1L04A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l04A00
180LA 1I6SA 130LA 2RAYX 5I14A 199LA 4YX7C 3GUKA 1L18A 2NTGA 1C6DA 4DKLA 104LA 201LA 1L53A 1L32A 2RBQA 1C6GA 4GBRB 250LA 1L67A 3SB6A 1DYGA 1L62A 138LA 261LA 111LA 2OU0X 1L96A 195LA 1QT8A 164LA 2L78A 1L44A 1L94A 1C60A 1L42A 4PK0A 3C7ZA 3GULA 3GUOA 2B6XA 1WTHA 1L13A 1C6PA 2O4WA 3HTBA 1G0JA 1JTMA 1LYEA 1G06A 1ZWNA 256LA 197LA 1L35A 3NY8A 120LA 3DN2A 1LYGA 165LA 170LA 1P2RA 1L49A 1L82A 1C6HA 1G0KA 4S0WA 215LA 102LA 184LA 1T97A 1L81A 1D3JA 1L64A 1SX7A 1L10A 4LDOA 3DMVA 1L99A 1L58A 1CUQA 1L46A 4I7SA 7LZMA 2B7XA 3GUMA 3C83A 3C80A 4I7QA 4I7RA 1L79A 1L72A 1L08A 3DN0A 3PDSA 108LA 1L20A 2RAZX 1L01A 113LA 2LC9A 1L39A 242LA 189LA 252LA 3HTDA 3DN8A 262LA 4EPFA 1QSQA 1L02A 185LA 2ANXA 1L87A 3K2RA 1L85A 107LA 213LA 249LA 1SWZA 1L16A 1P2LA 137LA 1G0PA 158LA 3NYAA 1L92A 1L60A 1L03A 211LA 3SB9A 1OWYA 1QTCA 3HH4A 1P5CA 2OU9A 1CX7A 218LA 2F47A 4W58A 4I7OA 1L89A 1QTBA 4EKSA 183LA 4W54A 1G0LA 2RBSA 3C82A 1LYIA 1C6QA 3HT7A 2HUKA 2B73A 4YXCA 1LYFA 2RH1A 1L75A 240LA 159LA 174LA 220LA 149LA 1L65A 1PQJA 3V2YA 4EJ4A 2RBRA 1L91A 2OTZX 143LA 217LA 4ARMB 1LYDA 1L95A 4I7TA 1L07A 4ARLA 1QT5A 1DYAA 1L24A 1QS9A 2HULA 2OU8A 175LA 1LWGA 244LA 1LGUA 1C6EA 3GUIA 3C8RA 1L70A 2ANVA 3SB8A 2OE9X 3CDVA 1L25A 2IGCA 3DKEX 1EPYA 1D2WA 1L73A 1KY1A 258LA 3C7YA 109LA 1CV0A 1LYHA 1C68A 214LA 1CV6A 1L57A 1DYDA 1CVKA 151LA 1L29A 1C69A 1CX6A 3SBBC 1PQIA 1C6TA 237LA 125LA 3CDQA 1L06A 1C63A 3C8QA 1L83A 1CUPA 1C6IA 1G0QA 3G3VA 4ARPA 1L41A 1CTWA 1L36A 1G0MA 3C8SA 1G07A 1L50A 235LA 3HU8A 4W57A 1L54A 1CV3A 1C6KA 1T8AA 4I7JA 1P64A 147LA 1L26A 1L98A 1L74A 198LA 247LA 1L21A 2OE4X 1OV7A 1L22A 127LA 1QTHA 3V2WA 4PJZA 1T6HA 206LA 1L14A 2O7AA 126LA 6LZMA 177LA 3C7WA 192LA 1PQMA 2HUMA 3CDOA 1PQKA 253LA 3D4SA 239LA 3HH3A 1L59A 229LA 3FA0A 1NHBA 1P36A 1L97A 156LA 3SB7A 3HU9A 167LA 4ARQA 1OVKA 1D3MA 2OE7X 3HUKA 4AQNA 1L17A 1C6AA 1L05A 230LA 2B6TA 114LA 1C6NA 2LZMA 145LA 3GUPA 3G3XA 162LA 4E97A 1QSBA 1L33A 176LA 205LA 178LA 4K5YA 246LA 3SBAA 144LA 173LA 2B6YA 139LA 