1KJ7A

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kj7A00
4R95A 2Q64A 3VV7A 5OZ7A 4Q5MA 5OZDA 4KE0A 4GJDA 3BGCA 5I3WA 5P2YA 1MVPA 3PSYA 4H1EA 3QP0A 5P5WA 4GJCA 4YD6A 5P3AA 5P0LA 2BJUA 2NMZA 3GGUA 2PYNA 1PSAA 2VJ6A 4YD5A 1MEUA 1U8GA 2UPJA 4YOBA 5P0YA 2J9JA 1HOSA 5P5TA 1HVKA 5P7QA 5P6EA 3OOTA 1IVQA 3DCRA 2O4LA 3SQFA 4K9HA 1HHPA 2AZCA 5OZNA 2H6TA 4TRWA 1G35A 3U71A 3BC4A 5P8GA 3UDHA 1EC2A 1KZKA 3AUPA 1FIVA 3NU6A 4GJ5A 2VA6A 1AXAA 1E81E 3UFNA 5P4VA 5IE1A 1E80E 5P0RA 2FLEA 1HTEA 3EM3A 2RMPA 3OXXA 3PRSA 5TOLA 3GGVA 5P5YA 5P6JA 2ZJMA 4Q1XA 5P38A 5P3FA 2OHNA 2Q63A 4ZSQA 1D4YA 1FG6C 5P7HA 2NTRA 5P8FA 3G6ZA 2B60A 1M0BA 1IDBA 3HD8A 3UQRA 5P7XA 1FMXA 3KF0A 2Q55A 3EKWA 2QD8A 3EL5A 3OAGB 2AOHA 3JVWA 3L5DA 4J0ZA 5OYZA 4Y4ZA 5P0XA 4RYGA 1B5FA 4Y3EA 2WHHA 4GJBA 5P84A 2P3AA 4Y43A 4R91A 3GW5A 5P5NA 4FM7A 3LIVA 4Z22A 1T7KA 2PSGA 4RCFA 5DPZA 3NDWA 2QNQA 1PPKE 5SY2A 5P6UA 7HVPA 1T6EX 3ZKQA 1MRWA 2B8VA 1YTJA 4GJ9A 4FSLA 3OGPA 1DPJA 3ZKIA 1YTGA 3QVIA 4DJYA 1K2BA 3CKPA 1HVHA 1F7AA 3NLSA 5P5EA 1MPPA 1GNOA 5P2ZA 5P78A 3KFPA 1AAQA 3RU1A 4OBZB 2AVQA 4AZYA 2QCIA 1IZHA 3LZUA 4U7VA 2OHLA 1DP5A 3APPA 1B6KA 2G1OA 3QBFA 5C9FA 5P81A 3CMSA 5P54A 5DR1A 3D1XA 1NPAA 5JFUA 3S8IA 3AIDA 5P6OA 4Y36A 6UPJA 2F80A 4EYRA 3GI0A 4GJ7A 5P6GA 4BELA 4E43A 5KR8A 3QBHA 3NSHA 4I10A 5P83A 5P1KA 4Y3YA 2I4XA 5HU0A 5P2WA 2JJIA 4FRIA 1IBQA 3MSLA 2MIPA 1C6YA 5FIVA 1MT7A 5P32A 3PBZA 4LL3A 1FKNA 5HDXA 4YDGA 3OU4B 4YE3A 4YD4A 5HD0A 1MSNA 4DJOA 4B1EA 2VS2A 4U8WA 3NDUA 5P2OA 3PLDA 1ZSFA 4CPSA 5P6ZA 2P3BA 3EL4A 4Y3XA 5P3TA 5OZFA 2F3EA 4Y3ZA 4EHCA 3BXSA 5P0ZA 2AOFA 1HXBA 4HDBA 2ANLA 2VIZA 2VIYA 5DQ1A 2Z54A 2ZJIA 1LEEA 3QS1A 5P24A 4GYEA 4LBTA 5P1AA 3D3TA 5P5JA 3RTMA 2ZJKA 