1L17A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNVFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l17A00
1L84A 1L0KA 173LA 1L91A 243LA 1LYIA 1LYHA 2RBOA 3SN6R 1QT5A 1LWKA 2ANVA 1L33A 1L0JA 2ANXA 2F47A 1L97A 246LA 4I7OA 188LA 1CU2A 4I7KA 3C7YA 1L39A 4OO9A 3SB7A 209LA 211LA 198LA 1L63A 3HTBA 197LA 1G07A 1C60A 1G0JA 3C81A 1PQOA 1CUPA 129LA 1PQMA 3C82A 159LA 2B75A 3UONA 4W56A 231LA 1CX6A 3GUMA 1CV4A 1L17A 4PK0A 1L09A 2B6XA 1L00A 1C67A 1ZURA 1L75A 1DYGA 1LWGA 4I7MA 2B6TA 1L62A 4GRVA 4K5YA 234LA 2B72A 1C6EA 4I7QA 2HUKA 3QAKA 1D3FA 2CUUA 4I7SA 3GUJA 1DYDA 1LYDA 252LA 4ARLA 1KS3A 2RAZX 1L68A 2RAYX 1L80A 1CVKA 1QT6A 260LA 4EXMA 3HUAA 1G0GA 1C6IA 3HH6A 2OU0X 1C6JA 1CU0A 107LA 3PBLA 247LA 1L31A 1OVKA 1C63A 3C8RA 4EKSA 1L77A 3HH4A 251LA 1G0PA 1QTDA 224LA 3DN6A 1C6DA 3SBAA 3SB9A 1L60A 125LA 1L46A 177LA 2RBNA 1QUDA 1L82A 1KNIA 4W55A 1L83A 1CU6A 233LA 255LA 2B6YA 1L69A 148LE 1LYEA 244LA 175LA 4ARPA 254LA 151LA 1L99A 1ZWNA 4W51A 192LA 1L20A 149LA 2LZMA 3F9LA 1L05A 1LYJA 1C69A 2Z6BA 1L35A 213LA 1G1WA 3G3VA 1CV3A 1G0KA 114LA 3HTFA 2LC9A 229LA 4ARJA 182LA 1L26A 1D3JA 1CV5A 3GUIA 236LA 141LA 5LZMA 1L56A 1QTCA 3GUNA 166LA 4I7TA 2O79A 1C6QA 1CTWA 1SX7A 171LA 137LA 1L41A 1L06A 1QUOA 110LA 184LA 145LA 1L53A 5I14A 165LA 3C7ZA 1L18A 1DYEA 257LA 1KW7A 3CDVA 123LA 4I7NA 1L92A 199LA 4DKLA 1C6NA 1L25A 3HUQA 200LA 1L38A 4ZPUA 4EKQA 1QUGA 1OWYA 3L2XA 119LA 1CV0A 2QB0B 1T6HA 3DN3A 1PQIA 1CV6A 2HULA 1NHBA 2B70A 3LZMA 1OV5A 3OE0A 178LA 1T8FA 225LA 144LA 1L58A 161LA 4E97A 1D2WA 1QS5A 112LA 128LA 2QARC 1C6KA 4YXCA 1PQJA 4W58A 1L43A 3NY8A 1L70A 205LA 118LA 3GUPA 4EPFA 155LA 1L04A 3L64A 2OE7X 183LA 108LA 4LDEA 3DN2A 2RBRA 1L28A 4ARQB 4S0WA 1L72A 2RB2X 1L74A 3CDRA 3VW7A 1C6TA 230LA 111LA 1B6IA 1SSYA 1L12A 1OWZA 1D3MA 3RUNA 3OE9A 2RBPA 1L36A 3FA0A 1P7SA 140LA 1C6LA 138LA 1DYCA 1QTZA 248LA 1L76A 3FADA 1LGXA 131LA 1XEPA 196LA 1G0QA 2RB0X 1L40A 249LA 1C6HA 104LA 1KW5A 1P36A 1P2LA 167LA 3DN8A 1L57A 158LA 3C83A 169LA 1OVJA 1QT8A 2O4WA 103LA 3SB8A 2B7XA 3NYAA 253LA 4AQNA 102LA 150LA 1L08A 239LA 1L87A 