1L0KA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l0kA00
4E97A 1CU2A 3D4SA 192LA 200LA 1T6HA 120LA 1C6KA 1PQDA 2LC9A 3DNAA 4W59A 4ARPA 1L96A 3RUNA 3DN8A 1QT7A 1QSQA 1LYEA 183LA 1OVHA 252LA 2O4WA 157LA 112LA 3DN3A 1LYFA 1L48A 1SWZA 1C6MA 1L10A 1QTBA 1L21A 3F8VA 4W52A 1LPYA 129LA 251LA 1CV1A 1L42A 3CDOA 161LA 3SB7A 1LYIA 1QUHA 1C66A 2QARC 108LA 1L49A 2RBNA 4ZPUA 186LA 2RAYX 1QTHA 3HUQA 1XJUA 2B6WA 2B6TA 125LA 241LA 1QTDA 1D2YA 3HT7A 1D9WA 141LA 1L04A 181LA 1T97A 3C7WA 4EKRA 3HH3A 1CUPA 1QT6A 1CV0A 4I7QA 1LGXA 1L86A 1ZURA 1CU3A 1CUQA 137LA 1L46A 1OYUA 4GRVA 2Q9DA 1XEPA 1C6IA 4W57A 2CUUA 1L20A 1L76A 1C6LA 1WTHA 256LA 1CV6A 234LA 1L38A 3DN0A 180LA 1D3NA 4ARJA 228LA 1D3MA 3OE0A 1L33A 1L68A 1C6JA 2RB2X 1SX7A 3V2WA 3CDVA 164LA 1QT4A 1CV5A 2HUKA 4I7TA 248LA 3C8QA 169LA 111LA 4ARMB 229LA 184LA 1CVKA 3GUJA 3HDEA 1L70A 206LA 1LYGA 3ODUA 1L00A 1L77A 159LA 4ARLA 1L93A 3DN1A 1DYBA 1QT5A 215LA 4AQNA 1L03A 1L51A 4I7LA 226LA 3DKEX 212LA 1LYDA 219LA 3HTGA 214LA 2QB0B 2B75A 2OU8A 177LA 1C6GA 4IAPA 3C83A 3FADA 195LA 1CU6A 152LA 1L64A 1EPYA 2HULA 1DYCA 4I7SA 3HWLA 1L43A 3HTDA 3C81A 1C6QA 4EXMA 1G0JA 4I7NA 4W55A 1QUGA 1P37A 4W58A 1L23A 1L17A 109LA 1L67A 131LA 1JQUA 1DYFA 1C65A 2OTZX 2A4TA 1C6FA 3OE9A 1L12A 7LZMA 3PDSA 4W56A 2Q9EA 4DKLA 1L30A 243LA 3GUPA 3HU8A 1C6CA 1G0QA 2LCBA 261LA 5I14A 2ANXA 1C6AA 1CV3A 1L34A 3PBLA 1G1VA 1L18A 1C61A 236LA 1L84A 2HUMA 2B7XA 232LA 1P56A 211LA 171LA 1L71A 1QT8A 4EKPA 3HT8A 174LA 3DN6A 2OU0X 2RB0X 3CDTA 4EKQA 4YX7C 1L66A 1L50A 1L27A 2B74A 2B6ZA 4OO9A 3C80A 4K5YA 160LA 4W53A 223LA 1C6HA 1PQJA 3GUKA 2ANVA 1KS3A 2F2QA 1CX6A 1C6TA 110LA 1KY0A 257LA 176LA 1C6DA 1LYJA 107LA 1B6IA 1PQKA 3HDFA 1L99A 170LA 1SSYA 3HTBA 1D3FA 4LDOA 1PQOA 1L28A 224LA 247LA 167LA 1L92A 2B73A 2OE9X 198LA 1C6BA 1P64A 4ARQB 190LA 1QUOA 2RAZX 158LA 1T8GA 1G1WA 1I6SA 1G06A 1C6PA 3QAKA 2B6XA 4ARMA 1L44A 213LA 246LA 1LW9A 168LA 250LA 1P5CA 1L37A 166LA 1G0MA 1JTMA 143LA 4GBRB 217LA 140LA 178LA 4EJ4A 1SX2A 1SSWA 145LA 1L0JA 1L81A 3DMVA 175LA 2RBQA 1LGWA 2RB1X 1CU5A 