225LA 260LA 161LA 1SSYA 4EKQA 228LA 1L48A 1L93A 2NTHA 103LA 1CU0A 1L90A 2QB0B 4DJHA 1QUHA 3DMZA 1CU2A 226LA 1CU5A 1C67A 2B74A 187LA 168LA 243LA 155LA 3OE8A 1L43A 4DAJA 224LA 1P56A 2Q9EA 4EKRA 1OVHA 1OVJA 1QT4A 241LA 2B6WA 3SB5A 1LWKA 1ZURA 2RB0X 1SWYA 1QTDA 3HUAA 4W51A 1C6MA 1C64A 1L27A 1LI6A 4EXMA 3HT9A 2RBNA 1TLAA 1XJTA 1QTZA 190LA 131LA 3GUJA 2O79A 3HUQA 1LI3A 1P46A 171LA 1G1VA 3HDEA 1LPYA 2OEAX 4IAPA 1L0KA 2B75A 1L28A 4I7LA 2QARC 3HT6A 1L71A 1KW7A 3HTGA 1L68A 1PQDA 4EKPA 3HT8A 119LA 3RUNA 1L52A 1K28A 259LA 3DMXA 1LGXA 212LA 3L64A 1L84A 1L38A 4I7PA 1KW5A 221LA 3LZMA 4LDEA 4W53A 1OWZA 2B70A 3HH5A 163LA 172LA 2RBOA 1L63A 1JQUA 1L47A 233LA 129LA 1L09A 2RB1X 1C62A 181LA 1L04A 1CU6A 3DN4A 3HH6A 4LZMA 4W55A 222LA 1P3NA 1QT3A 1C65A 3DN3A 2LCBA 3PBLA 1CV5A 1L45A 3QAKA 3SN6R 3UONA 2Z6BA 3FI5A 1QUOA 254LA 4ZPUA 1L86A 1LLHA 2Q9DA 4LDLA 3GUNA 1G1WA 2B72A 3DN6A 1L0JA 1T8GA 3DN1A 1L30A 1L15A 122LA 1L34A 1L37A 186LA 1L11A 3HTFA 219LA 152LA 3DNAA 1L61A 2B6ZA 4W56A 1L23A 1QT7A 1G0GA 182LA 1CV4A 1P6YA 1SX2A 238LA 4GRVA 1T8FA 4I7KA 209LA 141LA 196LA 1QS5A 150LA 1KY0A 4I7MA 1P7SA 1OYUA 1L55A 4W52A 232LA 3FADA 248LA 1C6FA 1DYCA 3HWLA 1L51A 1JTNA 1PQOA 3F8VA 2RB2X 3EMLA 1L31A 1C61A 3G3WA 3NY9A 2A4TA 1LW9A 1ZYTA 1LYJA 2F32A 4ARQB 5LZMA 255LA 4OO9A 157LA 1L77A 3HDFA 2OTYX 257LA 1KNIA 3RZEA 1D3FA 191LA 1C6LA 4I7NA 118LA 1L80A 3CDTA 110LA 1C66A 1D9WA 1DYEA 4YXAC 223LA 1P37A 234LA 1L12A 1C6JA 3OE9A 1DYBA 1C6BA 1CV1A 1OV5A 123LA 3OE0A 4ARMA 3C81A 188LA 1QTVA 231LA 160LA 1L76A 142LA 1L69A 1D2YA 1L19A 251LA 3F9LA 1QUDA 245LA 1LGWA 166LA 1L00A 227LA 1DYFA 1LI2A 1L40A 128LA 1B6IA 146LA 4ARJA 1CU3A 2CUUA 1L88A 169LA 1C6CA 3CDRA 1QT6A 1SSWA 3OE6A 1L56A 1L66A 3L2XA 210LA 4EPIA 3JR6A 200LA 3ODUA 1QUGA 1XEPA 2F2QA 2RBPA 1XJUA 1KS3A 236LA 115LA 140LA 148LE 3VW7A 112LA 216LA 1D3NA 4W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I6SA 130LA 1LSBA 5I4YA 2NTGA 3HBHA 154LA 2RBQA 1L32A 2RSCA 2YVBA 2I25L 5FSTA 3BKVA 4EMNA 2OU0X 1L96A 3OJPA 1QT8A 4H9IA 2Z38A 4H9HA 1B7NA 3HBEX 1CJ7A 3C7ZA 4XJDA 