1L25A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKAVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l25A00
229LA 1L34A 1P64A 219LA 3SB7A 1P3NA 221LA 3C81A 1CVKA 4I7LA 1L37A 3GUIA 1L38A 156LA 1L63A 1JQUA 3GUMA 4GBRB 1L84A 1L85A 2RB1X 176LA 1C69A 1L04A 1L81A 3DN3A 1C63A 3OE0A 178LA 4W52A 1C6IA 1ZWNA 233LA 4ARLA 4E97A 114LA 3OE8A 1C68A 155LA 1P36A 1QTDA 3HH3A 2B6TA 1L43A 1CV0A 181LA 162LA 2NTHA 1L28A 253LA 4W54A 157LA 2RAYX 1L18A 1L93A 1L10A 187LA 235LA 3CDOA 172LA 1L31A 3PDSA 143LA 184LA 201LA 3D4SA 1C6FA 1ZURA 2HULA 161LA 1LYFA 1C6NA 3F9LA 182LA 3DMXA 3CDQA 3GUKA 1JTNA 2OTZX 158LA 241LA 226LA 1P37A 4EJ4A 255LA 1D3NA 239LA 1L59A 3DN4A 4I7RA 3DMVA 3C8SA 2RAZX 4DKLA 1L03A 1L06A 206LA 165LA 1P6YA 169LA 223LA 3HUKA 3SB6A 259LA 1L19A 1PQIA 1L0JA 3SBAA 1L72A 1L91A 198LA 151LA 1LGUA 3OE6A 127LA 1LI2A 3GUJA 4YX7C 111LA 4GRVA 3LZMA 1L13A 1QUGA 2HUKA 1LWGA 1C65A 1L62A 1P46A 1CV4A 257LA 3FA0A 1KNIA 246LA 2QB0B 1OVHA 4EKQA 1L24A 1L97A 2B6YA 1ZYTA 1C6JA 2LZMA 1QT6A 120LA 237LA 249LA 3NYAA 1G0LA 1LGXA 1QT5A 1C6HA 3C82A 230LA 1G07A 171LA 256LA 4EPFA 112LA 1P2LA 109LA 180LA 189LA 1C6EA 1QTCA 3HT8A 3C7WA 250LA 1PQJA 4W53A 1L94A 4OO9A 1D9WA 1G0JA 1CU3A 4DAJA 238LA 1C6PA 4DJHA 4W58A 4LDLA 2B6XA 1T8GA 2LCBA 3HDEA 126LA 1QS9A 4I7PA 1P5CA 3NY9A 1QT4A 4YXAC 1C6LA 3F8VA 103LA 1L49A 3DN1A 1L77A 1CU5A 1L25A 1L52A 1CUPA 4IAPA 1L53A 1L80A 3NY8A 4EKPA 1C6BA 1L05A 1CV5A 1L90A 3G3XA 1I6SA 3SB5A 1G0MA 168LA 1L44A 2Q9EA 4I7TA 251LA 137LA 4EPIA 1L48A 3GULA 125LA 1OVKA 3G3WA 1LYIA 3DKEX 3HH4A 4PJZA 1L74A 2L78A 1C6AA 4LZMA 1L17A 1L42A 1SSYA 4S0WA 122LA 145LA 4W59A 2B70A 2RBNA 159LA 228LA 1L96A 1LI3A 1L51A 4ZPUA 1C6DA 4I7SA 1DYBA 240LA 1T6HA 3RUNA 118LA 123LA 1L55A 1CUQA 224LA 3RZEA 1L22A 2Q9DA 1L68A 128LA 147LA 2OU0X 1L73A 242LA 3VW7A 4ARMB 1L07A 1KY1A 2RBSA 1CV6A 183LA 192LA 247LA 148LE 1LYHA 4YXCA 1CU0A 138LA 3HUAA 213LA 1LW9A 1L82A 1L87A 1L95A 146LA 1DYEA 166LA 234LA 1D3JA 2B6ZA 177LA 1OYUA 1L20A 6LZMA 2O4WA 3V2YA 1L40A 3HU8A 1G0PA 1QTBA 262LA 3DN2A 2NTGA 2F2QA 173LA 2F47A 1L26A 1LYEA 170LA 