1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
1K73O 1YITN 3CCLN 3I56N 2QEXN 1VQLN 1QVGM 1VQ9N 1OVYA 1QVFM 5JVHL 3G6EN 1VQMN 5GAHP 1YHQN 5JVGL 2ZJRL 3CMAN 2ZJPL 5HL7L 1VQ5N 5DM7L 1Q7YO 1VQ8N 1ILYA 1Q81O 1YJNN 1YJWN 1W2BM 3CC7N 4U67L 1YIJN 3CCJN 4IO9L 3CCQN 1VQ6N 4WF9L 1M1KO 4WFAL 3CPWM 1VQON 3G71N 4IOCL 1K8AO 3CD6N 5GAEP 5MLCQ 1KC8O 3CMEN 1YJ9N 3I55N 4WFBL 4UY8O 5GADP 3CCUN 1Q86O 1KD1O 3PIOL 4WFNL 2QA4N 1S72N 1VQPN 1VQ7N 3DLLL 2OTJN 3J7ZO 3OW2M 3CCMN 3CF5L 3CCEN 1NJIO 1VQ4N 4WCEL 3CCRN 1Q82O 5DM6L 2OTLN 2ZJQL 1JJ2M 3CCSN 3CC2N 1VQNN 5GAGP 3PIPL 3CCVN 1VQKN 3CC4N 1KQSM 1M90O 4IOAL 3CXCM 1N8RO 3G4SN 5H1SQ 1YI2N 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHCA 4W5QA 3BDPA 1J9AA 3CJ1A 4PQUA 1RTDA 4CF1A 2D0BA 4PKIA 1NJYA 3DLRA 4M7YA 5BPMA 4DSIA 3AVBA 4DFMA 4JKGA 2QWLA 4QCLA 4PKGA 5AQRA 5BPNA 4FJMA 3AAQA 4KHQA 4CGDA 1YTUA 2VG5A 1CXUA 1LW0A 3WNGA 3KLIA 5M1FA 5F1XA 4CJ7A 4DU3A 3H08A 5AQPA 3WT0A 1NJZA 5ADXH 1HR0K 4HTUA 4BREA 2HNZA 1IV0A 5AJ3K 3CJCA 1LWFA 3MDQA 1G99A 3I0SA 3VMFB 5C42A 1YIJN 1FKOA 3C6TA 5C2DA 1N32K 2XY8A 4A59A 3OY9A 2P9LB 1F21A 1QQCA 4AHRA 4CHYA 4A61A 2XHBA 5E26A 2IGIA 1NK4A 3VESA 3AVHA 3J8AA 4BR0A 4DFKA 5B8HA 3F2KA 2P9LA 4K8XA 3DLLL 3DRSA 2YJEA 3M8RA 2YV0X 1CXQA 3C0BA 3QEWA 4FWKA 4H5NA 4B9SA 3O1WA 1GLLO 1X9MA 3OYMA 4YOVA 4E89A 4O44A 4JS5A 3VPZA 2AJQA 5DM6L 4CEEA 1DLOA 2UUBK 5KI6A 4JLHA 1IKVA 1S9GA 3KKSA 3K9KA 4OKKA 3KZBA 2B6AA 3DI6A 3ZSXA 1X1PA 1MA9B 2GUPA 3CFPA 1DKGD 1WAJA 1EQYA 2PAVA 2YHWA 3THXB 5E84A 1L3SA 3VF6A 2IAJA 4M41A 3TTFA 3KLFA 4JI3K 4Q0BA 4B9VA 5KQ8A 3PY8A 5AQJA 1TAUA 4YHHK 3WNFA 1NK8A 1FJGK 4W5RA 1BA0A 1KVCA 5CHIA 3OYKA 2ZM6K 1HKCA 4IWVA 4CFCA 1BG3A 2OZSA 2OCEA 3O8MA 3DRPA 4FWLA 1NU0A 2ZQBA 1BU6O 2A1SA 4AILC 1D4XA 4NB4A 4CIEA 3WNEA 1QE1A 2WONA 1ATNA 3ENBA 2OZMA 3C7NA 4HUGA 3TAGA 4J2EA 4JK9A 4BRKA 3TSQA 3KIOA 2DPNA 4KRFA 3O3GA 5EXWA 2HBLA 2HHVA 1Z6RA 1LCUA 1XNRK 3AA5X 4AQYK 2X6SA 1XQSC 1L3TA 4DQIA 4DCHA 3CD6N 1RNHA 5FPEA 4Y1CA 2WC9A 3RRHA 2BE2A 2GBZA 3NH1A 5JLHA 4GMJB 4FLYA 