1L15A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGVWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l15A00
3NYAA 1L82A 1L86A 147LA 1L14A 180LA 1G0PA 1L41A 1C6NA 3NY9A 201LA 3SB7A 1L08A 1L39A 3F8VA 108LA 128LA 1L75A 1L29A 2O79A 4LDOA 4S0WA 1L45A 1L0KA 1SWYA 2OU9A 161LA 1ZYTA 2RB2X 4W57A 3CDTA 1L16A 4PK0A 2Q9DA 1L25A 1KY1A 1L92A 242LA 1P3NA 249LA 1L20A 1CUPA 1SX7A 2B6WA 4ZPUA 4GBRB 1C6DA 3HDFA 1QTZA 3GUJA 4I7RA 1OWYA 2HUKA 4IAPA 226LA 1LI6A 1G0GA 1T97A 3EMLA 1L38A 2HUMA 3L64A 1QTHA 3PDSA 4PJZA 1G1VA 1QUHA 1LYGA 1L79A 1L44A 141LA 258LA 259LA 1QSQA 1T8GA 1T8AA 1L12A 4E97A 3L2XA 1C6AA 1P6YA 211LA 2RH1A 1L67A 1CX6A 1L91A 126LA 1L50A 1C6TA 1LYFA 3C7ZA 1LGUA 1PQIA 215LA 219LA 4I7SA 3HT6A 127LA 1L73A 107LA 1L74A 261LA 2RB0X 1QT4A 2RBRA 1C60A 4EKQA 1DYCA 205LA 1EPYA 1CV6A 176LA 1L62A 250LA 3HUQA 3V2WA 2LC9A 4EKRA 227LA 222LA 2B75A 1L59A 1L36A 1QS9A 2B72A 246LA 2OEAX 187LA 1L64A 209LA 118LA 1KNIA 1P36A 1CVKA 1G06A 1NHBA 2OTZX 3DN0A 4W55A 5I14A 3RUNA 3DKEX 1L77A 3SB9A 1KY0A 232LA 3HT8A 3JR6A 4I7KA 2F2QA 1CU6A 143LA 3CDVA 3HH4A 186LA 185LA 1OV7A 1QUOA 1L48A 111LA 1LPYA 3HH5A 109LA 175LA 1DYGA 1DYEA 3SBAA 172LA 2B70A 3VW7A 1D2WA 174LA 1L69A 2RBQA 192LA 1LLHA 155LA 4DKLA 1CU5A 3F9LA 164LA 1L22A 1QSBA 1SX2A 229LA 1KW5A 1L32A 1PQDA 2OE7X 4LDLA 3DN1A 243LA 1L10A 2F47A 1L83A 4LZMA 104LA 137LA 3DN4A 240LA 3HT7A 3PBLA 115LA 4ARPA 4OO9A 2QB0B 3HU8A 2O7AA 3GUIA 1L23A 146LA 1C6GA 1SSYA 1G0LA 1XJUA 3DN8A 217LA 1QUDA 173LA 1L34A 1ZWNA 1C6MA 1L63A 1QT5A 1L80A 1L94A 1L06A 1K28A 2B6YA 3SB8A 3G3VA 1G07A 2ANVA 1C6FA 3GUNA 238LA 3FADA 3HWLA 1L55A 3C8QA 1D9WA 2HULA 1L95A 2RB1X 1L87A 1C65A 2LZMA 1P37A 2RBNA 120LA 4EPFA 1P64A 1C6HA 1C66A 4W53A 1D3MA 1QTCA 218LA 262LA 3D4SA 198LA 4W52A 1C61A 1L57A 152LA 1L96A 6LZMA 1OV5A 3SBBC 4EPIA 1L76A 1L21A 1T6HA 3GULA 1JQUA 3HUKA 1L30A 1C69A 1L18A 145LA 2Q9EA 4DAJA 4I7TA 3C7YA 1L07A 1L03A 2NTHA 2A4TA 1L84A 4ARQA 1L81A 167LA 1L02A 1OVHA 189LA 1L26A 2RBOA 239LA 1PQMA 3DN3A 4W54A 3DMVA 224LA 7LZMA 113LA 214LA 3FA0A 177LA 191LA 1L35A 3HH3A 122LA 142LA 199LA 