1L27A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKDVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l27A00
139LA 1L91A 108LA 1L72A 2CUUA 3JR6A 3V2WA 3DN1A 3HH4A 2B70A 1WTHA 3C8RA 1ZWNA 190LA 2B6WA 1P3NA 161LA 150LA 3HDFA 4E97A 1L28A 4YXAC 1C6HA 3DN2A 224LA 1L52A 1L64A 1L27A 1C6FA 4I7JA 1CTWA 140LA 1L29A 1L19A 2RAZX 3C7WA 2OTYX 115LA 1OWZA 1P56A 3DMZA 1G1WA 146LA 1L08A 212LA 229LA 4K5YA 209LA 1CV5A 2OTZX 4I7NA 4EXMA 130LA 189LA 1C65A 143LA 1C6MA 1KNIA 1L56A 169LA 1G0KA 4LDLA 1CV3A 1QTHA 219LA 138LA 1L24A 1L14A 3HH5A 1ZYTA 1SX7A 1LW9A 1QTBA 2B6ZA 221LA 3ODUA 244LA 1L75A 170LA 1P37A 1L15A 1L12A 206LA 1L11A 3HTGA 1NHBA 1QUOA 3DMXA 4GBRB 1SWZA 3F8VA 127LA 1L51A 4ARQB 158LA 185LA 1D3FA 1L92A 1DYFA 210LA 171LA 1D3JA 3HUQA 131LA 3SB7A 181LA 1L55A 1C6LA 4I7KA 4ARPA 1C60A 2O79A 3UONA 3C80A 3HU9A 107LA 176LA 3OE9A 1JTMA 1L67A 217LA 1L43A 2B7XA 2IGCA 4ZPUA 4OO9A 1QUDA 3G3VA 1LLHA 1L53A 1KS3A 4ARMB 126LA 1L83A 3RZEA 3RUNA 232LA 211LA 261LA 3DN8A 4I7SA 1L96A 1TLAA 1CU5A 4W52A 102LA 137LA 2QARC 4W56A 1C6CA 3L2XA 2LZMA 1KY1A 1PQJA 1C6QA 3DKEX 1T97A 191LA 2OEAX 3SB8A 2OE4X 234LA 1PQDA 3C8SA 4I7LA 1L49A 1B6IA 3OE0A 3CDVA 1QT7A 1QTZA 2RB1X 3GUMA 152LA 2LCBA 260LA 196LA 151LA 253LA 3SBBC 1CU2A 1L46A 1L13A 243LA 1DYGA 1L70A 1L57A 213LA 118LA 1PQKA 1T8GA 1L48A 1L80A 1L20A 1C6JA 1OVJA 1PQMA 1QS5A 3D4SA 1QTVA 1G0QA 1T8AA 238LA 1P2LA 168LA 1L84A 1LYEA 4EKQA 104LA 6LZMA 4EKSA 1L0JA 3GUJA 3CDTA 2LC9A 1D2YA 2QB0B 1LYIA 2RAYX 255LA 3HUKA 2F47A 3HTBA 157LA 1T8FA 3GUKA 1C62A 1CV6A 1G0MA 3GUOA 199LA 2HULA 3HDEA 201LA 1LI3A 1QSBA 4DKLA 1L69A 1LGUA 1I6SA 2RB2X 3GUNA 4ARQA 4W53A 2F2QA 3C83A 4I7PA 182LA 4EPIA 2OE9X 187LA 1L97A 3C7YA 1L33A 4DJHA 1L26A 4I7TA 1CUQA 3C82A 259LA 3PBLA 1L61A 1L98A 4IAPA 1ZURA 148LE 1DYBA 3C81A 2B75A 1LYDA 1L10A 1XEPA 3OE8A 1L30A 218LA 159LA 109LA 2A4TA 1CX7A 1L95A 1L71A 4I7MA 4ARMA 3GUPA 3QAKA 3HWLA 3HT8A 4I7RA 4PJZA 2O4WA 1SSYA 195LA 1L42A 2RBSA 1C6DA 1QSQA 236LA 3DN0A 2O7AA 4LDEA 2RBNA 1L25A 1L86A 1L07A 1DYAA 1C6NA 1L62A 1L58A 1JQUA 1LI6A 2L78A 246LA 1LYJA 3DN4A 