1L21A

Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCGGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l21A00
140LA 2B72A 1C6IA 1L58A 150LA 231LA 1CU0A 149LA 172LA 3L64A 1L82A 1P2RA 1L28A 178LA 244LA 1L11A 1L60A 200LA 1L23A 1L54A 3HUQA 1L08A 1L05A 248LA 3CDRA 1L56A 162LA 1T8FA 3GUMA 115LA 2OTYX 180LA 1L35A 2RBRA 2LC9A 230LA 1G0JA 144LA 164LA 1L95A 1L93A 4W56A 130LA 1L16A 3DN3A 4I7LA 1QT4A 2RBNA 1C65A 1CUPA 1L65A 139LA 2OE4X 1C6LA 1L29A 1DYDA 3DN1A 3GUPA 1DYGA 4ARPA 3HTGA 4AQNA 1L96A 3NYAA 1L69A 217LA 1D2YA 3HTFA 253LA 3C80A 1G0LA 3SN6R 1D3JA 1C68A 195LA 1PQMA 209LA 1QTBA 111LA 1L85A 1L81A 1L09A 218LA 1L13A 1C6MA 1LI2A 2ANVA 2Q9DA 2B6TA 235LA 3HUKA 1C6TA 1L18A 1CV6A 3DN0A 1L98A 2RB0X 1LI3A 151LA 1D3NA 1PQDA 1L66A 1K28A 1C63A 214LA 2OU9A 4I7SA 1P3NA 176LA 201LA 1KNIA 1L17A 3GUKA 3HT8A 4I7NA 1LYIA 1L10A 1CV1A 2B6YA 1C6CA 163LA 1C6NA 4ARMA 1T6HA 4I7TA 109LA 145LA 3SB9A 1C66A 1SX7A 3G3VA 119LA 1L34A 4LDEA 228LA 260LA 1PQJA 4ZPUA 191LA 3HH3A 142LA 3C7WA 205LA 4W57A 3C81A 141LA 122LA 2F47A 1C6DA 245LA 1CU6A 1DYFA 2ANXA 171LA 2O7AA 1L63A 222LA 138LA 175LA 220LA 3SB6A 4ARQB 1L14A 1QT3A 1QTVA 1L73A 3PDSA 1L21A 1P2LA 1L87A 1L45A 1L47A 3LZMA 1D2WA 2B6ZA 2LZMA 1DYAA 1QT8A 1L59A 1L53A 1KW5A 1G0QA 3NY8A 3VW7A 1L79A 3G3XA 1G06A 4W58A 1L04A 1L32A 4I7OA 3PBLA 1L64A 261LA 1JTNA 1L07A 1NHBA 3C83A 1L55A 1L75A 2QARC 4S0WA 3HT7A 1OVHA 1G1WA 1L49A 3DN2A 1P46A 102LA 1L74A 4I7JA 4ARJA 1LWGA 1EPYA 1OWZA 3HTBA 1D9WA 3ODUA 1L19A 213LA 3JR6A 1L48A 3GUJA 2O4WA 2Q9EA 4LZMA 2OEAX 107LA 2HUKA 1ZURA 2IGCA 159LA 1WTHA 1L80A 1KY1A 1L27A 1C60A 1QT5A 1DYCA 1L00A 192LA 1P7SA 2RBQA 3RZEA 1PQIA 1B6IA 3DKEX 4ARMB 1L70A 1L40A 1L25A 1L88A 1JTMA 1L77A 5I14A 2B74A 1DYEA 1LGXA 1LYEA 1L41A 1P56A 128LA 1T97A 131LA 1L99A 4W59A 1G0PA 1L72A 257LA 2CUUA 2B73A 1LWKA 1ZWNA 137LA 1L36A 108LA 2OE9X 1QUOA 4DAJA 4I7KA 182LA 256LA 3SBBC 125LA 4I7MA 1L20A 1P5CA 1L83A 4GBRB 1QTDA 188LA 1OV7A 2F2QA 1CV5A 1G1VA 1QS5A 198LA 1QUGA 1C6QA 1LYFA 206LA 2OE7X 249LA 3HT6A 190LA 3D4SA 3FA0A 1OVKA 1KY0A 226LA 3HT9A 1C6JA 1L39A 1C62A 