1KJ4A

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL polyprotein
publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kj4A00
3R1GB 3K5CA 3NU9A 1APWE 2Q54A 2Q63A 2HS2A 1EC1A 4Y5AA 5P0KA 3RSXA 4B00A 3UHLA 3L58A 2WHHA 4FRSA 3FIVA 1GNOA 5P4MA 1AM5A 2VIJA 3O9AA 2OHMA 2I4VA 3EKYA 4AA8A 4LAPA 5COPA 4EQ0A 5P3OA 5P4RA 3DV5A 1MSMA 3UDPA 3OOTA 3EL4A 4AUCA 4FM8A 2H6TA 2PH8A 2VIYA 1SDVA 2B60A 5P8IA 1ZPAA 5P35A 3NLSA 1IBQA 1QS8A 5P7YA 3LIZA 1SDTA 1PPLE 3URIA 5OZAA 5P1UA 4Y3EA 5P73A 3PCWA 4Y4TA 4DV9A 4OBZA 4GJ6A 2ZHUA 5P28A 5ISJA 1SIPA 4LC7A 5P1VA 3ZPSA 3C9XA 4Y3FA 1HRNA 3K1WA 1IZEA 2QD8A 3FNSA 3OUCA 4EWOA 3IN4A 1XL2A 3AUPA 5P5JA 5P3KA 4J0PA 5P38A 3SA6A 1W5WA 1C6XA 5DPZA 5P5UA 2G26A 3ZMGA 3IGBA 1D4SA 3OQAA 2RKFA 4FLGA 2AZBA 4XX3A 2B42A 4YD6A 5P7QA 2BJUA 3CKRA 2AOFA 5P2CA 3PB5A 5P3BA 3QP0A 4D85A 5DQCA 2V12C 5P3GA 1EPNE 1MERA 3EL0A 3KMYA 2ZJHA 3EL9A 4NKKA 5COKA 2OHSA 3S54A 5P5CA 2JE4A 3D20A 4I12A 3NXNA 4EXGA 1J71A 4CPWA 5P0NA 4ZLSA 2FLEA 3UDHA 4YD5A 1DW6C 3OUDA 3LZUA 5P7IA 4EQJA 3ZKXA 5P39A 5P0MA 2ZJNA 4J55A 4YDFA 1KJHA 2I4WA 3ZKMA 5P8HA 1FF0C 2VJ9A 5I3XA 4OBZB 2UXZA 2VA6A 1RL8A 3R0YA 5F00A 3ER5E 5P1XA 4BFBA 1F34A 4Y57A 5P6DA 3Q5HA 5P6LA 1VIKA 5P8SA 4FM7A 2AVVA 4YOAA 5P5DA 1BV7A 5OZ3A 3PRSA 3SA7A 1E81E 5P0IA 4J1EA 2O4SA 1HPXA 5P5TA 1IVQA 3NU4A 5E5KA 1NPWA 2OF0A 2PWRA 3EXOA 4YOBA 5OZCA 5P8KA 3HVGA 5BRYA 3CICA 3IVHA 5P4HA 2A1EA 4U7QA 5P4FA 3PHVA 2AVMA 2VJ6A 5IVSA 4OD9A 5AH7A 3OQFA 4A6BA 3BUHA 3O9GA 3FV3A 2QI0A 1HPVA 4ZIPA 3OWNA 4J5JA 4Y3TA 5J25A 4IVSA 4Y9WA 4BFDA 2Q64A 5P3QA 5ER1E 2OHLA 5P1AA 5P3PA 5ISKA 3LZSA 5P0CA 5P0DA 4CPTA 1MUIA 4L6BA 2WKZA 5P83A 3OUDB 1LYBA 2P3CA 3KFNA 3Q70A 4Y4WA 1YTGA 2HPFA 4FRKA 5P5NA 2BKTA 3OXVA 4D89A 3RVIA 