1LWGA 114LA 1CU6A 160LA 254LA 1L17A 1D3MA 250LA 4W59A 1L73A 2RBOA 1L60A 1L82A 1L02A 1L89A 3HH6A 1LYHA 2NTHA 1QS9A 4W58A 119LA 1C64A 1KW7A 1PQOA 1XJUA 1CVKA 1L45A 4I7OA 1QT5A 165LA 1L65A 1L36A 197LA 1OV7A 1P5CA 3FA0A 112LA 1L63A 1K28A 231LA 239LA 251LA 1P46A 1DYCA 122LA 4YX7C 4LZMA 2HUMA 1C6AA 1CX6A 178LA 111LA 235LA 3CDRA 3C8QA 183LA 2Z6BA 1QT3A 1L38A 141LA 113LA 1L0KA 3HUAA 1L79A 3HT6A 4DAJA 164LA 1OWYA 1QTCA 3F9LA 216LA 240LA 1L44A 1LGWA 1CV0A 3L64A 223LA 258LA 1L06A 1QT4A 3FADA 1C6IA 1L76A 3HTFA 1L41A 192LA 1G07A 1L16A 5I14A 120LA 175LA 1KW5A 3HT9A 4S0WA 110LA 242LA 1P2RA 2B73A 186LA 4ARJA 1P7SA 3SB5A 1L50A 1L88A 3PDSA 226LA 1L18A 1L74A 1L09A 233LA 1LI2A 7LZMA 1PQIA 256LA 2B72A 1D9WA 1QTDA 4AQNA 1L77A 128LA 1L66A 1CV1A 1QUGA 4LDOA 1L93A 3G3WA 1QT6A 1D3NA 1L99A 2RB0X 3CDOA 3DN3A 2Q9DA 1CUPA 1OYUA 3HH3A 1LYGA 1G0JA 3C7ZA 1C6EA 1P36A 262LA 2OU0X 2RBQA 2RBPA 162LA 2ANVA 1L32A 1EPYA 237LA 1L47A 1G06A 3SBAA 3HU8A 1OVHA 1SWYA 1C6KA 1L34A 1LWKA 1L23A 1C6TA 3DMVA 2RH1A 1L90A 167LA 1QT8A 1L22A 2F32A 147LA 1L00A 2Q9EA 5LZMA 1L01A 3FI5A 1CU0A 1P6YA 142LA 174LA 172LA 156LA 3CDQA 4W54A 103LA 1XJTA 3V2YA 227LA 3NYAA 1L54A 123LA 3EMLA 1L87A 2OU9A 1D2WA 241LA 1T6HA 1G1VA 4W55A 2HUKA 1C67A 228LA 3GULA 180LA 4YXCA 4EKPA 1L05A 3NY8A 249LA 1DYDA 1L85A 1OVKA 1CU3A 1LYFA 3DNAA 3K2RA 4EPFA 129LA 3GUIA 155LA 1DYEA 2B6YA 4GRVA 1L04A 1C63A 1G0GA 1L31A 166LA 1G0LA 1C66A 3HT7A 225LA 1L37A 252LA 1C61A 1JTNA 3OE6A 4W57A 1C6BA 1SSWA 4EJ4A 188LA 1C6GA 1L21A 1LGXA 2B6XA 3G3XA 2OE7X 1L59A 2RBRA 1SX2A 247LA 1C69A 4I7QA 184LA 1L40A 1L35A 177LA 1L39A 200LA 3NY9A 257LA 4EKRA 145LA 3DN6A 1KY0A 4ARLA 1C6PA 248LA 1L94A 1L68A 2ANXA 3SN6R 1CV4A 125LA 1P64A 1L03A 245LA 163LA 222LA 173LA 214LA 2B6TA 3VW7A 1G0PA 4W51A 4PK0A 3HTDA 198LA 220LA 3SB6A 3SB9A 149LA 2NTGA 215LA 2OU8A 230LA 2B74A 1LPYA 3LZMA 1C68A 1L81A 144LA 205LA 1QUHA 1OV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BS7A 1GB6A 1IWYA 1WTHA 1ZWNA 1LSFA 3W6DA 4ML7A 1BB4A 1UIDA 3WL2A 150LA 1L28A 1L64A 1CTWA 1L29A 3W6FA 2OTYX 2HEEA 1BB5A 1T3PA 212LA 