1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
1VQ7N 3CCQN 4WFAL 2ZJQL 1VQ9N 1QVGM 5HL7L 3CCLN 4IO9L 3CD6N 1VQPN 3OW2M 1KD1O 4WF9L 1K73O 2QA4N 3G4SN 1N8RO 3CXCM 1K9MO 1M90O 2ZJRL 3J7ZO 1NJIO 1VQLN 5GAGP 3CMEN 3PIOL 3CCVN 2OTJN 1KQSM 1VQ4N 4IOCL 1YIJN 1VQ5N 1OVYA 4WFBL 1VQ6N 1YJ9N 1VQNN 3I56N 5JVHL 1ILYA 1Q7YO 1K8AO 1W2BM 5DM6L 1VQON 3G6EN 5GAEP 3PIPL 1VQKN 1Q82O 3CC2N 1KC8O 3DLLL 3CC7N 1S72N 5GAHP 2OTLN 5JVGL 4WCEL 1JJ2M 1YI2N 5GADP 3CC4N 4WFNL 3CMAN 4IOAL 3CCUN 5DM7L 2QEXN 1YHQN 3CCJN 1YJNN 1YITN 4UY8O 3CCMN 1Q81O 1QVFM 1YJWN 1Q86O 4U67L 3CPWM 5MLCQ 3CF5L 1VQMN 2ZJPL 3CCEN 1M1KO 3G71N 3CCRN 3I55N 5H1SQ 1VQ8N 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1JA 4WQ5A 1OH5A 1KFDA 1VQ7N 2P9LA 1LW2A 1NK7A 3DOKA 4DQPA 4J2AA 2DFFA 4OPHA 2F9WA 3CM5A 4X65K 3OJSA 4JI2K 5AQKA 3SZ2A 1TKTA 4BRAA 4O0IA 3OW2M 5IWAK 1QE1A 2HW3A 4RW4A 3K57A 4MLEA 4KKOA 1S22A 4B3TK 4NYFA 5KQDA 4LH5A 3OYBA 5TKYA 1C1AA 2RE2A 3LDLA 5GAGP 1U48A 4DTPA 1Q9YA 2OPSA 4E7HA 1KQSM 3KVGA 2P9KA 4FSVA 4LH4A 4AHVA 4JK8A 4Y1CA 3HXMA 5SZTA 4IOCL 2YX6A 2P51A 2NUBA 4CFDA 3QFUA 4Y1DA 1OVYA 3NBPA 3O3FA 4FPAA 1ATSA 3FR0A 4RTFD 1W2BM 2G8FA 4BROA 3UKRA 4C1NI 2X6NA 3SJJA 1NJZA 1JLBA 4JHDA 3PIPL 1NGFA 3EZ5A 3MAQA 1HNWK 1C0UA 2HHWA 2ASOA 2H3GX 4DV5K 1RT3A 4FLWA 5JVGL 3IG1A 2YHBA 2WOMA 3TPQA 4FZXC 5GINA 1B92A 3LL3A 4H5VA 4FLXA 4ZTFA 3UKUB 1B9FA 4DQ8A 3I33A 2QXLA 3HM8A 3GG4A 2HVIA 1HNXK 4CEDA 2UUAK 1YT3A 4CF9A 3ID6A 4CEOA 4NB4A 2PYLA 1WN7A 1SKWA 2DTUA 4DCHA 3UIQA 3W0LA 3NFAA 3AO2A 5HRSA 3IMXA 5AQFA 3SUQA 1KVBA 3ITHA 5ELZA 2OPRA 4FM2A 4KB0A 3L2UA 1VQ8N 4DV7K 3M6GA 2F96A 3CCSN 3ZYYX 4X66K 3P5JA 1NGEA 1ATRA 3R1XA 3MXMA 2OZSA 4FLVA 4CBWA 4DTOA 3T7ZA 2XRIA 1N6QA 5EOYA 3HP6A 3MDQA 4YNQA 3LM2A 4WF9L 1K73O 3QEPA 2GWJA 1TAUA 1YVNA 2UYTA 1D9FA 4BRDA 2KKZA 2V52B 4I9QA 1ZBFA 2ZJRL 3T1HK 2PBDA 