1KNIA

Stabilizing disulfide bridge mutant of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kniA00
2O7AA 3SB8A 3HTGA 150LA 1L48A 1LYIA 1L98A 3SN6R 3F8VA 217LA 1L19A 1G06A 3PDSA 3OE8A 1LI6A 3RUNA 1DYAA 224LA 168LA 1L32A 1G0JA 2LZMA 1L38A 1KW5A 169LA 3K2RA 1C6IA 1CU3A 245LA 1OWYA 1OVHA 1C6HA 3PBLA 1L62A 2RAZX 4K5YA 4EJ4A 4DKLA 140LA 185LA 1CV6A 3HDFA 123LA 3NY9A 226LA 1L93A 2F2QA 156LA 1PQIA 3C80A 1P2LA 3C7ZA 1L29A 1L09A 4I7KA 247LA 244LA 1L06A 1L08A 1L67A 1L45A 1L83A 1L11A 1P56A 120LA 1L31A 1C68A 4LDOA 1L33A 3GUOA 1L14A 3DN2A 3FADA 1L85A 162LA 145LA 2Q9EA 1T8FA 1L55A 1C67A 1L88A 1CTWA 1QT3A 1QUDA 1SSWA 2OEAX 3C8QA 3G3WA 137LA 1L86A 257LA 2O79A 4ARLA 3V2YA 1QUHA 4DAJA 1CVKA 252LA 1LW9A 1T8AA 3L64A 1G0LA 1L94A 1L44A 3UONA 3HT8A 246LA 225LA 4I7SA 152LA 1G0GA 3GULA 4EKPA 4EPFA 3C8RA 177LA 1C60A 1WTHA 3DMZA 1KY0A 3SB6A 2B6XA 2RB1X 188LA 3EMLA 1LI3A 1JTMA 4EPIA 1QUOA 261LA 1L61A 110LA 1LGWA 3D4SA 2B72A 4I7OA 2HULA 161LA 1CV5A 1L04A 3HH5A 1C6JA 2Z6BA 1C6AA 1L18A 1KW7A 1T8GA 4EXMA 144LA 1CU5A 174LA 2NTGA 2RBQA 1B6IA 251LA 1L66A 2OU9A 1C6LA 230LA 1SWZA 1QTZA 4PJZA 1L99A 239LA 1C6CA 3HH6A 1L56A 1L90A 1L77A 1TLAA 1L58A 1L75A 198LA 3DN6A 4W59A 1D3NA 1DYEA 1D3FA 4LDEA 248LA 222LA 4YX7C 4S0WA 3CDRA 1LYFA 1P5CA 205LA 2OE9X 108LA 112LA 235LA 1C62A 1C6FA 254LA 1LYGA 4I7PA 1L21A 1C6TA 3OE9A 143LA 1LYJA 3FA0A 4EKRA 3GUNA 1QTHA 199LA 1L64A 1L76A 1DYDA 1L07A 1L59A 3C7WA 221LA 2RB2X 4ARQA 1L65A 250LA 172LA 3HUKA 3DNAA 242LA 2B73A 1JTNA 220LA 2RH1A 109LA 1G1VA 1T97A 2OTZX 3HU8A 1PQDA 2OTYX 213LA 1QT7A 1C6PA 229LA 5LZMA 4ZPUA 111LA 218LA 1L46A 1P37A 3SB9A 219LA 1QT6A 176LA 2B6YA 1KNIA 232LA 160LA 1QS5A 3C83A 128LA 1L12A 1ZWNA 196LA 1XJTA 180LA 3HWLA 1L54A 118LA 1G0QA 2LCBA 166LA 1CV0A 3HH4A 2IGCA 2RAYX 1C6MA 1D2WA 1L13A 1L16A 1L49A 258LA 104LA 233LA 228LA 249LA 195LA 243LA 3NYAA 3HT7A 187LA 1L05A 2F47A 1PQMA 170LA 1C6DA 4EKQA 1L60A 262LA 2B6TA 147LA 164LA 3C82A 4LDLA 1L00A 1JQUA 3OE6A 1ZYTA 1L26A 2LC9A 1L74A 2ANXA 3HUQA 197LA 129LA 1L79A 4PK0A 1OWZA 1L0KA 3HT9A 183LA 255LA 1XEPA 1L69A 