1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
4WFNL 3CF5L 5DM7L 1YI2N 2QA4N 4IOAL 3CXCM 1OVYA 4IO9L 3CCMN 1VQ9N 5DM6L 2OTJN 1K8AO 2ZJPL 5GAHP 2QEXN 3J7ZO 4WFAL 1VQPN 1KD1O 3CCUN 3CCVN 1VQ7N 1QVFM 5MLCQ 1YJWN 1Q82O 1QVGM 3DLLL 3G4SN 3CCQN 3CCJN 1KQSM 3CC7N 4UY8O 5H1SQ 1N8RO 1VQMN 1VQON 2OTLN 3I56N 5JVGL 4IOCL 1S72N 1VQ4N 3CMAN 3I55N 3OW2M 1YITN 5GADP 1NJIO 1Q7YO 5GAGP 1KC8O 3CCEN 3CD6N 1ILYA 1W2BM 3CPWM 1VQKN 3PIPL 1YJ9N 1Q86O 2ZJQL 1K9MO 1JJ2M 1YIJN 4WF9L 1VQ5N 1Q81O 3G6EN 3PIOL 3CC4N 3CMEN 1VQLN 1M1KO 3G71N 4WFBL 3CCLN 1VQNN 1YJNN 1K73O 1VQ8N 5GAEP 5JVHL 4WCEL 3CC2N 4U67L 3CCRN 2ZJRL 1YHQN 3CCSN 5HL7L 1M90O 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B5JA 5J2PA 3ZLJA 5BPMA 3SPYA 1RCHA 1U4BA 5C10A 4CFAA 3ULDA 3L8BA 3AVIA 4OPJA 2VG7A 3G25A 3V4IA 1ASVA 4CBXA 1IBKK 4JKGB 3SMSA 3TAEA 1GLLO 4I9QA 4W5NA 2F8TA 4B1WB 1VQ7N 4JHDB 3BF3A 4CZJA 4DF8A 4FJHA 3R6MA 1Q82O 4X62K 4FWMA 4FK0A 4CF8A 4DQ8A 3S9HA 3PX0A 4DKWA 5D3GA 3I56N 4M3WA 3I33A 4BRMA 4EZ6A 5GIOA 5KI6A 1C1BA 4IJNA 4QCLA 4IOCL 1D8YA 3NVKA 3QIOA 4J8FA 3UB5A 4AHRA 3FZLA 3RMBA 3TANA 2WUSA 5FPEA 3ZYYX 1YITN 5FLXO 4J2AA 3NF7A 3BEXA 4FOEA 2D1KA 2WC9A 3SZ2A 2G8KA 1MDUB 1KC8O 3CCEN 4CGGA 3DWLA 1S6PA 2V7ZA 3ZT4A 3OYCA 1R59O 1NK7A 3C94A 4Z94A 4KRFA 2HMIA 1JLEA 4K25A 2ZWHA 1U2VB 1T8EA 1C0FA 4KPYA 2AJQA 3LDLA 1TL1A 3UKUB 5AFUH 4OVLA 1ZBLA 4A62A 1Q81O 2DTUA 1FKPA 4CGJA 5CR4A 4FPAA 5F0XA 5BRHA 1ESVA 4K0KK 2B4JA 3SPZA 3T69A 3OYEA 2Y1JA 3LAKA 4G1QA 2O8BA 4DR5K 4JN4A 1QZ6A 3VEZA 2VGMA 1XUPO 4BR7A 3RSEB 3EYZA 3KHYA 2YX6A 4DUYK 4QS7A 3LDNA 3TARA 5EXWA 3CJ1A 4CD3A 3EKUA 2YI1A 3V9ZA 5FPNA 4A5AA 4E0DA 4FOIA 3KTQA 5E41A 4IFYA 4Y1DA 3QB0A 3OYFA 3LDSA 4BDZA 3ULEB 2F9TA 2E1YA 3S3MA 3A5OC 1C0UA 4CZIA 3T7ZA 2YHBA 4QAGA 5AQHA 4EHTA 4A2AA 3TAGA 3V1QA 1JLCA 5AQOA 1VSKA 2PBDA 4WQ4C 3L4IA 3N4QA 3LWMA 1LAWA 1G99A 2ATQA 4LF8K 1J53A 4DHYA 4XIUA 1NGCA 3M8QA 5FROA 5GINA 5H1SQ 2Q1NA 1VQMN 2OA8A 5AR0A 1EO1A 3O80A 3MAQA 1GLJO 4BWMA 1HJRA 4CEQA 1SKRA 4JNEA 3ZT1A 3SI6A 1REVA 3HTVA 