1KJHA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjhA00
1HSHA 5EZXA 3KMYA 2QNPA 5P4TA 5P29A 5P8KA 5AH7A 3SPKA 2R43A 5ISKA 5P54A 4NPTA 5P5NA 3KM4A 2VIJA 2WF3A 1E81E 5OZTA 3T7QA 2G24A 3ZKIA 4HE9A 3LZUA 2H6TA 1GVXA 2NR6A 4PHVA 2F3EA 5P0LA 3PBZA 2QI6A 3NWQA 4Y3XA 1AAQA 5OZYA 5AHCA 2QHYA 2WF0A 1K6PA 1MT7A 1SH9A 5P6QA 1BV7A 1ZAPA 4EQ0A 2HS2A 2WEAA 4DFGA 4OC6B 1C70A 5HU0A 3K5GA 4DH6A 5BWYA 5OZCA 5P1NA 5OZEA 3INEA 3DK1A 4I11A 5P5BA 2NPHA 4EPJA 3LPIA 1OEWA 1A9MA 3QPJA 5P55A 2RENA 1MRWA 4Y5MA 3IGBA 2QD8A 1HPSA 5P7CA 5P8LA 4J1EA 5P49A 2ZYEA 1PFZA 4FAFA 5P6KA 3VYEA 1GVWA 2WF1A 5P6WA 1OEXA 2ZE1A 2QMPA 5P60A 5I3WA 5P3DA 3TKGA 4D89A 5P19A 4PZXA 2QZLA 3JVWA 5P1WA 7HVPA 5I3XA 2G22A 3VEUA 4GJ7A 5P06A 3ZKSA 4Y3DA 4LXMA 2OHMA 5KAOA 4F76A 4LP9A 2QI1A 1A94A 4CPWA 1RV7A 1XN3A 3OXCA 3OHHA 1U8GA 5P6UA 5P68A 5SXNA 4NJUA 1APUE 3GGAA 2ZJHA 2VS2A 4Q5MA 4Z4XA 1B6MA 5ENKA 1BXOA 2VNMA 5P39A 3OU4A 1FB7A 2RMPA 1BDRA 4Y5PA 1QDMA 5P8EA 1HVCA 3ZLQA 4APRE 4AZYA 5P76A 5C9FA 2ZJNA 5CLMA 4Y4XA 1EPME 5P22A 3LZVA 3HD8A 5P14A 4BFBA 3I6OA 5P0ZA 1QBSA 3S54A 4D83A 2VIZA 1F34A 3L38A 4J0YA 3KT5A 3UDKA 2V10C 3IVIA 3RU1A 3ECGA 3PEPA 4KB9A 1LYAA 5P0PA 3BHEA 1UH8A 5P8VA 5P28A 2WEZA 3SQFA 3PM4A 5OYWA 5P7OA 4OBJA 2UXZA 2AZBA 3DOXA 1T3RA 2HPEA 5P8IA 5P1HA 3NU9A 3KA2A 5P15A 3BUHA 1EC2A 1HEGE 1NPWA 2F80A 4R5NA 1SDUA 2IEOA 4TRWA 6FIVA 1D4KA 4DQCA 5P26A 3PMYA 4OBZA 4J0ZA 5P7XA 1IDBA 2ZDZA 5P3WA 1YTHA 3LIZA 3RTMA 1QBRA 4ZIPA 4J55A 2VA7A 5P3ZA 3O9DA 4NJTA 2FGVA 2AZ8A 4Y54A 3QVCA 5P6JA 4X2LA 2B8LA 1BDLA 5P7NA 4ER2E 4Y6MA 4Y4JA 5P87A 3TPPA 5P2XA 4CPRA 3EKQA 4FM7A 2XYEA 1MTBA 3BUGA 3OXVA 3OGQA 8HVPA 4Y43A 5P09A 5HVPA 5DPZA 4I0EA 4Y3GA 1NPVA 1W6IA 5P48A 1FQ6A 5P6OA 