2KQ2A 3AARA 3N4QA 1TK0A 1I3AA 3LWMA 3N4PA 1NK5A 3ZX2A 1SKRA 2QKKA 3E9PA 3J7AP 3CERA 1NG9A 1HQEA 4FK4A 3J7ZO 2UU9K 2DFHA 4FZYA 3HXMA 3TTCA 2P5GA 4B1WB 3CETA 5BPLA 1A5XA 4DU1A 1ZBUA 3ZSOA 1NGJA 4J2DA 4DUZK 4DQQA 3O9QA 1IO2A 3R8EA 3ZSVA 1IBKK 2E2PA 4KB1A 3DOLA 3V4IA 1ATRA 4DF8A 3C94A 4DR3K 3MXMA 3IKMA 4L3QA 2HF4A 4ISFA 4DU4A 3VEOA 2VQFK 4AH9A 3G4SN 3SCXA 3K58A 1LOTB 2A5XA 4CW7B 2UXDK 2V51B 4DV1K 2KLAA 4IOXA 4A2AA 3NGIA 4ZHRA 1QSSA 1JLGA 1OH6A 4JKAA 2NRZA 1IG9A 4KH4A 3VA3A 1VQMN 5KPZA 2P9NB 1L5UA 4DFPA 1SKSA 1L3VA 1KFDA 3CMAN 2ZWHA 4LFBK 5AQNA 2WOMA 2ZD1A 5M1QA 1NM1A 3RR7A 4YY3K 3QBWA 4YOYA 1GOBA 4GV9A 5JS1A 3M8SA 3W0LA 1W2BM 2VG6A 4GV6A 1YVUA 3D7EO 1X9SA 3OYFA 4CJPA 3JS6A 4F9OA 4H8KA 1N33K 1D5AA 5AR0A 3LZJA 3SI6A 4DV2K 3OYJA 1SAZA 5MLCQ 4JRPA 1RTIA 3BZKA 5JMVA 3QINA 4YOWA 1HYVA 4E7JA 1S3XA 4BG9A 3LAMA 4BRCA 4DTRA 4GY2B 2HHSA 4DR2K 4MLEA 4IG3A 1C0UA 1QSYA 4LFCK 2Q36A 5JLFA 4DV5K 1EWRA 4H5WA 4NCBA 4FLXA 2YKNA 4K8ZA 2HMIA 3B6PA 4M42A 3P83D 3T3FA 2NNWA 4BR5A 4E3SA 2Y1IA 2G8HA 5FLXO 1ZYQA 3HP6A 4EZ6A 3SV3A 5LMNK 1KSPA 3I8DA 3KKRA 2E4LA 3TPQA 5HRNA 3CC4N 1NMDA 4IDHA 3PV8A 2P9SB 3L2VA 3PX4A 1VSIA 2D0PA 2E2NA 3DXMB 3V9UA 3PO5A 2YNGA 3UKRB 5AFUH 1TGOA 3ZYYX 3S41A 3TAEA 2D1KA 3VQ7A 4CZKA 3NE6A 4O0JA 1GLJO 3NFAA 4KREA 1HPMA 3GL1A 1NKEA 1YHQN 3HTVA 4CEOA 3MX2A 4FXDA 3P5JA 1KFSA 2QWRA 3AGRA 2OYQA 3ZSRA 5C10A 2QWQA 3SPYA 1Y97A 1RT5A 5LY3A 3SQ2A 4BR4A 4FLWA 2Q3SA 3VOVA 4IJAA 3ZSWA 3TARA 4KHWA 4U67L 5C0YA 4CERA 2KKZA 1D8YA 1NGGA 3OBWA 3RMCA 1HKGA 3DMJA 3L2WA 4CEBA 1WSIA 4B8CA 1RCHA 3LL3A 2QWMA 2XO7A 1QZ5A 2IDOA 3RSEA 1ASVA 2Z1IA 4CJFA 3I55N 3ZT1A 1SZ2A 3WXIA 2R7YA 2OPQA 2I7NA 2XY6A 3G10A 3I8BA 2QA4N 5AQSA 3VQQA 3JSMA 2WBNA 4EIAA 3B8AX 4BGAA 1NK7A 4B9LA 3LDPA 4CD1A 4DMNA 4V19S 3UE5A 1NJIO 1BWFO 5BN8A 4WCEL 2WFBA 1S5JA 4H0YB 4M7XA 2KZMA 1TKDA 2HBMA 3ZETA 4QS7A 3SUPA 4C1NK 2FSNA 3CXCM 1KXPA 2A41A 4FJLA 2FF6A 4CF8A 4M3TA 4CF2A 2DY4A 2HHXA 4YOUA 4NCGA 4Z4GA 2HVHA 3D2FB 5EX5A 3Q7CA 4CZIA 1Z05A 5IT9O 3AVNA 3HOSA 1SS6A 4KV8A 4BRMA 2F9TA 