1L18A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNYFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l18A00
2RH1A 3D4SA 161LA 261LA 4I7LA 2Q9EA 1L77A 2B73A 1L99A 1L17A 4EXMA 1QT5A 2F2QA 3C8RA 250LA 3PBLA 1L36A 1QTZA 1L86A 248LA 4I7KA 2A4TA 2B6ZA 1C6TA 199LA 1KNIA 1CTWA 2OTZX 1SX7A 1LI6A 258LA 3QAKA 156LA 4E97A 213LA 2CUUA 4OO9A 129LA 1C6QA 1L46A 1G06A 231LA 1L48A 218LA 3DN6A 4I7RA 173LA 2RBSA 2Z6BA 1QT6A 1CUQA 1OYUA 4I7SA 1L76A 4ARQA 1L25A 1G0JA 238LA 2HUMA 180LA 3UONA 115LA 1C68A 3L2XA 4DAJA 1L64A 1KW5A 2RBNA 1L44A 1LGXA 1G1VA 1L56A 2B6XA 4I7NA 4W53A 211LA 3G3WA 130LA 1L0JA 4GRVA 3GUNA 127LA 240LA 111LA 4ARPA 2OE4X 4ARMA 253LA 1L21A 256LA 1QTBA 1P36A 1SSYA 1DYDA 226LA 205LA 1L18A 1DYCA 229LA 1CV4A 157LA 1NHBA 1T6HA 112LA 2L78A 122LA 188LA 1L43A 259LA 1L14A 241LA 1L54A 1D3FA 221LA 1L20A 172LA 1C65A 1L13A 3DN1A 1KY1A 3CDTA 249LA 1C64A 4W54A 1KW7A 3SB9A 1C6JA 1JTNA 1LYDA 247LA 149LA 1DYBA 1L80A 3G3VA 169LA 1OVHA 2B74A 3GUPA 142LA 1L09A 1DYFA 1QTDA 1SSWA 219LA 200LA 2QB0B 2RAZX 178LA 4I7MA 1L70A 1L05A 209LA 113LA 4IAPA 1L08A 214LA 4I7QA 1L03A 4EKSA 123LA 1L26A 4ARQB 3C8SA 242LA 235LA 1L06A 4GBRB 1L74A 182LA 165LA 237LA 215LA 1TLAA 1L98A 1L07A 1EPYA 1LYIA 1D9WA 2OU9A 3CDQA 3F9LA 246LA 145LA 3GUOA 1DYGA 1D3NA 143LA 1L53A 3HTGA 3HUKA 1L52A 4LZMA 1L96A 1CX7A 1CX6A 3NY9A 131LA 1P7SA 1KS3A 3GUJA 1CV0A 1ZWNA 1G0PA 206LA 217LA 3C7WA 1CVKA 1P2RA 2OU0X 1G0KA 3DN8A 1OV7A 3FADA 141LA 1L79A 1C6DA 3HT8A 1QT7A 2QARC 1XJUA 1QUOA 2B6YA 3SBAA 108LA 232LA 4K5YA 1LWGA 2O7AA 2RBQA 1L90A 1G0GA 3CDOA 196LA 1L04A 1CU3A 3DN0A 4EKPA 1OV5A 126LA 1L61A 2F32A 234LA 1L33A 220LA 224LA 3OE8A 1L0KA 2OTYX 1QSBA 1CV6A 3HWLA 3DMVA 3JR6A 1L91A 3GUKA 1L22A 2OU8A 1P56A 3EMLA 3PDSA 1C6LA 5LZMA 1JTMA 102LA 2RB1X 1QTCA 166LA 4AQNA 4EKRA 160LA 168LA 3C7YA 1L31A 2B6WA 3HUAA 1QTHA 3NY8A 1L93A 152LA 138LA 1OVJA 119LA 1LLHA 2B7XA 1T8FA 1C6AA 1LYGA 1P5CA 3HUQA 1L50A 198LA 1DYAA 2RBPA 3NYAA 4ZPUA 1L81A 254LA 212LA 3FA0A 1L38A 1L35A 159LA 197LA 1L01A 1I6SA 120LA 3V2WA 1P2LA 147LA 2ANVA 1C62A 1L72A 1SX2A 191LA 