4F75A 1XN3A 1EPNE 5P68A 2QNNA 4I0HA 5E5KA 5OZ5A 3SABA 1K1TA 4EJLA 2BKSA 3D20A 4Y4JA 1K2CA 2I4VA 1KJFA 3KFSA 5P88A 4I8WA 4TRZA 2BKTA 1VIKA 2PWCA 3TOGA 5OYRA 4DQBA 3R4BA 2PYMA 4H3IA 3UDYA 5P1VA 3MSKA 3TPRA 2ZE1A 5P12A 2XFIA 4YBIA 3H5BA 5P63A 5P6HA 2QI5A 5P7VA 1G2KA 1XDHA 3URIA 5P7OA 4EXHA 5P0EA 2QMDA 1TZSA 4DJVA 3INFA 1PFZA 1PROA 1EBYA 3CYWA 1A94A 5P2XA 3O9LA 5P4XA 5OZ4A 1EPRE 3FNUA 1LZQA 2FS4A 1W5WA 5P3QA 5CONA 4EJKA 2QI4A 1YG9A 1SIVA 2J9JB 5P4AA 4Y5GA 1TSUA 5P65A 4K4QA 1YM2A 4Y35A 3T7XA 3RTNA 1K1UA 3SA3A 3S56A 1MTBA 2NMYA 3OWNA 4NPTA 4QJ7A 1APUE 5P29A 1EC3A 4L7GA 1SP5A 5OYWA 1QBTA 1JLDA 3VSWA 5PEPA 4GJ6A 2VKMA 2PSUA 3ZKGA 5OZ8A 5P4IA 4RVXA 2IGYA 3T7QA 5KOQA 4N00A 4H3JA 2QZWA 5OYVA 3BVAA 5P7ZA 5P8KA 1IZEA 2ZHVA 3WZ6A 1RV7A 2QMPA 5EZXA 2RSPA 1FF0C 5P00A 3B80A 3O9CA 5P25A 3SAAA 4APRE 3HVPA 5HDUA 4RRSA 5OZVA 2V13A 5P1HA 3EL1A 2WF3A 1BWBA 4RVJA 3RSVA 3SA8A 1K6PA 4HA5A 5P19A 5EZZA 3SA6A 4WY1A 3VYDA 4Y37A 4D88A 3ZPSA 4Y3LA 5P85A 4K8SA 4FAFA 5P6RA 4Y5KA 5P7GA 3KT5A 3PLLA 5OZCA 3DK1A 1OD1A 2CEJA 4DFGA 5I3XA 5HDZA 2QMGA 5P30A 5P6BA 3O9FA 4Y5PA 1BDQA 3GI4A 5OZQA 5P4TA 1EBKC 4Y45A 2APRA 2JE4A 3FIVA 4Z4XA 4PYVA 4CPXA 1AZ5A 1LYBA 5ENMA 3NWXA 4DJQA 5P04A 5P72A 4EWOA 2WF4A 5P1EA 4DI2A 2B8LA 1Q9PA 5OYTA 5P09A 1OEWA 1META 3TKGA 3EKXA 1GNNA 5P2NA 5KR1A 4Z50A 1Z1HA 2G27A 5P2CA 4COEA 4ER2E 5P1JA 3PVKA 2OHKA 3S45A 4Y3AA 2IEOA 1ODXA 3TOHA 2PSVA 3PM4A 5COPA 4L7HA 3VF5A 4J17A 2I1AA 2PMAA 4OBDA 4FRKA 3Q70A 2ER7E 5P7RA 2WF2A 4U7QA 3EKQA 1W50A 4MC9A 3EM6A 3HZCA 2HPEA 2G21A 3FNSA 5P1IA 5P3ZA 3UCBA 5P23A 4EP3A 4B05A 4I0FA 4NJTA 2PH8A 1MERA 4J1KA 3VFAA 4OD9A 3SM1A 5P7IA 5OZAA 4I0GA 1RL8A 1XL5A 5P5CA 1IIQA 1ODWA 2I0AA 3NXNA 5OZBA 5P2QA 5P2UA 