The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
NNKQYELFMKSLIENCKKRNMPLQSIPEIGNRKINLFYLYMLVQKFGGADQVTRTQQWSMVAQRLQISDYQQLESIYFRILLPYERHMISQEGIKETQAKRI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
Transcription regulatory protein ADR6
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| total genus |
19
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C20 A; 2OEH A; 1IG6 A; 2JXJ A; 1KKX A; 2KK0 A; 1KN5 A; 2LM1 A; 5CEH A; 2JRZ A; 5K4L A; 4LJX A; 2CXY A; 2EQY A; 2LI6 A; 2YQE A; 2EH9 A; 1KQQ A; 2RQ5 A; 1RYU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M9O B; 2DQN B; 2L5Y A; 2OYY A; 2WB1 F; 3KHH A; 1N61 A; 9ICU A; 2PMZ F; 3LWM A; 1HUO A; 2OHF A; 1RYR A; 2N1R A; 1L6N A; 4RNN A; 5AI0 A; 3C2L A; 2LBO A; 4UB8 U; 1ZET A; 5EOZ A; 2VA3 A; 4MEX A; 2C2D A; 4DL6 A; 3RJJ A; 4EEL A; 4F5Q A; 3QNM A; 3UXN A; 2OXO A; 3WK9 A; 4P4P A; 2H3F A; 5G5H A; 1CI4 A; 8ICX A; 1BPZ A; 3RRG A; 4DSK A; 4UBB A; 4ECZ A; 3D2S A; 2BDU A; 2JH7 A; 2LM4 A; 3RH5 A; 5AM1 A; 4YR2 A; 5BOL A; 4RU9 A; 3T5L A; 2F2A B; 3QEA Z; 2MUT A; 3RR8 A; 4C4R A; 3ALR A; 3GU3 A; 3QU9 A; 4YP3 A; 2F8K A; 1ZQP A; 5ALM A; 3UPQ A; 2DGZ A; 4ECQ A; 3F2D A; 2NV3 A; 1V9P A; 1X9X A; 3IP4 B; 4QZF A; 3C21 A; 5A0L A; 2HVI A; 2JHD A; 4ELT A; 1U47 A; 4RT2 A; 2XIC A; 4ED7 A; 5KFM A; 4GIB A; 1ZQE A; 4QZB A; 1MQ2 A; 2HDO A; 2HMX A; 3QUT A; 4OCZ A; 5J0Q A; 3RBE A; 9ICH A; 4Y2X A; 1JX4 A; 1SL0 A; 4RPZ A; 7ICK A; 4NXZ A; 2E8O A; 4KMU A; 3WKB A; 3IV6 A; 5J0P A; 3T5J A; 4YR3 A; 1IV8 A; 1ZQZ A; 1L3V A; 3ISC A; 1NNL A; 5DGA A; 1SL2 A; 4JWN A; 3F2C A; 2MSN A; 3V72 A; 2W9B B; 7ICV A; 4DL3 A; 2FDR A; 1UA0 A; 4OJ6 A; 2WTF A; 3V7J A; 1L3T A; 2IOH A; 2RDJ A; 3WK4 A; 5KFQ A; 2W55 A; 4KX5 A; 1T94 A; 2ZIX A; 2K4E A; 4RQ2 A; 4M04 A; 2KJ9 A; 1ZQX A; 3E0F A; 8ICJ A; 2Y0S C; 4MHV A; 1JMS A; 1N63 A; 4BJQ A; 2F1H A; 2GLE A; 4F5O A; 1L7M A; 2V9W A; 1Y88 A; 1NK4 A; 1RZT A; 9ICB A; 4J9N A; 2K8B B; 5J2J A; 3JPS A; 1BPY A; 3GIJ A; 3N7S C; 5B5E U; 3B0Y A; 1JAL A; 1S0M A; 1QQ6 A; 1ZJN A; 5KFJ A; 3SMV A; 1QSS A; 4J9S A; 2ESE A; 4Q45 A; 4M6W A; 2XC9 A; 3CYM A; 3SI8 A; 1BGX T; 4UAW A; 4R8U A; 2XID A; 3NUQ A; 2VIX A; 3SQI A; 3THV A; 1ZD4 A; 3CRX A; 2P6R