1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
4X9TA 1M5CA 2ABHA 4PQJA 3TEPA 3TMGA 2I0CA 3IB0A 5DVIA 4POWA 2GRVA 2R9JA 4XKRA 1URSA 2DVCA 3BBRA 4ZZEA 1QULA 4AB6A 1HSLA 2HZKA 2VD2A 1URGA 1BTJA 1D3KA 4F3BA 3IOUA 2QMWA 3KGCA 5AA2B 3H03A 4F19A 2ZNSA 1FQCA 4C0RA 4YZZA 4ELQA 3FJMA 3MBPA 1EU8A 3RT6B 4AB5A 1MXUA 2PX1A 3E13X 5FTHA 4OENA 1QUIA 3R7XA 3G7WA 4RJZA 2RC8A 2FNCA 5TPAA 3U92A 5I56B 4GD5A 1B4ZA 1SYIA 3VLUA 4OFOA 1LAXA 1USYE 3Q25A 1M5EA 1NFTA 2QL3A 1B5HA 3I5OA 4ZEFA 1FTMA 1MDQA 5ICQA 3V8XB 4Q8RA 4LVQA 5F7VA 5J1DA 2IEEA 3O6IA 3IO6A 3VV5A 1ZJLA 2XXRA 1B40A 4F1YA 2I49A 3B6QA 3CFZA 1LB8A 4G77A 3DP4A 2V3UA 5TP9B 2DXYA 2ZYNA 2OWTA 1B4HA 1TFAA 5DT6A 1ZLQA 4G8MA 5ICTA 3FATA 1US4A 2O51A 1FQBA 2I6EA 3E4RA 3EF7A 3T9VA 4GWOA 4AQ4A 4JXIA 4GIZA 1DPEA 2A5TA 2DWAA 1ZKBA 3CVGA 1MH3A 2BJJX 5CM6A 1PBQA 3VXCA 2XXXA 3C35A 2FA7A 3Q29A 5H8NA 4F2OA 4N6PA 4OMBA 3U1OA 1MPCA 4C1TA 3DP6A 1CB6A 4XKNA 1IITA 3MZ9A 3TODA 5AA4A 2O69A 5FTIA 5JTYB 3T9XB 2DWJA 1IZ1A 4I1DA 3LBSA 1FQDA 4BLAA 4OTEA 3IB2A 3D4GA 3K0VA 3L6GA 4Q30B 1VFEA 5A5XB 4F1VA 1Y3PA 5DEXB 4OZ9A 3VLVA 5KDTB 4X48A 2X7PA 2VD3A 5BUUA 3KN8A 4O3CA 3PD8A 4MH5A 4U1ZA 4OESA 3Q28A 2H9BA 4BDQA 3SEVA 4ECFA 3IL1B 4WKMA 4KPTA 3K1PA 3PPOA 4QFKA 1AL3A 4PE5B 2O6AA 1LFHA 1MS7A 4YKIA 4U4SA 4R2FA 5IKBA 3JV9A 1JQFA 3C33A 4OHNA 2QS2A 5KCJA 4KFQA 2F7BA 1Y4CA 4X1BA 5L9MA 3TTLA 4H8IA 2Y7KA 3N94A 3TCHA 3G3JA 5CMBA 4R73A 3OXNA 2B65A 2XXHA 3CG3A 1MQDA 4POXA 4K3FA 1SQYA 2CMOA 4M1VA 3T66A 3ODBA 3KFMA 4YKJA 4F3PA 4LZ5A 2QPQA 3TTMA 2DS9A 3KG2A 1N0TA 2OK2A 4HCYA 4KYDA 3T93B 2GH9A 2DE4A 2NWJA 4FEDA 3LSFB 2YLNA 3MP8A 3LC8A 4L17A 3IJOB 3OENA 2Y7PA 3RY3A 1R6ZA 2DQVA 1LBBA 4U1OA 4E0XA 5DVJA 4IGRA 4KCCA 4NF5A 4G8NA 4JB7A 2DP8A 3S9MC 1UIVA 3JZJA 1OIBA 4BDOA 3BFTA 4YB6A 1B3GA 2B3FA 3VVDA 1ZU0A 1XS5A 2DWHA 2Q88A 3HSTA 3JYRA 4JSOA 3WAFA 2Q2AA 3RTWB 3ZKLA 