1L25A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKAVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l25A00
1DYFA 1L09A 1QUOA 1L90A 113LA 1DYBA 1L45A 3GUOA 1CU6A 3HH6A 1L21A 1QSBA 236LA 1D3FA 251LA 1L11A 209LA 4I7LA 221LA 171LA 2RAZX 3PBLA 114LA 3NY8A 1QUHA 1CX6A 218LA 3C82A 1DYGA 1L14A 3SBAA 1L77A 2F32A 3C7ZA 1C6BA 3DN3A 1L43A 1C6LA 1DYCA 4I7QA 4I7MA 2OU9A 1SSWA 1L02A 1DYEA 1L24A 146LA 4YX7C 1G06A 1CU3A 112LA 1L81A 1LYDA 200LA 3GULA 160LA 140LA 170LA 222LA 257LA 1P6YA 205LA 3HT8A 1C63A 4LDOA 2OE9X 5I14A 1D3MA 139LA 3DN6A 4DJHA 3HTFA 1L57A 2OE7X 1L40A 3HUAA 158LA 3DMXA 1L29A 199LA 1C6DA 1JTNA 1C6KA 1PQKA 1G0MA 1C60A 1C6QA 1QT6A 262LA 1G1WA 107LA 3LZMA 1PQJA 4LDLA 1L54A 1KY1A 1L19A 176LA 1C67A 1LGUA 1CV0A 261LA 4I7TA 1L55A 1LYIA 1SWZA 238LA 1CUQA 214LA 123LA 4GBRB 1B6IA 3DN4A 4ARMA 217LA 3G3WA 224LA 3GUMA 6LZMA 250LA 1XEPA 4EJ4A 198LA 3RUNA 1L87A 252LA 3HDFA 4LZMA 1OV7A 3GUIA 1G1VA 4LDEA 159LA 1L37A 2RBOA 3NYAA 2F47A 1I6SA 1QTZA 254LA 2B73A 1L38A 2RBNA 4E97A 3HT6A 4EPFA 2F2QA 1QT4A 3C7WA 1CX7A 3GUPA 188LA 3C81A 1L32A 149LA 1P36A 174LA 2B7XA 4W57A 212LA 103LA 1L17A 2LZMA 4DAJA 3OE0A 183LA 1QT8A 1XJTA 2RBSA 108LA 1QT3A 4EPIA 1P3NA 1L89A 186LA 1L13A 1L16A 1LGWA 4W51A 234LA 3HH5A 1L91A 1LWKA 1L58A 1C6JA 1L15A 2Q9EA 1KW5A 2B72A 2O4WA 3NY9A 243LA 1QUDA 2B6ZA 178LA 1L95A 2RH1A 2ANXA 4OO9A 162LA 4S0WA 166LA 1JQUA 1P2RA 1DYDA 4IAPA 1L72A 1L03A 3PDSA 1CV4A 1C65A 3FA0A 3CDOA 127LA 111LA 1L26A 1P2LA 1L75A 165LA 3HH3A 1L69A 1P7SA 1L70A 2QARC 3DN1A 169LA 1CU2A 2L78A 1G07A 1SWYA 225LA 3HT7A 2Q9DA 1OVHA 1C6AA 130LA 147LA 1L68A 4YXCA 1LYFA 1PQOA 232LA 2RBPA 3QAKA 4W59A 235LA 1L39A 3GUJA 1K28A 2O7AA 246LA 1L61A 3HWLA 1L33A 152LA 2IGCA 4K5YA 1LI2A 1ZWNA 2RAYX 1L71A 3HU8A 1G0GA 1G0PA 2OU8A 1C6IA 206LA 143LA 1DYAA 1L64A 1LYJA 1CVKA 4EXMA 3JR6A 1G0JA 191LA 3DMZA 1KNIA 1L34A 4ARQB 1L88A 211LA 249LA 1PQMA 4EKSA 3RZEA 3V2WA 1L86A 1CV1A 1L00A 4PK0A 1L20A 3K2RA 1L07A 104LA 1OWZA 172LA 1L0JA 1L80A 2OU0X 2B6WA 1C6HA 3C7YA 1L46A 1L94A 1L99A 1L05A 1L97A 1OVKA 2RB0X 4I7SA 1D9WA 1D3NA 3OE9A 