2Z6BA 3SB9A 1KW5A 4I7OA 3C82A 1G0KA 2OU9A 1L54A 2OE7X 242LA 155LA 1LLHA 1CU0A 1L56A 172LA 4I7RA 1ZWNA 3LZMA 1L89A 2NTGA 1L05A 147LA 1G07A 1L69A 4LDEA 3HH5A 3DMZA 2RBSA 4W51A 253LA 199LA 1L83A 102LA 238LA 3NYAA 3RZEA 1LI3A 1OVKA 1L63A 4DJHA 4EKSA 1L73A 1L29A 127LA 210LA 1L39A 1L72A 2B70A 1QT3A 1L16A 1QUDA 1P7SA 2RBRA 3HH4A 3VW7A 1C60A 2OEAX 1ZYTA 1C69A 245LA 1CV4A 1C62A 3HUAA 1L90A 187LA 1P6YA 1G0LA 3CDQA 249LA 4W54A 3GUMA 1L47A 3NY9A 1LYHA 4EPFA 1TLAA 1L88A 1LI6A 258LA 4I7PA 1KNIA 4I7MA 231LA 1DYGA 188LA 1LI2A 1L01A 3G3VA 165LA 1L22A 259LA 3K2RA 1L85A 3GULA 4LDLA 3SN6R 1L09A 254LA 3GUOA 3JR6A 1L45A 3HU9A 1QS9A 2RBOA 3CDRA 114LA 1KW7A 185LA 3OE6A 1L26A 1L25A 1L11A 191LA 104LA 3SBBC 1L14A 3HT6A 225LA 2IGCA 3SB5A 4ARQA 4I7KA 4PJZA 3FA0A 201LA 1NHBA 3F9LA 255LA 4I7JA 163LA 1L53A 1L31A 1QS5A 2F32A 2NTHA 3L2XA 4PK0A 119LA 1OVJA 227LA 262LA 1CTWA 3V2YA 197LA 123LA 209LA 1QTCA 1L58A 239LA 1L87A 1CX7A 2OE4X 1P2LA 2RH1A 1L97A 1L0KA 3OE8A 235LA 1L36A 1L52A 1L60A 1L61A 221LA 142LA 1D2WA 3SB6A 1KY1A 4YXCA 3C8RA 1P3NA 1C67A 182LA 3HT9A 1C6NA 1G0GA 233LA 1JTNA 1LGUA 4DAJA 1L08A 4S0WA 3DN2A 1LWKA 146LA 3HTFA 126LA 3NY8A 1C68A 3HH6A 1P36A 1QTVA 1L24A 240LA 1L91A 196LA 2LZMA 3C7YA 3UONA 205LA 1OV5A 122LA 3DMXA 1L80A 162LA 1L98A 1L75A 1PQIA 1L82A 2B72A 2B6YA 1L62A 128LA 1L59A 1L32A 222LA 3EMLA 244LA 1L19A 5LZMA 1DYDA 1D3JA 260LA 130LA 189LA 1L07A 103LA 216LA 1DYEA 1OWYA 3DN4A 3SB8A 1L13A 150LA 1L79A 2O7AA 6LZMA 237LA 4LZMA 1L94A 2L78A 1L15A 1OWZA 3C8SA 138LA 1L95A 1C6EA 4EPIA 149LA 1QSBA 1L06A 3HUKA 2F47A 4YXAC 1L35A 220LA 1C63A 3SBAA 1OV7A 1P2RA 1LWGA 2O79A 1L65A 139LA 1L40A 1G0PA 3G3XA 1XJTA 1L41A 230LA 2RBPA 118LA 151LA 1DYAA 1T8FA 1L02A 1P46A 3GUNA 3FI5A 1T8AA 1K28A 1L74A 1L55A 148LE 218LA 113LA 1PQMA 1QTZA 1SWYA 144LA 173LA 1C64A 3C7ZA 3G3WA 3L64A 2OTYX 156LA 3GUIA 115LA 1L57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E97A 1CU2A 3D4SA 1BB3A 1XEKA 2HTXA 1PQDA 4W59A 3RUNA 4DD0A 4U3XB 1UUZC 252LA 2O4WA 1JIYA 3TMUA 4A7DA 5DM9A 1C43A 1L48A 1JTOL 1KIQC 1IY3A 