212LA 3CDRA 1L35A 2RH1A 3HUQA 3ODUA 205LA 260LA 1LWKA 4W55A 5I14A 1WTHA 1K28A 2B6WA 3PBLA 1G0KA 1CTWA 104LA 3GUPA 1L08A 1C61A 1LLHA 2RB0X 3HDFA 1C60A 2OEAX 1DYCA 1L09A 3CDTA 188LA 1L88A 102LA 1KW5A 1D3FA 1QT7A 1L54A 113LA 1L64A 190LA 115LA 1QSQA 1L60A 2RBPA 3HTDA 4ARQB 1XJTA 3C80A 2B73A 218LA 1LYDA 1L67A 2RB2X 1L98A 1OV5A 236LA 1D2WA 2HUMA 1QUOA 3V2WA 2B74A 197LA 185LA 1PQMA 1C64A 160LA 1L36A 2LC9A 231LA 4LDEA 1C6KA 4K5YA 3SB8A 191LA 1G1WA 1LGWA 3L64A 1G0QA 140LA 3GUNA 107LA 3SBBC 2O7AA 1L45A 1C6GA 261LA 131LA 4EKSA 108LA 4W57A 1LPYA 211LA 227LA 141LA 1LI6A 1L57A 1L66A 2ANVA 1OWZA 4I7MA 3QAKA 3K2RA 220LA 1L89A 258LA 129LA 244LA 4I7KA 3FADA 1EPYA 1L11A 3JR6A 2B72A 1B6IA 167LA 210LA 196LA 1CX7A 2CUUA 3HU9A 2Z6BA 1QSBA 4I7QA 216LA 1C6TA 1L16A 252LA 1C67A 139LA 1L47A 2F32A 1P7SA 3HTGA 3EMLA 4I7OA 1G1VA 3DN0A 1CV1A 243LA 1L61A 1LYGA 1KS3A 1L70A 1L12A 1QS5A 1L46A 4I7NA 130LA 3SB9A 1L58A 3FI5A 1P2RA 1CU6A 1QUDA 248LA 1PQKA 199LA 3C8QA 222LA 3HWLA 1L27A 5LZMA 3UONA 3CDVA 4ARJA 4ARMA 3HT6A 1L56A 1PQOA 1L23A 1L75A 1D3MA 2IGCA 1L69A 1QT8A 4AQNA 152LA 1OVJA 3DMZA 3HT7A 3OE9A 1OV7A 3SN6R 3HT9A 3L2XA 1QTHA 1L02A 142LA 1NHBA 209LA 214LA 2B7XA 1L30A 1L79A 2ANXA 149LA 4ARPA 186LA 1T97A 3HTBA 2OE7X 110LA 1SWYA 3DN8A 3G3VA 1C66A 1D2YA 1L92A 2QARC 200LA 1L83A 217LA 232LA 175LA 254LA 1XEPA 4EXMA 1L29A 163LA 164LA 2RBRA 1C6MA 2OE9X 4I7JA 1L0KA 7LZMA 1CX6A 1L00A 1G0GA 1L65A 3GUOA 3HH5A 1C6QA 1T8FA 1TLAA 1L50A 2RBQA 2O79A 1L99A 3HH6A 4PK0A 2OU8A 2RBOA 1SSWA 1XJUA 1DYGA 3HTFA 1SWZA 1LYJA 1KW7A 2B75A 1L15A 3DN6A 2OU9A 4EKRA 3C7ZA 1C62A 4W56A 1L33A 1L71A 1DYAA 1L01A 1DYFA 1KY0A 4W51A 1L39A 1CU2A 1SX2A 4ARQA 1JTMA 1CV3A 4LDOA 174LA 1L14A 1P56A 144LA 1C6CA 2A4TA 225LA 3C83A 1L76A 3C7YA 1QUHA 195LA 1PQDA 1L21A 1L86A 215LA 1L41A 119LA 1QTVA 1SX7A 1QTZA 2OTYX 1G06A 1OWYA 1DYDA 1T8AA 2OE4X 245LA 1QT3A 3DNAA 150LA 1L32A 3C8RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XSFA 1L34A 2Z19A 1P3NA 3WW5A 1CVKA 2G4NA 1REYA 1SLYA 1REZA 2ZWBA 4GBRB 1L84A 1L85A 5LYZA 1LZTA 176LA 1L04A 1C63A 178LA 4NGJA 1LYZA 