1KVAA

E. coli ribonuclease hi d134a mutant
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
total genus 51
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvaA00
1TV6A 4B8AB 4DLEA 4O0IA 4FLUA 4OGCA 4FJLA 1Y97A 4HCBA 3AVHA 5I3UA 4YFUA 3ZT0A 1JLGA 3AO4A 4E7LA 3PX0A 4CJQA 2OPRA 1HNIA 2G8FA 1RTJA 1YVUA 1BGXT 2DFHA 2RKIA 3KKSA 1C6VA 4YNQA 4KPYA 2D0AA 3SQ1A 3WNGA 1BQNA 2XY8A 3CM5A 3VQPA 2KTQA 1SUQA 1Q9YA 4FJHA 3VQDA 3NF7A 2HVIA 3HYFA 4CGGA 1S1UA 1D9DA 1RDAA 3NH2A 3S9HA 4C8KA 4Q0BA 1L5UA 2RF2A 2G8KA 3C6TA 4OPKA 3OYLA 4BDPA 4FJ9A 2HHUA 4FJGA 2A1SA 3NFAA 1EX4A 4PUOA 3SPYA 1VSFA 1W9HA 1JLAA 3NF9A 3SI6A 3P83D 2X6NA 1CXUA 3QIOA 4MFBA 3MEGA 3O4NA 4CJWA 5C42A 4OGEA 3RRGA 3MECA 3RTVA 4FJMA 2OZSA 3CM6A 1ASWA 2ETJA 3K59A 1RT7A 3DRRA 4DTRA 1U47A 3NBPA 3KLGA 3QNOA 4CEAA 4J2BA 1RNHA 3JYTA 1U4BA 3KD1E 3KLEA 1NK8A 3OYHA 3VQAA 3KK3A 4FK2A 1RT4A 4GW6A 3ZSYA 3KK1A 5KRTA 4FLTA 3DOLA 2F96A 3HP9A 1HRHA 3HPOA 3I8DA 2QKKA 1X9MA 2EX3A 2YKMA 3ZT2A 1IKVA 1B92A 1DLOA 1TVRA 3L3VA 4OKEA 1HJRA 1X1PA 2X78A 1WSEA 3LPUA 4ID5A 3ITHA 4CEDA 3TAPA 4KO0A 1BCOA 4CF1A 2IAJA 3SJJA 3ZSVA 1RDCA 4JS4A 5KRSA 3LAMA 1NK4A 2D0BA 3DLEA 1ZBIA 2X6SA 3QEPA 2IDOA 4IFVA 1KLNA 1D8YA 1QE1A 3HO1A 2HVHA 3L2WA 3LP1A 3EZ5A 4FJ8A 1TK5A 2OPQA 2YKNA 3DYAA 3NH0A 1EKEA 1F21A 3I0SA 1FKOA 3ZSXA 4DTOA 1JXBA 3V9XA 1VSLA 4RW9A 3QEWA 1NJWA 4CJFA 1S1WA 2YNGA 4I7FA 3VQ7A 2VWJA 3VA0A 3SUPA 4DSJA 2KZMA 4JRQA 3ZT4A 5CYMA 1YTUA 3O3FA 3OYMA 5KGWA 2FBVA 3K58A 1J53A 1XHZA 4CJ3A 2HHVA 3OYEA 4CIFA 1UA0A 3ASMA 4F4KA 3AVJA 4H4MA 3KKRA 1LWFA 4K8XA 2F8TA 3TABA 1HYVA 3SNNA 1GOCA 1WSHA 4DTJA 4BACA 4PWDA 1MU2A 4CK1A 3DRSA 3AVFA 1HPZA 2FBTA 3VQ6A 3AVMA 3L2RA 2DFEA 3PX6A 3KD5E 4FVMA 1A5VA 1ITGA 3MEEA 3OYFA 1S5JA 3CFOA 4IDKA 4FLWA 1WSJA 4ZHRA 2QKBA 2FC0A 3C6UA 4FZZA 3SV4A 4HUFA 4DU4A 4DQPA 3ZSRA 3L3UA 4DSLA 4O4GA 1IKXA 4KHNA 3B6OA 1TK8A 4LSLA 4FCYA 2G8IA 1REVA 3A2FA 4DTUA 4KHWA 1KFDA 3PUFA 1QTMA 1RTHA 5SWMA 3ISNC 4DF4A 2IC3A 2PY5A 1BIZA 1LW2A 4ELTA 4PY5A 3AO2A 3SQ4A 5KGXA 2GV9A 4W5RA 4CEQA 2HHSA 1ASUA 3ZSOA 1CZBA 1NK9A 4FJXA 3HT3A 3IS9A 