3K3TA 1WTHA 1FLQA 1GB3A 4NSHA 4DQ7A 2F4GA 1GB0A 1ZWNA 4R0FA 165LA 4LYMA 4H9EA 1GB9A 1YAMA 3ATNA 1L49A 2HTXA 3P65A 4AGAA 5KXTA 1VDQA 3RNXA 184LA 1T97A 3TXJA 4BAPA 1L64A 1L10A 1TDYA 2BQNA 4TSBA 3TXKA 5KXKA 1L99A 4IATA 1LZ8A 7LZMA 4RW2A 2B7XA 1G7MC 1HEWA 2Y8PA 1L08A 1LTMA 3PDSA 1VAUA 2IHLA 1LZ5A 1XGQC 1INUA 242LA 1LYOA 1BGIA 4EPFA 3WMKA 4GCEA 1TCYA 185LA 1L87A 3K2RA 134LA 5KXMA 107LA 4OWAA 1B2KA 2BQOA 3ULRA 1L16A 1JSEA 2X0AA 3LYOA 158LA 2BQCA 1L60A 1LZBA 3SB9A 1OWYA 1QTCA 1JKAA 2OU9A 1WTNA 4N0JA 1XEJA 2F47A 4XJHA 1QTBA 5LYZA 2HECA 1GHLA 4QDNA 4QY9A 4HV2A 1LYFA 5FHWA 1L75A 1L65A 1D9UA 4HTKA 4EJ4A 1L91A 2MEHA 1LCNA 4DD7A 2FYDA 1L95A 4PGJB 1B5ZA 1BB3A 2HULA 4NSJA 1IWXA 5M1YA 1L70A 1LYZA 4NHQA 4N8ZA 5KY1A 4LYBA 3F6ZA 1EPYA 258LA 109LA 1JSFA 1LYHA 1H87A 214LA 151LA 1L29A 1OUCA 1UC0A 3AZ7A 1PQIA 125LA 2GV0A 1JHLA 1G0QA 5E4PA 1CTWA 3TXEA 1GDXA 3J4GA 4W96A 3IWRA 2HEEA 1LSAA 3TMVA 1L50A 1CV3A 147LA 1L26A 1L98A 4CHXA 198LA 247LA 2OE4X 4LYCA 1QTHA 3V2WA 4PJZA 1LJJA 1XFPL 4NSGA 3WW6A 6LZMA 1WTMA 1YKYX 1TEWA 1LZAA 3M18B 5FELA 3D4SA 1NF5A 3T36A 229LA 1UIHA 1L97A 5F9XA 1F10A 4ARQA 1IWUA 1HMKA 1D3MA 4GN5C 3CT1A 4KPMA 162LA 4E97A 1VDSA 1QSBA 1C45A 2YBNA 1DI3A 205LA 173LA 4H1PA 4LT0A 161LA 1SSYA 228LA 1YAQA 1L48A 5LIOA 4LZTA 5KKJA 1CU5A 1REZA 2FBBA 4RDSA 1C67A 2B74A 3TXBA 187LA 168LA 2W1LA 243LA 3OE8A 3QY4A 1BWIA 1L43A 1CKHA 1F0WA 1P56A 4EKRA 1J1PY 1OUIA 3SB5A 1MELL 1LMAA 4NG1A 1QTDA 207LA 4NHTA 1YKXX 4ETAA 4RW1A 1ZVYB 1XGRC 1P46A 2DQDY 2XQOA 1G1VA 3WPJA 4I7LA 1H6MA 4EKPA 1LGXA 5IDDA 1LYSA 1GFRA 1IORA 2BAAA 2YBMA 1NHEA 4I7PA 1KW5A 3LZMA 4B1AA 4W53A 2B70A 2YBJA 4YENA 5D5CA 129LA 1L09A 1WQQA 2RB1X 1J1OY 1LMPA 2EKSC 1I20A 1BVXA 4W55A 1REXA 222LA 1V7TA 1QT3A 3QAKA 4LGKA 3FI5A 4GCCA 1QUOA 1L86A 1LLHA 4NGYA 3GUNA 3P4ZA 1VFBC 1IO5A 5KXXA 3A6BY 4WM1A 4KT3A 4ETBA 1L0JA 5KXSA 1L34A 3TXFA 1L11A 219LA 3A3RX 1L61A 4W56A 3P68A 4NGVA 4H93A 2N5ZA 4WO6A 2FBDA 182LA 1FLWA 2BQMA 4GRVA 1W08A 4I8SA 1HEPA 4H92A 141LA 1NMMA 150LA 3W3EA 1D0KA 4FJRA 1OYUA 1LOZA 248LA 4O34A 1C6FA 1LMTA 4C5FA 3TXHA 5II3A 