1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
b'KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Protein binding
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
1QKBA 2F6PA 4FAJA 5I57B 3MAMA 4RK2A 4X1DA 5H8HB 4MFIA 1FCKA 5DVIA 5L9OA 1S7YA 2VP1A 3S9MC 3VVEA 4F1YA 2H4IA 4RNSA 2XXUA 3MC2A 4HTGA 4U4SA 3G3FA 3K1NA 5CBRA 2I0BA 1QUJA 5TP9A 1IXIA 3FUZA 3OO9A 2XX8A 3KFMA 1YPNA 4GL8A 1DTZA 1Y3NA 4KYDA 3EF7A 4XTCQ 2F8DA 1EH3A 2QMWA 4H8JA 3PPOA 1HSEA 3LSFB 3LC8A 2XXVA 2DVCA 4XKPA 1IZ1A 5F1QA 1A40A 4DCYA 4U1ZA 2RF1A 2F6GA 3SETA 2Y7WA 4LQ5A 1N3WA 3M3KA 3OMBA 1GTKA 1VFDA 1ATGA 2Z23A 1LBCA 4C1TA 3CSGA 1R6ZA 1M5BA 2XD3A 2QMXA 1RYOA 4UACA 2VOZA 5DT6A 4ZE9A 2VHAA 4FE8A 3G7WA 3Q25A 1POTA 1SI0A 2GHBA 1LB8A 1OQHA 2GH9A 1URGA 1I69A 4GD5A 1OVBA 5DTBA 1GR2A 3PPRA 2XXIA 1QULA 4XIGQ 1VFEA 3FVGA 4IY6A 3CFXA 3RPWA 1PB8A 3BKIB 4I8CA 3KN3A 2AL5A 3EPEA 3TEPA 1D4NA 1FTLA 3MP1A 3N6TA 3TTNA 1SW4A 3TCGA 1N7XA 1MM7A 1LFGA 5DVJA 3CSBA 2QL3A 3Q28A 1MQJA 1H3DA 3SEWA 4EF1A 2W7YA 3Q29A 2REGA 1M5CA 4X1BA 1NNFA 1VE4A 3VLWA 3BFTA 3E13X 4GOTA 4FATA 2ZNTA 1IEJA 2IEEA 3VFJA 3KZGA 3TODA 2PMSA 3QUJA 5EYFA 4EQ9A 2XXXA 3FJ7A 3C35A 3EHTA 1IQ7A 1OMPA 1EZOA 4N13A 3K01A 1N84A 2VD3A 1B4HA 3CFLA 1A54A 1SYIA 4GWOA 1MS7A 4DXCA 4L17A 1B51A 1MY2A 3KN8A 5K2YA 1MXUA 3GLBA 4Q0CA 5JK4A 1O7TA 4ZE8A 4H67A 1Y3PA 3O2AA 4H0WA 1QUIA 3OO8A 5CMCA 1D9YA 3T66A 1MY1A 1ZKBA 3PGFA 2YLNA 5I58B 1JETA 3CR9A 4ZEFA 3Q27A 3PUZE 3K6UA 3E4RA 2I49A 2QS1A 4NF6A 1B3EA 3I3VA 4LA9A 2F7BA 1EZ9A 3LSWA 4ZZAA 5I56A 4NF8A 1N7WA 3OSRA 3EQ1A 3TFLA 2XXTA 1NL5A 3SERA 4M4GA 5AA4A 3K6VA 2DWAA 4BDMA 2XXPA 3ODBA 4LVQA 2HAVA 5K2XA 3E9XA 2Y84A 4FJPA 3OEMA 3I6VA 2HQ0A 2ZYOA 2DE4A 4EUOA 1Y4TA 4F3BA 4G8MA 4PP0A 1UTHA 4ONYA 1MPBA 3C32A 2PBWA 2XD2A 2Q2AA 3KBRA 1FTOA 4P0GA 3FJGA 3K1MA 2DE3A 2F97A 5LOMA 4G8HA 4GXSB 1HSJA 3OXNA 1ZLQA 1B5HA 2Y7RA 2FNCA 1LAHE 3K6XA 2DWJA 