1L09A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGHWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l09A00
2RBPA 1L81A 2O79A 3HTGA 3CDVA 168LA 243LA 1CU3A 2B6XA 3HWLA 1L52A 3C80A 148LE 198LA 1G0LA 1G07A 199LA 1G0KA 182LA 2LC9A 4ARJA 1C6AA 1CV1A 1XJTA 3C7ZA 143LA 1D2YA 1CU2A 1G1VA 4DAJA 4ARLA 1T8GA 1CTWA 1L31A 3G3VA 1LWKA 211LA 112LA 3EMLA 2NTHA 1P2RA 253LA 1L47A 1P5CA 175LA 1L49A 127LA 1XJUA 114LA 2B6TA 1L15A 162LA 3SB8A 1L33A 247LA 1LYHA 3JR6A 1C66A 238LA 191LA 216LA 123LA 1CX6A 2OU0X 1LI3A 1L27A 1L37A 1C6DA 2F47A 1L99A 2RBQA 1T8AA 3PBLA 1L79A 1L43A 1C6BA 1TLAA 2OEAX 4GRVA 1DYCA 1C6HA 131LA 2OU8A 3SBBC 146LA 1DYBA 1L24A 6LZMA 181LA 3HT6A 1P64A 209LA 1L39A 1L55A 3OE6A 1CV0A 173LA 3FA0A 1LW9A 3NY9A 5LZMA 252LA 1L94A 1QUHA 1C6GA 1L62A 3SBAA 4W53A 1L89A 1G06A 130LA 4EPIA 4I7LA 1L50A 1CU0A 188LA 1L91A 1G0MA 2RAYX 1LYEA 1PQMA 1L01A 1L95A 1CV4A 1B6IA 3C7YA 4EKPA 2RBOA 4W57A 161LA 1QTCA 1DYFA 3C7WA 147LA 180LA 1L23A 2L78A 1JTNA 1SX7A 1QTDA 166LA 3SB7A 3C8RA 3HH6A 1PQKA 3F8VA 1L03A 142LA 158LA 1L0KA 1L77A 1KW7A 196LA 261LA 213LA 3C8SA 1LLHA 3HDFA 3L64A 2ANXA 1KW5A 1C63A 259LA 4LDEA 1WTHA 1L84A 190LA 4YXCA 1C6FA 4ARMA 219LA 4EKQA 1L08A 1K28A 1DYDA 1L73A 1CU6A 3F9LA 1DYGA 159LA 174LA 139LA 164LA 1SSYA 1OVKA 240LA 3DN2A 3OE0A 1LWGA 5I14A 1QTHA 110LA 185LA 3C81A 1D3NA 183LA 4PK0A 3OE8A 1D3MA 3HH3A 1LGUA 4ARMB 1D3JA 4EKRA 212LA 2NTGA 256LA 1DYEA 189LA 1D3FA 1P3NA 120LA 4I7RA 195LA 1L14A 1L04A 4EPFA 1L69A 3L2XA 4AQNA 4W56A 3NYAA 1L18A 3OE9A 257LA 1L51A 3SB9A 3SB6A 1QT6A 4W52A 1CV6A 1NHBA 1L28A 210LA 1L96A 118LA 248LA 3NY8A 4OO9A 206LA 225LA 197LA 255LA 1L48A 2LCBA 1QUDA 1JQUA 1L21A 1QSBA 1QS9A 1G0GA 1T8FA 1XEPA 2QARC 3HU9A 4W55A 3DN3A 137LA 152LA 1KY1A 1CX7A 4DKLA 1C61A 1L54A 1OV5A 1C6EA 1G1WA 2B75A 1P2LA 2A4TA 1L42A 4I7KA 1OVJA 3HDEA 1PQOA 2HUMA 1L60A 125LA 246LA 2B73A 4E97A 1L12A 228LA 3ODUA 1L32A 1L87A 128LA 3G3XA 4ZPUA 1L13A 224LA 1OYUA 1C67A 230LA 3G3WA 4K5YA 4EKSA 3V2YA 1P46A 4LZMA 2IGCA 3RUNA 235LA 141LA 3SN6R 1LYGA 1G0JA 3CDTA 4ARPA 2RBRA 172LA 109LA 1CV3A 192LA 