1KJFA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEMLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjfA00
5P1MA 1CZIE 1EBYA 3NWXA 3L5EA 4H3JA 1LEEA 3OQDA 1D4JA 2G1SA 1ZJ7A 3KDBA 2ER7E 5P7PA 3SM1A 4FGXA 5AH6A 3RU1A 4XX3A 5BRYA 5P0LA 5KR8A 5P44A 1G6LA 3URIA 5P3GA 1HIIA 5OZOA 2ZE1A 4Y5EA 4J0VA 2FXDA 1K2BA 5P72A 3L5BA 4I0EA 4N00A 4Z4XA 3H5BA 2RMPA 1T3RA 2NXLA 5P13A 4J1KA 3TOFA 5P4ZA 3PBZA 3I25A 2OHMA 1W5YA 3N3IA 1KJ4A 5P24A 3S53A 3R0WA 2HPEA 3Q5HA 4GJ6A 5P8AA 4ZLSA 2QI1A 4A4QA 5P2AA 3S43B 4J0YA 3NXNA 1A8GA 2HB2A 5P81A 2J9JB 4X2LA 4RYGA 4ACUA 3Q6YA 1ODXA 1MSMA 5OZ1A 4J1CA 2AVMA 4B0QA 3KM4A 1FFIC 1GVXA 5P2IA 5P18A 2BKSA 1EC1A 2QMPA 5P2UA 3EMYA 3UQUA 5P6QA 4WTUA 1C70A 5C9BA 1BVGA 1DP5A 4QLHA 3KDCA 3WZ7A 3S54A 4RCFA 5P8LA 4S1GA 3SKFA 2ZHTA 2VJ6A 1EC3A 5DQCA 4Y4JA 5P70A 3R4BA 5P68A 4GJDA 4DQHA 5P54A 2VKMA 3SA4A 2QZWA 1BWAA 4Y4WA 4X7IA 3K5FA 1FQ5A 4B1DA 3EL0A 3KFSA 3RSVA 3UDNA 2IEOA 4DJQA 2AVOA 1WKRA 5P5CA 5AH7A 3QPJA 5P7GA 4DJWA 4GB2A 5P64A 5P5GA 5EZZA 4XKXA 4NJSA 3QP0A 5P4IA 3GGXA 4Y35A 1SMEA 2I1AA 5OZ5A 5OZHA 5P4LA 2ZJKA 5P71A 1IVPA 2NNKA 1HSGA 5P5UA 2AOFA 3VLBA 5P6RA 1VIKA 5P22A 5P76A 4YDFA 5OYSA 5CLMA 4Y3TA 4J55A 2F3FA 2I0AA 1FGCC 3LIQA 4Y3ZA 5P2MA 4YD4A 5KQZA 2O4SA 4B05A 1WBMA 5P6PA 5P2OA 2WF2A 5AHBA 1TW7A 1HSIA 2G20A 4ZPFA 3TTPA 5P5WA 4Y50A 1PPKE 5P78A 2QMGA 3KFNA 3LIYA 5OZRA 5P7DA 2R43A 2WJOA 2PWRA 2VJ9A 3GI4A 1MEUA 1UH7A 2IS0A 3MXEA 1SH9A 5P3DA 4RCEA 2V12C 5P4PA 4LXAA 5P83A 3SM2A 3EKQA 3U71A 3KFPA 2FLEA 2ER9E 5P4AA 1WBKA 2O4NA 1BWBA 4ZPGA 5P7XA 1LYAB 1F34A 2JJJA 5J25A 3QI1A 3VSWA 3URJA 3ZKMA 1EBZA 1B6KA 3VV8A 1ENTE 5P3CA 2V10C 3KFRA 2AOHA 3G70A 4CPWA 1N49A 5P15A 2J9JA 4EYRA 2A4FA 4R95A 5OZ2A 2G1RA 2R5QA 3NDWA 