The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
17
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJW Q; 1N8R R; 1W2B P; 3CMA Q; 1YIJ Q; 1S72 Q; 1JJ2 P; 1VQ6 Q; 1NJI R; 2QA4 Q; 1QVG P; 3CCM Q; 1YIT Q; 3CCS Q; 2QEX Q; 1VQ4 Q; 2OTJ Q; 3CCJ Q; 3CCE Q; 1YJ9 Q; 1Q7Y R; 3CXC P; 1VQ5 Q; 2OTL Q; 1Q81 R; 1KQS P; 3CCL Q; 1VQ8 Q; 3CD6 Q; 1VQN Q; 1YI2 Q; 1VQO Q; 3CC7 Q; 1K8A R; 1VQP Q; 1K9M R; 1VQK Q; 1Q82 R; 1VQ9 Q; 3OW2 P; 3CPW P; 1M1K R; 1M90 R; 1VQL Q; 1VQ7 Q; 1KC8 R; 3CCV Q; 1VQM Q; 3CC4 Q; 1Q86 R; 3G71 Q; 3CCU Q; 3CCQ Q; 1YJN Q; 3CC2 Q; 3I55 Q; 3G6E Q; 3I56 Q; 1KD1 R; 1QVF P; 3CCR Q; 1K73 R; 3G4S Q; 3CME Q; 1YHQ Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M54 A; 2ZPB B; 4Y91 A; 3CCV A; 4JPB W; 1Y71 A; 1R8O B; 5GAN j; 1GFC A; 3CXC P; 2DXC A; 4E47 A; 2HSE B; 2PNI A; 4M77 A; 4M78 A; 3JB9 G; 1M1K U; 4PJO G; 2FRY A; 3CCR Q; 3QZ9 B; 2DK3 A; 1RAE B; 2CZ7 B; 4F7U G; 4J6X A; 3M0S A; 1K9M C; 5GJV B; 3GOX A; 5LJ3 f; 1JRI A; 1SSH A; 2VV5 A; 2FG0 A; 3EG3 A; 4OMM A; 3RUX A; 7AT1 B; 4C5H A; 1G3Y A; 1EIF A; 2JUF A; 3TVT A; 1K73 U; 1RAI B; 2VAS A; 3I56 T; 2VWF A; 3V8L A; 2QXF A; 3EH1 A; 3CCM Q; 4A54 A; 4NL3 A; 1BI1 A; 1WHL A; 5LJ5 f; 2QGF B; 1YJ9 Q; 4VUB A; 2RQV A; 2GQV A; 1HXD A; 2CUB A; 3CD6 T; 2K79 A; 5CKH A; 1KHI A; 1JB0 E; 2XG8 D; 4JZ3 A; 5CAI A; 1N9R A; 3M0R A; 3G4S Q; 2CSQ A; 4KGZ B; 3G7Z A; 4NS5 A; 4C0F A; 2A3L A; 3DLL A; 1ACM B; 1RI0 A; 1AZE A; 1BIB A; 2MPX C; 2L0A A; 1KJW A; 1M2V B; 4N0A C; 2Z0W A; 2GGR A; 3VS2 A; 5CKF A; 2CH4 A; 1YIT A; 1VQ7 Q; 3KFV A; 2PVO B; 2YT6 A; 2JTF A; 3CCV T; 2K5F A; 1NPP A; 3OYK A; 4PFP A; 5GMK j; 1KIK A; 3OYB A; 1D3B B; 5CK9 A; 2ZAE A; 3ZFJ A; 2JZ2 A; 1OX8 A; 3MEW A; 3X20 B; 3DKM A; 1OOT A; 4FT4 A; 1ZUY A; 4C5G A; 1K0X A; 5GAO q; 5I2M A; 3MEU A; 5A0G A; 2LCS A; 3SFM A; 3PE0 A; 1E6G A; 3QG1 A; 3PGG A; 2P0Q A; 4HCK A; 4DBR A; 4E7S A; 4PLI A; 1QVG P; 3PIP A; 4F7U A; 