3CDQA 1QSQA 145LA 1D9WA 176LA 3HT9A 2OU9A 2F32A 1L90A 1L92A 239LA 1CUQA 1C6PA 260LA 138LA 144LA 1L74A 1L34A 3FI5A 4YXAC 4I7PA 1L59A 1QT5A 200LA 165LA 236LA 1L70A 1L45A 178LA 1QT8A 2RB1X 1QS5A 3DMVA 1LGXA 244LA 170LA 186LA 1QUGA 126LA 2O7AA 1C6NA 2HUKA 2OTYX 1L57A 1L85A 1L29A 1P37A 1L58A 1L02A 241LA 103LA 1P6YA 254LA 1L16A 245LA 1L22A 1L75A 4I7NA 122LA 3HUAA 1L35A 3DMZA 1OV7A 113LA 1L20A 4S0WA 104LA 1LGWA 3LZMA 217LA 220LA 2Z6BA 4W58A 4I7MA 221LA 3GUJA 1L53A 3CDOA 2ANVA 1L09A 2B6ZA 1L82A 1D2WA 237LA 3C83A 1OWZA 1C6QA 1T97A 1C6LA 4YX7C 1KS3A 1C62A 201LA 1OWYA 3DN8A 3DN1A 4EJ4A 1L71A 250LA 4I7QA 1DYAA 1C64A 3GUNA 1C6IA 111LA 2HULA 1LI6A 1LYDA 1L61A 1T6HA 2RBNA 1QT3A 1L17A 1SWZA 231LA 2B6WA 177LA 4EXMA 3GUMA 7LZMA 1C6MA 1L10A 233LA 3C82A 1L05A 1CUPA 1KNIA 3QAKA 1L38A 4LDOA 4I7OA 3GUOA 149LA 1CV5A 1C6JA 218LA 2F2QA 3DN6A 3K2RA 151LA 1JTMA 234LA 163LA 1L11A 1G0PA 184LA 1L00A 1LI2A 1PQJA 229LA 3HTBA 1ZURA 1CU5A 156LA 1P7SA 1ZWNA 4DJHA 1P36A 1L67A 2LZMA 1ZYTA 1C6CA 1EPYA 1LYJA 4PJZA 1L64A 2QB0B 150LA 4W54A 1P56A 1QT4A 1PQIA 3HTDA 1C6KA 3DKEX 1LYFA 119LA 1C6TA 1OVHA 1L80A 3HU8A 4I7SA 1L97A 1L98A 1LYIA 3FADA 215LA 129LA 3GULA 3C8QA 214LA 1L36A 1L83A 2RH1A 3DN4A 167LA 1L26A 232LA 1L30A 160LA 4ARQA 2B70A 2Q9DA 4LDLA 251LA 155LA 1CVKA 1QTVA 2OE7X 3HUQA 1QUOA 1QT7A 242LA 3HTFA 1L56A 4I7JA 1SSWA 3VW7A 169LA 1L06A 4GBRB 4W51A 1L66A 3GUKA 3HH4A 1L72A 249LA 222LA 140LA 1C60A 4ARQB 1L65A 1L76A 3DNAA 205LA 258LA 1L63A 2B72A 223LA 157LA 102LA 115LA 1L68A 1I6SA 1QTBA 2OE4X 1QTZA 227LA 1KY0A 1C69A 1L07A 3GUIA 171LA 1L25A 1L86A 1L40A 1G0QA 187LA 3RZEA 1SWYA 3DMXA 2RBSA 1L19A 1L93A 1L0JA 1LPYA 3HH5A 3HUKA 2OTZX 1L44A 2Q9EA 4W59A 108LA 3D4SA 3UONA 2RAZX 1C68A 262LA 2B7XA 2O4WA 3GUPA 1L88A 226LA 1C65A 2RB2X 1PQDA 2B74A 4IAPA 3SB5A 2RB0X 3HT8A 3HT7A 3PDSA 4I7TA 2CUUA 1L41A 2B6YA 3DN0A 107LA 1L46A 2OE9X 3V2WA 1SX2A 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB5A 2O79A 194LA 168LA 2B6XA 1C45A 1XEKA 3HWLA 1L52A 4HTNA 2HECA 5LAFA 1G0LA 1OUGA 199LA 2LYZA 182LA 4UWVA 2DBTA 1CV1A 1LYZA 5LIOA 4DD7A 