1LYEA 1C60A 1QT8A 171LA 1C6NA 1C6HA 2OE9X 3HT7A 1ZURA 5I14A 2O79A 4W51A 3HTFA 1ZYTA 230LA 1L15A 1C6CA 1D3JA 2LC9A 1PQKA 1L30A 137LA 3DNAA 186LA 1L45A 177LA 155LA 4I7OA 1L97A 1XEPA 2RB0X 3VW7A 1JQUA 3C8QA 252LA 1SWZA 4W58A 1L71A 1LI2A 148LE 1L42A 3CDVA 3SB5A 225LA 2O4WA 1D2WA 1L23A 3DN3A 1L51A 3HT6A 1C61A 1L75A 2NTHA 6LZMA 1KY0A 1L65A 1L67A 3G3XA 1PQIA 1L82A 3CDRA 1L24A 1QT3A 1LYJA 1K28A 1G0LA 1L87A 176LA 3HDEA 1LGWA 1L41A 1T8GA 1T8AA 1L55A 192LA 3F8VA 4I7PA 128LA 262LA 3HH5A 3C83A 1C6IA 233LA 3HU8A 4ARMB 3ODUA 1P6YA 2B75A 1L95A 1OWYA 2RBOA 1LWKA 4YX7C 3DMXA 139LA 3HDFA 1PQDA 1C6BA 1L94A 223LA 1L10A 2B6TA 1P37A 1CU5A 103LA 1OWZA 1C66A 3LZMA 3RUNA 4LDLA 1L00A 1L34A 1CV1A 2HUKA 1L69A 3C82A 1XJTA 3GUIA 2B70A 183LA 1DYEA 1C67A 1PQMA 2LCBA 2LZMA 140LA 255LA 1QT4A 1CU6A 1L19A 1P64A 4EKQA 1LI3A 1L85A 4LDOA 1L37A 3C81A 3FI5A 1QUHA 146LA 4DJHA 3OE0A 118LA 1QSQA 4PJZA 239LA 3SBBC 210LA 1L68A 1B6IA 2NTGA 3OE9A 2RBRA 3HH4A 4W56A 189LA 4LDEA 1LYHA 4I7JA 1L57A 1C63A 1CV5A 3SB8A 150LA 7LZMA 3OE6A 1C6GA 216LA 1SWYA 1L40A 1L39A 1L92A 1QUDA 174LA 4ARJA 1G0QA 1C6MA 1C6KA 1L12A 1L27A 2ANXA 144LA 3C7ZA 1QS9A 3GULA 3HTBA 2OE7X 4DKLA 167LA 2IGCA 4ARLA 3DN4A 1CUPA 1L73A 1L83A 3HH3A 163LA 1LYFA 222LA 1L29A 3RZEA 1CU0A 2F47A 4S0WA 1LPYA 3HH6A 245LA 190LA 4PK0A 1OVKA 1G07A 1PQOA 4EJ4A 3SB6A 151LA 1L58A 1G1WA 3C80A 4W55A 2RAYX 184LA 1PQJA 162LA 195LA 1L66A 1L63A 2OEAX 3DKEX 260LA 1CV3A 114LA 1L32A 1L89A 107LA 4I7TA 1L28A 1QUGA 3L64A 1P46A 185LA 110LA 1L49A 228LA 4YXCA 1C6EA 3GUMA 4W57A 2RB2X 1D2YA 3SB7A 2Q9DA 1C6PA 1C69A 227LA 244LA 2B72A 3DN2A 3HTDA 4YXAC 1WTHA 1LW9A 3K2RA 3SN6R 3V2YA 1L84A 187LA 1L11A 164LA 1L88A 1L02A 1QS5A 1LGUA 251LA 1L62A 4EPIA 1L16A 2HULA 236LA 109LA 243LA 1QTVA 201LA 1G0MA 1D3MA 4W52A 104LA 1P3NA 158LA 4EPFA 170LA 3DMZA 175LA 3HT9A 181LA 1C6FA 1L59A 4W59A 257LA 125LA 3HU9A 1L47A 1CU2A 1L60A 1T97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E4PA 3D4SA 2BQKA 2Q9EA 1L77A 1F6SA 1L17A 4NHQA 5LVGA 1HSXA 2Z2EA 1LYOA 2EQLA 2ZIKA 3PBLA 248LA 4WM6A 1KXYA 3WXTA 3GXKA 1FDLY 4H9IA 1GF9A 