1L05A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l05A00
4ARJA 184LA 1D3JA 6LZMA 1L51A 1L63A 1L48A 139LA 3HU9A 3CDVA 212LA 1SWZA 3L64A 1CU2A 2RB2X 3FADA 1LYFA 252LA 3GULA 1PQMA 2RB0X 145LA 1CV6A 112LA 3SB8A 1CVKA 1G07A 1G0GA 1LYDA 1L84A 1CV0A 2Q9EA 1L86A 4I7MA 1L94A 3HH5A 3SBBC 4ARPA 4E97A 102LA 1CV1A 1C65A 200LA 147LA 245LA 1L37A 4EKPA 1KY1A 7LZMA 164LA 148LE 3C81A 1L72A 1LWGA 1L99A 1P3NA 1QTBA 3C82A 129LA 128LA 109LA 1JQUA 1OVHA 4I7PA 4K5YA 4DKLA 118LA 1KY0A 3GUNA 1C61A 1CU5A 138LA 1L85A 4LZMA 1P6YA 3HDFA 3V2YA 126LA 1QS5A 127LA 3HTFA 1C64A 1L80A 251LA 1D2WA 1P46A 3RZEA 1L36A 1OYUA 3C8SA 4IAPA 4W58A 3DMXA 2Q9DA 3NYAA 4S0WA 1C6MA 3OE8A 1ZWNA 3CDOA 1C6AA 1L43A 3NY8A 1L76A 3JR6A 248LA 1G0JA 1QT7A 1L08A 3DMZA 4ARLA 1XJTA 150LA 1L01A 2L78A 1G06A 1G0PA 3L2XA 1L40A 2RAYX 144LA 4I7OA 1L13A 1L47A 1L0JA 165LA 4EKSA 1L69A 231LA 1NHBA 1G0KA 1LYEA 4W52A 1D3NA 1L26A 2IGCA 1CV5A 1L70A 258LA 1D3FA 187LA 199LA 1XJUA 242LA 4W57A 1L39A 1QT8A 1CTWA 1L82A 1I6SA 201LA 3VW7A 1KW7A 170LA 4I7JA 1ZURA 1DYGA 3PDSA 1QT6A 1C6HA 188LA 115LA 1L41A 262LA 1C6GA 2B74A 1TLAA 3NY9A 2LZMA 232LA 3EMLA 4OO9A 3RUNA 1ZYTA 206LA 1P2RA 3V2WA 3SB9A 110LA 2B7XA 1L35A 1L66A 5LZMA 174LA 3HTGA 1C6CA 2LC9A 4I7NA 1PQOA 1LGXA 1LLHA 1LGUA 4W51A 2RBQA 4EKRA 191LA 1L09A 257LA 3FI5A 1L81A 3F9LA 1CX7A 209LA 3HT9A 2RBRA 158LA 1L14A 1L12A 1L60A 1P36A 167LA 1SSYA 1SX2A 3C8QA 3DN8A 1JTMA 1DYAA 1PQKA 5I14A 244LA 1DYEA 246LA 1C62A 1L07A 1QUOA 3SN6R 1L57A 1L22A 240LA 1QUDA 2A4TA 1C6DA 217LA 1L29A 227LA 237LA 1T97A 1LPYA 225LA 137LA 2F2QA 4YXAC 104LA 247LA 1L77A 1T8GA 159LA 4ARQA 1C6LA 3DMVA 1LYIA 218LA 1L92A 4W59A 156LA 1L58A 1OV5A 3DN0A 189LA 3HDEA 3LZMA 1OVKA 1L38A 3G3WA 1L18A 1LI6A 3ODUA 4I7SA 3SBAA 4W54A 1L45A 162LA 1KW5A 1L19A 1C6JA 4I7TA 3HH3A 1L23A 123LA 2HUMA 4YXCA 1L75A 1QUHA 1L05A 1L68A 4YX7C 2OE4X 4W55A 1QTHA 108LA 1OVJA 3HU8A 3HT8A 1L53A 210LA 3FA0A 213LA 4LDLA 255LA 249LA 155LA 4EPFA 1QSBA 149LA 4AQNA 4EPIA 4ZPUA 1SX7A 1L54A 1EPYA 1KNIA 2F32A 168LA 122LA 1L62A 2QB0B 182LA 224LA 166LA 