1KVAA

E. coli ribonuclease hi d134a mutant
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
source organism Escherichia coli
molecule tags Endoribonuclease
total genus 51
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvaA00
3OYMA 4M41A 3QINA 2QKBA 3MECA 4DU4A 1NOZA 2G8WA 4IFVA 3OYBA 3HYFA 1L3UA 3M8PA 3HK2A 4OVLA 2O4IA 1Z25A 4C8MA 3EY1A 4NCGA 1IH7A 4O44A 1Z26A 4CGDA 2A1RA 1HYSA 4IDKA 4GMJB 3SUOA 1KSPA 3PO4A 1VSKA 4W5QA 2R7YA 3SYZA 4DFMA 4Z4IA 4B9LA 4XIUA 4K8XA 4DSLA 4DF8A 1RTDA 4I9LA 4NYNA 4CEDA 3O4NA 3A2FA 5FDLA 4DG1A 3MAQA 4M3YA 3HPGA 3E01A 4CGHA 2E4LA 1X9MA 1TK0A 2ZQBA 1NK9A 1TAUA 2D5RA 4LSLA 3O3HA 2G8VA 1YTAA 1NK8A 3T3FA 3ZSVA 4B3OA 3LWMA 4J2BA 1JL2A 4Z4CA 1GOAA 1RDDA 2Z1IA 1BGXT 4RW8A 4AHCA 3MEEA 3V9UA 2XY5A 4FJ8A 1B9FA 4FZZA 3M8RA 3D45A 5HP1A 3L2WA 2RF2A 1N6QA 2VG6A 3KLHA 1T05A 1HRHA 5J1EA 4E7JA 2P5OA 3C6UA 3K57A 4CEQA 1C1CA 1CXQA 1LAWA 3T1AA 2HNDA 1DLOA 3CM5A 1C1BA 1QHTA 4GW6A 4FW1A 1C6VA 3ZT4A 3TANA 3THVA 2FBYA 4J2DA 1W0HA 3VQ8A 3ZSRA 4O55A 3AO1A 3L8BA 4BDPA 1ZBIA 4CJ5A 3NFAA 4CHQA 5KRSA 4CJPA 3NH0A 5HROA 4AH9A 1NK7A 1T03A 4OLBA 4KV8A 4M3XA 2Q3SA 2F8SA 4B8CA 3OS2A 3OYFA 3AVIA 4OPKA 4KRFA 5C24A 1JL1A 5E41A 3DRRA 2VWKA 4CF2A 5HRNA 3HXMA 2D0CA 4Z0UA 4CEFA 1SKWA 2BANA 5C25A 1BL3A 3SPZA 4OKJA 1ZBLA 2WONA 1R0AA 1JXBA 1QQCA 1FKOA 1I39A 2YNHA 2Z1GA 3NH1A 4DTRA 2PZSA 4B9UA 1ASUA 3CFOA 1TKDA 3SUPA 2IGIA 1SKRA 1U04A 2YHBA 3OYEA 1XHZA 1XWLA 2EHGA 3DI6A 3NAEA 4L8RB 1X1PA 3RWUA 2HB5A 3AVFA 3V9ZA 3KLFA 3CFPA 3OVNA 4WE1A 1D9FA 4C8LA 4CIFA 2KZZA 4N56A 4PWDA 4CFBA 3P83D 3HVTA 3OS0A 4C8NA 4FJNA 2B5JA 4O4GA 3ZSQA 4FLTA 4FLZA 4IBNA 4ZHRA 2GV9A 1HMVA 5K14A 4AHSA 4IG0A 3B6PA 3U3GA 