1L24A 231LA 119LA 220LA 3FI5A 1LYIA 1L42A 1I6SA 1OVJA 1QUGA 2ANXA 156LA 221LA 1L85A 4ARQB 114LA 255LA 4DJHA 1L00A 123LA 2OE9X 257LA 151LA 1QT7A 2OE4X 1L98A 2L78A 1G0KA 1LYHA 1L99A 260LA 162LA 1C6BA 1C64A 3RZEA 181LA 200LA 102LA 3LZMA 1D2YA 1L58A 1L97A 182LA 3C8RA 1C68A 212LA 3DN6A 1QT3A 1XEPA 1L72A 1L46A 1L93A 3C81A 1C62A 241LA 165LA 4I7LA 1P46A 3DMXA 1L66A 1DYDA 237LA 197LA 131LA 1L88A 1SSWA 3GUOA 1CU3A 4ARLA 1C6EA 1JTNA 2B6ZA 158LA 1LI2A 2O4WA 4EKSA 1G0QA 1L71A 1L65A 3HTBA 247LA 1C6KA 2B6XA 1LYEA 1LYDA 4I7OA 1L40A 1L60A 1LWGA 1XJTA 206LA 1KW7A 244LA 3HDEA 3HU9A 1L28A 4AQNA 213LA 2CUUA 3QAKA 129LA 149LA 2B7XA 4W51A 188LA 1T8FA 1L09A 1G1WA 1L89A 1LWKA 1CU0A 1TLAA 139LA 4EXMA 1P56A 233LA 1C6QA 1L51A 1CX7A 1CV5A 130LA 163LA 1B6IA 1KS3A 2OU0X 1ZURA 1C6IA 1LI3A 1LYJA 1DYAA 125LA 171LA 1L47A 1L33A 225LA 4I7JA 2F32A 150LA 196LA 1L05A 1L13A 223LA 235LA 3CDQA 3OE0A 3V2YA 3GUKA 3SN6R 1OVKA 1L90A 159LA 2B73A 2RBPA 210LA 2B6TA 178LA 216LA 1C63A 1L11A 256LA 2RBSA 1CV0A 3GUMA 2LCBA 1L61A 1L19A 236LA 4YX7C 184LA 2Z6BA 3HTDA 1L52A 228LA 3C83A 148LE 4EKPA 1PQKA 1L70A 3OE8A 4I7MA 160LA 168LA 2IGCA 4ARJA 4I7NA 1P7SA 190LA 1CUQA 1QS5A 2B74A 4ARMA 4K5YA 245LA 3K2RA 253LA 4W56A 3SB5A 3C8SA 1D3NA 166LA 3DN2A 3OE6A 1L37A 4YXAC 1L68A 3CDOA 234LA 1D3FA 1L53A 2RAZX 1C67A 3DNAA 3HUAA 2OTYX 5LZMA 3CDRA 3GUPA 1G0JA 3OE9A 1L01A 3DMZA 3HH6A 1QT6A 3HTGA 1CTWA 4LDEA 4ARMB 3C7WA 1G0MA 1PQOA 1QTVA 1L43A 1QTDA 1L56A 252LA 2OU8A 1L54A 1L15A 103LA 138LA 110LA 1C6LA 1SWZA 1L17A 4I7PA 1CV4A 3UONA 1P2LA 3C80A 3C82A 3G3XA 1DYFA 1JTMA 3NY8A 1P5CA 1QTBA 1LW9A 1C6PA 3SB6A 3HT9A 1PQJA 1L0JA 4W59A 195LA 2QARC 2RAYX 112LA 1DYBA 1QT8A 4W58A 170LA 169LA 3G3WA 1D3JA 1L31A 1OWZA 1OYUA 230LA 1WTHA 144LA 1P2RA 251LA 157LA 3HTFA 3ODUA 1C6CA 1L49A 1L27A 140LA 4EJ4A 1L04A 2NTGA 1CU2A 1LGXA 4I7QA 254LA 183LA 248LA 4YXCA 1C6JA 1CV1A 4GRVA 1CV3A 1LGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L86A 1UIGA 1L14A 1G0PA 201LA 2ZNXY 5KKIA 1FKQA 1BVKC 5KXZA 161LA 1LJ3A 2RB2X 4PK0A 3A92A 242LA 1KIQC 1CUPA 3TXJA 1EQ4A 4BAPA 1QTZA 