1KZKA

Je-2147-hiv protease complex
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Anisotropic Dynamics of the JE-2147-HIV Protease Complex: Drug Resistance and Thermodynamic Binding Mode Examined in a 1.09 A Structure
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kzkA00
3OHHA 1W6HA 5P5MA 1HVJA 5P4LA 4Y5EA 2FXDA 5DPZA 5KR1A 3I25A 4Y3ZA 1ZBGA 1N49A 2XYFA 2AOHA 4QLHA 2P4JA 2I4QA 1M43A 3QRSA 5P5KA 1LYWB 2QHCA 1K1UA 2PWCA 5P8VA 5P0ZA 3Q5HA 5P7MA 4ZPGA 1QDMA 1FFFC 5P67A 4JP9A 5P7BA 2R3TA 3PLDA 1HBVA 2O4LA 5HDXA 1AVFA 5P0PA 3KMYA 1IVQA 1ZPKA 5ISJA 3BGCA 4F76A 4Y3NA 4DJPA 1EPRE 5P1MA 1MSMA 2QK5A 5P87A 3TPRA 3UPJA 3O9EA 1EPME 5T4SA 2QI3A 1K1TA 5P22A 3TOGA 4M8YA 5P8KA 2VIJA 5OZ2A 5OZXA 2P3DA 3MSJA 2ZHTA 4ZSRA 3R4BA 3D1YA 5P51A 4WY6A 1T7IA 1SDUA 2AOEA 1F34A 5P44A 4CPTA 4D8CA 3LITA 4DV9A 5P7NA 3QBFA 3K5FA 4PZXA 3ZKXA 3OTSA 4FS4A 5P60A 4Y4UA 4RZ1A 3OTYA 2AOFA 3PB5A 2AVOA 2AOIA 3EM4A 2QI1A 2BPZA 4ZSPA 5P7EA 3OXVA 4DFGA 5P5XA 3OHFA 5ER1E 3H5BA 1CZIE 1EPPE 2RKGA 3GI4A 3HVGA 5P3SA 5OZYA 4L1AA 4Y4GA 5P0GA 3PBZA 4MC6A 4NKKA 4DJRA 4K4QA 5HE5A 1YTHA 5P5WA 5P1CA 4Y9WA 2NXMA 4YD7A 3UDHA 4GYEA 3U6AA 3T3CA 3M9FA 5P83A 4QJ8A 3GGUA 2AODA 4FRSA 3VF7A 3EMYA 5DR0A 4YD6A 2Z54A 3TNEA 3L58A 4FLGA 4Q1NA 5DQ5A 5P27A 5P5DA 3VV7A 3HDKA 2F81A 1HEGE 3BVAA 3EL0A 2I4WA 2V16C 5P1LA 5P6PA 5P1PA 2CEJA 5OYSA 2VKMA 5P20A 4FGXA 4RLDA 4GB2A 3VV8A 3MSLA 2ASIA 1IIQA 3KF0A 5P5UA 5DR4A 2WKZA 4IVTA 3KN0A 4AA9A 1HIIA 4JOOA 1K6CA 5P77A 5P1SA 1APTE 4Y3YA 3EKPA 3LINA 2IKUA 4Y3XA 2QNQA 3WZ8A 3VV6A 3CMSA 5HDZA 2HC0A 5P6KA 5P3VA 5AH6A 4D88A 4I0IA 5KR8A 4YBIA 2I4VA 3LZVA 2XFKA 5P1XA 4R8YA 1W5XA 1Q9PA 2XYEA 3QRVA 4OBKA 1ZTZA 9HVPA 4S1GA 3WB4A 5KQYA 2R5QA 3SO9A 2Q55A 1HHPA 1M0BA 5P37A 5OYXA 3LIVA 5OZAA 