1L17A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNVFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l17A00
4I7OA 1L62A 1L04A 180LA 1L01A 196LA 1L96A 1DYDA 228LA 1G0JA 1QUDA 4W56A 3RUNA 1JTNA 1C6BA 1G07A 226LA 1CV5A 4IAPA 1L79A 1DYBA 3K2RA 1L03A 1KY0A 249LA 1L20A 3SBBC 240LA 1L98A 4ARQB 4W51A 1L28A 1EPYA 3LZMA 3CDTA 1L91A 2B70A 152LA 3DKEX 4PK0A 3HTGA 2OTYX 232LA 2RBSA 1D3FA 1G0KA 4W55A 4DJHA 1L08A 191LA 241LA 2B72A 242LA 4I7KA 220LA 259LA 157LA 5LZMA 2RBOA 3C81A 217LA 4ARJA 1L56A 1ZYTA 3DN2A 1DYEA 230LA 261LA 3JR6A 1P5CA 1L52A 1T8FA 221LA 2HULA 3HH4A 2RBRA 115LA 1QUOA 1L55A 3G3VA 3FADA 2QARC 4LDLA 1C6FA 1QS5A 3SB8A 223LA 112LA 1L51A 1XEPA 1P46A 1PQIA 2QB0B 128LA 3DN8A 1CV3A 4EPIA 1D3MA 1L38A 127LA 1CUPA 250LA 150LA 1XJTA 1L47A 238LA 2B6TA 107LA 1D3JA 1OVKA 1C6PA 1C68A 1D9WA 3OE0A 3C8QA 122LA 1C62A 1DYAA 1L87A 168LA 1L45A 1L65A 3DNAA 1L59A 2NTGA 3HWLA 155LA 159LA 2LC9A 140LA 4GBRB 172LA 4W52A 1L23A 222LA 1L0JA 192LA 3GULA 130LA 206LA 1L63A 1L49A 1LWGA 3CDOA 137LA 3C7YA 1C6JA 4OO9A 1L67A 2B6XA 3C83A 165LA 195LA 1L86A 2LCBA 1QT6A 201LA 2HUMA 211LA 2B75A 1L44A 4DAJA 173LA 1LGUA 1C6LA 3HTDA 3UONA 4EJ4A 1QTHA 1B6IA 1C6KA 1L40A 1P2LA 2ANXA 2O7AA 1LLHA 3OE9A 1CU3A 1L75A 1C66A 3NY8A 108LA 187LA 3HTBA 1DYFA 1T8AA 2RB0X 1C6CA 2A4TA 1L41A 3VW7A 169LA 2RB1X 1LYHA 3NYAA 3L2XA 3FA0A 1OYUA 3SBAA 1D2YA 1L74A 147LA 2F32A 3CDRA 3DN3A 4W57A 1C6DA 2Z6BA 2Q9DA 4ARLA 4I7LA 199LA 3ODUA 1C6QA 1L77A 2OU8A 4E97A 212LA 162LA 1L26A 1LYGA 2LZMA 4W58A 3GUOA 1L35A 158LA 1QTDA 3C8SA 4I7NA 141LA 1L83A 1SX7A 3RZEA 1OVHA 161LA 164LA 1L73A 1QT4A 3D4SA 3L64A 1C67A 138LA 1L09A 1L85A 2RB2X 1WTHA 4K5YA 2OU0X 1L15A 1L24A 3HT9A 3QAKA 3OE8A 1L30A 1L58A 3DN1A 1DYGA 1G0PA 1L33A 1G06A 1K28A 3V2YA 2F2QA 184LA 3C80A 146LA 1G1WA 256LA 1CX7A 111LA 3HTFA 1P64A 1QTCA 229LA 3HT8A 1QT7A 262LA 145LA 1L70A 1L64A 1L48A 120LA 1SWYA 110LA 1L66A 174LA 1G0GA 255LA 3SB7A 2B6ZA 1P36A 4I7RA 1KW5A 3SB5A 1OWYA 163LA 1C61A 1L34A 3DMVA 3CDQA 1CX6A 2OTZX 257LA 4W53A 3GUNA 1L84A 1KW7A 252LA 237LA 1OVJA 3NY9A 1D3NA 1LYFA 2RH1A 