The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
17
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQN Q; 1VQL Q; 1VQP Q; 1VQ9 Q; 3CCQ Q; 1YI2 Q; 1YIJ Q; 1QVG P; 1Q7Y R; 1Q82 R; 1VQO Q; 1Q81 R; 3CCE Q; 1M1K R; 3G71 Q; 3CXC P; 1YHQ Q; 1VQ7 Q; 1W2B P; 3CME Q; 1YJW Q; 1YJN Q; 3CMA Q; 3I56 Q; 1JJ2 P; 1Q86 R; 3OW2 P; 3CCM Q; 2QA4 Q; 1K9M R; 3G4S Q; 1VQ6 Q; 3CCU Q; 3CD6 Q; 3CCS Q; 1NJI R; 2OTL Q; 1VQ8 Q; 1YIT Q; 1KD1 R; 1M90 R; 1KQS P; 2OTJ Q; 3CCL Q; 3CCR Q; 1KC8 R; 1N8R R; 3CC7 Q; 1S72 Q; 1K73 R; 1VQ4 Q; 1VQK Q; 3CC4 Q; 1K8A R; 1QVF P; 3I55 Q; 3CPW P; 3CCJ Q; 3CC2 Q; 3CCV Q; 1VQM Q; 3G6E Q; 1VQ5 Q; 2QEX Q; 1YJ9 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LJ5 d; 3M5A A; 3BY7 A; 5GAO n; 2J7I A; 3OSV A; 3ER0 A; 1AZG B; 4JJB A; 1KQS S; 2PQW A; 3F70 A; 3MHX A; 1KQS A; 2LT4 A; 1O9S A; 2PZ1 A; 1MV0 B; 2YLC A; 3CCL A; 3QXE B; 1IRX A; 3EGU A; 3CPW A; 2RHI A; 1WDX A; 2DM1 A; 2A7Y A; 4XTY A; 1CKB A; 1Q95 G; 4E2F B; 3P8B B; 1T0J A; 1Q7Y R; 1PM3 A; 2HQH A; 4BY6 C; 5FRM A; 3LH0 A; 1WHJ A; 5D6X A; 1H92 A; 1VQ8 T; 2WSF E; 3OYN A; 2E5K A; 4BDZ A; 4IUP A; 3CC2 A; 3OYH A; 2DTI A; 4C8Q C; 1X27 A; 2JUF A; 2DXB A; 4EMH A; 2FZK B; 2RJF A; 3FRN A; 3GOX A; 3H8Z A; 1UG1 A; 3V7C A; 3BFM A; 3EG0 A; 4GY5 A; 3CMA A; 3I56 A; 2JTF A; 3G71 Q; 4DBR A; 2OJ2 A; 5DM7 R; 1SEM A; 3CCM T; 1I8F A; 1D0Z A; 4F7U E; 1G5V A; 3CPF A; 5IH2 A; 1TOV A; 2V1Q A; 4J9C A; 1VQ5 T; 2XID A; 4J5Y A; 4C8Q D; 2M0O A; 2NWM A; 2PNI A; 3PGG A; 2KRS A; 3TSZ A; 1UGP B; 2RQR A; 4C92 G; 4OB2 B; 4E7K A; 1ZHI A; 4LDV A; 4KBM B; 2GNC A; 4R0K A; 3BW1 A; 2HKQ B; 1TG0 A; 4HT9 A; 5AT1 B; 3KBG A; 4N4H A; 1EFN A; 3KUF A; 4C5E A; 2VC8 A; 3QO3 A; 1YP5 A; 4M75 C; 1ZLM A; 3CC4 T; 2CP2 A; 3M58 A; 4PL6 A; 1IO6 A; 2JTE A; 2OAU A; 2DTH A; 2L5Q A; 1K9A A; 1SSF A; 2DKG A; 2KVQ G; 2JS2 A; 1H64 1; 3RR6 A; 3JB9 J; 1M1F A; 2HCK A; 1WNL A; 2M16 A; 4FW1 A; 2X4Y A; 3RIR A; 