1TCWA 5IVRA 3UDNA 1HTGA 2PH8A 5P5BA 2NNKA 2QP8A 5OYQA 3NDUA 4NJVA 3N4LA 2EWYA 3PWMA 5P43A 3NU5A 4EJKA 5I3VA 4ER4E 5P4WA 4I8WA 2FNTA 5AHBA 3PM4A 5P0UA 5P1BA 4R5NA 5P2ZA 4GJAA 1HOSA 5P1TA 3TL9A 3WSJA 1OEWA 3PVKA 3VF3A 3SA6A 5P5LA 2B7ZA 5IVQA 2NTRA 5P16A 3LZSA 3PEPA 3U71A 2Z4OA 5P23A 4CPXA 1OHRA 5P8DA 4EJ8A 4RRSA 5P6WA 2AVVA 3OAGA 1HPXA 4CPRA 2P3BA 2G1SA 4Z4XA 5I3YA 4R91A 2UXZA 5P7WA 5P7AA 3UQRA 2ZJIA 3RSXA 4XXSA 3L5BA 2O4SA 5DR8A 4DJQA 1B6PA 2OHRA 3BHEA 2B60A 4X7IA 1LYAB 5DQ2A 1J71A 2I0AA 3NUJA 3NR6A 4YCKA 1HXWA 4PHVA 1HVHA 1D4LA 5P03A 5DQCA 4ZSMA 4Y4JA 5OZ7A 4F74A 3FNSA 4XKXA 2HB2A 3RTNA 4DPIA 4EP2A 3PCZA 2IRZA 4PZWA 4YOBA 4Y57A 1G2KA 4Y3EA 1OEXA 3SM1A 4U8WA 4Y3HA 4J1EA 1WKRA 5P5OA 1GKTA 5IS4A 5OZ5A 4FSLA 5OZDA 2R9BA 2PQZA 3UFLA 4EP3A 4I0EA 4ZPEA 4Y53A 1META 4Y3FA 2OHUA 3PSUA 5P2EA 4Y37A 4JPCA 4FAEA 8HVPA 1FB7A 1WBMA 2I4DA 1MSNA 2FDDA 1IZEA 1DW6C 5P3JA 3LIXA 5EZZA 3DK1A 5OZLA 3MXEA 3C9XA 1EBYA 5P4NA 4LXMA 4ZSQA 4RCEA 5P32A 2QMDA 4I10A 4U7VA 5P6IA 3FNUA 5DGWA 2RKFA 3AIDA 4OBHA 3HD8A 3NWQA 1DPJA 6UPJA 5P10A 1VIJA 5P0MA 3KFPA 5P17A 2QI6A 4Y3AA 1YG9A 3EL1A 3UDKA 3UHLA 5P74A 2QU3A 5P8HA 4K4PA 5F00A 3K5DA 1YTJA 3OQ7A 2IENA 3MWSA 1A30A 3APPA 5P3QA 3SPKA 5P00A 4EJDA 2Q64A 5P0CA 3NWXA 5P1RA 2WEZA 3OQKA 5P1NA 1FQ8A 4PEPA 1GNMA 5P01A 3K1WA 2PSGA 4R92A 5OZKA 3DUYA 1PROA 3UDYA 1TSUA 1APWE 4Y4EA 4L1AB 2B8LA 5P1OA 3HAUA 1TSQA 4Q1WA 5P69A 1HVRA 3KT5A 2NXDA 3NXEA 1HSIA 5P76A 5P8EA 3SACA 2OHLA 5HU1A 1ZSFA 2VNNA 4ER2E 1HVIA 3O9HA 5EZXA 4Y5NA 4I1CA 5P13A 1A8GA 5OYRA 3NDTA 1T3RA 5P4QA 4Y38A 4CPQA 1FQXA 5P8CA 1AXAA 4FL8A 2CENA 5P2CA 3KDDA 4ZEAA 5P4FA 4Y58A 3UDMA 5P6GA 2HPFA 2QMPA 5APRE 1XN2A 3S2OA 1BBSA 1F7AA 4YA8A 5FIVA 1LEEA 3KT2A 5P4JA 1MEUA 1PSOE 5P34A 1SBGA 5P5RA 2ZJMA 