1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Protein binding
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
1B7UA 3UA8A 3SDFA 2ONKE 2GRVA 3MUQA 5F1QA 4FJPA 5DYHA 2O68A 3GXAA 5ICTA 3IO4A 1B5IA 3PUXE 3QXMA 4NWCA 3TQLA 1R6ZA 3KN3A 3FZVA 2VGQA 1FQEA 3O6HA 3VE1B 1DPPA 3FXUA 2WKYA 2Q2AA 4MLQA 4MFIA 1R9QA 4OETA 1LBBA 1B3HA 1MY0A 2DQVA 3FV1A 1PB7A 1QUJA 1H43A 4I9DA 4KCDA 1B52A 3VLWA 3B6WA 5DTBA 4RY1A 1XS5A 5FHNA 3K00A 1PDAA 3VDFA 4TOZA 3I6VA 1A54A 1AH5A 3ODBA 3KBRA 3PUZE 5DEXB 1LSTA 5ISUA 4OHNA 4M4GA 3QUJA 3QIMA 5K2YA 3O29A 4KI0E 4G68B 4TLMB 1FQAA 1OQHA 5I59A 1IXGA 2I3WA 4IO4A 4ZEIA 1XHYA 1SYIA 3G7WA 1B51A 4IGTA 3KSJA 2DVZA 4GOTA 3VLVA 3MJNA 2XXPA 2I6EA 1H3DA 4KD5A 2B3FA 2DWHA 3U1OA 2Y7PA 2F97A 1Y1MA 4R6HA 3IJOB 5AA2D 3H6UA 4QF9A 5B7DA 4PP0A 3Q27A 3R6UA 4ISUA 1NMUA 1B6HA 4G68A 3M3KA 4U1OA 5B70A 3VXBA 1VE4A 1DOTA 4GXSB 4Z7EA 2X7PA 1QW0A 2XHDA 5AA4B 3LSXA 1MXYA 4GD5A 4F3PA 3T93B 4E0XA 3TEPA 3PGFA 2RINA 3OO8A 3IB2A 3TFLA 4GXAA 4H8JA 2XD3A 5H8SA 2OJTA 3MP6A 1OQGA 3IB1A 1URGA 4IGRA 1IZ1A 4OVJA 3EQ1A 1P1QA 1PBQA 3QUFA 4GLIA 4OXVA 4BDQA 2F34A 3P7IA 1EZPA 5CBRA 5LOMA 3ECRA 4U23A 2A5TA 2HXWA 4R74A 3A3UA 3EHUA 4F2QA 5AA4A 4R6YA 4U2RA 3FJ7A 1USYE 3ILTB 3G3KA 4BDLA 1SDXA 1H76A 3G3FA 1D4NA 1Y4TA 3CRBA 1AMFA 3E4RA 1I6QA 3OSQA 1LBCA 2Q8JA 1RYXA 2RCAA 4TLLB 4L17A 2DSFA 3PUVE 1JVYA 4ELRA 4H0WA 5DVFA 4PQJA 4RNSA 4RJZA 3T66A 1A99A 3A3CA 3TTKA 5H8FA 1S7YA 1MXXA 4DIGA 2XD2A 1FQBA 1OVTA 2Z8FA 3CFXA 3K6WA 2VD3A 2H4IA 4R6KA 1D9YA 2I58A 2O84X 3FGSA 4ZZEA 4G8NA 5CMMA 3C36A 2F6GA 5FHMA 4NWDA 2VD2A 5A5XA 1VR5A 3K6UA 3O6GA 1P1WA 3W9WA 4H65A 3S9NC 2QJEA 1T0KA 5H8NA 2Z8EA 4R72A 1MH3A 3FXQA 4OENA 3PPRA 1QUIA 4AQ4A 3DELB 4YZZA 1B3FA 4KCCA 4OTEA 3V83A 1GVCA 4F1VA 4JDFA 3FATA 3TTRA 3IOWA 3TMGA 4LZ7A 2R71A 4ZE8A 1PC3A 3PUWE 2IEEA 1PB9A 4MH5A 3OXNA 4IY5A 3GZGA 4XKRA 2DE2A 4M1VA 5JTYA 2ZMBA 3SEYA 1TFDA 4ELOA 3A09A 1D3KA 4YU0A 4F29A 1FQCA 2Y7WA 2ZYNA 1YAEA 3TKDA 4NE4A 5M2VA 3K1PA 4ZE9A 2XX8A 1N3XA 1VFDA 4LATA 4XKQA 4G4PA 3TTLA 2O51A 2D3IA 4PFTA 4F1YA 2VP1A 3RTWB 4OFJA 2RF1A 