5P1JA 1G2KA 5P2YA 2B7ZA 5P1YA 2VNNA 3CIBA 4HVPA 5P6AA 2NXDA 5OZAA 2OHUA 3BVBA 1HWRA 5OYYA 4TVGA 1B11A 1OD1A 3HBOA 1KZKA 4B00A 4R93A 1HVHA 6APRE 4Y5CA 1SDTA 3OTSA 2FDEA 2QU2A 1SDVA 2AOIA 2I0DA 3ZKGA 1MRXA 4TRWA 5P8QA 5P43A 1EC2A 2QNQA 1D4IA 4I8WA 5P33A 1EPNE 3TKWA 3QRVA 1TQFA 3UDJA 1NPAA 2WF0A 1CPIA 4FL8A 3GI6A 5SY3A 3O9CA 5DQ5A 3ZPTA 3ZLQA 2G21A 5OZCA 4YBFA 4DV9A 5KQXA 1E5OE 2P3CA 2AIDA 5P87A 2FGVA 4YE3A 4Y3AA 4Y3FA 4OBJA 5P6IA 2VIEA 3PMYA 4D85A 5T4SA 4MC9A 5COOA 4UPJA 4RROA 5COKA 1XL2A 4CKUA 5P5PA 4DJUA 1B6PA 2ZJMA 5P5JA 3K4VC 5P3VA 3FIVA 1DW6C 2OHQA 7HVPA 5IVTA 1D4YA 3SPKA 5OZLA 4Y54A 3TNEA 4K8SA 5P8IA 3IVHA 4RRNA 4GZFA 5P7RA 2F3KA 5OYQA 5OZSA 3LIXA 4Y5PA 5P5SA 5EZXA 3OQAA 5P1KA 1B6LA 5P6EA 1PSOE 4M8XA 1PPME 1ZPAA 3CKTA 4K4PA 3OXWA 7UPJA 5P04A 1BIMA 1LF3A 5P27A 3NU5A 3JVYA 4L7JA 1ZBGA 4I12A 3LIVA 3OAGB 5P8MA 2G24A 5DGWA 1QBSA 4Y53A 3D1ZA 1FMBA 5DPZA 1T6EX 1NPWA 5ENMA 1HVSA 2IENA 5P36A 5P3UA 5P5YA 4Q5MA 2XFIA 3IXOA 1HSHA 3SLZA 3WSJA 5P3BA 5P48A 5DR7A 4ZE6A 3LNKA 5P12A 2HC0A 1IBQA 3S56A 2NR6A 3B7VA 2Q5KA 2Q15A 3T7XA 4XXSA 1ZPKA 5I3VA 1LYAA 3VV6A 3HDKA 3QRSA 4Y5KA 2JYSA 5P0ZA 5P0JA 5P53A 5P7FA 5F00A 3L38A 5OZVA 3TPPA 5COPA 1SMRA 1HXWA 4YD5A 5P4BA 5P4QA 5P2NA 4I0FA 1AZ5A 4Y51A 5P0AA 4HLAA 4Q1NA 2G1NA 3O9LB 1RQ9A 5P3FA 4KUPA 5P29A 2RKFA 5P06A 1HIHA 2OHSA 4LL3A 1NH0A 3EKXA 3K4VA 5P0UA 3MSJA 5P5FA 1FQ8A 5P7SA 2PSUA 2ZDZA 2ZGAA 3ER5E 1FG8C 5ER2E 2H6SA 3CMSA 1FQ7A 5OZUA 1NSOA 4FAFA 4DVFA 1EEDP 2F3EA 5OZPA 2I4XA 2AZ9A 3UDHA 4DPFA 1K6VA 2ASIA 3VUCA 3I2LA 3URLA 3PI5A 5P3YA 4OBDA 4Y3YA 5P0GA 3LIZA 5DR8A 3INFA 1LYBB 3VYDA 5I3WA 2G69A 3QBHA 1GNMA 5HCTA 5BWYA 3H0BA 1PROA 1SGZA 4Y4ZA 5HE5A 3RVIA 1RL8A 1D4KA 1TZSA 3OXCA 2ER6E 3D1YA 1QBRA 