1CPIA 3TLHA 1PSNA 5P85A 3LHGA 3CYXA 3NU6A 4Y3PA 2IS0A 5P2VA 1BV9A 3I8WA 1AAQA 3GI6A 1G6LA 4A6CA 4EXGA 1BXOA 3PSYA 1SDVA 1FF0C 2OHPA 4RVIA 5P8QA 4Y5PA 2UY0A 2PH6A 3PSGA 5P63A 5AH7A 2OHTA 2VJ9A 1IBQA 4ZE6A 2OHMA 3IXOA 2PK6A 4YD3A 5P8NA 3HAWA 5P2LA 2ZJNA 5P7LA 5P8BA 3TKWA 3EKQA 5OZBA 3S53A 2I4UA 1FMXA 2QMGA 2WEDA 3NSHA 5P4PA 5P3KA 3L59A 1IDBA 1LF3A 5KR2A 1NPAA 5P35A 3IVHA 2P8HA 5P7VA 2IEOA 3NUOA 1G35A 4Q1YA 5P0OA 4K8SA 3FKTA 5P2MA 2AVQA 5C9BA 1TQFA 3APRE 3OK9A 4HE9A 5P1AA 5P84A 3TOFA 2Q63A 2OHQA 2AQUA 4FRIA 3T7QA 1FEJC 6APRE 5KR0A 4RYGA 2P3AA 2UPJA 3EKTA 4YCYA 1HPSA 3PWRA 3PBDA 4TRYA 3LIQA 2FDEA 3OAGB 3ZPSA 1KJ4A 2P3BB 4RRNA 1A9MA 2AOJA 3INHA 4CPWA 4R95A 1EC2A 4J1HA 3OU1A 4DQBA 2ZE1A 5P6NA 3BUFA 1C6ZA 4ER1E 3IA9A 2WF4A 3ECGA 4DJYA 3O9FA 4DPFA 3GGAA 1QBUA 3OXCA 2B42A 3RTHA 3D3TA 3S43A 5OZCA 3IVIA 4I0JA 4I12A 5HD0A 5P2TA 4B78A 3QS1A 5P40A 5P6JA 1IVPA 2QD8A 5P4AA 5P3LA 4I11A 4HZTA 1GVTA 4B72A 3Q70A 5P15A 1PPKE 3Q3TA 1XS7D 2HIZA 2ZHSA 1XE5A 4QJ9A 4YDFA 5CONA 3PGIA 5HDVA 1HTRB 2XFJA 4Y41A 5IVSA 5JODA 3UCBA 3Q6YA 4J55A 3EXOA 4QJ6A 3QAAA 3SQFA 4GJ9A 1D4HA 3WZ6A 5P25A 2OHNA 3QPJA 1FQ4A 1DIFA 2RMPA 1E82E 5P07A 3HBOA 4NPUA 5P8UA 3U7SA 5P0TA 4HVPA 5COOA 5P75A 2AOCA 4Y5LA 5P5QA 2BPXA 5TOLA 2QZLA 5P3EA 4L6BA 3N3IA 2IGXA 4B0QA 5P7HA 4GJCA 5OZIA 3OQFA 4MC9A 3VUCA 2HB3A 3UF3A 3R2FA 4H1EA 5DGUA 3VYEA 5P1EA 1T7KA 1NSOA 4NJUA 1QS8A 5P0NA 3KFNA 1Z1HA 2V0ZC 2H6SA 2G1OA 1BDQA 2AVMA 2FS4A 5P2GA 3INFA 2WEBA 2F3FA 2F8GA 3R0YA 3LNKA 5P08A 4Y54A 5OYUA 2ZYEA 4ACUA 2PMAA 2IGYA 5BWYA 5SY3A 4IVSA 1UH8A 4XX3A 5P7TA 4FM8A 1K2CA 3DV5A 5DR1A 3SAAA 5OYZA 4RYCA 1GVUA 1KJFA 3D1XA 2ANLA 5P1FA 5P41A 5P4VA 4ZIPA 4A4QA 2AIDA 5COPA 2VA5A 5P2HA 5OZWA 5P8RA 1ME6A 5P4CA 1OD1A 3RSVA 5P0JA 4TVGA 2G26A 5P3YA 