1L02A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGAWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l02A00
1L70A 1L21A 1L00A 1L45A 5I14A 3HDFA 3GUMA 2B6TA 1QT6A 3OE6A 3LZMA 2OTYX 118LA 1I6SA 3L64A 114LA 1CUPA 1DYBA 4S0WA 250LA 2ANXA 130LA 1PQOA 3NY8A 222LA 3HTFA 232LA 1P37A 163LA 4I7NA 2RAZX 1P3NA 1QTDA 3F9LA 102LA 189LA 1C6TA 1G1WA 1LLHA 1L57A 3HH5A 188LA 1L07A 240LA 3DN0A 1C6AA 156LA 4AQNA 3HU9A 1L87A 174LA 3OE9A 2RB2X 3OE8A 1D3NA 253LA 248LA 1SSYA 1P5CA 4W56A 2B73A 4EJ4A 1L65A 2OU0X 1C60A 176LA 2F47A 4W54A 209LA 159LA 184LA 3DNAA 1P2RA 230LA 1C6IA 140LA 1CU5A 1L02A 103LA 1L0KA 127LA 3V2WA 221LA 1DYCA 1JTMA 1L06A 170LA 229LA 1L77A 2OE7X 3V2YA 1K28A 5LZMA 3PBLA 107LA 1ZYTA 148LE 3CDTA 220LA 137LA 1G1VA 3EMLA 141LA 1L75A 261LA 1L61A 143LA 1C6QA 200LA 2RBPA 1LYFA 1T6HA 3SBAA 1L46A 3HT9A 2OE9X 171LA 1KW5A 2F32A 4ARMB 4I7JA 1L23A 2RBQA 1P6YA 1CU2A 1T8FA 186LA 3HUAA 3ODUA 1C63A 1NHBA 1QTZA 4I7SA 3RZEA 251LA 3HU8A 1L19A 234LA 3HT6A 1CV4A 2HUMA 4EKPA 2HULA 1L82A 1P2LA 147LA 3HH6A 1C6GA 1CU6A 4ARLA 2Z6BA 2OU8A 113LA 4DKLA 3DN3A 1ZURA 1L49A 1L84A 1L90A 1OYUA 3C7YA 3DMXA 2RH1A 1L14A 160LA 1L89A 2RBSA 1C6DA 1QTCA 1L33A 1L29A 1G0PA 2OE4X 122LA 1SWYA 211LA 242LA 1QUDA 151LA 155LA 1L86A 1L44A 1L63A 4W53A 3JR6A 109LA 2B6XA 3HT8A 1OWYA 172LA 3HTBA 1EPYA 1L05A 1SX2A 1SX7A 233LA 4I7RA 1SSWA 3HH4A 1L71A 3HTGA 3HT7A 3DN4A 4GBRB 3DN1A 3GUIA 3C82A 2B75A 3SB6A 183LA 4W51A 1WTHA 2NTHA 4ARQA 1TLAA 1D2WA 1L47A 4DAJA 1LYGA 212LA 1L39A 1JQUA 3VW7A 3GUPA 2OTZX 255LA 1PQDA 3SB5A 1G0QA 3C83A 3CDVA 4LZMA 1XEPA 3DN6A 3FADA 3C8SA 1CX7A 205LA 3NYAA 2QARC 165LA 1L85A 180LA 254LA 1L08A 1L81A 1ZWNA 1G06A 173LA 3DMVA 1PQMA 7LZMA 178LA 3GUKA 4W57A 1L58A 1C6BA 2Q9DA 119LA 3GULA 1L79A 4I7TA 198LA 256LA 150LA 3C80A 3FI5A 4YXCA 175LA 2B6YA 1D3JA 1B6IA 104LA 181LA 123LA 4EPIA 3DMZA 2Q9EA 4YXAC 1LYHA 164LA 1L69A 1DYFA 3C7WA 1L27A 4YX7C 4LDEA 1L59A 1L31A 1L38A 2LC9A 1T97A 3HUKA 246LA 1L32A 247LA 218LA 4EKQA 1L34A 2A4TA 1LWGA 4GRVA 214LA 262LA 2RAYX 4LDOA 1L74A 1QSQA 1LYJA 1L04A 1L91A 1L10A 