1KC8M

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 30
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1kc8M02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1kc8M01
3CCEL 2OTLL 1VQ7O 1M1KP 1VQPL 1YI2L 1Q81P 3G4SL 1Q7YP 1JJ2K 3CC2O 1VQ6O 1NJIM 1K9MM 1W2BN 1YJWL 1VQ5O 2QA4O 1VQ8L 3CMAO 1QVGK 3CD6O 1YITL 3CCLO 1JJ2N 3I56L 1KD1M 3CPWN 3CCUO 1VQML 1VQKO 1QVFK 1K8AM 1K9MP 3I55O 1VQ7L 3G71O 3CXCK 1VQNO 1KD1P 1YJ9O 3OW2K 1VQ6L 1KC8M 1YHQO 1YIJO 1VQ5L 1K8AP 2QA4L 1YJNO 3CMAL 1S72O 2QEXO 3CD6L 3CCLL 3CCUL 3CCMO 1VQLO 1KQSK 1VQKL 1K73M 3CCQL 2OTLO 1KC8P 3CC7L 3I55L 3CCVO 1QVGN 3G71L 1Q82M 3CC4O 1VQNL 2OTJO 1YJ9L 1M90M 1QVFN 3CC2L 1K73P 1YHQL 1YJWO 3G6EO 1VQOO 1YIJL 1VQ4O 1YJNL 3CXCN 1VQ9O 1S72L 2QEXL 3CCRO 3CMEO 3I56O 1Q82P 3OW2N 3CCSO 3CCJO 1M90P 3CCEO 3CCVL 1N8RM 1W2BK 1VQPO 1YI2O 3CC4L 1KQSN 2OTJL 3G4SO 1Q86M 3CPWK 1VQ4L 1VQOL 3G6EL 1M1KM 1VQ9L 1N8RP 1VQ8O 3CCRL 3CMEL 1YITO 1Q81M 1Q7YM 3CCSL 3CCJL 3CCQO 3CCML 1Q86P 1VQMO 1NJIP 1VQLL 3CC7O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCEL 2OTLL 1VQ7O 1M1KP 1VQPL 5FCLA 1YI2L 5DLJA 1Q81P 3G4SL 1Q7YP 1JJ2K 3CC2O 1VQ6O 1NJIM 1K9MM 5DQZA 1W2BN 1YJWL 1VQ5O 2QA4O 1VQ8L 3CMAO 4XTKA 1QVGK 3CD6O 1YITL 4WJ0A 3CCLO 1JJ2N 3I56L 1KD1M 3CPWN 3CCUO 4W8KA 1VQML 1VQKO 1QVFK 1K8AM 1K9MP 3I55O 1VQ7L 3G71O 3CXCK 1VQNO 1KD1P 1YJ9O 3OW2K 1VQ6L 1KC8M 1YHQO 1YIJO 1VQ5L 1K8AP 2QA4L 1YJNO 3CMAL 1S72O 2QEXO 3CD6L 3CCLL 3CCUL 3CCMO 1VQLO 1KQSK 1VQKL 1K73M 3CCQL 2OTLO 1KC8P 3CC7L 3I55L 3CCVO 1QVGN 3G71L 1Q82M 3NKDA 3CC4O 1VQNL 2OTJO 1YJ9L 1M90M 1QVFN 3CC2L 1K73P 1YHQL 1YJWO 3G6EO 1VQOO 1YIJL 1VQ4O 1YJNL 3CXCN 1VQ9O 5DS5A 5DS6A 1S72L 2QEXL 3CCRO 4P6IC 3CMEO 3I56O 1Q82P 3OW2N 3CCSO 3CCJO 2YZSA 1M90P 3CCEO 3CCVL 1N8RM 1W2BK 1VQPO 1YI2O 3GODA 3CC4L 1KQSN 2OTJL 3G4SO 1Q86M 4QDLA 3CPWK 1VQ4L 1VQOL 3G6EL 5DS4A 1M1KM 1VQ9L 1N8RP 1VQ8O 3CCRL 3CMEL 1YITO 1Q81M 1Q7YM 4N06A 3CCSL 5DQTA 3CCJL 3CCQO 3CCML 1Q86P 1VQMO 1NJIP 1VQLL 3CC7O
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCEL 2OTLL 1VQ7O 1M1KP 1VQPL 5FCLA 1YI2L 5DLJA 1Q81P 3G4SL 1Q7YP 1JJ2K 3CC2O 1VQ6O 1NJIM 1K9MM 5DQZA 1W2BN 1YJWL 1VQ5O 2QA4O 1VQ8L 3CMAO 4XTKA 1QVGK 3CD6O 1YITL 4WJ0A 3CCLO 1JJ2N 3I56L 1KD1M 3CPWN 3CCUO 4W8KA 1VQML 1VQKO 1QVFK 1K8AM 1K9MP 3I55O 1VQ7L 3G71O 3CXCK 1VQNO 1KD1P 1YJ9O 3OW2K 1VQ6L 1KC8M 1YHQO 1YIJO 1VQ5L 1K8AP 2QA4L 1YJNO 3CMAL 1S72O 2QEXO 3CD6L 3CCLL 3CCUL 3CCMO 1VQLO 1KQSK 1VQKL 1K73M 