1L42A 200LA 2OE9X 1CV6A 1LYJA 216LA 1D2WA 1T6HA 103LA 1C6TA 1LGXA 3SN6R 1C60A 1LWKA 1C6EA 1L53A 4ARMA 123LA 205LA 4ZPUA 1QSBA 175LA 1CUQA 1L57A 3C7ZA 3DN0A 1T8GA 3HUQA 1QT5A 1L14A 260LA 1QT3A 1CV0A 1P2RA 166LA 151LA 1PQKA 1CU6A 1ZWNA 1G1VA 246LA 2F47A 3V2WA 4I7PA 2ANVA 3HH6A 1LGWA 185LA 1L94A 149LA 3C82A 258LA 1QUHA 4I7TA 1PQDA 1NHBA 4I7QA 102LA 2RBQA 3CDVA 177LA 4I7SA 2L78A 248LA 1L06A 3OE6A 1T97A 2Q9EA 1L21A 4EKRA 3GUJA 239LA 224LA 1CU2A 4EKPA 1L61A 1L54A 118LA 1L81A 3HT6A 3DN4A 1JQUA 4W54A 4EXMA 4LZMA 1QTZA 183LA 234LA 236LA 1SSWA 1L02A 2OU9A 1SX2A 188LA 215LA 129LA 4LDEA 1P3NA 1L19A 1P7SA 1CU5A 186LA 1QTBA 235LA 143LA 6LZMA 1L36A 1L05A 3SB6A 4YXCA 2HUKA 144LA 213LA 1G0LA 2B73A 1OWZA 160LA 3HH5A 1LI2A 3F8VA 4YXAC 1LI3A 1JTMA 1L32A 5I14A 4ARPA 1L89A 1L43A 2O79A 2OE4X 4EKQA 139LA 1P6YA 1CVKA 1L97A 3HDFA 1L92A 4EKSA 1G0MA 3C8RA 4S0WA 119LA 1P56A 3HUAA 1L37A 1L99A 114LA 1L12A 104LA 1L29A 2RAYX 3HH3A 1L82A 4ARMB 198LA 3SB9A 125LA 131LA 170LA 2RBNA 1L22A 1QUGA 231LA 3GUMA 1CV4A 210LA 3EMLA 1L71A 1PQMA 227LA 4LDOA 2OE7X 4W59A 1C6AA 1L11A 3HUKA 1SSYA 1L93A 1L90A 2B6YA 1L27A 1PQOA 171LA 181LA 1L76A 167LA 1I6SA 190LA 3HU8A 4EPFA 3PBLA 1KY1A 243LA 3GUKA 4ARQA 1CV1A 1L39A 1L31A 1C6IA 2O4WA 4AQNA 219LA 4PJZA 214LA 4YX7C 126LA 1KNIA 2B6WA 1L68A 1L25A 1L88A 156LA 1LYEA 244LA 3HT7A 233LA 1L80A 225LA 178LA 3DMZA 3PDSA 2IGCA 218LA 2RAZX 1L16A 1L60A 1QT8A 3GUIA 1L00A 1XJUA 2RBPA 1L18A 1QS9A 2B74A 1PQJA 182LA 1C63A 253LA 1KS3A 1LPYA 1C6MA 1OV5A 2OEAX 4GRVA 1G0QA 2B7XA 251LA 176LA 1L69A 1L17A 3G3WA 3F9LA 1C65A 1DYCA 1C6HA 247LA 1P37A 245LA 142LA 1TLAA 1C6GA 1C6NA 1ZURA 189LA 4I7MA 1CU0A 1LYIA 1C69A 1L46A 1L50A 1L95A 3HU9A 1QSQA 1OV7A 3DN6A 1SWZA 1LYDA 3C7WA 1LI6A 209LA 1L10A 7LZMA 148LE 4DKLA 4I7JA 1L72A 1L13A 113LA 2NTHA 3GUPA 1CTWA 2CUUA 254LA 197LA 1LW9A 3DMXA 3G3XA 3FI5A 109LA 1QTVA 1L07A 3HDEA 1C64A 1L0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L62A 1L01A 1GB9A 1G7MC 1LZDA 1CNSA 3IJUA 3LN2A 4NEBA 1LSZA 226LA 4YEMA 4HPIA 1CV5A 3LYTA 1KY0A 1P2CC 4R6CA 4P2EA 2BLYA 1L98A 4W51A 