3ZETB 4I2PA 2O8BB 2X6NA 2UXCK 4HUEA 2QW9A 4C8NA 4JN4A 4LF6K 1RDUA 1X9WA 4KFBA 4JKCA 4DR7K 3MXIA 4LF8K 1ITGA 4FCYA 3WEEA 3SYZA 4DTSA 4BDZA 2ZF5O 4JRQA 4YOTA 3K2PA 3K5LA 3NMUA 5CZ2A 3PUFA 3THWB 3A8YA 1KAYA 2GWKA 4CEAA 4DQPA 2E6LA 3T69A 1OH8A 3WEEB 3J7YP 1K6YA 1IKYA 4X66K 1MWMA 1HNXK 1T03A 3VGKA 4BDYA 3CQXA 5E41A 3HVRA 4LF7K 4ISEA 1BA1A 3SQ4A 3FLCO 1GLBG 2Q0UA 3AO4A 1JL1A 3H45C 3TWHA 4QS8A 3VETA 4G9ZA 3F5TA 3SUQA 3HM8A 4KTZA 3V1RA 3IFRA 1HX1A 2D0AA 4RW7A 4CBXA 3RR8A 5J1EA 1RDDA 5SZTA 1YJ9N 3IAYA 1S6PA 4C23A 2HOEA 3LP0A 3F73A 1P90A 2O8CA 5AQUA 1VQPN 4H0TB 5C24A 4I7FA 4EP4A 5KPRA 1MU2A 4KB0A 4HUFA 1QHTA 4A5AA 1NBWA 4FJJA 4CCHA 2QWPA 1XNQK 1EKEA 3EKSA 3WQTA 3CCRN 3OYEA 1TL3A 3NF9A 3QB0A 1OH7A 2QXLA 2CGLA 3CC2N 3EZWA 1TKTA 1UOCA 3EO3A 5HOOA 3QLHA 1IJJA 4AHUA 1WAFA 4Z4IA 1K8KA 1IH7A 2J4RA 1CLQA 2PFUA 4H03B 5A2QO 3OBYA 3AVFA 3CJAA 3JYTA 1YI2N 4DG1A 2P9UA 3LDOA 4KHNA 1U2VB 3L4QA 4DF4A 1SL2A 3WUHA 1IBLK 2QK9A 2FC0A 4DSEA 1YITN 5KRTA 2YI1A 3R1XA 5AQGA 4KO0A 4N41A 2YX6A 3ZCMA 4WQ5A 1XMOK 3S9HA 1VQ9N 5BRFA 1S1UA 2KFZA 1VSFA 4X62K 4DSJA 2IIRA 1C1BA 2FBYA 2P9UB 5TKYA 2EX3A 4OGEA 4RW6A 1ZBLA 2IOCA 4NCAA 1YXQA 3VTHA 1EETA 3HPOA 4FJGA 4A62A 3VEWA 3LM2A 3DLKA 4CK1A 3CJ7A 4EHUA 3KWIA 1J6ZA 1GLCG 2Q97A 1UA0A 3VQ4A 2FSKA 2P51A 5HROA 3AO5A 3I0RA 4B1VA 4FLVA 2JLEA 3KWGA 2FSJA 2HHQA 1ESVA 2WUSA 4FJKA 2FLOA 3O6WA 2HF3A 3L4IA 3OA9A 4RW4A 4W5NA 4C8KA 1VRUA 2IVNA 3VQDA 4BC4A 4CHNA 4CGJA 5GADP 3G0ZA 1VK0A 4ID1A 1SL1A 1X3MA 2O8DB 4BACA 2IVOA 1EX4A 5FPMA 3AA4A 3VA0A 3DYAA 4Z94A 4IKFA 5J2NA 3HRGA 5BRDA 1QQMA 1RFQA 3CCEN 5HP1A 1Q82O 2QXFA 4CHPA 1GLEG 4H5TA 1Q8IA 2CGKA 2Z1HA 4DSLA 4KTWA 3CCSN 4DTUA 1GLDG 3SLCA 2E2OA 2W41A 3PX6A 4IFYA 3SMPA 1ZXOA 4CHOA 3K0SA 4K25A 2G8IA 3DXKA 3HPGA 2KW4A 5CYQA 4CVNE 1U6ZA 3CJ9A 3K59A 1JLFA 4FYDA 4H0OA 4CZJA 1T8EA 1EO1A 1T6CA 1FXXA 1LAVA 4BE2A 3L3UA 1N5YA 1JLEA 1E4GT 2EWSA 4DS4A 3FE1A 1S6QA 1U49A 3VGLA 1QVFM 3HPHA 1FK9A 4AM6A 4OLAA 4O55A 5JVHL 4BRLA 4MFBA 3T1AA 3R3LA 5AQMA 3EN9A 1C1CA 4JD2A 2OPSA 5LJWA 3AO2A 2F96A 