2ZGW A; 3JB9 F; 1ACM B; 4J7F A; 2ZPE B; 3CQT A; 4JJC A; 1YIT Q; 4R55 A; 4M75 D; 3OYJ A; 4MML A; 5LJ3 e; 4J6Y A; 3CCQ Q; 4J9H A; 2JS0 A; 4OML A; 4PJO G; 3M4G A; 4QVD A; 2P4R A; 2XMF A; 4DEX A; 2W10 A; 1JB0 E; 3SWN A; 4ELZ C; 4N0A C; 4J8O A; 1EIF A; 2O01 E; 4FCY A; 2QQA A; 4XU3 A; 3OMG A; 1VQL A; 1PKT A; 4FYX B; 1ZUY A; 3M54 A; 3M9Q A; 1N8R C; 1YIJ T; 1CSK A; 4M77 B; 4A4G A; 1XNI A; 1UGQ B; 5GAN 4; 4JJD A; 3CXC P; 1ZX6 A; 1K0S A; 4M7A F; 2G6F X; 3KFV A; 1BI0 A; 2QA4 T; 2MIO A; 4KGZ B; 1WYX A; 2V1R A; 5KYN A; 1KD1 R; 1WHM A; 5LJ3 j; 3EH1 A; 1RLP C; 2QTV A; 2KQW A; 1M3C A; 2RK2 A; 3M55 A; 1FXX A; 1AWJ A; 3CBO A; 4F04 B; 4XTW A; 2HBP A; 2V8J A; 4OMP A; 2YSQ A; 2CZ0 B; 1D1A A; 2DA9 A; 2YDL A; 3RBB B; 3QYH B; 2DZC A; 3CC7 A; 3CCS T; 4E7L A; 4RG2 A; 2X9H A; 2Y4Y A; 2DL5 A; 1S72 T; 2EYQ A; 2DEQ A; 3VRZ A; 1M2V A; 3X28 B; 2SRC A; 4NL2 A; 1V76 A; 1IHV A; 1E6H A; 1FMK A; 2RNA A; 3X25 B; 2NUT A; 3M0S A; 1PSF A; 1D3B B; 2VXF A; 3U23 A; 1XJW B; 2K3Y A; 3O8V A; 2P0P A; 1M27 C; 1PNJ A; 2VXE A; 3G4S T; 2OTL T; 2GF7 A; 1OX9 A; 5KYW A; 1TU0 B; 2QI2 A; 1CKA A; 3GLX A; 2OAW A; 3CXC S; 4QKU A; 1K8A R; 3CXC A; 5GAN 6; 1OU9 A; 3SEM A; 4QVC A; 5J39 A; 2JZ2 A; 1VQ9 Q; 3JB9 I; 2HSE B; 3FJ5 A; 2CZ7 B; 5CKF A; 3N5B B; 3INZ A; 3CCM Q; 1JU5 C; 3PVL A; 2IVW A; 3OBW A; 1NYG A; 3MCA B; 3JCM c; 4HA8 A; 1M90 C; 4PFZ A; 1G2B A; 3A8H B; 1AVZ C; 3G71 A; 3C94 A; 3LH5 A; 3QWY A; 3JCM J; 3CME T; 1QKW A; 4XTU A; 2L0A A; 4EMK A; 2XI9 A; 5D7U A; 1Q7Y C; 4PK4 A; 5FRN A; 1X43 A; 1PKS A; 1I07 A; 2X4X A; 2DET A; 1X6G A; 3ULR B; 2M9U A; 4GLK A; 3CC4 Q; 1UHF A; 3MKD A; 2DD5 A; 2WSC E; 1NG2 A; 3S3N A; 3VU3 C; 1TXQ A; 1BKB A; 4QQD A; 2L89 A; 5GAN 8; 3M57 A; 3V8J A; 3VYG A; 3JCM Q; 4TVR A; 2KBT A; 4C92 F; 5GAN h; 4V2S A; 3VUB A; 2VGM A; 3TCJ A; 4QVZ A; 4F7U G; 4J9G A; 2DRK A; 1BB9 A; 1OPL A; 2CSI A; 1Q81 U; 1VQO T; 2HDA A; 2HAX A; 3TSW A; 3HL8 A; 3HKS A; 