1L12A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGNWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l12A00
1L97A 3GUJA 175LA 1C6EA 1QT6A 248LA 4PJZA 183LA 221LA 1C67A 182LA 1L35A 243LA 1L47A 1P2LA 1L99A 1L38A 1L89A 1L75A 4LDEA 1D2WA 165LA 1QT3A 1D3MA 107LA 1C65A 3DN0A 2B6TA 1CU0A 1P37A 3HTDA 3FA0A 176LA 1KW5A 1L21A 1CU2A 111LA 1C6HA 4I7NA 236LA 110LA 222LA 2RBRA 4W54A 1L95A 1C6GA 1C6BA 2OU9A 3GUPA 1L50A 1TLAA 3LZMA 4I7OA 1LYIA 2OE7X 1SX2A 1SWZA 1K28A 2CUUA 4ARMA 123LA 1C68A 1L57A 1L32A 1CUPA 3C81A 4DKLA 206LA 3HUAA 1L62A 188LA 3HH6A 1QTDA 3HH4A 1T8GA 1C6FA 1L39A 1L09A 1L10A 1D3NA 144LA 224LA 4ARJA 1C6MA 4I7TA 1G0MA 4W52A 253LA 1L43A 3CDVA 1L84A 2NTHA 242LA 2HUMA 223LA 1I6SA 4ARQA 162LA 1PQKA 1CV4A 3ODUA 1L45A 1LWKA 254LA 4W58A 1L71A 4I7KA 1CV3A 1KY1A 1L67A 1L93A 3PDSA 3CDQA 4GRVA 2Q9EA 1PQDA 1L69A 1ZYTA 150LA 5LZMA 160LA 233LA 4ZPUA 148LE 1L33A 3DN1A 4LDOA 4AQNA 3DN6A 1LGXA 1XEPA 1ZWNA 1L98A 1OV7A 3JR6A 3HUQA 1DYBA 1C69A 3HT6A 152LA 1P5CA 214LA 235LA 2B6WA 2RH1A 172LA 4LZMA 4I7LA 1C63A 1L20A 4IAPA 3OE9A 2LCBA 2B6YA 2RB2X 127LA 1C6KA 1L90A 1L23A 1L86A 1L52A 238LA 3V2YA 4W53A 2RAZX 1L46A 251LA 215LA 3HDEA 3C8RA 1L92A 109LA 3HT8A 1QUDA 3GUIA 104LA 1SX7A 2OU8A 3SB9A 131LA 220LA 1L88A 166LA 118LA 1C6TA 1C6QA 1C64A 1P2RA 4YX7C 1QUHA 1CV5A 1L24A 2Q9DA 1LYHA 3HU9A 3PBLA 4I7PA 1P3NA 259LA 228LA 1CX7A 200LA 1OWYA 1L81A 1P64A 1OVHA 142LA 1QUGA 1L04A 250LA 3HTBA 234LA 1LGUA 1B6IA 210LA 3NYAA 2RBOA 4EKSA 3GUMA 1L15A 2OTYX 2ANVA 3G3WA 3GUOA 4I7SA 1L55A 151LA 1SSWA 1L02A 1L61A 139LA 257LA 7LZMA 108LA 1C60A 1L14A 1C6CA 217LA 1C62A 4W51A 1L65A 3HT9A 1QUOA 1PQMA 229LA 1QT8A 1CVKA 130LA 3DN8A 1L42A 103LA 195LA 2A4TA 3HH3A 3HWLA 2B72A 2RBNA 4LDLA 1L87A 4EPFA 237LA 1G0QA 1L72A 1P7SA 1DYFA 1L31A 1PQJA 156LA 3FI5A 125LA 102LA 1L03A 1LI6A 187LA 3SBAA 1LYGA 213LA 1L83A 128LA 196LA 169LA 1L66A 1SWYA 1L30A 2RB1X 4I7MA 120LA 1L16A 1DYGA 1L17A 1DYDA 3G3XA 1L94A 1C6AA 1L05A 1G0PA 3HU8A 4EKQA 4ARMB 1D3JA 3GULA 2F47A 1G0LA 1L11A 3C7ZA 2OE4X 239LA 4EKPA 1L79A 1L19A 2B6ZA 4W55A 