3CDTA 4I0CA 2B70A 4WO9A 1B5WA 3DKEX 2D91A 5FDJA 232LA 1D3FA 1RJCB 5B59A 1DKKA 1GF3A 2B72A 5DN4A 220LA 1LSGA 1QUTA 4DD9A 157LA 217LA 2DQIY 4ARJA 1L56A 4AGAA 1XGRC 3BKVA 4OW1A 1JTPL 3HH4A 5L3IA 1CKGA 1H6MA 2ZQ4A 2ZWBA 1L51A 1PQIA 2QB0B 4EPIA 1LKSA 1B5YA 3P68A 1L47A 238LA 4DD1A 3WL2A 1GF7A 2BQDA 1GFJA 4NHIA 3C8QA 1D6PA 1L87A 2LYMA 1L45A 4EMNA 3DNAA 2NTGA 3WW5A 2LC9A 4GBRB 1CJ6A 1YQVY 1AKIA 1IWVA 1LWGA 3LYOA 3C7YA 1JJ0A 1L67A 165LA 1L86A 1HSWA 1QT6A 201LA 2MEFA 4DD2A 2BQKA 1GDXA 5F16A 173LA 4QGZA 1BB7A 1C6LA 1GFEA 2F2NA 1XGUC 3UONA 4EJ4A 1QTHA 1JJ1A 2YBJA 1LLHA 4ETEA 4GLAA 1A4VA 187LA 2LHMA 2D4KA 3HTBA 5KXSA 5LVKA 2D4IA 4C5FA 3TXJA 1C6CA 1E8LA 1HMLA 4PPOA 1BB3A 1L74A 3CDRA 1WTMA 3EXDA 2Y8PA 2XBRA 1IC7Y 4J7VA 2MEDA 4NWHA 4PRUA 1LYGA 4DD3A 3AZ4A 1F10A 158LA 1B7LA 1QTDA 4I7NA 141LA 4AXTA 161LA 2FYDA 2EPEA 3D4SA 2DQDY 1LZ5A 1BB4A 3L64A 4GCFA 1B7NA 1L85A 2RB2X 2YSSC 1JWRA 1L15A 1L24A 2OU0X 3LYMA 4YENA 1HELA 1L30A 2Z39A 1L58A 4HTNA 1G06A 2ZNXY 5LVHA 1LZNA 1G1WA 1CX7A 1REXA 5LVIA 262LA 3SB7A 3N9EA 4H8XA 3SB5A 2I26L 1YROA 5KXMA 1L34A 1B7SA 1CX6A 257LA 1LHKA 4D9ZA 5FELA 1LYFA 1REMA 1D2WA 1T6HA 2BQMA 4ANRA 1C45A 3AW7A 3E3DA 3SN6R 1C6EA 1B2KA 4ARMA 205LA 2DBTA 5L9JA 1JKDA 4BAFA 1RE2A 2G4PA 3C7ZA 3DN0A 1CJ9A 4NHSA 260LA 1GHLA 4WG1A 1UIFA 1V7SA 2LZ2A 2BQFA 1P2RA 1GE1A 151LA 1PQKA 1LCNA 2F4AA 4TX7A 4WG7A 1AM7A 4LYCA 3WPJA 1GFUA 4YOPA 4RLMA 185LA 3LHMA 1LSNA 4N1CC 1ALCA 1LAAA 5E4PA 3C82A 4EOFA 5LYTA 5LIOA 4I7SA 2YDGA 3QNGA 3TXEA 1LSBA 3W6CA 2Q9EA 2Z12A 2LYZA 4EKRA 3GUJA 224LA 1CU2A 4II8A 4NHTA 118LA 3AGGG 1QTZA 1N4FA 1SX2A 2HEEA 1BB6A 1IWUA 2YVBA 4G9SA 3BKHA 4WOAA 4HJVA 1P7SA 186LA 1UC0A 1QTBA 1HERA 1QTEA 2A7DA 144LA 213LA 3LZ2A 2B73A 1QTKA 5KXTA 5I14A 1YILA 1P6YA 1L97A 1L92A 2ZYCA 5F14A 3C8RA 5I53A 1L82A 4Z41A 1IO5A 3SB9A 1DZBX 131LA 5F81A 1QUGA 3RT5X 2XBSA 3EMLA 4ETCA 1GFKA 1JPOA 8LYZA 1PQMA 1GFRA 4LDOA 1WQOA 5I4XA 4KT3A 3HUKA 1L93A 3HBEX 2BQJA 5I54A 167LA 208LA 2BQHA 4NGJA 1L39A 219LA 4WM1A 1YANA 214LA 4YX7C 2B6WA 5M1YA 3WVXA 3N9AA 1OUEA 1PZYA 1LYEA 244LA 233LA 3PDSA 3ZVQA 2FYCA 4PRQA 2HEBA 