1YJW T; 4KRT A; 2EJG A; 3OYB A; 1VQ6 T; 2YUO A; 1WFW A; 5A2Q E; 3FDR A; 3JRZ A; 2RO0 A; 4XU2 A; 2DF6 A; 1UGR B; 1N9R A; 2FRY A; 3CCQ A; 4OF1 A; 4K11 A; 3REA B; 3T9N A; 3SD4 A; 4AFU C; 2CUD A; 4J9F A; 4PLL A; 4PKC C; 1YIJ Q; 4HVU A; 2QGG A; 4ZGD B; 3PMT A; 2F2V A; 1QP2 A; 2QXF A; 4ELY C; 4OP0 A; 4ESR A; 2QA4 Q; 3QSU A; 1N5Z A; 2FPF A; 3A5Z B; 2OTJ T; 4DBQ A; 4RTZ A; 1T3L A; 4PJO F; 1SSH A; 3EFR A; 2X35 A; 1M8V A; 2DBM A; 2FL7 A; 2ATC B; 4NS5 A; 1YHQ T; 2QQR A; 1MMN A; 1BU1 A; 4BI8 B; 1AWX A; 1XQH A; 2DZ9 A; 5LJ3 f; 4FSX A; 4M7D F; 4J6W A; 3A98 A; 1WHG A; 1GFC A; 2CUB A; 4DOV A; 3M0Q A; 3CCS Q; 3E19 A; 5GMK l; 4DBF A; 5A0G A; 1K0X A; 2X51 A; 1PHT A; 1TS9 A; 1G83 A; 2RD1 A; 1GCQ A; 3H0I A; 3E9F A; 2D0Q B; 3QUI A; 3JCM g; 2LT1 A; 2E10 A; 4LDX A; 4M7A A; 1R0B G; 2EGE A; 3DLM A; 3UDC A; 3CEY A; 3WXM B; 2D6F A; 4JS5 A; 3JCM V; 4J7I A; 2HSP A; 1FWZ A; 3OA6 A; 3G4S Q; 1RAD B; 5I22 A; 5DLQ E; 1QVG S; 3L2R A; 1ARK A; 2VV5 A; 3UAT A; 1QVG A; 4FL6 A; 1TH7 A; 5GAM h; 2EIF A; 3LGL A; 4Y91 A; 2CH4 A; 4MZM A; 4Q5W A; 3A8O B; 1JXM A; 1I5O B; 1YJN A; 4D6W A; 1VYT A; 4MZP A; 1M1K R; 4C8Q E; 5GAO r; 4JRQ A; 3D7S B; 2V8K A; 2MYS A; 3HFO A; 3UF4 A; 2AZV A; 1WZO A; 1IRE B; 1FMV A; 2E65 A; 2FPD A; 1VQ9 A; 2K3X A; 3ME9 A; 4C0F A; 1VQM T; 4A4K A; 4RG8 A; 3PMI A; 1XOV A; 1KQ1 A; 2LCC A; 2RI5 A; 4ME7 A; 5LJ5 g; 3CCM A; 3X26 B; 2EPD A; 2W0Z A; 3CCU T; 3ZFJ A; 2MWO A; 1M8M A; 3QKJ A; 4AMC A; 1GBQ A; 3THK A; 3M53 A; 2Z0W A; 2E6N A; 1YWP A; 4OVA A; 1WX6 A; 1OZ2 A; 1D1C A; 3BDL A; 1X2Q A; 5KYX A; 2LTO A; 2RHU A; 3G1J A; 5CKD A; 4OGE A; 1U1S A; 4M75 E; 3JB9 H; 1G3T A; 1WJR A; 2EQM A; 4PFP A; 4RKU E; 1LVK A; 4OMF B; 4UC4 A; 4F16 A; 3FIF A; 3M0U A; 1KD1 U; 3VKI A; 3M59 A; 2BIV A; 4KUL A; 2MWP A; 1UUE A; 4RMO A; 4D8D A; 3R6O A; 2Y90 A; 4QW2 A; 2JW4 A; 1OV3 A; 2DPP B; 1G3S A; 1KSW A; 1YCS B; 3QJY A; 1VQO Q; 1NYF A; 1KQ2 A; 2XK0 A; 1YJW Q; 