A; 4JUZ A; 1NZB A; 3EZ5 A; 3KZI U; 4FZN A; 2W9C B; 4DQS A; 3L4P A; 2MU2 A; 2FLL A; 2ES6 A; 2WB1 C; 8ICP A; 4I2B A; 1L7P A; 2PMZ C; 2VA2 A; 9ICK A; 1ZJM A; 9ICN A; 3N28 A; 2EH9 A; 5AM4 A; 4M9L A; 1PK1 B; 5ALK A; 4DFD A; 2FLN A; 1N2X A; 1O08 A; 1PK3 A; 4M9G A; 2E1F A; 4LZD A; 4Y2P A; 4YXJ A; 1RYS A; 2XGP A; 2G06 A; 4RQ0 A; 4MF2 A; 4PL2 A; 3NVV A; 5AKG A; 3DEE A; 1NOM A; 1Z1V A; 4ECS A; 5DBA A; 3H0M B; 5HHI A; 2BHN A; 4YMO A; 4DCC A; 1FFU A; 3UMB A; 5G5G A; 7ICE A; 3LDA A; 9ICM A; 5CJ7 A; 4R66 A; 1JN3 A; 1CEZ A; 2E5S A; 4QZ9 A; 4OJL A; 5AK4 A; 4Q8E A; 9ICJ A; 4B9V A; 3HJE A; 3RJF A; 1ZRM A; 4NY8 A; 2ZIW B; 1XSP A; 3HKZ F; 2JMG A; 1K5O A; 3ETL A; 3SZ2 A; 4KLE A; 5D4B A; 2KD1 A; 4P4O A; 3QX7 A; 5AKJ A; 5DQG A; 2BCV A; 1LKY A; 2PFN A; 5AI6 A; 8ICI A; 3TFR A; 2B6G A; 5ALS A; 4O9M A; 2W43 A; 3H0L B; 2W3S A; 4QZC A; 2ZIV B; 2Y9U A; 2E1E A; 2YB1 A; 3IG5 A; 5DG8 A; 4B9L A; 3GII A; 3D6J A; 4UB3 A; 4F50 A; 4J9R A; 1Q8K A; 4P0P A; 2WF7 A; 4DLE A; 7ICG A; 1Z3E B; 2EZZ A; 4DF8 A; 3FM9 A; 2Q0Z X; 1KFD A; 2IHM A; 4YMM A; 5DBB A; 4GC6 A; 2DBY A; 3N7P D; 2FMQ A; 1Q3U A; 2BCU A; 4F4X A; 4GLX A; 5IIJ A; 3ZDC A; 4KLL A; 2LI6 A; 1SZP A; 3GQC A; 3RJE A; 2DWQ A; 4YXM A; 1RYU A; 3HIL A; 4F71 A; 5J8Y C; 1IG6 A; 1T7P A; 2IMW P; 3H8S A; 4UAT A; 3RAX A; 3RH4 A; 3PO5 A; 1ZQH A; 2IHN A; 1ZQM A; 1SV4 A; 4JB3 A; 3C5F A; 1VJ5 A; 3EUB 2; 1COO A; 1XSL A; 4NLN A; 5DQI A; 4QZD A; 2IBK A; 4UAY A; 4RQ6 A; 5HHH A; 2J6U A; 3NRW A; 1B0X A; 4ED6 A; 1CRX A; 3PR5 B; 4MFC A; 4NL9 A; 4C7Y A; 3Q8M A; 2QAR A; 4RQN A; 1TVA A; 4UAS A; 2A1J B; 1KFT A; 2W54 A; 3AMZ A; 1SXE A; 1Z00 B; 3MR3 A; 4GC7 A; 2ZIU B; 2RLT A; 5AK3 A; 2G07 A; 3BQ2 A; 2CXY A; 3MDA A; 7ICL A; 1F0M A; 3IRU A; 3T5K A; 5TIS U; 5L1K A; 2IOF K; 3BDP A; 3GZF A; 1U4B A; 2FLP A; 7ICU A; 2JGA A; 1ZQR A; 5J0R A; 4I2F A; 2JZB A; 3M6Z A; 4ED1 A; 3H7I A; 3QUB A; 1TAU A; 1TKD A; 3AQE A; 4OJO A; 3PR4 A; 9ICX A; 3WKD A; 4O5C A; 1S0N A; 4JV2 A; 4KLI A; 1TFR A; 1N5W A; 1X2I A; 2ZIW A; 3KBB A; 5DB9 A; 2QKQ A; 4JWM A; 3BJY A; 5KG4 A; 2BPF A; 8ICU A; 4F2S A; 4C7Z A; 8ICO A; 3UM9 A; 4JK1 A; 1RG6 A; 4Y2Y A; 5F9L A; 1X6J A; 1ZQ1 C; 3Q8Q B; 2D6F C; 1B22 A; 3PW4 A; 3RFA A; 2KSO