1YJN A; 4M75 C; 2AZV A; 2DL3 A; 3KUF A; 3CPW S; 1C6V X; 4J9C A; 4Z88 A; 1YJ9 T; 1ZHI A; 1BI0 A; 2B86 A; 2NYS A; 1M3C A; 1MNE A; 1YCY A; 3QUI A; 2YUN A; 3V8K A; 1Z9Q A; 2L2P A; 3ZBD A; 1UJ0 A; 3G4S T; 1SHG A; 1NYF A; 1AEY A; 1LNX A; 1OU8 A; 4XU2 A; 2RI3 A; 2QDL A; 2RF0 A; 1AOJ A; 1G3W A; 4J5Y A; 3UWN A; 1JU5 C; 2YLB A; 2EGA A; 4XK8 E; 1VQK A; 5D6X A; 1LPL A; 2K3Y A; 1MUZ A; 1FYN A; 1R0C B; 1NEG A; 3HRS A; 4GY5 A; 2QDY B; 5KCO A; 5CIU A; 1UGR B; 1HSQ A; 2F2X A; 3SHW A; 1K9M R; 4HVV A; 2JTM A; 1NG2 A; 4LDU A; 3VS4 A; 3C95 A; 2DTO A; 3DLM A; 5IAY A; 2E1H A; 2Y4X A; 3CME Q; 3QII A; 4WF2 A; 2PZ1 A; 3MEA A; 3A8L B; 3OBW A; 2VYT A; 4C92 B; 4C8Q B; 1GCQ C; 3M55 A; 1V1C A; 2X3W D; 1TUD A; 5M9O A; 3CMA A; 2GFA A; 3L2V A; 1D1B A; 4BE0 A; 1MMA A; 1B07 A; 2HCK A; 3EFO B; 1KC8 U; 3JCM d; 4AMC A; 4M7A E; 1QKX A; 4PJL A; 3UPU A; 2ZPI B; 1W2B P; 4M7A F; 2K3X A; 1ZUU A; 5IHI A; 4FW2 A; 1X2K A; 2XDB A; 3OSS C; 2DEU A; 4OML A; 2JS0 A; 2HMA A; 2PQW A; 3QXE B; 1IHW A; 2EQM A; 1WJQ A; 2K9G A; 2RHX A; 2RHU A; 4Y28 E; 5KH6 A; 3HRU A; 2L3R A; 2RQU A; 2LP5 A; 2P0K A; 2RJD A; 2DD4 A; 3EH2 A; 1C0M A; 3NTH A; 2EQJ A; 4OGC A; 2LVM A; 4J7F A; 2D8H A; 5DM7 R; 3O5Z A; 2DNU A; 2FO0 A; 3OYH A; 3HSB A; 1M1K R; 4QVZ A; 1EZZ B; 4E7Z A; 2EYY A; 1VQK T; 4C0D B; 5LJ5 d; 1QQJ A; 2DEQ A; 2JW4 A; 1Q81 C; 2X4X A; 4JJD A; 4L59 A; 4JRP A; 4KUD K; 4M7A G; 3LGF A; 2QA4 Q; 5GAN e; 5ECA A; 2VXF A; 2DRK A; 5CQX A; 3GP8 A; 4ZTF A; 3KBG A; 4FT2 A; 2DFU A; 1VUB A; 3RDV A; 3HKS A; 4FYY B; 3WVD B; 4B9X A; 1X2Q A; 2DZC A; 3AHU A; 3I55 Q; 1VA7 A; 4N0A A; 3OYJ A; 4OB1 B; 1QCO A; 1K73 R; 4AG2 C; 5CQY A; 4JDS A; 2KGT A; 2L89 A; 5LJ3 h; 1M8V A; 2RO0 A; 4JZ4 A; 2HAX A; 2FHD A; 1X27 A; 1KC8 C; 3CMA T; 1K9A A; 2HL3 A; 1KD1 C; 2DPP B; 2CRE A; 3GPL A; 2E3H A; 1VQ9 Q; 4CC3 A; 4B6M A; 1GXI E; 4FL6 A; 3PTA A; 8AT1 B; 1WDX A; 2FVU A; 2LNH B; 2D9T A; 2PVD B; 2CKK A; 4RUG A; 