1L18A

Hydrophobic stabilization in t4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of ile 3
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNYFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Hydrophobic stabilization in T4 lysozyme determined directly by multiple substitutions of Ile 3.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l18A00
186LA 242LA 1G0PA 1D9WA 3C80A 1G06A 1LPYA 1G0GA 1CU6A 1OVHA 1LYJA 3V2YA 2A4TA 1C6DA 3FADA 1L48A 129LA 3DKEX 1L59A 1L94A 151LA 165LA 2OE4X 1G0QA 2RBRA 1KY0A 1C68A 1L14A 3OE6A 1D3NA 1P2LA 1OVJA 1P3NA 3DNAA 1L27A 3GUMA 3HDEA 3L64A 1D2YA 3DMVA 235LA 1P2RA 2B6YA 1L0JA 1L53A 1QTCA 2IGCA 1C6JA 3GUKA 241LA 248LA 4LZMA 3RUNA 4E97A 1D3MA 189LA 1QUGA 3CDVA 1QTBA 3QAKA 1PQKA 110LA 1G0MA 1T8FA 1L64A 3HH4A 149LA 1L26A 3GUPA 4IAPA 1CVKA 1LGXA 1L39A 1OWYA 1L82A 1OVKA 2LZMA 4ARLA 2RB0X 1T6HA 1C6CA 138LA 251LA 3ODUA 4LDLA 1KS3A 3DN3A 4DKLA 199LA 1CU2A 1L77A 259LA 3GUOA 188LA 3HDFA 3RZEA 142LA 1LGUA 1L24A 4W51A 2B6ZA 120LA 1ZURA 3DN2A 1C6IA 1C63A 1QSBA 127LA 171LA 1PQJA 169LA 1CX7A 4EKQA 1PQIA 1OYUA 1L75A 1CV5A 125LA 1L79A 198LA 109LA 1DYDA 1LYEA 1L00A 3FA0A 1L13A 3CDRA 3DN1A 1KW7A 1PQOA 1L86A 2OTYX 1L04A 4LDOA 4EPIA 1C69A 1LYFA 1L22A 3HT9A 3DMXA 162LA 1P6YA 2OU9A 173LA 1L10A 3NY8A 2B70A 1QT6A 3C8QA 112LA 1WTHA 200LA 3OE9A 3NY9A 196LA 104LA 1LYDA 1QUDA 3DN6A 1L87A 1L83A 1L65A 1L37A 214LA 1CU5A 113LA 1LI6A 1L46A 1TLAA 3JR6A 126LA 1L58A 3SBAA 4I7NA 4GBRB 4I7MA 183LA 1C66A 1LGWA 158LA 1OV5A 3G3XA 1L35A 3HTBA 3C7WA 137LA 2Q9EA 3V2WA 3SB6A 163LA 187LA 1L68A 225LA 219LA 108LA 3VW7A 250LA 1G0JA 2RBSA 3C8SA 215LA 2L78A 1SWYA 3HUKA 1QT4A 114LA 140LA 143LA 245LA 1T8GA 2B7XA 261LA 4YXAC 1KNIA 2O7AA 145LA 2QARC 192LA 1L67A 1CTWA 220LA 1L93A 172LA 1L28A 3DN0A 1L43A 148LE 161LA 4S0WA 115LA 1L32A 216LA 4ARMB 3DN8A 4ARMA 1LLHA 1QT7A 3HTFA 5I14A 3CDQA 1G0KA 4GRVA 176LA 3HT8A 1L71A 191LA 1L84A 3HH5A 4W55A 2F2QA 2CUUA 1L34A 1L44A 2F32A 3EMLA 1D2WA 1SSWA 1L74A 1L52A 3HUQA 1L41A 212LA 222LA 236LA 2OU8A 2B73A 181LA 2HUMA 1C6FA 2RBPA 4W56A 1QUOA 118LA 243LA 1L57A 2Z6BA 1L50A 1LWGA 218LA 184LA 2NTGA 1C6HA 