1L06A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGEWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l06A00
3HH5A 1ZYTA 1C63A 1OWZA 1L03A 1L76A 184LA 115LA 3CDRA 143LA 2B6XA 2QB0B 1CV1A 4YXCA 1PQKA 1C6IA 1OVKA 254LA 3HTDA 1L96A 3HTBA 1QT3A 1L00A 1L25A 2A4TA 2OU8A 177LA 1CU6A 1QTBA 1LI3A 210LA 118LA 159LA 1L29A 1C6PA 114LA 1C68A 181LA 4I7OA 239LA 3C83A 4I7RA 146LA 3HT9A 3NY9A 1P36A 1P7SA 1L54A 2B74A 172LA 1L44A 3G3VA 247LA 240LA 2ANVA 2RBRA 1L88A 1XJUA 4I7KA 4W57A 3RZEA 3C7WA 250LA 3DN2A 2HUKA 2OU0X 108LA 1TLAA 183LA 1L84A 188LA 1D3JA 4IAPA 1L51A 195LA 1L68A 1T6HA 1G0MA 123LA 1L36A 1P2RA 3C7ZA 215LA 1L50A 1LYIA 2RBPA 1XEPA 2F32A 1L17A 2B70A 3HH3A 109LA 190LA 1L80A 1CU0A 1C61A 1CX7A 1G06A 1PQDA 1QSBA 2RBNA 110LA 1CX6A 1LI6A 3DN4A 242LA 165LA 2RAYX 1L70A 162LA 4YXAC 1L41A 2OTYX 4W55A 3C81A 1L69A 1L04A 1KS3A 1JQUA 2IGCA 221LA 1QT8A 1G1WA 1OYUA 226LA 1L07A 4LDOA 145LA 218LA 163LA 246LA 2Q9EA 3GUNA 1L31A 3FADA 3SBBC 3SB9A 1C69A 113LA 1G0GA 1CUQA 140LA 3DKEX 1L94A 236LA 1SSYA 2RB0X 4EPIA 2B73A 157LA 1LLHA 1QTVA 214LA 2B75A 1L40A 1LGWA 1QTZA 1D3MA 1QTDA 1QT5A 1QTCA 4W51A 4AQNA 2LZMA 1D9WA 216LA 1C6DA 261LA 3HDEA 3JR6A 1PQIA 1CV5A 1SWYA 3DMVA 3PBLA 3DN0A 3HUAA 3DN3A 3OE9A 3V2WA 4EKRA 4GBRB 2RB2X 127LA 4ARQB 1D2YA 2L78A 1P46A 1LGUA 4W54A 1C6JA 248LA 1L75A 4I7SA 4EKPA 1L33A 260LA 2OE4X 4DJHA 1L55A 191LA 3L64A 1L61A 4OO9A 4I7MA 4EKSA 4I7TA 1SWZA 1G0KA 1LYHA 1P2LA 3GUPA 3QAKA 212LA 1L23A 3C7YA 3RUNA 1LGXA 3D4SA 189LA 102LA 3CDQA 1L12A 2OTZX 1C64A 2B6YA 1PQJA 1C6GA 1CV6A 1L13A 3GUMA 1L35A 3OE6A 4I7QA 1L19A 1LPYA 1L34A 1LYJA 186LA 1QTHA 3SN6R 219LA 4E97A 4ARQA 1L0KA 4EKQA 3CDOA 234LA 1LI2A 192LA 1CV0A 4EXMA 1L66A 1L82A 1L87A 4LZMA 253LA 1CUPA 3F9LA 1L91A 1C60A 1LWKA 243LA 1WTHA 2O4WA 1L62A 3NYAA 3OE8A 1L42A 238LA 2F2QA 3CDVA 4EPFA 1L52A 7LZMA 1L83A 1ZWNA 1L73A 3HT8A 180LA 1G0PA 1PQOA 1C6MA 1ZURA 1G1VA 244LA 1P56A 4ZPUA 3SB6A 4W53A 1KNIA 3DN1A 1P6YA 1L56A 1QSQA 1L89A 1SSWA 2O7AA 5LZMA 1C67A 4YX7C 3PDSA 241LA 173LA 1C6TA 1L79A 4LDEA 1KW5A 227LA 1SX7A 1L97A 1L98A 1CV4A 120LA 