1KXPA

Crystal structure of human vitamin d-binding protein in complex with skeletal actin
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
349
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN,ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Crystal structures of the vitamin D-binding protein and its complex with actin: structural basis of the actin-scavenger system.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein/protein binding
total genus 121
structure length 349
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1kxpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kxpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kxpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1kxpA04
2FSJA 4H5WA 3ULEA 2QW9A 4O5FA 3FZFA 4BGBA 3A8YA 4BVOA 4BQZA 1YXQA 1LOTB 5FPDA 4FL9A 4BC3A 4BRHA 3HBTA 1KAZA 4FSVA 1S3XA 3FFKB 1IJJA 4BC5A 1DGKN 5JLHA 3MDQA 1NGAA 1DEJA 2W41A 2NZTA 4KBOA 4WQ5C 4J8FA 3B8AX 4ISGA 1R59O 3UB5A 2E2QA 3WQTA 5AQNA 3BF3A 2Q0RA 3AY9A 4B1ZA 2YHYA 3CQYA 1ESVA 3EN9A 3LDPA 5BN9A 3S41A 2A42A 1NM1A 1BA0A 4A2BA 2E8AA 4BR4A 3ID8A 4XH4A 5AQHA 1HLUA 1U2VB 3HTVA 4EHUA 5AZJA 2E1YA 5EX5A 2P9SA 3MK6A 5ELZA 4DB3A 4QS9A 1X9JA 3MMVA 4CZKA 5TKYA 3QFPA 2GWJA 2KHOA 2OANA 2GWKA 5KPZA 1GLDG 1BUPA 1GLCG 4K43A 3U4LA 1LCUA 2VCPA 4BRPA 4BRGA 3UKRA 4I6MB 1BO5O 5AQTA 4K42A 5AFUA 4WQ4A 4PL8A 4CZLA 4FWNA 4M7YA 3AARA 3QB0A 4BR9A 1XUPO 4IJAA 4B1XB 3QDKA 4BRMA 4H5NA 2EWSA 3VEOA 3VENA 5F2RA 4BR2A 4FO0A 3CHWA 3MCPA 3EO3A 3CJCA 1RFQA 1NGGA 2Q31A 4LC9B 1ATRA 2F9WA 1OKJA 3H6EA 2QWLA 4BC2A 5F0XA 2YHXA 3W3DA 1YVNA 3UKUA 2FF3B 3LDOA 5LJVA 4B1YB 4CZJA 2P9KA 2P9NA 4CI6A 2QWQA 3VESA 1P8ZA 2HF4A 3GL1A 4WQ4C 3O4WA 1WUAA 4Y0WA 2HOEA 3CERA 3M6GA 3HSCA 3WXLA 3H45C 2VWBA 3L6QA 4M7XA 4BGAA 4FOIA 4MO5A 3GG4A 1Z6RA 3EKSA 5AQWA 4MO4A 4Z94A 1HKGA 3ZEUB 4XEIA 2A40A 1MWMA 1X3NA 3CJ1A 4BRDA 3DWLA 1G99A 3WXIA 1QQNA 1QQMA 3DXMB 1E4FT 3BP8A 2PBDA 5EVZA 5AQSA 5EOYA 3LDNA 4EFHA 1MWKA 5AZIB 3TU5A 1K8KB 2P9IA 5LJWA 3FZHA 5AQYA 1TYQB 2Q1NA 3LL3A 5AQXA 1CZAN 4EHTA 1XC3A 2HMPA 1GLFO 2A41A 