1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
5HL7L 2QEXN 4IOAL 3PIPL 1YJWN 3CCJN 5H1SQ 5DM6L 1VQMN 2OTLN 4IO9L 1Q7YO 1N8RO 1VQON 5GADP 2ZJPL 4WFBL 1YITN 1VQ8N 5GAHP 3CPWM 1VQ9N 3G6EN 1Q81O 1Q82O 3DLLL 1VQNN 4WFNL 4WF9L 1YHQN 1VQ7N 4U67L 1QVFM 1Q86O 1W2BM 1VQ5N 3G4SN 5JVGL 3CMEN 4WCEL 3CCSN 3CCQN 1JJ2M 1VQ4N 3CC7N 2ZJQL 3CCMN 1YIJN 5GAGP 1ILYA 3CXCM 1K73O 1KQSM 4IOCL 1VQLN 1YI2N 3CD6N 3I56N 3G71N 3I55N 5JVHL 1K9MO 1K8AO 3CCLN 3CCEN 5MLCQ 3CCRN 1NJIO 1VQPN 1M90O 4WFAL 3CC2N 1M1KO 3CCUN 3PIOL 3CC4N 1VQ6N 2ZJRL 3CCVN 1KD1O 5GAEP 4UY8O 2QA4N 3OW2M 1OVYA 3J7ZO 1YJNN 3CMAN 1S72N 5DM7L 1KC8O 2OTJN 1YJ9N 1QVGM 3CF5L 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK7A 3UKRA 5AQNA 4JK7A 2G8WA 3QEPA 4I7FA 4K41A 1BI4B 1HNIA 3M6GA 5AZIB 3OYNA 1H1VA 4CZLA 2QK9A 2BUPA 4YOUA 3TABA 2OZMA 4DV6K 2D0BA 1VQ9N 4CCHA 4K8ZA 4TSXA 2PY5A 4FK0A 3CQXA 1QQOA 1BWFO 3PSIA 1HYSA 1XQSC 3ZYYX 4C23A 3U4LA 3HP6A 4KFBA 4NCGA 3THXA 1Q86O 5JS1A 4DTUA 4PKHA 3DI6A 1F21A 4C1NI 4DKWA 5C42A 3KLFA 2E4LA 3O9RA 4N56A 4FOEA 4BVPA 3CCQN 3FZLA 4IDHA 1C1CA 2ZJQL 2BE2A 4CJWA 4CVNE 2G8VA 4CHPA 4CEAA 2O8FA 3HO1A 1DGKN 3KKSA 1T3VA 1VSIA 5LL6Z 4N5SA 2KLAA 2GUPA 5I9EB 3D6RA 4E7KA 4H0TB 2IVPA 3LM9A 1RT7A 3QNOA 3NF9A 3BZKA 4QCLA 4DR1K 4B3OA 1CZAN 2DY4A 3MEDA 1FW6A 3QBXA 1S1XA 4MQ3A 1Z6RA 4K43A 1I94K 4RW4A 3AGRA 2G8UA 2P9NA 3MXJA 4FJGA 2IC3A 2NLXA 4CERA 3EEQA 4M3YA 1NJWA 3NHGA 3H1VX 5HRPA 3CC4N 2V7YA 1VRTA 3LP3A 1KVAA 2GV9A 3O08A 2VGNA 1HLUA 2YKMA 4BROA 4RW8A 4CBUA 2A42A 3P1GA 4X64K 1BG3A 5E41A 3FGUA 1S72N 2ASPA 4IEIA 3E9OA 2KHOA 4CZGA 1KRPA 4DV4K 1ZBUA 2WFBA 4JI0K 3AVHA 1GLEG 1GOCA 4CGIA 1BL3A 4M3WA 1QS4A 1NG9A 4YHHK 1GOAA 3NGIA 4JKGB 1ESVA 3KVGA 3H45C 4JRQA 4KV8A 3LPUA 1Q81O 2NRHA 3CJ1A 1D5AA 3LDNA 4DR3K 4CJTA 3ULEB 4FLUA 4DTPA 4FYDA 4NXNK 3TANA 4FLVA 1RDBA 1OH7A 1ITGA 1N36K 1O1WA 5EX5A 5AFUA 4OGEA 5LMNK 4LD0A 2G8IA 3CCSN 4BRIA 5E84A 1TKTA 4DUZK 5AQHA 1RTDA 3DXMA 4DB3A 5BPLA 4CHOA 1FJGK 2YV0X 4CF0A 3THYA 3DWLA 4FWNA 4H0XB 4JKAA 1XNQK 4CFAA 2FLOA 