1L22A

Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQGRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l22A00
1CV6A 1CV1A 1QUOA 1L91A 1L70A 1QTVA 2B6XA 1P64A 2RB2X 1LWGA 1PQOA 1DYCA 3HWLA 1L17A 2RB1X 3CDOA 1KY1A 1L13A 3SBAA 3C83A 3C8SA 1C64A 128LA 130LA 2RBPA 152LA 3C81A 1L35A 1L53A 219LA 2OU0X 3OE8A 1QT5A 1G0QA 1P5CA 254LA 3UONA 3HDEA 1D3JA 234LA 1L96A 1L14A 3SBBC 2F47A 1QSQA 1L21A 3D4SA 4ZPUA 4W51A 1C6JA 1CV5A 3HTDA 2RBQA 113LA 3DMXA 261LA 1L74A 3HU8A 1G07A 4GRVA 1QTDA 1JQUA 4EKSA 165LA 1L59A 1SX2A 1L49A 3HH4A 3C7YA 3DN8A 247LA 1G1VA 1L55A 1XJTA 223LA 245LA 1PQIA 227LA 251LA 1D3MA 3LZMA 4K5YA 3HTGA 4ARPA 1L15A 5I14A 1LYEA 1L80A 118LA 1L87A 2OU8A 102LA 1D2WA 1L81A 230LA 4PK0A 4ARQA 169LA 4DKLA 1L40A 112LA 1QTZA 3GUMA 3HDFA 1QT6A 1CUQA 1CV3A 4LDOA 1L67A 181LA 3HTFA 2HUKA 1KW5A 168LA 2B75A 212LA 1OVHA 3HTBA 4ARJA 151LA 1L20A 1L34A 4EJ4A 2B73A 155LA 195LA 1OV5A 3RZEA 1LW9A 233LA 189LA 3V2YA 1C6EA 1ZYTA 1C60A 1L25A 1QT8A 1C6DA 206LA 2NTGA 2RAYX 3L64A 1L47A 3PDSA 255LA 1DYGA 1L43A 1L0KA 1DYFA 1C6NA 192LA 1L08A 4W57A 3CDTA 1JTMA 226LA 2HUMA 1L01A 1C6CA 1L45A 1C66A 1CU2A 1LI2A 1T8AA 2B74A 3CDQA 3HH3A 157LA 3PBLA 229LA 1L63A 1L65A 146LA 3GUIA 111LA 3DMZA 242LA 4EXMA 1L19A 103LA 1L02A 1G0MA 1L05A 1L24A 1L75A 3GUOA 3DN1A 4LDLA 1PQMA 4I7RA 248LA 198LA 3OE0A 4DJHA 1CX6A 1LI6A 172LA 3SN6R 1P6YA 1CU3A 1QTHA 2RAZX 1L97A 1P46A 1LYIA 4W58A 4EKPA 1XEPA 2NTHA 129LA 217LA 1G0GA 199LA 1SWZA 4ARMA 4I7PA 241LA 1L11A 1L23A 1T6HA 7LZMA 104LA 1L04A 243LA 1NHBA 1CUPA 210LA 3DMVA 1L0JA 244LA 163LA 115LA 2OU9A 177LA 1L07A 4EPIA 3DNAA 4EKQA 158LA 4I7QA 3FADA 185LA 1QT3A 1L54A 196LA 1L31A 215LA 1L83A 1LWKA 180LA 1QUDA 1L09A 218LA 3K2RA 4LDEA 1LYFA 4YXAC 1C6AA 114LA 1ZWNA 3EMLA 3VW7A 4EPFA 1L27A 2OEAX 1OWYA 126LA 1QS5A 4ARQB 178LA 250LA 3HH6A 1SSYA 4YXCA 119LA 188LA 1L93A 3DKEX 1ZURA 1L10A 1L38A 139LA 1L82A 232LA 1P7SA 1T97A 4E97A 1JTNA 1P3NA 3SB7A 190LA 3CDRA 1G0LA 1D3NA 173LA 1LYDA 209LA 1CV4A 1L18A 1QS9A 1G0PA 1L42A 1L41A 1OV7A 1L64A 1L22A 4I7TA 4DAJA 3HUAA 1L57A 1L56A 1L39A 1C61A 4I7SA 