1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
3CCQN 1K73O 5GADP 1NJIO 3J7ZO 3CD6N 4WF9L 1Q7YO 5HL7L 3CMEN 3CCLN 1VQ8N 2QA4N 1VQKN 3I56N 4IO9L 1YIJN 1W2BM 1KC8O 5GAHP 4WFAL 5H1SQ 3CCJN 4WCEL 1YJNN 4IOAL 2ZJQL 1N8RO 1QVGM 1Q82O 1JJ2M 5DM7L 4IOCL 1OVYA 1ILYA 5GAGP 3CCEN 5GAEP 3CCRN 3I55N 4U67L 1Q81O 3CPWM 1YJWN 4WFBL 4UY8O 5JVHL 1KQSM 1YJ9N 2OTJN 1VQON 1VQNN 2QEXN 3G4SN 1YHQN 3CCMN 3CXCM 5MLCQ 2ZJPL 1KD1O 3CC4N 1VQ7N 1YI2N 3G71N 3CMAN 1VQ6N 3CF5L 5DM6L 1VQ4N 1VQPN 2OTLN 3CCUN 1Q86O 1S72N 3DLLL 1VQMN 5JVGL 1QVFM 3PIPL 4WFNL 3CCVN 1M1KO 1VQ9N 3PIOL 3CC7N 3G6EN 3CCSN 3OW2M 1K8AO 1M90O 2ZJRL 1K9MO 1YITN 1VQLN 3CC2N 1VQ5N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KQ8A 4KI4A 2IVOA 4F4KA 3VQ8A 5AJ3K 1NGJA 3QB0A 3OS1A 1WSHA 3ATUA 3VQQA 3CQYA 5HRPA 3JYTA 3OTOK 3CMEN 1IBLK 4IFEA 4BRAA 3ASMA 1VSMA 3CCLN 1NK4A 5M1FA 2UU9K 5J2PA 3CIPA 1TV6A 3AO3A 3KLIA 3HOTA 3IUCA 4I6MB 1NGHA 1UAXA 1U49A 3SJJA 1G99A 4CBUA 2HHSA 3L3VA 4M7YA 3ZSVA 1QVGM 3RMBA 3VETA 3ENHA 1WNSA 2ITMA 5DM7L 2P9NA 1KLNA 3TARA 3O9TA 2O8CA 3FFKB 1BISA 2GUPA 1EO1A 3VQDA 4CJSA 2GBZA 2FF3B 5ELZA 3PV8A 4CF2A 1REVA 2FBXA 3QLHA 5I3UA 3VQ4A 3DRRA 4CCHA 4B1WB 1TKDA 1YF5L 4H0VB 4UY8O 2OANA 3M8PA 2XY8A 4KAZA 1R0AA 3VTHA 3U8XA 3G10A 4ILHA 1VQON 2RHKA 3D6RA 1NKEA 1S1TA 4YOUA 4YDUA 2P9NB 3SI6A 4BGAA 4OPKA 3GG4A 4FPAA 2HHTA 1VQ6N 1TL3A 3F73A 4M3YA 5AQUA 4DFJA 1HMVA 3VENA 1YVNA 4B3TK 4H03B 5KI6A 4NYFA 3C6TA 1NJXA 1OVQA 2P9KA 4CZMA 3L2VA 1NKCA 4EAHD 2DTUA 3I33A 1C0FA 2BE2A 3AGKA 4AM6A 1ZBSA 3G25A 4JV5K 5AR0A 4JI4K 3OW2M 1ZC6A 5M1QA 1WBDA 5GADP 3S3MA 4OO1J 4R79A 3PX6A 1X1PA 4XH4A 4Z4HA 1RDDA 4CEQA 1XNRK 5DMRA 1IO2A 3NH0A 2P9SA 4DTPA 4FWNA 2X74A 2YHYA 3L2RA 4KREA 1QS4A 2LSNA 4WFAL 3KTQA 3AVHA 3AVNA 4CW7B 4KH4A 1KAYA 1BUPA 3L6QA 4WE1A 4K0KK 4A2BA 1MU2A 2GWJA 3M5RA 4NCGA 4BG8A 4CZKA 1ESVA 3OYBA 4YY3K 2HSTA 4WYBA 1NK6A 1VSIA 3GL1A 4BR5A 4E19A 3UE5A 1NM1A 4GW6A 4JI0K 4DWIA 1XNQK 4JRPA 3HI0A 1EWRA 3OJUA 3FGUA 2P9SB 3EE8A 4LD0A 5M1NA 3HM9A 1FXXA 4FCYA 1T6DA 4CFBA 1EETA 