2HBLA 1HPMA 4CFCA 1YI2N 1XC3A 4YDUA 4F9OA 2Q1NA 3VQDA 3OYGA 4E1MA 1NKBA 3WQUA 3HTVA 1K9MO 3RWUA 4K25A 2BANA 3VF4A 2F4VK 2GX9A 4BR9A 2YKNA 3OHRA 4CHQA 5AQVA 4G9ZA 4MDBA 3L8BA 1QSLA 4BG9A 3FFKB 2X78A 1VSFA 4E19A 4OGCA 2QWRA 2UU9K 2DFEA 2HMPA 5SZTA 3G25A 3PX0A 3HM8A 1TK8A 3SQ0A 1NK6A 3C65A 4DTMA 4R79A 3RSEB 4C8KA 2H3GX 3ZT4A 3L2WA 4FJHA 3P83D 5M1OA 4KO0A 4E7JA 3WXMB 3JXUA 4CZHA 3A5OC 4I2PA 4ISFA 3UIQA 3VQPA 1S1WA 4M3TA 4BWJA 4FM2A 1NK5A 4ELTA 3A0IX 3O3HA 3RRHA 1SKSA 1X9WA 4AM7A 4CGFA 2ZD1A 3K0SA 4O8KA 2P9LB 1HNZK 1QHTA 2ZGYA 3WT0A 3SUNA 4JKEA 1S6QA 4O55A 4RCHA 1IG9A 1VQNN 5M1KA 3VEXA 4FVUA 5I42A 3NE6A 5BN8A 2A1SA 2ITMA 4DWIA 4U67L 5AQLA 3O3FA 3SK3A 1S1UA 3I0RA 1VQ5N 4BR5A 3LAMA 3H6EA 3HRGA 5AZJB 3H3OB 1VRUA 3GOIA 4NYNA 1XI1A 5KPRA 1LWFA 2WBNA 3T1HK 5CHIA 4KB1A 4LFCK 3SUQA 3ATVA 1SL2A 4ILHA 5B8HA 1XHXA 3V4IA 5IT9O 1RGIA 4BRHA 4AHUA 3THWB 3K5OA 4BQZA 3PO5A 3ZX0A 1HPZA 1KFDA 1VSEA 1A5WA 3C6TA 4ID1A 3ZETA 3THYB 3S9HA 3KLGA 3TTDA 2VQEK 3B6PA 1BCMA 1ATRA 3R8EA 3KK3A 4FWSA 4FM1A 4I9LA 3CCLN 4H0OA 2O8CA 4JRPA 2IIRA 4OO1J 3SV3A 3MEGA 5FPDA 1C0MA 3U6FA 1NGJA 2P5GA 3T1YK 4B1XB 1U45A 1VSHA 1RCHA 5AQMA 4JI1K 1XMOK 3TWHA 4OPHA 1QE1A 5AJ3K 3HPGA 3CCVN 4DTRA 4OPAA 4JS4A 1UA0A 3VQ6A 1KAXA 3DYAA 3AVMA 4IKFA 1EO1A 1SKRA 3ZSXA 3HT3A 5C10A 5TKWA 4WQ5A 1RFQA 5AZJA 1TV6A 3L3UA 5C15A 2DFFA 3IFRA 4JKGA 2F9TA 4LF4K 4WQ5C 4H0PA 1VSDA 2HF4A 3P38A 3OS0A 3SI6A 2DFHA 5KRSA 4IOAL 3NDKA 2XY7A 1VQMN 5KPZA 3CM6A 4FSVA 3KJVA 4E1NA 2HMIA 3HSTB 3AAQA 1RT5A 3U3GA 2XY8A 1RT2A 1L5UA 3EKSA 5HLFA 4RW7A 4J8FA 2XY6A 2EHGA 2D0PA 3TI0A 3AVFA 5JMVA 3R6MA 3HJFA 3L6QA 2DTUA 3DOKA 2A41A 2O8BB 1IBKK 3O9SA 4Y1DA 3C6AA 2YHYA 2HVHA 5CE3A 1HNXK 3S3NA 1N32K 2FSKA 1TKDA 1KVCA 4CJ3A 4ZTFA 3KKRA 3FZKA 3FZHA 3QEVA 2NNWA 5LY3A 3HSCA 1SKWA 4KTZA 2GUIA 3J8AA 4BE1A 4AF1A 3OYLA 1UA1A 1IG8A 1VQLN 3HK2A 1JLCA 3ID6A 4O0JA 2D4WA 2G8HA 4CESA 4F3TA 3I56N 2P9PA 3TAPA 4ELVA 2HHXA 5JVHL 3RMAA 4FWPA 2YNGA 3LP1A 3MWTA 3MN9A 4NLCA 4FJJA 3OY9A 3G10A 4F2SA 4I9QA 4WFAL 4BY9C 3EZWA 4LSLA 