1DPWA 3A90A 1IP5A 1CV5A 4I7NA 1YAQA 130LA 4NGKA 1EQEA 1L24A 4X3BA 4OW1A 1LZTA 1LW9A 3A3QA 3F6ZA 4PRQA 244LA 1H6MA 1W08A 170LA 1MLCE 206LA 1L11A 1B7NA 4H8YA 1JITA 1IWZA 158LA 1L92A 133LA 3D9AC 3A94A 1DYFA 2F4AA 1D3JA 3N9CA 4I7KA 1LTMA 1QTKA 4ARPA 2O79A 4XJBA 1LHHA 1XGPC 5APEA 2RSCA 1L43A 2I25L 3G3VA 1LLHA 4ET8A 2ZIJA 1HMKA 211LA 3DN8A 2QARC 1GE0A 3AGIA 4ZIXA 4W56A 2LZMA 4HTNA 1T97A 2OEAX 3SB8A 2BQJA 1B6IA 1B7QA 1IP3A 1NBYC 260LA 2Z39A 1IOTA 1OUIA 253LA 1LZ6A 2LZ2A 5J7CA 1HEMA 1L48A 1L80A 4GN3A 1L20A 3TMXA 3TMUA 4NHQA 168LA 6LZMA 1LHKA 2LC9A 4N1CC 4NG8A 2QB0B 1HFXA 4WG7A 255LA 2MEFA 4NGJA 2G4NA 4AXTA 4GLVA 4M6DA 4N9RA 3TXEA 1F0WA 1LI3A 1QSBA 2RB2X 1LGUA 3KAMA 1OQMA 2Y8PA 4FJRA 4W53A 3WUMA 182LA 2ZWBA 187LA 5C6IA 1L26A 4LYMA 4DD2A 3PBLA 2LZTA 135LA 4IAPA 4YF2A 2MEDA 1NHEA 1WQNA 3OE8A 1L30A 159LA 1LSEA 1CJ9A 3HT8A 1PS5A 1CKHA 1QSQA 2O7AA 4LFXA 2DKVA 1C6NA 1CKDA 3M3UA 2FYCA 3DN4A 1LWGA 160LA 1G7JC 254LA 2CWIA 1L73A 4LT0A 5EBHA 5T3FA 1L89A 3HH6A 4NWHA 3OJPA 1JPOA 4ETBA 1XJUA 1CVKA 5IDDA 1RFPA 4I7OA 1QT5A 1ALCA 5KXKA 1P5CA 112LA 5E9RA 1L63A 1K28A 3TXJA 1YL0X 2Z37A 5HQ1A 1IR8A 251LA 1P46A 1DYCA 5LA5A 1GXV2 1BB7A 1UBZA 4HJYA 1IVMA 3AW6A 4LZMA 2HUMA 2Z12A 178LA 235LA 3CDRA 2Z6BA 1QT3A 1L38A 3P65A 4H9BA 2ZQ3A 3HT6A 4AGAA 216LA 1F6SA 1TCYA 1LZYA 3SP3A 1L44A 2F30A 2BQOA 2FBDA 4B4IA 4NSJA 3AYQA 1BHZA 1QT4A 1B7RA 1C6IA 3HTFA 1GF7A 1JWRA 3WULA 1G07A 3K3TA 207LA 120LA 4N1EI 4RW2A 3HT9A 3CT0A 4S0WA 110LA 242LA 1P2RA 1SQ2L 3SB5A 4TTDA 3W6BA 1JHLA 1QSWA 1HELA 256LA 2B72A 1D9WA 1KIPC 1LSYA 1BWHA 128LA 1KIRC 1HEWA 4XYYA 1J1PY 1D6PA 1GFHA 4WM5A 1LMCA 1IP1A 5DN4A 1LYGA 2H9JA 1A4VA 262LA 4C5FA 1DQJC 2OU0X 2RBPA 1HC0A 2BQGA 2ANVA 1L32A 2YVBA 2ZNXY 5I4XA 3HU8A 1VDTA 4KT3A 2DQHY 1LJJA 1C45A 1HF4A 4J0LA 1L23A 4OWAA 2A7DA 3DMVA 4LGKA 4DDBA 1QT8A 4WLDA 3IJVA 1L22A 2F32A 1REXA 5LVGA 1GEZA 1L01A 3FI5A 1VAUA 172LA 103LA 1XJTA 1G7LC 1LSPA 1T6HA 5HNCA 1CJ7A 1UICA 4H9EA 1IY3A 1L05A 5KY1A 3W6AA 3GUIA 4GRVA 1GWDA 1VATA 1G0GA 1FKQA 1IOSA 1OUBA 5KXOA 4BADA 1FBIX 225LA 2BQKA 3HFMY 1WQRA 4NY5A 1B7SA 1LZDA 4W57A 1C6BA 