4A5BA 1WLJA 4CF0A 2I7PA 1X3MA 1OH6A 3SUNA 3MWTA 3SBGA 5JVHL 3KLGA 1B9DA 2YHXA 1RFQA 1KAZA 4CZEA 3HZ6A 2YHBA 2KW4A 3LDOA 3QINA 3WNEA 5C12A 1NOZA 3HXMA 1ITGA 3ID6A 1HPZA 3HO1A 3O3GA 3QFPA 4F3TA 4IEEA 3CCUN 1LWCA 1RT4A 4FK2A 3RTVA 3BUZB 3NVMA 5LY3A 4KHWA 3DMJA 4YHHK 3ZX3A 3GOIA 1GLCG 2CH6A 4WFNL 4CEBA 5BREA 3SMSA 3AVKA 3DRPA 1U04A 3CJ1A 2FSNA 4KPYA 3QERA 2QWOA 4RG8A 3M8SA 2YNGA 4CHZA 3J81O 1S1XA 3AAPA 5M1OA 3K2PA 1RBRA 4LY7A 4CZHA 1K8KA 4W5RA 1S22A 4AHSA 4PKHA 5HRSA 4CFCA 4HTLA 2IAJA 3RVCA 1QSSA 1X3NA 3AARA 2FBYA 4L8RB 1GLAG 3ZT4A 3N4QA 3P83D 4JEPA 4BC5A 2CGJA 4EFHA 3PSFA 5AZIA 1UWBA 2HHVA 4IJAA 4JKHA 1TYQB 4FJ8A 5AQJA 1Z6RA 3B8AX 3D45A 2YX6A 4CZJA 5A2QO 3OYAA 1JXBA 4JN4A 2OPSA 4LC9B 1NGBA 4EHUA 5FROA 2R7YA 1C6VA 1DGKN 4FOEA 1ZYQA 4BREA 1RTDA 3VQEA 1U47A 1KSPA 4OLBA 5AQRA 1CZAN 3P39A 3ZX0A 2O8FB 4BC3A 4M3WA 1RDAA 4MO4A 5FRMA 4GVEA 4KHNA 4OGCA 3VQ7A 4JNEA 3CC4N 4N5SA 5AZIB 4H4OA 2YCHA 4O0JA 3SPZA 1W7AA 4W5NA 3CERA 3L2QA 1YVUA 3ID8A 3DYAA 4M3ZA 3DLHA 3C65A 4MLHA 1RBVA 4HWIA 2UXCK 4CIEA 1X9WA 3TU5A 3U3GA 1QQCA 1XWLA 3BY5A 3HPHA 4WQ4C 4DTRA 4FZXC 5HRRA 2W42A 2Z1IA 4JHDA 5LJWA 4NYNA 4FJNA 4CEEA 3UB5A 3DLEA 1XHZA 3S9HA 2VG7A 5AQIA 1Q7YO 4BRQA 3AO4A 1ATSA 2GEMA 4BROA 2B4JA 2E1YA 3OYCA 4BRGA 3HBTA 1YIJN 2W41A 4RW7A 3E01A 4FWLA 3OYDA 4FM1A 3VQ5A 4BDPA 4WCEL 1UA1A 4FLYA 1T03A 4A57A 5C0YA 4RW4A 3THWA 4I9QA 3K57A 4FYDA 3FFIA 4XEIA 4B9MA 4GV3A 4JKEA 2FSJA 5HP1A 1SKSA 3HSCA 5SWMA 1YTAA 4DQ8A 1BHLA 4IDKA 4PKIA 4CK1A 3T1HK 1ZBHA 1RT5A 4H0TB 4H5TA 4CHNA 2D1KA 1GLEG 3A5NC 5AQHA 4DUZK 4JI2K 4DR3K 1XUPO 3AA5X 3U4LA 3VEOA 4K25A 4AHUA 1XMQK 4JI8K 4NXNK 4FWMA 4FVUA 4DHYA 3V9XA 2HVHA 2QWRA 3VEZA 3QEPA 1DLOA 2Q0UA 1SS6A 1WUAA 3KK7A 3LDSA 3RR7A 4QS9A 1VQPN 4Z4EA 2QWLA 4EZ9A 1S72N 2QK9A 4B3OA 2A40A 3DLLL 3WNHA 4FLTA 4ELTA 3UKRA 1S3XA 4NLCA 2BANA 4J2BA 4PWDA 3KIOA 5BN8A 4DTXA 1CZBA 3CCVN 1LV5A 1V4SA 4JK9A 5BPNA 3FR0A 3NF7A 3G6EN 1M90O 2HMIA 1MWKA 4XIUA 4EHTA 3E66A 4NCAA 4WQ4A 3KLHA 4X66K 3B6PA 2ZGZA 4CJPA 1VAZA 3Q7CA 2YJEA 2IC3A 4AHCA 3JSMA 1XC9A 