4BAFA 1AKIA 1LSFA 4HTKA 1NDGC 1LPYA 4LFPA 3CDOA 1C66A 2EPEA 4N8ZA 1L49A 4ZPUA 4KL7A 4XJHA 2CWIA 3HUQA 4LT0A 125LA 241LA 2MEIA 3SP3A 2MEEA 1LSBA 3D3DA 3HBHA 2XQOA 3C7WA 2B5ZA 4EKRA 4WG7A 3G3AB 1CUPA 4DT3A 5D5CA 3WPLA 4WLYA 1GBWA 1QUSA 1D6PA 4NG1A 256LA 5APEA 3WW5A 5B1GA 4ARJA 5F14A 1L68A 1LHMA 2RB2X 2C8OA 3CDVA 4DDBA 1XGPC 2HUKA 4I7TA 169LA 1LJKA 2FBBA 1QTKA 1CVKA 1L70A 206LA 1IP7A 1J1XY 2YBLA 4GLAA 4I7LA 1Z55A 3HTGA 1RE2A 2BPUA 2ZYCA 4DD2A 177LA 4WO9A 1QUTA 1LAAA 3C83A 152LA 4BADA 1GFAA 1EQEA 1L43A 1JISA 3HTDA 3C81A 1LZGA 1YL0X 1UIHA 4HJVA 4EXMA 5KJ9A 3EXDA 4RLMA 1L23A 1L17A 5FELA 1LTMA 4B49A 1JITA 3TMXA 4DKLA 3WUMA 3ULRA 3GUPA 1C6CA 4ZIXA 4MSTA 3PBLA 1G1VA 5F16A 1REXA 2N5ZA 2HUMA 4DQ7A 1WTMA 1T6VL 232LA 1CJ6A 1IOTA 1BB5A 4P2EA 1ZV5L 1VDSA 1F6SA 2RB0X 1ZMYL 1IP1A 1GE1A 5I53A 1L50A 2B74A 4H94A 160LA 2YSSC 1PQJA 3GUKA 2LZTA 5KXYA 5KXKA 1KXWA 1KY0A 4W94A 1LYJA 5F81A 1HEOA 5I5QA 1OP9B 4J0LA 1L99A 1IWYA 4BS7A 4GN5C 1D3FA 1LJNA 1BVXA 1OUGA 1EQ4A 2H9KA 1C6BA 1LJJA 4ARQB 1B5WA 1I6SA 1LZEA 1OUDA 1C6PA 3QAKA 4M4OA 1L44A 246LA 1IP6A 4HTQA 166LA 4ETAA 4PRQA 1SSWA 1L0JA 3A8ZA 4H8ZA 1LGWA 2Z6BA 3GXRA 4R6CA 4DDCA 3W6FA 4WLXA 2BQLA 1G7HC 1L54A 5D5FA 1LZNA 4H92A 155LA 1CU0A 1LMCA 2NTGA 147LA 2XJWA 5L3HA 2Z19A 4H8XA 4XYYA 2RBSA 3A93A 4TX7A 3RZEA 1B0DA 4EKSA 5C6LA 5APFA 1LSEA 1L39A 2BQBA 1QT3A 4ETEA 3TXEA 4ETDA 5LVJA 5LVHA 1ZYTA 3LYMA 245LA 1C62A 4ZEEA 1G0LA 1IR9A 1LZ5A 4W54A 2H5ZA 1GDWA 1VFBC 1GAYA 1BWJA 1LYHA 4EPFA 258LA 3TXIA 1DYGA 1LJGA 259LA 3K2RA 3GULA 1UACY 3GUOA 1L45A 5KKJA 3B0IA 114LA 1L26A 1JTTL 1L11A 4CGEA 3B6LA 1L14A 225LA 3F9LA 3WXTA 3WU8A 2F32A 1TCYA 4PK0A 119LA 1GFRA 3KAMA 5LVGA 4TTDA 4WM4A 4NGJA 2BQNA 2W1MA 2BQAA 1L97A 4TSBA 235LA 1L60A 3W6EA 1XGTC 1JPOA 1UICA 4H9CA 4W96A 1GB7A 3ATOA 1G0GA 3DN2A 5FCPA 1AT6A 1B7OA 1C68A 2MEFA 240LA 1QTVA 3WUNA 2RSCA 122LA 5I4WA 162LA 2B72A 1L62A 2H9JA 4DD9A 1L59A 4GCFA 1L32A 1DZBX 3TXHA 1L19A 1B7NA 3RW8A 2BLXA 4PHIA 3WH1A 2BQFA 1DQJC 2Z12A 1F10A 1LSYA 2ZQ4A 1LMNA 1UIAA 4LZMA 3TXFA 3A67Y 149LA 4YXAC 2F47A 2W1YA 220LA 