The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
19
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K8A R; 1VQ7 Q; 1VQ6 Q; 1YJ9 Q; 3CC4 Q; 2QA4 Q; 3CCU Q; 3G4S Q; 1VQ5 Q; 1VQ8 Q; 1Q7Y R; 1YHQ Q; 1VQP Q; 1VQN Q; 1N8R R; 1QVF P; 3G6E Q; 1VQ4 Q; 3CMA Q; 3CCJ Q; 3OW2 P; 1YJN Q; 3CCM Q; 2OTL Q; 1Q82 R; 3CD6 Q; 3CCV Q; 3CCR Q; 1NJI R; 1KD1 R; 1Q86 R; 1YIT Q; 3CCS Q; 3I55 Q; 3CXC P; 3I56 Q; 1S72 Q; 1YIJ Q; 3CCQ Q; 1QVG P; 1Q81 R; 3CME Q; 1YJW Q; 1VQO Q; 1KC8 R; 1VQL Q; 3CPW P; 1W2B P; 3CC7 Q; 1VQ9 Q; 1K9M R; 1KQS P; 1M90 R; 1VQK Q; 3CC2 Q; 3G71 Q; 2OTJ Q; 3CCL Q; 1VQM Q; 1JJ2 P; 1K73 R; 1M1K R; 2QEX Q; 3CCE Q; 1YI2 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QO3 A; 1O9S A; 4JJN K; 2J7I A; 2CP7 A; 1K1Z A; 2CT3 A; 2D0N A; 1JB0 E; 1HJD A; 2VWF A; 1LNX A; 3X26 B; 2L3Q A; 1OU8 A; 1TWB A; 3LWI A; 5GJW B; 2QXF A; 1H8K A; 2VAS A; 3CEY A; 3L42 A; 4XU2 A; 3E19 A; 3FJP A; 1RAI B; 2CRE A; 1T3S A; 3CCV A; 4M75 A; 4JRP A; 2CSI A; 3J7A F; 4BDZ A; 5GAN 3; 3PMT A; 3VS0 A; 5HKC A; 2BZY A; 1YNZ A; 5KYU A; 1VQM T; 4F7U B; 3CPW P; 2CYZ B; 2Y90 A; 2GFU A; 3OYB A; 1ACM B; 1VQ7 T; 4Q5W A; 2OTJ Q; 3MEA A; 1N6A A; 3C94 A; 5GAO p; 4NS5 A; 4MDW A; 1PSE A; 3QYG B; 2IPO B; 4F04 B; 2DA9 A; 1I5O B; 5KCO A; 2EKH A; 2A37 A; 3JCM d; 2VVK A; 4RCB A; 1RUW A; 4C5I A; 4CI0 C; 4PJL A; 3DKM A; 3TVT A; 2L89 A; 3I56 Q; 2DTH A; 2QGG A; 4JLG A; 5GAO l; 2OI3 A; 1WPY A; 4GLK A; 3QBY A; 2QA4 Q; 1VQ8 Q; 4KUL A; 3OMC A; 2X9H A; 1KQ2 A; 4QVD A; 4F16 A; 4E7Z A; 2C0I A; 4RCC A; 1Q86 R; 1PKT A; 2LCS A; 2CKK A; 1RLQ C; 2FPD A; 2GTJ A; 3CC7 A; 3CCL T; 1VQK A; 5I22 A; 1IB8 A; 1X6O A; 3CC4 T; 4Z8A A; 1YWO A; 4PK4 A; 1BU1 A; 4AFS C; 3CCV T; 3HHT B; 3PNW C; 3GLX A; 2VKN A; 1FX7 A; 2F2V A; 1QVF P; 2HQH A; 5GAN 2; 3CD6 Q; 3M55 A; 3QSU A; 2DZC A; 4XTV A; 4M78 B; 1ABO A; 1YIT Q; 3L2Z A; 1KG1 A; 2AIR B; 4PLI A; 2GGR A; 4FM4 B; 3TRE A; 4GBQ A; 3SB2 A; 