2OZMA 3AVGA 1J6ZA 3IAYA 4PKIA 2I7PA 3FFIA 1VRUA 3PO4A 1KCFA 4FJ8A 3VETA 4EHTA 1RDUA 3LP0A 4DKWA 1NG9A 4CZJA 1HYZA 3O4NA 3NGYA 1RDDA 1WLJA 3L3UA 3CIPA 1HJRA 3V9XA 2UU9K 4O44A 1RT1A 5LMNK 3HL8A 5AZJA 1VAZA 2FC0A 3K59A 3AA5X 1A5VA 2VG7A 5M1QA 2HSTA 3QERA 4FLZA 1Q8IA 2E6LA 3OBYA 4B9TA 3K9KA 3O3HA 4V19S 2KQ2A 1JLAA 3VQ9A 2QWMA 4KHSA 4PKHA 4LF8K 1YI2N 5AQXA 5GADP 1QQOA 4CHQA 1SL0A 4HVJA 1L3TA 3AARA 5HP1A 2G8KA 1EO1A 3BGRA 4KH5A 1S1UA 1ITGA 3V1RA 5EXWA 5C25A 4CZLA 4JS4A 2KFNA 5DM7L 3VQAA 1P8ZA 3D2FB 3OJUA 1WAFA 4C8NA 4W5TA 3DXKA 4CBXA 5ADXA 4NXNK 3AVNA 2RN2A 1KAZA 1JCGA 2UXDK 4BQLA 2A3ZA 4FWNA 5T7BA 4E7LA 1NKBA 4ID5A 1VSFA 4M41A 1NNEA 3T3FA 2VGMA 2Q36A 3T19A 4A5AA 3VF6A 4B8AB 4OX9K 4KHPK 2A42A 4CVNE 2VWBA 2RKIA 4DF4A 2QXFA 3CFPA 4IWVA 3QEIA 2ZGZA 5B8HA 5F1XA 3A2FA 2GELA 3OYFA 3SQ0A 4NLCA 3WXJA 1DKGD 2P9PA 1S6PA 2B4JA 4FJXA 4O4GA 3U4LA 4JV5K 4GKJK 3SQ4A 2G8HA 4JN4A 2XHBA 4DTMA 5AFUA 3ZSZA 1NMDA 3TAQA 1IH7A 4Z94A 1KRPA 3NVMA 1NJIO 2QM1A 3AVLA 1TV6A 3VTHA 4BQZA 4DV3K 2JLEA 2YNIA 4BDYA 1UA0A 3KTQA 2P9NA 3AVCA 2OYQA 2BANA 3TSQA 3SMPA 3LAMA 1JXEA 1HNVA 1ILYA 4H0XB 1ESVA 4AM7A 2UXBK 3O80A 4U7BA 3WQUA 5KPZA 3MN7A 2HBKA 1YAGA 4DV1K 2QW9A 1OH6A 3QMLA 4FJNA 1MA9B 3CC2N 3TU5A 1E4FT 1S72N 3AVAA 5M1OA 3SBTA 1JJ2M 1RCHA 3F2KA 3JSMA 1NWKA 2ATQA 4BRMA 3VF4A 3VTIA 3S3NA 2E2OA 4LFBK 3HK2A 1KXPA 2YI1A 4DTSA 4BRIA 1BDGA 2OCEA 2UXCK 2AA4A 4Z4CA 4YDUA 1RILA 3QNOA 1Q81O 3FZMA 1S6QA 4C8OA 4M3YA 4CF1A 1BISA 3OYAA 3ZT3A 3K5NA 4DU3A 1NGCA 2RPIA 1VSLA 5KQ8A 2CGJA 3LDQA 2KW4A 2Q31A 3BZKA 2YV0X 3THXB 3AVMA 4CIFA 4CJVA 4JEPA 4WYBA 1VQ9N 4IFEA 4JRQA 2GTDA 2D4WA 2O8BB 3O08A 3AGRA 3ZSQA 4FW2A 4QOZB 1J53A 1X3MA 1U6ZA 4PKGA 4CEZA 4CBUA 1IKXA 3CETA 3WQTA 4CGDA 3OYIA 3O4QA 4EP4A 4JRPA 4OJRA 1WOQA 4EZ6A 3CCVN 1RBUA 1TL1A 2P9IA 1KLNA 1IKVA 1HR0K 4DQSA 5FPMA 4C8MA 3PX6A 4LFCK 