1L11A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGLWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l11A00
1L28A 206LA 240LA 1L03A 1L04A 103LA 1CU2A 3C7YA 1L93A 138LA 1C6GA 1QTVA 2HULA 192LA 1C6FA 1CU6A 2B70A 1SSYA 2B6TA 3F8VA 1EPYA 3VW7A 1CU3A 3GUKA 1L0KA 181LA 2B72A 3DN4A 2L78A 3DN6A 1OVHA 4YXCA 1CV1A 139LA 1DYAA 3C82A 3HDEA 1JTNA 1L00A 1KW5A 1L48A 4W56A 1L37A 188LA 195LA 146LA 165LA 3NYAA 4YX7C 1LI2A 3C80A 1QUGA 3C81A 4W51A 1L73A 1L80A 4W54A 230LA 4EXMA 1C6QA 3DMXA 1LWGA 1L81A 3K2RA 1LYGA 1L92A 1C6IA 246LA 1L46A 1C6NA 1G0JA 3UONA 1L32A 120LA 1C6CA 214LA 1L29A 174LA 168LA 3HUQA 1ZURA 256LA 1D3MA 3OE6A 245LA 4DAJA 142LA 1QTZA 1L65A 152LA 1L38A 1D2WA 2QARC 2RBNA 3SB8A 198LA 248LA 2B6WA 1OVKA 255LA 1ZWNA 1L76A 3HH4A 2RAZX 196LA 1CV6A 3DN0A 1I6SA 6LZMA 250LA 1L30A 2F32A 1L90A 4EKPA 114LA 3DMZA 260LA 1L24A 227LA 3DKEX 1D2YA 1G0GA 251LA 1QUOA 252LA 2NTGA 1L20A 170LA 1L59A 3FA0A 199LA 4EKQA 1L17A 1L11A 3GUOA 126LA 182LA 4PK0A 131LA 1L64A 183LA 209LA 1OVJA 2OU0X 150LA 4S0WA 1L43A 3HH5A 3CDRA 1KY0A 115LA 1JTMA 1L70A 4ARJA 1L52A 156LA 1PQJA 1L02A 5LZMA 1L60A 2B6YA 4ARQB 1CX6A 1QT7A 1C66A 221LA 3C8RA 210LA 173LA 3OE9A 1L06A 169LA 163LA 1C61A 1DYEA 1L83A 2B7XA 4EPFA 1L62A 249LA 4EKRA 191LA 4EKSA 3NY9A 4OO9A 3D4SA 1KS3A 4GBRB 137LA 1L31A 1L79A 1L71A 2LZMA 1L88A 226LA 2OE4X 3HDFA 1L0JA 122LA 254LA 3SB6A 1CV3A 1L67A 3GUJA 3RZEA 125LA 1P64A 2O7AA 1D9WA 1C67A 4W52A 1C6HA 3C8SA 1P46A 1L49A 1LLHA 3HH6A 1SX7A 3G3XA 1C6MA 2OTZX 1L89A 110LA 157LA 1D3FA 1PQOA 1C6EA 1L18A 1CV0A 1KY1A 1L44A 2B74A 1QUHA 144LA 4AQNA 1C60A 4I7NA 1C64A 184LA 1LI6A 3HTBA 3G3VA 228LA 3DMVA 215LA 258LA 1CUQA 128LA 1G07A 1L77A 2F47A 3L64A 223LA 1KW7A 1L53A 3SBBC 161LA 1QT6A 3GUMA 4I7MA 1L94A 3L2XA 1D3NA 237LA 231LA 180LA 147LA 140LA 3HT9A 1LGXA 3GULA 1C6KA 1T6HA 212LA 216LA 261LA 3ODUA 2B6XA 232LA 3HU8A 1OYUA 4I7JA 1L57A 1L09A 185LA 4I7OA 1G1VA 167LA 3CDQA 1OWYA 2ANVA 4ARMA 123LA 1L91A 1C62A 4ZPUA 171LA 4EPIA 3C83A 3HUKA 3PBLA 1L36A 2OE9X 4EJ4A 2LCBA 1L15A 1OV7A 160LA 1XJUA 1L98A 1KNIA 1L45A 1L75A 2OEAX 