2OPRA 1D9DA 1NK6A 2Q1NA 4IJNA 5C12A 1NGFA 1B92A 3ZT2A 2O8CB 1VQ5N 3K5OA 4RCHA 5M1PA 4BRQA 2KZZA 1J53A 4DHYA 3NCIA 4JD2B 4LH4A 4MQ3A 1I94K 4CF0A 4BVOA 1WB9A 1DTTA 3JAMO 4IFEA 1V4SA 3CCQN 3M3ZA 2W6KA 2QWNA 3IS9A 3CPWM 1VQON 2YCHA 1SKWA 4FO0A 3VQBA 1S1WA 3H3OB 3KLEA 2E20A 4FWMA 2QM1A 3E9LA 1VHXA 3SJHA 1N34K 4HCCA 4ID5A 4W5OA 4KKOA 4UY8O 4DV7K 1VSEA 3F9MA 1KCFA 5HRRA 5KTQA 1O13A 2KFNA 3SPZA 1RGIA 2PY5A 1RDCA 3MN6A 4DLEA 4LF5K 3LANA 3KK1A 4LFAK 2NRWA 3L6QA 4KHUA 3PLAA 5D3GA 1RILA 2VWJA 3OYCA 3SAGA 3AVMA 1BISA 3QEPA 5EU7A 2QWOA 4A5BA 3L8BA 3LZIA 4LF9K 1JJ2M 4I6MB 4FM2A 2YNIA 4B3OA 1VQKN 1NLVA 2P9KA 5EVZA 2KHOA 5J2MA 1ZBHA 2UYTA 4RW8A 1NK9A 3VQEA 1ATSA 3VGMA 1BOTO 3ZT0A 3T19A 4LC9B 3GG4A 4DS5A 1WNSA 1BL3A 1TYQB 4QAGA 5FPDA 2YHAA 1ZBSA 3D2EA 4IFVA 4XH1A 3VEVA 4CJRA 3OS2A 1BUPA 1A5WA 3K5NA 5ADXA 5LMUK 1RDAA 3HL8A 1VQLN 2PYLA 3ID8A 4Z4FA 3DOKA 3ULEA 1OVYA 1RTHA 2F9WA 3WXMB 3D2EB 1WSHA 3G6EN 2F8TA 1FW6A 4CEZA 2GWJA 2YHBA 3P38A 2YJFA 1BIUA 1U47A 1MDUB 4FJ8A 1QQNA 5JICA 1YJWN 4IEIA 3ATVA 4PL7A 1UWBA 4HVJA 4Z4EA 3TSPA 4WF9L 1RDWX 5AQLA 4C8MA 3AV9A 5AQWA 5HRPA 2ASPA 3U4LA 4YNQA 4WQ5C 3LALA 4B1XB 5CZ1A 1ZC6A 3EZ5A 1KVBA 1S1XA 4F3OA 4JS4A 1KD1O 1HKBA 3AVKA 4JI4K 4RWTA 5BRHA 3EL2A 4PA1A 2HW3A 1T05A 5LJVA 3GE1A 4E19A 3SQ0A 3LP3A 4B3RK 4CJSA 3J80O 3AAPA 3KLGA 1S1VA 5GIOA 1RTJA 3OS0A 4OJRA 2V52B 1SUQA 2ATQA 2O4GA 3Q7BA 1JLBA 1JL2A 4BRIA 5I42A 1HNVA 1O1WA 1NMNA 3EE9A 4JKBA 4CJEA 4GKJK 1C0FA 1CZAN 4JKFA 2E1ZA 1Q9XA 1HNWK 3OYLA 4BRHA 4B1UB 1TV6A 4GKKK 1HYSA 1HRHA 3C6AA 1T7PA 1NOZA 3EKUA 4JEPA 5ELZA 3CIPA 4JHDB 4DTOA 1K9MO 4F8RA 1NGAA 4K41A 2HHHK 1KAZA 1I39A 3QEVA 4Z0UA 4X65K 3CJBA 2X78A 1WLJA 3O4NA 4K0KK 3NGYA 3FZLA 3SQ1A 4IXCA 1C0GA 4DSFA 4CF9A 3S3MA 3U3YA 5I9EB 4HHTA 2GTDA 3LDNA 4TSXA 1HPZA 3M8QA 4M63C 4KPYA 5KQDA 2FXUA 3WQUA 1NK0A 4MO4A 4IO8A 4DR6K 4BY9C 1LWCA 1VQ8N 4M45A 3PSFA 1LWEA 5EY4A 1T44A 4E1JA 3IG1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K73 O;  1YIT N;  3CCL N;  3I56 N;  2QEX N;  1VQL N;  1QVG M;  1VQ9 N;  1OVY