4WQ4C 3I56N 3LDSA 1VSHA 4BVOA 5J2NA 3KD1E 4PUOA 1QQCA 4CJ7A 4BGAA 4KHYA 3ZCMA 1X9SA 3EL2A 2Z1HA 3MECA 5KI6A 2FSKA 3V6DA 4OPKA 2NRTA 4ISFA 3CJBA 5HOOA 5BR9A 1HMVA 3U3YA 4N56A 4DB3A 2G8UA 1KC8O 4DS4A 4H5RA 3ID8A 4FPBA 4JD2A 4R79A 1QTMA 3ENBA 4A62A 2O8DA 4GW6A 2QWLA 5D3GA 3CC4N 4NO7A 2Y1IA 4B08A 3NGZA 1L5UA 2GUPA 1UAXA 3VEWA 3CMAN 1T3VA 3CJCA 3O4WA 4CJ3A 2PY5A 1R59O 3SBGA 1W0HA 2A1SA 3ZSRA 2ITMA 4CJSA 1G15A 3OYJA 4E3SA 1T8EA 4B3SK 2VQEK 5AJ3K 1TGOA 1YJNN 3DI6A 4RW7A 3V9UA 2E5LK 2E4LA 3EYZA 4XH4A 4MDAA 1NK4A 4AHTA 1W9HA 2YJEA 3JYTA 2ZM6K 4AH9A 4DV4K 1JXBA 4BR5A 4Q5VA 1QSYA 3VOVA 3I8BA 5I9EB 3ENHA 3SUOA 4NYNA 4KBOA 3EZWA 1T05A 4O5BA 1P90A 1YXQA 3B6OA 1TK0A 4KH6A 3QESA 3VQDA 1HYVA 4RCHA 4OGCA 3MCAB 3TI0A 1GLFO 3E9LA 3LP3A 5AQIA 4KHUA 4FZZA 3CCLN 2QK9A 1RDCA 3LAKA 5JS2A 4DLEA 3RRGA 1KD1O 4FWKA 4CJPA 2HBJA 4FJHA 5HROA 4M42A 5BRDA 1K9MO 1MU2A 4YOVA 5DMRA 3IFRA 4FOEA 3FZKA 3DAWA 2F8TA 2HHXA 3H45C 1QSLA 3FZHA 2B6AA 4B3OA 4FW1A 3PIOL 1WSEA 3C7NB 3SCXA 5ADXH 4BC5A 1SZ2A 5CZ2A 3BY5A 2ZF5O 4IG3A 1W7AA 3O9TA 3MWPA 5AQYA 4M3TA 2E8AA 5FRNA 1VQ5N 1Z6RA 2D0BA 4F4KA 1YJ9N 4CEBA 4OGEA 2EWSA 4QCLA 1JKHA 4DTXA 2OPQA 2ZGYA 1YVUA 1N34K 4TSXA 2A40A 4RW9A 3MN6A 4ELTA 3QIOA 3VEYA 4B1YB 4DS5A 3K2PA 5M1KA 2ASPA 5LJVA 5DK5A 4E7IA 4J2BA 5JLFA 2OTLN 4BR2A 5SWMA 1XNRK 5CHIA 4FJGA 1EWQA 1RTJA 4EP5A 4H4OA 5JMVA 3S41A 3THWA 5AFUH 4F9OA 2IGIA 3L8BA 3CCUN 1ASUA 4YOYA 3TTFA 3U3GA 4IKFA 2O8EB 4M3UA 1NGJA 1YHQN 4B1VA 4CJFA 3F5TA 5AQMA 1VSMA 3VGMA 3CJ9A 1U47A 1TK8A 2QWOA 3A5OC 2P9UA 1GLBG 4U67L 3BF3A 3H46O 3KLHA 2QWRA 3HVRA 3AO3A 4K8XA 1Y64A 3LDOA 2VCPA 2IS3A 3K5LA 2FBXA 1LWEA 4CJQA 4DTUA 5AQGA 2WTUA 1NU0A 4DR2K 4KO0A 4JI3K 4H4MA 4PY5A 1UWBA 3MXJA 3SNNA 2DPNA 1BCMA 4B1UB 4CW7B 5KRSA 1TYQB 3KD5E 4NLBA 1HYSA 4PHTX 4BACA 4RW6A 4H5NA 1KVAA 2Q0RA 3ZSYA 4IXCA 1S1TA 3FZFA 1K8KA 3CHWA 