3QB0A 4CF8A 1SL0A 4J2EA 4A61A 2RF2A 1GLDG 3U3YA 4IXCA 4OLAA 3VGMA 4CZKA 5CY4A 4X65K 4GVMA 4FJIA 3QFPA 1ZBHA 4BDZA 4CJKA 3DRPA 4RTFD 3TSUA 2Q97A 3U9DA 4BR7A 3AVLA 3CQYA 4PQUA 1EKEA 4U7BA 2ZE2A 4IOXA 1Q9YA 3OYFA 1REVA 4W5TA 4DSKA 5EOYA 1RDCA 3T19A 3F9MA 3V9SA 3CCJN 5H1SQ 2ZGZA 3Q7BA 5CYMA 5M1FA 5C25A 5GADP 3DLEA 3HM9A 3SBGA 4ILGB 2AJQA 4LFAK 1JXEA 1NOZA 1MWMA 3NCIA 3QEIA 3E01A 5KGWA 4FW1A 1EWQA 4HUFA 4KRFA 4CJUA 2QXLA 3MX5A 4FJLA 4DR4K 1YHQN 3OVNA 1VQ7N 1NBWA 1KXPA 2CGJA 3ZSYA 3RR7A 2RHKA 5KQDA 4B3TK 4EP5A 4KTQA 3ZX2A 2YNIA 4LC9B 3QBWA 2HNYA 2HW3A 1VQ4N 3M8QA 1NKCA 2Z1HA 3UKUB 3P39A 1ZBFA 2P9IB 3CPEA 5F2RA 1LWCA 3VQ7A 4XH1A 4BC2A 3SJJA 2DPNA 4H03B 1UWBA 4GV6A 1S5JA 3DLRA 3AA5X 1CZ9A 1L3UA 2Q31A 4DQPA 2GWKA 4CD3A 3VQ4A 1J6ZA 1D4XA 3CQ8A 1IKYA 2RKIA 4BWMA 2VWBA 4CJSA 1NJIO 2E88A 5E26A 1G15A 3WUHA 4CEFA 1RNHA 3SQ4A 2UXDK 5J2PA 3WNHA 4A62A 1S6PA 1S22A 2YNHA 4DSEA 5BR9A 1RBRA 3M8RA 4JEPA 4IBNA 4W5QA 3DLGA 3TAMA 4CJQA 2GWJA 4N76A 1KD1O 4DQRA 3QNNA 4ZTJA 1JLBA 1IKVA 3JSMA 5KI6A 4BE0A 5BR8K 3OTOK 2OTJN 2O8EA 3CJAA 3D2FA 2FBVA 2E1YA 4F2RA 4FWLA 1O13A 5HL7L 2P9KA 4ELUA 3MCPA 3MEEA 1T8EA 4OX9K 4HWIA 4FVMA 3K5LA 5BRHA 1D9DA 3I0SA 5F1XA 4G1QA 1HNWK 4LY7A 4YDUC 4JI2K 5JLHA 2W6KA 3VF6A 3ASMA 5FPEA 3DAWA 3DLLL 3QINA 3A5MC 2JLEA 3G0ZA 4FWQA 1LW2A 1RBSA 4CJVA 4DG1A 4B9QA 4JKFA 5SWMA 2QWLA 4FZYA 3LDPA 2E5LK 1S1VA 1NK9A 3IUCA 3IKMA 3MX2A 2OYQA 1JL2A 5AQOA 2Q0UA 3C95A 4WCEL 5EVZA 3J81O 3SAFA 2O8DB 5FPMA 3C94A 3TAEA 4YFUA 2O8CB 3PV8A 2P9SB 4CGGA 4CK2A 4KI6A 3HPHA 2AA4A 3VN5A 1WUAA 1HKBA 3DRRA 3EN9A 4OVLA 2Y1JA 3OYMA 1HNVA 4CK3A 4LF8K 2D1KA 1T03A 3DXMB 1K8AO 1JXBA 1WSFA 2YCHA 3JAMO 1S1TA 1DT9A 4FJXA 3TARA 4HVJA 3HVRA 3OYJA 4BRLA 4DFJA 3NVKA 4M3UA 1EX4A 1LAVA 1SL1A 2PYJA 2NRVA 4LFBK 4GNIA 4CECA 3UKUA 4WE1A 3SPYA 1MWKA 3DLHA 3WXJA 1FKOA 3BP8A 3ENOA 1GLAG 1WAFA 4AH9A 4EP4A 2O4IA 1XWLA 3VQCA 3EE8A 3DLBA 4B1WB 4BG8A 5D3GA 4CIGA 4CIEA 3CF5L 2HBMA 2YHWA 1X1PA 4XIUA 2YHAA 3H1QA 1IBLK 3L4QA 3CETA 4EZ6A 2JGUA 1XMQK 1KAZA 3L0QA 3WQTA 4FL9A 