5HMJA 1P2CC 1SX7A 1BB5A 258LA 156LA 1B5UA 2D6BA 4LYBA 1O23A 213LA 4GCEA 3W6BA 2CUUA 4HV2A 1WTMA 3WMKA 1HEWA 231LA 5D5FA 1GFUA 1YIKA 1LZGA 5L3HA 2HUMA 2BPUA 3HFMY 5KXRA 2DQIY 3KAMA 1LGXA 1GDWA 3G3WA 130LA 1UIFA 4LYZA 4GRVA 4YEOA 2Z38A 1ALCA 2DQCY 111LA 1DPXA 1OUJA 4MSTA 7LYZA 1SSYA 1VAUA 4HJVA 5KXYA 226LA 205LA 1NBYC 4DQJA 1T6HA 1HFYA 3OJPA 4WM2A 2MEBA 3CDTA 1JWRA 1ZVYB 4UWVA 3SB9A 1C6JA 1JTNA 5APEA 5HQ1A 1DYBA 1GB8A 2RSCA 142LA 1DYFA 2EPEA 4QEQA 1I20A 1SSWA 5C6JA 2CWIA 3WL2A 178LA 4XENA 209LA 113LA 4IAPA 214LA 4EKSA 1N4FA 1G7LC 5II3A 4WO9A 235LA 4H8ZA 2I26L 4WL7A 237LA 1HEOA 215LA 5I4XA 1LSNA 1XEKA 1OUCA 1HHLA 3F9LA 246LA 1BWIA 1IOTA 1L52A 4LYMA 3IJVA 4WG1A 1G0PA 206LA 3C7WA 1GF8A 3N9CA 4RW2A 2MECA 5FEKA 1CKFA 5LIOA 4OWAA 3HT8A 1FKQA 5JENB 1XJUA 3SBAA 1HF4A 1GBYA 232LA 1LWGA 2RBQA 1L90A 2F2NA 1GFRA 1LYSA 4EKPA 4NGIA 1CKGA 126LA 3AW6A 1PS5A 4LFXA 3A34A 224LA 3A94A 1L91A 2FBDA 3FE0A 4PJ2C 3PDSA 1JTMA 4NSGA 4EKRA 3AB6A 5FHWA 2B6WA 152LA 1IWXA 1I56A 2DQAA 5LVJA 1P5CA 2CDSA 2YBHA 3B72A 1DYAA 3NYAA 4ZPUA 134LA 3TXBA 1IR8A 1L01A 120LA 1LJJA 4H9HA 2ANVA 5LVKA 1GF0A 3M18B 4W94A 191LA 4II8A 4NHIA 4N0JA 4CJ2A 4W51A 1JKAA 1LKRA 1ZYTA 230LA 2BQHA 3WUNA 1C6CA 1D3JA 2LC9A 4HV1A 3WPKA 1NWGA 2HUBA 186LA 2Z12A 5IHGA 2C8OA 3ULRA 6LYTA 1C46A 2RB0X 1BGIA 4W96A 1BB7A 1B7OA 5EBHA 5KXLA 1LI2A 148LE 1VEDA 3CDVA 4G4CA 1BVXA 4CHXA 1D2WA 3DN3A 1L51A 1RFPA 1C61A 1L75A 6LZMA 1L67A 1LHLA 2FYCA 3WXUA 153LA 1XGRC 1QT3A 2X0AA 1YAMA 4X3BA 2MEEA 3HDEA 4M6DA 1LZNA 1CKHA 3WUAA 3WVXA 1CJ6A 192LA 1JKDA 2Z39A 3EO5A 4ML7A 5FDJA 128LA 3AGHA 1C6IA 3HU8A 4ARMB 3ODUA 2B75A 1L95A 1OWYA 4ETDA 2H9JA 154LA 1GE4A 1YKXX 1LYYA 1IR9A 2YVBA 1PQDA 223LA 1P37A 3CSZA 3LZMA 1MLCE 1L34A 1CV1A 1HERA 1W6ZA 1L69A 1XJTA 3GUIA 1GB3A 4BS7A 1IR7A 5LVIA 2LZMA 4NFVA 1LSZA 2MEIA 4ETEA 1LI3A 5KXXA 1L85A 1TAYA 1HEPA 208LA 1JITA 1LMPA 1QSQA 3TXDA 2NTGA 3OE9A 1IIZA 189LA 3RZ4A 3G3AB 1GBWA 1LYHA 4B4EA 1L57A 1EQ4A 1EL1A 1AM7A 1UIDA 1NHEA 1WVVA 4PPOA 5DLAA 4NIJA 1B2KA 1C6KA 1L12A 4DYGA 2ANXA 1IWWA 3C7ZA 3GULA 3HTBA 167LA 1L83A 4H8YA 4I8SA 1B5ZA 