1KXPA

Crystal structure of human vitamin d-binding protein in complex with skeletal actin
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
349
Chain Sequence
b'ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN,ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Crystal structures of the vitamin D-binding protein and its complex with actin: structural basis of the actin-scavenger system.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein/protein binding
total genus 121
structure length 349
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1kxpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kxpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kxpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1kxpA04
4BR9A 3BUZB 3D2EA 4GNIA 3RSEA 4Y0WA 2D1KA 3WEEB 1NBWA 3A5NC 3O8MA 4K41A 5AQTA 2E2NA 4M7XA 4CZHA 3R6MA 4CBXA 1ESVA 2F9WA 4A2AA 4BC3A 1S3XA 2QWQA 4CZFA 2A3ZA 2IVNA 1NGGA 4K43A 2I7PA 4BR5A 2IVOA 4BC4A 4BR0A 3MCPA 2GELA 4EAHD 4K25A 2YCHA 2AA4A 5FPEA 1HUXA 2QXLA 3HZ6A 5AZJB 2A40A 1YUWA 1J6ZA 3FZHA 4FOEA 4BRQA 3VGLA 4HTLA 3UKRA 5E84A 3G25A 3H46O 4DCHA 1BOTO 3QMLA 1QZ6A 4H0VB 2FXUA 4CZIA 4RTFD 1ZXOA 3CQXA 2YHWA 3CHWA 3SMPA 1NGIA 2E2OA 3IDHA 2QWLA 3VPZA 3GL1A 1ZBSA 3L6QA 4RWTA 4CBWA 4B1YB 1C0FA 4H5TA 3ZX3A 3VGMA 3ZX0A 4BRNA 1HKCA 3HM8A 4CZMA 4H5RA 3ZEUA 3LL3A 4PL8A 2YHXA 3BEXA 4MLHA 3VEXA 3LDNA 3MN5A 5I9EB 2HF4A 1ATSA 2VYPA 2GWJA 4O8KA 3D7EO 3WXIA 3L0QA 5JLFA 1NGCA 3JS6A 3HBTA 3A8YA 4FOIA 5AR0A 1GLFO 1IJJA 2A5XA 3HSCA 1EQYA 1V4SA 2CGKA 3SLCA 3A0IX 3UKUA 1K8KB 1C0GA 2ASPA 3TPQA 1OKJA 2A42A 4ISEA 2FSNA 3RSEB 3FZLA 1LOTB 3AAPA 4B9QA 1NGHA 1X9JA 4BROA 3ULEA 5TKYA 3H6EA 3EL2A 3FGUA 1MWMA 1U6ZA 4XH5A 1NGDA 5AQUA 3JXUA 3O5BA 2ZWHA 4FWQA 3D2FB 3CJBA 3S41A 5F1XA 2QWMA 2BUPA 1MDUB 2AP1A 4DB3A 1KAXA 4IZ9A 3U9DA 2UYTA 1GLDG 3AARA 3IFRA 3M1FA 3DXMA 4JHDB 1HPMA 3B8AX 4CI6A 3VF4A 1U2VA 3IMXA 1TUUA 1RGIA 2PBDA 1P8ZA 4BC2A 2VCPA 4QS8A 5JLHA 4BG9A 5AFUA 5AQIA 3O08A 3CJAA 1NLVA 4H5VA 3LM9A 5AQRA 4FWOA 3VGKA 5EY4A 2A6AA 1E4GT 3FZFA 4B1WB 5F0XA 4AM6A 3HI0A 