1L61A 1C6KA 2ANXA 2LC9A 206LA 1D3FA 1QT3A 2OU0X 3OE0A 4W58A 1XEPA 1L11A 258LA 255LA 3GULA 4ARJA 1L05A 1C6PA 3C82A 4W59A 2OEAX 1D3JA 1G1VA 249LA 234LA 1L80A 1CU0A 1ZWNA 257LA 4I7QA 205LA 1QT5A 195LA 4EKPA 231LA 1QSQA 7LZMA 2RAYX 4W52A 1QTDA 244LA 1CX6A 1L49A 160LA 1LW9A 144LA 1DYFA 197LA 1C64A 3HWLA 3SB5A 4AQNA 2NTHA 1L40A 1DYEA 103LA 4PJZA 229LA 168LA 1L51A 1L47A 185LA 1L01A 3HH3A 3UONA 1L0KA 221LA 1G1WA 3C7YA 177LA 233LA 1C6MA 223LA 1C6TA 2RBOA 4EJ4A 123LA 260LA 2QB0B 1LWKA 1QTZA 2RB1X 3GUIA 1L25A 1P7SA 1JTMA 4I7SA 3C8RA 3D4SA 1DYAA 3PBLA 2F47A 3L2XA 1L54A 1QT8A 1QS5A 1CV0A 4I7TA 1L23A 3SN6R 1P46A 175LA 1C60A 3DMZA 4YX7C 1L60A 1L95A 4I7OA 167LA 174LA 155LA 1CU3A 159LA 3C7ZA 3NYAA 3LZMA 3OE8A 178LA 1CUPA 1L20A 1SX2A 1C6NA 4W57A 1L73A 3HU9A 4YXCA 1L30A 3HTGA 1L17A 1L62A 1T97A 4DJHA 1NHBA 4PK0A 4EKSA 1C6EA 2B74A 4I7RA 3SB8A 1L03A 1L16A 2LCBA 150LA 1DYGA 1DYBA 1XJUA 1L66A 122LA 217LA 1LI3A 6LZMA 1C6AA 1K28A 1L91A 2B75A 3F9LA 252LA 1EPYA 1P36A 4EXMA 226LA 4OO9A 209LA 1L55A 1L63A 1JQUA 1P37A 3G3WA 4ZPUA 2B72A 1SX7A 146LA 1B6IA 1SWZA 139LA 1SSYA 256LA 2RH1A 3CDOA 3HUAA 4I7PA 1L31A 119LA 254LA 1LYHA 1KY1A 1C6LA 2RAZX 4ARQB 239LA 4I7JA 262LA 4ARQA 107LA 213LA 1CV4A 246LA 1G07A 1L89A 1C6BA 2OE7X 128LA 1L97A 3G3VA 4I7LA 1L02A 1L08A 1L98A 253LA 141LA 1C61A 2OE9X 102LA 1JTNA 152LA 1QTHA 3CDTA 166LA 1L70A 1L92A 1ZYTA 1L07A 2B6TA 2B6XA 4I7KA 130LA 2OTZX 1L76A 4EKRA 1C67A 2HULA 1L85A 1L06A 2RBNA 3HT6A 1L18A 3C83A 4DAJA 3SB9A 2Q9DA 1LI2A 1QUHA 1DYCA 1P5CA 147LA 4W53A 1L96A 1LYGA 2ANVA 1L12A 3SBBC 190LA 1L99A 3GUNA 1PQDA 211LA 4ARPA 111LA 210LA 1OWZA 1P56A 1I6SA 4LDEA 2O79A 1OV7A 1L36A 1C6GA 1L33A 3DN4A 1C62A 1KW5A 1LYIA 164LA 1L45A 237LA 1L42A 4EPFA 3HTDA 131LA 1QTVA 201LA 1L88A 1L29A 1L69A 1L81A 3HU8A 3SB7A 156LA 1L72A 2HUKA 3HT7A 3K2RA 247LA 238LA 1CV1A 1L21A 3GUJA 1T8AA 2RB2X 230LA 2O4WA 3PDSA 1QS9A 5LZMA 4W54A 232LA 1CV6A 1L09A 1L38A 1C65A 1CUQA 1G0LA 1CV3A 1L15A 1L19A 228LA 157LA 170LA 180LA 1C6QA 1L90A 1PQMA 2RBQA 3C81A 4K5YA 240LA 227LA 1L56A 1XJTA 1P64A 182LA 2B6WA 224LA 3HH6A 3FI5A 3F8VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYBA 1G06A 1G0GA 1C43A 1OVHA 1B2KA 9LYZA 1L94A 151LA 165LA 2OE4X 1LCNA 5D5FA 2RBRA 2HEEA 3OE6A 1L27A 1WQNA 2YBLA 3AZ6A 1N4FA 3LYZA 1T3PA 3L64A 1P2RA 2WARA 2B6YA 1SQ2L 3GUKA 241LA 2EKSC 189LA 3QAKA 1HELA 1LMNA 4B49A 4WG1A 1D9UA 4LFPA 3QE8A 1BQLY 1HFZA 1FLWA 1LSNA 4XJDA 1L64A 4OWAA 149LA 1GB8A 1LGXA 1L82A 4NSJA 4ARLA 1GF4A 1B7NA 1C6CA 4NEBA 3ODUA 2DKVA 4IATA 1LMPA 4NWHA 1CKDA 2DQFC 199LA 3HDFA 4HP0A 1L24A 4NG1A 3A6BY 1KXYA 1HERA 2ZQ3A 1IR7A 3AGGG 1Z55A 8LYZA 1C6IA 5M1YA 1C63A 1H6MA 171LA 2YVBA 3M18B 1PQIA 1OP9B 1L75A 4WM5A 2MEAA 1IWZA 5F14A 2B5ZA 1LPIA 1LYEA 3BKVA 4BADA 2MEBA 2HEFA 4LDOA 1GFRA 5LVIA 4PGJB 1LYFA 4LFXA 1LYSA 3DMXA 2XTHA 162LA 4W96A 4OOOA 1JPOA 1QT6A 3C8QA 4LT3A 4DD9A 1HC0A 3WW5A 1IP7A 1L37A 1L65A 214LA 1CU5A 4HTQA 2X0AA 4KXIA 1RFPA 1L46A 1WQQA 1IC5Y 4GBRB 4I7MA 183LA 1LGWA 158LA 5LYTA 4DD7A 3B0IA 1DXJA 1G0JA 2IFFY 4H9FA 1GBXA 114LA 143LA 4B4EA 1BWHA 2QARC 1JTPL 192LA 4DD3A 1GFJA 3B6LA 1L93A 3LHMA 1L28A 4PRQA 1AT5A 148LE 2IHLA 1GFEA 1QIOA 1LLHA 1JKBA 4B4IA 3HTFA 3HFMY 1XGTC 1GE2A 3B0KA 191LA 1GFAA 3HH5A 2F2QA 4Z3MA 1HEQA 1GXV2 212LA 5E4PA 1NBYC 2HUMA 1C6FA 2RBPA 1QUOA 118LA 4H8XA 1L11A 5KY1A 1GBZA 4WLDA 1L05A 2W1LA 1GBOA 1GF9A 2YBNA 4CFOA 5DN5A 4WMGA 3T6UA 1LZDA 3WUMA 4AXTA 5KXWA 205LA 4TWSA 1LSAA 1IC7Y 231LA 4W52A 1QTDA 1L49A 4WO6A 4GN5C 197LA 1IWYA 1F10A 2EIZC 1L40A 1HENA 2BQHA 2A7DA 168LA 2BQLA 4N8ZA 4C5FA 4MSTA 3HH3A 1GF6A 1L0KA 177LA 1IO5A 3WUAA 1IWTA 4G4CA 5B1FA 233LA 2ZWBA 1C6TA 123LA 1IP4A 2QB0B 1HEOA 1GAZA 3GUIA 1GFHA 3D4SA 1DYAA 3TXKA 2F47A 1IP3A 1L54A 3J4GA 1QT8A 1YL1X 1CV0A 1D0KA 1LSBA 4ZFPA 1C60A 2ZIJA 2H9JA 2BQBA 1D6PA 4D9ZA 1UBZA 1L95A 1BVKC 1B7SA 3NYAA 1SX2A 1LZ1A 1L30A 3D3DA 4YF2A 1YKZX 1LZ4A 1NHBA 2Z2EA 2B74A 1LHJA 1LHLA 3SB8A 1L16A 4HV2A 1L66A 122LA 1C6AA 2B75A 4J0LA 252LA 1EPYA 1P36A 1ALCA 1XGUC 5AMYA 5IDDA 1B7MA 4MCKA 1LZ5A 1WTNA 3A3RX 1JQUA 4ZPUA 1SWZA 3CDOA 4TUNA 4I7PA 4QGZA 119LA 2XBSA 239LA 4I7JA 5KXRA 4DD1A 2OE7X 128LA 2ZILA 1L02A 5I53A 3CDTA 1C61A 1P2CC 1L92A 1ZYTA 2Z12A 1B9OA 4DQ7A 1LMQA 4EKRA 4NHTA 2RBNA 3HT6A 1L18A 3C83A 1BVXA 4DAJA 1LI2A 4LYTA 1QUHA 1WVVA 147LA 