126LA 1C61A 4ARMA 1L23A 201LA 180LA 3DMVA 4W59A 4ARQA 1D2YA 1L07A 1L55A 195LA 4DAJA 1G0LA 2HUMA 2RH1A 3DN4A 1K28A 4I7RA 3V2WA 3ODUA 3PDSA 157LA 3C8QA 1I6SA 1C6GA 3HT6A 2OE4X 1L50A 227LA 216LA 1L11A 1P3NA 1LGUA 221LA 113LA 2OU9A 142LA 1L01A 3FI5A 1ZYTA 1P64A 3SBBC 1LGWA 4EJ4A 1L88A 3DMXA 1L42A 3CDQA 1OVHA 220LA 1G06A 1L85A 185LA 1L16A 242LA 1C64A 1L02A 4LDLA 1QT3A 3G3WA 1CU3A 3D4SA 1L98A 237LA 1SWYA 1SWZA 162LA 4YX7C 1L52A 1L86A 1TLAA 4IAPA 3GULA 3DKEX 143LA 226LA 1L95A 1L15A 217LA 1OV7A 122LA 1G1VA 3EMLA 1L81A 206LA 1KY1A 4DJHA 1SSWA 3C80A 3NY9A 241LA 1DYBA 256LA 250LA 2B6ZA 1P37A 1C6BA 1P5CA 3HH3A 4W52A 240LA 1C6FA 212LA 109LA 170LA 1LLHA 2IGCA 1QT7A 1CUQA 3HTDA 3CDOA 6LZMA 223LA 1P2RA 1C62A 1SX2A 1QT4A 152LA 1L29A 1L65A 190LA 1QTVA 3RZEA 1L90A 1XJTA 2L78A 1L21A 1L37A 1WTHA 3HWLA 4LDOA 1KY0A 1PQKA 186LA 187LA 3OE6A 1L93A 174LA 2OTZX 2Q9EA 1QSBA 232LA 1P56A 2LCBA 4ARMB 1L32A 1L47A 3SB5A 1L54A 1T8AA 3OE8A 4W57A 228LA 2Q9DA 3HU8A 3GUOA 1QSQA 2F2QA 3JR6A 1L19A 1L51A 1L89A 3HUKA 3HU9A 1LI6A 1L14A 3C7WA 2B6WA 2B73A 115LA 3HDEA 1T8GA 4EPIA 1D3NA 219LA 3HTGA 259LA 3HT8A 1C6PA 3SB6A 1L66A 1L34A 4W54A 1L10A 1C68A 210LA 2RBSA 261LA 1QUHA 1L03A 3HDFA 1L79A 1D9WA 2B74A 4W53A 1T97A 2OE9X 3HT7A 1DYFA 1L30A 2OTYX 262LA 1L59A 1L49A 3DMZA 1DYAA 176LA 147LA 1P46A 3GUKA 1C66A 156LA 2NTHA 1L48A 3DNAA 189LA 1L64A 1L27A 1L94A 1L71A 1CX7A 1L13A 3HH5A 146LA 3DN1A 1OYUA 222LA 1P6YA 2RB1X 1EPYA 238LA 1XJUA 1JTMA 3DN0A 2A4TA 1QS9A 1CU5A 4PJZA 1C6AA 127LA 130LA 4EKRA 1L67A 3V2YA 1L22A 1L61A 1CV1A 191LA 1L44A 160LA 1LI3A 1L73A 1C6CA 1LI2A 215LA 2F32A 258LA 3CDTA 168LA 1G0MA 1L96A 218LA 4GBRB 3C8SA 4I7PA 3G3XA 1LPYA 7LZMA 2RBQA 163LA 1L45A 3F8VA 2OU8A 4EKPA 1PQDA 1LW9A 2OEAX 172LA 139LA 181LA 4LZMA 1JQUA 4I7LA 164LA 1C65A 3K2RA 120LA 1JTNA 235LA 2NTGA 4YXAC 245LA 1L24A 2O7AA 1QTBA 1LYFA 1QTHA 3HT9A 4I7JA 1C6MA 214LA 1LYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGIA 5A3ZA 1L91A 1LYIA 1QSWA 1LWKA 3MGWA 2CGIA 1L0JA 4PRQA 3A3RX 1P2CC 1WQOA 2Q0MX 1NDGC 188LA 1JEFA 1GFUA 1XGRC 3C7YA 209LA 3AZ5A 