1L28A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKGVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l28A00
1L45A 1D2WA 2RBQA 218LA 4W57A 3DKEX 4W52A 1L35A 123LA 1CV3A 1T6HA 1ZWNA 3GUPA 4ARPA 4EPFA 158LA 115LA 1C6PA 3HTGA 3SB7A 1G0JA 1C6CA 174LA 4EPIA 1L57A 1L83A 2F2QA 1CV5A 1CU0A 4S0WA 1LYIA 1L50A 1L95A 4I7MA 2B75A 1L28A 3HT6A 209LA 151LA 3V2WA 113LA 168LA 1L82A 1G1WA 1QTCA 1PQOA 236LA 173LA 1QSBA 3HH5A 1DYBA 2LZMA 3HDEA 1L85A 212LA 2OU8A 1SSYA 1LGUA 180LA 1L69A 128LA 1WTHA 1OV7A 170LA 145LA 3RUNA 1L43A 1C6BA 215LA 1L65A 157LA 3DN3A 183LA 3K2RA 160LA 1OVHA 4ARMA 3GUKA 1L08A 2OTYX 4I7OA 1L89A 1CUPA 1QTBA 4LDEA 1ZURA 159LA 1G0MA 201LA 163LA 1L12A 2B7XA 1L79A 255LA 126LA 3OE8A 4ARMB 7LZMA 217LA 1QT3A 3CDVA 3SB8A 1QTZA 1SWZA 2O7AA 3HWLA 1OV5A 3SB6A 233LA 110LA 2B6XA 246LA 192LA 4ARLA 1C6DA 198LA 139LA 3G3VA 1L29A 3C83A 1L06A 3HH6A 1OWYA 1JTMA 143LA 238LA 3FA0A 4W59A 1L34A 4OO9A 4YXCA 3V2YA 2O79A 2RH1A 1C6LA 3F8VA 165LA 1LI6A 177LA 1C6HA 1L21A 3GUOA 3FI5A 1CTWA 4W56A 3EMLA 3VW7A 1C6KA 1L66A 1C62A 1L88A 260LA 3C7YA 1CU2A 1QS9A 4I7PA 1P64A 1CU5A 3NY9A 1L67A 1T97A 1L56A 1C65A 206LA 3C82A 1DYFA 1XJUA 1P56A 1PQDA 167LA 1QSQA 4EKPA 2HUKA 103LA 3C80A 6LZMA 4EKSA 1PQJA 188LA 1L36A 237LA 234LA 261LA 3DMVA 1L60A 1L80A 3HTFA 227LA 258LA 2ANXA 4YXAC 122LA 1L26A 4I7QA 1L77A 4DJHA 221LA 1L86A 1SSWA 4I7NA 229LA 1L44A 254LA 3HT7A 166LA 120LA 1KW7A 1L42A 3DN2A 4W51A 1QTDA 1LYFA 1CV6A 150LA 3CDRA 3DMXA 235LA 2F32A 2Z6BA 1L19A 2RBNA 1L18A 3GUJA 1L15A 1L24A 1L49A 3HTBA 129LA 1JTNA 1L39A 1L81A 213LA 1C6FA 169LA 247LA 224LA 3PDSA 1QTVA 4ARJA 3D4SA 2OE9X 1LYEA 1C6QA 1L23A 1L51A 1QS5A 1DYDA 1L72A 2B6TA 1XJTA 1D3JA 138LA 2B74A 3DN8A 2IGCA 1L31A 1L61A 3GUMA 1C66A 197LA 146LA 140LA 1L30A 147LA 4EXMA 1LLHA 219LA 2RB0X 1L02A 1L37A 230LA 1C6MA 4I7RA 1LGXA 1CV1A 2RBPA 3CDQA 1LGWA 239LA 176LA 1C6JA 1QUDA 4GBRB 187LA 2F47A 1L71A 2LC9A 220LA 4DAJA 1DYAA 102LA 1L92A 1L10A 1L70A 1C67A 3C81A 2Q9DA 3HT9A 3GUIA 214LA 205LA 1SWYA 1L87A 1L94A 1DYEA 161LA 1G0PA 1OYUA 211LA 1D3FA 2OEAX 2RAYX 125LA 2OE4X 1D2YA 225LA 196LA 4W58A 3HUKA 1C60A 1C64A 1QT6A 164LA 2B6WA 3UONA 1L0JA 240LA 222LA 1T8FA 1L63A 2OU0X 2QARC 3HUAA 1TLAA 1CX6A 4ARQA 1KS3A 1D3NA 1L22A 1L09A 1I6SA 1L91A 3G3XA 1L33A 3F9LA 1C63A 1L32A 1L64A 4I7TA 4LZMA 1G0LA 1L01A 4ARQB 2B6YA 1G1VA 1L97A 1G06A 232LA 3RZEA 4PK0A 3ODUA 241LA 1L74A 1QUOA 