1KS3A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ks3A00
1QUHA 3HTBA 3HU8A 185LA 148LE 4W57A 2O4WA 3V2YA 1P3NA 1LPYA 1XJTA 2ANVA 1L99A 1QS9A 1L89A 1QSQA 1D3NA 3C7WA 1KY0A 1LWKA 4W55A 123LA 1CU0A 1L55A 2B75A 1L13A 1L40A 221LA 1CV5A 1SX7A 1SSWA 1L26A 112LA 240LA 254LA 222LA 120LA 1L0JA 3SB8A 1L82A 213LA 1L30A 1L62A 4EKSA 4PK0A 4ARLA 243LA 138LA 4YX7C 1L90A 170LA 143LA 2Z6BA 3HDFA 183LA 1L19A 1QT6A 1DYFA 1L16A 232LA 4EPFA 1LYDA 1L06A 3CDVA 3FA0A 1L28A 147LA 1QSBA 177LA 244LA 3SBBC 1QTZA 1L31A 4I7SA 1I6SA 239LA 4EPIA 1L04A 1C6KA 1QTVA 128LA 4ARMB 3HTFA 4ARPA 4EKRA 1QUGA 258LA 180LA 1LYIA 1C6PA 1QS5A 1C63A 1G0QA 141LA 186LA 3HUAA 3C83A 257LA 129LA 1L83A 261LA 1L56A 3NY9A 113LA 1D9WA 1L33A 1LYGA 1OWYA 252LA 1G0JA 2F32A 1L48A 4S0WA 4EKPA 1CV0A 2OEAX 1OVKA 3DMXA 159LA 1C6IA 104LA 1L84A 206LA 241LA 3DN1A 4W53A 199LA 1L34A 1SSYA 2HUMA 3SB5A 2RB2X 2Q9EA 1L88A 1CUPA 3C8RA 1L68A 1L09A 1L18A 1L71A 1LGWA 212LA 3OE9A 236LA 188LA 1CU2A 2CUUA 1L20A 1D3JA 1CV4A 1ZWNA 1L17A 245LA 4EXMA 1T8AA 167LA 1L01A 1C6AA 1L49A 1P2RA 110LA 164LA 4W56A 3HTDA 3PBLA 1PQOA 139LA 2LZMA 150LA 171LA 196LA 3DN2A 3FI5A 1XJUA 219LA 3CDQA 1CV1A 1SX2A 2LC9A 146LA 1C6MA 1C6JA 4I7TA 5LZMA 4LDOA 1PQKA 3DMZA 1OVHA 1QT3A 1P5CA 226LA 1CVKA 1L65A 160LA 1OV5A 1OV7A 3DN8A 3JR6A 2NTGA 248LA 2O79A 155LA 3GUIA 1L96A 3HDEA 3C8SA 1L39A 218LA 1LYHA 2QB0B 119LA 190LA 4EJ4A 3GUKA 130LA 1XEPA 172LA 1L75A 1LWGA 1B6IA 3HU9A 1DYDA 3HH5A 2Q9DA 4YXCA 2OE4X 127LA 3SB7A 3FADA 4ARQB 1L07A 1G07A 2IGCA 1OWZA 1K28A 1C69A 7LZMA 1KW5A 1L69A 211LA 1L92A 2L78A 4DAJA 3DN6A 1L42A 2RBPA 4LDLA 3CDTA 1L73A 1KNIA 3D4SA 1L79A 1L60A 1DYEA 216LA 4LZMA 3DMVA 3HT7A 4K5YA 1QTBA 1PQIA 115LA 3G3XA 1L46A 1KY1A 1T6HA 1CV3A 1LI2A 260LA 1JQUA 3HH4A 191LA 1G06A 4E97A 1OYUA 1G0MA 1C6BA 231LA 4I7LA 4ARJA 3DN4A 4W58A 118LA 251LA 102LA 131LA 4W51A 2B7XA 3HT8A 192LA 2B73A 1LYFA 249LA 165LA 181LA 2OU9A 1P64A 1QTDA 3SN6R 109LA 238LA 235LA 225LA 3SBAA 3F8VA 1L45A 1QTHA 1QUOA 3GUMA 1LYEA 1L61A 1C6HA 200LA 3GUJA 1L27A 3RZEA 4GRVA 4I7JA 1L05A 1DYGA 247LA 