1GB0A 1LMAA 129LA 159LA 2B75A 5JENB 4H9BA 1HFYA 1LJ4A 4LZTA 2YBLA 1L09A 3P65A 2Z39A 1L00A 1ZURA 4I7MA 4O34A 208LA 2B72A 1C6EA 2HUKA 2Z2EA 2NWDX 3WU7A 1UIEA 2CUUA 3OJPA 2RAZX 4EXMA 1G0GA 1C6IA 1IWUA 4OOOA 1ALCA 3WU8A 3C8RA 1C63A 4QEQA 1L77A 1RI8B 3HH4A 1SLYA 1QTDA 2BLYA 3DN6A 4DDCA 3A3QA 2G4PA 2YBJA 1L82A 1LJEA 1CJ8A 1CU6A 255LA 244LA 4RW1A 4GN4A 1JUGA 4A7DA 1UUZC 1C69A 213LA 1UA6Y 2F4GA 1LHLA 3HTFA 4ARJA 182LA 3CSRA 1D3JA 1LZ9A 1OUEA 236LA 141LA 4ML7A 1JKDA 1DZBX 1CTWA 5B1FA 4NY5A 1REMA 1GFEA 1QUOA 184LA 145LA 3HFMY 3TXFA 1L53A 2BQGA 5LINA 165LA 135LA 2MECA 257LA 4GN5C 3CDVA 1I56A 1HFXA 4Z41A 1C6NA 1L25A 3HUQA 3A6CY 1LJGA 1L38A 4N1EI 5T3FA 4B4JA 1OWYA 3L2XA 4KPMA 4Z46A 3AYQA 1LAAA 4HTQA 1NHBA 1OV5A 5LVKA 1OP9B 4MR1A 4E97A 4GCEA 4LT1A 5B1GA 1QS5A 4OW1A 2QARC 1C6KA 4H9EA 4YXCA 1L70A 205LA 2YBMA 3IJVA 118LA 1IORA 1F6RA 1NQIA 5C6JA 2HEFA 4HJZA 4NGYA 4OWAA 3RZ4A 1GF8A 1LJJA 4YEOA 3VW7A 1OUBA 111LA 1KXYA 1OUDA 6LYZA 1L36A 3IWRA 1P7SA 1LZSA 1C6LA 1QDRA 1DYCA 1QTZA 3FADA 1L76A 2H9KA 131LA 4NHQA 2Z38A 249LA 1C6HA 2ZQ3A 4I0CA 2DQDY 5LVJA 4II8A 2BQNA 2O4WA 103LA 2B7XA 4NHTA 4RW2A 1UCOA 2N5ZA 4X3BA 1GBXA 4ARMA 4NGVA 1LZ8A 1NBYC 1LSYA 4I7RA 2BQOA 1OUGA 4XJBA 1V7SA 1JJ0A 3PDSA 2D6BA 1WQQA 3C8QA 1CKHA 4WG1A 1LSEA 1L11A 221LA 2OU9A 142LA 1FDLY 3SBBC 3HBEX 4OWBA 3CB7A 1LMCA 1ZV5L 5KY1A 4PJ2C 1LZAA 220LA 2BPUA 1L85A 2D4JA 3OK0A 1L16A 1C64A 1LZNA 4HJYA 4LYZA 1F10A 162LA 5EBHA 4YX7C 1L86A 1IC7Y 1TLAA 2BQLA 4IAPA 3WH1A 1GE3A 143LA 4H9FA 4AXTA 4H9IA 3EMLA 4DJHA 1GWDA 1DYBA 4H94A 256LA 3HH3A 1C6BA 4W52A 4U3XB 3HTDA 3W6AA 5M1YA 5FHWA 1F0WA 3RZEA 1XJTA 1WVVA 1LJ3A 1GEZA 187LA 1GFAA 4P2EA 1FKVA 1L32A 1YAQA 4UWVA 5II3A 3QE8A 4W57A 3AZ4A 1YQVY 3A90A 3HU8A 1QSQA 4NSHA 1FLQA 4LYBA 3HUKA 3HU9A 4J7VA 5F9XA 3C7WA 3A67Y 3HDEA 1T8GA 219LA 4KT3A 1CNSA 3LYOA 3WUAA 1GEVA 1LZTA 4WG7A 1UIFA 1L10A 3E3DA 1LZGA 1UIDA 1LSNA 1YL0X 3HDFA 1DYFA 4DWXA 1DYAA 1LSZA 1B0DA 1LJNA 156LA 2NTHA 3LZ2A 4ET8A 1OUIA 3BKHA 4BAFA 1LPIA 1L71A 1CX7A 2BQFA 5LAGA 3A94A 5FELA 1JITA 1UICA 238LA 1LJFA 1JPOA 4G4CA 1C6AA 4EKRA 2BQCA 1BB3A 1L67A 