4GMIA 2CEMA 4Y51A 5P2VA 5OYWA 3LINA 2PH6A 5P5MA 3UDKA 1RQ9A 3EM6A 4J1FA 2AOGA 5KR0A 3KN0A 1K6VA 3SABA 2UPJA 5P3RA 5P51A 1LYWA 5P65A 2F8GA 3SM2A 1QBTA 1BBSA 5P3LA 3LPKA 5HE5A 5P5GA 2VS2A 4DJQA 3S45A 5P6KA 5P19A 3PLDA 2Q11A 3EM4A 3I25A 1EPME 4HE9A 5P26A 5P5QA 5P5PA 3KF0A 5P1OA 4RCDA 5P1EA 3TKWA 3UFNA 3WZ7A 2XYEA 1VIJA 1SIVA 1HEGE 2QK5A 5OZBA 4WY1A 5P81A 2G94A 1QBRA 1HVKA 4OBDA 5KOQA 5P60A 1IZIA 1GKTA 5P3JA 5DQ2A 4A6CA 3H0BA 4Y3SA 4FL8A 5OZ9A 2APRA 1C6YA 1FB7A 4OD9B 5P4YA 1K2BA 2IEOA 5P2UA 3F9QA 5P3YA 2AOCA 5OYVA 2I1AA 4PHVA 5P54A 2QCIA 2P3BA 5P1WA 1HSGA 5OZJA 3NXEA 4DPFA 2XFIA 2FGVA 5P2GA 4TVHA 3VFAA 5P13A 2HPEA 3EKPA 5SY3A 5P8NA 5P4TA 5P0RA 2ZGAA 5P2JA 1LYBB 5OZFA 1PSAA 5KQZA 4J54A 5P8RA 5P6WA 4Y53A 4Y4JA 5DR0A 2OHPA 1A94A 2WF4A 4J1HA 5P4LA 2HS1A 2I4XA 5P7FA 1G6LA 1LYWB 5P2HA 3BUFA 2JXRA 3I2LA 3R0WA 4Y3AA 4L1AA 5CONA 1CMSA 5OZKA 2F80A 2BPYA 1Z8CA 3NWQA 5P1QA 2B8VA 5P5IA 5P8VA 1HSHA 2OHTA 2ZHRA 3QIHA 5SZ9A 2FDPA 5P3IA 5P6OA 1B6JA 3ER3E 3NR6A 5P3WA 4DUSA 3DK1A 3FNUA 5P2LA 4QJ8A 5P1TA 2O4PA 4Y37A 2G21A 2PSUA 1FQ5A 5P7AA 2Z4OA 3L5FA 3UFLA 2VNNA 4YCYA 5I3YA 2WEDA 5P4WA 5P0OA 5P5ZA 4LP9A 2PYNA 4XKXA 2RMPA 4ER2E 3NDWA 4NJVA 1FQ4A 2P3BB 4R5NA 1A9MA 1PPME 3EL5A 4X7IA 3TKGA 3KFPA 4Y4BA 5P0JA 3D3TA 5P1YA 4X2LA 3CYXA 1E80E 3K4VC 4Y5CA 2V0ZC 2RSPA 5P3EA 1M0BA 5P1MA 5P45A 5P5AA 4PYVA 1WBKA 3OHHA 5P8CA 4HEGA 3VSXA 5OYXA 5P5LA 4FCOA 1T7IA 5P50A 1NH0A 2Q5KA 3OAGA 5P8LA 2ER7E 4Y6MA 4YDGA 2RENA 3PSUA 4S1GA 4Y3QA 3MSJA 4ER1E 3OTYA 2HB4A 1OEWA 5P72A 1SP5A 2B7ZA 3LZVA 3SFCA 3VFBA 3IXOA 4Y35A 3QPJA 2O4KA 1QBUA 4L1AB 1TCWA 3VV7A 1MTRA 4OBJA 1EBWA 4RROA 2I4UA 4R95A 5OZXA 3VG1A 4GJAA 2ER0E 5OZZA 5P2FA 4EP2A 2WF1A 3OUAA 2I4DA 4GJ8A 5C9DA 3OK9A 2NPHA 