1L27A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKDVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l27A00
237LA 167LA 3GUKA 221LA 1L99A 4K5YA 1G0LA 1L90A 1L68A 217LA 2B6ZA 1D3NA 1L88A 3V2WA 1T8GA 1L18A 1SSWA 3D4SA 4DKLA 240LA 250LA 166LA 1ZWNA 1L56A 3VW7A 228LA 4LZMA 4EJ4A 3GUIA 1OV5A 2HULA 1P2RA 1L04A 188LA 1L20A 1P37A 1SSYA 1KW5A 3GUJA 1P36A 1L72A 184LA 1L37A 2B73A 1L53A 3HWLA 171LA 1L83A 1T6HA 1SWYA 4YXAC 191LA 157LA 128LA 1L0JA 1L92A 1CV1A 4I7QA 150LA 214LA 1L00A 3F9LA 1L51A 2OU0X 1L28A 1LYGA 1WTHA 1SWZA 222LA 257LA 159LA 1L40A 1L50A 1L94A 3RUNA 1PQJA 187LA 3HTBA 1QT8A 2F32A 2RB1X 1LGXA 2Q9EA 152LA 1T8AA 4ARPA 1C6CA 149LA 165LA 247LA 1T8FA 1L76A 1EPYA 4W51A 4AQNA 164LA 3OE6A 4EPFA 1L64A 1QUOA 209LA 1L0KA 4DAJA 3DN3A 103LA 156LA 2RBSA 3SB7A 1L16A 1QT5A 4I7MA 1P2LA 1L26A 2O79A 1L39A 1L42A 1C6MA 169LA 1ZYTA 235LA 226LA 1CU2A 1QUGA 4I7TA 2L78A 200LA 2B72A 4I7OA 3DN8A 1PQOA 244LA 1QT4A 5LZMA 125LA 1JTMA 1L21A 3NY9A 1L97A 242LA 119LA 1C6FA 1KNIA 3CDTA 2CUUA 1L75A 3HH4A 233LA 3GUOA 1XJTA 3SB5A 108LA 1G07A 120LA 1QSQA 1CV0A 1CU6A 115LA 3DNAA 1L14A 1QUDA 107LA 3GUMA 4EKRA 137LA 3HDEA 1L45A 3JR6A 1L34A 1L02A 246LA 3OE0A 1OVJA 1C62A 3HTDA 215LA 225LA 1L41A 139LA 3C80A 3PDSA 1L87A 4W55A 1L93A 3EMLA 1CUPA 2RBRA 162LA 3C8SA 1L36A 3OE8A 3LZMA 232LA 1L59A 1LYEA 1C6DA 1L98A 1L49A 1L57A 3HDFA 4W58A 4EPIA 3FA0A 183LA 1L33A 4I7RA 1P5CA 1QTVA 3GUNA 172LA 2RBNA 3DN6A 2ANVA 1T97A 260LA 1C68A 1OWYA 1NHBA 131LA 210LA 1C6QA 1L46A 1LGUA 1P56A 104LA 1KY1A 3C82A 5I14A 109LA 4EKQA 1QSBA 2OU9A 1D3FA 1C6GA 259LA 1LLHA 1CV6A 1C6AA 3C7YA 196LA 1CV4A 216LA 3C81A 3FADA 4I7LA 3SB9A 2RB0X 1DYFA 4PK0A 4IAPA 243LA 3HU9A 163LA 254LA 158LA 2B70A 231LA 3G3VA 3GULA 4GRVA 173LA 236LA 2HUMA 145LA 261LA 1KW7A 2LZMA 3HT8A 1LWKA 1QT7A 1C6KA 4ARQA 3CDVA 4S0WA 234LA 1G1VA 3SB6A 1LYHA 1L84A 1L81A 1L31A 252LA 1LI2A 1CU0A 3DMXA 1P46A 4I7SA 4W57A 201LA 1L67A 1L62A 126LA 3DN0A 1L08A 1P3NA 1B6IA 1KS3A 1OYUA 4LDLA 3HH3A 1QUHA 2F47A 2HUKA 4E97A 195LA 2Q9DA 241LA 2OU8A 1L47A 1CX6A 1JTNA 129LA 130LA 