146LA 245LA 1L68A 1L08A 1QTZA 1L74A 1T8AA 244LA 181LA 2HUKA 1P46A 1L06A 1OYUA 199LA 3HT7A 137LA 158LA 4K5YA 4ARQB 1NHBA 2LZMA 3DN2A 231LA 138LA 1L96A 177LA 262LA 3UONA 1LYEA 1D9WA 1QT7A 1L18A 252LA 1LLHA 1XJTA 241LA 4YXCA 3V2WA 1QSBA 3G3VA 1JTNA 1PQIA 1PQOA 149LA 197LA 2Z6BA 3GUKA 1KW7A 1L91A 1L63A 3DKEX 1QTBA 1G06A 1CX6A 4I7QA 1L26A 119LA 240LA 3L2XA 173LA 3DN3A 140LA 113LA 1QTVA 1L82A 1L44A 1QS5A 186LA 3OE0A 1KY0A 1L49A 143LA 1L00A 4GBRB 3F8VA 1C6IA 3CDOA 185LA 3HUKA 3OE6A 1QTCA 1L12A 3QAKA 3VW7A 249LA 1CU6A 3HTGA 163LA 212LA 3C8QA 3NY9A 1LW9A 4OO9A 1L76A 1WTHA 2RBSA 141LA 1C6DA 1LYDA 2O79A 145LA 1L56A 6LZMA 4YXAC 129LA 1G0KA 1KS3A 3SN6R 1G1WA 114LA 3HH5A 3EMLA 1T8FA 2OTZX 1DYAA 4ARLA 3SB5A 261LA 115LA 1C6JA 1L48A 258LA 3NY8A 4DAJA 1L07A 1G0JA 1CU3A 1JQUA 1LI3A 167LA 1QTHA 168LA 1L36A 4W59A 2LC9A 191LA 255LA 3L64A 1L13A 1OVJA 1CU5A 184LA 1P56A 2RBQA 1G0GA 1CUQA 159LA 1EPYA 2B6XA 4PK0A 1CV6A 1OV5A 3F9LA 1LPYA 1DYEA 232LA 2QB0B 198LA 1L58A 3C7YA 1QS9A 2HULA 2RB0X 1L80A 1C6LA 4ARPA 1LI2A 1L60A 1G1VA 216LA 3SB6A 1LWGA 161LA 4I7RA 2IGCA 3FADA 1OVKA 2RAYX 209LA 3CDRA 1C6PA 201LA 1QT4A 1L0KA 1CV1A 219LA 1L22A 189LA 4W57A 1L85A 230LA 2F32A 157LA 3C80A 3HTFA 2B7XA 2QARC 3RUNA 4DJHA 1P6YA 246LA 4EXMA 147LA 1OWZA 3DMVA 1L41A 1G07A 192LA 1L64A 1LGWA 1D3FA 1LYJA 180LA 1L25A 190LA 1JTMA 1ZURA 1DYCA 2ANXA 3DMZA 2B74A 2B75A 2L78A 227LA 3C7WA 1L53A 226LA 5I14A 178LA 1KNIA 1L01A 1QSQA 2OEAX 4I7JA 112LA 1P36A 225LA 126LA 1T97A 1C61A 4EPIA 3HDFA 2B70A 171LA 3DNAA 1D2YA 1L70A 4EJ4A 1L59A 247LA 1SSYA 170LA 3RZEA 155LA 1C66A 1CV0A 4EKRA 1LYFA 3SB7A 2NTGA 4S0WA 205LA 2F2QA 1L34A 3C82A 1L37A 256LA 2B73A 1L77A 1L29A 3CDTA 3SBBC 1C6NA 174LA 211LA 1L54A 2OE9X 1L73A 218LA 1L0JA 1XJUA 1L40A 3DMXA 3DN4A 3K2RA 4E97A 4W56A 260LA 1T6HA 3GUNA 122LA 1L27A 3C83A 3SB8A 1QT5A 2OU0X 3D4SA 1L28A 164LA 2O4WA 3C8SA 2RBPA 1L51A 1CTWA 2O7AA 3OE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHIA 248LA 183LA 4DDCA 4NEBA 3AYQA 4LDEA 5KXLA 1JTPL 1TAYA 1GFUA 2Z2EA 3DN0A 3EO5A 5B06A 1KXXA 4G4BA 1C6GA 