187LA 256LA 235LA 147LA 4EKRA 1L85A 1C6TA 3GUNA 1L84A 3G3XA 3HUKA 231LA 213LA 2O7AA 2B70A 258LA 1I6SA 1L89A 1B6IA 1LGUA 1XJUA 131LA 174LA 3DN4A 1C6FA 6LZMA 4LZMA 257LA 156LA 1G0KA 1L60A 240LA 1T8GA 1L94A 2OE4X 2CUUA 1G1WA 238LA 4W59A 205LA 1DYDA 3GUJA 1D3FA 4S0WA 237LA 252LA 4PJZA 1L69A 144LA 2RBRA 3GUPA 137LA 3SB9A 2Z6BA 216LA 1PQDA 3HUQA 1EPYA 1C6LA 2RH1A 4W55A 1OWZA 1P2LA 2A4TA 1KY0A 1LYJA 1QUHA 1L33A 4ARMB 1LPYA 214LA 3L2XA 1L46A 1L77A 1K28A 1C67A 3OE6A 3NY8A 1L79A 262LA 159LA 1P56A 2QARC 1L36A 3SB6A 1CU5A 1WTHA 1L90A 200LA 4ARLA 1L66A 138LA 2OTZX 1L32A 3HT7A 1CX7A 109LA 3DN3A 1C69A 2O79A 1L98A 1C6GA 1QTBA 2LZMA 1T8FA 1L00A 1L88A 1L76A 201LA 1P37A 1L03A 4I7KA 1C65A 2B6ZA 3JR6A 171LA 142LA 1PQKA 3CDVA 3SB5A 166LA 1G06A 1L61A 2B6WA 191LA 1L29A 1TLAA 1L62A 1L71A 1LYGA 2LCBA 2IGCA 3C7ZA 4W56A 1DYAA 1G0JA 170LA 1OVKA 2O4WA 2RBNA 211LA 140LA 2F32A 167LA 225LA 1QTCA 182LA 220LA 3DN2A 3F9LA 2RB0X 164LA 1L95A 4I7JA 249LA 5LZMA 4IAPA 2QB0B 3C8RA 3HU9A 259LA 1L48A 4W54A 1DYEA 186LA 1L99A 1CV0A 149LA 3G3WA 3QAKA 2B6YA 1L92A 110LA 184LA 3HT6A 1L30A 221LA 1L72A 239LA 1C63A 3G3VA 161LA 3C7WA 197LA 2OTYX 183LA 3GULA 3NY9A 1P2RA 3OE9A 1KNIA 3RUNA 1C6KA 1KS3A 1PQJA 2Q9DA 3FA0A 260LA 228LA 175LA 1CTWA 3C82A 4GBRB 1QT7A 1P36A 1QUGA 1L16A 2F2QA 1C68A 141LA 1LGXA 3F8VA 1KW7A 4OO9A 123LA 4I7LA 4I7MA 2ANXA 3DN6A 3NYAA 246LA 1L73A 1L28A 3HT8A 3SB8A 2B72A 224LA 1CU0A 222LA 4W52A 1LLHA 162LA 1SX7A 4I7OA 1C6HA 125LA 1C6MA 1L51A 1CU6A 253LA 1OYUA 2Q9EA 127LA 1L58A 4AQNA 2B7XA 4YX7C 1D9WA 1L06A 1L37A 2B6TA 176LA 3C80A 1C6IA 2RBOA 150LA 143LA 236LA 1C6BA 1L86A 1LYHA 3HT9A 107LA 1L26A 2HULA 108LA 145LA 120LA 1L12A 2RBSA 1SSWA 1C6QA 3V2WA 2LC9A 3FI5A 1QSBA 160LA 122LA 1L52A 3ODUA 1L50A 1QT4A 148LE 1D2YA 3GUKA 1C62A 3HH5A 4I7NA 1DYBA 1C6PA 1L44A 2ANVA 2OE7X 1L68A 1SWYA 1OVJA 3C8QA 2L78A 1CVKA 4W53A 1LI3A 3DN0A 2OE9X 1LGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSWA 1L70A 5KXMA 3LYOA 2B6XA 1C45A 1P64A 4DD2A 1HNLA 1LZNA 2BQLA 2RB1X 3SBAA 4RDSA 1IC5Y 2WARA 3C8SA 1C64A 128LA 4Z3MA 3EBAB 4FJRA 