2HQX A; 3G71 A; 3EGD A; 5GMK m; 3URG A; 2COZ A; 2J6K A; 2AK5 A; 4IUT A; 3V7R A; 3TQ7 P; 4BY6 B; 1NEB A; 3OMC A; 1GBQ A; 1WHG A; 5FLX E; 3G71 Q; 3E9F A; 2O4X B; 1UGP B; 1VQP A; 1G8X A; 4XTY A; 1S1N A; 2KRN A; 4DBQ A; 2CUD A; 2YDL A; 4PKC C; 2QA4 T; 1IZ6 A; 2ED0 A; 3UA7 A; 4AFU C; 3FRN A; 1AT1 B; 1Q95 G; 2EWN A; 3OYF A; 3C0C A; 1NJI C; 1MGQ A; 3OA6 A; 2EQK A; 3DB4 A; 5IN1 A; 1OU9 A; 1W4S A; 5J3B A; 2K5L A; 2XDD A; 5GMK e; 2KRS A; 4FIB A; 3JV3 A; 4J9F A; 1PRM C; 2LT4 A; 3CCJ Q; 3OW2 S; 4JS4 A; 4M77 F; 4A4F A; 3L42 A; 1SSF A; 2DL7 A; 2HD0 A; 4M78 F; 4AG1 C; 2FEI A; 1PWT A; 5GAN g; 3G6E Q; 4HCC A; 1KHC A; 3L2R A; 1VQM A; 2E3I A; 3QSU A; 1G3S A; 1XJW B; 2WSE E; 3CCE Q; 2QTV A; 3GNF B; 2CP0 A; 5GAN 3; 3E19 A; 5J26 A; 1QVF S; 4M77 D; 1VQM Q; 2OTJ A; 1BBZ A; 1UEB A; 2SRC A; 4M78 D; 2OTL A; 3QKJ A; 4ZGJ B; 1GCQ A; 4FM4 B; 3THK A; 3BDU A; 3G71 T; 3H0F A; 3CXC S; 3G1J A; 3ZEH A; 2ECZ A; 2KT8 A; 2LQN A; 1YJW A; 1Q81 R; 4NL2 A; 2F5K A; 3PNW C; 1V29 B; 3JCM Q; 1TXQ A; 3M56 A; 1SG5 A; 5EG2 A; 1U5S A; 1VQP T; 1MV3 A; 1TWB A; 3CCL A; 1UTI A; 2NUT B; 2CP5 A; 4NOY A; 4J9E A; 1Q7Y C; 1YJW Q; 1QKW A; 3SWN B; 2LX9 A; 4C92 C; 1WHM A; 4RMO A; 1WNL A; 1BCM A; 1PSE A; 2SEM A; 2D6F A; 5A2Q E; 3V7S A; 1I5O B; 2QK0 A; 1KQS P; 2V1R A; 1KQ1 A; 3A8H B; 2EPD A; 2GNC A; 4FCY A; 3OYN A; 2O9V A; 1K4U S; 2XMF A; 4OB3 B; 3S6W A; 1K9M U; 1KC8 R; 5KCH A; 2OAW A; 1TS9 A; 2F2V A; 2LMJ A; 3EAE A; 3N5B B; 4E7H A; 3REA B; 2XHC A; 1VYU A; 3JCM W; 4DEX A; 4MZP A; 3X25 B; 2EYX A; 1G3T A; 2JMA A; 1G83 A; 3OYL A; 5DY9 A; 2YSQ A; 1JXO A; 3CCE T; 4JJB A; 2ENM A; 2FZC B; 1N8R C; 2P4T A; 2XID A; 1IGU A; 3I5R A; 1VQM T; 2KXD A; 2L3S A; 3PIO A; 3MHX A; 4F7U F; 2FYK A; 1Q82 C; 1XQH A; 4QQ6 A; 1W6X A; 3OYC A; 2MK5 A; 4E7L A; 4OP0 A; 2LRQ A; 4ELY C; 3GIB A; 3FC3 A; 3VYG A; 4LDX A; 3OYD A; 4M4Z A; 4KH1 B; 4KGV B; 3FB9 A; 2RNA A; 4D8K A; 2DVJ A; 4BUG A; 3WXM B; 