1L09A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGHWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l09A00
1LGXA 4LZMA 3VW7A 4ARLA 1LWGA 165LA 4YXAC 3HT8A 3HH5A 1PQOA 1QS5A 1C6IA 1L92A 1L87A 1SSWA 1L03A 1L68A 1G0QA 3PBLA 4PJZA 2HUMA 3NY9A 2RB2X 1L83A 1CU2A 1QTHA 3V2WA 4W58A 1L63A 3OE0A 4YXCA 1D2WA 3PDSA 188LA 130LA 1C6GA 4I7KA 1L61A 180LA 2OEAX 3DNAA 2Q9DA 1L24A 3OE8A 125LA 186LA 1L62A 2HUKA 174LA 1G0PA 1TLAA 1L88A 3GUMA 219LA 7LZMA 1G0JA 3HH4A 162LA 164LA 1D3NA 3SB6A 1L44A 3C83A 1P2LA 1L66A 232LA 104LA 185LA 216LA 102LA 251LA 2L78A 1L34A 1LW9A 1L75A 1CV1A 254LA 252LA 1XJTA 1L71A 3HTBA 1P37A 166LA 3FA0A 1L74A 4W52A 3F9LA 1CUQA 1QS9A 1L25A 1SX7A 1L99A 112LA 1C6PA 2OU9A 1C61A 1P56A 1D3FA 209LA 146LA 1DYAA 223LA 3K2RA 128LA 195LA 3DN0A 1C6TA 129LA 1JQUA 1C6EA 1C6HA 1CU5A 4I7JA 4EJ4A 1L27A 1L39A 4ARJA 2HULA 3DN4A 3DMZA 222LA 221LA 1D9WA 1LYDA 2O7AA 261LA 3CDTA 1L84A 1LLHA 3HUKA 1L04A 109LA 157LA 2RBPA 1C69A 1SSYA 201LA 235LA 4W56A 1QTBA 1CV5A 138LA 1QUGA 1L29A 163LA 161LA 1QUOA 2ANVA 176LA 1LWKA 1OWYA 250LA 1P2RA 2Z6BA 1T8FA 1CX6A 118LA 3G3VA 4EPFA 1PQIA 4W51A 220LA 1L89A 145LA 3RZEA 1T8AA 1C67A 3UONA 210LA 167LA 1P64A 245LA 4I7QA 1KW7A 4LDEA 122LA 178LA 2A4TA 1QSBA 127LA 1DYDA 236LA 156LA 1L97A 1T97A 1C6KA 253LA 226LA 4I7OA 1L00A 1D3MA 1L12A 1L20A 1QT8A 1L40A 1D3JA 1L82A 144LA 1CX7A 1NHBA 1KNIA 4W59A 4GBRB 110LA 1EPYA 1L33A 142LA 228LA 1PQJA 3FI5A 214LA 1CV0A 2RBNA 1P7SA 1ZURA 2B75A 3EMLA 4EKRA 249LA 3C82A 4I7RA 230LA 3RUNA 3HT9A 1D2YA 1KS3A 1L09A 1L49A 1L91A 1G1WA 3CDOA 187LA 212LA 147LA 1QTVA 1PQMA 206LA 1SWYA 3C8SA 173LA 1C62A 6LZMA 1L14A 1L35A 3D4SA 2RH1A 1K28A 171LA 259LA 1PQDA 1KY1A 141LA 2F32A 3V2YA 1L0JA 1L94A 3FADA 1KW5A 1L90A 4ZPUA 2LZMA 3DKEX 1P3NA 1LI3A 4AQNA 1L17A 1L85A 1JTMA 1QT4A 3LZMA 1L28A 1L47A 2B6WA 4I7SA 224LA 1PQKA 3C7YA 181LA 4DAJA 1QT7A 1G1VA 3GUNA 1C6MA 1OV7A 1C6CA 1L10A 103LA 3C8QA 4ARMB 1C60A 1C6JA 184LA 1L72A 237LA 1ZWNA 260LA 113LA 4DKLA 4DJHA 2B6YA 243LA 4GRVA 200LA 2NTGA 3C7ZA 1L76A 3G3WA 148LE 168LA 257LA 1C65A 150LA 1L52A 1L86A 