1C69A 1L01A 4I7QA 3C8QA 1L68A 2B7XA 1CUQA 4EXMA 1L28A 4OO9A 187LA 3CDRA 2NTGA 1L80A 237LA 1CV3A 1LGXA 1G0KA 3HDEA 2B6ZA 3G3VA 158LA 1OVJA 1C6PA 1L51A 108LA 1LYDA 3HUQA 168LA 1LI6A 6LZMA 195LA 1L15A 1C62A 4DJHA 1CV0A 1L18A 1L83A 1G0GA 1CU0A 1C61A 162LA 2RBOA 1CTWA 1DYGA 1LW9A 3D4SA 1L73A 1DYAA 4W58A 1QTVA 4ARPA 3CDQA 1L35A 1L76A 215LA 1LI2A 3CDOA 4K5YA 145LA 4I7PA 1L92A 157LA 1P64A 2B70A 1QT7A 3SBBC 1L95A 258LA 3GUNA 3UONA 1LGWA 1L66A 4W59A 226LA 185LA 228LA 177LA 201LA 1C6NA 1XJTA 2OEAX 144LA 3DKEX 243LA 4LDLA 3FA0A 1XJUA 244LA 190LA 227LA 1C6MA 1C6CA 166LA 3SB8A 1CV1A 146LA 4EKRA 3DN8A 1P56A 1L50A 1C64A 206LA 210LA 223LA 1CVKA 1L24A 1L94A 1QTHA 1L40A 169LA 2O7AA 2O79A 1LI3A 3K2RA 4I7LA 2QB0B 239LA 1QT4A 2L78A 129LA 1P7SA 1L17A 1QT8A 1C6FA 1QT3A 1OWZA 1L98A 1DYDA 1L43A 235LA 2B72A 1L12A 3QAKA 120LA 4IAPA 2LZMA 112LA 257LA 1G0MA 1L53A 1CU3A 1JTNA 1C65A 1T8GA 3PDSA 1KW7A 1QUGA 139LA 1L30A 1L62A 3G3WA 1L67A 3G3XA 2RB0X 1L25A 4W52A 3GUJA 3OE0A 167LA 1C6JA 138LA 1G0LA 213LA 197LA 4ZPUA 3GUOA 1P36A 1OV7A 1LYIA 4E97A 2HUKA 128LA 1L11A 1G0JA 1L0JA 1LYEA 1CV6A 1OVKA 1L97A 3RUNA 142LA 1L03A 224LA 1L64A 2RBNA 182LA 1L96A 1LPYA 1OV5A 1L09A 1L93A 3HTDA 1SWZA 126LA 1L48A 1KS3A 1L56A 1QUOA 1T8AA 1QUHA 149LA 4I7OA 1L36A 3C7ZA 3HH3A 1L37A 1P46A 1PQKA 3NY9A 236LA 4EKSA 2RBRA 1L22A 1C6EA 1PQIA 199LA 1CX6A 1D9WA 2OU9A 2RB1X 1PQJA 249LA 1C6LA 3C81A 1LGUA 241LA 1L20A 1C6KA 3F8VA 1QSBA 1L41A 115LA 161LA 3SB7A 191LA 1QS9A 192LA 1L54A 1L60A 217LA 2ANVA 3L2XA 4ARMA 2B74A 4W55A 1L26A 259LA 1QTBA 4I7KA 3HWLA 231LA 1L52A 1C6HA 1KNIA 2IGCA 4EPFA 4I7MA 1C66A 4ARJA 3SN6R 1C67A 219LA 1D3FA 1KY1A 1CV5A 1QT5A 3SB9A 1G07A 245LA 216LA 1C68A 1OVHA 252LA 1L55A 1L13A 1L99A 2F2QA 131LA 260LA 1KY0A 1D3MA 1L88A 2LCBA 1QS5A 111LA 1L72A 110LA 1DYEA 2B6WA 1D2YA 225LA 125LA 2O4WA 238LA 196LA 4PK0A 152LA 1L16A 4ARQB 2CUUA 3C8RA 1LWKA 3DN2A 1L42A 4PJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ7A 1L00A 5I14A 4UWVA 5B05A 1IWUA 1J1PY 2BQCA 1CUPA 2IFFY 1DYBA 4S0WA 2D91A 250LA 130LA 1PQOA 3NY8A 4HTQA 