1KNIA

Stabilizing disulfide bridge mutant of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structure of a stabilizing disulfide bridge mutant that closes the active-site cleft of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kniA00
146LA 255LA 181LA 1CU0A 4K5YA 4ARLA 1L60A 198LA 1PQJA 1G0LA 1G0JA 1L81A 1CUPA 3OE0A 3DN2A 4I7LA 115LA 1L03A 1L41A 1L49A 3SB6A 1L68A 151LA 4E97A 1OWYA 1L35A 1C6LA 1L37A 4GBRB 1D3NA 3HDEA 1G07A 160LA 1P36A 3GUJA 2B74A 1CV0A 2B75A 138LA 104LA 1L50A 3CDTA 169LA 1LLHA 149LA 4DJHA 1L75A 1SSWA 1CV6A 2RAYX 206LA 4S0WA 1P2RA 1L51A 205LA 1KY0A 224LA 114LA 3QAKA 3G3XA 1QTZA 1L39A 231LA 3SBAA 1QTVA 2F47A 1L88A 1DYFA 1C68A 1LPYA 4ARJA 1QS5A 1QUGA 4PJZA 4W51A 1OWZA 3NY8A 4I7MA 7LZMA 3NY9A 1SX7A 1ZWNA 1L13A 2OU9A 1C6EA 2RH1A 251LA 1OV5A 3DN0A 1OV7A 238LA 3GULA 2ANXA 3FI5A 1L15A 1P37A 3HUKA 2OTZX 1ZYTA 168LA 1CU5A 4I7RA 3PDSA 226LA 2B6YA 3DKEX 3OE6A 4GRVA 1KNIA 253LA 1L32A 1P6YA 167LA 201LA 4EXMA 215LA 1L14A 4ARQA 1L08A 3CDVA 1L10A 4EJ4A 1PQDA 212LA 223LA 123LA 3ODUA 1B6IA 3C7ZA 1LYDA 2HUMA 190LA 2O7AA 142LA 3HUQA 189LA 3C8SA 1L28A 1L44A 1SWZA 1P5CA 1L25A 1L63A 1C6HA 1C6DA 1L24A 3GUNA 1L76A 3C7WA 159LA 1OVKA 4I7KA 239LA 1G0PA 1L57A 1L36A 158LA 1C6IA 2HUKA 3UONA 152LA 4LZMA 4EKPA 2OU8A 125LA 1P56A 3HT6A 1P3NA 1L05A 2OTYX 1L59A 2LCBA 4YX7C 217LA 2OEAX 1QTHA 4W52A 1L21A 1QSBA 3HH5A 1L67A 178LA 1L61A 1LI6A 1L71A 174LA 1T8FA 2HULA 3EMLA 1WTHA 196LA 1L43A 262LA 3FADA 1L90A 1L46A 1P7SA 3HT8A 2RB2X 3CDQA 1L30A 1JTMA 126LA 2RBSA 1L09A 1PQKA 2NTGA 4YXCA 3DMXA 1CV1A 1L48A 166LA 1C6JA 1L72A 3VW7A 1L47A 258LA 227LA 1P46A 1QT4A 1L79A 3HT9A 1L33A 119LA 1K28A 2RB0X 3HTDA 1LWKA 1CV4A 1SX2A 243LA 3GUMA 222LA 256LA 1CX6A 3C80A 191LA 1LWGA 143LA 170LA 164LA 141LA 214LA 2F32A 1C60A 102LA 2B6XA 3DN3A 1L31A 2B6TA 5I14A 220LA 1OVJA 3C7YA 1CVKA 187LA 1C6CA 2ANVA 1T8GA 2RAZX 3JR6A 4PK0A 4I7NA 1D2WA 211LA 252LA 3HTGA 1QUOA 1L64A 1G0QA 3HU8A 1L40A 1NHBA 1L29A 4ZPUA 4EKSA 3G3WA 161LA 103LA 1L20A 1L45A 4I7SA 3DN8A 4W57A 1L55A 2QB0B 1L74A 1T8AA 3HTFA 4I7TA 188LA 120LA 5LZMA 1L77A 1C61A 1PQIA 4EKQA 1XJTA 185LA 