1C60A 3DN6A 3HH6A 3HUQA 120LA 131LA 1WTHA 1L20A 239LA 1C6QA 1L34A 1L83A 2OU8A 1L33A 2F47A 142LA 1K28A 260LA 1G0LA 1L73A 2RAZX 3C7ZA 1L56A 3HH4A 1C6KA 250LA 3GUPA 3UONA 1L42A 1PQJA 1QUGA 1CU6A 211LA 1C6FA 215LA 177LA 3HUKA 1PQDA 3HUAA 2HUKA 1L59A 178LA 130LA 1P5CA 3DKEX 4ARMA 163LA 1CU3A 216LA 114LA 160LA 2OE9X 1C6IA 226LA 1OV7A 161LA 1G0QA 1L71A 261LA 1OWYA 241LA 2RB1X 254LA 2OU9A 2B73A 151LA 3C7YA 1P56A 2O7AA 3DN4A 3C80A 1L88A 256LA 1C67A 3SB7A 181LA 1L25A 1L04A 1L91A 228LA 1L64A 1T6HA 3DNAA 1QT5A 1D9WA 253LA 3CDQA 1L11A 1L44A 4EJ4A 1L61A 1T8FA 1L10A 243LA 103LA 229LA 1CUPA 2Z6BA 1B6IA 1L90A 175LA 1DYFA 1L74A 3HWLA 3GUOA 2B6TA 233LA 1P2LA 4ARMB 3OE9A 4EKQA 2CUUA 1QS9A 3PBLA 1D3MA 1L30A 1C6BA 4DJHA 190LA 3D4SA 1L27A 1L87A 4EXMA 3HTBA 1CX6A 1L00A 2NTGA 2OE7X 1LYJA 2B6XA 259LA 1CV3A 1L17A 3DN3A 2B75A 222LA 3G3VA 1C69A 198LA 1L06A 1DYDA 2B6ZA 2HULA 119LA 1CUQA 1QT3A 180LA 3GUMA 185LA 143LA 1L46A 173LA 1DYBA 235LA 1LI3A 4LDOA 1L89A 1C66A 183LA 4W56A 3C8RA 125LA 1D2YA 1LW9A 3CDTA 1QTCA 1G1VA 1P7SA 2O79A 192LA 1G0MA 2OTYX 171LA 4I7LA 4ARQB 1QTZA 3HT7A 3CDRA 1LWKA 107LA 220LA 223LA 1OWZA 1C63A 3HTDA 1C68A 3HT6A 2B72A 2QARC 2OU0X 1L79A 157LA 3F8VA 1L49A 176LA 197LA 3DN2A 141LA 1L16A 169LA 1L96A 1QSQA 1L95A 3C83A 4I7KA 1L67A 1CV4A 230LA 111LA 1SSWA 1C6EA 2RH1A 3OE6A 3C7WA 146LA 4I7QA 1PQIA 186LA 2OEAX 1L52A 1LYGA 1LI2A 1XEPA 3G3XA 1JTNA 113LA 1C6PA 205LA 1L28A 1C6NA 4GBRB 1L93A 1L21A 221LA 1CU0A 2NTHA 4LDEA 1P37A 1LYHA 1T8AA 1L97A 3K2RA 219LA 3SB5A 2RBOA 2B70A 238LA 3OE0A 4PK0A 1SWYA 2LCBA 1L02A 2ANVA 3GUIA 1L65A 4DAJA 1L24A 1QT4A 3QAKA 4I7RA 1DYCA 1QTDA 1KS3A 2O4WA 1L31A 195LA 4GRVA 1L98A 236LA 4W53A 1C6TA 1G1WA 4PJZA 1L32A 2RBNA 140LA 214LA 2RBPA 1L55A 2B6YA 2B6WA 3GUJA 1P64A 2ANXA 172LA 3SB6A 1L50A 2RBSA 1QTVA 1L15A 3DN1A 1LGWA 1L0KA 152LA 196LA 1L03A 3GUKA 234LA 2OTZX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXUA 1UA6Y 1D3JA 1L51A 1C10A 1N4FA 3A93A 1L48A 3TXHA 1GE2A 4C5FA 212LA 1F10A 4ET9A 1QIOA 1UC0A 2RB0X 1H6MA 2YDGA 3SB8A 1G7IC 1G0GA 4HJZA 