210LA 1G0LA 1KW7A 2RB0X 1QT7A 1SWZA 187LA 1C6TA 1L14A 4I7NA 3V2WA 1D3MA 1CU6A 2B6XA 2ANXA 3C80A 3GUOA 233LA 228LA 1L44A 1CV6A 3VW7A 151LA 163LA 3ODUA 1L37A 1ZYTA 1L76A 2OU8A 2B74A 4I7OA 1L41A 1L85A 3RUNA 2OTZX 1L77A 2OE9X 1L43A 246LA 3C8QA 1L12A 2B6ZA 4W52A 3L2XA 1L25A 195LA 1D3FA 1L35A 1C61A 1C6CA 3DN3A 2OTYX 1P56A 3CDRA 1NHBA 2RBRA 1P6YA 3DNAA 1L95A 1CTWA 3C81A 4ZPUA 259LA 256LA 1LI6A 2B6TA 2RBOA 1L86A 126LA 3HT6A 1P36A 3SB9A 1T8GA 2RAZX 161LA 1L02A 3PDSA 3GUPA 144LA 1PQJA 137LA 162LA 1LI3A 4PJZA 3HWLA 227LA 3HH3A 1P46A 2B70A 1L52A 173LA 182LA 1L03A 1L80A 1DYAA 5I14A 4EKQA 108LA 1CX7A 1LYJA 3DN0A 4W54A 1L10A 1C62A 1C6FA 3CDOA 145LA 4W59A 1CUQA 230LA 2F2QA 1CU5A 4ARQA 1LGUA 1QUDA 3C82A 1C6GA 3SB6A 3GUNA 1C67A 4LDEA 1L87A 152LA 1L50A 1L29A 3HUKA 1G0GA 1L21A 1L97A 168LA 1P37A 2RH1A 2OU0X 1CX6A 2HUKA 220LA 1L98A 169LA 217LA 4OO9A 1C6QA 1WTHA 1T97A 4YXAC 209LA 189LA 3G3WA 1OVJA 2RBNA 3HH6A 1P7SA 4I7KA 1L0KA 2RAYX 1L72A 201LA 3K2RA 3G3VA 2B6WA 1L58A 107LA 2NTHA 1D2YA 1C68A 1T8FA 122LA 175LA 1C6EA 205LA 250LA 4ARMA 1L36A 178LA 157LA 1L66A 3C7YA 2O7AA 2B72A 1L00A 1C6DA 1L64A 262LA 176LA 1C64A 1SWYA 1PQDA 253LA 3OE0A 223LA 224LA 1L74A 4I7QA 3HT9A 2LCBA 114LA 1C65A 3OE8A 1QT4A 1L57A 1DYBA 1L54A 2B6YA 1EPYA 229LA 111LA 1L63A 3HUQA 4GBRB 1LLHA 215LA 1L94A 2OE7X 3C7ZA 1G0KA 103LA 1QT8A 4I7RA 1L38A 2RBQA 197LA 237LA 1C60A 1G0PA 4DKLA 3LZMA 1CU3A 1KS3A 166LA 1G1WA 2RB1X 2A4TA 1C6LA 1L93A 1L53A 1L08A 1LW9A 3GULA 140LA 1L59A 214LA 4I7PA 1L23A 3EMLA 1TLAA 142LA 255LA 1C66A 3DKEX 3QAKA 125LA 156LA 1C6NA 1P2LA 1QTCA 2RBSA 1L22A 3OE6A 3L64A 3NY8A 1L67A 158LA 1L15A 1D2WA 4DJHA 6LZMA 242LA 174LA 3UONA 2HULA 3NYAA 1L70A 1L32A 1L81A 3HTGA 1LGXA 2F47A 198LA 1JTMA 4IAPA 1L91A 4AQNA 1L47A 1JTNA 184LA 234LA 1G1VA 4I7MA 1PQMA 1DYCA 1L11A 149LA 1ZURA 1L24A 1L51A 3F9LA 1QT5A 2QARC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW1A 4LT1A 185LA 2O4WA 4DWXA 5HNLA 1LPYA 4HPIA 4J1AA 1HEWA 1IWTA 4CGEA 1QS9A 5DN5A 1KY0A 4ETAA 1CU0A 1JTOL 3CB7A 1HELA 1YAMA 1XGQC 1QDRA 2DKVA 1UIAA 1L26A 2HEDA 