4BRGA 1GLEG 3WXJA 2QM1A 5EOYA 4K42A 3EN9A 1WOQA 2P9UA 3VOVA 3ZETA 1V4TA 5BPNA 4BQLA 2DPNA 1BDGA 4FWRA 1Q18A 4JN4A 3DXKA 3LDLA 3DWLA 1Y64A 3ZEUB 2YI1A 1BWFO 1DGKN 5FPNA 3AAQA 4BREA 3ATUA 4BR7A 5B8HA 4IO8A 3GG4A 3VESA 3I33A 1TYQB 4ISGA 2D0OA 3MN6A 1HLUA 2IIRA 3O80A 3FZMA 4CZJA 2QWOA 2ZGYA 3VEOA 4BR2A 1KAYA 1BUPA 3A5MC 2ZGZA 2Q0RA 4FPBA 3U8XA 3A5OC 3VEYA 5BRDA 3VF2A 1XC3A 2P9LB 3C7NA 4CZLA 3QFUA 5AZIA 2NZTA 4FO0A 1JCGA 2P9SA 3L4IA 5BN8A 2P9NA 2A41A 4XH4A 2W40A 3SMSA 4YDUA 1KXPA 1BG3A 3CI5A 5LJVA 4I6MB 1T6DA 2NLXA 5AQVA 3ULEB 3WQTA 2VWBA 5AFUH 4Z94A 1XUPO 2E1ZA 5FPMA 3I8BA 3CJ9A 5BPLA 1E4FT 1YAGA 4MO4A 1GLAG 5BN9A 4BRFA 5KQDA 4CZKA 3VETA 2V52B 3H1QA 1ATNA 4PKGA 4F9OA 3CJCA 2YJFA 3O6WA 1GLCG 1NGFA 3DXMB 4EHUA 4LC9B 4IJNA 3QICA 2CGLA 2P9PA 3O1WA 2GUPA 3VEWA 2HOEA 3J8AA 3BF3A 4IWVA 5AQMA 2V51B 4IJAA 3QB0A 3FE1A 1YVNA 3WEEA 3IUCA 4JAXA 5AQLA 3OHRA 3WUHA 2P9IB 4A2BA 3M6GA 3VERA 2CGJA 2Q31A 3CJ7A 3KZBA 4CJ7A 2Q97A 3GDQA 4JD2A 5ELZA 4BRLA 3D2EB 3O1BA 4FL9A 3DAWA 4B1XB 3ZETB 5AQKA 3LDPA 4B1VA 3WXKA 3KVGA 2E2QA 3R9PA 4J8FA 3GBTA 5AQZA 4H0PA 1WUAA 1RDWX 4FWMA 4PL7A 4H0XB 3ZX2A 4PKIA 3BP8A 3BF1A 4AM7A 4QS7A 4BGBA 3CETA 4GY2B 3VEZA 3WXLA 4CZEA 3WT0A 1TUYA 1G99A 4WQ4A 2HMPA 2NRHA 3UE5A 2OANA 3MMVA 3EO3A 3CJ1A 3KHYA 4A61A 3C0BA 2D0PA 5AZIB 2FF6A 3W3DA 2CH5A 4DHYA 2P9SB 2E2PA 3UKRB 1DKGD 2J4RA 2P9KA 3CIPA 4WQ4C 3P4IA 2FF3B 4BRKA 4BRHA 1H1VA 4H0OA 5BRFA 3SJHA 5BPMA 4H03B 5AQSA 4CBUA 2E8AA 1QQOA 3GOIA 4FSVA 4CZGA 1HX1A 4WYBA 2QWNA 3FR0A 4BRMA 3QBXA 2Q1NA 3CERA 3ATVA 5F2RA 2WUSA 2KHOA 4B1ZA 5EVZA 5EX5A 1MA9B 3U4LA 2P9PB 4DQ8A 1BO5O 1X3NA 3DJCA 3LM2A 5BRHA 2V7YA 5AQPA 5ADXA 2ZF5O 2FSKA 2YJEA 4MLEA 1SQKA 4BRCA 5BR9A 4FWLA 3CQYA 4M63C 4BG8A 1YXQA 1LCUA 1R59O 1XQSC 3UKUB 2ITMA 4JD2B 4M7YA 3SK3A 2EWSA 3VF6A 2Q0UA 3FLCO 3EKUA 5AQFA 3LDQA 3D2FA 3HTVA 1HKGA 4WQ5A 5AQGA 4H5NA 3QFPA 2F9TA 1BA1A 3U9ZA 3QDKA 5EXWA 4IXCA 5AQYA 2Q36A 4BQZA 1GLLO 1S22A 1NGAA 1X3MA 2FSJA 2GWKA 5KPZA 2BTFA 4EHTA 4JHDA 1JCEA 2H3GX 3AY9A 4B1UB 2QWPA 4WQ5C 1MWKA 5AQQA 4YDUC 5AQWA 4BRIA 3MK6A 1NGEA 4FWPA 1T6CA 2I7NA 