5B7DA 1XVYA 2REJA 3G3HA 2O51A 1JVXA 5ICQA 3GBAA 2I6EA 4YMAA 3TELA 4YB5A 4GLIA 4O3AA 3O29A 3CI8A 2BJJX 1B5IA 3TZAA 5AA2D 5J1DA 3FXQA 3K02A 3G3KA 4I1DA 3VXBA 1T0KA 2ZYMA 1M5DA 4OTEA 3PUXE 1B58A 2ZMBA 4NF4A 4WEDA 2OK2A 1B3FA 3IOTA 5CMBA 3QXMA 1AIVA 2UVHA 3VV5A 3UN6A 3R6UA 3QAXA 2ZNUA 1UTBA 5I59A 1LCTA 2Z22A 1XVXA 4Q30B 3FD3A 4ZEDA 3K00A 3UA8A 4NWCA 3ZKLA 3HCQA 2XXWA 3S2VA 4OZ9A 3HO7A 3FIRA 1ZTYA 3H6UA 2DVZA 2QS2A 3ZKKA 1FTKA 2HAUA 3PMWA 2DE2A 4R73A 5JEIA 4UA8A 3N6UA 2B3BA 5TU0A 3HN0A 4NEDA 3HHGA 4R6HA 4H5GA 2P0SA 1FQBA 3IL1B 2Q89A 5EHSA 4EXKA 3IAZA 1USYE 4H1XA 4KYSA 4OESA 3CFZA 1Y4CA 5JTYB 1LFIA 3UP9A 5KDTA 1SBPA 2ZYNA 1BKAA 3SESA 5ELVA 3THIA 5H8QB 3VDFA 3OD7A 4JBZA 4IY5A 5CMKA 4LZ7A 1FTJA 4RA1A 2XXHA 3C4MA 1AH5A 3H4ZA 3MZBA 1H76A 4BDOA 3IR1A 1Z7ME 2RC7A 1MDQA 1DPPA 3JYRA 1Y1ZA 5TPAB 1SQYA 5CBSA 4IB2A 5I57A 4ECFA 4YMBA 3MUQA 4C1UA 1DSNA 1POY1 5H8HA 2O7IA 4R9GA 4LQ2A 3PUVE 1US4A 4FECA 4KI0E 2PYYA 2XX7A 1Y9UA 4DE8A 5FTIA 4R6YA 2RC8A 3S4UA 3U93A 5AE4A 4KCDA 3CRBA 3T93B 4F2OA 5DEXB 3L6GA 3MW0A 3H6WA 1KWHA 2NOOA 1FQCA 4PFTA 5AA3A 4BLAA 4NMYA 2UYEA 3SEUA 3HV1A 1I6BA 3FVKA 5KCJA 1WVJA 1MXXA 5DVFA 4XKRA 4OXVA 5HBCA 2V25A 4MH5A 3IB0A 4RPOA 4G4PA 4EQ7A 1LB9A 4OEUA 3VVFA 1QJMA 3PUYE 3LSXA 5ICTA 1SI1A 2G29A 3RQTA 3USDA 2RCAA 1SD3A 2AIXA 2VGQA 2X26A 3IO4A 3WAFA 3U72A 5BWJA 1SYHA 2Y7PA 1GVCA 2OCUA 1US5A 3B6QA 1PDAA 2DWIA 1PBPA 2Z8EA 3H06B 2B65A 4XKNA 4HCYA 4TLLB 5AA2B 2UVJA 1AMFA 3U92A 2YJPA 4OVJA 1AL3A 1B0HA 4JWXA 4R72A 3OO6A 4QSDA 1VSOA 4OWDA 3SEYA 1LLSA 4LATA 4R75A 2ZNSA 4EXLA 3PUWE 3IJXB 4R9FA 2XXRA 2OLBA 1IXGA 4MLVA 1CE2A 3QIMA 3GBBA 3QUFA 5FHOA 1SVXB 1SW1A 1P1QA 4DCXA 2X7QA 4PFWA 3TTLA 3MVYA 3T9UA 1D3KA 4GQOA 5F7VA 4G2ZA 5I58A 3R26A 3O6HA 4P11A 5ITOA 3UGWA 2X7PA 3MP8A 1ELJA 2KLFA 2OJTA 1MM6A 3OO7A 4N07A 4ZEBA 1R9LA 2I58A 3T9HB 1BP5A 4IGTA 2F78A 2ONKE 4RXLA 4YKPA 3M3FA 2Y7KA 2V3QA 