1L81A 252LA 2RB1X 4I7PA 4ARMB 3L2XA 1C66A 1C6KA 1C6HA 1L71A 255LA 2RBOA 1CU5A 258LA 2OE7X 1P5CA 1QUDA 3DN8A 1LWGA 1C6BA 174LA 3NY8A 3CDTA 3HUQA 1JTMA 2HUMA 217LA 1CU3A 1DYAA 1L20A 251LA 167LA 211LA 197LA 2RH1A 3DN6A 3HH4A 1DYFA 1CVKA 1OVHA 201LA 4LDLA 1L59A 245LA 4K5YA 199LA 103LA 126LA 138LA 158LA 1C62A 1T8AA 1L57A 1OWYA 262LA 176LA 1T8FA 1XJTA 1DYBA 1L05A 231LA 2B6TA 205LA 3GUOA 4ARJA 1C6EA 1L10A 1I6SA 3HT7A 1DYCA 175LA 1L06A 1L37A 209LA 4W59A 1L30A 149LA 3ODUA 4W58A 3C8RA 1CTWA 3DNAA 1C65A 3C8QA 151LA 125LA 1L01A 1L90A 1L63A 1L16A 198LA 1L99A 2Z6BA 129LA 2RBQA 1G0LA 225LA 3GUKA 3HH6A 228LA 1DYGA 2Q9DA 3HU9A 1L49A 104LA 128LA 156LA 178LA 1SX2A 3FA0A 1L09A 4I7JA 171LA 1L02A 4W56A 1L45A 220LA 148LE 3G3WA 4PJZA 2RBSA 3SB5A 3V2YA 3DMZA 1L85A 1PQMA 4S0WA 185LA 2OEAX 3LZMA 1L93A 256LA 2RAZX 1LW9A 1CV3A 111LA 4I7NA 137LA 1KY1A 3HU8A 2B6ZA 164LA 1L21A 1L0JA 3C82A 107LA 2ANXA 1EPYA 1JTNA 3SB7A 3VW7A 1QUHA 200LA 1P3NA 147LA 1B6IA 168LA 2LC9A 1L14A 1KW7A 1L18A 3C8SA 1P64A 1L43A 3C80A 1C6LA 1L47A 1DYDA 3EMLA 1C6FA 1LYDA 1L38A 1QS9A 1L58A 224LA 2NTHA 4GRVA 3HDFA 166LA 1LYGA 2B6WA 150LA 1C6NA 3GULA 1L22A 213LA 1L74A 1L46A 1L26A 187LA 130LA 170LA 2QARC 1L32A 1OV7A 119LA 1L72A 4W52A 6LZMA 152LA 1QUGA 1G07A 161LA 3UONA 232LA 206LA 1CU2A 122LA 3GUJA 4DAJA 4ARPA 1L27A 3FI5A 1D3FA 1L64A 1C6QA 169LA 257LA 4ARLA 1K28A 230LA 1L53A 1QT7A 1L39A 1L77A 1P37A 2OU9A 3HUKA 1L28A 1L95A 141LA 1KY0A 3SB8A 2OE9X 144LA 3SBAA 4I7LA 1QS5A 1L15A 235LA 1DYEA 1G0QA 222LA 4ARMA 249LA 1QT6A 160LA 1L65A 259LA 4DKLA 3HT6A 1L60A 3F8VA 3OE0A 2CUUA 142LA 1L11A 131LA 3G3XA 1D3NA 1LYFA 1NHBA 1C6CA 3HTFA 139LA 182LA 1QT4A 237LA 1QUOA 233LA 2F47A 3K2RA 1T97A 2LCBA 1L86A 2B7XA 4EJ4A 1C6AA 223LA 1OVJA 3HTGA 1D2WA 229LA 112LA 1L92A 1LYEA 4PK0A 3DMXA 5I14A 1OV5A 196LA 2O79A 2NTGA 1L24A 1T8GA 1L08A 1G0JA 3HWLA 155LA 2B72A 2HULA 3GUIA 1L48A 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWUA 3A3RX 1AZFA 1JKCA 5IELA 4DYGA 143LA 1C6IA 2Z12A 1OVKA 1LHIA 2DKVA 254LA 4NIJA 3HTBA 5D5CA 1QT3A 5KKIA 2OU8A 177LA 1LI3A 5DLAA 3D9AC 