2P1JA 1VQ8N 3LWMA 3V1QA 1WSIA 4JI1K 1VQKN 4M3XA 2NRVA 2QWQA 2VYPA 5HLFA 3HYFA 2XY7A 4BDZA 3WXIA 1HNZK 1U2VA 4ID1A 1SUQA 3VQCA 1QZ5A 2DPNA 3AO5A 4F2RA 1O13A 4AHTA 4K8XA 4DR6K 3TSQA 2OA8A 3KD1E 2E20A 4FWSA 3HJFA 3TABA 2XY5A 4DS5A 1OVYA 1DT9A 4B9VA 3SUQA 1U45A 2P9LA 4JKAA 1RDUA 4FO0A 5JLHA 4FK4A 3DXMB 1W0HA 3JXUA 3SQ2A 4OJRA 1IKXA 1TVRA 1G15A 4DSEA 4JRQA 3LZJA 3FLCO 5J1EA 5CYQA 2YNHA 1U2VB 4FZZA 1YHQN 1VSFA 4CHYA 1SKWA 1ZXOA 2A1SA 5J2MA 1JLCA 1VQ7N 3WXJA 3G71N 3LM2A 2VG6A 1IKYA 4DLEA 1BCOA 4DTSA 2G8HA 3CJBA 2OPQA 5KPZA 1VQ4N 5AQSA 2YNFA 4EP4A 3QNNA 2VWJA 3SUPA 5AZJA 1N6QA 4CI6A 4ISFA 3KD5E 4LH5A 1GOBA 1NWKA 2Y1IA 3THXB 5M1PA 4C8OA 4LFBK 1C0GA 4BRPA 5IT9O 2I5JA 1WAJA 5KGXA 2O8DA 3RMAA 3CC2N 4BR0A 1VQ5N 2GV9A 3F5TA 3ZSYA 5LJVA 3NDKA 1KTQA 5AQTA 4Z0UA 5FPMA 5HL7L 4JS4A 2DY4A 1T7PA 4N76A 1BO5O 1XHXA 1N36K 3VQ9A 4I7FA 4B1ZA 3MN9A 3I56N 4IO9L 1NGEA 1MA9B 3SV3A 4DQSA 1BDGA 1X9JA 3BZKA 3AO2A 4I2PA 1XMOK 2QWNA 4E7JA 4CJ7A 2ZJQL 4NXMK 3MCPA 1F21A 4C8LA 3SUOA 3DI6A 4GMJB 3VESA 2O8DB 2UUBK 2FBVA 3CFOA 4DF8A 1N5YA 4E1JA 3GDQA 4CJ4A 2AA4A 3TANA 2Z1GA 4QS7A 4CEZA 3K59A 3SQ0A 3IAYA 4DQRA 4M42A 2NRXA 3O8MA 3I8DA 4DUYK 1VRTA 1RT7A 1BGXT 3NF6A 3VA3A 4BR2A 1YJWN 2UUCK 2KTQA 4FXDA 4HCCA 2Q0RA 5ADXH 1YT3A 3NE6A 3O9QA 3RMDA 2XRIA 3ZSRA 4DQPA 1ZBLA 1SV5A 2QKKA 2PYLA 3H1QA 4JK8A 4KHUA 1HQUA 2PYJA 3THVA 1SAZA 2A3ZA 3PO5A 4B1UB 1RBUA 1QQOA 2X78A 1LW0A 4B1VA 1ZBUA 3MCAB 4CEOA 3LZIA 5LMUK 3P31A 2PY5A 1S1UA 1NGCA 3C95A 4DF4A 1BIUA 1VSDA 4HVJA 1ATNA 1JLGA 3VPZA 4ISGA 3ZSXA 3T19A 1OH7A 2A6AA 5J2NA 4FPBA 4FJJA 4CJQA 2GELA 1C1BA 4IOXA 5AQQA 4JI5K 3DWLA 5AQFA 1K73O 3IS9A 4CE9A 2J4RA 3IFRA 4OKJA 1NK9A 2G8FA 1U48A 1IBKK 3MDQA 2HF3A 1BCMA 4CGJA 4BY9C 3KKRA 4QCLA 1NBWA 5C15A 1KAXA 1RTJA 2HHHK 2NRWA 1HNVA 1D9DA 4IFYA 3VEWA 4KHQA 1W9HA 2EHGA 4I2QA 4JKGB 1W2BM 2OPRA 3KHYA 3O9UA 3ULEB 5BN9A 1D4XA 3BEXA 3E9LA 2E6LA 3SPYA 1Q9XA 4E0DA 1RBSA 1YJNN 2CH5A 1SL2A 3MK6A 2WFBA 2HOEA 4M7XA 4BRCA 1U6ZA 3EZ5A 4DTJA 3O08A 3VA0A 4ILJA 3LL3A 3CHWA 3QEVA 4DSJA 2E4LA 4J2EA 