2HU3A 1HFZA 1JIYA 1BWHA 1XJUA 2RBPA 1QS9A 1PQJA 3B72A 3WVYA 1KS3A 1UIDA 1F6RA 2D4JA 2OEAX 1G0QA 133LA 1ZVYB 176LA 3G3WA 3A91A 3N9CA 1DYCA 1LJJA 4CJ2A 1C6NA 194LA 3HU9A 1SWZA 1LYOA 1L10A 1LZ9A 1W08A 4DKLA 2NTHA 5KXYA 254LA 4A7DA 4TSCA 1UIHA 1L04A 180LA 4QDNA 1JSEA 1DQJC 1L96A 1YAMA 5D5CA 4YF2A 1DYDA 1B7MA 3WXUA 3AGIA 2W1LA 1G0JA 1C6BA 1LJGA 4B4EA 1L79A 1GB3A 1L20A 1L28A 1EPYA 1LYZA 1L91A 4HTKA 1GBOA 1GF0A 1G0KA 1V7TA 4DJHA 3TXFA 1D0MA 5B1FA 1JKBA 5KJ9A 2XTHA 230LA 1P5CA 4WLDA 1LMOA 1IP2A 1L55A 2XJWA 3G3VA 1HFXA 3FADA 4LDLA 1C6FA 3SB8A 4WLXA 1H87A 1NDGC 1XEPA 1P46A 128LA 1TAYA 3P4ZA 1TDYA 1JHLA 150LA 1LSYA 2F30A 1JISA 2B6TA 107LA 1HF4A 1D3JA 1TBYA 1D6QA 1LZ4A 1OVKA 1C6PA 4J0LA 1D9WA 4HV2A 4LYTA 5DL9A 4DD0A 1C62A 1UACY 5HMJA 1QDTA 1L65A 1L59A 3HWLA 159LA 3LYZA 1YAPA 4NSJA 1XEJA 3AZ6A 4TSBA 1VDSA 192LA 3GULA 206LA 1L63A 3RZ4A 1B5VA 137LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L62 A;  1L01 A;  1GB9 A;  1G7M C;  1LZD A;  1CNS A;  3IJU A;  3LN2 A;  4NEB A;  1LSZ A;  226L A;  4YEM A;  4HPI A;  1CV5 A;  3LYT A;  1KY0 A;  1P2C C;  4R6C A;  4P2E A;  2BLY A;  1L98 A;  4W51 A;  3CDT A;  4I0C A;  2B70 A;  4WO9 A;  1B5W A;  3DKE X;  2D91 A;  5FDJ A;  232L A;  1D3F A;  1RJC B;  5B59 A;  1DKK A;  1GF3 A;  2B72 A;  5DN4 A;  220L A;  1LSG A;  1QUT A;  4DD9 A;  157L A;  217L A;  2DQI Y;  4ARJ A;  1L56 A;  4AGA A;  1XGR C;  3BKV A;  4OW1 A;  1JTP L;  3HH4 A;  5L3I A;  1CKG A;  1H6M A;  2ZQ4 A;  2ZWB A;  1L51 A;  1PQI A;  2QB0 B;  4EPI A;  1LKS A;  1B5Y A;  3P68 A;  1L47 A;  238L A;  4DD1 A;  3WL2 A;  1GF7 A;  2BQD A;  1GFJ A;  4NHI A;  3C8Q A;  1D6P A;  1L87 A;  2LYM A;  1L45 A;  4EMN A;  3DNA A;  2NTG A;  3WW5 A;  2LC9 A;  4GBR B;  1CJ6 A;  1YQV Y;  1AKI A;  1IWV A;  1LWG A;  3LYO A;  3C7Y A;  1JJ0 A;  1L67 A;  165L A;  1L86 A;  1HSW A;  1QT6 A;  201L A;  2MEF A;  4DD2 A;  2BQK A;  1GDX A;  5F16 A;  173L A;  4QGZ A;  1BB7 A;  1C6L A;  1GFE A;  2F2N A;  1XGU C;  3UON A;  4EJ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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