3MN7A 4BVPA 4L3QA 3EZWA 1ATRA 2W41A 3H3OB 1U2VB 4EFHA 3VENA 4NB4A 3F9MA 4O5FA 3GE1A 1NMDA 4BRDA 3H45C 3R8EA 4ISFA 2P9KB 4EIAA 4FPAA 4JNEA 4QS9A 1QZ5A 5FPDA 4FWNA 3EKSA 3VEVA 5KPRA 4PKHA 1HKBA 5AQHA 3ENHA 4CD3A 5ADXH 1KAZA 1TYQA 2P9UB 1D4XA 1ZC6A 2ASMA 5KQ8A 3O4WA 2CH6A 4BR4A 5JICA 1NWKA 3DXKB 4C23A 1GLBG 4BC5A 2Q2RA 5BREA 4CD1A 1JCFA 5AQXA 3UB5A 3WQUA 1NM1A 2P9LA 2GEMA 2E20A 2QW9A 4BRPA 5AZJA 1QQNA 4RCHA 1T44A 1SAZA 5AQOA 4FWKA 4A62A 1QQMA 2E1YA 1BU6O 5LJWA 5JMVA 4XEIA 3H1VX 3C7NB 5LY3A 4I6MA 5AQJA 3ID8A 2FLOA 5AQNA 5E26A 4KBOA 2P9NB 3QBWA 2YHYA 2D4WA 4FWSA 4XH1A 1Z6RA 1NGJA 4HWIA 3MN9A 2IVPA 4BRAA 4H5WA 3MDQA 3M3ZA 4H0TB 1BA0A 1HJOA 1QHAA 2PAVA 4BVOA 5KPTA 1CZAN 3A5LC 4MO5A 3FFKB 3LDOA 3W0LA 5CE3A 2ASOA 1SZ2A 1GLJO 4NO7A 4E1JA 1DEJA 2HF3A 4BGAA 1NGBA 3TU5A 1Z05A 2V7ZA 3FZKA 2QWRA 1IG8A 2E88A 2P9IA 2GTDA 1RFQA 1K8KA 3H3NO 4H0YB 3ENOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR9A 3BUZB 4CEZA 2HHSA 4Y0WA 2HBLA 3OY9A 3CMEN 4N41A 3CCJN 5CR4A 5FRMA 2X6SA 4I2PA 4CFCA 2E2NA 4M7XA 4YOUA 4CZHA 3HP9A 1TK5A 2HHWA 1ESVA 5DMRA 4JI5K 4BC3A 2A3ZA 5C12A 3JAMO 1T3VA 2ATQA 4K43A 4OKEA 3U6FA 2GELA 2YCHA 4AILC 5FPEA 3OS0A 5BR8K 4NYNA 4FJHA 5JENA 4BRQA 4DTUA 4DTJA 4LSLA 5E84A 2OZSA 1BOTO 1QZ6A 1RTJA 1MU2A 1ZXOA 2YHWA 3VQQA 1IV0A 4NCGA 1KSPA 2E2OA 2QWLA 2IDOA 4OKJA 4KTQA 3GL1A 4DV1K 3THXB 3LZIA 2HVIA 2W6LA 4B1YB 1C0FA 1K6YA 1NU0A 3ZX3A 4BRNA 2F7TA 4AHUA 1UOCA 3AVBA 5J2PA 3VEXA 2B4JA 2HF4A 4AH9A 1S1XA 2GWJA 2Z1IA 3D7EO 3TABA 1HMVA 5KGXA 5KRTA 1KC8O 4LY7A 3JS6A 2QTDA 2B6AA 4N56A 2ZJRL 1VQ6N 5AR0A 1GLFO 3HSCA 2RHKA 3NH2A 1UAXA 3TAMA 2JLEA 3UKUA 1EWQA 3SUOA 4ISEA 2FSNA 3RSEB 3FZLA 1LOTB 3P38A 1X9JA 4JS5A 4YY3K 2PFUA 3O9TA 4JEPA 1B92A 3KLEA 3O3GA 4DLEA 3KWGA 1W0HA 3PLAA 1JXBA 1TGOA 3HVRA 2IOCA 3TSUA 2A1SA 5F1XA 1NK7A 3V81A 2O8EB 2BUPA 4DB3A 5A2QO 4OKKA 4DR6K 4IZ9A 1ASUA 3AARA 1YJNN 1LV5A 2BE2A 4DSFA 4DV6K 3SAHA 4JKFA 1TUUA 4FJNA 1VSJA 1GOCA 5JLHA 4BG9A 4CHZA 3TTCA 4K8XA 4GVEA 3HJFA 4CK1A 1C6VA 4PUOA 4OJRA 4C1NK 4H5VA 4F2SA 5EY4A 1RDCA 2A6AA 3FZFA 4AM6A 3HI0A 2QM1A 3ZLJA 3PUFA 