3GUJA 3J4GA 5FELA 4J1AA 1OUCA 1OWYA 1XGTC 5LA8A 1JTPL 1VEDA 4HTKA 1BWIA 2HUMA 3L64A 4PJZA 1NMMA 1G1VA 4QEQA 259LA 4NHQA 5LAFA 3TMUA 1L12A 1LMOA 3AZ4A 4B4EA 4E97A 3WL2A 1C6AA 2RH1A 3A6CY 4M6DA 1B5ZA 1PQIA 215LA 4H9FA 4I7SA 1OUJA 5LVKA 127LA 3K3TA 1LSNA 1QT4A 4EKQA 1HSXA 205LA 1CV6A 176LA 250LA 3A3QA 1TBYA 1L36A 1QS9A 1G7HC 4XJIA 187LA 1L64A 1GB2A 209LA 4NGZA 2BQNA 1J1PY 2Z37A 3SB9A 1KY0A 4I7KA 4NG1A 5KJ9A 3WUMA 2LZTA 3HBHA 1GFRA 3A91A 185LA 4HPEA 4WM3A 1L48A 109LA 1LHKA 4TX7A 2B70A 2RBQA 155LA 1D0MA 3F9LA 164LA 1L22A 2CWIA 4LDLA 104LA 1HHLA 1NWGA 1CKDA 4H9HA 240LA 1IWYA 3D3DA 4OO9A 1FN5A 1LKSA 2O7AA 1OUHA 1LJ4A 1LZDA 2VB1A 1UIAA 1C6GA 3OK0A 1XJUA 3D9AC 2BQDA 1QUDA 4U3XB 4Z3MA 1IP6A 1QT5A 1L06A 1F0WA 5KXPA 3GUNA 3M18B 1LMPA 1XEIA 1MELL 1L55A 3C8QA 2HULA 1C65A 5KXTA 2I6ZA 1IWZA 2RBNA 4EPFA 1P64A 1C66A 3VWOA 3T36A 4ZIXA 198LA 1C61A 1L57A 152LA 1L96A 6LZMA 1JWRA 1D6QA 3SBBC 1L76A 2I26L 3CSQA 3LHMA 3EMSA 3HUKA 1B9OA 1BGIA 2BQGA 145LA 3AZ7A 4OOOA 1XFPL 4DAJA 3C7YA 4H92A 1L84A 4ARQA 167LA 3CT1A 1GBZA 2RBOA 239LA 5J7CA 214LA 1JTTL 2I25L 191LA 3G3AB 4NGWA 1REYA 1TAYA 1B7NA 4H93A 5I5QA 4HJYA 4ML7A 1OP9B 1IOCA 1YAQA 1QUGA 221LA 1L85A 1YANA 5IHGA 1XGRC 1L00A 2OE9X 2OE4X 1L98A 1QIOA 1G0KA 1JITA 1LSCA 1L97A 1WQPA 1JJ0A 1TDYA 4B4JA 5KXWA 1L72A 3EXDA 4DD3A 1KXXA 4XENA 241LA 5HMVA 4WLTA 3DMXA 3TXBA 237LA 1IVMA 1JSFA 4RLNA 1C08C 1HEMA 5B06A 1CKFA 1WQNA 1YKXX 1T6VL 4NWHA 1JTNA 1LI2A 1NDMC 1GB9A 1GEVA 3P66A 2B6XA 2W1LA 1XJTA 4TSCA 2HUBA 3TMWA 1HENA 3RU5A 5L3IA 2DQIY 1B7MA 1D0KA 4AQNA 1FKVA 1G7MC 5LYZA 1QDTA 4DT3A 1T8FA 1LWKA 4BADA 3M3UA 1H87A 1LZCA 5KKJA 1LSYA 1UUZC 1ZURA 2DQEY 125LA 2IHLA 3AW6A 4OWCA 4XJFA 3WW5A 4UWVA 1XSFA 5KXOA 1L05A 3WPKA 3V2YA 1YL1X 2B5ZA 3GXKA 1DI3A 2B73A 2HTXA 5DLAA 210LA 4J1BA 1L11A 1GAZA 1ALCA 2RBSA 2BLYA 1VDSA 4G4CA 3W6CA 5C6LA 4GCEA 236LA 184LA 2Z6BA 2F30A 3HTDA 1JJ1A 3A90A 4I7MA 2IGCA 1SLYA 1P7SA 2B74A 5F14A 245LA 1ZVYB 3N9EA 1EQEA 3C8SA 3OE6A 1QDRA 1VFBC 4RW2A 1LJGA 1L53A 3DNAA 3HUAA 4HV1A 5LZMA 4LFPA 1LSAA 1BWJA 3W3EA 1H6MA 1XEKA 3OE9A 4WM6A 1L01A 4YEOA 4ARMB 1IOSA 