4Y4TA 4DQFA 2NMZA 5HDUA 4Y4WA 3RU1A 5OZGA 2G24A 5OZFA 4B70A 3T7PA 3IAWA 1QBRA 1T7JA 2WEAA 3K4VA 2QZKA 3RTMA 1TCXA 1GVWA 1ZPAA 1EC0A 2O4KA 4RVJA 3G6ZA 2VIZA 2QNNA 2WHHA 5P36A 5P7GA 5P7DA 4GJDA 3FX5A 1MIQA 5P2OA 5P4MA 1YTGA 2VIEA 1D4JA 2FIVA 2AZ8A 4BELA 2FLEA 2Q3KA 3UTLA 5P3CA 4Y3TA 3VCMA 3ZKSA 5P31A 1APUE 5P0EA 3CIBA 4Y51A 4H3GA 2BB9A 5P1YA 5HE4A 5P81A 5P4RA 5P8JA 2AVSA 1W5YA 3OUBA 5P3AA 3TOHA 3IXKA 5DQ4A 5P39A 5P1HA 5P7JA 5BRYA 2PC0A 3KYRA 5P7PA 3EKVA 4FE6A 1ODWA 1GNOA 3PCWA 2IDWA 2FDPA 3NYGA 4LBTA 1YM2A 4M8XA 4YOAA 3VSXA 1HEFE 4NJTA 5P7IA 2WF1A 2BJUA 2I0DA 5P0DA 1SIVA 2QCIA 4Y3SA 3GW5A 4J17A 3SABA 3NDXA 1SGZA 2PWRA 2R8NA 1HSHA 3L5FA 5P7XA 5P18A 3T11A 1HPOA 3BUHA 1EAGA 4LP9A 4B05A 1PFZA 2HPEA 4RVXA 1D4IA 3CKTA 3ER3E 3IGBA 3HVPA 2A4FA 5C9DA 4Z22A 3KMXA 3HZCA 5P4HA 5JFPA 4U7QA 5P2BA 1XL5A 1ZLFA 3OUDA 4EXHA 1MPPA 5P6TA 3L5DA 5P7SA 1MT8A 2I1AA 5P6BA 3UQWA 1EPLE 2ZJKA 5P1WA 5I70A 5P2RA 4EYRA 3TPLA 1AIDA 4TRWA 4GJ8A 3IN3A 4YBFA 1MT9A 3UQUA 2J9JA 5P4ZA 5P4GA 3O9IA 3Q4BA 3OU1B 3SFCA 1KJHA 1T6GA 5P5HA 2WF2A 5P0VA 1MVPA 5I3WA 4APRE 5P2QA 3OADA 1NPVA 3ZMGA 3I6OA 5P28A 3S43B 5OZVA 5P72A 3T7XA 5OYWA 4Y3MA 3IXJA 2R3WA 2CEMA 5HVPA 2HM1A 4E43A 5ISKA 3WZ7A 4COEA 3I2LA 2BKTA 2NR6A 4YD4A 3URLA 4APEA 1EPOE 1SDTA 4FRKA 1XL2A 3EC0A 4HDFA 3TTPA 3SA4A 1MERA 3CKPA 5P8IA 3B80A 3B7VA 3DOXA 2ER6E 4BFDA 1PPME 5P8MA 3URIA 1HRNA 5P52A 2ZDZA 1UH9A 3ZKMA 1FG6C 4Y5AA 2QI0A 1ENTE 5KQZA 5P47A 4YCTA 5OZJA 3SKFA 4KUPA 5HU0A 2ZHUA 4D83A 5KAOA 1G0VA 2IL2A 1QBSA 2V11C 3TPPA 1K6TA 5P57A 5P0WA 3TPJA 5P71A 5P48A 4Y56A 2QD6A 2HAHA 2G1YA 4J5JA 1AZ5A 2HS2A 4HA5A 4HLAA 5P3ZA 5P54A 2R5PA 5P0YA 3DV1A 4FAFA 2WF0A 5P2JA 3UDRA 5P45A 2G20A 2H6TA 5P68A 4Y45A 1KJ7A 5P2WA 2QMFA 2JE4A 2JJIA 5P06A 3LPIA 4HDPA 