1P64A 1L51A 248LA 4ARQA 2RBQA 3OE6A 3ODUA 102LA 1L49A 2RBRA 3HUKA 181LA 1WTHA 229LA 3F8VA 2Z6BA 148LE 1LYEA 3HUQA 4ARPA 1L22A 190LA 1C6CA 2B6YA 3C83A 1C6NA 256LA 2OEAX 242LA 1L65A 4YXAC 1QT7A 1L31A 1JTMA 120LA 3DKEX 185LA 157LA 260LA 1QSQA 2NTGA 231LA 4I7OA 175LA 3DNAA 4ARJA 1L42A 3CDQA 1QTBA 1L53A 3V2YA 1T8AA 1G0QA 1L84A 1L36A 1OYUA 1LYGA 1LPYA 4I7PA 228LA 233LA 1C6GA 2OTZX 245LA 1L52A 3HT9A 1L59A 1OV5A 3L64A 151LA 141LA 122LA 3GUKA 1C61A 2HUMA 197LA 7LZMA 2B6TA 1L01A 4ZPUA 230LA 1L79A 4I7KA 2OTYX 1KY0A 2CUUA 3SB7A 3HU9A 1L66A 192LA 109LA 1LLHA 4W54A 1KW7A 2B75A 1L06A 2B74A 237LA 195LA 2NTHA 1QTCA 1L28A 1L47A 227LA 1QUGA 1L67A 3FI5A 150LA 1L0KA 119LA 128LA 3DN2A 3DN8A 1ZURA 173LA 1L04A 241LA 168LA 182LA 1T6HA 215LA 1CV3A 1EPYA 1C62A 3SB9A 1L85A 201LA 184LA 1SSYA 1C6MA 115LA 240LA 110LA 3G3XA 4I7NA 2O79A 189LA 1D3JA 2RB2X 4W52A 1P46A 3CDRA 2OE4X 1L62A 1L63A 1L74A 4AQNA 138LA 213LA 3SBBC 180LA 4W58A 144LA 3HTDA 226LA 3GUNA 1L96A 5LZMA 4PJZA 3SN6R 129LA 163LA 3SB6A 1L44A 220LA 1PQDA 2B70A 1T8GA 1LW9A 4W56A 1LI6A 1C6FA 1L18A 3HTGA 1L35A 1L48A 1C66A 1C6PA 1L08A 4EKRA 4I7JA 219LA 164LA 1L10A 1C68A 1QS9A 253LA 3HDEA 4ARMB 4GRVA 1L50A 1CU0A 1P37A 239LA 258LA 3C8SA 145LA 1QTDA 1XJUA 2LCBA 3SB8A 131LA 1LWGA 1P56A 155LA 1C6EA 2B6XA 187LA 4DKLA 4ARLA 1TLAA 1QTVA 2A4TA 3CDTA 196LA 3OE8A 2LC9A 1C64A 3DN0A 1KS3A 1C6TA 1LGXA 3D4SA 1LYHA 1PQIA 1G0KA 216LA 259LA 3HH4A 1QTHA 1C69A 1T97A 3SB5A 4EKPA 1G0LA 1QT5A 1T8FA 1ZYTA 3C80A 3FADA 223LA 1CV5A 1L92A 1SX2A 126LA 137LA 1L60A 2QB0B 3CDVA 3VW7A 118LA 1CTWA 1L30A 1L83A 1OVJA 1NHBA 1L23A 1L56A 156LA 1LI3A 247LA 4W53A 1L98A 2RB1X 1L41A 3DMVA 125LA 3C8QA 1L82A 3UONA 167LA 1OWYA 210LA 3C8RA 3F9LA 1QS5A 4EKQA 1L25A 142LA 1L12A 2HUKA 1D2WA 1CU5A 3EMLA 4I7RA 161LA 1SX7A 1CUPA 177LA 1P5CA 3G3VA 1L73A 255LA 1L93A 3HTBA 1L27A 4W55A 3L2XA 1CV6A 2HULA 1D2YA 244LA 2ANVA 1L76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NF5A 2G4PA 1L09A 2BQJA 1DYBA 1L45A 3GUOA 1G7HC 1QSBA 5EBHA 1H87A 209LA 4N1EI 4HJZA 5FCPA 4H90A 1UUZC 3HBDA 1CX6A 218LA 3SBAA 4XJFA 