4LDLA 3OE9A 2OTZX 1L12A 3OE0A 1L57A 1L71A 1L42A 1QTHA 254LA 241LA 169LA 1LI6A 2RH1A 1QUHA 3HH4A 4YX7C 4I7QA 2OU8A 1L02A 2HULA 6LZMA 173LA 1QT6A 3HH6A 1LPYA 2RBPA 1C6FA 1SSYA 1T8AA 4EPFA 1L26A 237LA 2RB1X 255LA 4K5YA 1D3MA 1XJTA 1L51A 1C6HA 1QUDA 152LA 1C6BA 4EJ4A 1L62A 3FI5A 3CDVA 3F9LA 1CX7A 112LA 183LA 2B70A 1D3FA 227LA 234LA 3DMVA 3V2WA 1C69A 1CV3A 2LCBA 158LA 242LA 1ZYTA 4PJZA 126LA 1OVJA 1C6AA 1SWYA 2B6WA 1L03A 181LA 1LLHA 1CV0A 199LA 1P37A 1L61A 4W52A 3GULA 155LA 3OE8A 1C64A 3EMLA 187LA 3DMZA 3L2XA 1CVKA 1G0KA 1L06A 4DKLA 3C8QA 1LYGA 2QB0B 2Z6BA 1C61A 4EPIA 238LA 3GUNA 1L84A 216LA 1L76A 221LA 258LA 157LA 113LA 4EXMA 259LA 1L37A 4GRVA 2HUMA 1I6SA 1L38A 3DN8A 1CTWA 2RB2X 1L0JA 1QT7A 1TLAA 1L22A 4IAPA 1LYHA 4I7PA 197LA 1JQUA 211LA 196LA 1L0KA 243LA 2B75A 177LA 1C67A 170LA 2O79A 219LA 1L15A 3DN6A 3SB5A 1L90A 4EKSA 160LA 1L89A 1QSQA 3HU9A 4ARQA 1CU2A 1OV5A 3DN4A 2RAZX 2L78A 1L24A 1QS9A 262LA 2RBSA 167LA 1SWZA 3CDOA 3OE6A 147LA 225LA 3G3WA 143LA 4W55A 4YXAC 1L91A 1C6PA 1DYBA 247LA 3FADA 118LA 5LZMA 251LA 104LA 4OO9A 210LA 246LA 3C7YA 252LA 156LA 1L33A 1C6GA 3C8SA 1SSWA 1L97A 223LA 120LA 236LA 215LA 3HU8A 2B6XA 3GUIA 3HH5A 1KW7A 1L94A 3NY9A 3HDFA 1L68A 4PK0A 1LYJA 4YXCA 1L92A 148LE 1P6YA 1CU5A 1CU3A 1L44A 3CDQA 1XJUA 2B7XA 114LA 1L52A 1SX2A 2NTHA 168LA 3SB7A 3HDEA 2F32A 212LA 3V2YA 1KS3A 127LA 1G0GA 110LA 3QAKA 1CV4A 3F8VA 239LA 3C8RA 2RBOA 1QTCA 1PQKA 3DMXA 3GUOA 4W51A 3HTDA 3C82A 2RAYX 1T8GA 161LA 2OU0X 4EKQA 1LW9A 240LA 146LA 4W53A 1G07A 1P64A 103LA 4EKPA 186LA 3UONA 3HUAA 1CUQA 1L30A 4W54A 3CDTA 1L86A 4LDOA 129LA 184LA 4ARLA 1OWYA 2NTGA 4I7RA 1G0MA 1L43A 123LA 224LA 232LA 1C6KA 3C7ZA 3HWLA 1CX6A 1QSBA 185LA 166LA 233LA 3K2RA 1L67A 229LA 250LA 174LA 4E97A 1QTZA 4EKRA 1L46A 165LA 1LGWA 3DNAA 7LZMA 1LYDA 1L31A 1PQOA 1L01A 3SB8A 3RUNA 1OYUA 1C6EA 1P36A 1XEPA 2A4TA 4DJHA 1L50A 1LGUA 189LA 3SBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F6SA 1KIPC 1L58A 150LA 1CU0A 172LA 5C6IA 4NHIA 1P2RA 2DQCY 3B0IA 1YL1X 244LA 2BQEA 3HUQA 1FDLY 4H8YA 3WPJA 5F14A 3GUMA 5I54A 2RSCA 