4IFVA 1RCHA 1B92A 4B08A 3CCEN 4M3UA 3OYIA 4BRLA 3CCRN 3MXIA 4IXCA 3M6GA 3V6DA 3H3OB 5I42A 4DU4A 3T3FA 3BP8A 3HSTB 4DV1K 4X65K 3NGYA 4E7LA 3ZYYX 1BWFO 3H08A 1FJGK 1HJOA 1S5JA 3LP2A 3G4SN 3V1RA 4CJKA 1H1VA 5AFUA 3CCMN 3ITHA 3L4IA 2YHAA 4DS4A 2UXBK 2YV0X 3SLCA 1IKWA 3J7AP 3QICA 3HPOA 2O8EB 4FJ9A 4OPAA 5CZ2A 2E6MA 4DV7K 1VQMN 1HUXA 2NRTA 3AVJA 2KZMA 4FW1A 4DSKA 2P51A 4LF4K 1T6CA 4KH5A 3KK3A 3BDPA 3PIPL 3NGIA 2HHXA 4CF1A 1QQNA 3HOSA 3VF6A 5FLXO 3CCSN 3R1XA 3T7ZA 3ZSWA 2FSKA 5KTQA 3P38A 3HK2A 3AVAA 3KZBA 5AQLA 2PAVA 5AQZA 1RTIA 5EY4A 3CD6N 4FWKA 4WF9L 2VG5A 4FJXA 4CK2A 4DV2K 1LAWA 2B5JA 3LANA 1W97L 4GY2B 3QETA 3V4IA 3QNOA 3CCJN 2DFFA 3AY9A 2E1ZA 1IG9A 5AQGA 1TYQA 3ZT1A 1TL1A 3JS6A 4JK7A 2QM1A 3K58A 3SCXA 1NGGA 4BVPA 3L4QA 3OYFA 2KFNA 5FDLA 1QZ6A 4PA1A 1E4GT 1T3VA 4LF9K 4PY5A 4FJ7A 4AF1A 3SMPA 1VSKA 3A0IX 4BVOA 4CESA 5LMNK 4DR5K 1JLEA 2A1RA 4RW9A 5HOOA 3QFUA 5E26A 2O8FA 4FWPA 4YOWA 4DSIA 3WNFA 4G1QA 3VOVA 4DV6K 3OYHA 4FJHA 3NFAA 5AQOA 3NBPA 5KPTA 2VWKA 5AQVA 1HYSA 4J2AA 2GUIA 3CXCM 2A41A 2HW3A 3SBTA 3KJVA 2Q3SA 2DFEA 3AVCA 3E1YA 2Q97A 1RBTA 5AQWA 1WSJA 3IDHA 4BRHA 5FPNA 5TKWA 1T8EA 4CGHA 3BF3A 2Q2RA 4AQYK 3O1BA 4O0IA 2O4IA 1QHTA 1BQNA 2Q31A 2Z1JA 3T1AA 5JS2A 2G8KA 4JKDA 1HRHA 2JLEA 1Z05A 2WC9A 1GLBG 1L3TA 4B9TA 1K8AO 1K9MO 5KQDA 3ALYA 5C2FA 1YAGA 4DR1K 4H0YB 3EE9A 1J54A 3OJSA 2ETJA 2G8VA 2G8WA 3M1FA 1XQSC 3A2FA 2HBJA 2QWMA 1RDWX 5CZ1A 5EVZA 4E1NA 4KHPK 3O3FA 4RW6A 3DOLA 4KH6A 3NH1A 4FW2A 1YXQA 4BRDA 2NRRA 1KC8O 3SYZA 3CI5A 1J6ZA 5LL6Z 4HUGA 4V19S 2F8TA 4M63C 4FJLA 4A61A 4K8ZA 1TKZA 3MX5A 3QDKA 2ZWHA 3W0LA 1RGIA 3DLGA 4KFBA 3LDLA 4YOYA 4LF8K 2XO7A 3P5JA 3DAWA 4CD3A 3VF4A 4E89A 3NCIA 2YKNA 3LM9A 5F2RA 1FK9A 3D2FA 3MECA 1ASWA 5E41A 1D8YA 4CIFA 5C25A 1HNWK 4H5RA 4KTWA 3VGKA 1BA1A 3O4WA 4CJFA 3MN7A 3ZEUB 4E3SA 4DFMA 3TAQA 2HVIA 2P9UA 4JI6K 4IKFA 3CYMA 3HP6A 3UKUB 4KRFA 1FKPA 3ZT3A 4O55A 4IG0A 1I3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCQ N;  1K73 O;  5GAD P;  1NJI O;  3J7Z O;  3CD6 N;  4WF9 L;  1Q7Y O;  5HL7 