4L41A 1GBWA 1JIYA 1C6LA 1DYCA 4I7QA 1GF4A 1L02A 4G4HA 146LA 1HSWA 4LYOA 1CU3A 3CQLA 3GXRA 112LA 1IR9A 4NWHA 4YM8A 2H9JA 4GCFA 222LA 5C6LA 4II8A 2D91A 4NFVA 205LA 5KXOA 5I14A 1LSGA 2DQIY 1L57A 4OWAA 2OE7X 2H9KA 3DMXA 1L29A 1EQ4A 3WPKA 1C6KA 1G0MA 1QT6A 1YKZX 3RNXA 2Q0MX 5I4YA 107LA 1B5WA 2DKVA 1PQJA 5LINA 1EQ5A 4W96A 2YBJA 4H8YA 1L19A 2Z2EA 1B5XA 1DXJA 1XGUC 3AYQA 1HFXA 3AZ5A 1SWZA 4KT3A 4R0FA 2BQCA 1WTNA 1CUQA 4NGOA 1B6IA 3DN4A 4ARMA 3TMXA 4MR1A 1LJJA 3G3WA 2W1LA 5I4XA 224LA 1WTMA 5KXXA 1YIKA 4AGAA 3A96A 1QUSA 3RUNA 1PS5A 4DDCA 1L87A 1JPOA 1C45A 1BVXA 3NYAA 1OUGA 2Y8PA 5B59A 1L38A 2F2QA 188LA 3C81A 153LA 1D0KA 2BAAA 174LA 1CKGA 3OE0A 1NWGA 1GFEA 1QT3A 1XEIA 1L89A 186LA 1L13A 1L16A 1VDQA 1L58A 2B72A 3QNGA 243LA 1QUDA 4DDAA 1GB5A 2DQGY 3LYTA 4B4EA 1JQUA 1DYDA 5A3EA 3P64A 1UACY 1CV4A 3FA0A 1IC5Y 1XGPC 1P2LA 1L75A 1GF9A 1LJIA 1L69A 3WPJA 1IP6A 1C7PA 169LA 1CU2A 4DQ7A 1XSFA 5LYZA 3D3DA 1C6AA 3J6KA 3WXTA 4LYCA 4J7VA 147LA 1YKXX 2RBPA 4U3XB 207LA 3QAKA 1L39A 4N9RA 3GUJA 2XBSA 1WQQA 4MCKA 3HWLA 1L33A 152LA 1GD6A 5LXWA 2IGCA 1ZWNA 1L71A 1G0GA 1XGRC 1C6IA 3N9AA 3M3UA 1LYSA 1GEZA 3CSQA 1VDSA 1L34A 4H9HA 4ARQB 1OUAA 211LA 249LA 2MEBA 1B2KA 4XJDA 3V2WA 5LAFA 1L00A 1GFVA 1AT5A 1UIGA 3W6BA 1L20A 104LA 172LA 1LKSA 1GHLA 1LZ6A 4OWCA 3C7YA 1L46A 1D3NA 4NGZA 1P64A 4DD3A 3TXJA 1GFKA 4H91A 1HEWA 3OE6A 1IOSA 1L49A 2RBRA 4P2EA 3ATOA 181LA 4WMGA 3RZ4A 2H5ZA 1YAPA 4DD1A 1FKVA 148LE 2LYZA 3LYMA 2I6ZA 190LA 3C83A 3HBHA 4WO6A 2W1XA 256LA 2C8OA 185LA 2DQAA 1QSQA 2BQNA 4ARJA 4B0DA 2MEFA 2Z2FA 2HEEA 2IHLA 1FDLY 1N4FA 2HEAA 2WARA 228LA 4WM4A 5T3FA 245LA 1L59A 4RLNA 151LA 1C61A 197LA 4NHIA 230LA 2CUUA 109LA 1V7SA 1KW7A 4RW1A 5B1FA 1SLYA 1B7SA 1L28A 1OUIA 4NG8A 1V7TA 1QUGA 1G7MC 4HTQA 1HENA 2BQEA 128LA 3DN2A 3DN8A 1CJ8A 173LA 1L04A 3OK0A 4GCCA 182LA 1IY3A 1GBSA 4HSFA 1XFPL 201LA 184LA 4OWHA 2O79A 1D3JA 1FLQA 4W52A 4WOAA 1P46A 1J1OY 1C08C 1JKAA 1L74A 1L63A 1PZYA 180LA 3HTDA 1LHIA 3A90A 1LSEA 4PJZA 163LA 3A6BY 4NHSA 1T8GA 1HMLA 4W56A 1L35A 1C66A 1C6PA 1L08A 3AB6A 3HDEA 1D9UA 4TUNA 3SB8A 1QTDA 1GEVA 1AT6A 1LZEA 