232LA 3RNXA 4RW2A 2F2NA 3WXTA 1LJ4A 1C6TA 1LLHA 2D6BA 4LGKA 4UWUA 4H94A 4GLVA 1C46A 4HJYA 4L41A 156LA 5B59A 174LA 2RB2X 1D3NA 1SSYA 1HHLA 1LSAA 1YAQA 1IEEA 5DL9A 176LA 1B7NA 2XTHA 1GB0A 1G7JC 1VDQA 1DXJA 4LYMA 3DNAA 4TSBA 230LA 140LA 1L02A 2FBBA 3J4GA 1LYYA 3AGIA 2Z39A 2Z2EA 3V2WA 1LMQA 1YILA 4H9HA 4H1PA 229LA 2N5ZA 4LYCA 1IOTA 2AUBA 4WO6A 3ULRA 4H9EA 5D5FA 3A67Y 4OWAA 261LA 1BWHA 1DKJA 3LYZA 4DDAA 5F14A 2RBPA 3SBAA 1L46A 4H91A 1KW5A 2BQEA 3GXRA 1LSFA 1NF5A 1CU2A 1LJEA 1T8FA 2W1YA 1YQVY 3HUAA 1C63A 1AZFA 4NGVA 251LA 4Z41A 4OWCA 4PRQA 3HU8A 1GEZA 234LA 113LA 4C3WA 2I26L 2EIZC 1OYUA 3B0OA 5C6LA 4WM2A 1NDGC 1LZEA 4N1CC 2MEGA 1GFKA 2YBJA 3TXJA 2ZIKA 1LSNA 3A34A 155LA 1LMPA 1LSCA 3WPJA 1L63A 4W53A 109LA 2BQHA 3HT8A 4WL6A 172LA 2FYCA 1EPYA 1IP2A 4DC4A 4HSFA 1QTEA 1SLYA 1FN5A 3HT7A 3GUIA 2NTHA 1GF3A 1OUGA 4LYTA 2NWDX 3WPKA 5KXMA 1TLAA 1LYGA 212LA 1L39A 1JQUA 3VW7A 3GUPA 1LJKA 3SB5A 5F9XA 3CDVA 4H8XA 5II3A 1XEPA 3B0IA 3DN6A 135LA 194LA 2HU3A 3C8SA 5FHWA 5KKJA 3NYAA 1IWYA 3WULA 1OUAA 3DMVA 173LA 3A8ZA 4DQJA 3B72A 1YKZX 4H90A 2B6YA 1B6IA 3CQLA 4W94A 1NMMA 1WQRA 4YXAC 3MGWA 1DZBX 1L27A 1L59A 1IOCA 5LVGA 1I1ZA 1L31A 1LZCA 5KXOA 4ETEA 1IOSA 1C7PA 1GXV2 1GE0A 1P2CC 218LA 4GRVA 1LWGA 2RAYX 1YAPA 1L74A 4CFPA 3CT1A 1XEJA 1LKRA 5KXZA 2VB1A 3TMWA 1IVMA 1C69A 1G7HC 4X3BA 3FI7A 1VDPA 237LA 1CV3A 158LA 1XGTC 1L51A 3HUQA 4QGZA 4HV2A 1XGQC 6LZMA 5LYTA 5APEA 4QEQA 3CT5A 1L15A 1HFXA 3WYHA 1C62A 1L83A 5HLLA 1G0GA 1LSEA 2RBOA 1CTWA 2BLXA 5LAGA 1L35A 1L76A 2BLYA 2YBHA 4E3UA 1L92A 4UWNA 1D0KA 1QT7A 4DYGA 1VDTA 226LA 2HEDA 201LA 5K7OA 1HF4A 2XBSA 2DQEY 4YEOA 4M6DA 1TCYA 4R0FA 3W6AA 166LA 3SB8A 4WLXA 1L50A 4TWSA 1L40A 1UUZC 3A94A 1LI3A 1OUIA 4I7LA 2L78A 1P7SA 1QT8A 4H9BA 1RE2A 1L98A 2F4AA 6LYTA 4KPMA 1NKHA 2YDGA 1L12A 3QAKA 4IAPA 4NGOA 2YVBA 257LA 1GE3A 1JISA 1CU3A 1REZA 1T8GA 3PDSA 1KW7A 1GFUA 1GB9A 1QUGA 1DPXA 1I56A 1L30A 1L62A 3AJNA 1GFTA 1INUA 1LJIA 3GUJA 167LA 2XJWA 3AZ5A 3WUAA 2B5ZA 4CHXA 4E97A 1G0JA 3D9AC 1F6RA 1OVKA 1XGUC 1L97A 4HJZA 3RUNA 1L96A 5DN5A 1WTNA 3A96A 5HQ1A 1LZ1A 2ZQ3A 1L93A 