3MEDA 4ZHRA 3O9RA 3O8MA 4LF9K 3CMEN 4BWJA 4JKDA 3OYHA 2HHVA 3MX5A 5CYQA 1BOTO 3H6EA 3R8EA 3M8RA 3NDKA 2CH5A 3QNNA 2O8CA 1UOCA 2ITGA 3HSCA 3D0PA 4FM1A 2W6KA 2AP1A 2P5OA 1NK9A 3SAHA 1HQEA 4CJWA 1FK9A 1K8AO 1RBTA 5AQPA 2YJFA 2QKBA 3ULEB 3DLEA 1DLOA 3DLRA 4WE1A 1VQON 4O5FA 2J4RA 1OKJA 1S1VA 4A57A 2P9SA 2P5GA 2NRXA 2CH6A 1HKCA 3CC7N 4M7YA 5AQUA 4AF1A 4GV3A 4CEQA 3K9JA 2WONA 4CHOA 3EKSA 3ENOA 4GKKK 3TAPA 4FYDA 4IOAL 3TAGA 2W6LA 4CHZA 1CZAN 1OH7A 3QFPA 4RW8A 3G10A 3I0RA 2KTQA 3DXMB 1X9MA 3E01A 3L4QA 2E1YA 4I6MB 4JYAK 3N4PA 5LJWA 3VF2A 2PAVA 3CCEN 5CE3A 3L3VA 5M1NA 3LZJA 3NF8A 3WNHA 4CFBA 4BDZA 1SUQA 4FJLA 3HPOA 4DHYA 4GV6A 2D1KA 3AAQA 3CCQN 1XHXA 3WEEA 3J81O 3L2VA 5J1EA 3OYLA 4KHNA 2F8SA 3MMVA 5K14A 1T44A 4CERA 4Z0UA 1QS4A 4HWIA 4FLUA 3LZIA 3RWUA 1D8YA 5IT9O 4CF8A 2QTDA 3F9KA 4AHRA 1I39A 3QICA 3C7NA 4BG8A 4B9SA 2NRRA 4FK2A 3T69A 3TAEA 5C12A 5HRRA 3NF9A 5AZIB 2O8FA 1BQMA 3AO1A 2IDOA 2OTJN 1RGIA 3ZT4A 3P31A 1KLMA 3NH2A 3M8SA 4BRPA 2HB5A 3V9SA 1IG9A 4CZGA 1BIUA 4NCGA 3DLGA 4CIGA 4OVLA 3CQ8A 4MO4A 5JVHL 3MX2A 1Q7YO 3O9SA 4JK9A 3VGLA 1DT9A 4BR7A 5F0XA 4KAZA 2IC3A 3OA9A 1V4SA 3BZCA 3U9ZA 2XY5A 3WXLA 4CE9A 4M3RA 1RTDA 3IS9A 3Q7CA 4A2BA 1GOBA 4JKGB 5GAHP 4BGBA 4DSJA 2BE2A 3ZSWA 2O8EA 4A2AA 3ZX2A 2CGLA 1A5XA 3P39A 3KLFA 3FZLA 1BG3A 3R6MA 3ZSVA 4UY8O 3H1QA 1QVFM 3C6TA 4HUEA 3KLIA 4J2DA 1S3XA 4FWMA 2FBTA 2V7ZA 1DTTA 3C65A 1F21A 3PX4A 4DFJA 2KFZA 3T1YK 4BRLA 3ZETB 4Y0WA 1NKCA 4F3OA 5EU7A 2D0PA 4JKEA 3QBWA 4DF8A 4IBNA 1I94K 2KLAA 5HRPA 3PSFA 1IO2A 2CGKA 3TANA 1X3NA 1ZBHA 2F9TA 4IO9L 1KSPA 1DTQA 1G99A 1LWCA 2O4GA 4K25A 4FJ5A 5C0YA 4BY9C 2A1RA 4JKCA 1HKBA 1S9EA 2RHKA 2X74A 3CXCM 3ATVA 2FSJA 4QS9A 2BGGA 3AVHA 4LF6K 4DR1K 1RT4A 3OYMA 2W41A 3SLCA 1VQLN 5C24A 2OANA 1VQ4N 4CGIA 1ASVA 1ASWA 3FGUA 3H3NO 3RR8A 1BIZA 3ULEA 3SV4A 3FLCO 2BTFA 5HRNA 4ILJA 3PV8A 4LSLA 