A;  1QVF M;  5JVH L;  3G6E N;  1VQM N;  5GAH P;  1YHQ N;  5JVG L;  2ZJR L;  3CMA N;  2ZJP L;  5HL7 L;  1VQ5 N;  5DM7 L;  1Q7Y O;  1VQ8 N;  1ILY A;  1Q81 O;  1YJN N;  1YJW N;  1W2B M;  3CC7 N;  4U67 L;  1YIJ N;  3CCJ N;  4IO9 L;  3CCQ N;  1VQ6 N;  4WF9 L;  1M1K O;  4WFA L;  3CPW M;  1VQO N;  3G71 N;  4IOC L;  1K8A O;  3CD6 N;  5GAE P;  5MLC Q;  1KC8 O;  3CME N;  1YJ9 N;  3I55 N;  4WFB L;  4UY8 O;  5GAD P;  3CCU N;  1Q86 O;  1KD1 O;  3PIO L;  4WFN L;  2QA4 N;  1S72 N;  1VQP N;  1VQ7 N;  3DLL L;  2OTJ N;  3J7Z O;  3OW2 M;  3CCM N;  3CF5 L;  3CCE N;  1NJI O;  1VQ4 N;  4WCE L;  3CCR N;  1Q82 O;  5DM6 L;  2OTL N;  2ZJQ L;  1JJ2 M;  3CCS N;  3CC2 N;  1VQN N;  5GAG P;  3PIP L;  3CCV N;  1VQK N;  3CC4 N;  1KQS M;  1M90 O;  4IOA L;  3CXC M;  1N8R O;  3G4S N;  5H1S Q;  1YI2 N;  1K9M O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AHC A;  4W5Q A;  3BDP A;  1J9A A;  3CJ1 A;  4PQU A;  1RTD A;  4CF1 A;  2D0B A;  4PKI A;  1NJY A;  3DLR A;  4M7Y A;  5BPM A;  4DSI A;  3AVB A;  4DFM A;  4JKG A;  2QWL A;  4QCL A;  4PKG A;  5AQR A;  5BPN A;  4FJM A;  3AAQ A;  4KHQ A;  4CGD A;  1YTU A;  2VG5 A;  1CXU A;  1LW0 A;  3WNG A;  3KLI A;  5M1F A;  5F1X A;  4CJ7 A;  4DU3 A;  3H08 A;  5AQP A;  3WT0 A;  1NJZ A;  5ADX H;  1HR0 K;  4HTU A;  4BRE A;  2HNZ A;  1IV0 A;  5AJ3 K;  3CJC A;  1LWF A;  3MDQ A;  1G99 A;  3I0S A;  3VMF B;  5C42 A;  1YIJ N;  1FKO A;  3C6T A;  5C2D A;  1N32 K;  2XY8 A;  4A59 A;  3OY9 A;  2P9L B;  1F21 A;  1QQC A;  4AHR A;  4CHY A;  4A61 A;  2XHB A;  5E26 A;  2IGI A;  1NK4 A;  3VES A;  3AVH A;  3J8A A;  4BR0 A;  4DFK A;  5B8H A;  3F2K A;  2P9L A;  4K8X A;  3DLL L;  3DRS A;  2YJE A;  3M8R A;  2YV0 X;  1CXQ A;  3C0B A;  3QEW A;  4FWK A;  4H5N A;  4B9S A;  3O1W A;  1GLL O;  1X9M A;  3OYM A;  4YOV A;  4E89 A;  4O44 A;  4JS5 A;  3VPZ A;  2AJQ A;  5DM6 L;  4CEE A;  1DLO A;  2UUB K;  5KI6 A;  4JLH A;  1IKV A;  1S9G A;  3KKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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