129LA 1L52A 1P64A 1L87A 1CX7A 4W59A 1D2YA 247LA 2B7XA 2LZMA 1QUDA 3K2RA 6LZMA 1L53A 229LA 1CU6A 2OE9X 3SB5A 3HWLA 2Z6BA 1L22A 3HU9A 165LA 242LA 230LA 1L0KA 148LE 1L23A 1C64A 221LA 109LA 1KW7A 1LYJA 3G3VA 1DYAA 248LA 1L0JA 3SB9A 260LA 3D4SA 4I7PA 245LA 2CUUA 171LA 3V2YA 3C82A 108LA 1L19A 218LA 3LZMA 4LDLA 236LA 3HT7A 261LA 4EKRA 1L16A 213LA 4IAPA 1KW5A 3OE8A 1EPYA 259LA 4W56A 1ZURA 182LA 1L04A 1DYDA 1L38A 2B70A 1PQOA 1DYBA 3GUOA 254LA 128LA 144LA 234LA 4I7JA 3SBBC 184LA 1C62A 1LGWA 2O4WA 3GUPA 3HDFA 3DN6A 1L62A 176LA 139LA 137LA 1T6HA 1C6PA 1L27A 1L95A 2RBQA 1CV3A 1D3JA 3HUAA 1L85A 157LA 1C6NA 249LA 4EPIA 219LA 1QTCA 111LA 1C6BA 1L66A 173LA 2L78A 156LA 1LGUA 250LA 3F9LA 1PQMA 1QTDA 4AQNA 112LA 210LA 3GUIA 1L89A 1CUQA 107LA 1QT5A 3CDOA 4DKLA 2LC9A 4LDOA 3SB8A 1L02A 140LA 2B6WA 2RBOA 2O79A 1QT7A 113LA 110LA 3OE9A 122LA 1C6MA 1L58A 1L99A 1XJUA 1LYHA 3DN1A 130LA 195LA 1SWYA 1L98A 3C83A 1DYEA 1C6AA 118LA 145LA 1C6QA 1SSYA 4W58A 3C8QA 2OU0X 1C63A 2RBRA 1D3MA 1L65A 4W54A 197LA 1LYEA 199LA 244LA 1L92A 1L69A 1L18A 1QT3A 1G1WA 1L91A 1LI3A 1L96A 257LA 3CDRA 1L42A 4ARMB 1LGXA 1L83A 1QT8A 209LA 216LA 1LI2A 192LA 1LW9A 1G1VA 163LA 3V2WA 2RBNA 1JQUA 186LA 4ARMA 1CV5A 1KS3A 1QUHA 3DMZA 131LA 4DAJA 1CTWA 1C67A 2RB1X 127LA 1G0MA 1L93A 1QT6A 200LA 2OE7X 1LYGA 4YXAC 180LA 1TLAA 3HH6A 1L97A 1DYCA 2OE4X 1L82A 4ARQB 3HH3A 3DN4A 240LA 4EPFA 4OO9A 1T97A 1C69A 1L11A 2Q9DA 246LA 237LA 1L80A 172LA 1C6GA 1D3FA 2IGCA 3F8VA 1C6KA 1L94A 1L73A 1QSQA 241LA 3GUKA 1DYGA 1G0KA 3SB7A 1G06A 4I7QA 1CU2A 1L01A 175LA 233LA 3DMVA 4ARPA 1D9WA 2B72A 1LYIA 3NYAA 1L07A 3PBLA 1I6SA 1G0GA 4W55A 3RZEA 1L06A 1C65A 1L00A 4I7OA 2F2QA 2NTHA 3HTBA 3L2XA 3C81A 3HH4A 2QARC 1CU3A 1P2LA 155LA 1C66A 162LA 3SN6R 1L70A 1C6FA 1L84A 225LA 232LA 1QS9A 3RUNA 2B6ZA 183LA 1L26A 3FA0A 1XEPA 3L64A 4LDEA 3C8RA 1LYFA 3DNAA 1KY1A 1OVHA 2RBPA 4W53A 235LA 150LA 147LA 1L34A 228LA 2A4TA 177LA 2Q9EA 1L12A 1L56A 1L17A 1QTBA 1L86A 1C6TA 1OYUA 2B73A 1L54A 1JTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GWDA 4IJ4A 4NHTA 3W6CA 1CU0A 1HF4A 1IR9A 1YILA 5HLLA 1JKCA 1JUGA 3A93A 