4CERA 4CEBA 4IFYA 4JRQA 1LWFA 1IKWA 5J2PA 1RDAA 3AO5A 1Q9XA 4DSJA 3OYCA 1ZBHA 1YVUA 1DTTA 1D9DA 5FRNA 3O4QA 4LH5A 5JS1A 4Y1CA 2E6LA 1BHLA 5CZ2A 4K8ZA 1X9WA 4B9SA 1IG9A 1LWEA 4DSEA 4FJJA 4FM0A 4DTPA 3RTVA 4F3TA 2HNYA 4BWJA 4KB0A 4W5RA 4LY7A 1S5JA 4CHNA 3VQ5A 3T19A 1XHXA 4OGEA 1S6QA 4HUGA 4CJSA 1BCMA 2D0AA 3VQ6A 4BDYA 4KI4A 3LAMA 2DY4A 2FBXA 1NK5A 4ZTFA 3V1QA 5SZTA 1SV5A 2YKMA 1RTIA 3CM6A 3HL8A 3KKSA 3WNGA 4EP4A 3DRSA 4AILC 4DQIA 4RW4A 2KW4A 4R5PA 2HHWA 5KGWA 3QEVA 4F4KA 4Z4GA 2PYJA 3AVBA 3OYNA 2IAJA 3VQCA 3NHGA 4G1QA 4CJQA 1J5OA 4CK3A 3QERA 3TARA 3LP2A 3OYAA 1L3VA 2HHTA 2B4JA 4HHTA 1RT3A 4H4OA 4DTNA 4KTQA 3H08A 3ZT3A 4CK2A 1FK9A 4KPYA 2KQ2A 1F21A 1KCFA 3FFIA 4I2QA 4FYDA 4FM2A 2HHUA 1JXEA 4NYFA 4N5SA 4KREA 1TKZA 3KLEA 4M3TA 4OKEA 3ZSXA 4KAZA 2BE2A 3K5LA 3LPTA 4CHOA 4KI6A 4OJRA 3TABA 3ZT2A 1L3TA 1BI4B 3K59A 3DLBA 4F8RA 2WOMA 4E7KA 2FC0A 3PX4A 4FK4A 4DF4A 4OPJA 3P5JA 1QSYA 5HLFA 4PUOA 4CGIA 1BCOA 5J2QA 1LW2A 1BIZA 3QNNA 1IO2A 1RT6A 1EXQA 2RKIA 2FBTA 1CZBA 3PUFA 1WSJA 3HP6A 2GUIA 2Y1IA 1S1VA 3C94A 1WSEA 1UOCA 1B92A 3DOKA 3SQ0A 4ZTJA 3QETA 4FJLA 1U45A 3LP0A 3LP1A 4FK0A 1RT2A 5I3UA 2PY5A 3RRHA 1HPZA 4NCAA 2W42A 3ZSYA 3ASMA 5HBMA 3F73A 3K2PA 3IRXA 1RT1A 4F2SA 4J2AA 1MU2A 3QEWA 4CF1A 5C42A 3B6OA 3JSMA 3QNOA 3LANA 2IDOA 1EX4A 3RMBA 1TL1A 3OY9A 1KFDA 3RMCA 4AHRA 3VQ4A 3CYMA 2IS3A 2NUBA 2X6SA 4E1NA 4I2PA 3VA0A 3V81A 3SI6A 2YNFA 5KGXA 4DTOA 3S3NA 4DSFA 2X78A 1IKXA 5CYMA 1VSIA 2YNGA 2HMIA 4FK2A 4Q0BA 4BWMA 3OYJA 4CFDA 1FKPA 3AVJA 1QE1A 3KK2A 1NKCA 1D8YA 2IOCA 2XO7A 3L3VA 4CJ3A 3I0SA 3TAEA 1KRPA 3WNFA 1S1XA 4UQGA 1U49A 4EZ6A 1NK0A 4CJRA 3DLKA 5CYQA 2XY7A 4BE0A 5KRTA 4YNQA 1KVAA 4B9MA 3TAMA 