8LYZA 4H93A 1G1VA 1TAYA 4ARLA 1T8GA 2BQMA 1CTWA 3TXKA 1LMTA 4NHQA 3A96A 2D6BA 4NSIA 1VFBC 1EQ4A 3EMLA 1NBYC 2NTHA 1YAOA 3A94A 1L47A 1P5CA 2YBNA 3AJNA 1C08C 3W6FA 4ETAA 4XYYA 5KXOA 3P64A 4C3WA 4R0FA 1IWYA 1LI3A 1L37A 3ULRA 1L99A 1T8AA 1L79A 1XGPC 1RE2A 1L43A 1LZTA 2OEAX 4GRVA 5APDA 1CNSA 146LA 181LA 3WYHA 1B5UA 3OE6A 2HEFA 3AW6A 1GFVA 1JPOA 2XJWA 4H92A 2XQOA 3AZ7A 4WM2A 4LFPA 4I7LA 1L50A 1REZA 3HBDA 5KXXA 1L91A 3WPLA 1IC4Y 1L01A 3G3BB 2XBSA 1L95A 1REXA 1FLUA 4W57A 2YBHA 4TSCA 4DDBA 1MELL 2G4QA 1FBIX 4MSTA 5KXNA 1LHMA 1L03A 2ZILA 1LSAA 1OP9B 1KW7A 2ZNXY 5KXWA 4A7DA 3C8SA 2ANXA 4Z3MA 1YAMA 2MEGA 1WTHA 1L84A 5KKIA 4ARMA 219LA 2HEBA 4HP0A 1D0KA 4FDYA 4WM3A 1XGTC 5I4XA 3RT5X 3TXBA 110LA 3C81A 1D3NA 3MGWA 1RCMA 1LGUA 1LYOA 4ARMB 4H8YA 256LA 1DYEA 189LA 1IR7A 3WUAA 1JTOL 1LSBA 1B5VA 1GE0A 2ZIJA 2ZWBA 1IWVA 3SB9A 4XJIA 5F14A 1NHBA 210LA 118LA 3AB6A 4QDNA 4CJ2A 1LZ9A 5KY1A 225LA 1IWWA 1QUDA 1T3PA 2GV0A 4W55A 3HU9A 1JISA 1HHLA 152LA 3WXTA 1LSMA 4H90A 3WU8A 1DZBX 3LYOA 1BB7A 1PQOA 1CKGA 1GE2A 1GEZA 1J1XY 125LA 246LA 3K3TA 2B73A 1NKHA 1HEWA 3GXKA 228LA 1A4VA 4ZPUA 4LYCA 1UIFA 5B59A 230LA 4K5YA 4EKSA 1LJEA 5I5QA 3V2YA 4LZMA 4NHTA 3RUNA 5AMYA 5B1GA 1LSZA 4CGEA 3TXJA 1I20A 1H87A 4ZEEA 172LA 1QSQA 3HT9A 1CJ7A 1B7RA 5C6LA 1LJJA 1L92A 1IWXA 239LA 4KXIA 1CUQA 2BQLA 1C6PA 260LA 1DQJC 200LA 4OWHA 2F2NA 5LVKA 1LGXA 4RLNA 170LA 4XJBA 3A6BY 126LA 1KXYA 1HNLA 4B4EA 2XBRA 1LJHA 1F6RA 4I7NA 122LA 3HUAA 4ET9A 5I54A 4I7MA 3CDOA 2B6ZA 5KXMA 5LVIA 1OWZA 1C6QA 5J7CA 5IDDA 1C6LA 4YX7C 1C62A 1HSXA 2Z19A 2I6ZA 5DM9A 1UC0A 2LZ2A 4EXMA 7LZMA 1C6MA 1L10A 1CUPA 1KNIA 3QAKA 4I7OA 1IP6A 3FI7A 5FHWA 2F2QA 3K2RA 151LA 1W08A 4DQJA 163LA 1L11A 1L00A 1JSFA 1LZRA 1PQJA 3HTBA 4HPEA 4NSJA 3A92A 1CU5A 2LZMA 1ZYTA 2ZYCA 1DKKA 4NFVA 1LYJA 2QB0B 2W1YA 4H91A 1LZYA 1NF5A 1KIPC 9LYZA 2BLYA 1LYFA 1BB4A 4B4JA 1C6TA 3HU8A 3P65A 2G4PA 2AUBA 5B05A 1IORA 2MEEA 215LA 4C5FA 1XSFA 2RH1A 3DN4A 4ZFPA 1B5WA 4WLTA 160LA 4ARQA 1BQLY 3FE0A 2EKSC 4NWHA 155LA 2HEEA 2N5ZA 5FDJA 1LHHA 1JUGA 3TXDA 1GWDA 4LYBA 1G7MC 3GUKA 3HH4A 1L72A 1WQNA 1C60A 