1FLHA 5P4ZA 2NNPA 8HVPA 5P4CA 3NU5A 1T7KA 5P78A 5P1IA 3ZPUA 3O9LA 3ZKQA 5P3MA 1EBZA 2V11C 3KYRA 5HDUA 3RTMA 5P7HA 5KQXA 4Z22A 4Y3WA 4Y5EA 1HOSA 3O9HA 3OOZA 2QAKA 1QDMA 5P5BA 4Y5KA 5P17A 4TRZA 2AVQA 5P6GA 1B6MA 5OZHA 5P7WA 4DJWA 4TRWA 1TQFA 5P8DA 2VIEA 5P2OA 2AODA 4ZE6A 3HD8A 3EBZA 4LBTA 4I0IA 1EC2A 2V10C 1T6EX 5P76A 5OZPA 3SA3A 2IKUA 3T7PA 1SGUA 5P6ZA 4B77A 5P6PA 1FIVA 3DCRA 1TCXA 3TOHA 3INDA 4FRIA 2R43A 3MWSA 5P8PA 1HVHA 5P11A 1BDLA 1FMUA 1K6PA 2BB9A 5P62A 4Y3MA 1PSOE 4Y38A 5OZ2A 4J1CA 5P7GA 3LNKA 5OZ8A 5BWYA 1XE5A 1IIQA 2QHYA 3NDUA 3NU6A 2AOEA 3NWXA 3UQUA 3O9EA 1HXBA 1W50A 5P56A 2IS0A 5P5OA 2HB2A 4H3GA 4I8WA 3TPLA 1MRWA 4JPCA 5P07A 2QNPA 3LIQA 3OHFA 4PPHA 3NU3A 3I7EA 3SO9A 1BILA 1FG6C 3EKWA 3O9LB 5DQ4A 4B05A 1EEDP 3Q4BA 1EAGA 5P6JA 5P22A 1BAIA 4Y4XA 5KR8A 5OZ7A 3GW5A 3GGVA 3H5BA 4J0ZA 4I0ZA 3MXEA 3OQKA 4CMSA 1EPQE 5P6XA 3SA4A 5P2TA 5P4DA 5P67A 4YD3A 5P8EA 3BUGA 3OQ7A 1APTE 1NPAA 4BEKA 2R5PA 3PBZA 2G1YA 1YTJA 2Q3KA 2B8LA 3PMYA 3TPRA 3LPIA 1HIIA 4Y3NA 5AGZA 2WEZA 5P29A 4Q1XA 4Y45A 1LYAA 4JOOA 1HTEA 4Y4AA 3ZKGA 1W6IA 1PSNA 6FIVA 4Y3XA 2Q15A 4R92A 5P01A 3T3CA 3BGCA 4APRE 2UY0A 3SACA 1KJGA 2PSGA 5P1KA 5P6NA 5OZRA 3PWRA 4CPXA 2QHZA 5OZUA 2FDEA 5C9FA 5OYRA 1BWBA 1EPLE 4OC6A 4APEA 4Y5NA 2JYSA 4FSLA 5P41A 3UF3A 2H6SA 5P4AA 2J9JA 4EJDA 3HDKA 5P47A 4GJ9A 4GJCA 4JP9A 5B18A 1T3RA 1FQ6A 1Q9PA 1HHPA 2I4QA 2OHNA 3OXWA 3LIXA 3TOGA 5KQYA 4DJYA 1B11A 3D1XA 4Y36A 1MTBA 5P48A 4WTUA 3BVAA 5P86A 1YTHA 5P1CA 3O9BA 2QI3A 1EPRE 1G2KA 3GI0A 1SMRA 2ASIA 4ZEAA 4HA5A 3KM4A 5P08A 1MVPA 4Y48A 4H3FA 5P6UA 4TVGA 2QD7A 4CP7A 4J0VA 3L5BA 5P68A 2ZHTA 2OHKA 5UPJA 2BPWA 5HCOA 5P7UA 2FNTA 4OBFA 1GNMA 5JFUA 2AQUA 5P31A 3VCMA 2FXEA 3BGBA 4RGHA 5SY2A 3GGAA 4QJ6A 5P32A 