1IY4A 1JSEA 3K3TA 4NGKA 4NHTA 1LZRA 2B6TA 1CV0A 1AKIA 1OUDA 4HJYA 1HF4A 3LYMA 4ET9A 162LA 4H9EA 1UIAA 3W6EA 1L18A 4RDSA 1L10A 3TMWA 1UACY 1B9OA 143LA 1C08C 1RI8B 3D4SA 1C6FA 2HULA 2IHLA 1G7LC 3F9LA 3DMXA 3WW6A 4H91A 5J7CA 1JTNA 4YF2A 158LA 241LA 1L59A 5B1FA 1RCMA 1KXXA 206LA 1LAAA 1LMNA 3SB6A 1AT5A 3SBAA 151LA 1LGUA 1JJ1A 1UIEA 1LI2A 2A7DA 5DN4A 1QUGA 1XGTC 1HEOA 2HUKA 2DKVA 1L62A 5T3FA 3A67Y 4NGYA 1CV4A 2BQFA 1E8LA 1JKAA 257LA 5D5FA 194LA 4ZEEA 1KNIA 3TXKA 1DXJA 2QB0B 1L24A 5ILCA 2BQKA 2LZ2A 4NSJA 5LVGA 1QTEA 1C6JA 120LA 1LMTA 1YROA 3AJNA 3NYAA 1QT5A 1C6HA 5IHGA 171LA 5L3IA 256LA 1LJJA 109LA 180LA 189LA 1DZBX 250LA 1JHLA 1LHHA 1D6QA 1IR8A 1L94A 1CKFA 5KJ9A 4N0JA 4AXTA 3HDEA 1LMOA 5KXSA 1GPQC 5LVIA 1QS9A 1VDPA 3NY9A 1QT4A 4YM8A 3OJPA 103LA 1RFPA 1L80A 3TXJA 3NY8A 1LZ5A 1L90A 1I6SA 168LA 4OW1A 1OVKA 3G3WA 1F10A 1LZ1A 1LZ4A 4PJZA 1C6AA 3CSQA 1SSYA 4S0WA 4GCFA 3FI7A 145LA 5FHWA 3TXGA 228LA 4XJIA 1LZ6A 1LHLA 1LI3A 2ZNXY 240LA 1A4VA 1T6HA 2HUBA 123LA 5HMVA 3RZEA 1L22A 1IP7A 1B5YA 4B4EA 1L68A 1LZ9A 4TX7A 148LE 3RW8A 3W6CA 1GFVA 2BQDA 4EOFA 1JUGA 4DDAA 146LA 1DYEA 166LA 4N9RA 4DD2A 2B6ZA 4QDNA 177LA 3P65A 6LZMA 2O4WA 1LKRA 3IJVA 5LVHA 1QTBA 4LYMA 262LA 4TSBA 2NTGA 1QDRA 4TSCA 5K7OA 3LYOA 3GXKA 3AGGG 1KIRC 1L35A 1INUA 1WVUA 3HUQA 3TXEA 2MEFA 2BQHA 1J1PY 3A6CY 1NDGC 1PZYA 1GB9A 3T36A 4NG8A 1HEQA 1C61A 1JIYA 2OEAX 1DYCA 1L09A 2D91A 1GFHA 1IOQA 102LA 1L64A 5I54A 115LA 3KAMA 4OOTA 1LYDA 1L67A 2RB2X 3A93A 4DD9A 4J1AA 5HMJA 1D2WA 2LYMA 1B0DA 1BB6A 1REXA 197LA 4M6DA 1D6PA 231LA 1CNSA 4LDEA 3M18B 4K5YA 1LGWA 4GLAA 3L64A 3LHMA 1B7SA 107LA 5I53A 261LA 5E4PA 1IP5A 1LSZA 1JKCA 4H9FA 4NWHA 4WM3A 227LA 2Z18A 2ZQ4A 4N8ZA 5DM9A 1LI6A 1YIKA 1L66A 4LYCA 4L41A 4G49A 1GF4A 4CHXA 4DQJA 3A90A 4C3WA 2B72A 1IR9A 3AZ6A 210LA 196LA 2CUUA 1HNLA 3HU9A 2Z6BA 1IX0A 4PRQA 1C6TA 2F32A 3WH1A 3HTGA 1IC7Y 4CFPA 4I7OA 1G1VA 1CV1A 4IATA 1QUTA 1FKVA 3EO5A 5A3ZA 1KIPC 3SB9A 3FI5A 1P2RA 2HEDA 4G4BA 1PQKA 5LZMA 4H9BA 1BQLY 1B7QA 3CDVA 4Z46A 4ARJA 1NKHA 4WM2A 2Z2FA 2DQFC 4PRUA 1D3MA 4WG7A 2CJLA 4AQNA 1GE4A 1IWZA 3DMZA 1OV7A 