3SO9A 5P02A 2QD6A 1XE5A 5P1NA 1N49A 1HSGA 1OHRA 1PSOE 4HEGA 4FM6A 4Y3NA 4RYCA 1BDRA 5HTZA 5P60A 4J1HA 4Y5BA 2OHQA 4QJ8A 1IVPA 5P57A 5P5LA 2O4SA 4I0EA 1LF4A 5P52A 2IENA 2OHSA 5P3CA 4Y5CA 3URJA 3K5CA 4Y3RA 1C70A 1T7IA 2JJJA 1MIQA 3VYFA 5COKA 3QROA 5P7LA 1SDVA 3CKRA 4F76A 1OEXA 3O9HA 5P7PA 1BV9A 2O4KA 5P2KA 5P8SA 3L38A 4I0DA 5P0FA 3VF3A 5OZJA 4WY6A 3K5DA 5P79A 5P3MA 5P4SA 3ZKMA 3NU5A 1TCWA 3SPKA 4OBFA 2VNMA 8HVPA 5P7SA 3S43A 5KQZA 2QP8A 4CP7A 3S54A 5JODA 5P5RA 4D89A 2ZGAA 2WF1A 1LS5A 2AZ8A 5OZLA 5P5XA 2VA7A 5AH6A 3KN0A 4RZ1A 3OY4A 1SMRA 5OZRA 2ER6E 2G69A 5P28A 3UDMA 1BAIA 3M9FA 2JYSA 1B6LA 4YCYA 5P2EA 5HVPA 3EL9A 1DAZC 4ZSRA 1NPVA 3QRSA 5P4CA 5DQ2A 3BUGA 4FRSA 2V16C 1HSHA 1ZTZA 4Y50A 5P5DA 1BILA 1HIIA 5P0JA 5P5OA 2QU2A 2NPHA 4JPEA 5P39A 5P6XA 5P2AA 4NKKA 4YOAA 4AUCA 1D4KA 3VEUA 2O40A 2V10C 5P5SA 4CKUA 1XS7D 3SA5A 5P8JA 5P1GA 4EXGA 2G1NA 5P4YA 2G26A 1FQ8A 1HPSA 5P8AA 1D4LA 5P4QA 3T3CA 2IDWA 5P7CA 2I4UA 1LF3A 5APRE 2EWYA 5P36A 5P61A 1FB7A 2I4WA 3INHA 3ZPUA 3IXOA 3PJ6A 4R93A 1IZDA 5P3KA 4EP2A 4OBHA 5P0WA 1ME6A 2FXEA 1GVWA 3O9AA 4Y5MA 3O9BA 4B72A 5SXNA 5DR0A 1MSMA 1FQ7A 3T6IA 2AOJA 2UXZA 2NXDA 3BUHA 4ZLSA 4Q1NA 1WBMA 2NNKA 5P0BA 1Z1RA 4DVFA 5P62A 4H3GA 4Y3QA 2R43A 5P31A 3B7VA 3O99A 4BFDA 5P49A 4DQCA 2BPWA 3OK9A 1GNMA 3I6OA 2V12C 1LYBB 3NU3A 4GJAA 4MC6A 3FX5A 5P5PA 2PK6A 3DCKA 4J1IA 5P05A 2AIDA 1E82E 3EM4A 5OZOA 3SFCA 2RENA 4Y47A 1BV7A 5P8OA 3PWMA 5P17A 2WF0A 3VCMA 1B6PA 1ZJ7A 5I3VA 2HPFA 5P7EA 5P1WA 2QZKA 5P0CA 4Y3HA 5P4HA 2R5PA 3SKFA 1ZBGA 4I0ZA 2WL0A 1FG8C 5IVRA 2FDPA 6APRE 3OQ7A 5P5BA 5P4OA 2G22A 1BWAA 5P77A 5P3SA 2Z4OA 1HPVA 1EBZA 2QI0A 1TW7A 4H3FA 5IS4A 1TQFA 4RCDA 3EKPA 1KJ7A 4Y5EA 5P7MA 5DQCA 3MSJA 1B11A 3PHVA 3DUYA 