3EL5A 1NPWA 2Q11A 1BVGA 2AZBA 5OZHA 1KZKA 5P6XA 1SP5A 3O9CA 4MC1A 5P8LA 4EQJA 1GVXA 1ZAPA 4FIVA 5P11A 4EQ0A 4OBDA 5IVTA 5P8AA 4NJSA 4J0PA 3ZKNA 4Y5MA 5P5CA 4X2LA 1HSGA 3K4VC 1IZDA 5P4UA 1HXBA 3KFSA 4H3FA 4DH6A 1YX9A 2BKSA 1GVVA 1HPVA 5P1QA 5P6OA 5P0IA 5P5SA 2QD7A 2ZGAA 4AZYA 3DCRA 1ODXA 1SH9A 2ER9E 4R93A 1XE6A 4GJ5A 5P6DA 4Z50A 1MRWA 5I3XA 5P2UA 3I7EA 4KE0A 2VS2A 3EKYA 5P2IA 4DJXA 5P14A 4L7GA 1FMUA 5P3OA 5P8SA 5OZ4A 4OBFA 3TKGA 4ZLSA 4Y3DA 1EBKC 3FIVA 2Q5KA 3OOZA 3QIHA 2PYMA 5P62A 1PPLE 5P3GA 1YTIA 3O9LA 2RENA 3BVBA 4YHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OHH A;  1W6H A;  5P5M A;  1HVJ A;  5P4L A;  4Y5E A;  2FXD A;  5DPZ A;  5KR1 A;  3I25 A;  4Y3Z A;  1ZBG A;  1N49 A;  2XYF A;  2AOH A;  4QLH A;  2P4J A;  2I4Q A;  1M43 A;  3QRS A;  5P5K A;  1LYW B;  2QHC A;  1K1U A;  2PWC A;  5P8V A;  5P0Z A;  3Q5H A;  5P7M A;  4ZPG A;  1QDM A;  1FFF C;  5P67 A;  4JP9 A;  5P7B A;  2R3T A;  3PLD A;  1HBV A;  2O4L A;  5HDX A;  1AVF A;  5P0P A;  3KMY A;  1IVQ A;  1ZPK A;  5ISJ A;  3BGC A;  4F76 A;  4Y3N A;  4DJP A;  1EPR E;  5P1M A;  1MSM A;  2QK5 A;  5P87 A;  3TPR A;  3UPJ A;  3O9E A;  1EPM E;  5T4S A;  2QI3 A;  1K1T A;  5P22 A;  3TOG A;  4M8Y A;  5P8K A;  2VIJ A;  5OZ2 A;  5OZX A;  2P3D A;  3MSJ A;  2ZHT A;  4ZSR A;  3R4B A;  3D1Y A;  5P51 A;  4WY6 A;  1T7I A;  1SDU A;  2AOE A;  1F34 A;  5P44 A;  4CPT A;  4D8C A;  3LIT A;  4DV9 A;  5P7N A;  3QBF A;  3K5F A;  4PZX A;  3ZKX A;  3OTS A;  4FS4 A;  5P60 A;  4Y4U A;  4RZ1 A;  3OTY A;  2AOF A;  3PB5 A;  2AVO A;  2AOI A;  3EM4 A;  2QI1 A;  2BPZ A;  4ZSP A;  5P7E A;  3OXV A;  4DFG A;  5P5X A;  3OHF A;  5ER1 E;  3H5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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