1KIQC

Fv mutant y(b 101)f (vh domain) of mouse monoclonal antibody d1.3 complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Complex (immunoglobulin/hydrolase)
molecule keywords MONOCLONAL ANTIBODY D1.3
publication title Hydrogen bonding and solvent structure in an antigen-antibody interface. Crystal structures and thermodynamic characterization of three Fv mutants complexed with lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kiqC00
1J1PY 5B07A 135LA 1UC0A 1NF5A 1ZVHL 3F6ZA 4NEBA 4H90A 1YQVY 1GPQC 1GF5A 4N5RA 1GF7A 1GFHA 1LKSA 2YBIA 2HECA 1IC5Y 1SQ2L 4WLXA 1LHIA 1LMTA 5KXPA 4IJ4A 4MCKA 4HV1A 3TXJA 5LVHA 3A67Y 2BQLA 1LJFA 1GBWA 1D0MA 2YBLA 1RI8B 1RE2A 4LYCA 3TMXA 1GB0A 2DQJY 3FI7A 1B5WA 4RLNA 1LMAA 3ATNA 4OOOA 5FELA 3WPLA 2YSSC 5L9JA 1QDRA 2FYDA 1DZBX 2BPUA 1V7TA 4AGAA 3IJVA 1RFPA 4YEOA 3A6CY 4GN5C 5F81A 2FBDA 2Z18A 3A93A 5FEKA 3P4ZA 3CSRA 3ZEKA 1G7HC 1VDSA 1XEKA 3EBAB 4FJRA 4WM5A 2Z19A 5E4PA 4PHIA 2BAAA 4XJFA 4N1CC 1XEJA 4ETDA 1LZNA 1KXWA 3AJNA 4NGWA 2EKSC 4BAPA 4CJ2A 2Q0MX 4LFPA 2LYOA 1LZ4A 2G4QA 4PRQA 3AGIA 1BQLY 1LHKA 4LYOA 1INUA 3LYZA 1IOQA 3TXIA 1GF6A 5KXMA 5APEA 2BQBA 1LMCA 1LCNA 5LVKA 1C46A 1GF8A 2W1LA 3CSQA 3M18B 4M4OA 5B1GA 4PPOA 1BB3A 1CKFA 2BQJA 1LMPA 2MEGA 3WYHA 1W6ZA 2RSCA 1IORA 1GBZA 4HPEA 1G7IC 5KKIA 3W6CA 5E9RA 1E8LA 4LYTA 5C6JA 1LSEA 1IY4A 1QIOA 1UCOA 2HEEA 2LHMA 3GXRA 5HQ1A 5I54A 1LTMA 3J4GA 1LMOA 1GFJA 4RW1A 1QUTA 4LT0A 3WUMA 4Z3MA 9LYZA 1AKIA 1OUEA 4XJGA 1YAMA 1CKCA 1LOZA 3G3BB 3P68A 4GCDA 1YKZX 1OUCA 1C10A 1JEFA 4NSIA 4OWAA 5KXNA 2BQOA 4H9EA 5I4XA 1P2CC 1NMMA 1LSMA 2HU3A 1FLWA 1TBYA 5F16A 4NHQA 2FBBA 3RU5A 1PS5A 1REYA 1FDLY 2EIZC 5B06A 2Z2EA 1FBIX 1GFVA 4J7VA 1T6VL 2F4GA 4LT3A 3W6DA 3RZ4A 2Z39A 1D9UA 5LVIA 5ILCA 1QSWA 1GDWA 4H92A 2CJLA 3IJUA 4ETBA 4WOAA 4MR1A 1BVKC 4YENA 2DQAA 2D4JA 4NSGA 4UWVA 1RJCB 3P66A 2ZYPA 3HBHA 