1B7QA 3M18B 1SWZA 126LA 1KS3A 1B7LA 4I7OA 4BAPA 4G4HA 5KXPA 3A3QA 5DN4A 1EQEA 3NY9A 1B5XA 5KY1A 1L22A 1C6EA 1CX6A 2OU9A 4GN4A 2RB1X 1PQJA 3WW6A 4N5RA 1CKGA 1AKIA 1LGUA 241LA 4WOAA 4PRUA 3F8VA 1QSBA 4WMGA 1OP9B 2RSCA 3HBDA 1C45A 1UC0A 1L54A 3A95A 3AW6A 217LA 4N1EI 3L2XA 4ARMA 1UACY 259LA 1GBZA 3HWLA 2LYOA 2IGCA 5DM9A 5EBHA 3TMUA 4NEBA 3SN6R 219LA 1KY1A 1CV5A 4YEMA 3A92A 245LA 216LA 1C68A 2HEFA 252LA 1L55A 2F2QA 260LA 1JTTL 111LA 2HEEA 153LA 1LZ6A 125LA 3RU5A 2O4WA 2CGIA 2DQHY 152LA 4ARQB 1LWKA 5KXRA 4RLNA 1JIYA 1LKSA 1L70A 1FLWA 1HEMA 2FBDA 2ZYCA 1QT6A 1C10A 1I6SA 1D6QA 1REXA 1LSMA 4LT0A 3T6UA 2ANXA 3LZ2A 4LFPA 1OQMA 1IR8A 1IWVA 3LHMA 1QSAA 2BQFA 4NGJA 1FLYA 5KJ9A 2DQGY 3OJPA 1QTDA 3F9LA 4YOPA 4NHQA 1L57A 3IJUA 1L07A 4AQNA 3HU9A 1L87A 1JITA 253LA 248LA 1GFVA 2B73A 4H8YA 1C60A 1JSFA 1LMOA 4W54A 4HV1A 1HENA 209LA 3QNGA 1LZ8A 1P2RA 1C6IA 4NHSA 4QDNA 3EO5A 1L0KA 127LA 221LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AZ7 A;  1L00 A;  5I14 A;  4UWV A;  5B05 A;  1IWU A;  1J1P Y;  2BQC A;  1CUP A;  2IFF Y;  1DYB A;  4S0W A;  2D91 A;  250L A;  130L A;  1PQO A;  3NY8 A;  4HTQ A;  232L A;  3RNX A;  4RW2 A;  2F2N A;  3WXT A;  1LJ4 A;  1C6T A;  1LLH A;  2D6B A;  4LGK A;  4UWU A;  4H94 A;  4GLV A;  1C46 A;  4HJY A;  4L41 A;  156L A;  5B59 A;  174L A;  2RB2 X;  1D3N A;  1SSY A;  1HHL A;  1LSA A;  1YAQ A;  1IEE A;  5DL9 A;  176L A;  1B7N A;  2XTH A;  1GB0 A;  1G7J C;  1VDQ A;  1DXJ A;  4LYM A;  3DNA A;  4TSB A;  230L A;  140L A;  1L02 A;  2FBB A;  3J4G A;  1LYY A;  3AGI A;  2Z39 A;  2Z2E A;  3V2W A;  1LMQ A;  1YIL A;  4H9H A;  4H1P A;  229L A;  2N5Z A;  4LYC A;  1IOT A;  2AUB A;  4WO6 A;  3ULR A;  4H9E A;  5D5F A;  3A67 Y;  4OWA A;  261L A;  1BWH A;  1DKJ A;  3LYZ A;  4DDA A;  5F14 A;  2RBP A;  3SBA A;  1L46 A;  4H91 A;  1KW5 A;  2BQE A;  3GXR A;  1LSF A;  1NF5 A;  1CU2 A;  1LJE A;  1T8F A;  2W1Y A;  1YQV Y;  3HUA A;  1C63 A;  1AZF A;  4NGV A;  251L A;  4Z41 A;  4OWC A;  4PRQ A;  3HU8 A;  1GEZ A;  234L A;  113L A; 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