1DTQA 3T3FA 3RMAA 4DQRA 4OKKA 2IOCA 4OJRA 1EETA 2YHAA 4FJ5A 4KFBA 4E3SA 3AO1A 3EYZA 4NCAA 2OPPA 4BE2A 1ZBLA 1IG9A 2VG7A 4CIGA 2OPSA 4B9UA 4RW6A 4FK4A 2HHXA 1Z25A 3OYKA 2P5OA 3NGIA 5KI6A 3AA5X 3VQ4A 1KVBA 2ITGA 3TR8A 3NH1A 2YHBA 4AH9A 1U48A 3AVNA 3M8RA 4FW2A 3C94A 3VN5A 1BQMA 2YV0X 4LH4A 4LY7A 2G8WA 4NYNA 4CF8A 3K2PA 3DLRA 1JKHA 4AILC 4FLVA 3OYGA 2Q3SA 3OVNA 3DLBA 4QOZB 1XWLA 5CY4A 3D0PA 2NUBA 1VSIA 5K14A 3S3NA 4I2PA 3CQ8A 5J2QA 1HMVA 3ZSWA 2VG5A 2AJQA 4DSEA 4DTSA 3L2VA 3DRPA 1ASVA 4CEEA 1KSPA 1HNVA 2Z1JA 2HNZA 1NK6A 2QK9A 3TWHA 3OS1A 1FXXA 1QHTA 4CJPA 4E0DA 3S3MA 3F9KA 2Z1IA 2YNFA 3AVIA 4DS5A 1TAQA 2JLEA 4M3YA 2R7YA 3LP3A 1TL3A 3HXMA 3CFRA 1LW0A 4BE1A 5HROA 2KW4A 1T05A 2DY4A 1I3AA 1HQUA 4DG1A 3NHGA 4OKJA 2Y1IA 3HM9A 4M42A 2E6MA 3M8QA 4E7HA 4OVLA 4FJJA 4PA1A 3L8BA 1S6QA 2O4GA 4B9VA 3AV9A 4B3OA 1J9AA 3THVA 3TAMA 4FJNA 3O3HA 1RT1A 1JLFA 3ALYA 3V9ZA 4DU3A 5HBMA 4DTPA 4AHVA 1KVCA 4FZXC 3K5LA 3K5MA 3V1QA 4N5SA 3IG1A 4C8NA 4CEBA 1VSJA 3HVRA 5SZTA 1L3VA 4DSFA 3V9WA 3DLKA 1Q9XA 4CJEA 2ATQA 3M8SA 1RTIA 1S1XA 3TI0A 2GBZA 4AHCA 4HUGA 3VQQA 3O4QA 4EZ9A 1WAFA 3LZIA 1VK0A 4TSXA 4DSKA 2BANA 4HHTA 1T03A 3NCIA 1VSDA 4CHPA 4HTUA 1Q8IA 1XC9A 1S9EA 4B8CA 4ZTJA 3KIOA 1J54A 4KREA 1L3UA 1FK9A 2P51A 3QESA 4FK0A 3OS2A 1RBTA 1TL1A 2ZQBA 3DLHA 3SUNA 4DS4A 4IG3A 4CJVA 3TAQA 3NE6A 3DLGA 5CYQA 5FRNA 1WLJA 3VQ5A 4K8ZA 1JL2A 4CECA 4W5OA 4M3XA 3NGYA 1R0AA 1J5OA 3AO3A 4JS5A 5JS1A 3NF8A 3P5JA 4O55A 2W42A 3V6DA 1NKCA 1B9FA 1UOCA 3K57A 4G1QA 3PY8A 3HJFA 1WSGA 1JXEA 3LP0A 4CJUA 3QERA 4C8OA 3H08A 3RRHA 3K5OA 1O1WA 4FJIA 5FROA 2P1JA 3M8PA 3WNEA 4M3ZA 4FM2A 4E1NA 4FW1A 3V1OA 2HHQA 1RT5A 3ZT1A 2E4LA 1W0HA 4KHYA 4CJ5A 1QS4A 3PX4A 4ICLA 3KTQA 2BGGA 4KB1A 4DSIA 2Z1HA 4O44A 4DFMA 2HHTA 3AVGA 1K6YA 3OYAA 4KKOA 3DMJA 3LWLA 3CFPA 2VWKA 4IFYA 3K5NA 3U6FA 3TANA 3KJVA 4KRFA 3TAFA 4FJ7A 1NK5A 4CGFA 1WN7A 3ZT3A 4UQGA 4NCGA 4CF0A 3ULDA 3QEIA 1X9SA 4KAZA 4RW7A 3SPZA 2BDPA 1T7PA 4CEOA 4HUEA 4E7KA 4DTXA 4E89A 1ZBUA 1SL0A 4F8RA 3LP2A 5CZ1A 4ELUA 3AA4A 4I9QA 1VSMA 3KK2A 3TAEA 4NYFA 1N6QA 1G15A 1IH7A 1VSEA 1SKSA 2VG6A 