1D0X A; 1IHV A; 2P0Q A; 1G3S A; 3L2U A; 1UHF A; 1WXT A; 1AT1 B; 3OYL A; 2OAU A; 2PZ1 A; 4R55 A; 4LN2 A; 3OW2 P; 4A4K A; 1NJI C; 1BI1 A; 2DET A; 1WI7 A; 2AKL A; 2CGH A; 5GMK m; 2K5I A; 1W2B P; 2D6F A; 1SEM A; 2DKG A; 4ZTF A; 2CSQ A; 2RH2 A; 2F2X A; 2QK0 A; 3FJ5 A; 3JCM c; 3OA6 A; 1Q7Y C; 2JOY A; 1YI2 Q; 4OMQ A; 4CC4 B; 2D8J A; 5I2M A; 4JUV A; 4X1V A; 1WDX A; 1K9A A; 1E6G A; 2EVR A; 4RG2 A; 4DQ2 A; 4PL6 A; 1QVG A; 4D6W A; 1QCO A; 1WQW A; 3M0S A; 2FL7 A; 4ME7 A; 4JS4 A; 1E7O A; 4J8O A; 3UT1 A; 2M51 A; 9ATC B; 1XQH A; 4RTU A; 1Y7X A; 3CCJ T; 1EIF A; 4BE0 A; 5GAM g; 3RKX A; 3GOX A; 3CBM A; 1YJN A; 1I8F A; 3CMA Q; 4F14 A; 1VQO T; 2LZ6 B; 1T0H A; 4HCB A; 2RMO A; 1SSF A; 2KAF A; 1VQL Q; 2EWN A; 3HRS A; 3REA B; 4CRI A; 1QQJ A; 4MMK A; 1NYF A; 3QXE B; 1TUG B; 3PE0 A; 3SWN C; 2NLU A; 4F7U A; 1Q7Y U; 4M77 B; 2YDL A; 1QVF S; 5FRN A; 4C0D C; 3PT9 A; 3O8V A; 3ZL7 C; 1SHF A; 2BZX A; 4FL6 A; 5GAN 5; 2MMP A; 3ULR B; 1OU9 A; 1QLY A; 1TOV A; 5GAM f; 3TSZ A; 2RF0 A; 2YT6 A; 4ELY C; 3EGD B; 2LQK A; 4AG1 C; 4RMO A; 4M7A B; 3EH1 A; 3OW2 S; 2DBK A; 2M9U A; 2FG0 A; 4RTZ A; 1NBE B; 3CME Q; 2K3B A; 1OZ3 A; 3E9G A; 3LWH A; 2OTJ A; 1H92 A; 3EGX B; 1W2B S; 4IIO A; 1Y71 A; 4RTX A; 1NPP A; 2EYY A; 2DX1 A; 4XTU A; 4KH0 B; 5FU6 B; 4FYX B; 2MOX A; 1M1G A; 2F69 A; 4EMH A; 1G3W A; 1UGQ B; 3I56 A; 3CXC A; 4FT4 A; 3EG3 A; 2K5F A; 2DRM A; 5GAO m; 1ZUY A; 2Y4X A; 2DEU A; 1S1N A; 2CS7 A; 4NL2 A; 3NTH A; 2EIF A; 4O5V A; 3ER0 A; 2QA4 A; 2DK3 A; 3C0C A; 2GF7 A; 4M78 A; 3JRZ A; 1VQ8 A; 2DL7 A; 3FRN A; 2K7A A; 4PKC C; 1VQN Q; 3VKI A; 2EYQ A; 1MMN A; 3M58 A; 5GAM d; 2DJZ A; 2DNU A; 2WAC A; 2HQE A; 4Z89 A; 2P0K A; 1PRM C; 3OY9 A; 4E7K A; 1BIB A; 3HKS A; 1U1S A; 2EGC A; 4B9X A; 4LD6 A; 1HD3 A; 4PFO A; 4JDS A; 1Q7Y R; 2X4J A; 2NUZ A; 2ZGW A; 1JQQ A; 1BYM A; 3CD6 A; 3I55 T; 2A7Y A; 2ZPI B; 1KK7 A; 2OTL Q; 2P4T A; 3FC3 A; 1YIT A; 2BIV A; 5J3B A; 2MAM A; 