3LYOA 4B1AA 5DN4A 5E4PA 5F14A 4EKSA 1REXA 3J6KA 2HU3A 1CKDA 1LSFA 3AGGG 2EQLA 4GN4A 3AZ4A 2YBLA 4N0JA 1L19A 1QT6A 1DYFA 2ZQ3A 2Z37A 1JTTL 1L06A 147LA 1VDTA 1I6SA 4DD2A 4EPIA 4EKRA 3HTFA 4NHPA 3WMKA 4GN5C 3WL2A 1C63A 141LA 186LA 4NGIA 5ILFA 1LZ4A 1BWHA 1JKDA 1FKQA 1LYGA 3KAMA 1C6IA 104LA 2BQOA 3QNGA 2W1MA 1L34A 1IWWA 1H6MA 4UWVA 1L88A 4N8ZA 3G3AB 1WTMA 1L18A 1L71A 5HMJA 3BKHA 1LGWA 188LA 1L20A 4WM1A 3K3TA 1GF7A 4Z3MA 1ZWNA 1C6AA 1XGRC 1T6VL 4OWCA 1NHEA 171LA 1OUFA 1LSEA 5LVJA 1IORA 1BB3A 1QTEA 5LA5A 1CV1A 146LA 1C6MA 1C6JA 4LDOA 1A4VA 1GB5A 1LJJA 1OVHA 2B5ZA 4OWEA 5APDA 1P5CA 3E3DA 4NFVA 1CVKA 160LA 1RFPA 1OV5A 3DN8A 248LA 5LYMA 3HDEA 4EJ4A 4H8XA 190LA 3GUKA 2Q9DA 1L07A 1QSWA 211LA 3M18B 5LINA 4WOAA 1GEVA 1UIGA 4LYMA 4NHQA 4PPOA 4WM5A 1DI3A 3TXFA 1L79A 1F0WA 3DMVA 3HT7A 1WQPA 1UUZC 1IY3A 1PQIA 4UWUA 1CV3A 2LYMA 260LA 1JQUA 4CJ2A 1NQIA 4KXIA 1G06A 2D6BA 3TXIA 1JEFA 4XJIA 5L3IA 4ARJA 3DN4A 3TXHA 2XBSA 2HUBA 118LA 4NGVA 102LA 4W51A 154LA 1LPIA 1GF5A 2D91A 3RT5X 1YAPA 3SN6R 109LA 5KXMA 1LSCA 4WL6A 225LA 3F8VA 1DQJC 1QTHA 1LYEA 1B7MA 4UWNA 4I7JA 2DQCY 3LYZA 5FDJA 5LVHA 210LA 6LYTA 1G0LA 4WG1A 3WU9A 8LYZA 1CJ6A 1CU6A 3C80A 4RLMA 2I6ZA 1CV6A 2Y8PA 5C6IA 163LA 3EMSA 1TAYA 1LSNA 1LZ8A 3AJNA 3RUNA 2I26L 246LA 2HU1A 2B6ZA 1IR7A 5I53A 2LYZA 3L2XA 195LA 1QDTA 2X0AA 1C61A 6LYZA 4NSGA 3DN3A 2HTXA 1B9OA 3CDRA 3C81A 1GFKA 4IATA 5DL9A 3HT6A 1FLYA 1T8GA 161LA 1L02A 3PDSA 1REYA 2DQHY 4YF2A 1A2YC 1O23A 3B72A 2BQAA 2BQDA 4HTNA 4PJZA 2Z2EA 227LA 2Z18A 1P46A 1L52A 3A90A 173LA 1L03A 5I14A 1CX7A 1LHIA 1L10A 5KXXA 1C6FA 4W59A 4XJDA 2F2QA 1LJNA 1GDWA 1QUDA 2IHLA 4YEOA 1C6GA 3SB6A 3GUNA 1C67A 2W1YA 1XEIA 5HMVA 1L50A 4QDNA 1YILA 1AZFA 4LYZA 4OWAA 2MEGA 1P37A 2OU0X 1CX6A 1L98A 169LA 1F10A 217LA 1B7QA 1C6QA 3N9AA 209LA 1GEZA 1J1PY 5DM9A 1WQQA 1L72A 1HNLA 5I54A 1JJ3A 2W1LA 2NTHA 4BADA 4OW1A 2BQBA 1IX0A 122LA 1LAAA 4N1CC 205LA 250LA 1JWRA 1L36A 2MEIA 2CDSA 157LA 1L66A 4PHIA 5KXYA 1LZGA 1AT6A 2Z12A 1L64A 5J7CA 1C64A 1SWYA 1PQDA 1L74A 4I7QA 1C65A 1BVKC 4ZFPA 1L57A 1XSFA 229LA 4ET8A 1L63A 1OUDA 