1L29A 5LVHA 1C6PA 1BB3A 181LA 3E3DA 3HT9A 1L44A 4NG8A 247LA 2ANVA 1BB6A 1JTOL 4I7KA 5KXWA 3CSRA 3DN2A 5KXRA 2C8OA 2A7FA 1QTKA 1L84A 5E4PA 4IAPA 4XJDA 1L51A 1HFZA 4MR1A 1I20A 123LA 1P2RA 3C7ZA 5LYZA 2RBPA 4NY5A 1QSWA 4H9AA 4RW2A 3HH3A 5LVJA 1CU0A 1QSBA 4LYZA 2CJLA 4WL7A 4N0JA 1IR8A 2BQCA 5HQ1A 5B05A 3B6LA 1G7LC 4LT3A 1TAYA 1DXJA 1L04A 1YIKA 1YL1X 1KS3A 4CFOA 226LA 1OYUA 2ZIJA 1GFAA 1L07A 1NBZC 1C7PA 218LA 246LA 1CJ8A 1L31A 3WMKA 1QQYA 3SB9A 113LA 3DKEX 1CKFA 1LZCA 1UIEA 2B75A 214LA 2W1LA 4HP0A 1JUGA 1L40A 1ALCA 1UICA 4AQNA 1P2CC 2MEDA 1IVMA 2HECA 2W1MA 3JR6A 1QDTA 3P64A 3DN0A 2L78A 2D4JA 1FDLY 248LA 3ATOA 1IC4Y 1GB9A 4XYYA 1DPXA 1L33A 1CKHA 1T6VL 5LYMA 4OO9A 5FHWA 1VDSA 1G0KA 1J1XY 1BB5A 4WM2A 4B49A 5ILFA 1IWZA 1GB3A 3GUPA 4DQ5A 4CFPA 3D4SA 1GFGA 2OTZX 1GFTA 2B6YA 4I7QA 4N9RA 5E9RA 4E97A 3EBAB 1E8LA 4WM3A 1LSYA 3RT5X 1IO5A 5LVKA 1L82A 1L87A 4LZMA 2DQFC 1GFVA 1CUPA 1C60A 1WTHA 5K7OA 1IOSA 2AUBA 3NYAA 4G4BA 1HELA 4ML7A 3RW8A 4EPFA 1L52A 1WTMA 2XBRA 5KXKA 1GBXA 1G0PA 1PQOA 244LA 4R6CA 1GWDA 3B72A 3DN1A 1P6YA 5B59A 1XGPC 2O7AA 3J4GA 1DKKA 173LA 1C6TA 4YF2A 1KW5A 252LA 2HU3A 1CV4A 1L81A 4H9BA 1G7IC 1C66A 4XJIA 2RBOA 4NWEA 2OE7X 3WU8A 1LWGA 3RU5A 1FLWA 3NY8A 4D9ZA 3HUQA 1JTMA 5FEKA 251LA 167LA 3AGHA 5FSTA 197LA 3DN6A 1LSFA 1DYFA 1CVKA 5IHGA 1L59A 245LA 4ETBA 138LA 1T8AA 1L57A 1JWRA 4WLXA 1GPQC 1EQEA 4Z46A 2DQIY 4EOFA 1L30A 4W58A 1B7LA 1ZVYB 2ZIKA 151LA 2HEBA 1IP4A 1ZV5L 1JITA 4W96A 4LFXA 3A67Y 1YKYX 1GBOA 198LA 1L99A 129LA 4NGVA 4B1AA 4PJ2C 225LA 5D5FA 4DDBA 3GUKA 3HH6A 2Q9DA 1L49A 1JKBA 4BAPA 1B7SA 3FA0A 1IP3A 2CGIA 1F10A 1GE0A 1PQMA 3AB6A 3N9AA 1TCYA 3LZMA 1L93A 256LA 5I4WA 1CV3A 2ZQ3A 1WVVA 2H9JA 3GXRA 1LYSA 164LA 3C82A 107LA 2ANXA 1RJCB 1G7HC 4BAFA 2BQMA 2LZTA 2XJWA 147LA 1B6IA 3W6FA 1L18A 1L47A 1IWWA 3EMLA 3A6CY 3IJUA 2XTHA 3AZ7A 224LA 2NTHA 2YBJA 1LYGA 150LA 3LZTA 1L46A 1GF6A 1LJIA 1BWIA 170LA 5F9UA 119LA 1L72A 1LZ5A 1YAQA 3AGIA 153LA 3BKVA 4XJFA 4TWSA 1IWVA 2X0AA 1C45A 3GUJA 1L27A 3B0KA 4GN3A 1I1ZA 5C6IA 4WO9A 169LA 1YILA 1AKIA 5DM9A 230LA 1L53A 1L39A 1B7NA 1L77A 4BADA 