1L11A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGLWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l11A00
222LA 1QT6A 3FA0A 1B6IA 1DYAA 3DN8A 142LA 1T6HA 1P2RA 5LZMA 1L09A 1JQUA 1L63A 1L88A 1L83A 220LA 3SN6R 1CU2A 1LWGA 1DYGA 1QTCA 4PK0A 143LA 1L52A 166LA 1L47A 190LA 3GUMA 1L96A 221LA 216LA 2QARC 128LA 239LA 122LA 1C6KA 1KY1A 1L01A 2F32A 1C69A 1QS9A 4ARJA 3SB9A 163LA 1C6PA 1L02A 3OE8A 234LA 3EMLA 1OVJA 1XJUA 1XEPA 1PQIA 3HT8A 219LA 1L66A 1L74A 180LA 3DN0A 1G0GA 1P6YA 2O7AA 3DN4A 1DYDA 3C8RA 1L18A 4I7SA 159LA 2RBRA 2B7XA 253LA 3D4SA 3SB5A 3HU8A 4W59A 175LA 262LA 231LA 241LA 3ODUA 215LA 214LA 2Q9DA 1SSYA 192LA 1L25A 3C80A 1L45A 2HUKA 4I7NA 3L64A 213LA 1PQMA 4EKQA 4LDOA 4LDLA 1L90A 168LA 4W56A 4W58A 108LA 1L89A 1KNIA 3C8SA 1L62A 182LA 1L42A 1LYJA 2RAZX 1L59A 3JR6A 4YXCA 1L73A 1G1WA 210LA 4DJHA 1C6JA 1L07A 1L57A 3HH5A 1C61A 1L06A 1I6SA 3CDOA 3DN1A 177LA 3C7YA 1QUHA 1L50A 184LA 150LA 169LA 1C6NA 1P5CA 1T8GA 1JTMA 1L10A 1LLHA 4ARMA 4YX7C 1OVHA 1L04A 224LA 176LA 3GUJA 3HT6A 4W52A 196LA 3LZMA 161LA 3L2XA 227LA 1L22A 1CUQA 1L71A 1L48A 1D2YA 261LA 3G3VA 1PQKA 1DYBA 1QTBA 2O79A 3HTBA 1LI3A 3CDRA 1OV7A 1PQOA 1L35A 3HUKA 1P56A 1P2LA 2O4WA 1CV0A 1L43A 123LA 1P37A 1ZYTA 238LA 187LA 129LA 217LA 259LA 1D2WA 1L86A 165LA 4W53A 2OE9X 2LC9A 3HWLA 2F2QA 7LZMA 114LA 1L70A 5I14A 4EKRA 1PQJA 3SB7A 1L97A 1OVKA 244LA 1CU5A 4E97A 1L91A 103LA 1ZWNA 4ARPA 1DYCA 1G0LA 4DKLA 1C6QA 173LA 3GUIA 3HH3A 2B75A 3DNAA 160LA 240LA 2B6WA 4I7QA 3GUOA 2OTYX 1G1VA 2B6TA 1CV4A 3DN6A 3K2RA 3GUKA 110LA 1L98A 3CDVA 1T8AA 1KY0A 1C6TA 1L15A 1L03A 113LA 254LA 4I7JA 1CV1A 1L08A 1C6FA 130LA 170LA 4EKPA 1CUPA 107LA 149LA 1G0KA 1L23A 218LA 1QT4A 2A4TA 2CUUA 1K28A 4ZPUA 3SBBC 4I7MA 2B70A 3HT9A 1L79A 2RBPA 2RH1A 1L92A 1ZURA 120LA 1D3JA 1L28A 1L76A 3V2WA 1D3NA 3NYAA 172LA 4ARLA 3G3XA 2B6YA 200LA 1C6LA 3HU9A 3VW7A 2OU8A 3OE6A 1L36A 1L30A 4EPFA 3SB6A 4ARQA 1KW7A 1LYHA 1SSWA 3C83A 245LA 3PDSA 225LA 2OEAX 1L87A 1L29A 2IGCA 3NY9A 1G0JA 3C82A 3C8QA 1G0QA 2RB0X 1L39A 3C81A 3V2YA 2RBSA 2Z6BA 164LA 1C6HA 246LA 1C6AA 1WTHA 