3CC2 T; 1O75 A; 4GY5 A; 2YLC A; 4C8Q B; 5HCK A; 2RJC A; 2JNG A; 2LT1 A; 1MV3 A; 2RHZ A; 4C92 G; 3EHR A; 1LCK A; 3QJ6 A; 2O01 E; 3D7S B; 2JS2 A; 2XKO C; 5DM7 R; 2K6D A; 4EMG A; 1GBR A; 2XDD A; 2QQB A; 2GFA A; 1CKA A; 1OI1 A; 1WJR A; 4L5G A; 3J81 E; 5GAM h; 2KQW A; 2QA4 T; 1YI2 A; 5LJ5 e; 2QEX Q; 2RHU A; 3L2Q A; 2RJD A; 1QKX A; 1KQ1 A; 1ARK A; 1AHJ B; 1RAF B; 2RHY A; 2O88 A; 2VXE A; 5D7U A; 4IUT A; 2YRC A; 1UEC A; 1UJY A; 1QVG P; 2DVJ A; 2PVD B; 3CPW A; 5CO7 A; 1V76 A; 4Z02 A; 1YP5 A; 1V1C A; 1RI0 A; 2CP2 A; 4M77 A; 4E47 A; 4M7D B; 2KRM A; 2LCL A; 2EW3 A; 2X4X A; 3J80 E; 3G6E T; 3CMA A; 2E12 A; 4OVA A; 1X01 A; 4DEX A; 1AZE A; 3OYA A; 2MI6 A; 1R0C B; 1VQL A; 4R56 A; 2ROT A; 1I4K 1; 1QW1 A; 2FRY A; 2QDY B; 3EGD A; 1WLP B; 3LGF A; 1BKB A; 1PKS A; 1RL2 A; 3H0I A; 4M7A A; 2KNB B; 1YBY A; 4JLI A; 5GAN g; 2DE0 X; 2KRO A; 1TG0 A; 3JB9 D; 1SF9 A; 1RAD B; 2EAY A; 3EGX A; 4ATO A; 3I5R A; 2EPD A; 4E7J A; 3JB9 J; 4RTY A; 3BDU A; 3HTR A; 4RKU E; 2DLP A; 4YTL A; 3PVL A; 5DY9 A; 5GJV B; 4A53 A; 2FZC B; 1UGV A; 5LJ5 j; 1U06 A; 1YI2 T; 3BFM A; 4BY6 B; 1Q81 C; 2RB6 A; 1PCX A; 2LX9 A; 1YHQ T; 1UGS B; 3M4G A; 3SDZ A; 1R0B G; 4J6X A; 1G3T A; 1ZSZ C; 2FRW A; 1VQP Q; 1K0X A; 1VIE A; 3HP9 A; 1FWZ A; 4JRQ A; 3RES A; 3VU3 C; 4X34 A; 2PUO B; 2CT4 A; 2J06 A; 2YRV A; 4FCY A; 3TU4 K; 3VRY A; 2JW4 A; 2XHC A; 1BI3 A; 3NTI A; 5GAN 7; 2D8H A; 2I0N A; 8ATC B; 3M9Q A; 3X25 B; 3QDF A; 4A4H A; 1VQ6 Q; 3CMA T; 1ZX6 A; 1WJQ A; 4OMF B; 3JB9 I; 1MMD A; 4N4G A; 3RKW A; 3HSB A; 2HMA A; 5AYF A; 3CXC P; 3KBG A; 2WSC E; 2QTV A; 5A0L A; 2RA2 A; 2RHX A; 2RNA A; 1NG2 A; 2DXU A; 1G8X A; 1QVG S; 2DD4 A; 2XDB A; 4D8K A; 3CCE T; 4GLM A; 1GFC A; 2R5A A; 2ED1 A; 3GPL A; 2COZ A; 4N4H A; 4C92 C; 2LQ8 A; 1VQ5 Q; 4M78 G; 3H9N A; 2EQJ A; 5J26 A; 4C8Q A; 3OYJ A; 2FPE A; 3BE3 A; 1W4S A; 3GBQ A; 4LDW A; 3RDV A; 5IXF A; 1NPR A; 2HEQ A; 2DMO A; 2DVE A; 3QJY A; 1M8V A; 