3V83A 3IOWA 2F7CA 4IO3A 4EQBA 5H8FB 1H45A 4GF8A 4OERA 3IK6B 2O69A 4PE5B 2UXAA 4I9DA 3G3GA 3L6HA 1YCJA 2V93A 1P1UA 4NF5B 1LBBA 5CRYA 2R71A 4GVOA 2HZKA 4EDPA 1NMUA 1JEVA 4BDNA 4DLDA 2OZZA 4QFLA 1DPEA 3DP6A 2P2AA 3LR1A 3O6GA 4KCCA 2XXYA 4YKIA 1NH7A 5I2NA 2V3TA 5KZTA 2DQVA 2RINA 3A3CA 3T96B 3TCFA 4ELPA 5IKBA 4HW8A 1FW0A 4R6KA 3QSLA 4EF2A 4YICA 1B3LA 4IO2A 1IXCA 3C36A 2O1LA 3U94A 2HXWA 3A3UA 4G68C 1XHYA 3MBPA 4ELRA 5H8NB 2OWTA 1B0LA 1I6QA 5IAIA 3RT6B 1B3GA 4U22A 3FATA 1H44A 2DP8A 5CM6A 2O68A 3RGYA 2DXRA 5AA4B 4IO4A 4OQOA 3FASA 1FQDA 4JDFA 1MQDA 3FVNA 3K2DA 3JZJA 1F9BA 4DZ1A 3RNNA 4QSCA 2DXYA 4ZEIA 2ESNA 4LZ5A 2E1SA 3RTWB 4X48A 3K6WA 2THIA 4U4XA 1R9QA 4YZZA 3GZGA 3KG2A 2Q88A 3TPAA 3DM0A 2LAOA 4F3PA 1B32A 3IOUA 3RN8A 4C0RA 4PFYA 3OELA 2QPQA 4QF9A 3KSXA 4RJZA 4OYVA 4AB6A 3B6TA 4XKQA 3OENA 3RUMA 4HS7A 4HCWA 4BDQA 5JTYA 3KJTA 3D4CA 4PQJA 3N94A 2B3FA 3VLVA 4FEBA 4G77A 1B7ZA 3MJNA 3TYHA 1ZBMA 5H8QA 1I6AA 4YB6A 3EHUA 2M8CA 1N04A 5AA1A 1UIVA 2FA7A 4WXJA 4MLQA 2V84A 3O28A 4JWOA 2NUVA 4TOZA 2DYXA 1R1NA 3ZS6A 2WKYA 3MZ9A 1SW2A 4NF4B 4YKJA 3V89B 4IO5A 1MPDA 4G68A 4R2BA 1FQFA 2GFEA 3VE1B 5I84A 5TPAA 3C9HA 1OLCA 4BDLA 1Y1MA 3FXRA 4R74A 4H6DA 5A5XB 3MVWA 3TTKA 4GFRA 1P1OA 2D21A 3TCHA 4F1UA 1RYXA 2I4CA 2RKMA 3OOAA 1WODA 3TDJA 1A8EA 1OQGA 2NWJA 2Y7IA 4QSEA 1XC1A 5I2KB 2QS3A 1NNTA 3O6IA 3UK4A 4YU0A 5ITPA 4O3BA 4F2QA 3TAJA 1B9JA 1OIBA 4H5FA 3H6TA 3JV9A 1A99A 3IO6A 1P1WA 4F39A 3TMGA 3KJ7A 3S9LC 1URDA 3PPPA 3PU5A 3S9EA 1N0TA 3K1PA 3E3KA 1B3HA 1LAGE 3IB1A 5EHMA 2QS4A 2IA4A 2I4BA 1MXZA 4LUBA 4ESWA 1NKXA 2R9JA 1IXHA 1LSTA 3H3GA 3KSJA 4JB7A 1DMBA 1MQGA 1JVYA 2G93A 3MWBA 1MH4A 3ZSFA 4OHNA 3W9WA 4DXBA 3PPNA 2GRVA 4Z7EA 1DTGA 1Y20A 4U2RA 2A5TB 1YAEA 3M8UA 4AB5A 3PPQA 5FTHA 2CZLA 3RLFE 1FQAA 4F22A 4Q8RA 1Q35A 4LP2B 1MG1A 1Z7NE 1VR5A 3KN7A 1B2HA 1B6HA 5FHMA 4RPNA 1A7LA 4KQPA 2ALUA 3KGCA 3T9XB 4FEDA 4OFJA 4JWYA 