2RF2A 2I7PA 3QNOA 1NG9A 3SUQA 3T1YK 2UYTA 4BY9C 1BWFO 3AVCA 4AF1A 3ZT2A 3PIPL 5I3UA 3VQEA 1ASUA 3ZX2A 2FF6A 1BCMA 4W5TA 3K2PA 3CI5A 4PKHA 4OKKA 1HPZA 5ELZA 4DMNA 4IBNA 4GVMA 4A59A 1V4SA 4M3UA 4BR5A 5T7BA 3O9RA 5ADXH 2NUBA 2VYPA 5KPRA 1BGXT 5J2NA 3RMCA 4W5QA 3P39A 3VEVA 4CEOA 1RT4A 1WAFA 3F5TA 3THXA 3CM5A 4C8OA 1CXUA 2Q0RA 4KI4A 4PKGA 2ZD1A 2GWJA 2HF4A 3QFPA 4HUGA 2B6AA 1HYVA 1EETA 1IKYA 2BE2A 3AO1A 3ZSXA 3HPOA 3GE1A 3TAMA 2UUBK 2ZJRL 1BUPA 3AGKA 3O5BA 4X64K 4CGDA 3ID6A 4H5NA 1EQYA 2P9SA 3FZMA 3OHRA 3QIPA 1QTMA 4Q5VA 5CYMA 1ZBSA 1LCUA 5DM6L 5AZJA 2VWBA 2ZJPL 2VG5A 3SMPA 5FRMA 2QEXN 4C23A 5AQPA 3M3ZA 5F1XA 2HHTA 1KFSA 2V51B 4DFKA 4DTNA 4MFBA 1Q9YA 1SL1A 3A2FA 2GUPA 2KZZA 3CCJN 3KK1A 1RNHA 1T6DA 2XY5A 3AO5A 4FWLA 4DTOA 3AVAA 5JVGL 1ZBFA 2YJFA 2F4VK 3DXKB 4KKOA 1IJJA 3PUFA 1RDDA 3WUHA 3ZSWA 3QBWA 2P9NA 4BVPA 4PA1A 2WONA 3KKRA 1ITGA 4DTJA 3NF9A 1VQKN 4CJ7A 3EY1A 1WSGA 1TKTA 3HVTA 1A5XA 3LDOA 2ITMA 5F2RA 4N47A 4ICLA 3QESA 4BE1A 3RRHA 4JI2K 1YIJN 1NWKA 1O1WA 1VQ5N 3D2EB 1Q8IA 1MWMA 3SAGA 3OVNA 4DTUA 4DSJA 5A2QO 4DG1A 4NXMK 3P38A 2IVNA 1J54A 3MXMA 2P9LA 4E7KA 3AVJA 1KAXA 4CHZA 3SUOA 4HVJA 4FWRA 4FLYA 1YHQN 3OYHA 2CH5A 2YHYA 3OYBA 4CE9A 4FWSA 3PO5A 3O9TA 4CJVA 3CF5L 2A1RA 1KLMA 3T1HK 3N4PA 1ZBUA 4OO1J 3FGUA 4W5RA 1WSIA 4GMJB 3MN5A 1YTUA 5GAHP 4IWVA 5CZ1A 3J7ZO 1UA1A 4B9TA 1BIUA 4IFVA 1QVFM 4KFBA 4CJQA 1K8KA 3T1AA 3KLIA 4CZKA 4JD2A 3ZETA 2QWPA 5IT9O 2YHWA 5J2QA 5SWMA 1EWRA 1B9DA 2O8EB 2NNWA 1CZ9A 4E1JA 3SJJA 1BQMA 1JXEA 3DRPA 4HTLA 4CBUA 4HCCA 4CD1A 3SV4A 5BN9A 1HJOA 3L0QA 4KTWA 4MLEA 2HBMA 3AGRA 1MA9B 3VEYA 3UKRB 4OGEA 4OLBA 3QNNA 1B9FA 1BQNA 3H3OB 4ELVA 5BR9A 5M1PA 3OYGA 4B3OA 1OVQA 2QWNA 2HVIA 4CJSA 3CHWA 4BE2A 4DQSA 5JS1A 2FLOA 4CJ5A 4CGFA 4IEIA 1ASWA 1QQNA 5HRRA 3SK3A 3FLCO 3MX2A 2ZGYA 2IOCA 3THWB 4W5OA 1EX4A 4O4GA 1X3MA 2YNGA 2ZF5O 4B3MK 3CJBA 3M1FA 5BRFA 4M3YA 1SV5A 4E1NA 4MLHA 1TKDA 4JK8A 1TAUA 4YOTA 3FFIA 4E3SA 1VQ8N 3O4WA 2O8BB 1HX1A 3MEEA 3CC2N 4CEEA 3CCRN 3VEXA 3QERA 2R7YA 3VETA 1HNWK 3O3GA 1XMOK 4RWTA 