1QCN A; 2NUT B; 5LJ3 e; 4MDX A; 2L3S A; 4QQD A; 5KE2 A; 5KH6 A; 2MK5 A; 4JZ4 A; 4CC7 A; 3ZEH A; 1RI9 A; 3OMG A; 2KMT A; 2OTL A; 1XJW B; 1VQ4 Q; 3L2W A; 2KR3 A; 4QT7 A; 3CME T; 4EMK C; 1JEG A; 2DTI A; 3URG A; 1AWX A; 1IGQ A; 2E65 A; 3CQT A; 3QZ9 B; 4N0A A; 2HKN A; 3EG0 A; 2YRD A; 5CVI A; 4A54 A; 1X27 A; 3HFN A; 1WXU A; 2DL5 A; 3EG9 B; 2EGE A; 3M54 A; 3OYY A; 3CCM T; 3M57 A; 3CCR T; 5HK0 A; 2LP5 A; 4BDY A; 2FVU A; 2KT8 A; 2FZG B; 2VUB A; 1IXD A; 1UGP B; 2YUP A; 3VV0 A; 4M7D A; 2V1Q A; 2E4H A; 2FHD A; 1YJW Q; 1M1K C; 2AKK A; 4C0Z A; 2QEX A; 2MYS A; 1VQN T; 4QKU A; 2HAX A; 2VV5 A; 3H8Z A; 1KJW A; 3LX7 A; 4JS5 A; 3OQ5 A; 4OMO A; 4C0G A; 3MEW A; 1U1T A; 3UDC A; 2L3P A; 5A0G A; 4LXC A; 3RMQ A; 2CZ7 B; 5GAN h; 4ORZ A; 4C5G A; 3CXC S; 3V8K A; 1KHC A; 3LLR A; 3DLM A; 2V1R A; 2K4Y A; 2FZK B; 2COY A; 2MWO A; 1D3B B; 4M77 G; 1Q81 R; 4BAC A; 2I2L A; 2LJ3 A; 1IZ6 A; 1TS9 A; 2QQA A; 3NHN A; 1NLP C; 2RI3 A; 5HY6 A; 2CH4 A; 3OYM A; 2H8H A; 2QQ9 A; 2IIM A; 5CKD A; 4C92 E; 5GAN j; 3QYH B; 2DIL A; 2CDT A; 2EJF A; 3VS6 A; 1UDL A; 2P84 A; 2DFU A; 3V8J A; 3OB9 A; 1M1K U; 1YJ9 Q; 4M7A G; 3M5A A; 1G5V A; 1G83 A; 2KYB A; 4BUG A; 1WIE A; 1B7T A; 4RG8 A; 4X9C A; 2GQI A; 5I21 A; 2ZCF B; 1RAA B; 1U5S A; 2QEX T; 4VUB A; 3H41 A; 5FWC A; 3JCM e; 3G71 Q; 1IRE B; 4C92 D; 1JJ2 P; 4XU3 A; 3OYG A; 1VQP A; 1IRX A; 4XK8 E; 2HSE B; 1DJ7 B; 1SKU B; 4PJO G; 2CP0 A; 1UB4 A; 1W1F A; 1XTD A; 4N4I A; 4AFU C; 2DXT A; 3CCS Q; 5IHK A; 1PNJ A; 4C5H A; 3GP8 A; 1YN8 A; 3QZ5 B; 1HXD A; 2O9S A; 3H6Z A; 1BK2 A; 3Q1J A; 2BKD N; 1VQ6 A; 5EG2 A; 2ATC B; 2DF6 A; 5C6S A; 1X2Q A; 3BW1 A; 2NWM A; 4BI3 A; 1LJO A; 5KYN A; 1ZA1 B; 4ZTJ A; 2RN8 A; 2HKQ B; 2NUT A; 3R6N A; 3QWY A; 3UF4 A; 3LH5 A; 5FRM A; 5IN1 A; 1GCQ A; 2QI2 A; 2VGM A; 5CIU A; 3CPW S; 1TUC A; 1QMC A; 3JAM E; 4OMP A; 2R5M A; 4LDY A; 4M78 F; 4RTT A; 1VQ5 A; 2KBT A; 2EQM A; 3WVD B; 4ESR A; 1N9R A; 1I0C A; 