2I3VA 4RYAA 4MF3A 1XOCA 1RKMA 3H6VA 2I3WA 3KOSA 1LAFE 3D4GA 2D5WA 2CMOA 2H25A 3CIJA 1NNKA 4H8IA 1NH8A 5AA2A 1B7HA 3SDFA 1S9TA 3B7DA 4ELQA 1JW5A 1MRPA 3KEIA 2PT2A 3TTRA 1M5EA 1LFHA 5BUUA 1M5FA 3AXFA 4ZDMA 2R6GE 2PT1A 3FXUA 2HFBA 1JNFA 3DP8A 3OSQA 4YAHX 2ZXTA 3BFUA 2H99A 3Q26A 1MDP1 3QK6A 1WDNA 5TP9B 4XXUA 4WEPA 5KCJB 3C33A 1BIYA 3O9PA 4GXAA 4GL0A 3P7IA 4QHQA 4NWDA 3H03A 4U1OA 1MY0A 4YB7A 3FGSA 1B1XA 4LZ8A 1GGGA 3R7XA 2RC9A 3FJMA 4ZS9A 4AQ4A 1MY3A 2DSFA 4OFOA 2XXQA 4DXUA 1IIWA 3VXCA 3M3LA 1EZPA 1IITA 3DELB 1PEBA 2GHAA 4LONB 2Q9TA 4F29A 4NE4A 1USYH 4POWA 3EN3A 4OEVA 5CMMA 3K0VA 1JEUA 2DOJA 4P0IA 2XX9A 4F3SA 3PV0E 1BTJA 1ZJLA 5H8FA 4IGRA 3U1OA 3RT8A 2PVUA 3N5LA 4NF5A 4POXA 4GRKA 4ZECA 4Z0IA 1JW4A 4FIMA 3WAEA 1P1NA 2F35A 4THIA 4MBPA 2I48A 4O3CA 2OWSA 2UVGA 2NXOA 3DLNA 1TWYA 3PD9A 4M1VA 1MXVA 2DS9A 1UQWA 4GIZA 4DIGA 1EU8A 1PB9A 1OVTA 2F5XA 1FTMA 3CVGA 5CI5A 1URSA 3EHSA 4ND9A 1CB6A 3QYTA 5L9MA 1MQIA 3W15C 4F3GA 1PB7A 4I62A 1QVSA 1HSLA 2ABHA 4OETA 4Q5TA 5L8DA 5HPQA 5H8SA 3SEXA 1QKAA 4R2FA 3UIFA 1O64A 1ZMGA 4X9TA 3UORA 2ZYKA 1MPCA 3N26A 4KPTA 5H8NA 3VVDA 4ESXA 3ONMA 3MP6A 2FYIA 5B70A 1LAXA 1Y3QA 1A55A 3H7MA 1IUDA 1MXWA 1A8FA 3MZ1A 2NVUB 1YTVA 1MH3A 2P1SA 4QFOA 4FORA 3G3JA 3RTFB 2QJEA 3B6WA 2Z8FA 4KYEA 3F11A 3FV1A 3SKPA 4BDRA 2AL4A 2RCBA 1MY4A 3MVZA 4IO7A 1JW1A 3FVOA 2I0CA 4NF6B 4F19A 5I56B 4NF8B 2VD2A 4WKMA 4F18A 1NNPA 3FZVA 1AOVA 2ANJA 3G3IA 1FQEA 3C34A 1L5TA 3MPKA 2UVIA 3HHFA 5L9SA 1XT8A 4KD5A 5I2NB 2O1MA 4K3FA 1LGBC 3IJOB 4QFKA 4E0XA 1UTHB 1B1HA 4TLMB 1XS5A 3GXAA 1ZU0A 2O6AA 3DP4A 4QFNA 3KOTA 2ONSA 2XHDA 1J1NA 4ZEKA 4KFQA 3VLUA 3V8XB 1QUKA 1B52A 3PMVA 3ILUB 1BLFA 3TTMA 3O66A 5CC2A 3C31A 2F34A 4JSOA 4JSDA 1O63A 4ELOA 2ONRA 1OLAA 3IX1A 4H65A 3U8QA 1N3XA 2HCAA 2DWHA 3K4UA 4OENA 5A5XA 2O7UA 2D3IA 2F7AA 4ISUA 1UIUA 1SW5A 3FV2A 4TQUQ 3IB2A 2PX1A 4NTLA 1B40A 2H5YA 1GV8A 2Z8DA 1NFTA 4QFPA 