3RTMA 2SAMA 3O9IA 4DJRA 4B78A 4J1EA 4JOOA 5ISKA 5HDUA 4Y3PA 4Y5NA 4Z2ZA 3Q4BA 5P7TA 2I4WA 4U8WA 4YOAA 1MRWA 4BELA 1Z1RA 4RYCA 5P0VA 3ZKXA 1FLHA 4RVXA 1TCXA 4HA5A 5P5TA 3KN0A 5P34A 1E82E 3PRSA 2PYNA 3G72A 4PPHA 5HE4A 5HTZA 3NDTA 3D20A 5OZBA 5P05A 5P82A 1E81E 3ECGA 5IVSA 2ZHRA 5P4XA 3TH9A 1HVKA 1BAIA 4I1CA 4PZXA 4Y4EA 1HPOA 4DI2A 5P35A 3MXDA 3VYEA 5P1ZA 3UFLA 5ER1E 5P1PA 3O9GA 3OAGA 3LINA 1W5XA 4DQGA 4FM6A 4J1IA 3PGIA 2V11C 2NPHA 1HOSA 5P4VA 5HCOA 4DPIA 1GVVA 5P7ZA 5P3EA 4APRE 1OEWA 4Y3WA 5P30A 5AH9A 1IZEA 3D3TA 1DIFA 1D4HA 4KE1A 1IZHA 1OHRA 5P8KA 5P7QA 4I0HA 4OBKA 5P4DA 5HU1A 3I8WA 5HDVA 3ZKSA 1NPVA 3D91A 3D1XA 5P3MA 2QHYA 2VA7A 5P6UA 4KE0A 1XN3A 3S7LA 5DR4A 2P3BA 1LF2A 5P0WA 3FSMA 4QJ2A 4Y6MA 3DM6A 1YT9A 3O9LA 3GW5A 2P4JA 1SDUA 1EPME 4PHVA 1UPJA 5JG1A 4OD9A 5P3IA 5P4JA 5P3ZA 1EPPE 1SIVA 2FIVA 5P8VA 2B60A 5P6GA 3TOGA 5P2BA 4GIDA 1W51A 5P58A 3OUBA 5P3XA 4EJKA 1LF4A 4LXMA 5P62A 2XYFA 4Y56A 5P4RA 4J54A 4CPQA 3HVGA 1BILA 4FM8A 5P1NA 4YD3A 5OZKA 2QI3A 5P4NA 5KOQA 2B8LA 1LYBA 3OU1B 5P8UA 3G6ZA 3UDYA 4CP7A 3EBZA 2HPFA 1Z8CA 5P02A 2QNPA 3M9FA 4DJVA 2Q55A 5P2DA 5P51A 4Y3QA 5P7BA 1DMPA 4Y3HA 4JP9A 5P0NA 2XFJA 1HXBA 2IRZA 1W5VA 3OU4B 2HB3A 5P37A 4CPTA 5P65A 5P79A 3CIDA 5P0DA 5P1TA 2QAKA 2BBBA 4LHHA 5JODA 3KF0A 5P69A 2WF4A 4K9HA 1AM5A 1YTHA 5P6MA 3O9HA 3EC0A 2BQVA 1UH8A 2OF0A 5P3RA 5P6WA 3VV7A 4RRSA 2A1EA 3SA6A 2OHKA 5P45A 2P8HA 5KOSA 4AUCA 2PMAA 3EL4A 2OHNA 5P2LA 3VCMA 3IAWA 3DUYA 1LS5A 2I4UA 1HEGE 4FRIA 3CYWA 3NDUA 3O9EA 2QI5A 1QBUA 2AVVA 1AVFA 5P08A 5P8OA 5DR3A 3HAWA 2V0ZC 5P0QA 2VA5A 3KMXA 1TCWA 2FNSA 4H1EA 2IDWA 2AVSA 3EL1A 3VFAA 5P7VA 3VG1A 1HIVA 5CONA 5P2VA 2F80A 4DQEA 5P6CA 1IDBA 5P2WA 4PEPA 4YCTA 4FS4A 4HDFA 4Y5MA 1UH9A 5P0FA 