L;  3CME N;  3CCL N;  1VQ8 N;  2QA4 N;  1VQK N;  3I56 N;  4IO9 L;  1YIJ N;  1W2B M;  1KC8 O;  5GAH P;  4WFA L;  5H1S Q;  3CCJ N;  4WCE L;  1YJN N;  4IOA L;  2ZJQ L;  1N8R O;  1QVG M;  1Q82 O;  1JJ2 M;  5DM7 L;  4IOC L;  1OVY A;  1ILY A;  5GAG P;  3CCE N;  5GAE P;  3CCR N;  3I55 N;  4U67 L;  1Q81 O;  3CPW M;  1YJW N;  4WFB L;  4UY8 O;  5JVH L;  1KQS M;  1YJ9 N;  2OTJ N;  1VQO N;  1VQN N;  2QEX N;  3G4S N;  1YHQ N;  3CCM N;  3CXC M;  5MLC Q;  2ZJP L;  1KD1 O;  3CC4 N;  1VQ7 N;  1YI2 N;  3G71 N;  3CMA N;  1VQ6 N;  3CF5 L;  5DM6 L;  1VQ4 N;  1VQP N;  2OTL N;  3CCU N;  1Q86 O;  1S72 N;  3DLL L;  1VQM N;  5JVG L;  1QVF M;  3PIP L;  4WFN L;  3CCV N;  1M1K O;  1VQ9 N;  3PIO L;  3CC7 N;  3G6E N;  3CCS N;  3OW2 M;  1K8A O;  1M90 O;  2ZJR L;  1K9M O;  1YIT N;  1VQL N;  3CC2 N;  1VQ5 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KQ8 A;  4KI4 A;  2IVO A;  4F4K A;  3VQ8 A;  5AJ3 K;  1NGJ A;  3QB0 A;  3OS1 A;  1WSH A;  3ATU A;  3VQQ A;  3CQY A;  5HRP A;  3JYT A;  3OTO K;  3CME N;  1IBL K;  4IFE A;  4BRA A;  3ASM A;  1VSM A;  3CCL N;  1NK4 A;  5M1F A;  2UU9 K;  5J2P A;  3CIP A;  1TV6 A;  3AO3 A;  3KLI A;  3HOT A;  3IUC A;  4I6M B;  1NGH A;  1UAX A;  1U49 A;  3SJJ A;  1G99 A;  4CBU A;  2HHS A;  3L3V A;  4M7Y A;  3ZSV A;  1QVG M;  3RMB A;  3VET A;  3ENH A;  1WNS A;  2ITM A;  5DM7 L;  2P9N A;  1KLN A;  3TAR A;  3O9T A;  2O8C A;  3FFK B;  1BIS A;  2GUP A;  1EO1 A;  3VQD A;  4CJS A;  2GBZ A;  2FF3 B;  5ELZ A;  3PV8 A;  4CF2 A;  1REV A;  2FBX A;  3QLH A;  5I3U A;  3VQ4 A;  3DRR A;  4CCH A;  4B1W B;  1TKD A;  1YF5 L;  4H0V B;  4UY8 O;  2OAN A;  3M8P A;  2XY8 A;  4KAZ A;  1R0A A;  3VTH A;  3U8X A;  3G10 A;  4ILH A;  1VQO N;  2RHK A;  3D6R A;  1NKE A;  1S1T A;  4YOU A;  4YDU A;  2P9N B;  3SI6 A;  4BGA A;  4OPK A;  3GG4 A;  4FPA A;  2HHT A;  1VQ6 N;  1TL3 A;  3F73 A;  4M3Y A;  5AQU A;  4DFJ A;  1HMV A;  3VEN A;  1YVN A;  4B3T K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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