4N1CC 2OU9A 1L50A 1TLAA 4H8YA 2OE7X 4H9FA 1OUCA 4N8ZA 2DQDY 1LMPA 3TMXA 123LA 1C68A 1L57A 1L32A 1LZ6A 1HEWA 3C81A 188LA 1LSDA 3HH6A 3WMKA 1QTDA 3HH4A 1FKVA 1C6FA 3CT0A 1WQRA 1LJNA 1BVXA 1L09A 1L10A 5L3HA 1D3NA 1LZ4A 1OQMA 1LSAA 5F81A 3J6KA 2HUMA 1YKXX 5KXZA 1I6SA 1WVUA 1A4VA 1LZ1A 4CJ2A 1L45A 2ZIJA 2BQIA 1CV3A 3A6BY 1T6VL 5M1YA 1IVMA 2B5ZA 1ZYTA 4ETAA 1IOSA 1LJJA 160LA 1CJ9A 1YL1X 1LJHA 1FBIX 3DN6A 4FJRA 4ETEA 5KXKA 1IX0A 4NWEA 1LZYA 4LFPA 2RSCA 1C46A 4LZMA 4I7LA 5ILCA 4IAPA 1C7PA 3WYHA 2RB2X 1HF4A 3CT5A 1LZEA 1C6KA 1HHLA 5KXSA 1LYYA 1ZVHL 1CNSA 1D6PA 2RAZX 1L46A 1G7LC 5C6LA 2DQIY 1IWTA 5LYZA 104LA 4H8XA 5LIOA 2HEBA 1L88A 166LA 3FI7A 1P2RA 2H9JA 1CV5A 1L24A 5DN5A 200LA 1FLUA 1OWYA 5I4YA 2IFFY 3M3UA 1LZ9A 1P64A 1GFJA 3AZ5A 3A91A 250LA 234LA 1LGUA 4BS7A 1LYZA 1UCOA 5KXOA 2YBHA 1FDLY 1B2KA 1L02A 4PPOA 257LA 1C60A 1VATA 1C6CA 3WU7A 1L65A 3HT9A 1QUOA 4RDSA 4RW2A 1PQMA 4ETCA 4XJDA 3RZ4A 1LZGA 130LA 2BQCA 3HWLA 3A8ZA 4HTQA 1LJEA 1P7SA 1DYFA 3N9EA 125LA 2YDGA 2I25L 1IORA 169LA 1HMLA 4Z98A 2ZQ4A 1UIEA 120LA 1L16A 5LA8A 1C6AA 1G0PA 3HU8A 5F14A 1EQ4A 1IWVA 4ARMB 3GULA 4B4JA 1GF6A 4QEQA 5D5FA 239LA 4EKPA 1L79A 1L19A 4WM1A 2PC2A 146LA 1XGPC 1YQVY 4YF2A 4XJGA 4OWAA 1L74A 1LKRA 1T8AA 4NG8A 1P46A 2BQOA 2YBJA 4IJ4A 3HT7A 1DPWA 2Z12A 4IATA 1GFHA 231LA 1BB3A 5K7OA 1B5VA 3W6DA 1QT7A 4RLMA 4TUNA 2VB1A 1LLHA 4L41A 2BQNA 5HNLA 241LA 1GFAA 1UIDA 3V2WA 3G3VA 1PQIA 149LA 1HSWA 3P64A 3WVXA 1GF8A 1GEVA 1KIPC 4I7QA 1L26A 5LINA 173LA 4NGLA 4H90A 2I26L 1L44A 1HELA 3OE0A 1KY0A 4NGZA 1VDPA 4GBRB 3F8VA 1LJ4A 5FEKA 1XFPL 2W1XA 3OE6A 4N0JA 1QTCA 3GXRA 1L12A 2ZYCA 1WQMA 4NGWA 3W3EA 3A95A 1UUZC 5L9JA 4NSIA 4YXAC 1KS3A 3SN6R 1UIHA 4ZIXA 1G1WA 1YAQA 1NBZC 2OTZX 3D9AC 3EBAB 4NWHA 4LT0A 115LA 258LA 3NY8A 1XGQC 1DI5A 1LJKA 1VDTA 167LA 2MEBA 2BQBA 4W59A 5L3IA 4C5FA 1HEQA 4WLDA 2YBNA 1KXWA 1CUQA 2B6XA 4PK0A 3F9LA 1JJ1A 2BQMA 4NFVA 2HULA 1GB9A 2DQJY 4LYZA 216LA 161LA 1LZSA 154LA 4M6DA 219LA 1UC0A 1D0MA 2F4GA 230LA 157LA 2HECA 3RUNA 2QARC 4FDYA 1HC0A 4XN6A 1JKCA 4PHIA 4LYMA 4WMGA 4DC4A 1TDYA 2HEEA 5KJ9A 4DD0A 