1IQ7A 4IO6A 2YJPA 5CMMA 3ZSFA 3KOSA 4BDLA 2HAVA 3FGSA 3VDFA 4GQOA 3OMBA 4U2RA 4IO3A 3MC2A 4F2QA 5B70A 4G2ZA 1Y3NA 4BDNA 1JW5A 1VSOA 4LZ8A 2HZLA 2V93A 5L9SA 4MFIA 5CMKA 1MY1A 1XC1A 1NNKA 3SEWA 1US5A 2Z22A 3LSLA 1NKXA 3QK6A 2I3VA 4EF1A 3S9EA 3ZS6A 3RNNA 1B0HA 2O1MA 5DTBA 4KQPA 1IXGA 3VFJA 4MBPA 2F36A 2O1LA 2QS1A 3FVNA 1FQFA 2KLFA 3TCGA 1MDP1 4NE4A 1LB9A 3OEMA 3FASA 4FECA 3UORA 3KJ7A 1H43A 3O2AA 1SVXB 1HSJA 2UVGA 4IO5A 3FVKA 3K1MA 4KD5A 1M5DA 1MXVA 3M3LA 2HCAA 3RT8A 1MQGA 3H6WA 3N6UA 3V83A 3IORA 2H99A 1OVTA 1B5JA 1MQJA 4G68A 1M5FA 4Q0CA 1LLSA 4IO2A 3EN3A 1MM7A 2DSFA 1Y9UA 4Z7EA 1NMUA 5EHMA 4N07A 4IB2A 1A7LA 1XT8A 3SKPA 4ND9A 1B51A 3FV2A 4NF8A 4G4PA 4OXVA 1LFGA 4G8HA 2XD3A 2DE2A 1SYHA 2ZYKA 1SDXA 1AOVA 1JW1A 5TPAB 1BLFA 4YMAA 4C1UA 1N3XA 2P0SA 2UVHA 1B5IA 3PUXE 3EQ1A 4H1XA 2Y84A 5CC2A 1OMPA 4PP0A 4NWCA 4RA1A 4TLLB 3OSQA 4O3BA 1B58A 4F22A 3VVEA 3RN8A 3FUZA 4QFLA 3CI8A 4LP2B 3UA8A 4O3AA 1A55A 1FTOA 1UTBA 4DXBA 4R72A 5FHMA 4RYAA 1B7ZA 2F34A 1IIWA 4OEVA 1R9LA 5CBSA 1EZPA 3I3VA 2DOJA 3OO6A 5H8HA 1IUDA 3UIFA 1WVJA 2HEUA 3TTNA 1DTGA 3QIMA 1Z7ME 4ONYA 2THIA 2E1SA 3C36A 5KZTA 5I2KA 2A5TB 1A40A 1B32A 4GL0A 4GLIA 1USYH 1UIUA 1EH3A 4NF6A 2REJA 1NNTA 5H8NB 1JVYA 2QS3A 3PMXA 1POTA 2XXQA 2Q89A 3FZVA 1RYOA 2Z8EA 3H7MA 4JBZA 1MH4A 1OQHA 1D9YA 2XXUA 5AA4B 2O84X 3C9HA 4LQ2A 3TQLA 1F9BA 2XX8A 3O97A 3SEYA 2DWIA 4DCXA 3K6UA 1Q35A 4XTCQ 2UYFA 1N04A 5JEIA 4IY5A 1WODA 2F97A 3KN7A 3VLWA 4ZE8A 3KEIA 1TFDA 5ISUA 1S7YA 3PUWE 2ESNA 3MZ1A 2DE3A 2D5WA 4GXAA 2VHAA 4YB7A 5ITOA 1PDAA 4NWDA 3U8QA 3H06B 3LR1A 1A99A 3TTRA 5LOMA 3O6HA 3QAXA 4NF4A 2XD2A 1ZMGA 2IA4A 3KOTA 1P1QA 5EHSA 1MPBA 4YMBA 2ANJA 4NTLA 1Z7NE 1AMFA 3MAMA 2DXRA 4IO7A 4PFUA 2XXVA 5KCJB 3MZBA 3PGFA 3OOAA 4BDRA 3UN6A 1FTKA 3IR1A 1JW4A 2I4CA 1GV8A 3DP8A 4R6YA 3EHTA 2D3IA 2V25A 3FJGA 4HCWA 4DE8A 2HXWA 2ALUA 1MY4A 2A5SA 1I69A 3CSGA 