3IG1A 4CGJA 3NCIA 5I42A 4FZXC 4CIGA 3EYZA 3HJFA 5EU7A 3NH2A 1D5AA 3NF9A 1BIUA 3AV9A 1RTJA 1KLNA 4LH4A 3KTQA 4B9VA 1VRUA 5CY4A 2VG7A 1C0TA 2GBZA 4O0JA 4JS4A 4N41A 1A5VA 3QEXA 4CGFA 3NGZA 4E7LA 4H8KA 5D3GA 1TGOA 1WSHA 1RBRA 2XY8A 4CESA 4E0DA 3MEGA 2ATQA 1ZBFA 2X74A 4CJEA 1C1AA 3DLEA 3OS1A 3TAFA 5SWMA 2BGGA 1RBUA 2OPQA 4DFKA 4FJMA 4DTMA 3HSTB 2OPRA 3ZSWA 3AVKA 1RBTA 4ELUA 2HNZA 4FLYA 3HO1A 4BDZA 3L2RA 1J53A 4CEEA 4QAGA 2Z1HA 4KKOA 4AHUA 3PV8A 1NKEA 3JYTA 1EETA 3VQDA 4N76A 4HTUA 3KKRA 3AO3A 4FVMA 4OKKA 4E7HA 1Q9YA 4HCCA 3HPOA 2XY6A 3L2UA 2BDPA 3ZSZA 1U4BA 3K5OA 5JS2A 1BQMA 4CIEA 3OYIA 4KHWA 1RDCA 4KFBA 4KHNA 3TR8A 3VQQA 3WNHA 1TV6A 3K58A 4CEOA 4FLWA 3DLRA 4DSKA 2G8FA 1JLCA 1K6YA 4LSNA 3OYHA 5HRSA 4C8OA 4IKFA 3PX6A 2EX3A 1YTUA 3DLGA 2G8KA 3RRGA 3NGYA 3NF6A 4E89A 1WSIA 2ZE2A 2B6AA 2P5GA 1KLMA 1U47A 4KHYA 4DU1A 4FJXA 3DRPA 2VWJA 1TL3A 3D0PA 1UA0A 1HYZA 4DTXA 1JLAA 4EP5A 1CXUA 4DMNA 3OYGA 1T7PA 1JLGA 3I0RA 3ISNC 3V6DA 4B8AB 2ITGA 3LZIA 4M42A 2RPIA 4JRPA 4DLEA 1JLBA 1KVCA 4H4MA 3AA3A 1B9DA 3OJUA 3HM9A 3NGIA 1NOYA 4M3UA 1UA1A 2DFHA 4CJTA 5KTQA 5FROA 3QEIA 3KLGA 3UIQA 4GVMA 2JGUA 4CGGA 3M8SA 2HW3A 4FLUA 1BQNA 3ITHA 1S9GA 4J2EA 4NCBA 2HVIA 4M45A 3SCXA 2KFNA 4QCLA 4FM1A 4FJ5A 3VQAA 5J2NA 4CFAA 4E1MA 4KHSA 2KFZA 3V1RA 3G0ZA 3KJVA 3EZ5A 3KK1A 3AVCA 1SL0A 3VQ9A 4CEAA 2DTUA 1I3AA 2KZMA 4RG8A 4KHQA 3C95A 2IC3A 3AO4A 3VN5A 2AJQA 1NK4A 4HVJA 3TI0A 3NE6A 2OZSA 4DQPA 1EP4A 1L3SA 1NKBA 4B9NA 3VQ7A 1RBVA 3HVRA 3LALA 2ZD1A 4CJUA 4DTSA 1HNIA 3TAGA 4DSIA 1S1TA 2OPPA 5J2MA 1VSMA 3RMAA 2G8UA 3P1GA 4DS4A 4CECA 1C0MA 2HHQA 3LWLA 3V1OA 4E19A 4CF8A 4DQRA 2XHBA 4CJKA 1WLJA 1JLQA 4FZYA 4BE1A 2D0BA 5DMRA 3L3UA 