1ANFA 1MXYA 5DYHA 5I2KA 4F31B 3MQ9A 1H43A 1B4ZA 3MPLA 1LCFA 4OMBA 3TKDA 1UTBB 5I59B 3LBSA 1B46A 1TFDA 4RK9A 4E0WA 1PBQA 3LUYA 5M2VA 3OEKA 4KR5A 3TQLA 4G8NA 3BBRA 4N6PA 1QW0A 3W9VA 3ILTB 1B5JA 3IOVA 3T9VA 4U21A 1S50A 3RY3A 4F1VA 1JQFA 2O84X 1MQHA 4KHZE 4PETA 1B7UA 5DEXA 3CG1A 2Q2CA 3I5OA 2H98A 1II5A 3TQWA 4OFLA 3S9NC 3IORA 3HPIA 2HZLA 5ISUA 3PMXA 2A5TA 2AYSA 4JXIA 3V5AA 1TXFA 4IO6A 1N76A 4U23A 4G68B 3O97A 1TFAA 1SDXA 1B05A 4QRZA 1P99A 2OBGA 3MVXA 2H9BA 5KDTB 2UYFA 1PC3A 2YPNA 4RY1A 3TUSA 2QRYA 4DDDA 1D9VA 2E0SA 4YKKA 3PD8A 3CG3A 5HM4B 2HEUA 2Q8JA 3T22A 3LSLA 3SEVA 4PFUA 1TT1A 1Q1KA 1DOTA 2A5SA 2V3UA 1ZIUA 3HSTA 5FHNA 2QSXA 3A09A 3ECRA 4ZZEA 2F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QKBA 4P56A 2F6PA 4FAJA 5I57B 4PDDA 3MAMA 2HHMA 1NV0A 4RK2A 4X1DA 1NV4A 2Q74A 2ZZXA 5H8HB 4MFIA 1FCKA 5DVIA 4OVPA 5L9OA 1S7YA 2VP1A 2F3DA 3S9MC 3VVEA 4F1YA 2H4IA 4RNSA 2XXUA 3MC2A 2OWZA 4HTGA 4U4SA 3G3FA 3K1NA 4O7MA 4HE1A 5CBRA 2I0BA 1QUJA 5EQ8A 5TP9A 1IXIA 3FUZA 3OO9A 2XX8A 3KFMA 1G0HA 1YPNA 4GL8A 1DTZA 1Y3NA 4KYDA 3EF7A 4XTCQ 1BK4A 2F8DA 1EH3A 2QMWA 4H8JA 3PPOA 4H46A 1HSEA 3LSFB 3LC8A 2XXVA 2DVCA 4XKPA 1IZ1A 5F1QA 1A40A 4DCYA 4U1ZA 2RF1A 2F6GA 3SETA 2Y7WA 4LQ5A 1N3WA 3M3KA 3OMBA 1GTKA 4NHBA 1VFDA 2HXRA 1ATGA 2Z23A 3E78A 1LBCA 4C1TA 3CSGA 1R6ZA 1M5BA 2XD3A 2QMXA 1RYOA 4PFBA 4UACA 2VOZA 5DT6A 1IMCA 4ZE9A 2VHAA 4FE8A 3G7WA 3Q25A 1POTA 1SI0A 2GHBA 1LB8A 1OQHA 1EYIA 2GH9A 1I69A 1URGA 4GD5A 1OVBA 5DTBA 1GR2A 3PPRA 2XXIA 1QULA 4XIGQ 1VFEA 3FVGA 4IY6A 3CFXA 3RPWA 1PB8A 3BKIB 4I8CA 3KN3A 2AL5A 4MNCA 2P3NA 3EPEA 3TEPA 1D4NA 1FTLA 3MP1A 3N6TA 3TTNA 1SW4A 3TCGA 1N7XA 1MM7A 1LFGA 5DVJA 3CSBA 2QL3A 2ZZVA 3Q28A 1MQJA 1H3DA 3SEWA 5J16A 4EF1A 2W7YA 3Q29A 4N8YA 2REGA 1M5CA 4GWZA 4X1BA 1NNFA 1VE4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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