3L2XA 1L56A 3L64A 3DMXA 1I6SA 239LA 3OE9A 1L59A 1L64A 1LYIA 4S0WA 211LA 2B6XA 4YX7C 3SB7A 155LA 3CDVA 3HH3A 1L53A 1L08A 1L07A 4EKSA 1QUHA 2OE9X 1CV4A 1C6BA 1C6NA 1LI6A 2RAZX 4I7MA 1DYBA 3C80A 159LA 1LGWA 242LA 111LA 2O79A 2LC9A 4EPIA 1L48A 1G0KA 1L32A 1WTHA 3HU9A 4ARQB 262LA 1L06A 227LA 4ARPA 3SBAA 2ANXA 1L31A 2RB0X 1LYEA 4I7TA 1OVKA 189LA 215LA 1L98A 2B70A 3GUOA 4W57A 1L55A 1L18A 119LA 160LA 1L01A 3SB9A 205LA 2B6ZA 123LA 1XJUA 2RBQA 1OVJA 3GUKA 5I14A 1L46A 1C6DA 1L22A 108LA 1C64A 198LA 3HTDA 2Q9EA 1QUDA 131LA 4LDOA 4EKQA 1C6AA 3NYAA 107LA 1L43A 1QT3A 1QTZA 1XEPA 1L54A 1L21A 1CVKA 1L42A 2RBRA 1OWZA 1DYCA 1QT6A 3G3XA 1L41A 2B6TA 4PK0A 2OE4X 2RBOA 3HU8A 1C68A 1LYFA 1SX2A 1C66A 3HH6A 248LA 1L0KA 2OU8A 1T8GA 1QTCA 191LA 120LA 3JR6A 2IGCA 172LA 1G07A 3HT6A 1G0GA 4ARMA 4E97A 1DYGA 3HTGA 3HDFA 1L37A 1C63A 140LA 1L81A 1KY0A 4EXMA 256LA 175LA 4OO9A 258LA 192LA 183LA 1CU0A 1C6QA 1LPYA 1G06A 244LA 3CDQA 1P46A 1L38A 1L69A 3HUQA 3DMVA 238LA 2QARC 1P6YA 151LA 213LA 2OTYX 3DN8A 2LCBA 2CUUA 3HTFA 139LA 1QTDA 3C81A 3HT7A 3OE6A 3HWLA 1CTWA 2RBSA 143LA 1CU3A 2QB0B 3DN3A 182LA 1L36A 3C8RA 3QAKA 1L80A 1L96A 4LDLA 3SN6R 233LA 1L02A 2F2QA 4IAPA 1C6FA 2F47A 1LYJA 1CV3A 2B72A 3F8VA 199LA 1LYGA 4ARQA 255LA 3ODUA 1CU6A 169LA 1SWZA 234LA 1L23A 2OU0X 170LA 152LA 2B74A 3C7WA 137LA 1L51A 1L16A 1L77A 1QT5A 3CDRA 196LA 4K5YA 3SBBC 1L13A 3GULA 177LA 4W54A 218LA 115LA 1CUPA 229LA 3NY8A 1L50A 1L95A 2O4WA 1P5CA 3SB5A 1L58A 246LA 4W55A 2NTHA 4I7NA 1P36A 1ZYTA 1LGUA 3GUPA 1L67A 4W53A 197LA 1QSQA 1L26A 3GUIA 5LZMA 3HUAA 1OVHA 1LYHA 1G0LA 3SB8A 1L15A 247LA 114LA 240LA 4EKPA 1L30A 1DYFA 1L57A 3DN6A 3HDEA 241LA 1L11A 1C6LA 2OE7X 1OYUA 3GUJA 1L73A 217LA 2B73A 1L70A 1OV5A 1L93A 1LI2A 1T6HA 1L65A 149LA 3DN1A 2RAYX 1CV6A 190LA 1JTNA 1G0MA 2OTZX 1L60A 4I7LA 126LA 1L79A 225LA 2B7XA 1L05A 158LA 3DN2A 231LA 1L45A 4I7PA 2RB1X 1DYEA 1B6IA 1L19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LGXA 3A96A 4LZMA 4H9HA 1C6IA 1L68A 3WMKA 1LYZA 3TMVA 5KXRA 2RB2X 1L83A 3V2WA 1BGIA 2C8OA 1MELL 4B4IA 154LA 4KXIA 130LA 4QY9A 2OEAX 