1GFUA 4XJIA 1EQEA 1I1ZA 1UIAA 2VB1A 3WPJA 4DC4A 3A91A 4OWHA 4XJDA 2Z12A 1GBOA 3A6BY 2HEFA 4WG7A 3WW5A 193LA 2ZNXY 1WVUA 3P64A 1B2KA 2BQHA 1JJ3A 2BQKA 1OP9B 5I53A 3EO5A 5HLLA 3N9EA 4CGEA 1DKJA 2F2NA 1DI3A 2H5ZA 4P2EA 3TMVA 4WLDA 3TXGA 4G4BA 1KXXA 4NSJA 3CSZA 3WW6A 1HFZA 5L3IA 4ML7A 1HSXA 5LYMA 1UIGA 4H9IA 3B0KA 4H94A 3A92A 3B0IA 3QNGA 1BGIA 3WULA 4YEMA 1HERA 3CT0A 1BHZA 4XENA 4ETCA 2AUBA 1LJIA 4TSCA 4C3WA 4KL7A 5A3ZA 1TEWA 1GAYA 1UICA 1IP7A 1XFPL 1ZMYL 5DLAA 3TXBA 3WUNA 3N9AA 2DBTA 1LZ1A 1IVMA 1AT5A 3CT5A 1J1OY 4WMGA 1LSPA 4DD9A 3BKVA 1LSCA 4WM2A 194LA 2YBHA 1JSFA 4BS7A 4LT2A 4W94A 4PGJB 2X0AA 3TXEA 2MEBA 1Z55A 4R6CA 4N9RA 4HJYA 2G4NA 3LZ2A 1GBXA 4G9SA 1IR8A 2H9KA 3AZ4A 1B0DA 1B5UA 1VATA 1IIZA 2F30A 2F4AA 4WLTA 1LZAA 1LZEA 4WL7A 4GN3A 5I4WA 1VDQA 1JITA 3ULRA 1ZVYB 2BQAA 4YOPA 4Z41A 1FN5A 5KXTA 4NGYA 5HNLA 2YBJA 4XJHA 2MECA 1JWRA 2EPEA 1IP3A 1UA6Y 4I8SA 1GE0A 1GF9A 3AZ5A 5D5CA 1LMQA 1FLQA 1GB2A 1B7SA 4GLAA 5L3HA 1OUJA 1SLYA 1XEIA 3T6UA 2HEDA 4KT3A 3WU7A 4B0DA 2LZ2A 1LYOA 1WQMA 4NWHA 2MEIA 132LA 4WM6A 4XYYA 4D9ZA 2CDSA 3WH1A 1WQRA 4LYZA 4Z46A 4ZEEA 1HEQA 4TX7A 1GB5A 1LZBA 1OQMA 2I26L 1UIEA 1DQJC 1FLYA 4U3XB 3WPKA 1GF3A 4B49A 5I4YA 4BADA 1VFBC 5LA5A 1JPOA 1B9OA 3D9AC 1HNLA 1W08A 5KJ9A 3W6FA 2A7DA 4H9AA 1LZCA 1TAYA 1NDGC 4YM8A 2DQGY 1NWGA 4DD3A 4XN6A 2MEHA 4EMNA 4H8ZA 3ATOA 4GCCA 4RDSA 1HC0A 1GE2A 1T3PA 3D3DA 1B7LA 5I5QA 4NGJA 3QY4A 1CKGA 1LZGA 4J1BA 2A7FA 3EXDA 1VDTA 1LJEA 2DQDY 3J6KA 5APDA 1LSAA 4NFVA 5T3FA 3ZVQB 1CKHA 4HPIA 1BVXA 5C6LA 3WXUA 1BB6A 207LA 5D5FA 1LZSA 4NWEA 1V7SA 3AGGG 133LA 4OWBA 1JJ0A 4N0JA 1LSZA 2BQCA 4NHTA 5LYZA 4TTDA 1LYZA 4H9CA 1UIDA 2HTXA 4GCBA 1JTOL 2DQHY 4HJZA 4RLMA 4WM4A 4G49A 1OUIA 3OJPA 1HENA 5KXSA 3GXKA 2HU1A 1LSBA 3LHMA 5EBHA 4L41A 5LXWA 3AZ7A 4LGKA 5FHWA 1BWHA 4ET8A 5LIOA 1UIBA 2G4PA 1F6RA 4WLYA 4HTKA 1FKVA 1PZYA 4H8XA 3BKHA 