236LA 1DYDA 1QT3A 1L25A 262LA 3RUNA 1L27A 2RB0X 175LA 3HTFA 2RBQA 1CX7A 1QT4A 3V2WA 111LA 118LA 1OV5A 1CV5A 1P36A 151LA 4ARQA 4I7LA 2RB2X 1K28A 1T8AA 2ANXA 1C6JA 3DN1A 1L69A 3DN8A 3HUAA 213LA 1CTWA 1SWZA 3SN6R 3HH3A 4I7QA 2B6ZA 1T8GA 218LA 149LA 3SB9A 1CV4A 3CDOA 1QTBA 247LA 109LA 187LA 1P2RA 1XEPA 1L33A 1G0PA 1QTCA 1DYGA 3OE0A 4LDEA 233LA 2RAYX 4W57A 1NHBA 1L54A 1DYBA 2LC9A 2RH1A 164LA 1L41A 1OWZA 1L66A 1PQMA 1QSBA 201LA 3GUIA 186LA 3HT6A 4K5YA 1LGUA 3GUNA 1SSWA 225LA 1QSQA 1L97A 259LA 2B73A 1L96A 239LA 159LA 1L72A 2OU9A 1C6PA 1L21A 1L51A 253LA 178LA 1L42A 1G1WA 1WTHA 3PDSA 1L05A 3HWLA 4LDLA 1PQKA 1LPYA 1C65A 1L82A 1LGWA 2RBOA 1CUPA 112LA 1L13A 2QB0B 4E97A 235LA 2NTHA 1QTHA 2O79A 1LYFA 104LA 3HT8A 205LA 1G0QA 1L12A 3FADA 4DKLA 4W58A 177LA 1L22A 1LYHA 3FI5A 4I7PA 2Q9DA 4I7RA 102LA 1JQUA 3DN3A 1DYCA 143LA 4I7SA 1LYDA 1TLAA 1L47A 3C7ZA 2RBRA 3HU9A 3JR6A 4GRVA 1LI3A 148LE 1QT5A 4I7TA 1L26A 200LA 190LA 1C6AA 1L01A 2Z6BA 1LYEA 3DNAA 3SBAA 3QAKA 220LA 1LWKA 3HTGA 1D3JA 1L08A 1C6BA 1L50A 3SB7A 1CVKA 217LA 3G3WA 158LA 3V2YA 2Q9EA 3NY8A 162LA 2IGCA 219LA 4IAPA 4LZMA 176LA 1ZYTA 1L40A 1T8FA 1L87A 1C63A 234LA 1LW9A 1L68A 3HTDA 4ARLA 3DN2A 3F9LA 130LA 1G0MA 2A4TA 2RB1X 1L56A 1T97A 243LA 1B6IA 1QS5A 4ARMB 127LA 3SB5A 166LA 211LA 3OE8A 3GUPA 1C68A 3CDVA 145LA 113LA 1L99A 1L63A 141LA 1L74A 1G0LA 4W55A 4ARPA 1L58A 1C69A 1L07A 2HUKA 1C6TA 229LA 4YXAC 1L19A 1P2LA 1QS9A 1C6DA 3HT7A 1L55A 129LA 1L23A 1L95A 1P7SA 1G0KA 3C7WA 1L34A 2OTYX 1PQIA 1DYFA 1PQDA 1QTDA 1QT8A 155LA 5I14A 172LA 1P56A 2OE7X 2O4WA 242LA 1P5CA 1QUDA 1CU0A 3C8QA 2HUMA 197LA 1L10A 1L35A 1L16A 1L61A 119LA 1L14A 1P3NA 244LA 4W53A 1CU5A 189LA 2RBSA 1SWYA 1SX2A 1XJTA 224LA 3LZMA 2B75A 2RBPA 1L85A 7LZMA 1C6LA 1L84A 2CUUA 1LYIA 2F2QA 3EMLA 3CDTA 241LA 1LYJA 1G06A 4W59A 1P37A 1P6YA 107LA 1L39A 1L86A 108LA 222LA 4I7KA 4LDOA 2OU8A 257LA 4PJZA 4DJHA 238LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUTA 4WLTA 1GB0A 1KIRC 138LA 2XJWA 1CU6A 1DPXA 1KIQC 181LA 2B72A 3M3UA 2L78A 1LSPA 3AZ7A 1OVHA 1LMCA 1CV1A 1DYAA 3WXUA 2MEFA 1JTNA 