1DMPA 1C6ZA 2ASIA 4Y3GA 2HS2A 4OD9B 2P8HA 1NPWA 4GIDA 3UQWA 4Y4TA 3ECGA 1M4HA 3DJKA 3VFBA 2ZDZA 1W51A 1ZPAA 2PC0A 3UDKA 3PI5A 5OZGA 1LYAA 5P4LA 4DJRA 5I70A 3L5BA 4Y3JA 4FAEA 4I12A 5P2GA 3EKVA 1HXWA 1SDTA 4B1CA 5P5GA 3R1GB 4B77A 2ZHSA 4J1FA 5AH7A 2OHPA 3KDDA 5P6NA 2PQZA 3CIBA 2F8GA 1HIHA 4Y38A 5KQFA 2AQUA 2WEBA 3OXVA 4Y4EA 5P15A 4Y4UA 3CYXA 4NJSA 4FE6A 5P1FA 4DPFA 2ZHRA 3OUDB 1LV1A 3KDCA 3NWQA 4JECA 4XKXA 3DOXA 5BS4A 2XFJA 3S7LA 5KR2A 5OYXA 3QI1A 3PSGA 3S7MA 5P45A 3N3IA 5P37A 4J1CA 5P1TA 5P6FA 3EL0A 5P0OA 3OU1B 4NPUA 2Q3KA 1QDMA 2P83A 1SDUA 4Q1YA 4LP9A 4F73A 2VA5A 5P1SA 3TPJA 1EPME 5P8IA 1EPQE 2H6SA 3I8WA 4ZEAA 3OXCA 3PEPA 3S43B 2I0DA 2QMFA 1MUIA 3ER5E 1D4JA 4Y6MA 5C9DA 2VNNA 3NU9A 4J5JA 3T7PA 2JXRA 2B7FA 1ENTE 1YT9A 2OHTA 5OZHA 4CPRA 3PMYA 1F34A 5OYSA 1WKRA 1HEFE 1W5XA 2BPVA 4CPQA 4XX3A 3LIQA 4BEKA 1IDAA 3BVBA 3PB5A 5BRYA 2HS1A 5P6TA 3K5FA 3Q4BA 1HBVA 5P3YA 5P3VA 4FL8A 3QIHA 1B6MA 3TL9A 2IS0A 3N4LA 3TNEA 4DPIA 1C6XA 4AA8A 1KJHA 5JG1A 1VIJA 4DH6A 4QLHA 5IVQA 2QI6A 2AVSA 4HZTA 2AOGA 3L5CA 1HPXA 4DQEA 3HBOA 4K4PA 3IXKA 4HDPA 3R2FA 2O4PA 5P6QA 4I8ZA 4PHVA 4K4RA 5P2VA 5P0PA 1EPOE 2Q5KA 4J55A 2AVVA 3FV3A 3UDQA 1GVTA 2O4NA 3NXEA 5OZEA 3F9QA 5P0QA 5P4PA 4ZPGA 3RVIA 4ZIPA 3ZLQA 5P8LA 2G1SA 5P3PA 3L59A 5P4GA 2NXLA 2FNTA 3T11A 5P0TA 5P42A 5OZ1A 5AH8A 1J71A 5P0KA 5P3HA 1NSOA 3SA9A 2AZ9A 5P13A 5P82A 4Y3FA 5P2LA 5P4ZA 3ZKXA 5P8CA 3MXEA 6FIVA 2CENA 2WJOA 1FFIC 5P8PA 1B5FB 5OZIA 4RRNA 1ZLFA 5P7YA 1HPOA 5P3LA 2ZHTA 1T7JA 1SH9A 4AA9A 1LF2A 4PEPA 4UPJA 3Q3TA 5ENKA 1E5OE 5P64A 4Y5AA 5P67A 3NU4A 5KOSA 3OAGA 5KQYA 3UPJA 1QS8A 3NYGA 5ER2E 5P66A 3VV8A 5SY3A 4B0QA 3PBDA 4J0VA 2J9KA 2AOCA 3HW1A 5DR8A 1HVJA 1T3RA 1QRPE 3DV5A 3OUBA 5P4KA 