1LSGA 1L84A 2EIZC 4H9CA 1G7LC 1HHLA 1L94A 4MCKA 4ARPA 3TMUA 4EKPA 1GE0A 3HBDA 2G4QA 5I54A 5DN4A 5LVKA 1L72A 1HEPA 1L99A 1P3NA 1QTBA 1FBIX 1I56A 129LA 1D0KA 2W1MA 1MELL 118LA 2H9JA 1CU5A 4QY9A 1GBXA 127LA 2HEEA 4R0FA 3HTFA 3A95A 2Z38A 4LGKA 1P46A 4IAPA 1B5XA 4PRUA 3E3DA 5KXTA 1REXA 4WMGA 4BAPA 3J6KA 1JEFA 4DD9A 1B7PA 2Y8PA 150LA 4N5RA 2XQOA 1IWUA 2BQAA 2Z37A 4XENA 1G0PA 1LPIA 1LSCA 144LA 3TXKA 1L47A 1L69A 1XEKA 1D3NA 1L26A 2IGCA 2C8PA 1RI8B 3CT5A 1LSMA 4RLMA 3IWRA 199LA 1J1OY 5L3HA 1L39A 1QT8A 1WTMA 1BB4A 4RW1A 1CTWA 4LYOA 1L82A 1I6SA 1LJKA 2YBHA 2F2NA 170LA 1DYGA 1QT6A 1C6GA 1SLYA 3NY9A 4OOTA 232LA 4NGJA 1LHLA 1KXXA 1IIZA 1JHLA 3V2WA 3BKVA 1LMQA 1OUDA 174LA 4I7NA 1LGXA 1LGUA 4W51A 1YL1X 2ZNXY 1L09A 1IP1A 1CX7A 2FYCA 3HT9A 1L14A 1REYA 1L12A 1L60A 1P36A 3AYQA 1SSYA 1JTMA 4ETBA 4WM5A 1QUOA 1B7NA 6LYTA 1L22A 5LYTA 1P2CC 4WLYA 217LA 3TMWA 1C7PA 5IHGA 1T97A 4H9BA 225LA 1JITA 1HEMA 1GF0A 1LSYA 2IFFY 2D4JA 1LZCA 218LA 1F0WA 1EQ5A 4W59A 1L58A 3AZ6A 1QUSA 3DN0A 1L38A 4NWEA 1GEVA 1I20A 1REZA 1IP7A 1L45A 2DKVA 3P66A 4I8SA 4YXCA 1L23A 1T3PA 1V7TA 5KKJA 3TMXA 1UIDA 4YX7C 4NGVA 4DYGA 4W55A 108LA 3HU8A 3HT8A 1DXJA 4H8YA 3WW6A 255LA 3CT1A 1IEEA 155LA 1GBSA 4AQNA 4WLDA 4EPIA 1LMTA 2YBLA 1CNSA 2F32A 3M3UA 122LA 3AZ5A 1CKGA 2QB0B 193LA 5KXMA 2ZWBA 5ILFA 3QE8A 3HH6A 3DN6A 4MSTA 1WTHA 1L83A 1L33A 1LZGA 2FBBA 4YOPA 1IVMA 1CJ7A 3GUPA 3UONA 1VAUA 3P65A 1LYSA 1PQJA 1INUA 1CU6A 5HNCA 1XFPL 1ZMYL 1PQDA 1LZSA 1BHZA 130LA 2CDSA 1D9UA 2OE9X 1DKKA 4H1PA 1C6IA 1HMKA 1OUFA 4Z3MA 1CKDA 3LHMA 3WVXA 1OWYA 1LSPA 1GBWA 2RB1X 3W6CA 2OU9A 4BADA 4DQJA 1P56A 3DN4A 1UCOA 3FI7A 1L91A 3TXDA 1C45A 3LYOA 1L64A 3DNAA 1QT5A 1D6PA 4AGAA 3CDQA 3RU5A 5B1FA 2D4IA 4NGIA 1L10A 229LA 1CUPA 1B6IA 9LYZA 1DYFA 4WLTA 3WU8A 1GXXA 1JSFA 1L74A 3HWLA 3GUOA 1GE4A 1GFEA 1QS9A 3PBLA 1D3MA 7LYZA 4NEBA 3D4SA 1GB7A 4H91A 1LYJA 2I26L 1GFKA 3AGHA 1AZFA 1IR9A 1DZBX 1C69A 1XEIA 1LZ1A 1HEWA 3N9AA 2YBNA 2B6ZA 2HULA 3GUMA 1YANA 2Z39A 1JTPL 2XBRA 5J7CA 1YILA 1LZYA 1CKFA 1LI3A 3CSRA 1HELA 4NSJA 1JISA 5FDJA 3RNXA 1G0MA 4I7LA 