2OTL T; 1VQL Q; 4C0D C; 1SEM A; 1UGV A; 5KYY A; 1KQS A; 1K76 A; 1PC0 A; 2MYS A; 4FSX A; 3JB9 D; 2DVE A; 4PJO D; 4YTL A; 1RAD B; 1NJI R; 4RTX A; 4ZGD B; 4PFZ A; 5GAN f; 1YJW T; 1SF9 A; 1JEG A; 2O9S A; 3CCR A; 1VQ5 Q; 3OS5 A; 1M30 A; 5HK3 A; 2EGE A; 4HCB A; 4J9G A; 4LDW A; 5KYN A; 2EJG A; 3UAT A; 2MWP A; 3CCL T; 1RL2 A; 2FB7 A; 2X3X D; 5CKD A; 3H8Z A; 1KFZ A; 3BY7 A; 1SKU B; 3QJ6 A; 4R55 A; 3L2U A; 1RLP C; 1CKA A; 1UGQ B; 2RD1 A; 2DF6 A; 3BDL A; 3LYI A; 4E7K A; 2HBW A; 2GTJ A; 2DX1 A; 1E6H A; 4EMK C; 1WYX A; 3OB9 A; 1U1S A; 3CCM A; 2AT1 B; 4FYW B; 4IIM A; 1YJ9 A; 5KYW B; 3AT1 B; 4ESR A; 4CI0 C; 4IUP A; 5GAM j; 1MMD A; 5FW9 A; 1JJ2 P; 5IHN A; 4PLL A; 3QPH A; 4OMO A; 2RI2 A; 2GF7 A; 4M7D C; 2EQU A; 3BE3 A; 3G4S A; 1U8R A; 1ABQ A; 3CC7 Q; 2VGM A; 2KMT A; 2DKG A; 1Y0M A; 1FWZ A; 1R77 A; 2KK4 A; 3SDZ A; 1TU0 B; 1VQ7 A; 2HDA A; 2PUK B; 2LCL A; 2HKN A; 5A0L A; 2GTO A; 3P8B B; 3EGU A; 5L8R E; 2C06 A; 1Q7Y R; 2DL8 A; 3OS0 A; 2CYZ B; 3RBB B; 4QT7 A; 3VU3 C; 4BAC A; 2RQR A; 1N5Z A; 2BE9 B; 3SB2 A; 4Z89 A; 1OYX A; 1RAG B; 3CCU Q; 2LX7 A; 3HL8 A; 1OV3 A; 1R0B G; 2YUP A; 1SPK A; 2BIV A; 2MAM A; 1PD0 A; 4PJN A; 4M77 B; 3CCR T; 2CT4 A; 4M78 B; 4XQ3 A; 2DAQ A; 2LC4 A; 1OX9 A; 4CC4 B; 3NHN A; 4M7D E; 2J06 A; 1FXX A; 1JJ2 A; 2DIG A; 1ZA2 B; 3PVQ A; 5D6W A; 1WHK A; 2DYI A; 2NUZ A; 2AKK A; 4RTZ A; 1PCX A; 3VS1 A; 6AT1 B; 2RPN A; 1H64 1; 2RQW A; 2KEA A; 3CBM A; 3A8M B; 3MET A; 1YWO A; 1N8R R; 2QG9 B; 3V7C A; 3MO8 A; 2LCC A; 4PNO A; 2HZY A; 1OPL A; 3H41 A; 2RMO A; 3GLX A; 2A0F B; 1UDL A; 3ASK A; 1WQW A; 5DLO A; 3CCM T; 3E9G A; 1UG1 A; 2VKN A; 4ZN3 A; 4KUI A; 3OYE A; 3CC7 T; 3NTI A; 4DEY A; 2D8J A; 1K1Z A; 5I21 A; 3HP9 A; 3Q1J A; 3VS3 A; 2GCX A; 2ZCF B; 2ZGW A; 3EG9 A; 1ZUK A; 1VQ6 Q; 1NYG A; 4RTW A; 4A53 A; 4XAX B; 3M58 A; 4QVD A; 1UFF A; 3M0U A; 3M9Q A; 3ER0 A; 1VQO Q; 1M27 C; 1MND A; 4M7D G; 1UJY A; 1X6O A; 4MDX A; 1RAF B; 