5P1OA 2Q11A 5P5FA 5P06A 5P8QA 2IQGA 2ER0E 3OQFA 5SZ9A 2IRZA 4DJWA 4MC2A 1FQ6A 5P27A 3K4VC 9HVPA 4Y3DA 3UF3A 4IVSA 4R8YA 3O9IA 3OU3A 4LXAA 5P2IA 5P6WA 4B00A 5P2RA 5P0SA 3KM4A 3NUOA 3IGBA 4LAPA 1UH8A 3IN3A 4OBZA 3R0YA 5P4UA 5P1ZA 5P03A 1FQXA 5DR4A 5F00A 2I4DA 5P86A 4TVGA 2FXDA 4BFBA 3TOFA 3ZKSA 5P7KA 1RPIA 4Y4XA 2AZBA 2QZLA 3EBZA 5P48A 3QVCA 2ZHUA 1HEGE 4GJ8A 5P08A 5DR3A 5BWYA 2HC0A 5P3NA 5OZMA 2P3BB 4J0TA 5P56A 3IXJA 3O9DA 3CICA 3LZYA 5P6MA 5AHBA 1LYAB 2IGXA 4A4QA 1BVGA 1ZSRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R95 A;  2Q64 A;  3VV7 A;  5OZ7 A;  4Q5M A;  5OZD A;  4KE0 A;  4GJD A;  3BGC A;  5I3W A;  5P2Y A;  1MVP A;  3PSY A;  4H1E A;  3QP0 A;  5P5W A;  4GJC A;  4YD6 A;  5P3A A;  5P0L A;  2BJU A;  2NMZ A;  3GGU A;  2PYN A;  1PSA A;  2VJ6 A;  4YD5 A;  1MEU A;  1U8G A;  2UPJ A;  4YOB A;  5P0Y A;  2J9J A;  1HOS A;  5P5T A;  1HVK A;  5P7Q A;  5P6E A;  3OOT A;  1IVQ A;  3DCR A;  2O4L A;  3SQF A;  4K9H A;  1HHP A;  2AZC A;  5OZN A;  2H6T A;  4TRW A;  1G35 A;  3U71 A;  3BC4 A;  5P8G A;  3UDH A;  1EC2 A;  1KZK A;  3AUP A;  1FIV A;  3NU6 A;  4GJ5 A;  2VA6 A;  1AXA A;  1E81 E;  3UFN A;  5P4V A;  5IE1 A;  1E80 E;  5P0R A;  2FLE A;  1HTE A;  3EM3 A;  2RMP A;  3OXX A;  3PRS A;  5TOL A;  3GGV A;  5P5Y A;  5P6J A;  2ZJM A;  4Q1X A;  5P38 A;  5P3F A;  2OHN A;  2Q63 A;  4ZSQ A;  1D4Y A;  1FG6 C;  5P7H A;  2NTR A;  5P8F A;  3G6Z A;  2B60 A;  1M0B A;  1IDB A;  3HD8 A;  3UQR A;  5P7X A;  1FMX A;  3KF0 A;  2Q55 A;  3EKW A;  2QD8 A;  3EL5 A;  3OAG B;  2AOH A;  3JVW A;  3L5D A;  4J0Z A;  5OYZ A;  4Y4Z A;  5P0X A;  4RYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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