1L66A 1LW9A 199LA 3DMVA 1P64A 1PQIA 180LA 1C63A 2RBQA 1D2WA 2RBPA 122LA 2NTHA 4EKPA 251LA 3FI5A 1L35A 4W54A 148LE 1C6HA 1CUQA 146LA 4W53A 181LA 1L12A 141LA 185LA 1L52A 2OE9X 1DYAA 1L01A 213LA 3C7WA 4ZPUA 1L85A 1P6YA 2B6YA 174LA 1L23A 4I7PA 3L64A 1L61A 1ZURA 1L27A 4LDOA 1G0GA 238LA 3G3WA 218LA 4ARJA 4YX7C 1XEPA 3SN6R 1L29A 3ODUA 147LA 2F2QA 3V2YA 3HT7A 4W59A 192LA 253LA 2OTZX 2RH1A 189LA 1C6PA 1L24A 4W56A 227LA 1L17A 142LA 1G1WA 1L55A 1L13A 1LYJA 206LA 1L30A 1C6TA 1LPYA 1L07A 1DYGA 1LGWA 1D2YA 1L73A 2Z6BA 1C66A 212LA 249LA 1QTHA 256LA 3PBLA 182LA 1L38A 3QAKA 197LA 1QT6A 4EKSA 110LA 258LA 2B7XA 1C67A 1L44A 229LA 4ARQB 1OV7A 2O4WA 7LZMA 1L03A 3HH5A 3DN4A 4I7KA 1L70A 3CDOA 177LA 2QARC 1L82A 211LA 2QB0B 155LA 4DJHA 198LA 3HT9A 4YXCA 1C6EA 3HH6A 2B6TA 4ARMB 1JQUA 3UONA 1CVKA 1C6JA 3SBAA 1G06A 151LA 1L96A 2OE4X 2A4TA 3DMZA 1C6LA 1C6IA 3DN2A 127LA 1QS5A 3C8RA 4LDEA 1L86A 223LA 1D9WA 1L60A 3NYAA 1L63A 220LA 3C83A 1CV3A 3SB8A 2RAYX 1L74A 6LZMA 1LYIA 1PQMA 1QTDA 1L05A 1OWZA 2O7AA 1P7SA 138LA 161LA 1OVKA 1C64A 1G0QA 3HTFA 1L19A 255LA 1CX7A 3NY8A 118LA 1LYDA 3L2XA 1LYFA 1DYEA 2RB2X 4ARMA 143LA 2OEAX 3RZEA 2LC9A 1L48A 1L10A 1L22A 1QTZA 239LA 1G0PA 1D3JA 3K2RA 1CV5A 230LA 3GUPA 1G0KA 3SBBC 1L58A 1XJUA 160LA 1L06A 1D3MA 1L32A 1L79A 2B6WA 1L89A 262LA 3G3XA 102LA 170LA 2B6XA 3CDRA 114LA 1I6SA 1SX2A 1SX7A 1C6BA 1QTBA 2B75A 3C7ZA 178LA 3HUKA 1G0MA 2LCBA 175LA 1C6NA 2NTGA 224LA 4I7JA 245LA 1L43A 2OE7X 1DYDA 2ANXA 4EXMA 3HUQA 1TLAA 1G0JA 3CDQA 113LA 1L91A 1L77A 112LA 2RBOA 111LA 1L11A 1LI6A 1L71A 144LA 4PJZA 2IGCA 2B74A 1QTCA 1CU5A 1DYBA 1L54A 2RAZX 1QT3A 205LA 1L15A 3HTGA 4ARLA 3DKEX 1CU3A 1L95A 168LA 1C65A 3DN1A 1L25A 4GBRB 3C8QA 1C61A 186LA 1PQDA 176LA 3HU8A 248LA 1KY0A 1DYCA 4OO9A 3OE9A 140LA 1L80A 1L65A 4W52A 1CTWA 123LA 1PQKA 3HUAA 1K28A 1C60A 4I7NA 1LI3A 1C69A 219LA 1L09A 3F8VA 1L69A 2OTYX 190LA 1QS9A 3HT6A 1OVHA 1LWGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