1KY0A 1L95A 3SB8A 4C5FA 1OUJA 1DYEA 1G0QA 2YBIA 1L65A 1OUIA 3F8VA 3OE0A 2CUUA 4ANRA 131LA 1IOCA 1XGTC 1JTTL 3G3XA 1D3NA 1GE4A 1B5WA 1QUOA 233LA 2MEFA 2F47A 1T97A 1H6MA 2LCBA 2EKSC 4DQJA 2Z37A 3HTGA 3TXDA 1L92A 2DQEY 4PK0A 3ATNA 4H1PA 1HEOA 5T3FA 1T8GA 3FI7A 4II8A 4NSHA 4CGEA 3HWLA 1V7TA 4WG1A 155LA 3GUIA 4DD2A 1L67A 3HH5A 207LA 1OWZA 2H9KA 5ILCA 3CT5A 4B4EA 2B6XA 1TEWA 1YAMA 2DQDY 1NDMC 3HTDA 1L96A 2LYMA 2Z2EA 3A94A 3WVYA 5APCA 2HEEA 1LPIA 1QUTA 4G4HA 1UIDA 118LA 159LA 4UWUA 1WQOA 4OOTA 4I7OA 4MCKA 4I7RA 3ZEKA 3NY9A 5B1GA 1P7SA 1L54A 1IP5A 1GFRA 5KKJA 3G3VA 1D0LA 1N4FA 1REZA 3A93A 250LA 2OU0X 108LA 4HV2A 183LA 2IFFY 2F4GA 1L68A 2DQAA 1T6HA 5APFA 1LSPA 4HV1A 2I25L 3MGWA 5KXXA 1L17A 190LA 1PQDA 3WH1A 4NWHA 5I54A 1JKAA 1L70A 2Z2FA 1XEKA 4YEOA 2FYDA 1F6SA 4YXAC 1D9UA 1LJ4A 4W55A 2LYZA 3B0OA 4AXTA 2IGCA 2LYOA 3QE8A 4H90A 2G4QA 1NQIA 145LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWU A;  3A3R X;  1AZF A;  1JKC A;  5IEL A;  4DYG A;  143L A;  1C6I A;  2Z12 A;  1OVK A;  1LHI A;  2DKV A;  254L A;  4NIJ A;  3HTB A;  5D5C A;  1QT3 A;  5KKI A;  2OU8 A;  177L A;  1LI3 A;  5DLA A;  3D9A C;  1L29 A;  5LVH A;  1C6P A;  1BB3 A;  181L A;  3E3D A;  3HT9 A;  1L44 A;  4NG8 A;  247L A;  2ANV A;  1BB6 A;  1JTO L;  4I7K A;  5KXW A;  3CSR A;  3DN2 A;  5KXR A;  2C8O A;  2A7F A;  1QTK A;  1L84 A;  5E4P A;  4IAP A;  4XJD A;  1L51 A;  1HFZ A;  4MR1 A;  1I20 A;  123L A;  1P2R A;  3C7Z A;  5LYZ A;  2RBP A;  4NY5 A;  1QSW A;  4H9A A;  4RW2 A;  3HH3 A;  5LVJ A;  1CU0 A;  1QSB A;  4LYZ A;  2CJL A;  4WL7 A;  4N0J A;  1IR8 A;  2BQC A;  5HQ1 A;  5B05 A;  3B6L A;  1G7L C;  4LT3 A;  1TAY A;  1DXJ A;  1L04 A;  1YIK A;  1YL1 X;  1KS3 A;  4CFO A;  226L A;  1OYU A;  2ZIJ A;  1GFA A;  1L07 A;  1NBZ C;  1C7P A;  218L A;  246L A;  1CJ8 A;  1L31 A;  3WMK A;  1QQY A;  3SB9 A;  113L A;  3DKE X;  1CKF A;  1LZC A;  1UIE A;  2B75 A;  214L A;  2W1L A;  4HP0 A;  1JUG A;  1L40 A;  1ALC A;  1UIC A;  4AQN A;  1P2C C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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