171LA 1QTZA 1IP3A 1WQPA 2H5ZA 223LA 3HTDA 1LMNA 2QARC 2OU0X 4H9FA 176LA 5LYMA 4Z41A 1L16A 1L96A 2ZNWY 4OOOA 1LZEA 1PQIA 1NKHA 4PJ2C 2YBJA 4O34A 1DQJC 1OUBA 205LA 1T6VL 2FYDA 1IWZA 4GBRB 4W94A 2GV0A 221LA 1ZVYB 1LYHA 1LYZA 1L97A 2DQIY 5KXOA 1FLUA 3F6ZA 4PK0A 5HLLA 1SWYA 2LCBA 3GUIA 4AXTA 1QT4A 5C6JA 3TXGA 1DYCA 3W6FA 1LZDA 1IP2A 1EQEA 4DT3A 2ZIJA 4LYZA 236LA 1LYYA 1L32A 140LA 1XGUC 2DQEY 2RBPA 2B6YA 3GUJA 3W6AA 172LA 4NHTA 1LMAA 1C43A 1CKCA 3DN1A 1IP4A 1YKYX 3TXJA 3EMSA 3W6BA 4ARJA 4II8A 5KXNA 4DD3A 2WARA 4IJ4A 1JWRA 139LA 3FADA 252LA 1F6SA 3A94A 1PQMA 1D0MA 1OUHA 145LA 4NWHA 5AMYA 1CV0A 1KXWA 2Q9EA 4I7MA 3SBBC 3P68A 4P2EA 4HJVA 1VEDA 200LA 1QUTA 1KY1A 4LT0A 7LZMA 1QTKA 164LA 1LWGA 4N9RA 128LA 3A90A 4LT1A 3WPLA 3TXEA 4K5YA 1KY0A 3AZ4A 3GUNA 4LFPA 1C61A 4LZMA 1P6YA 3HDFA 4IASA 4TX7A 1BB7A 1WVVA 1LJNA 2Q0MX 4NGWA 3QNGA 1B5VA 4W58A 2F30A 1C08C 3NYAA 4S0WA 5II3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXU A;  1UA6 Y;  1D3J A;  1L51 A;  1C10 A;  1N4F A;  3A93 A;  1L48 A;  3TXH A;  1GE2 A;  4C5F A;  212L A;  1F10 A;  4ET9 A;  1QIO A;  1UC0 A;  2RB0 X;  1H6M A;  2YDG A;  3SB8 A;  1G7I C;  1G0G A;  4HJZ A;  1LSG A;  1L84 A;  2EIZ C;  4H9C A;  1G7L C;  1HHL A;  1L94 A;  4MCK A;  4ARP A;  3TMU A;  4EKP A;  1GE0 A;  3HBD A;  2G4Q A;  5I54 A;  5DN4 A;  5LVK A;  1L72 A;  1HEP A;  1L99 A;  1P3N A;  1QTB A;  1FBI X;  1I56 A;  129L A;  1D0K A;  2W1M A;  1MEL L;  118L A;  2H9J A;  1CU5 A;  4QY9 A;  1GBX A;  127L A;  2HEE A;  4R0F A;  3HTF A;  3A95 A;  2Z38 A;  4LGK A;  1P46 A;  4IAP A;  1B5X A;  4PRU A;  3E3D A;  5KXT A;  1REX A;  4WMG A;  4BAP A;  3J6K A;  1JEF A;  4DD9 A;  1B7P A;  2Y8P A;  150L A;  4N5R A;  2XQO A;  1IWU A;  2BQA A;  2Z37 A;  4XEN A;  1G0P A;  1LPI A;  1LSC A;  144L A;  3TXK A;  1L47 A;  1L69 A;  1XEK A;  1D3N A;  1L26 A;  2IGC A;  2C8P A;  1RI8 B;  3CT5 A;  1LSM A;  4RLM A;  3IWR A;  199L A;  1J1O Y;  5L3H A;  1L39 A;  1QT8 A;  1WTM A;  1BB4 A;  4RW1 A;  1CTW A;  4LYO A;  1L82 A; 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