1QTDA 1LHMA 1L56A 3WYHA 2OU8A 1QQYA 4H91A 138LA 3LYTA 4I7PA 1CV4A 1LZEA 4N8ZA 3UONA 1GDXA 1P5CA 3ATOA 1QTBA 1JSEA 1CJ7A 3HT9A 1IC5Y 1VAUA 2RAYX 1DYBA 2HEBA 4H9BA 5KXRA 1WTHA 3FE0A 1P2RA 1LJKA 3ODUA 2CGIA 2YVBA 5KY1A 4GLAA 5K7OA 5DM9A 4I7QA 4GN5C 2LYMA 4ZFPA 1IO5A 1REXA 180LA 3NY9A 1C6NA 4NFVA 3RT5X 208LA 3SB7A 1L39A 3F8VA 2A7FA 2O79A 2FBBA 4LDOA 2ZIKA 1JKCA 1L0KA 1BHZA 2OU9A 4YEMA 1NHEA 1HFYA 2YDGA 5E9RA 3B0KA 1I1ZA 4H8YA 249LA 2B6WA 4XYYA 1J1OY 1AZFA 4KXIA 1C6DA 4EOFA 2D6BA 2HUKA 4IAPA 1LI6A 4Z41A 4DDAA 1IY3A 2XTHA 4NG8A 1AT5A 5ILCA 1QUHA 1L44A 3IJVA 258LA 1G7LC 1GF7A 1T8GA 5LYTA 1T8AA 1F10A 4G4BA 4WM4A 1P6YA 4DQJA 1CKGA 1CX6A 126LA 5LVGA 1HNLA 1LGUA 219LA 3HT6A 4YM8A 2Y8PA 107LA 1HSWA 4MSTA 3A8ZA 261LA 2RB0X 1UC0A 1L62A 2YBNA 1OUAA 227LA 222LA 4H9IA 1L59A 4GCBA 2YBLA 3ZVQA 3HFMY 1KNIA 1JEFA 1CJ9A 2RSCA 1SQ2L 2G4QA 3DN0A 4G4HA 2BQHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L86 A;  1UIG A;  1L14 A;  1G0P A;  201L A;  2ZNX Y;  5KKI A;  1FKQ A;  1BVK C;  5KXZ A;  161L A;  1LJ3 A;  2RB2 X;  4PK0 A;  3A92 A;  242L A;  1KIQ C;  1CUP A;  3TXJ A;  1EQ4 A;  4BAP A;  1QTZ A;  3GUJ A;  3J4G A;  5FEL A;  4J1A A;  1OUC A;  1OWY A;  1XGT C;  5LA8 A;  1JTP L;  1VED A;  4HTK A;  1BWI A;  2HUM A;  3L64 A;  4PJZ A;  1NMM A;  1G1V A;  4QEQ A;  259L A;  4NHQ A;  5LAF A;  3TMU A;  1L12 A;  1LMO A;  3AZ4 A;  4B4E A;  4E97 A;  3WL2 A;  1C6A A;  2RH1 A;  3A6C Y;  4M6D A;  1B5Z A;  1PQI A;  215L A;  4H9F A;  4I7S A;  1OUJ A;  5LVK A;  127L A;  3K3T A;  1LSN A;  1QT4 A;  4EKQ A;  1HSX A;  205L A;  1CV6 A;  176L A;  250L A;  3A3Q A;  1TBY A;  1L36 A;  1QS9 A;  1G7H C;  4XJI A;  187L A;  1L64 A;  1GB2 A;  209L A;  4NGZ A;  2BQN A;  1J1P Y;  2Z37 A;  3SB9 A;  1KY0 A;  4I7K A;  4NG1 A;  5KJ9 A;  3WUM A;  2LZT A;  3HBH A;  1GFR A;  3A91 A;  185L A;  4HPE A;  4WM3 A;  1L48 A;  109L A;  1LHK A;  4TX7 A;  2B70 A;  2RBQ A;  155L A;  1D0M A;  3F9L A;  164L A;  1L22 A;  2CWI A;  4LDL A;  104L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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