 4DEY A; 5A0D A; 5CAI A; 2OTL Q; 4E47 A; 2JS2 A; 3A5Z B; 3ZEH A; 2LQN A; 1C0M A; 1I8F A; 2O9S A; 2PZ1 A; 3H0F A; 4Y28 E; 4QT7 A; 4R56 A; 1PRL C; 4E7L A; 2OTJ Q; 1MUZ A; 4JRI A; 3CCE T; 2VB6 A; 1B34 B; 4MDX A; 4EMG A; 3I56 Q; 1OI1 A; 2V8J A; 1RLQ C; 4JRQ A; 2GQI A; 1GCP A; 4BD3 A; 4PJN A; 2I2L A; 3A98 A; 4IIM A; 2X4W A; 4V2S A; 2FG0 A; 2YUO A; 4XTY A; 3DKM A; 1OYX A; 1UTI A; 1AT1 B; 1G3T A; 4C8Q A; 1R8O B; 4PKC C; 4F7U E; 5KYU B; 1OUL A; 2ZPF B; 1VIF A; 5FW9 A; 1VQK T; 3M57 A; 4C0D B; 3M0Q A; 2XHC A; 4M7A D; 4E6R A; 1ABO A; 1PKT A; 5C0M A; 2GNC A; 5LJ5 g; 1ZLM A; 1QLY A; 2HDA A; 3OYH A; 2LMJ A; 3PVL A; 1VQ9 A; 1X69 A; 1H8K A; 4FT4 A; 2KEA A; 1VQ9 Q; 1WHH A; 1LCK A; 2L0A A; 2EYX A; 2JXB A; 1RAH B; 3I5R A; 2DMO A; 2K3Y A; 1TXQ A; 3REA B; 2L3Q A; 4FT2 A; 1X6G A; 2KQW A; 4C92 A; 2L3P A; 3TEE A; 3GNF B; 4J6W A; 1PSE A; 1WZO A; 2NUT B; 4O5V A; 1VUB A; 5GAN 6; 5LJ3 e; 4M75 E; 3P8D A; 3CME T; 4ELZ C; 2LRQ A; 3FB9 A; 2WAC A; 5GAN 8; 1Q82 R; 4HVU A; 5D6Y A; 3SEM A; 4E7H A; 3T9N A; 1X6O A; 2O9V A; 5D6W A; 1WHL A; 4N4H A; 4Y92 A; 1UFF A; 4M78 A; 2FZG B; 1VQN A; 2A0F B; 1VQ8 Q; 1RI9 A; 2CP5 A; 2RHX A; 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