4JI3K 2P51A 2E5LK 4B1UB 4CCHA 4DU3A 4DV3K 1CXQA 4L3QA 1S9GA 3CXCM 3M6GA 4NXNK 3DLRA 5KRSA 3CFRA 2E88A 4KB1A 4KTQA 3E66A 4A5BA 1RGIA 1GLBG 4CF0A 1NLVA 3DAWA 4CZGA 1NK5A 4QS8A 4XEIA 3DLGA 3M8RA 4CK2A 2KTQA 3H45C 3O4NA 3CCQN 1HYZA 3FZFA 4CHPA 1BHLA 3D0PA 4CJKA 2F9WA 1BOTO 4DQQA 3ZT0A 5AZIA 1BO5O 1RT1A 2P1JA 4DFMA 4FZZA 2YKNA 2Q36A 1RT2A 3MCAB 3O3FA 3H1VX 3WXKA 4DU1A 1XMQK 3J80O 3TAQA 5BPNA 4FW1A 1Q18A 3K5NA 2LSNA 1BI4B 1EKEA 4YNQA 4LF5K 1RT6A 4RG8A 4LFAK 3CFPA 4LC9B 4JKCA 2BUPA 3ID8A 4X65K 4JKAA 1NK0A 4BE0A 1L3VA 3S41A 3T19A 1S1XA 5C0YA 4MDBA 5AQWA 3E1YA 4CECA 3TSUA 3Q7BA 4OPHA 4BGAA 4E19A 3SBGA 1FJGK 2KQ2A 3C7NA 5B8HA 2RE2A 3JXUA 3ZEUA 4FWQA 3PIOL 4DSKA 1UAXA 3O8MA 4X66K 4I2PA 1J6ZA 2J4RA 2Z1HA 2D0CA 3L3UA 3TSQA 4PL8A 4QOZB 1QZ5A 4H5VA 4CJLA 2HHHK 4FJIA 1S6QA 3AVMA 4JKHA 3S3OA 4B9NA 5AFUA 4DV0K 4JK7A 3HSTB 4BRAA 1TKZA 1IBMK 4CZFA 4JI4K 5HP1A 4AM7A 4Z4CA 4PHTX 1SS6A 4BC3A 5DK5A 3VQDA 3IAYA 3LDQA 2IVPA 4WFNL 1S1TA 3QDKA 3LWLA 3GL1A 4IO8A 1WSHA 1OVYA 4CF9A 3CCMN 3BY5A 3THYA 3KK2A 1K8AO 1S9EA 3JSMA 5KTQA 3WNGA 1LWFA 1T3VA 3TTFA 2ZE2A 2P9IA 1HNIA 5AQVA 4CEFA 4KAZA 1QSLA 4CF1A 4DS4A 3K5MA 3CC7N 2QXLA 3ATUA 3ATVA 2CH6A 4F9OA 3S3NA 1T44A 4ISGA 1NJZA 1ZC6A 4DFPA 4Z4HA 5EU7A 2AP1A 1N32K 5AQGA 1XWLA 1NK4A 1HMVA 1NGEA 1KVAA 3MX5A 4FLZA 1NJIO 4DWIA 4CJRA 2P9NB 1SAZA 3OBYA 4GVEA 2G8WA 2WTUA 4DV1K 2DFFA 3WNFA 4BWJA 4E7IA 3V1RA 1L3SA 3LDPA 3NGIA 5GIPA 1G15A 1CZAN 4HTUA 3M8PA 4FWNA 2CGLA 1TYQA 1NKEA 2Z1IA 3CYMA 3LP2A 4FSVA 1ZBIA 1U04A 3K0SA 1N33K 4C8LA 4AHVA 3IS9A 4CIFA 2KFNA 1NGHA 2QWMA 3D2FB 3K9JA 2GV9A 1HR0K 1I94K 3P1GA 2Q97A 2O8CA 4CHQA 4O44A 1UWBA 3QEWA 4BROA 3VMFB 5ADXA 2DY4A 2HHXA 2P9LB 3QEXA 1IKWA 3HZ6A 2E1ZA 1GOCA 4CI6A 2W6LA 1UOCA 3OA9A 3NF8A 2O8DB 1VQ6N 5C2DA 3KIOA 4LH5A 4N41A 4NCBA 2ASMA 4CF2A 4FLXA 4KHWA 4FJXA 2GTDA 1Y97A 4K8ZA 3TSPA 4CEBA 3VQ6A 1ATRA 1WSEA 3R3LA 1HLUA 3RMAA 5CZ2A 4GW6A 1VQPN 3HL8A 5AQMA 4ID5A 4F3TA 5AQZA 4ZHRA 3R9PA 5MLCQ 4DF4A 2FSNA 3MECA 2F96A 5TKWA 1KLNA 1YJWN 1W9HA 3K9KA 5HRPA 1GLAG 3DLLL 3ITHA 