103LA 1P7SA 1P6YA 200LA 2B6ZA 1D3MA 1L34A 1L68A 238LA 1SSYA 1L47A 1L71A 1C6GA 1C61A 4W56A 1NHBA 4W58A 1G0KA 1LYEA 4ARQB 1C6BA 1PQKA 1L63A 107LA 3NY8A 1L20A 4ARMA 3C8SA 191LA 240LA 1QSBA 102LA 3JR6A 3CDVA 122LA 114LA 241LA 1G1WA 6LZMA 1OYUA 4I7NA 2RBOA 4OO9A 4W54A 131LA 1P2RA 158LA 1L41A 1G0PA 237LA 1L43A 2F32A 1QTVA 1L40A 3DN1A 139LA 3HH3A 4I7QA 1L30A 1ZURA 1QSQA 2OU8A 190LA 3HTDA 1L57A 1I6SA 1XJUA 1L23A 210LA 1LPYA 3L2XA 7LZMA 1DYFA 1PQJA 3CDTA 4DJHA 1D2YA 1L0JA 1SX2A 1L84A 2OU0X 175LA 1C6QA 146LA 186LA 113LA 3C7YA 3DN4A 4EKSA 2Q9DA 184LA 1L15A 4YXCA 4E97A 3QAKA 1L24A 1LYDA 256LA 3DN3A 1LWKA 3G3XA 1L92A 236LA 1D3JA 3GUIA 2RB0X 2RBRA 1L02A 1L95A 3GUKA 201LA 211LA 167LA 1L72A 1LWGA 4W55A 1C6NA 1L52A 3VW7A 4YXAC 2RBSA 1L10A 2B74A 3SBAA 253LA 1L36A 3DKEX 3SB5A 115LA 223LA 155LA 1C69A 1DYBA 3LZMA 4I7LA 209LA 1P3NA 4W52A 1SWYA 1OV7A 1L51A 4ARMB 4W53A 2QARC 1P64A 1QTDA 1L28A 1L96A 2RBNA 231LA 1L80A 1L42A 2QB0B 3ODUA 1L01A 1CV3A 3C81A 1T6HA 3SBBC 3HU9A 1L73A 1L39A 2B70A 212LA 2OE7X 1OV5A 1L87A 1QT8A 1K28A 2B75A 3CDQA 1L70A 1D9WA 1L17A 1LLHA 4I7MA 5I14A 141LA 1C66A 126LA 3GUPA 1CU0A 2HUMA 1L97A 2B7XA 215LA 1C64A 3HUAA 4ARPA 148LE 1L25A 1P46A 3CDOA 4I7RA 1G0MA 157LA 1LGXA 2A4TA 3FI5A 2ANVA 1PQOA 1CU2A 1L53A 149LA 165LA 4I7TA 3RZEA 1L81A 1CU6A 1CX6A 3HDEA 3V2WA 1C65A 2L78A 3GUMA 127LA 173LA 1L37A 4I7JA 3GUJA 1QS9A 159LA 3DN0A 260LA 3DMXA 2HUKA 1L50A 2RBPA 227LA 2OE4X 4LZMA 171LA 214LA 119LA 1L27A 2NTHA 163LA 4GRVA 1EPYA 1CV1A 189LA 1DYGA 1OVKA 1QTCA 138LA 3SB7A 1LGUA 182LA 1CX7A 1QTBA 125LA 1CUPA 1L35A 1L22A 2B6WA 1L91A 1LI2A 1L82A 1KS3A 1QT4A 1C6KA 2CUUA 4W51A 1QT5A 181LA 3DN8A 3DMVA 1OVJA 1G07A 4W57A 3HT6A 2O4WA 1KY1A 1SX7A 178LA 1L89A 1P36A 1LYHA 1QUGA 3F9LA 216LA 4ARJA 3OE0A 151LA 4GBRB 130LA 3HTBA 1CV4A 4AQNA 192LA 1C6EA 1L03A 3HTFA 1CUQA 4IAPA 142LA 1DYCA 3G3VA 234LA 206LA 1C63A 259LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O7AA 1ZV5L 1LSYA 1L98A 3SN6R 3WVYA 1XGQC 1L19A 224LA 168LA 1L32A 1PS5A 2LZMA 3ZVQA 1L38A 1KW5A 169LA 3K2RA 5F9UA 1C6IA 135LA 1LHHA 3LYTA 1IWWA 