4F3TA 2KZZA 2EHGA 2PZSA 4BWJA 3TARA 4KTQA 4CGDA 4KV8A 1RDDA 4Y1DA 1HYZA 1RT6A 4CHQA 1WSFA 4W5TA 2OA8A 2IGIA 1KRPA 1UAXA 3VQBA 3C95A 4N76A 3WNHA 2XY6A 5HRNA 3CG7A 5JS2A 4CJKA 1WSIA 2QXFA 1S1TA 2B5JA 3WNFA 3RMCA 4Z0UA 2XY7A 1VSHA 5J1EA 4E7JA 3MEDA 1QSSA 2G8VA 4DQIA 4I2QA 4M3RA 4KI4A 4OLAA 4IG0A 4OPJA 3NDKA 5C24A 3BDPA 1TKTA 3AA2A 1RILA 2OYQA 1WNSA 1C1CA 4GMJB 3I0RA 4O0JA 1SKWA 4AHTA 4F3OA 3AVKA 5I42A 1NJYA 4LSNA 1NKBA 3KLHA 3V81A 1RT3A 1GOBA 3NF6A 4Z4FA 3KLIA 3AVCA 4CJSA 1RTDA 4DWIA 4DLGA 4MQ3A 4ZTFA 4HCCA 2B6AA 4CF2A 1A5WA 1ZBFA 2HNDA 1RBVA 3SUQA 1CLQA 3RMDA 4CJRA 1CZ9A 3RWUA 3DI6A 3G0ZA 4FLXA 1SL2A 5DMRA 4B9LA 4M3TA 1JLBA 1QQCA 3MXMA 2XY5A 3O3GA 2HW3A 4FM0A 4FXDA 3HVTA 1BCMA 3OJSA 3HP6A 3IAYA 3MXJA 4E1MA 2FBYA 2WONA 1QSLA 2YNIA 1WAJA 2LSNA 3BGRA 4CHOA 4FM1A 4DTMA 1XI1A 4DFJA 3V4IA 2OZMA 1RT2A 2RN2A 3QINA 4BDYA 3OS0A 3SQ0A 1KLMA 1BI4A 4F2SA 2HHWA 2Z1GA 3L2UA 2IS3A 4CESA 4QAGA 1JL1A 4AHSA 4EP5A 3KLFA 1BIUA 3EY1A 4LH5A 3AVBA 3AO5A 3HK2A 3LPTA 1Z26A 4QCLA 3VQ8A 4BWMA 3PO5A 4N56A 1KCFA 5DK5A 4BE0A 4IBNA 3LALA 1VRTA 4J2AA 1IKYA 1UWBA 1KTQA 1BL3A 1NOZA 1D5AA 1HYSA 4E7IA 3LAKA 1JLCA 4CHZA 4CK3A 1C1AA 3P1GA 1LAVA 3OYCA 2PYJA 1ZBHA 2D5RA 2D0CA 1BHLA 3MXIA 1NK0A 5EU7A 3D45A 3F73A 1TK0A 1DTTA 4XIUA 1LWEA 4CJLA 3FFIA 3B6PA 2XO7A 3V9SA 3HPGA 3VQEA 3HPHA 4KHQA 2X74A 4DFKA 1KFSA 4WE1A 2I5JA 2HB5A 1IO2A 3LDSA 1UA1A 3OYJA 4W5QA 4F2RA 5FDLA 4CFBA 1BISA 4CIEA 2RPIA 4C8LA 3QEXA 1T8EA 4H8KA 1N5YA 4CE9A 4DTNA 4JLHA 5D3GA 3MAQA 1SKRA 3VQ9A 1RDBA 3U3GA 4H4OA 5J2PA 4ELVA 3TAGA 4CFDA 3LWMA 3T19A 3VQCA 2F8SA 1RCHA 2HNYA 2G8UA 1JLEA 1SV5A 4CJ4A 1XHXA 5CZ2A 4RW8A 1VSKA 2GUIA 4DMNA 5E41A 1CXQA 2KFNA 1RBRA 1LWCA 2XRIA 4C8MA 4DFPA 4B9TA 1TGOA 4CF9A 4OLBA 4CGIA 3G10A 3NAEA 5KTQA 4CCHA 4Z4GA 1VRUA 4AHUA 3RMBA 1I39A 1A5XA 1S1VA 1YT3A 4CHNA 3OYDA 3LZJA 5J2NA 3QEVA 4KI6A 3ZSQA 3NGZA 4R5PA 1X9WA 4KTWA 3VA3A 2BE2A 1U04A 4L8RB 3T1AA 4KB0A 3SCXA 3AA3A 3PO4A 1S6PA 3UIQA 4KHSA 2ZE2A 2FBXA 1TKZA 3ZSZA 4EP4A 4DU1A 3QO9A 5HRRA 4B08A 4CHYA 1EXQA 4GVMA 3OY9A 4CGJA 1KVAA 2PYLA 2JGUA 1L3SA 3AVAA 1RBSA 