4H8ZA 4ZIXA 230LA 1GF6A 1L93A 3WXTA 2BQAA 4W56A 130LA 2MEDA 4CHXA 1D9UA 2RBNA 1LSMA 4PRQA 4WLTA 1LMQA 1L29A 1I20A 4PJ2C 2H9KA 1L69A 1D2YA 4OWHA 1GXXA 253LA 1GFAA 1VFBC 5I4WA 2XQOA 4IATA 3SN6R 1LZ8A 4OWBA 1QTBA 1L81A 1GF8A 1FLQA 5I53A 3WW6A 1RI8B 218LA 1TDYA 4NGVA 3W6EA 2D6BA 3HBEX 1LSGA 2Q9DA 4DDCA 5FCPA 1C6TA 1GB5A 1L18A 5KXYA 2F30A 1LI3A 1CKGA 4HV2A 3B0KA 133LA 1PQDA 1AKIA 2OU9A 2ZWBA 1UIEA 1P3NA 4FDYA 3AB6A 4I7NA 3GUKA 3HT8A 1BGIA 1GB9A 1L10A 4I8SA 2B6YA 163LA 4ARMA 1T6HA 4QDNA 2Z38A 119LA 1GXV2 1CKFA 1REMA 260LA 191LA 5B06A 4O34A 1GB0A 1HEOA 2YBJA 1CU6A 1JKCA 1CKCA 171LA 2O7AA 220LA 4DC4A 1D0MA 1QT3A 1L21A 2BQLA 1P2LA 4N0JA 1L87A 4G4BA 4DD9A 4N5RA 1JHLA 3TXIA 1G0QA 4B49A 4U3XB 1BB4A 1GE0A 1LSDA 1ZVYB 5FEKA 3VW7A 3G3XA 1C43A 1GF5A 1RE2A 1L07A 1GFTA 1NHBA 1L55A 5B59A 1P46A 1UIBA 3TXJA 1IP1A 1AZFA 2MEIA 1OWZA 3LYZA 1GFEA 2ZNXY 3OJPA 194LA 1L19A 3LYOA 1LSCA 1GB8A 3JR6A 4NGOA 2OEAX 107LA 1LZYA 2IGCA 159LA 4UWVA 1KY1A 5KXSA 1ZMYL 1LHMA 1P7SA 3ZVQB 4N1EI 1B5ZA 2RBQA 4ETEA 3A93A 4H9IA 1JWRA 1GB7A 3W6AA 131LA 1JISA 1G0PA 257LA 1HELA 3WVYA 1B7RA 3WU7A 1BWJA 7LYZA 3D3DA 1LKRA 2OE9X 4GN3A 182LA 1FBIX 2I26L 1RJCB 4UWNA 2D4KA 4ZEEA 3E3DA 4IASA 4Z46A 206LA 249LA 190LA 1OVKA 1LZGA 3N9AA 3OK0A 4J7VA 1GBZA 3LHMA 1IP7A 1GAZA 2I6ZA 2OTZX 3J4GA 4H92A 1IP5A 4IJ4A 4DDBA 4YEOA 254LA 1QUHA 2HU1A 1LHIA 3GXRA 2OU8A 173LA 3HH6A 1WQNA 1L26A 4NSIA 1BWIA 3EXDA 1QUDA 152LA 1L62A 3CDVA 2Z2FA 3A3RX 183LA 227LA 1QUTA 4YF2A 4GLAA 3BKVA 2FYCA 4RLMA 1B7SA 158LA 2ZIKA 3ATOA 4LT0A 4PJZA 181LA 199LA 1P37A 3WUNA 3GULA 1C64A 3KAMA 187LA 5EBHA 3DMZA 1CVKA 3ATNA 2YBMA 2QB0B 1C61A 1YAMA 4EPIA 1JTOL 216LA 221LA 258LA 5D5CA 259LA 1L37A 2W1LA 1I6SA 2LYZA 1L22A 1HF4A 4PHIA 211LA 196LA 4HJYA 2O79A 4H90A 1OP9B 4B1AA 1LHJA 1L90A 1QSQA 3HU9A 3LYTA 4ARQA 4AXTA 1WQOA 5DM9A 1OV5A 1UUZC 2RBSA 167LA 3CDOA 3OE6A 147LA 225LA 1MELL 3FI7A 4W55A 2G4QA 1C6PA 1DYBA 5ILFA 118LA 1LZ9A 5HLLA 1HMKA 1W08A 2BQMA 2LYMA 4NHTA 3C7YA 2ZILA 156LA 1L33A 4DWXA 3HU8A 2B6XA 3GUIA 3HH5A 5B1FA 2DQEY 1CJ9A 1L68A 2Z2EA 2F4AA 5LVKA 1EQ4A 3WULA 1G7IC 3WW5A 