3G3BB 1H87A 4NGOA 5J7CA 125LA 2HUKA 1GF6A 174LA 1B7QA 4OW1A 164LA 1P2LA 1L66A 1HEQA 2L78A 5HLLA 4TWSA 4NGYA 1CV1A 254LA 1TAYA 1XJTA 5IHGA 1L71A 1GAZA 3FA0A 5KXXA 1GFKA 1CUQA 3B0KA 1JTPL 4DD2A 1YKZX 2OU9A 4QGZA 3EO5A 4CFOA 1DYAA 1FKQA 4R0FA 5I4YA 3CT5A 1VFBC 4LYMA 1L27A 4LZTA 2HULA 4BS7A 3W3EA 1D9WA 2O7AA 3CDTA 1LYSA 1L04A 5T3FA 4ET9A 1GB9A 3A91A 1QIOA 4NHQA 4CFPA 5LAFA 1OUHA 1SSYA 3TXEA 4J1BA 2MEDA 4PRQA 1REZA 163LA 161LA 5LVIA 2ANVA 1YIKA 1OWYA 2MEFA 4CJ2A 1QSWA 5DM9A 1B5VA 2BQEA 4WM4A 4BAFA 4RDSA 4OWCA 5FEKA 4OWEA 3UONA 3AW7A 1ZVHL 1QTKA 1LZBA 4LDEA 122LA 1DYDA 1T97A 253LA 2MEAA 1AKIA 1LSMA 3WXUA 4NGLA 4UWNA 3P65A 3A93A 1NHBA 1C46A 2DBTA 4YEOA 132LA 1QQYA 1SQ2L 214LA 4H92A 5DN4A 2G4NA 2B75A 2D4KA 1LJ3A 3C82A 3RUNA 1LHKA 1D2YA 1YAPA 4GCFA 4P2EA 5KXMA 5KXSA 1L14A 1K28A 3P4ZA 2Z12A 4NY5A 5LYTA 1KY1A 2F30A 2XQOA 1FN5A 2LZMA 3RZ4A 3DKEX 5I5QA 1P3NA 1JJ3A 3B72A 4AQNA 4QDNA 1L85A 1JTMA 5LYMA 1L28A 4HTQA 4NGWA 1LZ8A 1PQKA 4G4CA 4OWHA 2LYOA 1OV7A 1ZV5L 1YAMA 1C6CA 103LA 4ARMB 1SLYA 1DKKA 1N4FA 2D4JA 1C60A 184LA 237LA 113LA 4DJHA 2BPUA 1OUDA 2DKVA 1IP3A 2ZYCA 5DL9A 1HEWA 2BLXA 1BB3A 1C65A 1L86A 2MEIA 2YVBA 3DMXA 1GFEA 1I6SA 3OE9A 1L64A 3WPLA 1YAQA 1OUCA 1F10A 3SB7A 155LA 3CDVA 3W6AA 1YL0X 3W6EA 2OE9X 1IP4A 4I7MA 1IY3A 3C80A 159LA 1LGWA 1LAAA 4ETAA 1YKYX 1G0KA 3LYOA 1WTHA 4XJIA 1HELA 4ARQB 1GF0A 1H6MA 1GFGA 3SBAA 1L31A 2XJWA 1ZMYL 1ZVYB 2H5ZA 4I7TA 4XENA 1QUTA 5APFA 205LA 2B6ZA 3GUKA 9LYZA 1GAYA 5KXZA 1C64A 131LA 1JWRA 4LDOA 1GDXA 1C6AA 1B7OA 1QTZA 3WVXA 1LHMA 1LMNA 1JSEA 2B5ZA 1OWZA 3AGGG 2YSSC 3TXKA 2B6TA 4XJBA 2OE4X 2ZILA 1C68A 5LA5A 1UACY 1IC4Y 4UWVA 3JR6A 172LA 5B05A 1G0GA 1GF8A 1DYGA 2FBDA 1F6RA 3ZVQA 1OUFA 3CB7A 1UIDA 3ATNA 4XJGA 1RCMA 1LSBA 1C6QA 1XGRC 1RI8B 5JENB 1B7SA 1GHLA 1L69A 1C43A 2DQHY 3HUQA 4GCDA 3DN8A 1NMMA 139LA 1QTDA 1HSWA 2RBSA 2D91A 4Z3MA 4EOFA 1CU3A 2QB0B 3AZ7A 3C8RA 1L80A 1PS5A 233LA 1IOTA 1C6FA 1C08C 2B72A 2HUBA 2BQFA 4WLTA 3QNGA 3WULA 5KY1A 199LA 4RW2A 2BQHA 1QSAA 2MECA 5LVHA 169LA 1CJ9A 4PRUA 4BAPA 3AYQA 5APCA 2Z2FA 1CJ8A 2B74A 3C7WA 1L51A 1IR7A 1LHLA 4LYTA 