2HL5 C; 2ROL A; 2EYW A; 1RAG B; 2GQI A; 3OYC A; 5GAN e; 1U06 A; 3CCR T; 1M4Z A; 3OYI A; 3MPU B; 3CCV T; 2MCN A; 1V29 B; 2QEX T; 2DL3 A; 2RI2 A; 3PVQ A; 4X9D A; 4IIO A; 1NEB A; 3MEA A; 3S6W A; 3PNW C; 1M2V B; 3DKM A; 2YRD A; 1OZ3 A; 5HY6 A; 3JV3 A; 2JM8 A; 2ED0 A; 1A0N B; 4C92 A; 2ZAE A; 2NUT B; 4KH0 B; 4M78 F; 2OTJ Q; 1YIJ A; 3VRY A; 1K8A U; 4L59 A; 1D0Y A; 5LJ3 d; 1YJ9 T; 1J3T A; 2LNV A; 5KYW B; 1VYU A; 1NEG A; 4II1 A; 4RTT A; 2QA4 A; 2HEQ A; 2MMP A; 1B07 A; 5FU6 B; 5KYU A; 1Q81 R; 5GAN j; 2RHY A; 4HCK A; 1UHC A; 2AKK A; 2DBK A; 3I5S A; 1PCX A; 1SRM A; 3BE3 A; 1M5Q 1; 1OI1 A; 4AFS C; 4MDX A; 1WXT A; 1QVF P; 2RQW A; 2DRM A; 2ZZD A; 2R5A A; 1OQK A; 3TEE A; 2CZ1 B; 1I81 A; 3L2Q A; 1Y0M A; 1SHF A; 1WHH A; 3J81 E; 3CCS A; 5CQY A; 5HKC A; 4X9C A; 1W70 A; 1ZSZ C; 2BTT A; 4FW2 A; 2GTO A; 5CAI A; 4DOW A; 2CP6 A; 2KXD A; 1KJW A; 1VQK A; 4JRK A; 3URG A; 1FMW A; 4O6J A; 2XD0 A; 4PJO A; 3OYY A; 4RTV A; 2L3Q A; 3V8K A; 3RMS A; 1T3S A; 4EMK B; 5CKE A; 2EW3 A; 2LCL A; 1BCM A; 1QQJ A; 1S1N A; 2JJ9 A; 2COY A; 2NYS A; 2VYT A; 1JJ2 S; 3C12 A; 3OB9 A; 1JJ2 A; 3G4S A; 2EQJ A; 1QCO A; 3OS0 A; 4M7D A; 2NLU A; 4J9D A; 2EQI A; 2LP5 A; 3NPF A; 5I11 A; 2QYZ A; 1MUZ A; 1MMA A; 2F1L A; 4B6M A; 2LQK A; 5GAM e; 1AT1 B; 4DBH A; 2CH4 W; 4OB0 B; 4JDS A; 1PWT A; 4O5V A; 5CVI A; 2BKD N; 2FB7 A; 3UPU A; 1LCK A; 2K6D A; 1RAC B; 3C0C A; 4XU0 A; 3CCU Q; 3E2U A; 3LGF A; 3GNF B; 1KC8 R; 3J80 E; 3JAM E; 1E7O A; 2XDB A; 2CP7 A; 2YT6 A; 2EGA A; 3LLR A; 2HQX A; 2RK1 A; 3V7S A; 1BCO A; 1QWE A; 3L2U A; 2K5L A; 4C0D C; 2EBP A; 5GAM j; 3V7R A; 1PG5 B; 1NJI R; 1Z9Q A; 2BZY A; 4C8Q G; 2DVJ A; 4HXJ A; 3DB3 A; 2M0Y A; 4N0A A; 4JUV A; 4KH1 B; 1GCP A; 1M3B A; 3OYE A; 2ZCF B; 4ORZ A; 1HJD A; 3QWX X; 2F2W A; 1PSE A; 2QQS A; 2V26 A; 4LDY A; 5KH6 A; 1QW1 A; 1H3H A; 2LX7 A; 1ZA1 B; 3CCR Q; 3LW5 E; 2A37 A; 4LN2 A; 2KT8 A; 2LNH B; 1HYO A; 3G6E T; 1BI2 A; 1YJW A; 