198LA 1PQJA 1G0LA 2EIZC 3OE0A 2MEEA 2X0AA 1GHLA 3TXFA 2DQAA 1CKHA 151LA 1FLYA 4E97A 1D0LA 3CT1A 160LA 1SLYA 4ETAA 1P36A 1H6MA 1LHLA 4B4EA 1CV0A 2B75A 1L50A 3CDTA 4H1PA 4P2EA 149LA 1CV6A 3A96A 5L3HA 1C08C 1XGQC 1BWHA 1C46A 1GBZA 1XEIA 1C68A 1LZ6A 1AZFA 4NGZA 1YKYX 2YBHA 1SX7A 3DN0A 4WLDA 4WM6A 2D6BA 1WQNA 1P37A 1ZYTA 168LA 1CU5A 4DD0A 4GRVA 2BQEA 3SP3A 4M6DA 1GB7A 1F0WA 4EMNA 3AB6A 2MEIA 1L08A 4EJ4A 193LA 4H9FA 212LA 2BQIA 3ODUA 4KT3A 4N1CC 5F9XA 1LYDA 1LHMA 1T6VL 4J0LA 4H9AA 1SWZA 1P5CA 1L25A 1L24A 4NHPA 1QUTA 159LA 1HMKA 4I7KA 1LZCA 1G0PA 5E9RA 207LA 1IWXA 1J1PY 2OU8A 125LA 4IASA 1P56A 4RDSA 5KXYA 1IC5Y 2EPEA 2LCBA 4GN3A 1HHLA 1LMAA 3A3QA 4HTKA 1L21A 1LJNA 1LZBA 2D4JA 3FE0A 4BADA 1GXV2 178LA 3N9CA 3EMLA 1DI4A 2LZ2A 2G4QA 1L90A 4DQJA 4XJHA 1LZAA 1L46A 4UWNA 2RB2X 4NSJA 1CJ7A 1JTMA 5ILCA 3RU5A 1HEPA 1L48A 3WXTA 166LA 1BB3A 1C6JA 2GV0A 2NWDX 1ZVHL 1GB2A 1LWKA 1CV4A 1SX2A 5KXLA 1UIAA 4YOPA 1YROA 5C6IA 1IP7A 170LA 141LA 5EBHA 2DQHY 2B6XA 1XSFA 1GFRA 5I14A 1OVJA 4YEMA 1C10A 3CSZA 1LZ4A 4YEOA 4DDCA 4OOOA 211LA 1LSPA 3P65A 1QUOA 1L64A 3MGWA 3HU8A 1NHBA 3G3WA 134LA 1L55A 5DN4A 3A91A 5F16A 5LZMA 1XEJA 3J6KA 1C61A 1B7MA 1BVKC 1XJTA 5L9JA 129LA 1J1OY 1LOZA 3A6CY 5IELA 4U3XB 4GCBA 1LJGA 4NWHA 3ZEKA 1GFHA 1TAYA 2I6ZA 154LA 1L23A 1B5WA 2BQKA 3F6ZA 1QIOA 1EQ4A 1L0JA 3QY4A 2DQEY 4I7PA 171LA 5LVJA 3IWRA 4HJZA 4LDLA 1D0KA 3HT7A 1BB5A 5KXXA 2G4PA 3B0OA 4Z3MA 1DYDA 2B70A 1UA6Y 3GUOA 1DKKA 254LA 144LA 4I7JA 4YF2A 1C62A 3GUPA 2O4WA 4UWUA 1LHIA 3P68A 3CQLA 4NGKA 1HELA 5FHWA 1F10A 1T6HA 1L95A 2RBQA 1TCYA 4N1EI 1WVVA 157LA 1C6NA 2CWIA 3D9AC 5LYZA 1ALCA 5F14A 1GF4A 3WMKA 1BWIA 1KXXA 111LA 1FKVA 1GF3A 2L78A 194LA 3EXDA 156LA 1IY3A 1OUDA 2XBRA 3GUIA 3CDOA 1CUQA 107LA 1QT5A 4DQ7A 3N9AA 2BPUA 2LC9A 1L02A 3CB7A 4NGOA 122LA 4N5RA 3W3EA 1L99A 1XJUA 1LYHA 3DN1A 1L98A 3A95A 3C83A 1DXJA 1L92A 2B5ZA 1QDRA 1FLQA 4ET9A 2ZYCA 257LA 3WYHA 1JIYA 3QNGA 4ARMB 1CNSA 1L83A 216LA 1HC0A 3WULA 4CHXA 3AZ7A 3V2WA 5I4YA 1JQUA 1CV5A 1KS3A 1XGUC 5LAFA 1CTWA 4WO9A 4DDAA 1C67A 1YKZX 2LHMA 1LSEA 1GE4A 1V7SA 1NKHA 4CFPA 3DN4A 4YENA 4EPFA 1GFGA 1E8LA 1W08A 246LA 