4Y1CA 3OYBA 4B9SA 4W5NA 1TKDA 2KFZA 5HRPA 3U3YA 3S3OA 1U49A 4BDZA 2XHBA 4Z4CA 5J2MA 4DF8A 3QLHA 4Z4IA 2E6LA 1C0MA 3SV3A 1NOYA 4LD0A 5HLFA 3SUOA 4CFCA 1JLQA 5T7BA 3L2QA 1GOAA 4FLYA 3PV8A 4B9NA 4NCBA 5HP1A 3SZ2A 3OYIA 1L3TA 4FLZA 4M3UA 3IRXA 4M41A 2WOMA 4Z4HA 3RR7A 2P5GA 4DQQA 1NKEA 2O4IA 1RBUA 4FYDA 4J2EA 2DTUA 4EZ6A 4KHUA 1TKXA 1C0TA 1FKPA 1SL1A 3QIPA 4I9LA 2ZD1A 2G8HA 1LV5A 4N41A 1ZYQA 4ID1A 4M45A 1YTAA 3DM2A 3SYZA 4DQSA 1NJXA 3RR8A 4CERA 4CFAA 1C1BA 2HMIA 4J2DA 4FJKA 4AHRA 3OYNA 3V1RA 4E19A 1EP4A 3HSTB 4O5BA 4IKFA 2KQ2A 5FRMA 3JSMA 4CK2A 3LANA 1S9GA 4CEZA 1QSYA 4HVJA 4B9MA 4FZYA 2Y1JA 5HRSA 3CYMA 3AVLA 3HL8A 1B9DA 1NK7A 4PQUA 1HQEA 4N47A 4KTZA 3ZCMA 1TAUA 3E01A 4RW4A 2DFFA 3OJUA 4CJTA 3V9UA 3SQ2A 1D9FA 5C25A 4M3WA 1NJZA 4JRPA 3QNNA 2YNHA 1C0UA 4Q5VA 4CEFA 3QETA 4RG8A 4Z4EA 1IKWA 2A1RA 2B4JA 1U45A 1LAWA 4CGHA 3DOKA 1BI4B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDWX 4OGCA 4BROA 5I3UA 4YFUA 1JLGA 4DR1K 3AGKA 2P9SA 4B3MK 2G8FA 1RTJA 2DFHA 3KKSA 4H0XB 2FSKA 3RVCA 1SUQA 4BREA 1Q9YA 4CW7B 4K42A 3HYFA 3GG4A 1S1UA 3LM2A 3G71N 1RDAA 3S9HA 4Q0BA 4OPKA 4JI4K 3PIOL 2J4RA 3C6HA 2KLAA 3GBTA 3SLCA 3UKRA 1CXUA 4MFBA 5HL7L 3CI5A 4B3TK 2P9KB 2OZSA 1ATRA 3NBPA 3CQXA 4YDUC 4CEAA 4NXNK 3E66A 4IOXA 2RHKA 1RNHA 3VOVA 1J6ZA 1U2VB 5MLCQ 4FK2A 4FOIA 4GW6A 3QFPA 3J7AP 3VEXA 3E9OA 2W6KA 2EX3A 3FZKA 3MCAB 1B92A 1DLOA 4YOTA 3L3VA 5AQIA 4JAXA 3ZEUA 4ID5A 3I56N 1GLJO 3CMEN 1S3XA 4A57A 3QICA 3LDOA 3THXB 4FWMA 1NK4A 3ENHA 1ZBIA 4JKEA 1K8AO 1KLNA 1QE1A 3HO1A 4JD2A 2HVHA 4H5TA 4NB4A 3L2WA 2ASPA 3NMUA 3NH0A 1EKEA 3I0SA 1FKOA 1X3NA 1JXBA 4JKBA 2E2PA 4LF8K 5AZJB 1W2BM 3DLLL 3VQ7A 2VWJA 2NRHA 4ILHA 4CZMA 4JRQA 3ZETA 2I7PA 3OYMA 4H5WA 2OTLN 3SMPA 3OYEA 1NMNA 1P8ZA 3UE5A 4H4MA 3KKRA 3SNNA 1GOCA 1WSHA 1MU2A 5AQYA 4CK1A 3AVMA 3PX6A 3AGRA 1QQOA 2IIRA 3CJ1A 3W3DA 4ZHRA 3EL2A 2QKBA 4JNEA 3SV4A 1IKXA 1ESVA 2WC9A 5FLXO 4B1XB 2O8FB 1RTHA 2IC3A 4W5RA 2HHSA 3ZSOA 3SJHA 3HT3A 3R3LA 3RMAA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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