4H0TB 4JD2B 1TUUA 1Q18A 3UE5A 3IFRA 4FWSA 1H1VA 4H03B 1BDGA 3I33A 1JCFA 3VEZA 4GNIA 5KQDA 4PKGA 3L0QA 4DQ8A 3D2EA 2V7ZA 3WXJA 4BRAA 4MLEA 1HKBA 4H5RA 5FPEA 3WT0A 2P9UA 2ZWHA 2I7PA 3O8MA 2F9TA 1Y64A 5KPTA 3QFUA 3ATUA 3CQXA 4FOEA 5F1XA 3QBWA 3O80A 2FLOA 3ZX0A 4RTFD 4IWVA 5AR0A 1C0GA 2J4RA 3H1QA 1BA1A 1ZBSA 2V51B 3HI0A 5AQIA 1V4SA 3FZLA 5BRDA 5JLFA 2QWPA 4FPBA 1Z05A 2P9PB 3C7NA 3QBXA 5AQKA 4A2AA 1X3MA 2D0OA 2Q2RA 3VEXA 4A62A 3RSEB 1GLJO 3I8BA 3J8AA 5E84A 4IO8A 2FSNA 3SMPA 1C0FA 3O6WA 4BRKA 5BREA 3JXUA 2DPNA 3CJ9A 3VF4A 3EL2A 1J6ZA 3FGUA 3SK3A 3QICA 4E1JA 5CE3A 2ASPA 5KQ8A 2CH6A 4JHDB 4H0YB 3SLCA 4PL7A 1NGHA 3O1BA 5BR9A 4BROA 2ZF5O 3M1FA 4FPAA 1T44A 2P9LB 1HJOA 5AQJA 5AQMA 3JS6A 3HZ6A 5EY4A 3A5MC 1GLEG 4BRQA 2E1ZA 3FZKA 2P9NB 3CJAA 1U2VA 4M63C 1JCGA 3WQUA 3VOVA 4FWPA 3P4IA 4XH5A 2V7YA 2IVOA 2GEMA 4O8KA 4RWTA 4DCHA 2YHWA 2CGKA 3IMXA 5B8HA 5BPMA 3VF6A 4BG9A 1T6CA 1YUWA 1NWKA 2IVNA 3D2FB 3KZBA 3L4IA 4FWKA 4MLHA 3H3OB 1E4GT 3ZX2A 3VEVA 2Q0UA 2FF6A 3FE1A 3DXKB 2GELA 5AQLA 3R8EA 1ATNA 2Q36A 4PKHA 3U9ZA 3AAPA 5AQRA 4BRLA 4I6MA 3AAQA 4BR5A 3FLCO 4B1UB 3M3ZA 2QM1A 4CZHA 4F9OA 4JN4A 5BPNA 5BRFA 4FWQA 2ITMA 4B9QA 1RGIA 1NGCA 1NGEA 1NGIA 1NGBA 3BEXA 5BPLA 3ULEB 1ZXOA 3VGKA 2HF3A 5EXWA 3WEEA 3HM8A 5AQOA 4RCHA 3H1VX 3VEYA 3ENOA 1SQKA 4FWLA 3A5NC 3D2EB 4A61A 3ATVA 4XH1A 3A0IX 3U9DA 2PAVA 2E2PA 3LDLA 2YCHA 1MA9B 2QXLA 2E2NA 2IVPA 3ENHA 1S22A 2NLXA 3R6MA 3A5LC 2ASOA 3DAWA 2VYPA 4C23A 4FWOA 4BR0A 3F9MA 1QQOA 5AQFA 2W40A 4H0PA 3WXKA 3O1WA 4NB4A 3CJBA 5BN8A 4ISFA 2GTDA 2E2OA 2FXUA 3LDQA 3FZMA 4WQ5A 4WYBA 4B1VA 3CETA 1IG8A 3EZWA 1NMDA 3SJHA 2YI1A 2GUPA 2AP1A 3C7NB 1HKCA 1WOQA 3SMSA 2NRHA 3CIPA 5AQZA 3ZEUA 3C0BA 5FPMA 1BU6O 2D0PA 5AZJB 4PKIA 2BTFA 2P9SB 1DKGD 1BWFO 3DXMA 2ZGYA 4K25A 4K41A 4QS8A 1GLLO 5AZIA 1MDUB 4BR7A 4FWRA 1K8KA 2D4WA 3ZETA 4H5TA 4EAHD 3BUZB 1TYQA 1HPMA 4CZGA 4GY2B 1YAGA 2AA4A 2CGJA 4EIAA 2I7NA 4JD2A 1ATSA 3A5OC 2QWMA 3UKRB 1NGFA 3QMLA 3TPQA 3MN9A 1RDWX 1SZ2A 3VGMA 1QZ5A 5AQVA 5ADXH 4NO7A 5KPRA 3CJ7A 3KHYA 2YJFA 2ZGZA 4CBWA 2IIRA 3GOIA 3GBTA 1XQSC 4B1WB 1KAYA 