2KI7 A; 2VB6 A; 1PRL C; 3DB3 A; 4MZT A; 4WF2 A; 1N8R U; 2F5T X; 4FW1 A; 2JN0 A; 4LUE A; 2LMJ A; 3EG9 A; 3CC7 T; 1QKW A; 1S72 Q; 1YCS B; 1VQK T; 4RTW A; 2CH4 W; 1B3Q A; 3EGU A; 1JRI A; 5GAO q; 4DBF A; 4WTO B; 1M1K R; 2YHT A; 3FB9 A; 4L59 A; 3CCU Q; 2KRS A; 4Y28 E; 1VQ4 A; 2L8D A; 2M02 A; 5GAN 4; 4BD3 A; 2GQV A; 4KH1 B; 2ROL A; 1TTH B; 5I2S A; 2RQW A; 2HCK A; 2YSQ A; 2R57 A; 3KXT A; 2LDM A; 4J5Y A; 2ZZD A; 1ZQ1 A; 4QQG A; 1AD5 A; 2DIG A; 3MP8 A; 4HCK A; 2YWW A; 2K79 A; 3P8H A; 5DLQ E; 2PVG B; 4OMM A; 1HYO A; 4XTX A; 2E5K A; 5CKE A; 2JS0 A; 1PD1 A; 2EQK A; 4AT1 B; 1D3B A; 2BUD A; 2H3J A; 1YJW A; 2CZ6 B; 1MNE A; 2DL8 A; 3PTA A; 1X69 A; 1BCM A; 2JVV A; 2SRC A; 3M56 A; 1VQ5 T; 1C1A A; 2O9V A; 4C5E A; 2GNC A; 3O5Z A; 1AEY A; 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1BI2 A; 2JM8 A; 3FEO A; 3HPW A; 4E2F B; 4MZM A; 5I11 A; 2Y4Y A; 5CQX A; 3GNF B; 1YFN A; 2MPX C; 4J9G A; 2RQT A; 2MWP A; 1Q82 R; 4FT2 A; 5IHI A; 2K5L A; 1S72 A; 4KGV B; 2A08 A; 3G71 T; 3BDL A; 3JCM Q; 3CBO A; 1G2B A; 2DM1 A; 2XMF A; 3VS7 A; 2KEA A; 2J6K A; 4PJO E; 3UAT A; 4D8D A; 3CCL Q; 1K9M U; 5CR2 A; 3S3N A; 2PTK A; 3CCU A; 1YWP A; 3MJX A; 3VYG A; 3CC4 Q; 3CD6 T; 3TSW A; 4HVW A; 5L23 A; 1YIT T; 1TXQ A; 3RKY A; 2LC4 A; 3AT1 B; 1GFD A; 4PJJ A; 1PHT A; 3MPU B; 2GCX A; 5DLO A; 4EDU A; 1WXB A; 4M75 C; 5LJ5 h; 4FW2 A; 3FIF A; 2DBM A; 2DTO A; 5CKH A; 4E7I A; 3SWN A; 5GMK e; 1OV3 A; 1UFF A; 2HL5 C; 3EFR A; 1D09 B; 1K8A U; 3SHW A; 2PU9 B; 4PJO D; 2ZPG B; 2QG9 B; 4F7U G; 1KD1 R; 1WHG A; 2NYS A; 4FYW B; 2JUF A; 1YIJ Q; 3I5S A; 2JJ9 A; 3LYI A; 3PFS A; 3V7S A; 1M30 A; 1UE9 A; 2ZPE B; 4OML A; 1JJ2 A; 4J6Y A; 5FRO A; 4IKF A; 1FMW A; 5L8R E; 3M53 A; 5CKF A; 4M75 F; 3PGG A; 4HT8 A; 4KT0 E; 1VQ9 A; 4J7I A; 2DRK A; 2YUO A; 3PIP A; 3OS5 A; 3EFO B; 3A8O B; 3LH0 A; 3UA6 A; 1M4Z A; 3CCU T; 5C0M A; 1X75 C; 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