5C6JA 3HBDA 4NHPA 1L16A 1L77A 1QT5A 4K5YA 1L13A 1NBYC 177LA 4OWBA 1LZ9A 218LA 115LA 3MGWA 4NWHA 2EQLA 3D9AC 3NY8A 1L50A 1IP6A 2NWDX 1IWZA 1YAOA 4J1AA 1IC7Y 1QSQA 1UBZA 2LZTA 1L26A 3GUIA 1CKDA 3HUAA 1OVHA 1LYHA 3SB8A 4H93A 4ETCA 4EKPA 3AZ4A 2Z18A 4NGKA 4HV2A 3HDEA 1NQIA 1C6LA 1LSPA 1LPIA 3TXIA 1LJHA 4YOPA 1YKXX 1L70A 2W1MA 3IJVA 1NBZC 3DN1A 1CV6A 1C7PA 1RFPA 2LHMA 1FLYA 1RE2A 4XN6A 231LA 2RB1X 3RNXA 1L19A 1IWWA 1LZSA 1LWGA 4YXAC 3HT8A 1XGTC 2RSCA 2MEEA 5L9JA 1G0QA 3PBLA 4I8SA 1CU2A 4AXTA 3OE0A 1IOQA 3TMUA 1D2WA 1C6GA 4I7KA 3P64A 4GLAA 2EIZC 2YBMA 6LYTA 1L24A 3B0IA 186LA 1TLAA 4G9SA 135LA 2BQLA 1G0JA 3HH4A 5KXPA 162LA 3F6ZA 1D3NA 1L44A 1B5UA 3KAMA 4WO6A 1NHEA 1L34A 1LW9A 1UUZC 1DXJA 2BQCA 3W6CA 166LA 4W52A 2PC2A 1LMTA 1L25A 1L99A 112LA 1LYOA 3W6DA 3CQLA 2DQEY 1HFYA 1D3FA 209LA 4PJ2C 2F4GA 1LZRA 128LA 195LA 2ZNWY 1C6TA 1C6EA 5F14A 3WU8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LGX A;  3A96 A;  4LZM A;  4H9H A;  1C6I A;  1L68 A;  3WMK A;  1LYZ A;  3TMV A;  5KXR A;  2RB2 X;  1L83 A;  3V2W A;  1BGI A;  2C8O A;  1MEL L;  4B4I A;  154L A;  4KXI A;  130L A;  4QY9 A;  2OEA X;  3G3B B;  1H87 A;  4NGO A;  5J7C A;  125L A;  2HUK A;  1GF6 A;  174L A;  1B7Q A;  4OW1 A;  164L A;  1P2L A;  1L66 A;  1HEQ A;  2L78 A;  5HLL A;  4TWS A;  4NGY A;  1CV1 A;  254L A;  1TAY A;  1XJT A;  5IHG A;  1L71 A;  1GAZ A;  3FA0 A;  5KXX A;  1GFK A;  1CUQ A;  3B0K A;  1JTP L;  4DD2 A;  1YKZ X;  2OU9 A;  4QGZ A;  3EO5 A;  4CFO A;  1DYA A;  1FKQ A;  4R0F A;  5I4Y A;  3CT5 A;  1VFB C;  4LYM A;  1L27 A;  4LZT A;  2HUL A;  4BS7 A;  3W3E A;  1D9W A;  2O7A A;  3CDT A;  1LYS A;  1L04 A;  5T3F A;  4ET9 A;  1GB9 A;  3A91 A;  1QIO A;  4NHQ A;  4CFP A;  5LAF A;  1OUH A;  1SSY A;  3TXE A;  4J1B A;  2MED A;  4PRQ A;  1REZ A;  163L A;  161L A;  5LVI A;  2ANV A;  1YIK A;  1OWY A;  2MEF A;  4CJ2 A;  1QSW A;  5DM9 A;  1B5V A;  2BQE A;  4WM4 A;  4BAF A;  4RDS A;  4OWC A;  5FEK A;  4OWE A;  3UON A;  3AW7 A;  1ZVH L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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