4IASA 3WMKA 4G9SA 4CJ2A 1GFVA 1XJTA 2I25L 1L41A 1T8FA 3TXDA 1L02A 1P46A 2G4QA 3FI5A 3AB6A 1HFYA 1D9UA 1VAUA 3A6CY 5KKIA 148LE 4LZTA 2YBNA 4FDYA 144LA 173LA 5KXWA 3VWOA 4RW1A 1LZAA 192LA 3DNAA 4ARPA 1QSQA 183LA 3TXBA 2MECA 1LYFA 1YQVY 1HFZA 1L10A 1QTBA 1IWTA 1L21A 3J4GA 129LA 251LA 1CV1A 2EKSC 161LA 1YAOA 1YILA 1LMOA 1GAZA 5LVKA 1GFTA 1IOCA 5F9XA 4DQ5A 2RBNA 4G4CA 1QTHA 4OWBA 1IX0A 1B5UA 1GHLA 1N4FA 1QTDA 4RDSA 3HT7A 141LA 1L04A 5B07A 1T97A 1DI4A 1HC0A 1A4VA 1NF5A 1CV0A 1REMA 4I7QA 4X3BA 4XENA 2ZIJA 132LA 137LA 4GRVA 4N1EI 5LYTA 4LYBA 1XEPA 4ANRA 7LYZA 1WTHA 1CV6A 3DN0A 4MCKA 3AJNA 4ET9A 1C6JA 5FDJA 1JKAA 1VDQA 1FLWA 1P2CC 1IWVA 3C8QA 4ARMB 5KY1A 229LA 184LA 1LYGA 1BVKC 1L77A 1GB2A 5B1FA 1NKHA 1CKCA 1IC7Y 3P4ZA 1DYBA 1QT5A 2NWDX 1L03A 1L51A 3HBDA 226LA 3DKEX 1W6ZA 212LA 5B06A 2DBTA 1EQ5A 1IP5A 1GE2A 4IAPA 195LA 1L64A 3BKVA 2XBRA 5I54A 2HULA 1DYCA 4I7SA 4PJ2C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E97 A;  1CU2 A;  3D4S A;  1BB3 A;  1XEK A;  2HTX A;  1PQD A;  4W59 A;  3RUN A;  4DD0 A;  4U3X B;  1UUZ C;  252L A;  2O4W A;  1JIY A;  3TMU A;  4A7D A;  5DM9 A;  1C43 A;  1L48 A;  1JTO L;  1KIQ C;  1IY3 A;  4BAF A;  1AKI A;  1LSF A;  4HTK A;  1NDG C;  1LPY A;  4LFP A;  3CDO A;  1C66 A;  2EPE A;  4N8Z A;  1L49 A;  4ZPU A;  4KL7 A;  4XJH A;  2CWI A;  3HUQ A;  4LT0 A;  125L A;  241L A;  2MEI A;  3SP3 A;  2MEE A;  1LSB A;  3D3D A;  3HBH A;  2XQO A;  3C7W A;  2B5Z A;  4EKR A;  4WG7 A;  3G3A B;  1CUP A;  4DT3 A;  5D5C A;  3WPL A;  4WLY A;  1GBW A;  1QUS A;  1D6P A;  4NG1 A;  256L A;  5APE A;  3WW5 A;  5B1G A;  4ARJ A;  5F14 A;  1L68 A;  1LHM A;  2RB2 X;  2C8O A;  3CDV A;  4DDB A;  1XGP C;  2HUK A;  4I7T A;  169L A;  1LJK A;  2FBB A;  1QTK A;  1CVK A;  1L70 A;  206L A;  1IP7 A;  1J1X Y;  2YBL A;  4GLA A;  4I7L A;  1Z55 A;  3HTG A;  1RE2 A;  2BPU A;  2ZYC A;  4DD2 A;  177L A;  4WO9 A;  1QUT A;  1LAA A;  3C83 A;  152L A;  4BAD A;  1GFA A;  1EQE A;  1L43 A;  1JIS A;  3HTD A;  3C81 A;  1LZG A;  1YL0 X; 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