1HMKA 1L96A 4WL6A 3W6EA 3AYQA 1GPQC 194LA 1OUJA 5FSTA 1GF7A 2BQFA 1OV7A 3A93A 2I25L 1JJ3A 1XGPC 1C62A 3CT5A 4PHIA 4EPFA 1L42A 3LYMA 2F4AA 4H9AA 1QSWA 3W6AA 131LA 3N9AA 3W6FA 2Z19A 2BQMA 1GHLA 4NGKA 1L72A 2I6ZA 3IWRA 1VFBC 3K2RA 238LA 1T8AA 2Z18A 4H1PA 230LA 1JISA 232LA 1L15A 1LSPA 4A7DA 1IOSA 4GCBA 1PQMA 2RBQA 2MEIA 1L56A 4N9RA 2B6WA 3HH6A 3TMVA 186LA 2HEBA 4WO9A 1LYJA 3GXKA 4R0FA 2A4TA 4HTKA 1YIKA 2DQGY 3DKEX 4ETDA 1G0QA 3A94A 2MEEA 1HHLA 5APEA 1D3NA 3DNAA 2HECA 1B7QA 4OOTA 3A8ZA 1JUGA 1WTMA 3G3AB 1XGQC 1GDWA 1YKXX 132LA 1L0JA 1C6JA 4LZMA 248LA 5APFA 3RUNA 4DD2A 3A90A 3IJUA 2LYZA 1QUGA 4OWHA 1IR9A 1IORA 1OUBA 5C6IA 1LHIA 1B5UA 1YANA 5LA5A 2ZNWY 4IAPA 1OWYA 2RB0X 4GN3A 4LDLA 1KXXA 1KS3A 259LA 3GUOA 188LA 2F30A 1LGUA 4W51A 2B6ZA 2YBMA 120LA 1ZURA 5II3A 2ZIKA 2ZQ4A 3RNXA 1QSBA 1GEZA 2DQEY 2XJWA 3FI7A 1I20A 1OYUA 1CV5A 2AUBA 4AGAA 3LYTA 1HNLA 2LYMA 1XSFA 3W6BA 198LA 2BQCA 1L13A 3DN1A 1D0LA 4NGLA 1PQOA 1L86A 1REYA 4N0JA 4C3WA 2OU9A 153LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LYB A;  1G06 A;  1G0G A;  1C43 A;  1OVH A;  1B2K A;  9LYZ A;  1L94 A;  151L A;  165L A;  2OE4 X;  1LCN A;  5D5F A;  2RBR A;  2HEE A;  3OE6 A;  1L27 A;  1WQN A;  2YBL A;  3AZ6 A;  1N4F A;  3LYZ A;  1T3P A;  3L64 A;  1P2R A;  2WAR A;  2B6Y A;  1SQ2 L;  3GUK A;  241L A;  2EKS C;  189L A;  3QAK A;  1HEL A;  1LMN A;  4B49 A;  4WG1 A;  1D9U A;  4LFP A;  3QE8 A;  1BQL Y;  1HFZ A;  1FLW A;  1LSN A;  4XJD A;  1L64 A;  4OWA A;  149L A;  1GB8 A;  1LGX A;  1L82 A;  4NSJ A;  4ARL A;  1GF4 A;  1B7N A;  1C6C A;  4NEB A;  3ODU A;  2DKV A;  4IAT A;  1LMP A;  4NWH A;  1CKD A;  2DQF C;  199L A;  3HDF A;  4HP0 A;  1L24 A;  4NG1 A;  3A6B Y;  1KXY A;  1HER A;  2ZQ3 A;  1IR7 A;  3AGG G;  1Z55 A;  8LYZ A;  1C6I A;  5M1Y A;  1C63 A;  1H6M A;  171L A;  2YVB A;  3M18 B;  1PQI A;  1OP9 B;  1L75 A;  4WM5 A;  2MEA A;  1IWZ A;  5F14 A;  2B5Z A;  1LPI A;  1LYE A;  3BKV A;  4BAD A;  2MEB A;  2HEF A;  4LDO A;  1GFR A;  5LVI A;  4PGJ B;  1LYF A;  4LFX A;  1LYS A;  3DMX A;  2XTH A;  162L A;  4W96 A;  4OOO A;  1JPO A;  1QT6 A; 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