B; 4EZ9 A; 3MFH A; 4YCX A; 2ZIV A; 1S0V A; 2BQ3 A; 4YR0 A; 4DS4 A; 3HPO A; 2W8L A; 5KFF A; 4Y2Q A; 2OM6 A; 2P66 A; 3LYS A; 4J9Q A; 4QWD A; 3HP6 A; 5HR7 A; 2HHQ A; 3KHG A; 1F5S A; 3PW5 A; 4KX3 A; 3SYZ A; 2F77 X; 3NGD A; 5HNK A; 1NK8 A; 2Y9T A; 9ICE A; 3OHB A; 5DDM A; 1RQL A; 4F5R A; 4DFP A; 3HKZ C; 4HYK A; 2AQ4 A; 4B6J A; 2AGO A; 1JRP A; 5KFA A; 3N4M B; 5H2F U; 2H3I A; 4P0Q A; 1EXN A; 2QLT A; 3T79 A; 4Y2V A; 4R63 A; 3MR2 A; 4ZH4 A; 4QZ8 A; 4DSJ A; 1QTM A; 3QEB Z; 4NLB A; 4F2R A; 1KBU A; 3NS1 A; 7ICN A; 2D3D A; 3FC4 A; 2H5X A; 1C20 A; 3AU6 A; 3S6J A; 2WF9 A; 1BNP A; 4BXO A; 1ZQL A; 2KIC A; 4QNL A; 1S8O A; 5J0O A; 3JPT A; 1HUZ A; 4DQQ A; 4J9M A; 4PHP A; 5J2E A; 2DPI A; 3L5K A; 3AUO A; 5FP0 A; 2XY5 A; 1XO1 A; 3H8M A; 7ICP A; 2OH2 A; 2W8K A; 1DXS A; 2ASL A; 3SV4 A; 2LHT A; 2CN1 A; 3QZ8 A; 2ZIX B; 3K1Z A; 4QW9 A; 3C23 A; 2K8C B; 1ZQJ A; 3N97 B; 3OJU A; 1ZQA A; 4PH5 A; 3NVZ A; 1COK A; 3MFI A; 5AI5 A; 3RJH A; 4I2J A; 4YQW A; 1QQ5 A; 8ICV A; 4IQU A; 1IM4 A; 3QYP A; 1XU4 A; 4UB2 A; 3SEN A; 4DFK A; 3NTU A; 8ICG A; 5CP2 A; 3M8R A; 5KT5 A; 1KSP A; 3NVW A; 2KSO A; 3HWT A; 4GXI A; 2YMP A; 5AKI A; 1SV0 A; 4M6W B; 1VLB A; 2C28 A; 3KKA A; 7ICJ A; 2KIW A; 2PFO A; 1JXE A; 2HBK A; 4R8U B; 2KZZ A; 1RPL A; 1PUZ A; 2F76 X; 2EQY A; 3G6V A; 1VDV A; 4KLS A; 2LYB A; 4Y2R A; 1KQQ A; 4ED8 A; 5KFR A; 4DWI A; 1X9W A; 1J2M A; 3VCB A; 4O5K A; 4LZG A; 1J2N A; 1JRO A; 4EX7 A; 1HJP A; 1H38 A; 1NJY A; 5AK6 A; 2I6X A; 3RTV A; 3AL0 B; 2FJ6 A; 1MN8 A; 2DF4 B; 2AGQ A; 2ASJ A; 3K4G A; 4US9 A; 4RNM A; 2WF5 A; 2MRL A; 2BCS A; 5DLG A; 1L8L A; 4RQ3 A; 4DFJ A; 1NK7 A; 2ZTD A; 1QSY A; 4F4K A; 4DOB A; 3V6K A; 1DGJ A; 5T14 A; 2G08 A; 5BPC A; 4M9N A; 2D8C A; 4MFA A; 1A6S A; 1N56 A; 2NRZ A; 1JUD A; 4FS2 A; 4RQ4 A; 5KT6 A; 3IM1 A; 1ZOL A; 2FE9 A; 3PW7 A; 3MBY A; 4KLD A; 3M1Y A; 4B9U A; 3SEI A; 3VC8 A; 3I28 A; 2HVH A; 4FS1 A; 5HR6 A; 2ZJ8 A; 4RQ5 A; 4QWA A; 2BPC A; 4HAI A; 2E8M A; 9ICI A; 4QZG A; 2UVV A; 3MGV A; 5KFX A; 8ICL A; 7ICR A; 2R8J A; 4XQ8 A; 4QJF B; 5KFI A; 4FO6 A; 9ICP A; 5IIO A; 2KVC A; 3EPG A; 3I1Y A; 1SGG A; 4C8N A; 3M9M B; 1ZXI A; 4YVZ A; 4M9J A; 4Z6F A; 5CRX A; 4RQM A; 2WF8 A; 4IQT A; 5JU5 A; 5K4L A; 1LKY B; 