3OY4A 2HAHA 5P6EA 5P7DA 4Y5LA 2XFKA 2I0AA 1C70A 1CZIE 1LYAB 4Y58A 1B6PA 5P75A 5HVPA 3UDYA 4ZSMA 1HVCA 3PVKA 5HE7A 1UPJA 4DQFA 5P4QA 4F74A 1ZSFA 3KDCA 4GJDA 5P7ZA 3CMSA 2ZJLA 1YG9A 3K4VA 4LXMA 2AOIA 4B1DA 3I8WA 1LF4A 4OC6B 5P2DA 3WSJA 2F3KA 3DM6A 4GIDA 1DAZC 5P10A 1IDAA 2J9JB 3QVCA 2MIPA 1FQXA 1K6CA 2J9KA 3EKXA 1AZ5A 1ZPKA 2WF2A 3G70A 4DQCA 5P8BA 4DJPA 2VA7A 3RTHA 1D4HA 5P2IA 5P3TA 5AHAA 3UCBA 3VLAA 3INHA 4MC9A 2VA5A 4Y3PA 3LHGA 4HLAA 5P7NA 5HU1A 3O9DA 3BRAA 4I0DA 4DI2A 4ZSPA 1D4YA 4Y4EA 1KJ7A 1SGZA 5P63A 2OHUA 1W5YA 3DUYA 4F73A 4K9HA 3CIBA 1HPOA 5P71A 5P3DA 4NJSA 9HVPA 1FQ7A 5P04A 4YHQA 4D83A 5P84A 3LPJA 1HTFA 3APPA 3QVIA 1TSQA 4Y47A 3ST5A 5OZLA 3SKGA 5P6CA 5P0XA 4Y5PA 1C6ZA 5P4OA 3O9FA 5P8UA 5P4EA 2WEAA 5P44A 1UH8A 4I0FA 5P5FA 4FIVA 4FAFA 1HSIA 5P37A 1ZSRA 5APRE 1IZDA 4Y43A 1UH9A 5OZ6A 3T11A 3QI1A 1B5FA 5C9BA 2AVSA 1D4IA 3LIVA 5P18A 5P3FA 2BPVA 3QS1A 3DV1A 2FIVA 5P61A 4FM6A 2QU3A 3SA5A 5P0BA 1EPOE 3SQFA 4MC1A 4CPSA 5DR7A 4KUPA 4GB2A 1IVPA 3EMYA 2FXDA 1HVLA 5P3UA 5P85A 5P80A 2F3FA 1DP5A 5AHCA 5DR1A 2NXDA 5P5KA 1AJXA 5P4PA 3LITA 2O4LA 2IGYA 4Y4GA 3UDRA 2NMYA 5P0ZA 5P34A 1HVRA 1ENTE 3QN8A 3JVWA 5KR2A 4RVXA 3DJKA 2ZYEA 5P1NA 3MSLA 3N4LA 4Y56A 1APUE 3CYWA 3KDBA 5AH6A 4I0HA 3EM3A 4I10A 5P4BA 4F75A 3VF7A 3O9IA 4J17A 4GYEA 3VYFA 3IA9A 3KT5A 3PBDA 1OEXA 4YA8A 2A4FA 1OHRA 5P02A 3NDXA 5T4SA 3EC0A 1F7AA 1HVIA 3QRVA 3VLBA 2G1NA 4CPUA 4DFGA 4DJOA 5P0HA 5P5VA 1GVWA 1QBSA 4Y41A 2XYFA 5P4IA 1T6GA 1EBKC 3PEPA 4A4QA 1B5FB 3UQPA 2VIZA 2BPZA 4PZXA 5P1HA 5P2RA 3IXKA 4Y39A 2QMGA 4B72A 3PM4A 1HIHA 3VSWA 1DMPA 2R9BA 2G24A 4K4PA 5P4SA 2QI1A 3SAAA 5P1GA 2ZHVA 3CIDA 3FSMA 3VF3A 4Y50A 1W6HA 5HDXA 4FRJA 2ZJMA 5P8MA 5OYUA 4M8XA 1HXWA 2ZE1A 2IENA 3HW1A 5P6SA 