4C8KA 1IKYA 3CG7A 1UAXA 3L2VA 4AHTA 3LAKA 1FXXA 1JLFA 3SQ2A 4PY5A 3SJJA 2YNIA 1YT3A 2OZMA 1HQEA 4DFPA 2I5JA 1CZ9A 3U3YA 4DU3A 4CHPA 3DOLA 4FJHA 4F2RA 4FJ9A 4FXDA 4LD0A 1WSGA 3M8QA 4RW7A 1VSDA 3WNEA 4W5OA 4CF9A 3MXJA 3K5MA 5FRMA 4M3ZA 1L5UA 3VQPA 4PQUA 3LPUA 4MQ3A 1RTHA 1Y97A 4CJ4A 4QOZB 4Z4EA 5DK5A 3V9WA 3SQ4A 1XI1A 1Q8IA 1N5YA 1KFSA 1SL1A 3ZT1A 3PY8A 1U48A 2LSNA 1VRTA 3BGRA 4FLVA 4DQSA 1VSEA 4B08A 1O1WA 1VSJA 4N47A 4CJFA 1G15A 4BACA 1BI4A 4CJLA 1VSLA 2HVHA 3S3OA 4DTJA 1QTMA 3VQEA 1QSSA 2OYQA 4KTZA 3SV4A 1SL2A 3NBPA 3AVNA 3NF8A 4DLGA 1IKVA 3QLHA 3QESA 4KO0A 4YFUA 1WAFA 3HP9A 3SQ1A 3TAPA 2QKKA 3KD5E 3IS9A 2X6NA 4MFBA 4CCHA 4ELTA 3L2QA 4W5TA 4F3OA 4Y1DA 3LP3A 4I9QA 2F96A 1RT4A 4DWIA 4I7FA 4AHVA 4CJVA 4ELVA 1VSFA 4DQQA 1XC9A 4Z4HA 3NF7A 1TKXA 1REVA 3AVGA 4DFJA 2XRIA 2HHSA 1TKTA 1ZBUA 3RR8A 4FJKA 4Q5VA 1SUQA 1KTQA 4CE9A 5T7BA 3O3GA 3NDKA 2YKNA 3AVLA 2KTQA 3SZ2A 2A1SA 4E3SA 2QK9A 3QIPA 2E6MA 1J9AA 1RT7A 1HQUA 1VK0A 3C6TA 1W9HA 2P1JA 3KLIA 3BDPA 3RR7A 1ASWA 4CHZA 1X9SA 3OYKA 3HPHA 1RILA 1A5WA 4RW6A 4RW9A 1GOCA 1NJZA 2PYLA 2Z1JA 1LW0A 1WNSA 2QXFA 4IG3A 2G8IA 1C0UA 5CZ1A 4CJWA 4OGCA 2P51A 3QO9A 1RDBA 2YV0X 4M3RA 3KD1E 1JLEA 4KB1A 4CK1A 1LWCA 3ULDA 3AA2A 3RMDA 1UWBA 4FCYA 4M3WA 3PO5A 3DMJA 3MXIA 1JKHA 1LAVA 2FBVA 3S9HA 3SNNA 1ITGA 2DFEA 4O5BA 3F9KA 3LZJA 4ID1A 1SKSA 4W5NA 1WN7A 2VG5A 1VSHA 3SPYA 1S1WA 1NK6A 4HCBA 3OYDA 4B9TA 4CFCA 1A5XA 3DM2A 3DYAA 2HHXA 1HYVA 1QSLA 1S9EA 2OPSA 3AO2A 3U6FA 1TK5A 4Z4FA 3VQBA 3ALYA 1WSFA 4KHUA 3SV3A 3CQ8A 3OJSA 1RNHA 2HHVA 3IAYA 1S6PA 1TVRA 1NJWA 2Y1JA 3MXMA 4ID5A 3S3MA 1GOBA 1TK8A 3QIOA 4JS5A 1S1UA 1TAQA 1HJRA 1RBSA 4HUFA 3ZT0A 1WAJA 4BE2A 4FLXA 3AA5X 