5E9RA 4ARQB 2PC2A 258LA 4G4CA 1B5XA 1D6PA 223LA 4DDAA 157LA 1LZBA 4OWCA 1XEIA 2MEDA 1UBZA 2D4JA 1LSEA 207LA 1C69A 1L07A 3GUIA 4CHXA 3ZEKA 3B0KA 4QGZA 1L40A 3LHMA 4G9SA 2I26L 1L19A 1L0JA 2Q9EA 1OUHA 4W59A 4NSGA 108LA 1LAAA 2B7XA 1V7SA 3PDSA 3HT7A 1IWTA 1L41A 5APEA 3DN0A 1L46A 2OE9X 1GB6A 2RBPA 3HTGA 4WM6A 2MECA 3EXDA 1B9OA 2LC9A 1B2KA 2DQAA 2MEBA 3IJVA 1B7NA 2IHLA 4J0LA 1VDQA 1B5ZA 1OUCA 3ZVQA 5B07A 4NWEA 1L31A 1N4FA 4GCFA 4TTDA 3LZ2A 4GLVA 3G3VA 4D9ZA 4B1AA 2EIZC 112LA 3AGHA 1GBWA 133LA 4G49A 4R6CA 1XGUC 1L49A 1XJUA 2YBJA 3N9AA 2B6TA 1L15A 1Z55A 1L33A 3ZVQB 1GF7A 1LYHA 3JR6A 4B4IA 5KXZA 191LA 208LA 123LA 1LKRA 4N1EI 3QE8A 1C6DA 5HNLA 2HU3A 3PBLA 3TMVA 1C6HA 1QIOA 131LA 1IP5A 1LZAA 2Z12A 154LA 1DYBA 6LZMA 1GF6A 4GN5C 4DD3A 1CKHA 1HFXA 5LYMA 1L55A 3TMXA 1CV0A 173LA 5HLLA 1LW9A 1QUTA 5LZMA 4PPOA 1L94A 3CSZA 2BQEA 1L62A 3SBAA 1OUFA 1L89A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB5 A;  2O79 A;  194L A;  168L A;  2B6X A;  1C45 A;  1XEK A;  3HWL A;  1L52 A;  4HTN A;  2HEC A;  5LAF A;  1G0L A;  1OUG A;  199L A;  2LYZ A;  182L A;  4UWV A;  2DBT A;  1CV1 A;  1LYZ A;  5LIO A;  4DD7 A;  8LYZ A;  4H93 A;  1G1V A;  1TAY A;  4ARL A;  1T8G A;  2BQM A;  1CTW A;  3TXK A;  1LMT A;  4NHQ A;  3A96 A;  2D6B A;  4NSI A;  1VFB C;  1EQ4 A;  3EML A;  1NBY C;  2NTH A;  1YAO A;  3A94 A;  1L47 A;  1P5C A;  2YBN A;  3AJN A;  1C08 C;  3W6F A;  4ETA A;  4XYY A;  5KXO A;  3P64 A;  4C3W A;  4R0F A;  1IWY A;  1LI3 A;  1L37 A;  3ULR A;  1L99 A;  1T8A A;  1L79 A;  1XGP C;  1RE2 A;  1L43 A;  1LZT A;  2OEA X;  4GRV A;  5APD A;  1CNS A;  146L A;  181L A;  3WYH A;  1B5U A;  3OE6 A;  2HEF A;  3AW6 A;  1GFV A;  1JPO A;  2XJW A;  4H92 A;  2XQO A;  3AZ7 A;  4WM2 A;  4LFP A;  4I7L A;  1L50 A;  1REZ A;  3HBD A;  5KXX A;  1L91 A;  3WPL A;  1IC4 Y;  1L01 A;  3G3B B;  2XBS A;  1L95 A;  1REX A;  1FLU A;  4W57 A;  2YBH A;  4TSC A;  4DDB A;  1MEL L;  2G4Q A;  1FBI X;  4MST A;  5KXN A;  1LHM A;  1L03 A;  2ZIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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