2JMC A; 3CC4 Q; 3EGX A; 1OZ3 A; 3CCQ Q; 1AZG B; 2YXY A; 3SWN C; 4KBM B; 2ZPF B; 1N9S A; 4J6W A; 2ZZD A; 1VQ7 T; 4LNP A; 4FU6 A; 2RHZ A; 3TEE A; 5KYU A; 3QWX X; 5FWB A; 3ULR B; 3CME A; 2FZK B; 1OPK A; 3HPW A; 4M75 E; 2DER A; 4GBQ A; 2V8I A; 1AVZ C; 3EHR A; 4ZN1 A; 1Q81 U; 2A08 A; 1LJO A; 1QP3 A; 2QAZ A; 3OY9 A; 5FWC A; 1D1A A; 4EPC A; 1QVP A; 1TOV A; 3OSV A; 3H6Z A; 5AYF A; 3BW1 A; 4LDV A; 3CC2 A; 1MMG A; 4OB2 B; 2QEX Q; 1MV0 B; 2KDS A; 4BE2 A; 1RUW A; 3RES A; 1D0Z A; 4RTY A; 4PJO B; 2IIM A; 2K3B A; 4HXJ A; 1YCS B; 4DBH A; 1ZQ1 A; 2RA2 A; 3A1P A; 3CC2 Q; 4X34 A; 4F7U B; 2CP7 A; 4PJJ A; 1G5V A; 5EC7 A; 1BYM A; 1KD1 U; 3RR6 A; 5HKC A; 1KK7 A; 4R0K A; 1TH7 A; 1T0H A; 4DOV A; 1QWE A; 3JCM X; 5IH2 A; 1VQ6 T; 1QP2 A; 2G6F X; 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3M57 A; 2JNG A; 4QQG A; 4O6J A; 4J9H A; 2QGG A; 2Y90 A; 4FW1 A; 1Y96 A; 2FRW A; 1IB8 A; 4M75 A; 2KVQ G; 1RAH B; 1ZBX A; 2IG0 A; 2CSI A; 3NMZ C; 1AD5 A; 1UB4 A; 3A98 A; 3FEO A; 5GAN 4; 2RHI A; 5LJ5 e; 4N4G A; 5CO7 A; 3R6N A; 1PKT A; 1ZSZ B; 3PVL A; 1Q7Y U; 3JCM P; 4TVR A; 2L3P A; 4II1 A; 1X6B A; 3CCJ A; 2EYQ A; 1I0C A; 1CKB A; 3X24 B; 2C0I A; 2E12 A; 2HKQ B; 4B9W A; 4LD9 K; 5GMK h; 2W10 A; 1U06 A; 3I55 T; 3QBY A; 2NUT A; 3G6E A; 1LVK A; 4D8D A; 3SWN A; 4PK4 A; 2JVV A; 1V76 A; 2CDT A; 3QO3 A; 2JXB A; 1RAC B; 4X9C A; 3H9N A; 2JTE A; 2CGH A; 2M0Y A; 3CCE A; 1BU1 A; 2E6Z A; 4OMN A; 2G3R A; 5LL6 S; 2ESW A; 1VQ9 T; 2ED1 A; 3L1A A; 1YHQ Q; 1I81 A; 1K0S A; 4ELZ C; 2LJ0 A; 1OZ2 A; 2R57 A; 3M4Y A; 4Z02 A; 1LCK A; 2K6D A; 4OVA A; 3S3M A; 1N8R U; 2DBK A; 4LDY A; 1RLQ C; 2H3J A; 1BI3 A; 2E70 A; 2EJ9 A; 2L8D A; 2HNI A; 2PUO B; 2JM8 A; 1Q82 U; 3OYA A; 3JCM g; 3EGD B; 2M51 A; 1VYT A; 3JCM c; 1UEC A; 3H0H A; 2M0O A; 4J9I A; 2CT3 A; 1U3O A; 3M5A A; 5C0M A; 5GAN 8; 1JQQ A; 5GAM g; 1BKB A; 2LJ1 A; 4LD6 A; 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