2H25A 1LAGE 3ZKKA 4C0RA 5CBSA 2QS2A 4QHQA 1LFIA 4NF4A 4N6PA 3PU5A 1SI0A 3CG1A 1XT8A 3TUSA 3M3FA 4QSDA 3C33A 3JV9A 5EHMA 4R9FA 2AL5A 3QAXA 1S9TA 3MWBA 4H67A 2I0CA 1OLAA 3KOSA 2PVUA 2PBWA 4IO7A 3IK6B 3KEIA 1B5JA 3VVEA 2Y7RA 3PUYE 4F22A 3WAFA 5IKBA 4G8MA 4U4SA 1N84A 3MPLA 2OWTA 1OVBA 4LQ2A 2NVUB 3IL1B 3U8QA 3HO7A 3MBPA 4THIA 5ITOA 4GQOA 3DP8A 3TTMA 5IAIA 3G3JA 1MH4A 4X48A 1II5A 1MM6A 5BUUA 4HCWA 4XIGQ 2UVIA 4BDMA 1LFHA 5FTIA 2GHBA 2OK2A 1TWYA 3L6GA 2DWAA 1VFEA 1SQYA 3MVYA 1JW5A 4R75A 4DXUA 4ND9A 2P1SA 4BLAA 3O9PA 3CIJA 4ELPA 3N94A 1NNPA 1AL3A 3EHTA 3KN8A 2D21A 1B58A 1Q1KA 5AA2A 3K4UA 1Z7NE 1FTJA 3LR1A 4KYEA 5ELVA 3RT6B 4DXBA 1A8EA 1H44A 4QFNA 5CMCA 4PE5B 5H8HB 4OFOA 4ZZAA 1XOCA 1LFGA 4ZECA 3FXRA 3MAMA 5F7VA 2GFEA 4FE8A 1LCFA 2XXWA 3QSLA 3TQWA 1SYHA 4K3FA 2QS4A 3ZKLA 4Q0CA 1EU8A 1DTZA 1WODA 3TELA 4YMAA 4YMBA 3SETA 1B46A 3SESA 4EXLA 1MDQA 2HCAA 4ZEKA 1B7HA 3K01A 1MY4A 3T96B 4AB6A 1OIBA 2OZZA 3IB0A 3IOTA 5H8HA 3LBSA 3CSGA 3VVDA 1URDA 1MQJA 2QSXA 2G93A 4LUBA 5CI5A 4DXCA 4BDRA 3BBRA 3V89B 4HTGA 4NF6A 5FTHA 2Y7KA 1IQ7A 3LC8A 1POTA 4F2OA 3C34A 3L6HA 3BKIB 4DCXA 4KYSA 4N07A 1ZJLA 3FVNA 2AIXA 3K6VA 1MPCA 5I2NB 3C4MA 2ONSA 4O3BA 1GV8A 3D4CA 5FHOA 3CVGA 3MP1A 4YKIA 5DT6A 1I6AA 2YPNA 4LP2B 1NNKA 2ANJA 4FORA 2B3BA 4JSDA 4X1BA 1JW4A 4ZEFA 1YTVA 1LAHE 2I48A 3KFMA 5H8QB 4C1UA 2V93A 4F1UA 3IOUA 5I2KB 4YB7A 4KYDA 3SERA 3H6WA 4KR5A 1Y3PA 5DEXA 4YAHX 1JVXA 4OERA 1B05A 1SW4A 3RQTA 2NOOA 1B4HA 3IOVA 5I2NA 1FQFA 3O28A 2XX9A 4EF1A 3SEUA 3U72A 3SEVA 3M3LA 4RK2A 3CI8A 4NMYA 1PB8A 1LB8A 2QRYA 2DE3A 3TCHA 3HSTA 2E1SA 1WVJA 2FA7A 2D5WA 2QPQA 3VFJA 3ILUB 3V8XB 1BKAA 4C1TA 1ANFA 2YLNA 3MP8A 4FECA 5I2KA 5TP9B 2ALUA 1B32A 5KZTA 4EUOA 4RYAA 4MF3A 3E9XA 1GTKA 1ZU0A 1TFAA 5CMBA 2NUVA 2DYXA 2Y7IA 2HEUA 3ONMA 1B9JA 1N0TA 2Z23A 4GRKA 3FVGA 4ELQA 4F39A 1UIUA 2HQ0A 3C31A 3IJXB 1I6BA 1FQDA 1FTLA 3FASA 3CG3A 3G3HA 1P1NA 1P1OA 2CMOA 4FAJA 1SW5A 3PPPA 1TT1A 1MY2A 2AYSA 4IO6A 3B6TA 4I8CA 4N13A 3OMBA 4RPNA 4GWOA 4POXA 4JWYA 5TP9A 1LAFE 3SKPA 4YKPA 3U93A 2F8DA 5CRYA 2R6GE 3QYTA 2XXUA 2I4BA 1MDP1 