4JPEA 1T7IA 5P8EA 5OZJA 1B6MA 4K4RA 4Y3XA 1FMXA 4IVSA 5P6LA 3ZKIA 5P5DA 3GGUA 4JPCA 2AZ8A 2VNMA 2QHZA 4L6BA 4Y3LA 4YBIA 2I4VA 2PK6A 5P6VA 4LP9A 3SO9A 3ZPUA 4YA8A 3UFNA 1YG9A 1EPRE 5P6OA 3FX5A 2R5PA 5AHCA 5P4YA 2ZHSA 5P03A 4FRJA 1BDQA 3EM3A 4Y4TA 3OHFA 1B5FB 3FNSA 4GJ7A 4R5NA 1HRNA 1DAZC 3EL9A 3I7EA 3IVIA 3S43A 2MIPA 3GI5A 4Q1YA 5P85A 2G1OA 5E5KA 5P7IA 4DH6A 2ZYEA 3AUPA 4Y58A 5P5LA 4J17A 3L58A 5P3HA 3BUGA 3OQKA 5P5NA 5P3JA 3VFBA 3KMYA 4ER1E 1AXAA 2BPYA 4I0ZA 3UF3A 3APPA 3L3AA 2P3DA 3OOTA 3BHEA 2WL0A 4L1AB 1A30A 3TPLA 2CEJA 3PCZA 5P1RA 3PJ6A 5P40A 3IN4A 3LZVA 3PHVA 3PVKA 1BXQA 1YM4A 4KB9A 4D83A 5OZ3A 1XS7D 2BB9A 5P57A 3S45A 4A6CA 3R1GB 1ZTZA 2V16C 3OU4A 8HVPA 5P07A 1HVLA 2HAHA 4YD6A 5P0RA 1GNNA 2WEBA 4Y44A 5P2GA 3O99A 5P1SA 4I0IA 1AIDA 3PWRA 4Y5BA 2QP8A 3INEA 5P7WA 5P32A 3UHLA 5P2TA 1HTGA 3QRMA 5P52A 2VA6A 2P3AA 2PSVA 4U7VA 5P4OA 5HDXA 4Y36A 5SXNA 2ZJHA 1GKTA 1ZAPA 5P28A 5B18A 2UXZA 4TVHA 4J0ZA 2NXMA 5OZWA 1SP5A 5P5BA 1T6GA 1RV7A 3JW2A 4ZIPA 5P6NA 2ZJLA 5P31A 4A6BA 3PLLA 5P0KA 3UDMA 5P0IA 3HW1A 5P2XA 3QS1A 4RVIA 5P1QA 2FXEA 4DUSA 1FKNA 1LYWB 3BXRA 5P0PA 3T6IA 3OXXA 5P0BA 2R38A 3RSXA 5P1IA 3UDRA 5P7KA 2F8GA 3T3CA 3U6AA 5SY2A 5OZ6A 5P7MA 1A9MA 1AJVA 5P4EA 1K1TA 4IVTA 5P7UA 2QD8A 3VYFA 3PB5A 2PH8A 2AZCA 2VIYA 1MTRA 1EAGA 3JVWA 4YCYA 4NPTA 4RCDA 4HDBA 2WF1A 5OZYA 5P8JA 2CENA 2O4KA 2Z54A 2BPZA 4EJDA 1XE6A 5IS4A 3C9XA 1ODYA 1KJHA 1HTFA 1K6PA 3SA5A 1K6CA 5P7YA 2HM1A 5P67A 3KT2A 5OZEA 4Y3SA 1HHPA 4AZYA 1C6XA 3QAAA 1VIJA 2IGXA 2HS2A 2APRA 1T7KA 5OYZA 3PM4A 1B5FA 4B70A 5P8NA 3PSYA 2WF3A 2IQGA 2VIZA 3SFCA 5I3YA 3B80A 4GJ9A 2QCIA 4Y4AA 3BVAA 3OOZA 4GJ5A 5P8GA 5P8RA 2WKZA 3QBFA 4WY1A 5P63A 5HE7A 2ZJIA 2IL2A 4AMTA 5KR2A 4GJBA 2Q54A 4FRSA 