5E9RA 1HEQA 4NG8A 3SB7A 4GCDA 1WVUA 4RDSA 5APDA 5FHWA 4HP0A 1AM7A 4OOTA 3F8VA 4P2EA 2Z12A 1LHLA 1PQKA 4GCFA 1LZTA 1T8GA 161LA 2OU0X 1LW9A 1UIDA 4RW2A 146LA 4W53A 1AT6A 1G07A 4XJBA 186LA 3HUAA 1CUQA 1L30A 2YDGA 129LA 3WU9A 1OWYA 4I7RA 1G0MA 3M3UA 3C7ZA 1REZA 1UC0A 5FELA 4H9EA 4PRUA 1GBWA 193LA 1GAYA 4E97A 1QTZA 2LYOA 4OWCA 3A6CY 1L31A 5APCA 1OUJA 3W6CA 5KXRA 1JSFA 1OYUA 1C6EA 4X3BA 4I0CA 4PPOA 140LA 2B72A 3A91A 4LYZA 5HNLA 231LA 3L64A 5C6LA 3TXFA 1QTEA 4TX7A 1FKVA 1UIAA 1L05A 1GE4A 3CDRA 1DZBX 1T8FA 162LA 1LTMA 1ZV5L 115LA 2OTYX 4NGWA 2IFFY 4LFXA 5DN5A 1L95A 1IOQA 4WM6A 1L16A 3DN3A 4I7LA 1GFVA 3N9EA 3ULRA 3WPKA 2ZYCA 3DN1A 3GUPA 2WARA 1J1OY 2A7DA 2LZTA 1F0WA 5KXTA 5I5QA 5LVIA 1VDQA 1G0LA 1D3JA 1C68A 1LHKA 209LA 111LA 1L85A 5LVHA 4LYOA 1L13A 3RT5X 1C6MA 1LZNA 2B6TA 4DT3A 1QDRA 3HUKA 3MGWA 1L98A 2H5ZA 4QY9A 5KXZA 1D3NA 4I7SA 5KXKA 3QY4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F6S A;  1KIP C;  1L58 A;  150L A;  1CU0 A;  172L A;  5C6I A;  4NHI A;  1P2R A;  2DQC Y;  3B0I A;  1YL1 X;  244L A;  2BQE A;  3HUQ A;  1FDL Y;  4H8Y A;  3WPJ A;  5F14 A;  3GUM A;  5I54 A;  2RSC A;  4H8Z A;  4ZIX A;  230L A;  1GF6 A;  1L93 A;  3WXT A;  2BQA A;  4W56 A;  130L A;  2MED A;  4CHX A;  1D9U A;  2RBN A;  1LSM A;  4PRQ A;  4WLT A;  1LMQ A;  1L29 A;  1I20 A;  4PJ2 C;  2H9K A;  1L69 A;  1D2Y A;  4OWH A;  1GXX A;  253L A;  1GFA A;  1VFB C;  5I4W A;  2XQO A;  4IAT A;  3SN6 R;  1LZ8 A;  4OWB A;  1QTB A;  1L81 A;  1GF8 A;  1FLQ A;  5I53 A;  3WW6 A;  1RI8 B;  218L A;  1TDY A;  4NGV A;  3W6E A;  2D6B A;  3HBE X;  1LSG A;  2Q9D A;  4DDC A;  5FCP A;  1C6T A;  1GB5 A;  1L18 A;  5KXY A;  2F30 A;  1LI3 A;  1CKG A;  4HV2 A;  3B0K A;  133L A;  1PQD A;  1AKI A;  2OU9 A;  2ZWB A;  1UIE A;  1P3N A;  4FDY A;  3AB6 A;  4I7N A;  3GUK A;  3HT8 A;  1BGI A;  1GB9 A;  1L10 A;  4I8S A;  2B6Y A;  163L A;  4ARM A;  1T6H A;  4QDN A;  2Z38 A;  119L A;  1GXV 2;  1CKF A;  1REM A;  260L A;  191L A;  5B06 A;  4O34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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