2F6PA 3PD9A 3DLNA 2F78A 3FVOA 2F7BA 4HS7A 4ESXA 1JNFA 4IY6A 2PYYA 4GF8A 4ZEBA 4ZDMA 2VOZA 2R9JA 4Q8RA 3LUYA 1FCKA 1QULA 4LZ8A 3MC2A 3F11A 2IA4A 2Q89A 3H06B 4HW8A 3MZ1A 4F18A 3IX1A 5CC2A 4Q5TA 4P11A 2F5XA 1NNFA 3Q28A 4OFLA 2UVHA 4U1ZA 4XKPA 3KJ7A 3EN3A 4LA9A 3S9MC 3HCQA 4RPOA 1Y1ZA 4H5GA 1QJMA 4QSCA 2RC9A 5ICQA 1POY1 4RK9A 1OMPA 1QKBA 2PX1A 2RC7A 2OWSA 1A7LA 2F36A 3RT8A 1US5A 3SEXA 3CSBA 1MQIA 4F31B 3Q29A 4OYVA 4FIMA 1VSOA 1JETA 1DMBA 1NNTA 3UN6A 1MM7A 3IO6A 1AOVA 4XTCQ 1HSJA 4HCYA 3GBBA 3LSFB 3Q25A 3K02A 3OELA 3TCFA 3G3GA 2V84A 3OSRA 1N3WA 1BTJA 4P0GA 3H4ZA 4ZEDA 1IXIA 4KQPA 3B7DA 1LAXA 3CFZA 3TZAA 3UGWA 1UQWA 2O6AA 5L9OA 1LGBC 2OBGA 2X26A 2Z8DA 3BFUA 1NL5A 4GL0A 1Q35A 5AE4A 5I57B 3RN8A 3H6TA 1USYH 1UTHB 1F9BA 4ESWA 3S4UA 5DVIA 4QFLA 2GHAA 2V3TA 2UVGA 4H5FA 2O69A 2QS1A 2V3QA 1DSNA 3UIFA 3KJTA 1H45A 1OLCA 4G8HA 3W15C 4NEDA 4JWXA 3RNNA 1Y20A 5KDTB 2G29A 3C32A 5I58B 3VVFA 2ZNUA 4BDNA 4JSOA 1IXCA 1BP5A 4LONB 4YKKA 2ZNTA 4EQ9A 1O64A 1NKXA 1ZBMA 2F7AA 2H5YA 4QRZA 2QMWA 1UTHA 1P99A 2HAUA 3C9HA 3HPIA 1A40A 3N5LA 1MQDA 1O7TA 2BJJX 4NF5B 1ZLQA 1I69A 3M8UA 4I1DA 1TXFA 4AB5A 2HZLA 3UP9A 3KZGA 1MQGA 3OEKA 1MG1A 3CR9A 4DZ1A 3K0VA 4UACA 1A8FA 3T22A 4NTLA 4DCYA 5L9MA 4KPTA 1PBPA 1DTGA 3KSXA 1EH3A 1HSLA 2DS9A 3UORA 1XVXA 1B40A 4Z0IA 4P0IA 1A55A 3FJGA 4RXLA 5TU0A 1XC1A 1N7XA 1B1HA 4PFWA 1JW1A 1NH8A 3HHGA 3MPKA 1ZIUA 4OZ9A 3G3IA 3C35A 2DOJA 4U4XA 4O3AA 1N7WA 4DLDA 2O7IA 4BDOA 3H03A 2UYFA 2QL3A 4OQOA 4R73A 2DXYA 1UIVA 1B3GA 3KG2A 2FNCA 1R1NA 2XXRA 2XXXA 2ZYKA 4MBPA 2XXYA 2UVJA 2ONRA 5JK4A 2E0SA 2HFBA 4OESA 1O63A 4F3BA 4QFPA 1NFTA 1QKAA 1MXVA 2X7QA 1Z7ME 3S2VA 2UYEA 1AIVA 1B0HA 1URSA 5I59B 2O7UA 1MPDA 2I3VA 4ECFA 4QFOA 3MVZA 1DPEA 1B3EA 3RGYA 1FTOA 2Q9TA 3PMXA 3H3GA 1JEVA 5CM6A 1P1UA 1Y3QA 2H99A 4UA8A 2DWIA 4PFUA 4R2BA 2XX7A 1ATGA 3RPWA 3T9XB 1YPNA 2A5SA 3LSWA 3MVXA 5I56B 2I0BA 2O1LA 3O97A 3THIA 3FD3A 2REJA 4KHZE 4GFRA 3UK4A 3BFTA 5BWJA 3EF7A 1B7ZA 2O1MA 3U92A 5L8DA 2DE4A 3KOTA 3GBAA 3KGCA 4EQBA 2XXHA 2NWJA 1BLFA 3RUMA 2LAOA 2YJPA 1LCTA 3S9LC 1M5CA 4EF2A 4X1DA 1N76A 