3TAC B; 2W7O A; 5J2A A; 4O5E A; 1UQV A; 5JUM A; 1A77 A; 2OEH A; 4CF3 A; 3A0H U; 1ZQD A; 4DQI A; 5ALD A; 3C2K A; 4P0P B; 5J0X A; 5DDY A; 4CDG A; 3E2E A; 4ZOH C; 5EE0 A; 3ZDA A; 3PML A; 5ALZ A; 4I27 A; 2LMR A; 2W9M A; 3TKA A; 3WU2 U; 4Y2U A; 1BPE A; 5KL1 B; 2IA6 A; 1V85 A; 1T8E A; 2AJQ A; 1DK2 A; 2R8K A; 5AM5 A; 5D49 A; 5L1I A; 4R64 A; 1ZD2 P; 4IRD A; 2YML A; 8ICW A; 1SXD A; 5ALP A; 1Q46 A; 5KFK A; 4DFM A; 3LK9 A; 1QQ7 A; 1NK0 A; 2GWS A; 3OSP A; 5KFG A; 9ICC A; 5CHG A; 2I9G A; 1A76 A; 4KN7 A; 1KRP A; 2HOF A; 1Z4N A; 3OHA A; 2J6S A; 3Q8P B; 1ZQN A; 5ALY A; 2XY6 A; 4BWJ A; 4QWE A; 2YN4 A; 1T4G A; 3F53 A; 2K4H A; 5ALT A; 5L1L A; 2VJ5 A; 1N62 A; 2RP5 A; 3WKE A; 4UAU A; 1K1S A; 2ZG6 A; 5CR0 A; 4KLJ A; 3D2N A; 2QAR B; 4PJ0 U; 5KFB A; 2EDU A; 4M47 A; 3H4B A; 4J03 A; 4EYI B; 9ICL A; 3MAB A; 1WG8 A; 3QUQ A; 2KJ8 A; 3ICX A; 5KT4 A; 3TAP A; 4KLT A; 5L1J A; 4ECU A; 5KG5 A; 3OTQ A; 4NM1 A; 3AEV A; 3GIL A; 5ALG A; 2VA8 A; 2V4Q A; 2JZB B; 2KOB A; 3C2M A; 4USA A; 5KFE A; 2H3Q A; 3Q8S B; 1S97 A; 2Z7J A; 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3D2Q A; 4UB5 A; 4MEY A; 2HSZ A; 2YQE A; 7ICI A; 1ZQB A; 3Q8R B; 2G5I B; 5JTI A; 3QU7 A; 4DLG A; 4E0D A; 1ZD3 A; 1AQ6 A; 4ECY A; 4Q43 A; 1ZYQ A; 1A0P A; 3HT3 A; 5AI4 A; 2YTU A; 4PZN A; 3PMN A; 4DS5 A; 1IXR A; 4UB1 A; 3H8W A; 2QB1 A; 4C4T A; 2GOL A; 4Z6D A; 8ICR A; 4CGZ A; 4EX6 A; 1ZRN A; 1QH9 A; 3PX0 A; 1L7N A; 3GIM A; 2DKZ A; 2PI5 A; 3ZDE A; 1KFS A; 2ATL A; 4I2D A; 1ZQO A; 3PW0 A; 4JV0 A; 4DF4 A; 4ECV A; 4TUP A; 2K8A A; 2W9A A; 4LVS A; 4QZI A; 3M7D A; 1WCN A; 1KLN A; 2A1A A; 1UPH A; 4BWM A; 4MFF A; 5KTQ A; 4DL2 A; 2HW3 A; 4DQP A; 1JI7 A; 7ICH A; 5KG6 A; 1PVQ A; 1NK6 A; 1QSL A; 4P4M A; 3IDW A; 4AYB F; 2EZY A; 2RQ5 A; 1NKB A; 5AIC A; 5ALL A; 3NAS A; 3AQF A; 2JV3 A; 2UVR A; 2KJ5 A; 2ZTC A; 1YZ6 A; 4GXJ A; 2XI9 A; 5F3X B; 3BQ7 A; 2B21 A; 3TAD A; 5KFT A; 5ALW A; 2C2R A; 3J81 j; 1FIQ A; 5AKE A; 3GDX A; 2JXJ A; 3MGH A; 1KL9 A; 1XO0 A; 3SAG A; 5KT3 A; 1NZP A; 4YD1 A; 3C29 A; 4OJP A; 2WAQ F; 4O3R A; 4O3M A; 4KLH A; 2E8P A; 4DOA A; 3BS5 A; 1OUQ A; 1S5L U; 4ACO A; 4K4G A; 5KFZ A; 4Z6E A; 1SL1 A; 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