1L53A 5LAFA 1LHMA 1G0QA 5DLAA 1GF5A 3GXRA 4G9SA 3A92A 4H91A 4N1CC 2W1XA 4BAFA 1L21A 4ZPUA 5L3IA 3MGWA 4KT3A 1B5YA 1HEMA 2RBQA 3HTDA 4TUNA 1DI5A 1BB4A 2DQCY 4AXTA 1SX2A 3LYZA 3ZEKA 1W08A 3OK0A 3A95A 4OWBA 245LA 4O34A 1PQIA 227LA 1HF4A 1LYZA 3A93A 3LZMA 1NKHA 4GCFA 3A6BY 118LA 1L87A 4DQJA 3EO5A 4LYBA 4ARQA 1HEPA 1L40A 1QTZA 4G4HA 1JIYA 1LZDA 2FYCA 4H9IA 3FE0A 3P68A 1CV3A 4Z41A 4WMGA 168LA 1GB7A 2B75A 1DKJA 1OVHA 1QTKA 1JHLA 1GFHA 1L34A 4EJ4A 1LYSA 1GF6A 3V2YA 2Z19A 153LA 1L25A 5L9JA 1C6DA 3LYTA 3WXTA 1QIOA 1LMAA 1DPWA 5HMVA 4WO9A 1L0KA 1DYFA 1C6NA 3D3DA 2ZNXY 1LSMA 1GPQC 1BGIA 2HUMA 1L45A 2B74A 4J1BA 3B6LA 1GB8A 1L65A 5C6IA 3GUIA 1LZ9A 111LA 3DMZA 1KXYA 1KIRC 2VB1A 1L02A 4XENA 1GFUA 1D0MA 4I7RA 2YBLA 1BHZA 5F14A 4G49A 1LI6A 4H92A 1GE4A 1P6YA 1QTHA 1LZEA 1XEPA 2DQGY 1B7RA 1RI8B 1LJ4A 217LA 1OP9B 1YKZX 4WLXA 1QSAA 1SWZA 1BB5A 241LA 1QDRA 1B5ZA 1L23A 1NHBA 4TSCA 3J6KA 8LYZA 4MR1A 2OU9A 1L07A 4EPIA 3KAMA 4EKQA 1IR9A 1CJ8A 4XJGA 4LYCA 1L83A 1L09A 1LJEA 1SLYA 1VDTA 4GCBA 2BQFA 1ZWNA 3VW7A 1GAYA 1KXXA 1RFPA 4CFOA 126LA 4ARQB 2LZTA 4NG8A 3HH6A 5KKJA 119LA 1J1OY 4LYMA 2MEIA 4WLYA 2YDGA 1L10A 1L38A 139LA 1GFVA 232LA 5B05A 1B7OA 1P3NA 1BWJA 3CDRA 3AZ6A 173LA 1VAUA 1CV4A 1GBSA 1L18A 1GDXA 1LSBA 3A90A 4DD0A 1L39A 1DI3A 4WO6A 3N9AA 5F9UA 1XSFA 1LZ1A 147LA 4NGOA 4UWUA 3RNXA 1GB5A 2D4IA 3GUNA 1LZ5A 1UIBA 1WQMA 1B6IA 1XJUA 174LA 2HUBA 4YOPA 1WQPA 5B59A 5D5FA 1DKKA 3A91A 4MSTA 1D0LA 216LA 1D0KA 1VDQA 1BVKC 2HEBA 1L33A 2ZQ3A 3TXGA 5I5QA 5LINA 1L46A 1L77A 1OUIA 3TMVA 1K28A 1IWWA 3OE6A 4U3XB 3FI7A 1L79A 2QARC 4C3WA 1BB6A 4ARLA 2ZWBA 2OTZX 4E3UA 2RSCA 1C6GA 3ULRA 3K3TA 1L76A 201LA 1B5UA 3W6BA 2B6ZA 1NWGA 2I26L 4GCDA 4NGZA 1IWUA 1AM7A 3CDVA 1OQMA 4II8A 2XBSA 4GCEA 1B5WA 3QE8A 2A7DA 1BB3A 4GN5C 3WH1A 4DD1A 211LA 4DT3A 4NGJA 1QTCA 3DN2A 4NHQA 4B49A 4H90A 1H6MA 1YROA 4YF2A 5LZMA 4W54A 1L48A 1REXA 1DYEA 1FKVA 3QAKA 1AKIA 4LYTA 110LA 5KXYA 4TWSA 3AJNA 3NY9A 1LZGA 2Z12A 3OE9A 2DKVA 1F6RA 2DBTA 4NFVA 4GBRB 4HTQA 3LZ2A 4G4BA 1IP2A 141LA 4ET9A 123LA 4WM5A 1H87A 1JSEA 1YIKA 246LA 5LVKA 1L28A 4QEQA 5KXTA 2B72A 