5P0QA 2JJIA 5P36A 5P6YA 3UDQA 5P23A 3OU3A 5HDVA 3KFSA 3L59A 3URJA 3IAWA 2AZ9A 1SH9A 3OGQA 4RLDA 5KAOA 3RTNA 5P7KA 1YM2A 2PSVA 4NJTA 2G1OA 2P83A 3U71A 5P4NA 1ZLFA 5P5RA 4H3JA 5P69A 1LZQA 3TOFA 4JECA 4COEA 5P3ZA 2WECA 3D1ZA 5IE1A 3ZOVA 3PI5A 5DGUA 4CPRA 3LIYA 5OZGA 4B1CA 1GVXA 5P7MA 5IVTA 1SDUA 5P4GA 4LHHA 4QLHA 3UDMA 2NMZA 4AA9A 5OZ4A 2WF0A 1BV9A 4ZSRA 1APVE 2QU2A 4RYGA 5F01A 3UQXA 5P1FA 2AOJA 1GVUA 4EYRA 3S43A 2G69A 3HAUA 3PSYA 4FGXA 1YM4A 1LF2A 2QMDA 5P2EA 3S8IA 5DR3A 5P7RA 4BELA 2G20A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R1G B;  3K5C A;  3NU9 A;  1APW E;  2Q54 A;  2Q63 A;  2HS2 A;  1EC1 A;  4Y5A A;  5P0K A;  3RSX A;  4B00 A;  3UHL A;  3L58 A;  2WHH A;  4FRS A;  3FIV A;  1GNO A;  5P4M A;  1AM5 A;  2VIJ A;  3O9A A;  2OHM A;  2I4V A;  3EKY A;  4AA8 A;  4LAP A;  5COP A;  4EQ0 A;  5P3O A;  5P4R A;  3DV5 A;  1MSM A;  3UDP A;  3OOT A;  3EL4 A;  4AUC A;  4FM8 A;  2H6T A;  2PH8 A;  2VIY A;  1SDV A;  2B60 A;  5P8I A;  1ZPA A;  5P35 A;  3NLS A;  1IBQ A;  1QS8 A;  5P7Y A;  3LIZ A;  1SDT A;  1PPL E;  3URI A;  5OZA A;  5P1U A;  4Y3E A;  5P73 A;  3PCW A;  4Y4T A;  4DV9 A;  4OBZ A;  4GJ6 A;  2ZHU A;  5P28 A;  5ISJ A;  1SIP A;  4LC7 A;  5P1V A;  3ZPS A;  3C9X A;  4Y3F A;  1HRN A;  3K1W A;  1IZE A;  2QD8 A;  3FNS A;  3OUC A;  4EWO A;  3IN4 A;  1XL2 A;  3AUP A;  5P5J A;  5P3K A;  4J0P A;  5P38 A;  3SA6 A;  1W5W A;  1C6X A;  5DPZ A;  5P5U A;  2G26 A;  3ZMG A;  3IGB A;  1D4S A;  3OQA A;  2RKF A;  4FLG A;  2AZB A;  4XX3 A;  2B42 A;  4YD6 A;  5P7Q A;  2BJU A;  3CKR A;  2AOF A;  5P2C A;  3PB5 A;  5P3B A;  3QP0 A;  4D85 A;  5DQC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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