3CCQL 2OTLO 1KC8P 3CC7L 3I55L 3CCVO 1QVGN 3G71L 1Q82M 3NKDA 3CC4O 1VQNL 2OTJO 1YJ9L 1M90M 1QVFN 3CC2L 1K73P 1YHQL 1YJWO 3G6EO 1VQOO 1YIJL 1VQ4O 1YJNL 3CXCN 1VQ9O 5DS5A 5DS6A 1S72L 2QEXL 3CCRO 4P6IC 3CMEO 3I56O 1Q82P 3OW2N 3CCSO 3CCJO 2YZSA 1M90P 3CCEO 3CCVL 1N8RM 1W2BK 1VQPO 1YI2O 3GODA 3CC4L 1KQSN 2OTJL 3G4SO 1Q86M 4QDLA 3CPWK 1VQ4L 1VQOL 3G6EL 5DS4A 1M1KM 1VQ9L 1N8RP 1VQ8O 3CCRL 3CMEL 1YITO 1Q81M 1Q7YM 4N06A 3CCSL 5DQTA 3CCJL 3CCQO 3CCML 1Q86P 1VQMO 1NJIP 1VQLL 3CC7O
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCE L;  2OTL L;  1VQ7 O;  1M1K P;  1VQP L;  1YI2 L;  1Q81 P;  3G4S L;  1Q7Y P;  1JJ2 K;  3CC2 O;  1VQ6 O;  1NJI M;  1K9M M;  1W2B N;  1YJW L;  1VQ5 O;  2QA4 O;  1VQ8 L;  3CMA O;  1QVG K;  3CD6 O;  1YIT L;  3CCL O;  1JJ2 N;  3I56 L;  1KD1 M;  3CPW N;  3CCU O;  1VQM L;  1VQK O;  1QVF K;  1K8A M;  1K9M P;  3I55 O;  1VQ7 L;  3G71 O;  3CXC K;  1VQN O;  1KD1 P;  1YJ9 O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  1KC8 M;  1YHQ O;  1YIJ O;  1VQ5 L;  1K8A P;  2QA4 L;  1YJN O;  3CMA L;  1S72 O;  2QEX O;  3CD6 L;  3CCL L;  3CCU L;  3CCM O;  1VQL O;  1KQS K;  1VQK L;  1K73 M;  3CCQ L;  2OTL O;  1KC8 P;  3CC7 L;  3I55 L;  3CCV O;  1QVG N;  3G71 L;  1Q82 M;  3CC4 O;  1VQN L;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1QVF N;  3CC2 L;  1K73 P;  1YHQ L;  1YJW O;  3G6E O;  1VQO O;  1YIJ L;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CXC N;  1VQ9 O;  1S72 L;  2QEX L;  3CCR O;  3CME O;  3I56 O;  1Q82 P;  3OW2 N;  3CCS O;  3CCJ O;  1M90 P;  3CCE O;  3CCV L;  1N8R M;  1W2B K;  1VQP O;  1YI2 O;  3CC4 L;  1KQS N;  2OTJ L;  3G4S O;  1Q86 M;  3CPW K;  1VQ4 L;  1VQO L;  3G6E L;  1M1K M;  1VQ9 L;  1N8R P;  1VQ8 O;  3CCR L;  3CME L;  1YIT O;  1Q81 M;  1Q7Y M;  3CCS L;  3CCJ L;  3CCQ O;  3CCM L;  1Q86 P;  1VQM O;  1NJI P;  1VQL L;  3CC7 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCE L;  2OTL L;  1VQ7 O;  1M1K P;  1VQP L;  5FCL A;  1YI2 L;  5DLJ A;  1Q81 P;  3G4S L;  1Q7Y P;  1JJ2 K;  3CC2 O;  1VQ6 O;  1NJI M;  1K9M M;  5DQZ A;  1W2B N;  1YJW L;  1VQ5 O;  2QA4 O;  1VQ8 L;  3CMA O;  4XTK A;  1QVG K;  3CD6 O;  1YIT L;  4WJ0 A;  3CCL O;  1JJ2 N;  3I56 L;  1KD1 M;  3CPW N;  3CCU O;  4W8K A;  1VQM L;  1VQK O;  1QVF K;  1K8A M;  1K9M P;  3I55 O;  1VQ7 L;  3G71 O;  3CXC K;  1VQN O;  1KD1 P;  1YJ9 O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  1KC8 M;  1YHQ O;  1YIJ O;  1VQ5 