1FKQA 1L48A 4NGWA 195LA 146LA 1LI2A 4AXTA 4W51A 1L73A 4W54A 230LA 5KJ9A 4EXMA 3WL2A 1L92A 4C5FA 3WU9A 1L46A 1AT6A 214LA 1B7QA 174LA 4ET9A 3HUQA 1ZURA 3WUMA 1LZ4A 3RU5A 2Z18A 3G3AB 1D2WA 2RBNA 2W1MA 3WU7A 4GCEA 1BB3A 4H9IA 1GBXA 3AZ6A 1JTPL 5APCA 2F32A 1ZV5L 5B07A 4D9ZA 1WQPA 260LA 5LA8A 1BB7A 3DKEX 1D2YA 1QSWA 1QUOA 2D4KA 3WUNA 1WVVA 1G7JC 2F30A 3WMKA 1J1PY 1LSEA 1L11A 4H8ZA 4PK0A 1I56A 1L64A 1LZSA 5KY1A 3WPJA 3A93A 2OU0X 5APDA 1TAYA 4S0WA 3CDRA 1JJ3A 2EIZC 4RLNA 3OK0A 4WM5A 4TSCA 1L60A 1LZDA 3P4ZA 1CX6A 4NSGA 3AGHA 1LZAA 1WTNA 3AZ5A 1XFPL 5B05A 1C61A 4EMNA 3IWRA 249LA 2ZILA 4R0FA 4EKRA 2DQGY 4EKSA 2F2NA 5LXWA 2BQCA 1B7MA 3D4SA 2I6ZA 4GBRB 2LZMA 1T6VL 1FKVA 2ZQ3A 4NWHA 5F81A 2HU1A 1GF6A 5LVHA 1P64A 4W52A 1C6HA 4DWXA 3C8SA 1IWYA 1NDMC 1IX0A 4Z46A 1DI3A 1NDGC 4DDAA 3EMSA 2D91A 1LPIA 4AQNA 1UACY 3T6UA 1NMMA 2HUBA 258LA 1KXXA 1D0LA 161LA 4HTNA 3GUMA 4H94A 4NIJA 231LA 140LA 4DQ5A 1LGXA 1OUBA 4A7DA 3RZ4A 3ODUA 3AW7A 1OYUA 4I7JA 185LA 1YAQA 4LT0A 1IC7Y 167LA 3CDQA 4MSTA 2IHLA 2ANVA 4BADA 5E4PA 4WLXA 4YENA 2ZQ4A 5FHWA 3CB7A 2OE9X 1XJUA 3A3RX 3AGGG 3HBEX 2LZ2A 1JEFA 262LA 2ZNXY 4G4BA 3RUNA 1L27A 3RW8A 3WPLA 1GFTA 1FLUA 4QEQA 5LVIA 2YBIA 1JJ1A 1QT4A 1OQMA 118LA 1OV5A 1CV5A 2BQMA 4LYMA 1G7HC 1F10A 4Z3MA 5KXPA 1JTOL 1UIEA 4I7LA 1JSEA 1K28A 5II3A 4Z98A 1DI5A 1JKBA 4B49A 2YSSC 3HUAA 3SN6R 3HH3A 4I7QA 1T8GA 2GV0A 1QTBA 4OOOA 109LA 1L33A 1XGTC 1C45A 1GF7A 1W6ZA 4W57A 3N9EA 1DYBA 4H1PA 4GCCA 1OUIA 2DQHY 1L66A 4NGLA 3AZ4A 201LA 3RNXA 1XGRC 4HV2A 1C7PA 225LA 5A3ZA 1VATA 1L97A 1IR8A 3WVYA 2EQLA 5LVGA 1L72A 1GE0A 5LAGA 1L51A 1NBYC 1WTHA 5KKJA 1LPYA 1L82A 1LGWA 4ETEA 4WLDA 112LA 2QB0B 1LMAA 2O79A 5KXNA 1OP9B 205LA 1G0QA 1L12A 1O23A 1W08A 4HTKA 1IP4A 4DKLA 4W58A 177LA 1L22A 1LYHA 3FI5A 1JQUA 2XBSA 3DN3A 2HECA 4WO6A 1LYDA 1TLAA 1L47A 2IFFY 3C7ZA 4GRVA 1LI3A 4DD9A 4LYTA 4MCKA 2BLXA 1IOCA 4I7TA 2BQJA 4DD2A 1NQIA 1KIPC 1LYEA 3A8ZA 3DNAA 2DBTA 3QAKA 4HSFA 1B5YA 1TDYA 158LA 2Q9EA 2W1XA 4NGYA 1OUHA 1HF4A 2DKVA 2D4JA 1B7OA 4H9AA 219LA 4IAPA 4LZTA 1C63A 3HTDA 4ARLA 2A4TA 243LA 1LMPA 4LFXA 5I53A 4R6CA 