3E3DA 1WQOA 5KXOA 1JKAA 1ALCA 7LYZA 1IWVA 4B4JA 2I6ZA 3LYMA 1XSFA 4TSBA 5APFA 1HMKA 1GFEA 1REZA 1LZ9A 1LSYA 1MLCE 5KXYA 1C43A 1LSFA 4HJVA 4DDCA 5B59A 8LYZA 5KXWA 3B72A 2Y8PA 2D6BA 1IWUA 4NGLA 3HFMY 4WG1A 1B7RA 1CJ9A 4J1AA 4NHPA 1JIYA 5J7CA 1YKYX 4PJ2C 1IR7A 1QSAA 3WUAA 1NKHA 1NBZC 3K3TA 1QQYA 1J1XY 4H9FA 4IASA 1GD6A 3TMUA 3WU8A 2XBRA 4ZFPA 3TMWA 1GEVA 4DD7A 2BLYA 1GFAA 1B7MA 5C6IA 5LYTA 1IP6A 1EQ4A 1YANA 1YKXX 1CJ8A 2HUBA 2ZQ3A 3A3QA 1B7OA 1N4FA 3P65A 4QEQA 2C8OA 4ZIXA 1HEOA 1CNSA 3WL2A 1O23A 1AM7A 5KKJA 2YBMA 5FCPA 1NDMC 1G7JC 3A8ZA 3AW7A 4CFPA 1IOSA 2ZYCA 1IO5A 1JKDA 4NG1A 4UWNA 4YF2A 3CB7A 1WTNA 4EOFA 1GB7A 4BAFA 5FSTA 1H87A 4OOTA 1IP2A 4H9BA 1H6MA 2D4KA 3W3EA 4GCEA 1XGQC 1LHLA 1GE1A 1IOTA 1GFKA 1LKRA 1LSDA 1QDTA 4RW2A 5M1YA 3IWRA 4MSTA 3W6BA 4ETAA 5KY1A 208LA 1IWTA 1F10A 2YDGA 5LINA 3A90A 4CFOA 1LJNA 1B5YA 1OUBA 4LZTA 4QGZA 4CHXA 2LYMA 4H1PA 3HBEX 4G4HA 1WQNA 4N8ZA 1B5XA 1B7PA 5LAFA 2HEAA 4ANRA 1B5VA 1LJ3A 2MEAA 4Z98A 1GAZA 2CWIA 1YAOA 5DN5A 1OUDA 1D6PA 134LA 1F0WA 1XGTC 3B0OA 4LT1A 1IP4A 1C7PA 1UUZC 2WARA 3AYQA 1LZ8A 1GWDA 1GXXA 1NHEA 4GLVA 3A94A 4N1EI 3A96A 4R0FA 4A7DA 1WQPA 5LVGA 3A95A 4H91A 5II3A 1LHJA 1REMA 3TXKA 1GF4A 1IWXA 1LYYA 1AT6A 5F9XA 1LJGA 4X3BA 2MEDA 1GFTA 4PRUA 1NQIA 2BQFA 2W1XA 154LA 2Z38A 4HTNA 1HEWA 1IY3A 4UWUA 3FE0A 2DQCY 1GBYA 4KPMA 1HEPA 4HV2A 4DDAA 2DQEY 1BWJA 1JKCA 2DKVA 1HHLA 1IX0A 3RW8A 1OUAA 4KXIA 1GB9A 1HELA 2Z37A 1JKBA 2BQGA 3W6AA 5DN4A 4DD0A 1BB5A 5KXXA 1REXA 4LYBA 3TXDA 4H93A 4B4EA 1VAUA 3LN2A 1B7NA 2D91A 1LYSA 2C8PA 1LHMA 1WQQA 1LZ6A 1IEEA 1YROA 3LYTA 4WL6A 5KXZA 1YAQA 5ILFA 5B05A 4NHSA 5HMVA 2EQLA 1YL1X 4XADA 1BWIA 4E3UA 1C45A 1JTPL 2XTHA 5IDDA 2W1YA 1UIHA 1GDXA 1LJ4A 2DQFC 1GHLA 1GF0A 5B1FA 4DD1A 1HFYA 2LZTA 3M3UA 1LMNA 2NWDX 5AMYA 2ZQ4A 5APCA 4TUNA 1CJ7A 3W6EA 5A3EA 5HMJA 5IELA 3OK0A 1JJ1A 2YVBA 1GB8A 4WM3A 3WVYA 4O34A 