1V4TA 1BDGA 3P5JA 3DWLA 1Y64A 4JI1K 4FW1A 1FW6A 4OVLA 2KFZA 4IO8A 3L4QA 2KLAA 4R5PA 3VESA 4KTZA 4DTRA 3S3NA 3CC2N 2D0BA 3AA3A 2Y1JA 3MN6A 1HLUA 2IIRA 2RN2A 3FZMA 4CZJA 1E3MA 4MDBA 5DM7L 3VEOA 4FJJA 3PX4A 4B9LA 4DTMA 1FKOA 2Q0RA 2ZGZA 4JI7K 3U8XA 4I2QA 3VEYA 1XNQK 4FLVA 5I42A 1RT5A 3P39A 4FO0A 1U45A 4ID5A 3CC4N 4YDUA 4B9UA 4GKJK 3CI5A 4M3XA 4I6MB 4QOZB 1T6DA 3QNOA 3WQTA 4DR7K 4Z94A 4YOWA 4F4KA 3O9UA 1WBDA 1C1BA 2UUAK 5BPLA 4BE0A 1YTUA 1EXQA 1Z25A 4HHTA 2NNWA 4KO0A 4NCAA 2ZD1A 1BCOA 3WNHA 1RDUA 4JKHA 3NFAA 3DXMB 4FM0A 4LF4K 4EHUA 2F8TA 3VEWA 3O1WA 2GUPA 2HOEA 3CXCM 1JL2A 4IWVA 1CZBA 3K59A 4CJLA 3IUCA 1BGXT 4CIFA 3M6GA 4DR2K 4DQIA 3CJ7A 3AVLA 3KZBA 4JD2A 1C0MA 4KB0A 3O1BA 2C1IA 3ZETB 3CMAN 3EEQA 3J80O 4LD0A 3KVGA 4YOVA 1N8RO 4CF9A 5AQZA 1HYVA 1WUAA 4YOYA 3Q7BA 3ZX2A 2BDPA 4YFUA 1JKHA 4CHOA 1RNHA 3LALA 5FLXO 4CZEA 1S72N 2ZM6K 4CEEA 4J2BA 5GAGP 2HMPA 2NRHA 2QKBA 1VSIA 5C15A 2QA4N 4RW7A 4CGJA 3CJ1A 4A61A 3TAQA 1KCFA 3CYMA 4FZZA 1YJWN 2OYQA 2E2PA 1O1WA 5M1FA 1DKGD 4JKAA 2J4RA 1ZBFA 2FBYA 2KKZA 3CCUN 1Z26A 2KFNA 1H1VA 3QESA 2O4GA 3OA9A 3DLGA 3D6RA 4CERA 4WF9L 3AA4A 4CBUA 1WSJA 3KK1A 4NCBA 5M1PA 3GOIA 4FSVA 2UU9K 1CXUA 4WYBA 2UXCK 3S3MA 3SQ4A 4IDKA 3PO5A 3T3FA 2Q1NA 3VQ4A 5K14A 1BCMA 3ASMA 1KRPA 3PIOL 2YNHA 1XMQK 4M3RA 3DJCA 5BRHA 5AQPA 2ZF5O 1N34K 4GMJB 3OBWA 3Q7CA 4BG8A 3DOKA 4JI8K 1TL1A 1YXQA 1LCUA 4CF1A 3UKUB 5M1KA 3IRXA 3LAKA 1L3VA 3L3UA 2G8VA 1S1UA 4M7YA 1KLMA 3VF6A 3SK3A 3E1YA 4KHWA 3K0SA 4WQ5A 3QETA 4H5NA 2VG7A 5HRNA 4YOXA 3QFPA 1BA1A 4F8RA 4E19A 5AQYA 1YJ9N 2FSJA 3VQ7A 1WAJA 5HLFA 4CFAA 1XNRK 4DV4K 4B1UB 2O4IA 3FFIA 4DR5K 2HMIA 4WQ5C 1NGEA 4FWPA 5FROA 4CIEA 2BANA 3ZSZA 3BDPA 4C1NI 2W41A 4HCCA 4DUZK 4O4GA 5GINA 4ZTJA 3B6OA 4O5FA 4HCBA 4ISFA 2P9KB 4OPHA 4FPAA 4JNEA 4QS9A 2ZQBA 1QZ5A 1X9MA 3KD1E 1RDAA 4EZ6A 1RT1A 2WFBA 3PX0A 4CJPA 3QEXA 3KTQA 4JLHA 5AQHA 4CD3A 5HRSA 1NKEA 1YIJN 3QEPA 1KVAA 2XHBA 2Q2RA 4CD1A 3JSMA 1VQMN 1JCFA 3UB5A 4B9NA 4DFPA 2QW9A 2E20A 1QQNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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