4N5RA 2BQFA 1CKDA 4GCFA 1ZURA 4RW1A 2ANXA 3DMZA 4OOTA 5KXXA 2B75A 3ATOA 3TMWA 1L53A 5I14A 1B5WA 178LA 1JIYA 112LA 1DZBX 1H6MA 1P36A 126LA 3RU5A 171LA 1GF9A 1L70A 1JPOA 1UIFA 1LJ3A 155LA 1C66A 3M18B 4EKRA 2HU1A 4DYGA 2YBIA 3A90A 4S0WA 2FYDA 1L34A 1L37A 2EPEA 4N1EI 2B73A 4GN4A 1XGUC 4O34A 3ZVQA 174LA 211LA 4W96A 1L73A 3LZ2A 1XJUA 9LYZA 1L40A 1J1OY 3B0KA 1DI4A 4H91A 4W56A 4H94A 2Z38A 3RNXA 1GB2A 1NWGA 3GUNA 1B5ZA 1YKYX 1LZ8A 1LZNA 3HFMY 3ZVQB 4LGKA 133LA 1RFPA 4DD7A 3OE8A 4E3UA 1JSFA 1IWUA 4GN3A 5LAGA 1H87A 2XBSA 3W6CA 221LA 1C67A 1BB7A 4HP0A 1L47A 1L99A 165LA 2BLYA 5II3A 107LA 4DWXA 1CU0A 3FA0A 1L21A 1CU2A 1C6HA 2RBRA 6LYZA 1F6RA 1L95A 4UWUA 1IP2A 1C6BA 4LYCA 3GUPA 3WULA 3LZMA 4KL7A 1LYIA 1VDSA 2F4AA 3B0OA 2XJWA 2IHLA 2DKVA 1K28A 2CUUA 1EQEA 1CUPA 4DKLA 3HUAA 1L62A 3BKHA 2D4KA 4WM6A 1T8GA 3CT1A 4OOOA 3TXJA 1L39A 224LA 144LA 1LMOA 5APFA 4ARJA 4NG1A 4I7TA 4W52A 2BQHA 3B0IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHI A;  248L A;  183L A;  4DDC A;  4NEB A;  3AYQ A;  4LDE A;  5KXL A;  1JTP L;  1TAY A;  1GFU A;  2Z2E A;  3DN0 A;  3EO5 A;  5B06 A;  1KXX A;  4G4B A;  1C6G A;  4N1C C;  2OU9 A;  1L50 A;  1TLA A;  4H8Y A;  2OE7 X;  4H9F A;  1OUC A;  4N8Z A;  2DQD Y;  1LMP A;  3TMX A;  123L A;  1C68 A;  1L57 A;  1L32 A;  1LZ6 A;  1HEW A;  3C81 A;  188L A;  1LSD A;  3HH6 A;  3WMK A;  1QTD A;  3HH4 A;  1FKV A;  1C6F A;  3CT0 A;  1WQR A;  1LJN A;  1BVX A;  1L09 A;  1L10 A;  5L3H A;  1D3N A;  1LZ4 A;  1OQM A;  1LSA A;  5F81 A;  3J6K A;  2HUM A;  1YKX X;  5KXZ A;  1I6S A;  1WVU A;  1A4V A;  1LZ1 A;  4CJ2 A;  1L45 A;  2ZIJ A;  2BQI A;  1CV3 A;  3A6B Y;  1T6V L;  5M1Y A;  1IVM A;  2B5Z A;  1ZYT A;  4ETA A;  1IOS A;  1LJJ A;  160L A;  1CJ9 A;  1YL1 X;  1LJH A;  1FBI X;  3DN6 A;  4FJR A;  4ETE A;  5KXK A;  1IX0 A;  4NWE A;  1LZY A;  4LFP A;  2RSC A;  1C46 A;  4LZM A;  4I7L A;  5ILC A;  4IAP A;  1C7P A;  3WYH A;  2RB2 X;  1HF4 A;  3CT5 A;  1LZE A;  1C6K A;  1HHL A;  5KXS A;  1LYY A;  1ZVH L;  1CNS A;  1D6P A;  2RAZ X; 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