4HTLA 3O5BA 3GDQA 1GLBG 2FSKA 2QWNA 1NGDA 1NLVA 3DJCA 4CD3A 3LM9A 4FWMA 3UKUB 4BREA 1GLAG 3WUHA 2Q97A 3R9PA 2P9KB 3OHRA 1SAZA 4HWIA 2P9PA 3VPZA 4H0XB 3O08A 4L3QA 4BC4A 2V52B 4BRIA 5LY3A 3RSEA 4CD1A 3IUCA 2A3ZA 3IDHA 3LM2A 4BRNA 4YDUA 2E20A 3BF1A 4CJ7A 1NBWA 3H3NO 1HX1A 3EKUA 4CBXA 1V4TA 5E26A 3VETA 1ZC6A 2CH5A 4BG8A 1U6ZA 4JHDA 3WEEB 3GE1A 1T6DA 4CZFA 2E88A 1JCEA 1D4XA 1NGJA 5FPNA 5AQPA 4JNEA 5JICA 2P9IB 2P9LA 4JAXA 4CZMA 4YDUC 3KVGA 5I9EB 5JMVA 2CGLA 2BUPA 3ZX3A 1BG3A 3U8XA 2QWRA 5ADXA 1EQYA 3H46O 2A5XA 3VGLA 4BVPA 4ISEA 2ASMA 4AM6A 4BQLA 2UYTA 2P9UB 1TUYA 5AQUA 4H0OA 4AM7A 3VEWA 2D1KA 4CZEA 2QWOA 4QS7A 1KAXA 4H0VB 3VERA 1BOTO 3D2FA 4BRCA 1HUXA 3D7EO 4IXCA 5AQQA 4BRFA 4CBUA 3MN7A 3W0LA 5BRHA 1QZ6A 3DXKA 5AQGA 3MN5A 3CI5A 2H3GX 4IZ9A 2WUSA 1KXPA 1QHAA 4CZIA 2A6AA 4H5VA 4IJNA 3VF2A 3ZETB 2YJEA 4DHYA 5AFUH 3FR0A 3G25A 3MN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSJA 3PSIA 5KRSA 4H5WA 1B9FA 4NXMK 4O5FA 3CCEN 1TKTA 3E9OA 1QVFM 3A8YA 4BVOA 1YXQA 4KI6A 4BRHA 3C94A 1RT1A 5CHIA 4KKOA 4BC5A 1JLAA 1DEJA 2OPRA 4JI1K 4E1MA 3B8AX 1BHLA 1KRPA 4KREA 1IG9A 3B6OA 4FLTA 2ZQBA 4U67L 3PSFA 4XH4A 4BY9C 1ZYQA 1UOCA 3HTVA 3WNEA 1C0UA 3K59A 2D0AA 1QHTA 3ZSOA 4QS9A 5K14A 3E1YA 4CEBA 1X9JA 3BGRA 1HNVA 5TKYA 5C10A 1VAZA 2WOMA 1WNSA 3OYGA 2OANA 3KLHA 2GWKA 3NVMA 3U4LA 4FJKA 1N32K 3LZIA 4BRPA 1UA0A 4BRGA 1VQ4N 3ZT0A 4K42A 3RRGA 3DOLA 2ZD1A 4A57A 4JRQA 4PL8A 1JKHA 2WBNA 4FWNA 1RTJA 1RILA 5HOOA 3OYLA 2G8IA 4IJAA 3QDKA 4BRMA 2GX9A 3VENA 2HHIA 1NGGA 1RFQA 1OKJA 2QWLA 4BC2A 4FM1A 5F0XA 4CIFA 5LJVA 4CGIA 5M1PA 5HLFA 1L5UA 2OTJN 1KCFA 1YJNN 2PFUA 4CJ5A 4WQ4C 4M3YA 1WUAA 3UIQA 3O9TA 1BI4A 4E89A 3PX6A 3HJFA 3VA3A 4MO5A 5A2QO 3GG4A 4JV5K 4IOAL 3QLHA 4I9LA 1MWMA 1X3NA 3CJ1A 4BRDA 1G99A 4CF1A 4X66K 3OYMA 1QQMA 3LP0A 2PBDA 1G15A 3AVBA 2QKKA 1JLBA 1SL2A 4CEOA 4L8RB 1UA1A 3FZHA 5AQYA 2BGGA 4NCBA 2HMPA 1CXQA 4H0TB 4DU4A 2WTUA 3CFPA 3D45A 1QSSA 1GOBA 3AA4A 3PX4A 4DQ8A 4C1NI 4DG1A 3M5RA 4KTWA 3NDKA 3N4QA 1WN7A 4FM2A 2HHVA 5KPTA 1NK8A 1EWQA 4CFAA 4W5QA 1ZBFA 2RPIA 1RT6A 3J80O 4KB1A 3CC2N 