L;  1K8A P;  2QA4 L;  1YJN O;  3CMA L;  1S72 O;  2QEX O;  3CD6 L;  3CCL L;  3CCU L;  3CCM O;  1VQL O;  1KQS K;  1VQK L;  1K73 M;  3CCQ L;  2OTL O;  1KC8 P;  3CC7 L;  3I55 L;  3CCV O;  1QVG N;  3G71 L;  1Q82 M;  3NKD A;  3CC4 O;  1VQN L;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1QVF N;  3CC2 L;  1K73 P;  1YHQ L;  1YJW O;  3G6E O;  1VQO O;  1YIJ L;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CXC N;  1VQ9 O;  5DS5 A;  5DS6 A;  1S72 L;  2QEX L;  3CCR O;  4P6I C;  3CME O;  3I56 O;  1Q82 P;  3OW2 N;  3CCS O;  3CCJ O;  2YZS A;  1M90 P;  3CCE O;  3CCV L;  1N8R M;  1W2B K;  1VQP O;  1YI2 O;  3GOD A;  3CC4 L;  1KQS N;  2OTJ L;  3G4S O;  1Q86 M;  4QDL A;  3CPW K;  1VQ4 L;  1VQO L;  3G6E L;  5DS4 A;  1M1K M;  1VQ9 L;  1N8R P;  1VQ8 O;  3CCR L;  3CME L;  1YIT O;  1Q81 M;  1Q7Y M;  4N06 A;  3CCS L;  5DQT A;  3CCJ L;  3CCQ O;  3CCM L;  1Q86 P;  1VQM O;  1NJI P;  1VQL L;  3CC7 O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCE L;  2OTL L;  1VQ7 O;  1M1K P;  1VQP L;  5FCL A;  1YI2 L;  5DLJ A;  1Q81 P;  3G4S L;  1Q7Y P;  1JJ2 K;  3CC2 O;  1VQ6 O;  1NJI M;  1K9M M;  5DQZ A;  1W2B N;  1YJW L;  1VQ5 O;  2QA4 O;  1VQ8 L;  3CMA O;  4XTK A;  1QVG K;  3CD6 O;  1YIT L;  4WJ0 A;  3CCL O;  1JJ2 N;  3I56 L;  1KD1 M;  3CPW N;  3CCU O;  4W8K A;  1VQM L;  1VQK O;  1QVF K;  1K8A M;  1K9M P;  3I55 O;  1VQ7 L;  3G71 O;  3CXC K;  1VQN O;  1KD1 P;  1YJ9 O;  3OW2 K;  1VQ6 L;  1KC8 M;  1YHQ O;  1YIJ O;  1VQ5 L;  1K8A P;  2QA4 L;  1YJN O;  3CMA L;  1S72 O;  2QEX O;  3CD6 L;  3CCL L;  3CCU L;  3CCM O;  1VQL O;  1KQS K;  1VQK L;  1K73 M;  3CCQ L;  2OTL O;  1KC8 P;  3CC7 L;  3I55 L;  3CCV O;  1QVG N;  3G71 L;  1Q82 M;  3NKD A;  3CC4 O;  1VQN L;  2OTJ O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1QVF N;  3CC2 L;  1K73 P;  1YHQ L;  1YJW O;  3G6E O;  1VQO O;  1YIJ L;  1VQ4 O;  1YJN L;  3CXC N;  1VQ9 O;  5DS5 A;  5DS6 A;  1S72 L;  2QEX L;  3CCR O;  4P6I C;  3CME O;  3I56 O;  1Q82 P;  3OW2 N;  3CCS O;  3CCJ O;  2YZS A;  1M90 P;  3CCE O;  3CCV L;  1N8R M;  1W2B K;  1VQP O;  1YI2 O;  3GOD A;  3CC4 L;  1KQS N;  2OTJ L;  3G4S O;  1Q86 M;  4QDL A;  3CPW K;  1VQ4 L;  1VQO L;  3G6E L;  5DS4 A;  1M1K M;  1VQ9 L;  1N8R P;  1VQ8 O;  3CCR L;  3CME L;  1YIT O;  1Q81 M;  1Q7Y M;  4N06 A;  3CCS L;  5DQT A;  3CCJ L;  3CCQ O;  3CCM L;  1Q86 P;  1VQM O;  1NJI P;  1VQL L;  3CC7 O; 
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