1LGUA 1C65A 1C6IA 2RAYX 1C67A 2NTGA 1KW5A 248LA 141LA 1C68A 2HUMA 1SWZA 228LA 1L64A 1CV6A 1L82A 1L69A 2B6XA 3CDQA 260LA 1SX2A 242LA 1L31A 139LA 2RBQA 3HTFA 1D3FA 151LA 2RBOA 111LA 230LA 2OU0X 1QT3A 125LA 118LA 3FADA 4W55A 1CX6A 1QUOA 1L11A 1PQDA 2L78A 138LA 4I7LA 1C6MA 102LA 1L80A 4GRVA 3GULA 3SBAA 4W54A 171LA 1LWKA 1C63A 1L60A 1L53A 2B72A 251LA 1JTNA 1L72A 1L75A 1L65A 1QUDA 3FI5A 1QTZA 205LA 3RUNA 1L44A 201LA 1QSQA 1LYFA 152LA 2Q9EA 4EPIA 3DN2A 126LA 4AQNA 119LA 157LA 2B74A 3DN3A 3UONA 3HH4A 3DMZA 1L68A 1QT7A 1LYEA 4LDEA 2HULA 1CVKA 1P64A 249LA 1L17A 1L54A 1TLAA 2OU9A 3QAKA 1L13A 3HDFA 1OYUA 181LA 1LW9A 1L12A 1LGWA 4W51A 1DYFA 1L85A 1P7SA 147LA 1C6EA 1L49A 174LA 4I7KA 1CV5A 2OTZX 1OV5A 1L27A 1L38A 236LA 4PJZA 1LGXA 191LA 1EPYA 109LA 1XJTA 1L99A 243LA 1L61A 3HTGA 183LA 167LA 4I7PA 1LI2A 1C60A 3F8VA 1L67A 2LZMA 188LA 1SX7A 1OWZA 144LA 1L0KA 4ARMB 1L21A 1L81A 1KS3A 1QTHA 2NTHA 235LA 131LA 1LYGA 252LA 2ANVA 112LA 197LA 1C6BA 1QUGA 162LA 1D3MA 1L05A 198LA 3G3WA 1T8FA 178LA 1L33A 1LYDA 1C64A 1T97A 3HDEA 145LA 3CDTA 1L95A 3DKEX 1L40A 4IAPA 3DMXA 2RB2X 1QTVA 2RB1X 1L16A 4DAJA 115LA 2OE4X 4EXMA 1D9WA 4I7OA 4EKSA 3OE9A 189LA 1L0JA 4EJ4A 1G07A 1QSBA 1G0MA 195LA 1CU0A 1OWYA 1L46A 2B73A 1CTWA 127LA 4OO9A 1QT8A 1C6DA 1L51A 3C7ZA 4W57A 1LI6A 258LA 1C62A 3SB8A 250LA 257LA 4S0WA 2QB0B 229LA 237LA 256LA 146LA 1CU3A 1SWYA 1CU6A 1L41A 233LA 3OE0A 3HTDA 185LA 1L34A 1L94A 1L20A 2ANXA 1QS5A 3DMVA 2B6ZA 199LA 3HUQA 140LA 211LA 232LA 212LA 158LA 1QTDA 1CV3A 1P36A 1CX7A 4YXAC 3HT7A 1L93A 209LA 1L24A 1L19A 2RBNA 3HH6A 1P46A 1QT5A 1C66A 247LA 1LYIA 226LA 3GUPA 104LA 1C6GA 4K5YA 2OE7X 1G0PA 4I7RA 3NY8A 3RZEA 1L77A 3GUNA 148LE 6LZMA 4ARQB 3C7WA 206LA 1LPYA 223LA 2F47A 1L84A 4I7TA 3HUAA 4GBRB 1NHBA 3PBLA 156LA 1L56A 255LA 137LA 1P3NA 1G06A 3F9LA 1C6CA 1L14A 155LA 1L58A 1DYEA 1L26A 1L00A 1L55A 1L32A 1L37A 2LCBA 4LZMA 186LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEAA 4II8A 2BQDA 1IP1A 1B6IA 1DYAA 3DN8A 2YBNA 2CWIA 3A34A 1GHLA 3A8ZA 5LZMA 4LT3A 1LZRA 1LZTA 220LA 1CU2A 1JKCA 1CKDA 4LYCA 4HV1A 