1G7JC 2F32A 3TXDA 5KXPA 4DDBA 1UBZA 255LA 4OO9A 157LA 1L77A 4NGKA 3AYQA 257LA 4DD2A 1D3FA 1WQOA 191LA 4I7NA 5IELA 4H9CA 3CDTA 4J1AA 1B9OA 1D0LA 1P37A 3OE9A 4N1EI 1C6BA 3P66A 5KJ9A 123LA 3OE0A 4L41A 1IR7A 7LYZA 4H8ZA 1D2YA 251LA 1DKJA 227LA 1LGWA 2LYZA 4LT2A 5DL9A 1LHLA 5LYMA 2Z19A 146LA 2CUUA 4WLXA 1SSWA 1L66A 3L2XA 210LA 4DD1A 2MEAA 1IVMA 236LA 4GCBA 4A7DA 115LA 5J7CA 2VB1A 6LYZA 4HJVA 2RAYX 1LJNA 4PHIA 1REYA 1L18A 4DKLA 2BLXA 4WL6A 2DQAA 1C6GA 4OOTA 3LYTA 1B0DA 2BQFA 4LFPA 1NKHA 5I5QA 4ZEEA 3B6LA 2BQHA 3LZ2A 4YF2A 5C6JA 3GULA 1B5UA 3GUOA 1C6PA 132LA 1LYEA 197LA 1G06A 3LHMA 3CSQA 3A8ZA 1LYGA 4DDCA 1P2RA 1L82A 1GBWA 1WQPA 1UIEA 4M4OA 1L81A 2CDSA 2D4JA 4H94A 1TAYA 4LDOA 5T3FA 1L58A 3A92A 4DDAA 2D4KA 1GWDA 3GUMA 3C83A 4I7QA 4I7RA 2C8OA 2LYOA 4TWSA 1IIZA 1VEDA 1DI4A 1GF7A 1LSZA 2RAZX 1GFKA 1L39A 2D4IA 3DN8A 1QSQA 1OUEA 1LJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1I6S A;  130L A;  1LSB A;  5I4Y A;  2NTG A;  3HBH A;  154L A;  2RBQ A;  1L32 A;  2RSC A;  2YVB A;  2I25 L;  5FST A;  3BKV A;  4EMN A;  2OU0 X;  1L96 A;  3OJP A;  1QT8 A;  4H9I A;  2Z38 A;  4H9H A;  1B7N A;  3HBE X;  1CJ7 A;  3C7Z A;  4XJD A;  3K3T A;  1WTH A;  1FLQ A;  1GB3 A;  4NSH A;  4DQ7 A;  2F4G A;  1GB0 A;  1ZWN A;  4R0F A;  165L A;  4LYM A;  4H9E A;  1GB9 A;  1YAM A;  3ATN A;  1L49 A;  2HTX A;  3P65 A;  4AGA A;  5KXT A;  1VDQ A;  3RNX A;  184L A;  1T97 A;  3TXJ A;  4BAP A;  1L64 A;  1L10 A;  1TDY A;  2BQN A;  4TSB A;  3TXK A;  5KXK A;  1L99 A;  4IAT A;  1LZ8 A;  7LZM A;  4RW2 A;  2B7X A;  1G7M C;  1HEW A;  2Y8P A;  1L08 A;  1LTM A;  3PDS A;  1VAU A;  2IHL A;  1LZ5 A;  1XGQ C;  1INU A;  242L A;  1LYO A;  1BGI A;  4EPF A;  3WMK A;  4GCE A;  1TCY A;  185L A;  1L87 A;  3K2R A;  134L A;  5KXM A;  107L A;  4OWA A;  1B2K A;  2BQO A;  3ULR A;  1L16 A;  1JSE A;  2X0A A;  3LYO A;  158L A;  2BQC A;  1L60 A;  1LZB A;  3SB9 A;  1OWY A;  1QTC A;  1JKA A;  2OU9 A;  1WTN A;  4N0J A;  1XEJ A;  2F47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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