1GFRA 4OWCA 2Z2FA 5DM9A 1LZRA 4B1AA 1JISA 1KIRC 1XGPC 3LZTA 4LYMA 1HSWA 4NGOA 1WTMA 1F6SA 2XJWA 3A34A 1OUGA 4H8YA 2FYCA 5DL9A 5LAGA 5IHGA 5LVJA 2GV0A 4G4CA 2IFFY 2MEFA 2BQDA 1QTEA 1ZV5L 1D0KA 3TXHA 5KXKA 4HP0A 2BLXA 1GB6A 4FDYA 3RT5X 1B5ZA 1CJ6A 1LHHA 1VEDA 1HMLA 2MEEA 3SP3A 4DWXA 1B7QA 1NBYC 1LZYA 1WVVA 1YILA 4IATA 2HEBA 1JUGA 2YBNA 4GN4A 4J0LA 1G7LC 1D6QA 1YIKA 3WMKA 1DI4A 5HNCA 2BQEA 1DPXA 5FDJA 1UACY 4NGKA 1DXJA 4NY5A 4DT3A 3LYOA 4ETEA 1IP1A 1GXV2 1LAAA 1GBSA 3A3RX 5F9UA 4OWEA 1JSEA 2ZILA 3HBDA 3QE8A 4TWSA 6LYTA 3CT1A 3WVXA 4C5FA 1GE3A 3T36A 4DYGA 2ZIJA 4ET9A 1A4VA 5KXLA 3AB6A 3TXFA 2DQIY 6LYZA 2BQIA 3G3AB 1KIQC 1OUHA 4NHIA 1LSGA 1FKQA 4OW1A 5F14A 1A2YC 1TCYA 4HSFA 1RCMA 2I25L 2N5ZA 2XBSA 1DI5A 1CKDA 4XJBA 4DDBA 2W1MA 1IWYA 1LJKA 1LSNA 1OUFA 1VDPA 4H9HA 4M6DA 153LA 2ZIKA 1BB7A 4NG8A 4QY9A 1HEMA 1HFXA 1XGUC 1UBZA 3MGWA 4W96A 2BQNA 3KAMA 1GEZA 1IC7Y 1QUSA 4DD2A 1HF4A 5JENB 1GFGA 1IP5A 1D0LA 1XGRC 2ZWBA 1GE4A 4HTQA 1EQ5A 1LJJA 4QDNA 4WO9A 4NSHA 2BQMA 2LYZA 3B6LA 4GCFA 4NGVA 1IWZA 2CGIA 1BB4A 3WXTA 1YAPA 4AXTA 1FLUA 1QTKA 3CQLA 5KXRA 4WO6A 5K7OA 1IR9A 1IWWA 1UIFA 3VWOA 1GB3A 1C08C 1KIPC 1AZFA 2H9JA 3N9CA 1LZDA 1JHLA 1MELL 4WM1A 3AW6A 1I20A 2B5ZA 4LFXA 3WU9A 3AGHA 5LA8A 1LZ5A 3RNXA 1LZTA 2PC2A 4NIJA 1TDYA 4B4IA 2IHLA 3ZVQA 2D4IA 1YL0X 1IOCA 3AZ6A 4NGZA 1IC4Y 2ZNWY 1DKKA 1DPWA 1G7MC 3EMSA 4I0CA 4II8A 4NGIA 1LPIA 1JTTL 1LJHA 1EL1A 1KXYA 1I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B07A 1L63A 227LA 4NEBA 1OV5A 1LI3A 3G3VA 1GPQC 4I7JA 1GF7A 1LHIA 4HV1A 2BQLA 2NTHA 1L79A 5FELA 5L9JA 1DZBX 4I7KA 1L18A 2RAYX 1D3MA 3IJVA 4YEOA 2Z18A 220LA 5FEKA 3P4ZA 1CV3A 4PHIA 2BAAA 4XJFA 4N1CC 1L12A 2EKSC 4BAPA 1L77A 2Q0MX 1LZ4A 2G4QA 5KXMA 4GBRB 260LA 1C46A 3M18B 1W6ZA 1GBZA 5KKIA 1E8LA 1LSEA 2LHMA 5I54A 1G0GA 1LTMA 3J4GA 4LT0A 1LOZA 3OE0A 3P68A 4GCDA 1C10A 2IGCA 