1L52A 1L47A 2HU1A 1GF0A 1L96A 1XGQC 4DD7A 128LA 239LA 1C6KA 1I56A 1IR7A 3B0IA 4H9BA 2N5ZA 132LA 2BLXA 2FBBA 1OVJA 1OUDA 4HSFA 4G4BA 3N9EA 4NGZA 4CGEA 2C8PA 4WG1A 1QTKA 2BQJA 5K7OA 1P6YA 3HBDA 3DN4A 5DL9A 1DYDA 3C8RA 3F6ZA 159LA 5LYTA 1NKHA 253LA 1G7JC 4XYYA 4G4CA 5I4WA 1IO5A 5L9JA 175LA 215LA 214LA 1SSYA 4H9FA 1L25A 3A6BY 4I7NA 4NHTA 1DPXA 4J7VA 5KXMA 3IJVA 1FLWA 4W56A 1IORA 1IVMA 108LA 4WM5A 194LA 3C8SA 1L62A 182LA 1LYJA 1B7MA 4H90A 3MGWA 1F6RA 1G1WA 1LTMA 210LA 4DJHA 3CDOA 169LA 3BKVA 1JTMA 1CJ7A 2MEEA 1OVHA 1BHZA 3GUJA 3HT6A 1OUGA 4NWHA 4YEMA 1CUQA 1L71A 1D2YA 1REYA 5KXNA 4XADA 1GFJA 3CDRA 3QNGA 1L35A 3HUKA 4ZIXA 3WUMA 1IX0A 1P56A 2O4WA 1XEKA 4DDBA 1L43A 123LA 1P37A 1ZYTA 5APFA 1L86A 1WVUA 165LA 5LIOA 2LYOA 2DQFC 4EKRA 1OVKA 4E97A 2HTXA 3HH3A 1B0DA 5F14A 5KXRA 1HFXA 4H91A 3W3EA 2B6TA 3CDVA 5LXWA 1LSDA 1KY0A 1C6TA 1L15A 1YAPA 1HENA 1HEPA 1LSBA 3QY4A 4EKPA 3EO5A 5LVGA 1UIFA 5KY1A 4LYTA 1AZFA 1LYZA 2A4TA 1EQEA 1LZBA 1RI8B 5I54A 1L92A 120LA 1D3JA 1L28A 1JEFA 1GFUA 3NYAA 4ARLA 4XJHA 5C6LA 1MLCE 2OU8A 1JJ1A 1L36A 3EBAB 4ARQA 1KW7A 1SSWA 3C83A 1REXA 1W6ZA 1GF7A 1JIYA 4XJIA 3C8QA 4DD1A 4ETCA 2RB0X 1L39A 3C81A 2RBSA 2BQGA 4NEBA 1QIOA 3TMWA 3D9AC 1WTHA 2Z38A 1YAOA 2NTGA 2DQDY 1FKQA 1LPIA 4GCEA 5KXTA 2YVBA 1JHLA 1AM7A 4BAPA 3CSRA 230LA 4NFVA 125LA 4RLNA 3SP3A 1YAMA 1B7NA 5LINA 138LA 1LJ3A 102LA 4FDYA 3GULA 4N8ZA 1RJCB 3WVXA 1LWKA 1L60A 1WQMA 1L53A 2B72A 5B06A 1JTNA 1L65A 205LA 2XBRA 1WQQA 3CT5A 1HEQA 1YQVY 1LYFA 1LMNA 2Q9EA 126LA 4AQNA 4D9ZA 3DN3A 1UUZC 3UONA 1MELL 249LA 2OU9A 2LYMA 3HDFA 1LW9A 1L12A 1UBZA 1UIGA 1P7SA 147LA 3EMSA 4HTNA 2OTZX 1CV5A 2C8OA 1L38A 1J1OY 1LSPA 5B59A 4UWUA 4Z3MA 5I53A 1XJTA 1GDXA 5I4YA 1LI2A 3F8VA 4GN5C 1WVVA 1SX7A 1OWZA 4OOTA 1L21A 1KS3A 1LZYA 1QTHA 235LA 1BB3A 1LYGA 1GE4A 1VFBC 1GD6A 5FEKA 112LA 1C6BA 2Z18A 1WQOA 4W94A 2YDGA 1INUA 178LA 4B1AA 1GFEA 1LYDA 4Z98A 1P2CC 5B1GA 1KIRC 4M6DA 4AXTA 3HDEA 3CDTA 2F2NA 1CKHA 1L95A 1L40A 2F4GA 1YKZX 2RB2X 2CDSA 5KXLA 1G7LC 2RB1X 2G4PA 1OUCA 3ZVQB 1L16A 3OE9A 189LA 1L0JA 3WW6A 1GBSA 1HERA 195LA 1OWYA 4MCKA 1HMLA 4IJ4A 