4PA1A 3I8DA 4E7IA 3AVMA 3SUNA 2OA8A 3OYLA 1ZYQA 3ZSOA 2G8HA 4CF0A 2YHAA 3KK3A 1CLQA 1BISA 1ASVA 1QS4A 4FJGA 3CFRA 1RCHA 4DS5A 3TAQA 1DTQA 4CEZA 3AA4A 4OLAA 3O3FA 2JLEA 3PX0A 3HT3A 3G10A 1HNVA 4KTWA 3LDSA 5KI6A 3V4IA 4JLHA 2RN2A 4FJ7A 2ETJA 1RT5A 2DFFA 4CHYA 3KIOA 1J54A 4O0IA 3QEPA 1EKEA 1NJYA 4FJIA 4TSXA 4ICLA 4DTUA 1LV5A 3AVAA 3DLHA 3ZCMA 3V9XA 2O4GA 3K5NA 4HUEA 2F8TA 4FW2A 3SUQA 1T8EA 4EZ9A 5HRPA 1NJXA 3VA3A 5HRRA 3MEDA 3AVHA 3V9SA 3TWHA 1KVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IFVA 2ZGZA 1GLJO 1L3UA 4GNIA 3HK2A 4OVLA 3EY1A 4C8MA 4NCGA 4GMJB 3SUOA 4W5QA 3SYZA 4Z4IA 3LDQA 4B9LA 4BR7A 4I9LA 1HLUA 4GV9A 3UE5A 2E4LA 2ZQBA 4KH6A 2D5RA 4A57A 2G8VA 2P9NB 1RDDA 2Z1IA 3MEEA 4PL7A 3M8RA 2E2OA 5HP1A 1N6QA 1HRHA 4E7JA 3FGUA 3LDOA 1CXQA 5ADXH 1DLOA 3FZHA 1QHTA 1J5EK 3THVA 1W0HA 4HTLA 3AO1A 4BGBA 4IEIA 4CJ5A 2O8BA 1T03A 1NK7A 4B8CA 3OYFA 3MN9A 5C24A 1JL1A 1NGJA 2BANA 1NBWA 1BL3A 4JKGB 2Z1GA 1QQCA 1FKOA 1I39A 2NRXA 2YNHA 2PZSA 4B9UA 5F2RA 3WXIA 4RCHA 2EHGA 3DI6A 5GAGP 2O8EA 4XH1A 3OVNA 4WE1A 4CIFA 1YHQN 3LDLA 3E9OA 1OH8A 2A42A 4B3SK 2JWLA 4FLTA 4DV7K 5K14A 4X64K 3H1QA 3ZX0A 5DM7L 4JRQA 1IKWA 3FFKB 4JI6K 2ZM6K 1Q9XA 2V51B 3OYCA 1ZBHA 3MCPA 1YJWN 1D9DA 1IG8A 3O4QA 3VEXA 2E6LA 4WYBA 1M90O 4DSEA 4DTPA 3RTVA 4W5RA 2EWSA 1S5JA 4ILJA 3TSUA 4BQLA 5AQIA 3C0BA 4B1XB 2RE2A 1BCMA 4KI4A 3LAMA 1NK5A 4H0XB 4UY8O 5SZTA 1GLEG 1QQMA 1RTIA 4AILC 3WNGA 4R5PA 4Z4GA 4M7YA 3D2FA 3QERA 4BREA 3OYAA 3TTCA 2B4JA 4DTNA 3O9RA 3H08A 4NLBA 3SBTA 3ZT3A 1FK9A 2KQ2A 4FYDA 1JXEA 5AZIB 4CHOA 1L3TA 2WOMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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