1NMMA 3HTFA 1FLWA 3DN0A 4NHQA 169LA 4J7VA 5I14A 2F4GA 4W54A 2Z39A 3C8RA 1L02A 2CJLA 3IJUA 1PQMA 2DQAA 2D4JA 1GFUA 4XJIA 3WPJA 4I7LA 2Z12A 1GBOA 3A6BY 2HEFA 3WW5A 1T8FA 176LA 1WVUA 2BQHA 2BQKA 3N9EA 4CGEA 4ARJA 4P2EA 2H5ZA 3TMVA 235LA 4G4BA 1QS9A 1P37A 5L3IA 3HTDA 2OE9X 2LCBA 198LA 1HERA 1LJIA 1IP7A 1XFPL 5DLAA 1P64A 2DBTA 1LSPA 3HU9A 1C6DA 1C65A 1L25A 1PQJA 2RBNA 120LA 3LZ2A 1IR8A 1L68A 2F2QA 242LA 1L97A 1IIZA 4WL7A 4GN3A 1VDQA 4Z41A 236LA 4I8SA 3RZEA 1GF9A 1GB2A 1B7SA 1OUJA 1SLYA 1XEIA 1WQMA 132LA 4D9ZA 2CDSA 4TX7A 1GB5A 1L03A 4OO9A 4U3XB 3WPKA 4BADA 127LA 1JPOA 1JTMA 1L10A 3GUJA 3HDFA 178LA 1LYGA 2O4WA 4H9AA 1OWZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J1P Y;  5B07 A;  135L A;  1UC0 A;  1NF5 A;  1ZVH L;  3F6Z A;  4NEB A;  4H90 A;  1YQV Y;  1GPQ C;  1GF5 A;  4N5R A;  1GF7 A;  1GFH A;  1LKS A;  2YBI A;  2HEC A;  1IC5 Y;  1SQ2 L;  4WLX A;  1LHI A;  1LMT A;  5KXP A;  4IJ4 A;  4MCK A;  4HV1 A;  3TXJ A;  5LVH A;  3A67 Y;  2BQL A;  1LJF A;  1GBW A;  1D0M A;  2YBL A;  1RI8 B;  1RE2 A;  4LYC A;  3TMX A;  1GB0 A;  2DQJ Y;  3FI7 A;  1B5W A;  4RLN A;  1LMA A;  3ATN A;  4OOO A;  5FEL A;  3WPL A;  2YSS C;  5L9J A;  1QDR A;  2FYD A;  1DZB X;  2BPU A;  1V7T A;  4AGA A;  3IJV A;  1RFP A;  4YEO A;  3A6C Y;  4GN5 C;  5F81 A;  2FBD A;  2Z18 A;  3A93 A;  5FEK A;  3P4Z A;  3CSR A;  3ZEK A;  1G7H C;  1VDS A;  1XEK A;  3EBA B;  4FJR A;  4WM5 A;  2Z19 A;  5E4P A;  4PHI A;  2BAA A;  4XJF A;  4N1C C;  1XEJ A;  4ETD A;  1LZN A;  1KXW A;  3AJN A;  4NGW A;  2EKS C;  4BAP A;  4CJ2 A;  2Q0M X;  4LFP A;  2LYO A;  1LZ4 A;  2G4Q A;  4PRQ A;  3AGI A;  1BQL Y;  1LHK A;  4LYO A;  1INU A;  3LYZ A;  1IOQ A;  3TXI A;  1GF6 A;  5KXM A;  5APE A;  2BQB A;  1LMC A;  1LCN A;  5LVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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