1VQPN 5AR0A 4O44A 4JYAK 4MDAA 2UUBK 1YIJN 3WNHA 4M41A 1N34K 4B9NA 1OH7A 4DV4K 1HNIA 4HHTA 1V4SA 3HOSA 2QWPA 4FPBA 1Z05A 2P9PB 3C7NA 4A2AA 2G8VA 4J2AA 2D0OA 4CF8A 4A62A 3RSEB 1TKZA 1X9WA 5E84A 1IV0A 2B6AA 4FK2A 4CJUA 4M45A 3OVNA 3ZT1A 4FJMA 4B3OA 1J6ZA 3EL2A 4RW8A 3FGUA 2OZSA 1E3MA 3PX0A 4E1JA 5KQ8A 1XWLA 4EZ6A 4JHDB 2RHKA 3V1RA 3SLCA 4YY3K 3HT3A 3RMAA 4FJHA 4FPAA 1T44A 4M3WA 2P9LB 5AQJA 3JS6A 5EY4A 3AA2A 4HCCA 4CFCA 4KB0A 5CYQA 1O13A 2P9NB 4YOUA 3CMAN 3WQUA 3VOVA 4XH5A 1SKWA 4O8KA 4RWTA 1YI2N 3EZ5A 3QIPA 4F3TA 4CF9A 3G4SN 4BG9A 2W42A 1KFDA 4DR3K 1JLFA 5J2NA 2IVNA 3KKSA 1Q9XA 3L4IA 2YKNA 3H3OB 2HBJA 4QAGA 4U7BA 4KPYA 4OPHA 3VEVA 4DFKA 3DXKB 4AHTA 5IWAK 4OLBA 4PKHA 3AO4A 3CQ8A 4BRLA 4B9LA 3RR7A 1C1CA 4B1UB 4PWDA 4JN4A 3ALYA 5C2DA 1HNZK 1RGIA 1RDBA 1IH7A 3BEXA 2KLAA 3HM8A 4FXDA 3VEYA 2HHXA 3ENOA 1SQKA 4FWLA 3LPUA 4FJ9A 3D2EB 4H8KA 1L3VA 1U4BA 4GV9A 4G9ZA 3LDLA 2YCHA 4F8RA 4RG8A 1VQ9N 2IVPA 1W97L 1IKYA 4DR2K 3TI0A 3AO3A 1QVGM 4JKAA 3OJSA 2E5LK 1QQOA 2VG7A 5M1NA 3VQAA 3T1HK 3HVRA 4NB4A 1S9EA 2GTDA 2E2OA 4DSIA 3WXMB 3S3NA 1FW6A 3J7ZO 4WYBA 2GUIA 3EZWA 5H1SQ 2GUPA 1U49A 3HXMA 3CIPA 3U3YA 5JENA 4RW7A 4NCGA 1RBVA 2BTFA 4LH4A 1WAFA 3QEIA 4FJ7A 4K25A 4DSEA 4CJPA 3THVA 4EAHD 3ZETA 4H5TA 3QINA 1Z25A 4GY2B 2JGUA 4IO9L 2BH1A 1LWEA 2I7NA 3K0SA 1C0MA 1BCMA 1ATSA 5HRPA 4CF2A 4KHQA 4OPJA 3DOKA 3QEWA 4Z4CA 3ZSXA 3PV8A 1IO2A 4JK8A 5TKWA 3GBTA 3AVMA 3DM2A 5GADP 4HTLA 3O5BA 2O4GA 4GKJK 2QWNA 3DJCA 4DV1K 4FWMA 1LAWA 4BREA 1QQCA 3WUHA 5GAGP 3OHRA 4LF7K 4YOTA 2P9PA 4ZTJA 3VPZA 4H0XB 3TSUA 1KD1O 3O08A 4BC4A 3RSEA 4CD1A 3IDHA 3LAMA 3THYB 2OCEA 1HMVA 1VSLA 1NBWA 3H3NO 4WFNL 1T7PA 5JVHL 3O3FA 3O9UA 3VETA 1NMNA 4BG8A 4JHDA 4DSFA 3GE1A 4NLCA 3C6UA 4DV5K 4Z4EA 1F21A 1C1BA 5AQPA 3AVAA 3T69A 5JICA 4AHCA 2P9LA 2HB5A 3HYFA 3CCRN 4CZMA 3DLLL 5KTQA 5HBMA 1RDDA 4ELTA 5I9EB 2NRVA 1EKEA 1ILYA 2QWRA 3H46O 4Z4HA 4BVPA 4BQLA 3TWHA 4EZ9A 3ZSZA 3ID6A 3VEWA 2D1KA 4CZEA 5BR8K 1J9AA 4QS7A 3T1AA 3MX2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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