4CF1A 5IWAK 1L3SA 3SV4A 1BQNA 2FSJA 4RW6A 4BGBA 1VQ8N 1E4FT 5GAHP 1IJJA 3BF3A 1NNEA 1W97L 4DFPA 2IVOA 4WFNL 3AARA 1V4SA 2FBTA 4X62K 4E3SA 3GL1A 3VGLA 1NGGA 1JKHA 5CR4A 4AM6A 4O4GA 3CJ7A 3MN7A 1TK0A 4DQQA 1IO2A 1WNSA 3NF8A 3LL3A 4Q5VA 4O0IA 4V19S 3ISNC 1NU0A 3OYEA 4E0DA 1DTTA 4BR0A 3U8XA 4HCBA 3THVA 4M3RA 1E3MA 2J4RA 1QHAA 1IKXA 4RW9A 1BDGA 3FZFA 4PKIA 1KAYA 4DU1A 3K5MA 2QWOA 4CGHA 4OKKA 2O8FB 4EHTA 1J5EK 4NCAA 2P9IA 3AAPA 2KW4A 3CHWA 1I39A 2HF3A 2IS3A 1ASVA 3SYZA 1OH8A 4C8MA 3ENHA 3AVJA 3QO9A 1JCGA 5KGXA 3TSQA 1CXQA 1M1KO 1HUXA 3O1BA 5BRFA 2JWKA 4DFKA 3BF1A 1QTMA 3DLKA 3O3GA 3LDSA 3BDPA 3RTVA 3PIOL 3LDLA 4Z4GA 3LWMA 1NGDA 1RILA 2E1ZA 2OCEA 1QQCA 3J7ZO 1YJNN 3NGYA 4JV5K 3QEXA 2QWNA 3EE9A 3LAKA 4AHRA 5AQSA 3QEWA 1D8YA 3IAYA 1J5OA 4B3SK 1T6DA 4H5NA 2OANA 1NGEA 3BGRA 4IDKA 1RTIA 4BQLA 4FK4A 1KFSA 1W7AA 3SAGA 1KCFA 2E6LA 3RR8A 4EAHD 4A5BA 4WFBL 1NGAA 3CPWM 2F7TA 2D0OA 4DR5K 5ADXA 4M63C 1YXQA 1NKEA 1P90A 1X3NA 2FF6A 4KKOA 4L8RB 5J2QA 1HQUA 5JLFA 5HP1A 4CZMA 3QFUA 3MK6A 5AQUA 3LANA 4DV2K 2G8KA 4DQIA 3FR0A 1X9SA 5F0XA 4DSIA 4Q0BA 4CE9A 4FZXC 3C6UA 3CC7N 1OKJA 4DU4A 3LDQA 1TVRA 3O5BA 4A2AA 2V52B 3WNFA 2IDOA 4JK9A 1ZYQA 1VSLA 4CJ7A 2HHHK 5J1EA 2QTDA 2WC9A 4CZFA 1QZ6A 3VMFB 4BRMA 4FK2A 2HVIA 2W6LA 2D0AA 2BTFA 1HX1A 3QMLA 2YHXA 3TAGA 1GLJO 1WSHA 1M90O 3ENBA 5BN9A 3T3FA 3J7AP 1TL1A 4XH5A 2CGLA 3OA9A 1NGIA 1VAZA 4DFMA 2Z1IA 4H8KA 3AO2A 1UOCA 1VQ6N 2ZF5O 2P9UA 4UY8O 4K42A 2HBJA 2BGGA 1W9HA 4IEEA 3SLCA 1X9JA 3AO5A 3VENA 5A2QO 1OH5A 4DF4A 3ZSOA 1XUPO 5HRSA 2YJFA 5AQJA 5AQZA 3AO4A 2QKKA 3JS6A 1HYZA 5DMRA 1J53A 3UKRB 3ZCMA 3SPZA 4JD2B 2WONA 4BC4A 1K8KB 3VERA 3W0LA 2Z1GA 4OKEA 1NK0A 4CFBA 2ZJPL 4JKHA 1JCFA 3A5NC 4BC3A 4IG0A 1SQKA 4Z0UA 2W42A 4Z4IA 1B9FA 4AILC 2VG7A 1YF5L 1Y97A 2PYLA 3K57A 4FWMA 1QZ5A 4LH4A 3NF7A 3VQ8A 3ZEUA 2CH5A 3SQ1A 5T7BA 4XH4A 4NB4A 3ZSVA 2F9WA 3VTIA 3QICA 4QS8A 3MXIA 4B9LA 1NGCA 3HZ6A 4C8LA 1C1BA 3CJCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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