2B6XA 4EMNA 3KAMA 4DD2A 1LZNA 4HJYA 1DI5A 4DKLA 2Z12A 3AZ4A 4ARLA 1TLAA 4NHTA 1T6VL 1C64A 1B7RA 1WQOA 3D4SA 4H94A 4J1AA 2YBIA 4A7DA 3P4ZA 4MSTA 4DYGA 4AXTA 1XEJA 3SB5A 4WG1A 1T8FA 1F6SA 3FADA 2YBMA 1JTOL 1GFGA 3N9CA 4D9ZA 1CTWA 1LSCA 2LYMA 1L83A 1IWTA 1L56A 156LA 1A2YC 4LYZA 4H9EA 3W6FA 4QY9A 3TXGA 1L98A 1L41A 5HNLA 125LA 1GFJA 1L82A 1IO5A 5E9RA 4YF2A 1GAYA 3T6UA 142LA 4ET9A 1CUPA 1GB7A 1E8LA 3AGIA 255LA 1OUHA 4H9IA 1NMMA 3WU8A 1L27A 2FBBA 244LA 1VEDA 4G9SA 1DI4A 4LDLA 1QUOA 1JSEA 4PGJB 2YBLA 1CU6A 4CJ2A 5KXLA 3ZVQA 251LA 221LA 5B1GA 3PBLA 2BQIA 4WO9A 1BB5A 1L14A 1LAAA 4RDSA 1C6BA 4WM2A 3W6DA 2OU9A 1DYEA 4YX7C 2ZWBA 2Z38A 1B5VA 1CKHA 1L81A 1FLWA 200LA 3GULA 4R6CA 257LA 193LA 3HT8A 4O34A 2DBTA 4N1CC 1D3MA 3DN6A 3HTFA 5F14A 135LA 1C6DA 1JTNA 4NWEA 1GB0A 1G7LC 1WQMA 3IJUA 4RLMA 176LA 1OUBA 5KXNA 1L55A 2EQLA 5KXRA 1GE0A 5J7CA 1FN5A 123LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NF5 A;  2G4P A;  1L09 A;  2BQJ A;  1DYB A;  1L45 A;  3GUO A;  1G7H C;  1QSB A;  5EBH A;  1H87 A;  209L A;  4N1E I;  4HJZ A;  5FCP A;  4H90 A;  1UUZ C;  3HBD A;  1CX6 A;  218L A;  3SBA A;  4XJF A;  4L41 A;  1GBW A;  1JIY A;  1C6L A;  1DYC A;  4I7Q A;  1GF4 A;  1L02 A;  4G4H A;  146L A;  1HSW A;  4LYO A;  1CU3 A;  3CQL A;  3GXR A;  112L A;  1IR9 A;  4NWH A;  4YM8 A;  2H9J A;  4GCF A;  222L A;  5C6L A;  4II8 A;  2D91 A;  4NFV A;  205L A;  5KXO A;  5I14 A;  1LSG A;  2DQI Y;  1L57 A;  4OWA A;  2OE7 X;  2H9K A;  3DMX A;  1L29 A;  1EQ4 A;  3WPK A;  1C6K A;  1G0M A;  1QT6 A;  1YKZ X;  3RNX A;  2Q0M X;  5I4Y A;  107L A;  1B5W A;  2DKV A;  1PQJ A;  5LIN A;  1EQ5 A;  4W96 A;  2YBJ A;  4H8Y A;  1L19 A;  2Z2E A;  1B5X A;  1DXJ A;  1XGU C;  3AYQ A;  1HFX A;  3AZ5 A;  1SWZ A;  4KT3 A;  4R0F A;  2BQC A;  1WTN A;  1CUQ A;  4NGO A;  1B6I A;  3DN4 A;  4ARM A;  3TMX A;  4MR1 A;  1LJJ A;  3G3W A;  2W1L A;  5I4X A;  224L A;  1WTM A;  5KXX A;  1YIK A;  4AGA A;  3A96 A;  1QUS A;  3RUN A;  1PS5 A;  4DDC A;  1L87 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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