5E9RA 2G4PA 1JKCA 3OE8A 1HEMA 3CDVA 4YEOA 1L63A 141LA 1G0LA 1L74A 4W55A 4YEMA 1C69A 4N5RA 1L07A 4YXAC 1IP6A 1L55A 1CNSA 1GF5A 1FBIX 1LHLA 2OTYX 194LA 1GB6A 1P56A 4WO9A 2OE7X 3TMUA 1HEPA 1BGIA 1RFPA 4NGIA 1AKIA 5L3IA 5KXMA 5LIOA 1H6MA 1L14A 4PRQA 1V7SA 1WQQA 4W53A 189LA 3KAMA 224LA 2ZWBA 4YF2A 5LYTA 2HU3A 4H9HA 1LKSA 1C6LA 1OUJA 1LKRA 1CJ7A 1P6YA 4NWEA 3TXGA 4N8ZA 4I7KA 4OWHA 1L28A 206LA 4NHIA 5B06A 2F4GA 103LA 3C7YA 1QTVA 1UIAA 2B6TA 1LOZA 1PS5A 1GFHA 4XJBA 4HJZA 1LSAA 4ANRA 1EL1A 1CU3A 3CSZA 207LA 1HFYA 3DN6A 4YXCA 1LZGA 3HDEA 3WW6A 1L00A 188LA 4NG1A 1EQEA 1LSBA 1C6QA 1LWGA 1L81A 1REYA 3UONA 5HQ1A 1C6CA 168LA 4OW1A 142LA 5C6LA 4DT3A 2QARC 2W1YA 2B6WA 255LA 1LZTA 4GN3A 1LJGA 3HH4A 196LA 3DN0A 4M6DA 1I6SA 250LA 1F0WA 4LFPA 4EKPA 1UA6Y 3DMZA 1L24A 3MGWA 4HJYA 1JITA 1G0GA 2EKSC 1KXWA 2DQJY 251LA 1B9OA 252LA 4ET8A 5LAFA 3FA0A 4H8YA 4EKQA 3LZ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUT A;  4WLT A;  1GB0 A;  1KIR C;  138L A;  2XJW A;  1CU6 A;  1DPX A;  1KIQ C;  181L A;  2B72 A;  3M3U A;  2L78 A;  1LSP A;  3AZ7 A;  1OVH A;  1LMC A;  1CV1 A;  1DYA A;  3WXU A;  2MEF A;  1JTN A;  1FKQ A;  1L48 A;  4NGW A;  195L A;  146L A;  1LI2 A;  4AXT A;  4W51 A;  1L73 A;  4W54 A;  230L A;  5KJ9 A;  4EXM A;  3WL2 A;  1L92 A;  4C5F A;  3WU9 A;  1L46 A;  1AT6 A;  214L A;  1B7Q A;  174L A;  4ET9 A;  3HUQ A;  1ZUR A;  3WUM A;  1LZ4 A;  3RU5 A;  2Z18 A;  3G3A B;  1D2W A;  2RBN A;  2W1M A;  3WU7 A;  4GCE A;  1BB3 A;  4H9I A;  1GBX A;  3AZ6 A;  1JTP L;  5APC A;  2F32 A;  1ZV5 L;  5B07 A;  4D9Z A;  1WQP A;  260L A;  5LA8 A;  1BB7 A;  3DKE X;  1D2Y A;  1QSW A;  1QUO A;  2D4K A;  3WUN A;  1WVV A;  1G7J C;  2F30 A;  3WMK A;  1J1P Y;  1LSE A;  1L11 A;  4H8Z A;  4PK0 A;  1I56 A;  1L64 A;  1LZS A;  5KY1 A;  3WPJ A;  3A93 A;  2OU0 X;  5APD A;  1TAY A;  4S0W A;  3CDR A;  1JJ3 A;  2EIZ C;  4RLN A;  3OK0 A;  4WM5 A;  4TSC A;  1L60 A;  1LZD A;  3P4Z A;  1CX6 A;  4NSG A;  3AGH A;  1LZA A;  1WTN A;  3AZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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