1LHHA 1B5XA 1IP6A 4FJRA 3W6FA 1L44A 4LYCA 4H1PA 1LI3A 3WYHA 1C6CA 1LI2A 1B7PA 215LA 258LA 3RT5X 1G0MA 4I7PA 2CJLA 4XJGA 7LZMA 1RJCB 2W1LA 2YSSC 1LW9A 1LZRA 5HMVA 3EXDA 1NDMC 4I7LA 1C65A 1GFHA 120LA 1JTNA 2ZYPA 4CHXA 1CJ6A 1HF4A 245LA 1QTBA 4GCBA 5KKIA 1LYGA 1D6PA 4M6DA 2FYCA 243LA 1LYOA 5FDJA 1QT5A 3LZTA 2ANXA 3P66A 246LA 4I7OA 4DD3A 1GBYA 1CU2A 1J1PY 4I7KA 2LZTA 5HNLA 4HJVA 198LA 1G07A 1C60A 2ZYCA 4TWSA 4DD9A 5AMYA 1LSPA 5I53A 3A34A 1L17A 4PK0A 2Y8PA 1L75A 2DQAA 1LWGA 1FLUA 1VDPA 1DPXA 5DL9A 5KXPA 1YANA 1AZFA 1B9OA 1QQYA 1QUTA 1J1OY 1CKDA 1D3FA 1WQRA 1LYDA 1KS3A 1L80A 1CVKA 2I6ZA 5I54A 3HUAA 3CSQA 3TXHA 1B5WA 2OU0X 1C6JA 1CU0A 1REXA 247LA 1VFBC 4NGZA 1G0PA 4AGAA 1GDWA 1ZVYB 1L46A 177LA 3W6BA 1RE2A 1KNIA 1WQNA 1L83A 233LA 2XBRA 1LYEA 175LA 4NG1A 3W3EA 151LA 4WLTA 4WLDA 1L20A 3F9LA 1L05A 1LZ4A 2Z6BA 1L35A 1CV3A 1G0KA 4FDYA 229LA 1SQ2L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BGI A;  5A3Z A;  1L91 A;  1LYI A;  1QSW A;  1LWK A;  3MGW A;  2CGI A;  1L0J A;  4PRQ A;  3A3R X;  1P2C C;  1WQO A;  2Q0M X;  1NDG C;  188L A;  1JEF A;  1GFU A;  1XGR C;  3C7Y A;  209L A;  3AZ5 A;  1GB0 A;  1LMA A;  129L A;  159L A;  2B75 A;  5JEN B;  4H9B A;  1HFY A;  1LJ4 A;  4LZT A;  2YBL A;  1L09 A;  3P65 A;  2Z39 A;  1L00 A;  1ZUR A;  4I7M A;  4O34 A;  208L A;  2B72 A;  1C6E A;  2HUK A;  2Z2E A;  2NWD X;  3WU7 A;  1UIE A;  2CUU A;  3OJP A;  2RAZ X;  4EXM A;  1G0G A;  1C6I A;  1IWU A;  4OOO A;  1ALC A;  3WU8 A;  3C8R A;  1C63 A;  4QEQ A;  1L77 A;  1RI8 B;  3HH4 A;  1SLY A;  1QTD A;  2BLY A;  3DN6 A;  4DDC A;  3A3Q A;  2G4P A;  2YBJ A;  1L82 A;  1LJE A;  1CJ8 A;  1CU6 A;  255L A;  244L A;  4RW1 A;  4GN4 A;  1JUG A;  4A7D A;  1UUZ C;  1C69 A;  213L A;  1UA6 Y;  2F4G A;  1LHL A;  3HTF A;  4ARJ A;  182L A;  3CSR A;  1D3J A;  1LZ9 A;  1OUE A;  236L A;  141L A;  4ML7 A;  1JKD A;  1DZB X;  1CTW A;  5B1F A;  4NY5 A;  1REM A;  1GFE A;  1QUO A;  184L A;  145L A;  3HFM Y;  3TXF A;  1L53 A;  2BQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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