237LA 167LA 1L99A 2Z2EA 1G0LA 1LJEA 1L68A 1VEDA 1DXJA 1D3NA 5DN4A 3V2WA 3N9CA 3D4SA 2I26L 3VW7A 5KXLA 2BQHA 1P2RA 3EBAB 1SSYA 1IWXA 1KW5A 1JUGA 1QTEA 2B73A 1L53A 1LSAA 1L83A 4XJFA 2Y8PA 1SWYA 4QGZA 4ZIXA 191LA 1LHMA 1GE1A 1L92A 1CV1A 1BVKC 2BQMA 1L51A 1FBIX 222LA 3SP3A 1L40A 2HEEA 1PQJA 5I53A 187LA 4WLYA 1LMQA 1QT8A 4G4CA 1AKIA 1LOZA 1T8AA 2LYZA 1UACY 4GCEA 1MELL 4W51A 1G7LC 1GDWA 4EPFA 4DAJA 5KXMA 1DKJA 1FN5A 1LJGA 3SB7A 1QT5A 1VDQA 3CQLA 2A7FA 1C6MA 169LA 235LA 1LZ5A 4DYGA 2B72A 4I7OA 1LSMA 1GB2A 1IR9A 4H90A 244LA 5B05A 4UWNA 4WG7A 1XGPC 1DQJC 1FLYA 1NQIA 5A3EA 1L75A 1GBZA 3HH4A 1JHLA 1XJTA 1OUHA 1GXXA 1G07A 3P4ZA 1HEMA 1C7PA 2Z18A 4NGOA 4NSGA 3WL2A 115LA 1VDTA 4B49A 1L14A 2ZQ3A 107LA 4RLMA 1YIKA 5I5QA 4OWCA 1LMOA 1L34A 4BAPA 3B0OA 3OE0A 1C62A 1GAZA 1IEEA 3TXEA 3C80A 3WU9A 1JTOL 3LYOA 3C8SA 3WW6A 3LZMA 1LYEA 5LA5A 3HDFA 1L33A 1YQVY 4I7RA 1QTVA 1T3PA 3GUNA 1B7QA 4CJ2A 3A67Y 3W6BA 2B5ZA 1LZDA 2ANVA 1HEOA 1C68A 3TXJA 1NHBA 131LA 1LZGA 104LA 1IWVA 154LA 1IOTA 4NIJA 4NGJA 1LZCA 3C7YA 196LA 5FEKA 3WU7A 2LYMA 1XSFA 3C81A 1QUTA 3FADA 4I7LA 5ILFA 4CFPA 4PK0A 1LHJA 2YBHA 1YL1X 243LA 3A91A 1D9UA 3G3VA 3GULA 3WW5A 2YDGA 4TTDA 1MLCE 1OQMA 1C6KA 3ZVQB 3RW8A 1JTPL 4OWEA 1JPOA 1L67A 4DD2A 5HQ1A 1P3NA 3WPKA 5LYZA 4LDLA 1VAUA 4HJZA 1L47A 5KXRA 130LA 1LW9A 3A8ZA 3DMVA 1P64A 1LJ3A 1C63A 4WLXA 1D2WA 5LYMA 122LA 4TWSA 4QEQA 1C6HA 1CUQA 1JJ0A 1L01A 4ZPUA 1G7IC 1L85A 2BQKA 1I1ZA 2B6YA 4YOPA 1L23A 1QIOA 1L61A 4NSIA 238LA 4I8SA 218LA 1GHLA 4ARJA 1XEPA 1LTMA 3V2YA 2BQCA 192LA 253LA 1BB5A 3OK0A 1L24A 1LJIA 1G1WA 4G9SA 1L55A 5KY1A 1L30A 4J1BA 2IFFY 5HMJA 1N4FA 1DYGA 2DQIY 1LZNA 5II3A 4UWVA 4LYMA 1F6RA 1C66A 4N0JA 5M1YA 2HU3A 1L38A 1LYOA 3A92A 1QTKA 1OV7A 5F9UA 4Z98A 3ULRA 1JJ3A 1L03A 4PRUA 1UIHA 4HPEA 2QARC 1L82A 2MEHA 1GFVA 198LA 1GXV2 1FLQA 1JSFA 1REXA 4WM1A 1LMTA 3WPJA 2F30A 5LYTA 1D0LA 2A4TA 1GFEA 1C6LA 4LYBA 3DN2A 3VWOA 4LDEA 4ETDA 1HFZA 1C08C 1D9WA 1B7PA 4H9EA 1B7MA 1L63A 1IWWA 5J7CA 1CV3A 3WPLA 1B5YA 4DQ5A 2RAYX 1LZTA 4CHXA 2O7AA 4J0LA 4GCBA 4R6CA 4RDSA 5KXTA 1NBZC 1CX7A 2DQGY 3L2XA 5B07A 2DKVA 2OEAX 1QTZA 1PS5A 1G0PA 3K2RA 1D0KA 1CV5A 4WG1A 208LA 4WL6A 2XQOA 3B0IA 3LHMA 2DQDY 1L32A 2B6WA 