5P0EA 4Z2ZA 2AVMA 2BJUA 4AA8A 4Y5CA 1MRXA 1XS7D 3DCRA 3CICA 4B77A 1HOSA 3GI6A 3KDBA 3O9CA 5P05A 5HE7A 5P0AA 2Q15A 2J9JB 4H3JA 4Z22A 3VF5A 5P2ZA 3VSWA 2G21A 1HPVA 2ZGAA 2Z54A 1FEJC 5P5OA 5P3SA 1HVIA 1IDAA 1W5XA 5P2VA 3S2OA 4EHCA 1W6HA 1GVUA 2ER6E 3L5BA 5P38A 4GIDA 4YD5A 4GZFA 5I3VA 4A6BA 2CENA 2ZJLA 5IVTA 5P4GA 1KJ7A 1BWAA 4ACUA 1HTGA 4QJ2A 4YE3A 4Y3RA 3IN4A 5OYZA 3EL1A 3SKGA 5P5HA 2EWYA 4RCFA 5P3NA 3LPKA 5P46A 5P4RA 4EQJA 1DPJA 5OZWA 3OY4A 3KF0A 1LF2A 2AZ9A 3CIBA 4J1FA 1E80E 3WB4A 3OU1A 5DGWA 2ER0E 5AHAA 1VIKA 5P7QA 1ZPKA 2Q63A 5OZJA 1KJFA 5DR7A 5P31A 5P2KA 2NMYA 3BRAA 1LV1A 5P4ZA 4DJUA 3UQUA 1T7IA 3NU5A 1EPQE 3I7EA 2VIEA 4Y3JA 3OWNA 4Y4WA 3RSVA 5P2LA 2ANLA 2G1NA 5F00A 2ZHUA 1GNOA 4GJBA 4ER4E 5JFPA 2QHCA 1LYWA 3H0BA 4Y53A 1MPPA 5OZ0A 1HTRB 4RZ1A 1EC3A 1T6GA 1TQFA 2QI4A 2PYMA 5P18A 5OYSA 4EJDA 1EBZA 3SFCA 1M0BA 2B60A 5P8MA 1XL5A 2FDPA 1FGCC 1M4HA 5HE4A 1LF4A 5P69A 5P6MA 5P34A 3LNKA 3QN8A 5P32A 3UDHA 1HVHA 5P74A 3EM3A 1NSOA 5P33A 3EM6A 5P2OA 1AXAA 2UY0A 3LIVA 5P42A 5P7YA 3UDYA 2ZHVA 4MC6A 2ZJMA 5P7BA 3FKTA 5P3JA 5P51A 3ZKGA 5KQFA 5P00A 5P1GA 4E43A 4DJPA 2PSGA 5KOSA 5P4UA 4TRYA 4N00A 5P2SA 5P1TA 1BILA 5P3PA 1QS8A 4NKKA 2IS0A 3URJA 1FQ4A 4FAEA 1EPNE 5P1VA 4Y37A 3CKTA 4JECA 2G27A 2R3WA 4FGXA 2FMBA 3HLOA 1G6LA 3VV7A 1FMBA 1LS5A 1SIPA 2PMAA 5CONA 5P8FA 4YDFA 3S43A 1SGUA 4L1AB 2Q55A 3NR6A 5P1DA 5OZ1A 2BPVA 3L5FA 3ZMGA 1AIDA 2P3CA 5DR0A 2I4UA 5P65A 4I0GA 4DVFA 3K5CA 1Z8CA 3H5BA 3URIA 2QU3A 5P5QA 4HEGA 2PSVA 3QP0A 5IVQA 3UDPA 3L58A 4M8XA 5OZGA 4NJSA 1ODWA 4OBDA 5HU1A 5P7AA 4PEPA 4PZWA 4Y35A 3ZOVA 5P27A 5P7VA 1DIFA 2PYNA 2QMFA 5HTZA 1HTEA 5OZ6A 5P0CA 3UDNA 4GB2A 4JPEA 4FLGA 5P50A 2IKOA 5P1YA 5P0NA 5P5TA 4QJ7A 4B0QA 3DV5A 2NTRA 