2A7FA 4EJ4A 4UWVA 4WM2A 2B6XA 2OE7X 1L59A 2RBRA 4CGEA 3MGWA 4M4OA 3BKVA 1LMNA 1UA6Y 4DDAA 3NY9A 257LA 1LJNA 5B06A 1QDTA 1RE2A 1L68A 1NQIA 4P2EA 1HEPA 1CV4A 214LA 2LYMA 4PK0A 1YIKA 3AZ5A 1B5ZA 3HTDA 198LA 1GB2A 149LA 215LA 4GN5C 3LZMA 3LZ2A 1C68A 205LA 2DQGY 1L72A 2LHMA 1D0MA 3DN1A 3HH4A 3A96A 1LAAA 4B4JA 1YROA 3G3BB 3HBEX 1KXYA 4NIJA 2YBHA 1LZSA 1XEIA 4YXAC 224LA 1C6FA 1VDSA 4WM3A 2CDSA 4NSIA 1OWZA 1P56A 3DMZA 4K5YA 1DXJA 4EXMA 143LA 169LA 1QTHA 2N5ZA 1LSNA 4G4BA 1ZYTA 1QTBA 4EMNA 5AMYA 4H93A 2ZNWY 1JUGA 1NDGC 1XEJA 3OK0A 1IEEA 5LYTA 1P37A 4G4CA 1BQLY 4HSFA 1QUOA 1B0DA 185LA 5D5FA 1GB7A 2MEIA 1GPQC 1GB5A 1OUDA 4H92A 1LJGA 4NSHA 4L41A 181LA 1XGTC 1C6LA 3AB6A 4QGZA 107LA 3QY4A 5I4YA 217LA 2IGCA 3BKHA 1KS3A 1UACY 1L83A 3RUNA 2BQBA 1TLAA 1LZ5A 1Z55A 102LA 1QUSA 4DQJA 3LYZA 4YENA 2XTHA 3DKEX 3A93A 4RLMA 1PZYA 3CDVA 1QTZA 3GUMA 1REZA 1IO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BS7 A;  1GB6 A;  1IWY A;  1WTH A;  1ZWN A;  1LSF A;  3W6D A;  4ML7 A;  1BB4 A;  1UID A;  3WL2 A;  150L A;  1L28 A;  1L64 A;  1CTW A;  1L29 A;  3W6F A;  2OTY X;  2HEE A;  1BB5 A;  1T3P A;  212L A;  1DPW A;  3A90 A;  1IP5 A;  1CV5 A;  4I7N A;  1YAQ A;  130L A;  4NGK A;  1EQE A;  1L24 A;  4X3B A;  4OW1 A;  1LZT A;  1LW9 A;  3A3Q A;  3F6Z A;  4PRQ A;  244L A;  1H6M A;  1W08 A;  170L A;  1MLC E;  206L A;  1L11 A;  1B7N A;  4H8Y A;  1JIT A;  1IWZ A;  158L A;  1L92 A;  133L A;  3D9A C;  3A94 A;  1DYF A;  2F4A A;  1D3J A;  3N9C A;  4I7K A;  1LTM A;  1QTK A;  4ARP A;  2O79 A;  4XJB A;  1LHH A;  1XGP C;  5APE A;  2RSC A;  1L43 A;  2I25 L;  3G3V A;  1LLH A;  4ET8 A;  2ZIJ A;  1HMK A;  211L A;  3DN8 A;  2QAR C;  1GE0 A;  3AGI A;  4ZIX A;  4W56 A;  2LZM A;  4HTN A;  1T97 A;  2OEA X;  3SB8 A;  2BQJ A;  1B6I A;  1B7Q A;  1IP3 A;  1NBY C;  260L A;  2Z39 A;  1IOT A;  1OUI A;  253L A;  1LZ6 A;  2LZ2 A;  5J7C A;  1HEM A;  1L48 A;  1L80 A;  4GN3 A;  1L20 A;  3TMX A;  3TMU A;  4NHQ A;  168L A;  6LZM A;  1LHK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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