2RINA 2F78A 3MPLA 1OQGA 3ILUB 4EUOA 2I3WA 4EXKA 3HCQA 2P1SA 1B7HA 1MRPA 2NOOA 4KHZE 4DXCA 1JETA 4NF5B 5ELVA 2VOZA 2ONKE 3KJTA 2OJTA 1I6AA 1SI1A 4WXJA 3MPKA 4RPOA 5AE4A 5I59A 4U21A 2XXYA 2H25A 5K2YA 4G68C 3PUZE 2AL5A 2O68A 1NNPA 3PPQA 1B52A 2ZYOA 2PVUA 3I6VA 3KZGA 4R2BA 2V3TA 1S9TA 3VVFA 4ELRA 2CZLA 1AIVA 3M3FA 3WAEA 4U22A 1O64A 1O7TA 3SEUA 4ESXA 1B9JA 3IOVA 2Z8DA 3FD3A 1DSNA 3K02A 3FVGA 3MUQA 2V84A 2I0BA 1JNFA 3IK6B 4FORA 1NNFA 4WEDA 4GOTA 2RF1A 4F31B 4H8JA 4GXSB 2OBGA 3FXRA 4U4XA 4ISUA 3V5AA 3OEKA 1FTJA 4OERA 5FHNA 3T9HB 2VP1A 1TT1A 2F6PA 3MQ9A 4OFJA 5F1QA 3G3GA 4R9GA 4DXUA 2V3QA 5FHOA 4G68B 4PETA 2P2AA 4XKPA 3U93A 3DM0A 3ONMA 3PPRA 4R6KA 5ITPA 3IO4A 1EZ9A 4H65A 2OCUA 3V89B 5JK4A 1H44A 2NVUB 3FV1A 4IO4A 3SEXA 3GBAA 1LFIA 4H5FA 5I57A 1RKMA 3RUMA 4XIGQ 1UQWA 1ELJA 4NF8B 1XOCA 2O7IA 5M2VA 1H3DA 3PPNA 2E0SA 3KSXA 3FXUA 1Y20A 1DOTA 3Q27A 3S9NC 1QW0A 2LAOA 3KSJA 5I2NA 1SW5A 2F7AA 4QSDA 2Y7IA 3E3KA 4ZEDA 4BDMA 2WKYA 5H8QA 4HS7A 1YCJA 1T0KA 3SETA 1D9VA 1ZBMA 3E9XA 1H76A 3H6VA 2HFBA 1I6BA 5I84A 2M8CA 1GVCA 5CRYA 3K6WA 5HM4B 3MWBA 1VFDA 4NMYA 4ZE9A 2O7UA 3O6GA 2OZZA 1UTBB 4QSEA 3U94A 3R6UA 5HPQA 1FQAA 1JEUA 3PU5A 4LQ5A 1PBPA 5H8HB 4ZDMA 3W15C 4JSDA 1GTKA 1B05A 2AYSA 1GR2A 1NH7A 5AA1A 1IEJA 3AXFA 5AA2D 4P0GA 4LA9A 4PFTA 4GL8A 4RY1A 4ELPA 4EQBA 3ILTB 5I2KB 1TXFA 5H8SA 4Z0IA 4F1UA 1JVXA 1R9QA 2UVIA 1LGBC 4NF6B 1Y1ZA 1ZIUA 1LBCA 5IAIA 5H8FA 4JWXA 4F18A 4R6HA 5B7DA 1OLAA 1P1OA 3K00A 4FEBA 4PFWA 3SDFA 3TFLA 3QSLA 5EYFA 2HQ0A 3W9WA 2XX9A 4EQ9A 4X1DA 1O63A 4H67A 4DIGA 4OFLA 1D4NA 2VGQA 3C4MA 3KN3A 2XXPA 1VE4A 4ZEIA 4M4GA 4YKPA 1P1WA 4JWYA 3M3KA 1OLCA 2Z23A 3RGYA 4YAHX 4QF9A 1N3WA 4F39A 3C32A 1AH5A 4I62A 1B3HA 2I48A 1MY3A 1XHYA 4EQ7A 3O9PA 4P0IA 1XVYA 3F11A 5I58A 2ZYMA 3ECRA 3TQWA 4NF4B 1B2HA 3GBBA 1II5A 1B3FA 5BWJA 1PB7A 4EF2A 1N7WA 3IOWA 3PD9A 2H4IA 2QS4A 4NEDA 