1KHI A; 3TU4 K; 3PTA A; 5LJ5 e; 2R57 A; 3JCM W; 2QDL A; 2AZS A; 2JN0 A; 4LUE A; 2X4W A; 1NLP C; 1RAB B; 4KGX B; 4BI4 A; 2DX1 A; 4MMK A; 1QMC A; 2ECZ A; 3GIB A; 3HSB A; 1EX4 A; 4M75 G; 4M7A B; 3CCJ T; 2X3W D; 2E3I A; 1X01 A; 1TWB A; 3OMC A; 1GXI E; 2LQW A; 2I2L A; 3SWN C; 1C1A A; 4LUD A; 1M1K U; 2MAM A; 2VKN A; 3EFO A; 5IXF A; 1K9M U; 4EMG A; 4A4H A; 1WXB A; 2H3J A; 1BYM A; 1ZUU A; 4PLI A; 4JRP A; 3CCL T; 5GAO l; 4FSS A; 2KAF A; 5LJ5 j; 3GNG A; 2XIC A; 5HK3 A; 2P0Q A; 2XDD A; 2KK4 A; 5IHK A; 5GAN f; 4CC3 A; 2K57 A; 1VQN T; 2IG0 A; 2QGF B; 3RES A; 5FLX E; 2B8A A; 1TUD A; 2ENM A; 1E6G A; 2LMJ A; 2DER A; 4WF2 A; 3PIO A; 3UWN A; 2CSQ A; 2HQE A; 5GAO p; 1MND A; 4M78 A; 1VQ8 Q; 2E5Q A; 5GJV B; 3CC2 T; 3L2W A; 4BE0 A; 1C0M A; 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3EG9 B; 1BIB A; 2KSS A; 2A0F B; 3CCR A; 5FWB A; 1X75 C; 1I0C A; 4Z8A A; 5GMK i; 2KE9 A; 2D9T A; 3RKW A; 3TQ7 P; 2K9G A; 4IUU A; 2QAZ A; 3QPH A; 5FU7 B; 1I5L A; 2VUB A; 1VIF A; 2L3P A; 4JJN K; 5DY9 A; 4ZTF A; 4PJO B; 1BBZ A; 2RQT A; 2DL8 A; 2LJ3 A; 3S3O A; 2QK0 A; 1IGQ A; 1BK2 A; 2A08 A; 5GAN d; 2YUP A; 1X6O A; 5GMK m; 1W6X A; 2F2X A; 3WVE B; 1GBR A; 2F5T X; 3VS7 A; 4ATO A; 3CCL Q; 2K5F A; 4M7D B; 3EG2 A; 1NLO C; 4E7H A; 1S72 Q; 2P4T A; 2KGT A; 1UEB A; 4IUQ A; 4N4I A; 3QBY A; 1VQN Q; 1UTI A; 1VOM A; 2LX9 A; 4M75 F; 4QT7 A; 2GFA A; 2OI3 A; 1WHL A; 3S3M A; 5IXB A; 4Z89 A; 2MOX A; 2OTL Q; 2HD0 A; 2DXT A; 1KC8 U; 2KT1 A; 1KK7 A; 2MPX C; 4KUI A; 2H3E B; 1KD1 C; 1Y07 A; 4FU6 A; 4DQ2 A; 3CBP A; 1OX8 A; 3NHN A; 3A8G B; 3MP1 A; 1I4K 1; 4M77 C; 3JB9 D; 1VQ8 A; 2QQ9 A; 2FPE A; 4PJN A; 4E7S A; 2D8J A; 1K9M R; 3OW2 P; 2CT4 A; 1NJI U; 4Z88 A; 1RAF B; 4OGC A; 5FRO A; 4B9W A; 1HD3 A; 2KDS A; 2F5K A; 2XHC A; 1VQ4 Q; 4M7A C; 3ZEH A; 5LJ3 g; 1ZBX A; 2DJQ A; 1N9S A; 1VQP T; 4IKF A; 5IHI A; 1ZUK A; 2PU9 B; 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