193LA 207LA 5HNLA 1BB7A 2C8PA 4YM8A 156LA 1FDLY 2DBTA 5B1GA 244LA 1L06A 4NGIA 3RT5X 1L83A 1L11A 3K3TA 120LA 1L31A 3A96A 1YAQA 3AB6A 3GUOA 1LJGA 1CTWA 1SSWA 2HEBA 9LYZA 1GF0A 4HJZA 1LW9A 1T8AA 1UIHA 4ML7A 3BKVA 152LA 4NGJA 1RFPA 4HJYA 3A94A 2CDSA 2Y8PA 2B6XA 2RB1X 4G4BA 2MEEA 188LA 4NGOA 1LI3A 1BVKC 1LMPA 1HNLA 110LA 1F10A 4WLYA 3D4SA 4LZTA 1GB5A 1GBZA 5KXOA 1JKDA 5E4PA 2ZYCA 1C6AA 4HP0A 1DKKA 4I8SA 4H8ZA 1L66A 1GF8A 2OU9A 4UWUA 5DLAA 1C6LA 1SWZA 4PJZA 5LAFA 3HH6A 1L90A 1TLAA 1V7SA 2DKVA 3TMWA 4NGZA 1D3FA 3IJVA 1HERA 1UIFA 1OUAA 3A92A 4WM6A 3TXHA 1WQOA 1FLQA 3CDRA 1IWUA 112LA 4AGAA 1UIAA 1FN5A 2BQKA 4WM2A 1LYGA 1H6MA 3OE9A 3B72A 1EQ4A 1QTHA 2HTXA 1L07A 4WLXA 2RB2X 4ARQA 1L65A 3DNAA 3N9CA 1DXJA 109LA 2Z2FA 1JJ3A 1CKCA 1NHEA 229LA 1LZGA 5FELA 1LZ4A 3SB9A 4MCKA 2B6YA 4O34A 1QS5A 3C83A 2X0AA 4GLAA 5I5QA 1XJTA 180LA 1JIYA 5HNCA 4DD9A 2RAYX 5HQ1A 1NMMA 2Z39A 195LA 1YROA 3NYAA 3HT7A 1IWVA 170LA 3N9EA 147LA 164LA 3C82A 4GN4A 4ETBA 4G4HA 3OE6A 2D91A 1GFEA 1B5ZA 2ANXA 2Z19A 3HUQA 197LA 5KXLA 1D0MA 1L79A 5KXMA 5KKJA 1L69A 1JUGA 2XTHA 4H91A 1D3MA 2MEAA 3OK0A 2D6BA 3P65A 1LHIA 1INUA 3LZTA 1NHBA 2HEAA 1C6BA 2H5ZA 5A3ZA 4TWSA 1G7HC 1B5VA 3NY8A 5HLLA 1JKAA 1B7OA 1SLYA 4ET9A 3B0OA 1LAAA 4II8A 3RU5A 5APEA 4N5RA 1B7PA 1IC5Y 1RJCB 2HU3A 2F32A 1QTVA 4DT3A 4HTNA 3CSQA 2BAAA 4E3UA 4LGKA 190LA 1DYFA 2MEIA 1PQJA 1V7TA 1L84A 2OU0X 146LA 1IC7Y 4OW1A 1C10A 1L15A 1WTMA 2Z18A 3EO5A 4L41A 1L24A 4H9FA 3DN3A 4BS7A 1OUHA 2BQNA 1L95A 201LA 2ZWBA 1IP3A 211LA 1QIOA 2GV0A 2RBSA 3SBAA 5FEKA 5KXNA 115LA 1LZTA 3LZMA 1LSCA 1NKHA 1FKQA 4NHSA 1SWYA 1OV7A 2G4NA 4ARMB 4W53A 2VB1A 1P64A 1LJ3A 4J7VA 5EBHA 4WM1A 1LMNA 4HPEA 1RE2A 3W6EA 2QB0B 3WL2A 1L01A 5FHWA 1DQJC 3C81A 4NHTA 4WO6A 4WO9A 1L39A 1FLYA 4MSTA 3WXUA 1QT8A 1K28A 1LSAA 1LLHA 1OUCA 1IWZA 3GUPA 1L97A 3W6BA 4FJRA 2EIZC 4LYCA 1P46A 3LYZA 4HV2A 3HBHA 3ZEKA 5APCA 1CX6A 4NHQA 3GUMA 127LA 173LA 4Z46A 4RLMA 1BB5A 214LA 1L27A 4U3XB 1XSFA 1B5XA 1GWDA 3EXDA 189LA 1YKZX 5KXRA 4GCBA 3A3RX 3SB7A 1GBXA 4H9IA 4PHIA 2F30A 1LGUA 1CUPA 5B06A 1CKDA 2B6WA 3G3BB 1LI2A 4XJHA 