4HUGA 3L6QA 2KHOA 3EKUA 4BE0A 3VQ7A 5GIPA 4YOXA 1GLJO 5J2MA 3H08A 1XWLA 3C6HA 2VQFK 3SQ2A 5F2RA 5GAEP 1BL3A 3SMSA 1T7PA 1U4BA 2JGUA 1BA0A 4B3RK 1TAQA 3AA2A 2Z1IA 4WFNL 3K58A 4OKKA 1QHTA 4B3MK 1RFQA 1BI4B 4KPYA 2ZE2A 1NMNA 1JLFA 4GVMA 1QQMA 1SQKA 3B8AX 4CZHA 2HMPA 5A2QO 4H0OA 3NVKA 3GBTA 3ZT1A 3UKUA 4CJ5A 1QHAA 3VQ5A 4A5BA 4F2SA 3TR8A 4YDUC 3AV9A 1N5YA 4BC2A 4OO1J 1Q18A 4IOXA 1CZ9A 4FWQA 1ZBLA 4PWDA 4QS8A 2ZJQL 4FJIA 3NE6A 4CJKA 3SV3A 5HL7L 4YY3K 3RMCA 1WSHA 3HRGA 4I7FA 4FXDA 3CQYA 5AQOA 3ZX3A 1RT7A 2Q1NA 4CESA 2ZWHA 1BGXT 1EP4A 4PL8A 4B1WB 4QAGA 4H0VB 2YHAA 1VRTA 3NH1A 3VQPA 1RTHA 4XEIA 3RMBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E1J A;  4WQ5 A;  1OH5 A;  1KFD A;  1VQ7 N;  2P9L A;  1LW2 A;  1NK7 A;  3DOK A;  4DQP A;  4J2A A;  2DFF A;  4OPH A;  2F9W A;  3CM5 A;  4X65 K;  3OJS A;  4JI2 K;  5AQK A;  3SZ2 A;  1TKT A;  4BRA A;  4O0I A;  3OW2 M;  5IWA K;  1QE1 A;  2HW3 A;  4RW4 A;  3K57 A;  4MLE A;  4KKO A;  1S22 A;  4B3T K;  4NYF A;  5KQD A;  4LH5 A;  3OYB A;  5TKY A;  1C1A A;  2RE2 A;  3LDL A;  5GAG P;  1U48 A;  4DTP A;  1Q9Y A;  2OPS A;  4E7H A;  1KQS M;  3KVG A;  2P9K A;  4FSV A;  4LH4 A;  4AHV A;  4JK8 A;  4Y1C A;  3HXM A;  5SZT A;  4IOC L;  2YX6 A;  2P51 A;  2NUB A;  4CFD A;  3QFU A;  4Y1D A;  1OVY A;  3NBP A;  3O3F A;  4FPA A;  1ATS A;  3FR0 A;  4RTF D;  1W2B M;  2G8F A;  4BRO A;  3UKR A;  4C1N I;  2X6N A;  3SJJ A;  1NJZ A;  1JLB A;  4JHD A;  3PIP L;  1NGF A;  3EZ5 A;  3MAQ A;  1HNW K;  1C0U A;  2HHW A;  2ASO A;  2H3G X;  4DV5 K;  1RT3 A;  4FLW A;  5JVG L;  3IG1 A;  2YHB A;  2WOM A;  3TPQ A;  4FZX C;  5GIN A;  1B92 A;  3LL3 A;  4H5V A;  4FLX A;  4ZTF A;  3UKU B;  1B9F A;  4DQ8 A;  3I33 A;  2QXL A;  3HM8 A;  3GG4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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