1L29A 4MCKA 1LPYA 3HH6A 1TDYA 4NGOA 4NHTA 4UWNA 3LYOA 4PK0A 1VDSA 2H5ZA 1DI4A 1GB5A 2G4QA 2ZQ3A 1PQOA 4DD9A 1L58A 2MEFA 1BWHA 1PQJA 1UACY 3MGWA 114LA 1L89A 107LA 4I7TA 194LA 1TEWA 4H90A 4G4BA 4HTQA 4H9AA 2YSSC 2RB2X 1D2YA 227LA 244LA 2B72A 4YXAC 2ZNXY 3WW6A 1JJ3A 1B7QA 3SN6R 1HEMA 1OUIA 1KXXA 1L16A 2HULA 1QTVA 2BQLA 4WG7A 201LA 4B0DA 4EPFA 3DMZA 5APCA 5LVHA 4H91A 4LT1A 5LAFA 3TXGA 4I7QA 1T97A 1JSFA 2RH1A 4I7LA 2B73A 1HEQA 1KIQC 1QT5A 2F2QA 1IP1A 250LA 4NEBA 1L36A 1QTZA 1L86A 1QUSA 1C6TA 199LA 2ZILA 3J4GA 5FSTA 1XFPL 4TX7A 1OQMA 4PRQA 3TMVA 1LI6A 4WM1A 1WQNA 2YBJA 5KXKA 129LA 2BQGA 4XN6A 1HFZA 1LZ4A 1NQIA 1FN5A 1XGPC 3A91A 2Z6BA 1JTPL 4DD7A 1CUQA 4I7SA 1LMOA 1IOSA 4LT2A 3GXRA 115LA 4DAJA 4NWHA 1ZVHL 1H87A 1G1VA 1L56A 4I7NA 4A7DA 211LA 1IVMA 2HEAA 3HBHA 3GUNA 3HBDA 1B5VA 4ARPA 5LA5A 2ZYPA 4ARMA 1D6PA 3ATNA 1GBXA 229LA 1CV4A 157LA 122LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5E4P A;  3D4S A;  2BQK A;  2Q9E A;  1L77 A;  1F6S A;  1L17 A;  4NHQ A;  5LVG A;  1HSX A;  2Z2E A;  1LYO A;  2EQL A;  2ZIK A;  3PBL A;  248L A;  4WM6 A;  1KXY A;  3WXT A;  3GXK A;  1FDL Y;  4H9I A;  1GF9 A;  5HMJ A;  1P2C C;  1SX7 A;  1BB5 A;  258L A;  156L A;  1B5U A;  2D6B A;  4LYB A;  1O23 A;  213L A;  4GCE A;  3W6B A;  2CUU A;  4HV2 A;  1WTM A;  3WMK A;  1HEW A;  231L A;  5D5F A;  1GFU A;  1YIK A;  1LZG A;  5L3H A;  2HUM A;  2BPU A;  3HFM Y;  5KXR A;  2DQI Y;  3KAM A;  1LGX A;  1GDW A;  3G3W A;  130L A;  1UIF A;  4LYZ A;  4GRV A;  4YEO A;  2Z38 A;  1ALC A;  2DQC Y;  111L A;  1DPX A;  1OUJ A;  4MST A;  7LYZ A;  1SSY A;  1VAU A;  4HJV A;  5KXY A;  226L A;  205L A;  1NBY C;  4DQJ A;  1T6H A;  1HFY A;  3OJP A;  4WM2 A;  2MEB A;  3CDT A;  1JWR A;  1ZVY B;  4UWV A;  3SB9 A;  1C6J A;  1JTN A;  5APE A;  5HQ1 A;  1DYB A;  1GB8 A;  2RSC A;  142L A;  1DYF A;  2EPE A;  4QEQ A;  1I20 A;  1SSW A;  5C6J A;  2CWI A;  3WL2 A;  178L A;  4XEN A;  209L A;  113L A;  4IAP A;  214L A;  4EKS A;  1N4F A;  1G7L C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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