2JJIA 2BB9A 2FDEA 2QU2A 4Y4TA 4EP3A 3OAGA 4LAPA 4GJ6A 5P64A 1B5FB 4I0ZA 3ST5A 5ENMA 2VA6A 3L5CA 5P53A 4YBFA 3WZ7A 3OUDB 3TKWA 4DJXA 5FIVA 2Q64A 1BV9A 2V16C 2QZXA 3S56A 2BKSA 2AVSA 5DR4A 4EXGA 2R3TA 3KT2A 1HWRA 4YDGA 5P4PA 4Y38A 4ZSQA 4CP7A 4HDFA 1D4HA 5P1SA 1JLDA 2WHHA 2PQZA 3UFNA 3ER3E 4L7HA 5P8PA 3NXEA 5P35A 4Y4DA 4H1EA 1ZSRA 1ME6A 3WZ6A 1ZP8A 5P2AA 5KR2A 4ZPFA 2F8GA 3I25A 1W5VA 4J0TA 4DPIA 5C9BA 1E5OE 5P0JA 5P1FA 1MIQA 5P59A 5KR8A 2I1AA 5P0UA 1B6LA 5HDZA 5P5LA 3UQWA 5DQ2A 3N3IA 4RROA 5P8CA 5P4QA 3INFA 5P0HA 3VFAA 3UDMA 3R2FA 2OHPA 1A8KA 4YD3A 4JPCA 1K1UA 1NPAA 3TL9A 3ER5E 5OZRA 3BVAA 5P8UA 3D20A 3MXDA 4HDBA 1HIVA 2BQVA 3WZ8A 5P5SA 3ZKXA 5AGZA 3OADA 5P3OA 1ZBGA 2IRZA 2G1OA 4Y3YA 4RVIA 5EZZA 2HB3A 2P83A 1AM5A 2NMZA 3D3TA 4H3FA 3K5DA 4Y5AA 5P17A 1XE5A 3OXWA 4DV9A 5P77A 2QZWA 1HVLA 4L6BA 2WF2A 3QRMA 1YM2A 5OZOA 4TVHA 3HAUA 3S53A 3URLA 2I4WA 3EXOA 1C6YA 5P0VA 3EBZA 5P52A 3Q6YA 5HDVA 4OBGA 6UPJA 5B18A 5P3BA 5P0TA 3UQPA 1CMSA 1RNEA 4AA9A 4J1IA 5OZ9A 2QNNA 1META 1K6TA 3ZPUA 5P5UA 3L5EA 4GJAA 2PSUA 1MVPA 2QI0A 1EBKC 1AZ5A 5P1CA 2QD7A 4EJLA 1G2KA 5OZ5A 2FXDA 1EPLE 3F9QA 1BVGA 2PK6A 5P70A 3QI1A 3RVIA 4R95A 1TCWA 5P8OA 1VIJA 4YOBA 2IGXA 3IXOA 2WECA 1LYBB 3CKRA 5P6TA 5APRE 3SA3A 4CPXA 3SACA 3R0WA 1CPIA 1KZKA 5OYVA 4K8SA 3R1GB 3PVKA 5P02A 4WY1A 2RKGA 3B80A 5KR0A 4Q1XA 1AJXA 2AQUA 1RL8A 5P80A 5P73A 4QJ6A 4OBHA 3T3CA 2G20A 3APPA 4B1EA 1ZTZA 4Z50A 3DJKA 3UQRA 2HB4A 3D1XA 5P3AA 3S7MA 2P3BA 5P4VA 5OZFA 1TSUA 2HS1A 1FF0C 5P23A 4B78A 1FG8C 3OQDA 4WTUA 5OZIA 3K4VA 2BBBA 2FXEA 5P3HA 5P5CA 5P58A 1SIVA 5P1BA 3FIVA 1T7JA 4XX4A 3UDJA 4ACXA 4Y56A 2JJJA 3FNTA 4CMSA 5P1XA 5P7KA 4HDPA 4U8WA 4TRZA 5P1OA 4XKXA 4Y4GA 3PCWA 4RLDA 5P20A 4YD7A 