1SQ2L 1B7NA 1ZVYB 3G3XA 1IP1A 1IP2A 2YBJA 1DI3A 1SX7A 3W6EA 2B75A 4H9CA 1UIDA 1OUAA 175LA 1C6NA 4H91A 224LA 2ZWBA 1L43A 3BKVA 1DYDA 4D9ZA 1TLAA 3W6FA 4L41A 1QSWA 3CSZA 1L77A 2GV0A 1ALCA 5HNLA 2RBOA 1W08A 1BVXA 1RCMA 4ZFPA 2C8PA 144LA 1WVUA 5LAGA 1QTCA 1CU5A 1DYBA 4ETEA 1QT3A 1C43A 4LYTA 1F10A 2A7DA 1B7RA 4PHIA 1GBYA 2W1MA 1CU3A 1A4VA 4Z46A 2CDSA 1GF0A 4GBRB 4XYYA 3LYZA 3HU8A 1DYCA 2BQLA 1NBYC 1H6MA 3IJVA 3EMSA 1L65A 3IJUA 1CTWA 4OWAA 4OW1A 1C60A 1C69A 4LFPA 4H92A 1REYA 1IOQA 1LMCA 1IP6A 2BQFA 1LMPA 3GUKA 221LA 2H9KA 3P66A 3WULA 4N1EI 1L90A 4BAFA 3M3UA 2B6ZA 1LPIA 1IOSA 240LA 250LA 1ZWNA 2BQAA 4W96A 1LZ8A 2BLXA 2CWIA 1OP9B 4LZMA 2XTHA 1OV5A 4HSFA 3B6LA 1L04A 188LA 3GUJA 1OUBA 1YAOA 1P36A 1B7OA 1L72A 3W6CA 184LA 171LA 3A93A 4FDYA 4YXAC 3GXKA 1CKHA 1JITA 1L0JA 4I7QA 3K3TA 2Z2FA 1L00A 3F9LA 3T6UA 1L28A 1HEWA 4M4OA 3RUNA 3TXGA 1YKYX 2F32A 2RB1X 3EXDA 3AB6A 4XJIA 152LA 5AMYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 237L A;  167L A;  1L99 A;  2Z2E A;  1G0L A;  1LJE A;  1L68 A;  1VED A;  1DXJ A;  1D3N A;  5DN4 A;  3V2W A;  3N9C A;  3D4S A;  2I26 L;  3VW7 A;  5KXL A;  2BQH A;  1P2R A;  3EBA B;  1SSY A;  1IWX A;  1KW5 A;  1JUG A;  1QTE A;  2B73 A;  1L53 A;  1LSA A;  1L83 A;  4XJF A;  2Y8P A;  1SWY A;  4QGZ A;  4ZIX A;  191L A;  1LHM A;  1GE1 A;  1L92 A;  1CV1 A;  1BVK C;  2BQM A;  1L51 A;  1FBI X;  222L A;  3SP3 A;  1L40 A;  2HEE A;  1PQJ A;  5I53 A;  187L A;  4WLY A;  1LMQ A;  1QT8 A;  4G4C A;  1AKI A;  1LOZ A;  1T8A A;  2LYZ A;  1UAC Y;  4GCE A;  1MEL L;  4W51 A;  1G7L C;  1GDW A;  4EPF A;  4DAJ A;  5KXM A;  1DKJ A;  1FN5 A;  1LJG A;  3SB7 A;  1QT5 A;  1VDQ A;  3CQL A;  2A7F A;  1C6M A;  169L A;  235L A;  1LZ5 A;  4DYG A;  2B72 A;  4I7O A;  1LSM A;  1GB2 A;  1IR9 A;  4H90 A;  244L A;  5B05 A;  4UWN A;  4WG7 A;  1XGP C;  1DQJ C;  1FLY A;  1NQI A;  5A3E A;  1L75 A;  1GBZ A;  3HH4 A;  1JHL A;  1XJT A;  1OUH A;  1GXX A;  1G07 A;  3P4Z A;  1HEM A;  1C7P A;  2Z18 A;  4NGO A;  4NSG A;  3WL2 A;  115L A;  1VDT A; 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