3CKPA 3SACA 2NMZA 2JE4A 1BBSA 5OZIA 2NMYA 1FFFC 4ZSQA 5P1UA 4L1AA 3OTYA 2VIJA 5P3KA 5OZ9A 3UDPA 1FQXA 4QJ7A 2I4DA 4J0TA 5P1EA 3NU9A 1ZP8A 1GVUA 2Q11A 3VEUA 1MT8A 3MWSA 5P1BA 4ER4E 2F81A 2J9KA 4I0DA 4OBZB 2ZJJA 3LPKA 3ER3E 3NDXA 5P2FA 1E80E 4TRYA 1LZQA 1RPIA 3LZYA 4CPUA 4BFDA 2QD6A 2O40A 5ENKA 4Y5LA 1SIPA 1CMSA 3KA2A 5P4SA 3INHA 3EKWA 1YM2A 1HPSA 4FSEA 5E5JA 5P3SA 3VF7A 1AAQA 5P3OA 3NXEA 1ER8E 2PSGA 5OZ7A 3PSUA 1MIQA 3LPIA 5P2HA 4YD7A 3BRAA 4RGHA 5P6FA 3SABA 5P80A 5P19A 4QJAA 3PMUA 5P25A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1M A;  1CZI E;  1EBY A;  3NWX A;  3L5E A;  4H3J A;  1LEE A;  3OQD A;  1D4J A;  2G1S A;  1ZJ7 A;  3KDB A;  2ER7 E;  5P7P A;  3SM1 A;  4FGX A;  5AH6 A;  3RU1 A;  4XX3 A;  5BRY A;  5P0L A;  5KR8 A;  5P44 A;  1G6L A;  3URI A;  5P3G A;  1HII A;  5OZO A;  2ZE1 A;  4Y5E A;  4J0V A;  2FXD A;  1K2B A;  5P72 A;  3L5B A;  4I0E A;  4N00 A;  4Z4X A;  3H5B A;  2RMP A;  1T3R A;  2NXL A;  5P13 A;  4J1K A;  3TOF A;  5P4Z A;  3PBZ A;  3I25 A;  2OHM A;  1W5Y A;  3N3I A;  1KJ4 A;  5P24 A;  3S53 A;  3R0W A;  2HPE A;  3Q5H A;  4GJ6 A;  5P8A A;  4ZLS A;  2QI1 A;  4A4Q A;  5P2A A;  3S43 B;  4J0Y A;  3NXN A;  1A8G A;  2HB2 A;  5P81 A;  2J9J B;  4X2L A;  4RYG A;  4ACU A;  3Q6Y A;  1ODX A;  1MSM A;  5OZ1 A;  4J1C A;  2AVM A;  4B0Q A;  3KM4 A;  1FFI C;  1GVX A;  5P2I A;  5P18 A;  2BKS A;  1EC1 A;  2QMP A;  5P2U A;  3EMY A;  3UQU A;  5P6Q A;  4WTU A;  1C70 A;  5C9B A;  1BVG A;  1DP5 A;  4QLH A;  3KDC A;  3WZ7 A;  3S54 A;  4RCF A;  5P8L A;  4S1G A;  3SKF A;  2ZHT A;  2VJ6 A;  1EC3 A;  5DQC A;  4Y4J A;  5P70 A;  3R4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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