2EKSC 4OWEA 4WLXA 1D9UA 1L73A 4WLTA 5F9UA 4II8A 1DYGA 1GB9A 4UWVA 4QGZA 1CKFA 2Q0MX 1DQJC 1I6SA 4W55A 1C65A 4KL7A 3CT5A 4I7OA 1HFYA 2NTHA 3C81A 1CU3A 2PC2A 1C66A 162LA 3SN6R 1C6FA 1L84A 2B6ZA 3FA0A 3L64A 3WPKA 3C8RA 3TXJA 1G7LC 1HENA 235LA 1L34A 2A4TA 1LSFA 3A67Y 1OYUA 4WG7A 1VDTA 3W6DA 5LVHA 4K5YA 4LYBA 4ARLA 5II3A 2IHLA 3DN2A 1IP5A 1L03A 1L41A 1L49A 4GCFA 1LSBA 2ZIKA 1L68A 4NGYA 1L35A 4TWSA 1N4FA 1G07A 1GF5A 138LA 169LA 1LLHA 2XJWA 1L75A 4H91A 4S0WA 1L51A 3A6BY 1L39A 1GBYA 231LA 5A3EA 3SBAA 1QTVA 3A90A 2LYMA 3RNXA 4RLMA 1QUGA 3WU9A 4PJZA 4W51A 1KXWA 1C6EA 1OV5A 5FELA 238LA 3GULA 3IJUA 1V7TA 3WU7A 4KPMA 1B7QA 1B5XA 226LA 3DKEX 1GFKA 1UUZC 3LHMA 201LA 4DD3A 5M1YA 4EXMA 215LA 1L14A 3T36A 5A3ZA 3CDVA 1TEWA 223LA 123LA 1B6IA 3C7ZA 5KKIA 2O7AA 4B4JA 142LA 3C8SA 1L28A 1O23A 3CSQA 3GUNA 1LJEA 2HUKA 2YBLA 1B5VA 2XBSA 3B0KA 1QTEA 5KKJA 4BAFA 4LFXA 2DQJY 3KAMA 217LA 2OEAX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GWD A;  4IJ4 A;  4NHT A;  3W6C A;  1CU0 A;  1HF4 A;  1IR9 A;  1YIL A;  5HLL A;  1JKC A;  1JUG A;  3A93 A;  198L A;  1PQJ A;  1G0L A;  2EIZ C;  3OE0 A;  2MEE A;  2X0A A;  1GHL A;  3TXF A;  2DQA A;  1CKH A;  151L A;  1FLY A;  4E97 A;  1D0L A;  3CT1 A;  160L A;  1SLY A;  4ETA A;  1P36 A;  1H6M A;  1LHL A;  4B4E A;  1CV0 A;  2B75 A;  1L50 A;  3CDT A;  4H1P A;  4P2E A;  149L A;  1CV6 A;  3A96 A;  5L3H A;  1C08 C;  1XGQ C;  1BWH A;  1C46 A;  1GBZ A;  1XEI A;  1C68 A;  1LZ6 A;  1AZF A;  4NGZ A;  1YKY X;  2YBH A;  1SX7 A;  3DN0 A;  4WLD A;  4WM6 A;  2D6B A;  1WQN A;  1P37 A;  1ZYT A;  168L A;  1CU5 A;  4DD0 A;  4GRV A;  2BQE A;  3SP3 A;  4M6D A;  1GB7 A;  1F0W A;  4EMN A;  3AB6 A;  2MEI A;  1L08 A;  4EJ4 A;  193L A;  4H9F A;  212L A;  2BQI A;  3ODU A;  4KT3 A;  4N1C C;  5F9X A;  1LYD A;  1LHM A;  1T6V L;  4J0L A;  4H9A A;  1SWZ A;  1P5C A;  1L25 A;  1L24 A;  4NHP A;  1QUT A;  159L A;  1HMK A;  4I7K A;  1LZC A;  1G0P A;  5E9R A;  207L A;  1IWX A;  1J1P Y;  2OU8 A;  125L A;  4IAS A;  1P56 A;  4RDS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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