1UTHA 3A09A 4ZECA 3K01A 1N76A 3C34A 4DZ1A 2RKMA 3OO9A 3TCFA 3Q26A 3RPWA 1I6QA 1BIYA 3D4CA 1H45A 4UA8A 2G93A 3FXQA 3TTKA 2UVJA 4PFYA 3RTFB 3MVWA 4FAJA 2QJEA 1EZOA 3EHUA 3THIA 5L9OA 4GRKA 2PYYA 1PEBA 2PT1A 5AA3A 2UYEA 4QRZA 3S2VA 2ONRA 2W7YA 3W9VA 3OSRA 1P99A 5CMCA 4LATA 2D21A 5DYHA 1VR5A 1B7UA 2OLBA 2X26A 4QHQA 4RK9A 1ZTYA 4FE8A 2GFEA 1N84A 2ZXTA 3O28A 1MY0A 3MP1A 4QFOA 3IX1A 4ZS9A 3PV0E 3IJXB 3R26A 3QXMA 4OQOA 3PMVA 1ANFA 4ELOA 5I59B 3O29A 4OVJA 4MLVA 3TYHA 1A8FA 3VXBA 4ZEKA 1PB9A 2QMXA 4GVOA 2F35A 2HAUA 3LSWA 1DTZA 1SI0A 2ONSA 2AL4A 3MVZA 4GFRA 3CR9A 1MPDA 3OO7A 4LZ7A 3H6UA 5AA2A 3S4UA 1BP5A 3BKIB 4QFNA 1LAFE 1MXYA 4KR5A 1SW4A 1QJMA 4H0WA 2F7CA 4F3GA 3TELA 1LSTA 4RK2A 2XXWA 4I9DA 4I8CA 3HO7A 1MQHA 1B0LA 1HSEA 1TWYA 1DPPA 3SERA 4P11A 4H6DA 1SD3A 1MXXA 5I56A 3S9LC 1MQIA 1J1NA 3TKDA 1SW2A 1WDNA 4MF3A 1B1XA 2B3BA 4YICA 4KYSA 1A8EA 1KWHA 3GLBA 3C31A 3N6TA 2ZNTA 3HPIA 4EDPA 2QSXA 3HHGA 3QUFA 3L6HA 2UXAA 3HN0A 1LCTA 3FJ7A 3TUSA 4FIMA 3K6XA 1FQEA 3PPPA 3P7IA 4MLQA 1IXHA 4OEUA 4ZEBA 3CFXA 5TP9A 4ZZAA 3K4UA 4F3SA 3MJNA 3MVYA 1Y4TA 3ZKKA 4DCYA 4F29A 3TAJA 5I57B 4U23A 1FW0A 4XKQA 1FCKA 3IB1A 3EPEA 3G3IA 1FTLA 1QKBA 2ZNUA 3MW0A 3OELA 1L5TA 1JEVA 2H5YA 2GHAA 1GGGA 2RC7A 2GHBA 3TZAA 3UGWA 3A3UA 3KBRA 1N7XA 3CFLA 5I2NB 1POY1 3CSBA 4KCDA 3T22A 5H8QB 2PT2A 4HW8A 2QRYA 3DLNA 3PUYE 4GF8A 2XXTA 1IXIA 1RYXA 2DYXA 4UACA 5JTYA 2X7QA 3T9UA 3QYTA 3N26A 1R1NA 1SW1A 1OVBA 2RC9A 3GZGA 2Y7WA 3CRBA 5A5XA 4N13A 1MXZA 4FATA 3TDJA 2F5XA 5DEXA 5KDTA 4KYEA 2YPNA 4YU0A 3K6VA 4RNSA 4R9FA 3QUJA 1YTVA 2RCAA 1PB8A 2RCBA 3M8UA 2F6GA 3CG1A 3MP6A 3H3GA 2Z8FA 2PMSA 1URDA 1ATGA 3HV1A 2Y7RA 4LUBA 4XXUA 2I58A 2R71A 3FIRA 3B7DA 4E0WA 1Q1KA 1MG1A 4JDFA 2F8DA 3RLFE 5L8DA 4OWDA 4R74A 2I4BA 3GXAA 3IAZA 1P1UA 2Q2CA 3OO8A 3G3FA 3VE1B 4IGTA 5H8FB 5DVFA 3USDA 3UP9A 3DELB 4DDDA 3BFUA 2FYIA 1B3LA 5CBRA 1QVSA 