3HT9A 3L2XA 1YKYX 4YENA 3WULA 1QTHA 4WL7A 3D9AC 1L79A 4ARPA 1GF6A 1T97A 4DC4A 2OE7X 3J4GA 1D2YA 2YBHA 4H8ZA 3WXUA 4EXMA 1QUSA 4HJVA 7LZMA 2HU1A 3P68A 4NSGA 1G0GA 3P4ZA 3GUOA 2AUBA 1T8FA 2RBQA 5I4YA 1DI4A 2OU8A 1OUIA 3AZ5A 1SSWA 1XJUA 2YBLA 4DYGA 1IOTA 3T6UA 1L15A 4EKRA 1VFBC 3A95A 132LA 1L33A 1LSPA 1DYAA 4DQ5A 5E9RA 1L39A 1NDMC 4ARQA 1JTMA 4LDOA 174LA 1P56A 2D4KA 2DQGY 1CKDA 1LZBA 1L76A 3C7YA 1HC0A 2X0AA 4B4JA 2I6ZA 1L21A 215LA 1GWDA 1B5WA 1NBZC 245LA 229LA 1JJ3A 2W1MA 1HEMA 3B0IA 4CFOA 221LA 4WLTA 4I7LA 1LHMA 1G7JC 4NGWA 156LA 1JQUA 4DQ7A 1LJ3A 3IWRA 2RB1X 1GE1A 1L81A 3DN3A 1IOSA 4H93A 1WQPA 4ARLA 1HFZA 1C68A 1I20A 1P36A 1QTDA 1FKQA 3ZVQB 3ATNA 4D9ZA 1QQYA 1DI5A 2NTHA 157LA 2RAYX 1GB0A 2VB1A 235LA 3TMXA 172LA 2I25L 3CSRA 201LA 1LZNA 4WLXA 2HECA 3GUKA 5LIOA 2OTZX 5HLLA 226LA 1P37A 1UICA 4I8SA 1D3NA 239LA 3WVYA 5JENB 4GCDA 3C8SA 2RAZX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XSF A;  1L34 A;  2Z19 A;  1P3N A;  3WW5 A;  1CVK A;  2G4N A;  1REY A;  1SLY A;  1REZ A;  2ZWB A;  4GBR B;  1L84 A;  1L85 A;  5LYZ A;  1LZT A;  176L A;  1L04 A;  1C63 A;  178L A;  4NGJ A;  1LYZ A;  1IY4 A;  1JSE A;  3K3T A;  4NGK A;  4NHT A;  1LZR A;  2B6T A;  1CV0 A;  1AKI A;  1OUD A;  4HJY A;  1HF4 A;  3LYM A;  4ET9 A;  162L A;  4H9E A;  1UIA A;  3W6E A;  1L18 A;  4RDS A;  1L10 A;  3TMW A;  1UAC Y;  1B9O A;  143L A;  1C08 C;  1RI8 B;  3D4S A;  1C6F A;  2HUL A;  2IHL A;  1G7L C;  3F9L A;  3DMX A;  3WW6 A;  4H91 A;  5J7C A;  1JTN A;  4YF2 A;  158L A;  241L A;  1L59 A;  5B1F A;  1RCM A;  1KXX A;  206L A;  1LAA A;  1LMN A;  3SB6 A;  1AT5 A;  3SBA A;  151L A;  1LGU A;  1JJ1 A;  1UIE A;  1LI2 A;  2A7D A;  5DN4 A;  1QUG A;  1XGT C;  1HEO A;  2HUK A;  2DKV A;  1L62 A;  5T3F A;  3A67 Y;  4NGY A;  1CV4 A;  2BQF A;  1E8L A;  1JKA A;  257L A;  5D5F A;  194L A;  4ZEE A;  1KNI A;  3TXK A;  1DXJ A;  2QB0 B;  1L24 A;  5ILC A;  2BQK A;  2LZ2 A;  4NSJ A;  5LVG A;  1QTE A;  1C6J A;  120L A;  1LMT A;  1YRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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