4OO9A 4YEOA 1JTOL 3C7ZA 1FKVA 3WYHA 250LA 5KXXA 229LA 237LA 1HMKA 1CU3A 1L41A 3B0OA 1QUTA 2EIZC 233LA 3HTDA 5KXSA 1UACY 4XJDA 2FYCA 5HLLA 4H93A 4YXAC 1BWIA 3GXRA 1L19A 4B4JA 1QT5A 4WM1A 2MEBA 4TUNA 1KIQC 3RZEA 4ARQB 2CGIA 1LPYA 2IFFY 1B5YA 1L84A 2LZTA 2RSCA 4YOPA 4ET8A 1I1ZA 7LYZA 4GBRB 1NHBA 2Q0MX 156LA 2BQEA 4B4IA 255LA 5M1YA 1QSWA 3ATNA 4WO6A 154LA 1GB2A 2D6BA 1LJKA 1L14A 1L58A 1L00A 4ETBA 1L32A 1L37A 2BQAA 4HJZA 1LJ4A 222LA 133LA 1JPOA 3LYOA 1HC0A 4TSBA 4EOFA 1L09A 1UIAA 1LKSA 4X3BA 1L88A 3LYMA 3SN6R 3N9AA 1LWGA 1B7RA 3WPJA 190LA 1XEIA 4NGWA 216LA 122LA 1GB9A 1L01A 1C69A 4ARJA 1NQIA 2MEHA 1EL1A 1C6PA 4DDAA 2FYDA 3P4ZA 2DQGY 3W6DA 4L41A 1XEPA 4NHSA 1PQIA 1EQ5A 1L66A 4BADA 1JJ3A 1L74A 4WLTA 1D9UA 4XJFA 5A3ZA 5LVIA 1F10A 3P65A 4NSJA 1LSEA 2Q9DA 4ZFPA 5KXWA 5C6IA 1L45A 3RNXA 4EKQA 1PQMA 2H5ZA 1BVKC 168LA 4W58A 4QDNA 4RDSA 1NBZC 5LVKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2MEA A;  4II8 A;  2BQD A;  1IP1 A;  1B6I A;  1DYA A;  3DN8 A;  2YBN A;  2CWI A;  3A34 A;  1GHL A;  3A8Z A;  5LZM A;  4LT3 A;  1LZR A;  1LZT A;  220L A;  1CU2 A;  1JKC A;  1CKD A;  4LYC A;  4HV1 A;  1L52 A;  1L47 A;  2HU1 A;  1GF0 A;  1L96 A;  1XGQ C;  4DD7 A;  128L A;  239L A;  1C6K A;  1I56 A;  1IR7 A;  3B0I A;  4H9B A;  2N5Z A;  132L A;  2BLX A;  2FBB A;  1OVJ A;  1OUD A;  4HSF A;  4G4B A;  3N9E A;  4NGZ A;  4CGE A;  2C8P A;  4WG1 A;  1QTK A;  2BQJ A;  5K7O A;  1P6Y A;  3HBD A;  3DN4 A;  5DL9 A;  1DYD A;  3C8R A;  3F6Z A;  159L A;  5LYT A;  1NKH A;  253L A;  1G7J C;  4XYY A;  4G4C A;  5I4W A;  1IO5 A;  5L9J A;  175L A;  215L A;  214L A;  1SSY A;  4H9F A;  1L25 A;  3A6B Y;  4I7N A;  4NHT A;  1DPX A;  4J7V A;  5KXM A;  3IJV A;  1FLW A;  4W56 A;  1IOR A;  1IVM A;  108L A;  4WM5 A;  194L A;  3C8S A;  1L62 A;  182L A;  1LYJ A;  1B7M A;  4H90 A;  3MGW A;  1F6R A;  1G1W A;  1LTM A;  210L A;  4DJH A;  3CDO A;  169L A;  3BKV A;  1JTM A;  1CJ7 A;  2MEE A;  1OVH A;  1BHZ A;  3GUJ A;  3HT6 A;  1OUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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