3RTVA 2GELA 3MWTA 5LJWA 4JD2B 2HMPA 5FPDA 3OS2A 4J2BA 2WFBA 5HBMA 1N8RO 1JLAA 1IKXA 4BR0A 1CZBA 4JRPA 2A6AA 3VA3A 1BG3A 4FM0A 2EHGA 5GADP 1S1VA 1IH7A 3V81A 3DLKA 4CESA 2UUAK 4Z4IA 4O8KA 3AO3A 3SQ0A 1TGOA 2PYJA 1V4TA 4EP5A 1Q86O 2HBKA 4BRCA 3MEGA 2XY6A 4BR9A 1SKSA 1NKBA 4B3TK 4GKKK 4IFEA 4ILJA 3WEEB 4F4KA 2KLAA 4C8NA 3SUPA 2P9PB 1VQLN 1U6ZA 2P9UA 2XHBA 3SNNA 3OS1A 5AJ3K 4EP4A 3E01A 1TUUA 4B8CA 3OJUA 4BVOA 2QI2A 4IXCA 1T7PA 4U67L 2Q2RA 2KKZA 4UQGA 3WNHA 1NGBA 1TUYA 3SQ2A 2BDPA 2OPPA 3CCSN 5CYQA 3HBTA 5EOYA 4CJEA 1SL0A 4KI6A 4O5BA 2NZTA 4KV8A 4CJFA 3UE5A 4LH4A 2DPNA 3P31A 4JK9A 4FYDA 4Y0WA 3DM2A 2E20A 5C2FA 3DXMB 3HPGA 4IG3A 4BGBA 1BU6O 2FBVA 2Q0UA 3FZKA 4N76A 1O13A 3C6TA 4YHHK 4DSLA 4O55A 2FBXA 4DQIA 4JI6K 4CK3A 2QXFA 3GDQA 3NBPA 4DB3A 3JYTA 5JLFA 2YNIA 2O8FA 3V9WA 3OYIA 2QWQA 4FWKA 4B1YB 2RPIA 4GNIA 1U49A 2OTLN 3VEOA 4Z0UA 5AZIB 2IDOA 3VQ8A 3SUNA 1K6YA 3L2RA 3TAFA 3CMAN 3AA2A 4CHOA 3KWGA 1C0GA 4JKEA 3R8EA 3ZSRA 2KZMA 5BN8A 4MO5A 4CEDA 2H3GX 4V19S 3I8DA 3HVRA 4DR3K 4FLWA 4U7BA 5GAGP 3B6PA 5J1EA 4LSNA 4AM6A 4I7FA 3NE6A 3VQ5A 4KBOA 3KWIA 1VHXA 5LJVA 3VPZA 1K9MO 4DR4K 1DKGD 1WNSA 4HUFA 1TK8A 1JLBA 1LW0A 3J7YP 2ZM6K 3TABA 4FVMA 4BACA 4WQ4A 5EX5A 2CGKA 1GOBA 3KLEA 3CMEN 3OJSA 1JLQA 5C25A 2BTFA 4R5PA 4O0JA 1E3MA 2Z1GA 4WQ5C 1N34K 3FE1A 2HNZA 3SQ4A 3CERA 5AQKA 4FJ7A 2QW9A 4JKGA 4B1ZA 4OX9K 3BDPA 4JV5K 4K42A 3L2UA 5KQ8A 2JLEA 4M3ZA 2D4WA 2ZQBA 1ATNA 1KAZA 1WOQA 3BUZB 4CIEA 4KHPK 5HL7L 4YDUC 1HKBA 2PZSA 3IKMA 1NJXA 2E6LA 3HJFA 2UXBK 1YTAA 4DV7K 3TI0A 1JL1A 4CFDA 1JLFA 4YOYA 2P9KB 2FSKA 3O08A 3WQTA 3WQUA 1RILA 1J5EK 4WFAL 3PO4A 3J8AA 4H0VB 3VESA 3CCUN 1SL2A 5BREA 3CCVN 3O6WA 2P9IB 3O3HA 1IBLK 3ALYA 1QVGM 1XC3A 4ELTA 1LW2A 5KPZA 3G4SN 3L2QA 1C1AA 4I9LA 3FR0A 4DV4K 2F8SA 3U6FA 1RT3A 5CY4A 5J2MA 3QEPA 2KFZA 1T05A 4C8KA 2NRXA 4OPAA 4DTRA 1JKHA 4E7HA 5BR8K 1YAGA 2OANA 4CJPA 4DR2K 1WAJA 3UKUA 3WXJA 4IG0A 3WXIA 3I55N 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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