1J71A 1PPKE 3BGCA 3UCBA 5COOA 5F01A 3QS1A 3VF3A 5P3MA 5P6NA 3O99A 5P5JA 2BPZA 3NWXA 4I0DA 4Y50A 3MXEA 2AVVA 1HXBA 3SA6A 3GI4A 5P45A 4DQFA 1YTGA 4Q1WA 5OZQA 5P08A 4LBTA 4YCKA 3GW5A 2SAMA 3INDA 5TOLA 1T6EX 2OHTA 3RSXA 5IVRA 3IA9A 4EXHA 2PC0A 2QMDA 1YM4A 2BPXA 5P83A 4YBIA 4RVXA 5P7LA 4UPJA 5P71A 1G0VA 4L1AA 3O9GA 1DW6C 4J0VA 1TCXA 5P4AA 5P79A 1HEFE 3Q5HA 4F75A 5OZSA 3FX5A 2G1RA 4BELA 1SDVA 3GI5A 5OZNA 4Y4AA 1XN2A 5SZ9A 1FFFC 3OUCA 5P2IA 2QD6A 2V12C 5ISJA 4YD6A 3NUJA 5AH6A 5P1ZA 1ER8E 5OZUA 5P1EA 2O4PA 3N4LA 5HD0A 5P0BA 5P7IA 3SABA 3SA5A 4J1CA 1FFIC 5HDXA 2RKFA 3PI5A 5P11A 5P4LA 9HVPA 4CPTA 3TOGA 4CPSA 3LINA 4FRKA 4Y9WA 3OU3A 4Q1NA 3T6IA 5P1PA 2VNNA 4DJQA 1HBVA 4OD9A 3VG1A 1PSNA 4Y44A 1SDTA 4Y51A 1FQ5A 2QNQA 4MC1A 1G35A 2I4VA 4Y3WA 5P5ZA 5P4CA 3RTNA 3DUYA 1C6ZA 1APVE 5P1QA 4JOOA 5P3CA 5P84A 2B42A 4ZSPA 1E82E 1FKNA 4RRNA 3NSHA 4Y5BA 1A8GA 3TNEA 1EC1A 1EAGA 2IL2A 3DV1A 5P6RA 5HCOA 3UQXA 5P4EA 4PPHA 3OQFA 5T4SA 5OZMA 5P8JA 3M9FA 4HZTA 3ZL7A 1HHPA 3S7LA 4AMTA 3U71A 5P75A 3KDDA 4Y3AA 5P1KA 1PSAA 3VLBA 1EPRE 4X7IA 2OHUA 3OU4B 1FQXA 2NXDA 1NH0A 3TPRA 2FDDA 3HAWA 5P2WA 3EKVA 5OZ4A 3VYFA 2HAHA 4Y47A 5P3EA 5P4XA 5P0GA 1UH7A 4I12A 4Y3QA 4DJYA 1PPME 3SLZA 1SBGA 3IAWA 4GYEA 1LYAB 4ER1E 2VIYA 5P4DA 5P04A 3QIHA 5P7EA 5P4YA 5P12A 2CEMA 3QRSA 5P0DA 5P1MA 2FLEA 1YTIA 3IXJA 1IZEA 3MSLA 5DQ4A 4MC9A 5P5MA 5P1AA 4RCDA 3KFNA 4DUSA 3HBOA 2QCIA 1KJ4A 4GJ5A 4B05A 3INHA 2AODA 4YHQA 4Y3EA 2Q54A 1M43A 1IBQA 2AZCA 5P1JA 3UF3A 4Y3SA 5P61A 2G94A 4OBZB 5P2RA 3G72A 2J9KA 4OC6A 1RQ9A 5P78A 4J0PA 4Y5KA 4D88A 5P3GA 2NXLA 4KE1A 1IVPA 3AIDA 3OOZA 5P4KA 3ZKMA 2WEDA 2QP8A 3O9AA 1EBYA 2I4DA 3EC0A 5P6GA 3O9LB 2MIPA 2G26A 4Y41A 3KFRA 3UDQA 3EL0A 1MSMA 1HXWA 