4N1EI 3HUQA 1IOCA 2HEAA 1LLHA 215LA 4TTDA 1WTNA 1IR8A 1G0KA 2RBQA 197LA 237LA 1C60A 1G0PA 4FDYA 1GFTA 9LYZA 1G1WA 3CSZA 1C6LA 5DLAA 3GULA 1HFXA 4N9RA 2A7FA 1D0KA 1IP2A 1L23A 3AZ6A 1TLAA 5I4WA 142LA 3A95A 2BPUA 5A3ZA 1BB7A 4CFPA 156LA 2RBSA 3WU7A 4NGZA 3EO5A 3NY8A 158LA 1JJ1A 1T3PA 1HEOA 1YL0X 2HULA 1L32A 1L81A 1MELL 3HTGA 1CJ8A 2F47A 1JTMA 4IAPA 1L47A 4L41A 3B0IA 1G1VA 1ZURA 1L51A 4DD9A 4ZIXA 1WQNA 1YQVY 1B5XA 3M3UA 4W57A 4ETBA 1XGUC 1HENA 2BQLA 1XJTA 2WARA 2ANVA 1BWIA 1L99A 1NBYC 1QSQA 1D3NA 1IIZA 4ANRA 1UACY 4QEQA 1L13A 3AZ7A 3CQLA 4TWSA 1IP3A 5II3A 1YKZX 1HSWA 4M6DA 222LA 4H9AA 3SB8A 1L82A 2NWDX 213LA 1L62A 4NGJA 3AGHA 5FELA 4ARLA 4H93A 2YBNA 2CJLA 3CT1A 3W6AA 4YX7C 3P65A 1L90A 3TXJA 1OUCA 5LVGA 2DQIY 1YAOA 1LJHA 1LCNA 1AM7A 4B0DA 1TCYA 183LA 4GLAA 4ETDA 1LYDA 5L9JA 1B5YA 1IWUA 1NWGA 177LA 1LJGA 3SBBC 1QTZA 1D0LA 5LXWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RW1 A;  4LT1 A;  185L A;  2O4W A;  4DWX A;  5HNL A;  1LPY A;  4HPI A;  4J1A A;  1HEW A;  1IWT A;  4CGE A;  1QS9 A;  5DN5 A;  1KY0 A;  4ETA A;  1CU0 A;  1JTO L;  3CB7 A;  1HEL A;  1YAM A;  1XGQ C;  1QDR A;  2DKV A;  1UIA A;  1L26 A;  2HED A;  3LYO A;  4B1A A;  5DN4 A;  5E4P A;  5F14 A;  4EKS A;  1REX A;  3J6K A;  2HU3 A;  1CKD A;  1LSF A;  3AGG G;  2EQL A;  4GN4 A;  3AZ4 A;  2YBL A;  4N0J A;  1L19 A;  1QT6 A;  1DYF A;  2ZQ3 A;  2Z37 A;  1JTT L;  1L06 A;  147L A;  1VDT A;  1I6S A;  4DD2 A;  4EPI A;  4EKR A;  3HTF A;  4NHP A;  3WMK A;  4GN5 C;  3WL2 A;  1C63 A;  141L A;  186L A;  4NGI A;  5ILF A;  1LZ4 A;  1BWH A;  1JKD A;  1FKQ A;  1LYG A;  3KAM A;  1C6I A;  104L A;  2BQO A;  3QNG A;  2W1M A;  1L34 A;  1IWW A;  1H6M A;  4UWV A;  1L88 A;  4N8Z A;  3G3A B;  1WTM A;  1L18 A;  1L71 A;  5HMJ A;  3BKH A;  1LGW A;  188L A;  1L20 A;  4WM1 A;  3K3T A;  1GF7 A;  4Z3M A;  1ZWN A;  1C6A A;  1XGR C;  1T6V L;  4OWC A;  1NHE A;  171L A;  1OUF A;  1LSE A;  5LVJ A;  1IOR A;  1BB3 A;  1QTE A;  5LA5 A;  1CV1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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