4F3SA 1IEJA 1MPBA 2VHAA 1FTMA 5I56A 5HPQA 1ZTYA 3U94A 4TQUQ 5H8QA 1B2HA 1S50A 3FVKA 4DDDA 2A5TB 1IIWA 4LVQA 4ZS9A 4OMBA 3EPEA 1UTBB 3HN0A 3TPAA 3DM0A 2P0SA 5K2XA 1MXZA 5L9SA 4O3CA 3MQ9A 1SW2A 2PMSA 4JB7A 1SW1A 1BIYA 4OEUA 4YKJA 1IITA 4Q30B 2RC8A 3OO9A 3OO6A 3T9UA 1MY1A 2XXIA 3PPOA 1NH7A 3PMVA 3H6VA 5H8FB 2RKMA 3PPNA 3QK6A 4EQ7A 5TPAB 4JWOA 1EZOA 5A5XB 1GR2A 2AL4A 1UTBA 4WXJA 1IUDA 3MZ9A 1HSEA 4H6DA 5H8NB 1M5FA 4GL8A 2Q2CA 4EDPA 3W9VA 2UXAA 1B0LA 3EHSA 2F7CA 3MW0A 3B6QA 5HM4B 1LB9A 4PFYA 1D9VA 5HBCA 1M5BA 2QMXA 1KWHA 5TPAA 1QUKA 2FYIA 3N6TA 2DVCA 4QFKA 1Y3NA 4H1XA 1MXWA 5JTYB 3WAEA 1JQFA 4LZ5A 3GLBA 2ZNSA 1SBPA 3N6UA 3TODA 4G77A 4WKMA 1ZMGA 2I4CA 3O6IA 4YB5A 1LLSA 1RKMA 4GIZA 3FUZA 3TYHA 3T9VA 2OCUA 2QS3A 1FW0A 2Q88A 3K6XA 3LSLA 4F3GA 2I49A 3VV5A 3RTFB 3TTNA 2PT1A 2RCBA 1CE2A 5CMKA 3R7XA 3O66A 1MQHA 4NF4B 4PETA 4XXUA 1R9LA 1SVXB 4KFQA 2REGA 3MZBA 4G68C 1L5TA 3JYRA 1RYOA 1IXHA 4IB2A 3RLFE 2HZKA 4LQ5A 1XVYA 1Y9UA 3ZSFA 4QSEA 3H7MA 2W7YA 4FATA 2KLFA 4GVOA 4OWDA 3CFLA 1FTKA 1QVSA 1WDNA 3K2DA 4DE8A 2ESNA 3OEMA 2GH9A 3FV2A 4YB6A 1EZ9A 3D4GA 2Z22A 3HHFA 4X9TA 5AA1A 3IORA 1B1XA 4NF8B 3OD7A 4FEBA 2OLBA 2B65A 3RY3A 2V25A 1MXUA 4U21A 3SEWA 4IO2A 1PEBA 4IO3A 1MRPA 1MY3A 5JEIA 1MS7A 3PD8A 3OO7A 2DXRA 3HV1A 3MVWA 3Q26A 4EXKA 1J1NA 5I57A 4E0WA 2ZXTA 2CZLA 1Y4CA 2PT2A 3TCGA 1M5DA 3E13X 4FEDA 4JXIA 3IR1A 2P2AA 3TDJA 2XXVA 3DP6A 3I5OA 3N26A 4NF8A 2XXTA 5AA2B 3VLUA 2HAVA 4IO5A 1B4ZA 4G2ZA 4XKNA 1N04A 4OEVA 1US4A 5KCJB 4WEDA 3I3VA 5J1DA 4WEPA 1SD3A 3O2AA 4ONYA 2ZYMA 4U22A 5KDTA 5I84A 3OENA 5I58A 3T9HB 3OOAA 4YICA 3K1NA 3TAJA 1M5EA 2H98A 1B3LA 3VXCA 2NXOA 4R9GA 1YCJA 1ELJA 2ABHA 3IAZA 3PV0E 3DP4A 3R26A 5EYFA 4F19A 4NF5A 1GGGA 2ZYOA 3FIRA 2DWJA 4JBZA 1ZKBA 4H8IA 4MLVA 4R2FA 5DVJA 2H9BA 5ITPA 2XXQA 4RA1A 2F35A 5KCJA 2DP8A 3USDA 4I62A 3PMWA 2THIA 3V5AA 5EHSA 3S9EA 1CB6A 3FJMA 5AA3A 3K1MA 1SI1A 3KN7A 1B5HA 3JZJA 2V3UA 3AXFA 3ZS6A 4NF6B 1JEUA 2Y84A 4POWA 3E3KA 3PPQA 2M8CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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