224LA 1CU0A 222LA 1SX7A 4XJDA 1IY3A 1C6HA 1LMOA 3AZ5A 4LFXA 1OYUA 3N9EA 2BQEA 2MEAA 2G4NA 3AZ4A 1WVVA 1L37A 4HTKA 2HEEA 1C6IA 1JTTL 1LOZA 4ETAA 5HQ1A 1C6BA 107LA 3B0IA 1V7TA 1HEOA 120LA 5FDJA 1B2KA 1G7HC 1LSDA 3V2WA 4Z98A 160LA 122LA 1L52A 4I7NA 1ALCA 1LZYA 1L44A 3W6CA 2ANVA 1JTPL 1HELA 1GF7A 1CKFA 4OWEA 1L91A 1LJIA 1QTVA 2FBDA 1LSAA 1LMNA 1NBYC 2ZIJA 4NGIA 1DYCA 3WPJA 3WPLA 5APDA 5HMJA 1LZRA 3C81A 1GBWA 3W6DA 1QT5A 3UONA 1C7PA 3HDEA 3TMUA 1NBZC 1L96A 4J0LA 4RLNA 3DMXA 1XGRC 1W6ZA 1RE2A 2XJWA 2YBHA 4EOFA 4EKSA 3WU9A 1HC0A 1NMMA 1IP7A 3C7YA 4HPIA 2BQNA 4B1AA 1G1VA 1F10A 1XJTA 1HERA 5LVJA 1LMCA 5T3FA 1TAYA 1JJ1A 1FLYA 1FLQA 1AT6A 4RLMA 4UWNA 3HTGA 3LZTA 1L15A 4WLTA 4A7DA 4B4JA 4B0DA 5I14A 1LYEA 3QNGA 1L80A 1KIPC 102LA 1D2WA 2Z37A 1L81A 4FDYA 5LYTA 4ANRA 1HEWA 3W6AA 3CT5A 1FDLY 3HDFA 4NGVA 1L67A 135LA 3RU5A 1OUFA 2YBMA 1VFBC 5LVGA 4WM3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QSW A;  1L70 A;  5KXM A;  3LYO A;  2B6X A;  1C45 A;  1P64 A;  4DD2 A;  1HNL A;  1LZN A;  2BQL A;  2RB1 X;  3SBA A;  4RDS A;  1IC5 Y;  2WAR A;  3C8S A;  1C64 A;  128L A;  4Z3M A;  3EBA B;  4FJR A;  1L53 A;  5LAF A;  1LHM A;  1G0Q A;  5DLA A;  1GF5 A;  3GXR A;  4G9S A;  3A92 A;  4H91 A;  4N1C C;  2W1X A;  4BAF A;  1L21 A;  4ZPU A;  5L3I A;  3MGW A;  4KT3 A;  1B5Y A;  1HEM A;  2RBQ A;  3HTD A;  4TUN A;  1DI5 A;  1BB4 A;  2DQC Y;  4AXT A;  1SX2 A;  3LYZ A;  3ZEK A;  1W08 A;  3OK0 A;  3A95 A;  4OWB A;  245L A;  4O34 A;  1PQI A;  227L A;  1HF4 A;  1LYZ A;  3A93 A;  3LZM A;  1NKH A;  4GCF A;  3A6B Y;  118L A;  1L87 A;  4DQJ A;  3EO5 A;  4LYB A;  4ARQ A;  1HEP A;  1L40 A;  1QTZ A;  4G4H A;  1JIY A;  1LZD A;  2FYC A;  4H9I A;  3FE0 A;  3P68 A;  1CV3 A;  4Z41 A;  4WMG A;  168L A;  1GB7 A;  2B75 A;  1DKJ A;  1OVH A;  1QTK A;  1JHL A;  1GFH A;  1L34 A;  4EJ4 A;  1LYS A;  1GF6 A;  3V2Y A;  2Z19 A;  153L A;  1L25 A;  5L9J A;  1C6D A;  3LYT A;  3WXT A;  1QIO A;  1LMA A;  1DPW A;  5HMV A;  4WO9 A;  1L0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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