2G29A 1A54A 4JWOA 1SBPA 2R6GE 1Y3QA 1IXCA 1LAHE 4TLMB 3N5LA 1NH8A 3H4ZA 4EXLA 1BKAA 3LUYA 4LONB 2H98A 2DVZA 2XHDA 3OD7A 4R75A 4ESWA 1QKAA 2AIXA 1DMBA 1MY2A 3IOTA 4YKKA 2NUVA 4TQUQ 4YB5A 1XVXA 1B46A 4DLDA 3O66A 5I58B 2XX7A 4OYVA 3MVXA 2XXIA 1MM6A 3EHSA 1QUJA 1CE2A 5HBCA 1B6HA 1UTHB 3A3CA 1YAEA 1Y1MA 4WEPA 3UK4A 4RXLA 2OWSA 1B3EA 3H6TA 2Q8JA 2REGA 2NXOA 4QSCA 3G3HA 4TOZA 4IY6A 4KI0E 3TPAA 1PC3A 3CIJA 4Q5TA 3K1NA 3T96B 3PMWA 1M5BA 3U72A 4OETA 3PUVE 3LSXA 2ZMBA 5TU0A 3FVOA 3HHFA 1LCFA 1S50A 3G3KA 3K2DA 5CI5A 2PBWA 3RQTA 1YPNA 4H5GA 3SESA 4HTGA 1P1NA 4FJPA 4THIA 5K2XA 2Q9TA 4RPNA 3B6TA 3B6WA 1QUKA 1MXWA 1LAGE 4QFPA 1NL5A 1B1HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X9TA 1M5CA 2KQZA 2ABHA 4PQJA 3TEPA 3TMGA 2I0CA 1FSAA 1EYIA 3IB0A 5DVIA 4POWA 2GRVA 2R9JA 4XKRA 1URSA 2DVCA 3BBRA 4ZZEA 1QULA 5DW8A 4AB6A 3D1RA 1HSLA 2HZKA 2VD2A 1IMCA 3QMFA 1URGA 1BTJA 1D3KA 4F3BA 5ESYA 3IOUA 2QMWA 3KGCA 5AA2B 4MEVA 4PBHA 2B4LA 3H03A 4F19A 2ZNSA 1FQCA 4C0RA 1JP4A 4YZZA 2B4MA 4ELQA 3FJMA 1IMBA 3MBPA 1EU8A 3RT6B 4AB5A 1MXUA 2PX1A 3E13X 5FTHA 3B8BA 4OENA 1QUIA 4JVCA 3R7XA 3G7WA 4RJZA 2RC8A 5F24A 4PAFA 2FNCA 5TPAA 3U92A 5I56B 4GD5A 1B4ZA 1SYIA 4N6KA 3VLUA 4OFOA 1LAXA 1USYE 3Q25A 1M5EA 1NFTA 2QL3A 1NUYA 1B5HA 3I5OA 4ZEFA 1FTMA 1MDQA 5ICQA 3V8XB 4Q8RA 3ROJA 2L5VA 4LVQA 5F7VA 5J1DA 2IEEA 3O6IA 1FBDA 3IO6A 3VV5A 4GWSA 1ZJLA 2XXRA 4PCDA 1B40A 4F1YA 2I49A 3B6QA 3CFZA 1LB8A 4G77A 3DP4A 2V3UA 5TP9B 2DXYA 2ZYNA 2OWTA 4MX6A 1B4HA 1LBXA 1TFAA 5DT6A 1EYJA 1ZLQA 4G8MA 5ICTA 3FATA 1US4A 2O51A 1FQBA 2I6EA 3E4RA 3EF7A 3T9VA 4GWOA 2VPOA 4AQ4A 4JXIA 4GIZA 4HE1A 1DPEA 2A5TA 1DK4A 2DWAA 1ZKBA 3CVGA 1MH3A 2BJJX 5CM6A 1PBQA 3VXCA 2XXXA 3C35A 2FA7A 1FBHA 3Q29A 4MNCA 5H8NA 4F2OA 4N6PA 4OMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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