1XEKA 3P64A 4QY9A 2DQFC 4TSCA 5IELA 1JTTL 4WG7A 1JWRA 1VEDA 1KY1A 4ARJA 1LCNA 1BVXA 1GB0A 1CV4A 3WPKA 1L03A 1GF7A 142LA 5LXWA 1GB3A 234LA 1A4VA 1TEWA 3TXKA 2DQIY 1WTNA 1KIPC 4QGZA 1LYIA 4OWEA 1JEFA 1REZA 3F8VA 217LA 2BQJA 3PDSA 3OE8A 3RUNA 2ZIKA 1G0JA 4OWHA 4B4JA 1HMLA 2LYZA 4R0FA 2HEEA 3PBLA 1N4FA 1JTPL 2RAZX 4K5YA 7LYZA 1CV6A 1LSGA 3HDFA 1GBYA 1J1OY 226LA 4DYGA 1IP4A 1GAYA 3A3QA 1P2LA 3C7ZA 1L09A 1CKGA 4I7KA 1LZ1A 5LYMA 5IDDA 3OJPA 1I1ZA 1LMTA 4IATA 2CGIA 2ZQ4A 4LYZA 2BQHA 145LA 2Q9EA 2IFFY 1L55A 4EJ4A 1QT3A 1EQEA 1UACY 2XBSA 3V2YA 1GFHA 4GCDA 5LAGA 5HMJA 1L94A 1B7RA 1L44A 1UCOA 4LYMA 3HT8A 225LA 1LSNA 3GULA 4EKPA 4B4IA 4H8XA 177LA 4RW1A 3EMLA 1LZSA 1QUOA 261LA 1L61A 2W1XA 4I7OA 1BWHA 3B0IA 2WARA 2I25L 4M4OA 1C6JA 5DN4A 1B7NA 2Z6BA 1KW7A 3AZ4A 4DQ7A 3GXKA 2RBQA 3WUMA 3W6AA 1IP1A 2N5ZA 3WW6A 3B6LA 1GHLA 239LA 4ETEA 4DDCA 3W6FA 3AZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O7A A;  1ZV5 L;  1LSY A;  1L98 A;  3SN6 R;  3WVY A;  1XGQ C;  1L19 A;  224L A;  168L A;  1L32 A;  1PS5 A;  2LZM A;  3ZVQ A;  1L38 A;  1KW5 A;  169L A;  3K2R A;  5F9U A;  1C6I A;  135L A;  1LHH A;  3LYT A;  1IWW A;  193L A;  207L A;  5HNL A;  1BB7 A;  2C8P A;  4YM8 A;  156L A;  1FDL Y;  2DBT A;  5B1G A;  244L A;  1L06 A;  4NGI A;  3RT5 X;  1L83 A;  1L11 A;  3K3T A;  120L A;  1L31 A;  3A96 A;  1YAQ A;  3AB6 A;  3GUO A;  1LJG A;  1CTW A;  1SSW A;  2HEB A;  9LYZ A;  1GF0 A;  4HJZ A;  1LW9 A;  1T8A A;  1UIH A;  4ML7 A;  3BKV A;  152L A;  4NGJ A;  1RFP A;  4HJY A;  3A94 A;  2CDS A;  2Y8P A;  2B6X A;  2RB1 X;  4G4B A;  2MEE A;  188L A;  4NGO A;  1LI3 A;  1BVK C;  1LMP A;  1HNL A;  110L A;  1F10 A;  4WLY A;  3D4S A;  4LZT A;  1GB5 A;  1GBZ A;  5KXO A;  1JKD A;  5E4P A;  2ZYC A;  1C6A A;  4HP0 A;  1DKK A;  4I8S A;  4H8Z A;  1L66 A;  1GF8 A;  2OU9 A;  4UWU A;  5DLA A;  1C6L A;  1SWZ A;  4PJZ A;  5LAF A;  3HH6 A;  1L90 A;  1TLA A;  1V7S A;  2DKV A;  3TMW A;  4NGZ A;  1D3F A;  3IJV A;  1HER A;  1UIF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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