2VJ9A 4D85A 4YA8A 3NXNA 3QVIA 1D4SA 1FQ7A 4IVSA 1BXQA 2VA5A 4Y4EA 1MSNA 2APRA 1UH9A 4B1CA 5P4NA 1DMPA 2F3KA 2PH8A 1FMXA 2JE4A 5P57A 1DP5A 3APRE 5P5YA 5P6CA 3CMSA 5P2TA 4J1HA 5P5AA 4FRSA 3TH9A 4BFDA 2RSPA 4DJOA 4KE0A 2R5QA 2O4KA 4IVTA 2HB2A 5P72A 5P41A 4A6CA 2G1YA 1K2BA 3OQKA 5DGUA 3VUCA 1TZSA 5P6PA 1K6VA 5P6DA 3KFSA 5P1RA 3PGIA 1W50A 5OZAA 5P0SA 2V13A 3R0YA 4J17A 5P07A 3S45A 4LXKA 4ZSRA 1ZPAA 1ODYA 4J5JA 1YG9A 1RPIA 3SO9A 2PK5A 3PCZA 3CYWA 1BIMA 2JXRA 1GVVA 3S85A 1GNNA 4U7VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSH A;  5EZX A;  3KMY A;  2QNP A;  5P4T A;  5P29 A;  5P8K A;  5AH7 A;  3SPK A;  2R43 A;  5ISK A;  5P54 A;  4NPT A;  5P5N A;  3KM4 A;  2VIJ A;  2WF3 A;  1E81 E;  5OZT A;  3T7Q A;  2G24 A;  3ZKI A;  4HE9 A;  3LZU A;  2H6T A;  1GVX A;  2NR6 A;  4PHV A;  2F3E A;  5P0L A;  3PBZ A;  2QI6 A;  3NWQ A;  4Y3X A;  1AAQ A;  5OZY A;  5AHC A;  2QHY A;  2WF0 A;  1K6P A;  1MT7 A;  1SH9 A;  5P6Q A;  1BV7 A;  1ZAP A;  4EQ0 A;  2HS2 A;  2WEA A;  4DFG A;  4OC6 B;  1C70 A;  5HU0 A;  3K5G A;  4DH6 A;  5BWY A;  5OZC A;  5P1N A;  5OZE A;  3INE A;  3DK1 A;  4I11 A;  5P5B A;  2NPH A;  4EPJ A;  3LPI A;  1OEW A;  1A9M A;  3QPJ A;  5P55 A;  2REN A;  1MRW A;  4Y5M A;  3IGB A;  2QD8 A;  1HPS A;  5P7C A;  5P8L A;  4J1E A;  5P49 A;  2ZYE A;  1PFZ A;  4FAF A;  5P6K A;  3VYE A;  1GVW A;  2WF1 A;  5P6W A;  1OEX A;  2ZE1 A;  2QMP A;  5P60 A;  5I3W A;  5P3D A;  3TKG A;  4D89 A;  5P19 A;  4PZX A;  2QZL A;  3JVW A;  5P1W A;  7HVP A;  5I3X A;  2G22 A;  3VEU A;  4GJ7 A;  5P06 A;  3ZKS A;  4Y3D A;  4LXM A;  2OHM A;  5KAO A;  4F76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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