3NY8A 1L47A 1G0GA 2RBOA 185LA 253LA 1SX7A 1P36A 1LYDA 118LA 191LA 156LA 149LA 3DN4A 172LA 199LA 2B70A 1LI3A 3DNAA 3HH4A 1G07A 1L98A 148LE 1EPYA 2OU9A 1L58A 1L0KA 1QT7A 242LA 1P37A 226LA 3DN1A 1L41A 1QTHA 108LA 190LA 4EJ4A 1ZYTA 107LA 2RB2X 228LA 152LA 4DKLA 1C6EA 3C7WA 2RB1X 1CV0A 112LA 1C61A 1QUHA 5LZMA 248LA 259LA 3OE0A 2O4WA 3C7ZA 243LA 250LA 4I7KA 1LWGA 3SB9A 1XEPA 1G0QA 3L2XA 1L99A 1K28A 256LA 1LYHA 1L27A 1OVJA 3PBLA 1LWKA 155LA 1L38A 2B72A 1PQKA 1L46A 2B6ZA 2RBSA 210LA 2CUUA 2Q9EA 104LA 3DN6A 1P6YA 2LCBA 1L68A 1CX7A 1L73A 1CV4A 175LA 3HUQA 1L96A 3SBBC 2NTGA 3LZMA 1L62A 249LA 1C6IA 1L90A 1PQMA 1LYJA 231LA 1B6IA 4YX7C 195LA 4W53A 1QT5A 1L84A 5I14A 3HT8A 1L54A 4W55A 1L03A 1P2LA 131LA 1L53A 1OVKA 2A4TA 3HU8A 3G3WA 4LDOA 1CUQA 2OE7X 2OTZX 3C8SA 1L40A 3DN0A 3OE6A 111LA 181LA 3C8RA 3CDTA 3SB5A 1L52A 1T8AA 109LA 3NYAA 1L14A 4EKQA 223LA 3C8QA 2B73A 200LA 2L78A 4LDLA 1P46A 1KW5A 1DYGA 3L64A 1P5CA 1L16A 3FADA 1C6NA 141LA 245LA 1L25A 1L75A 1L11A 257LA 1KY1A 1L55A 162LA 144LA 2RAZX 1D9WA 1JQUA 262LA 1L93A 1QT8A 2RBRA 3CDOA 1NHBA 189LA 142LA 1P7SA 1L17A 3DMZA 1L20A 4W54A 1CU3A 1DYCA 130LA 182LA 2NTHA 3JR6A 137LA 1CVKA 244LA 2QB0B 1QUGA 2HULA 1L59A 4I7SA 1C6AA 3HU9A 1L05A 4ZPUA 3HH3A 1T8GA 1C69A 1L48A 3QAKA 171LA 127LA 1L07A 1L76A 1D3MA 1LYGA 4I7LA 4E97A 2ANVA 3HTDA 1LW9A 1L13A 252LA 4PJZA 1OWZA 1L04A 1KNIA 1G0KA 216LA 1SX2A 1L00A 178LA 1CU6A 4EKRA 3HDFA 1C6TA 1QT4A 3GULA 1KY0A 4AQNA 4GRVA 3SBAA 4I7JA 1P3NA 3SN6R 1C68A 1LPYA 1P2RA 4K5YA 1C6GA 1LI2A 3GUNA 114LA 1PQIA 119LA 186LA 4IAPA 3OE9A 184LA 251LA 2HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LYZA 218LA 2BAAA 2ZIJA 4W52A 123LA 4ARPA 4EPFA 1BB7A 3SB7A 1FN5A 1JIYA 1C6CA 174LA 1LZCA 2X0AA 5KXZA 1DKJA 135LA 1L95A 2BQIA 2Z12A 4TTDA 3HBDA 1B5YA 3WPKA 2Q0MX 1YQVY 1YAPA 1LZNA 2LZMA 3OJPA 1NF5A 4YEMA 1W08A 212LA 4GCBA 1N4FA 1GB5A 1QQYA 1IWYA 1HF4A 1B5WA 3K2RA 4WO9A 1JISA 1L08A 1GF5A 5I53A 3AYQA 201LA 3TXJA 1HC0A 7LZMA 2I26L 1BB3A 1QT3A 1JJ0A 1QTZA 1SWZA 1HNLA 4LFPA 3SB6A 1JPOA 1TBYA 4NG8A 2YBNA 1L29A 1LMCA 3WL2A 1L06A 1JTMA 4XENA 143LA 1WQRA 238LA 5A3EA 4W59A 2DQGY 4RW1A 4TUNA 1L34A 1LHMA 1C08C 4J1BA 2BQBA 2CGIA 3F8VA 3TXFA 1LI6A 4OWEA 4ETCA 1DKKA 1DZBX 1JKBA 3FI5A 4XJBA 4WL6A 4LZTA 1L66A 4YEOA 2H9KA 1CU2A 1JSEA 1IY4A 4NEBA 1P64A 3GXKA 3C82A 4QY9A 4P2EA 5B1FA 1P56A 2DBTA 1C43A 1DI5A 5IHGA 167LA 1LOZA 1YL1X 1A4VA 4N5RA 3C80A 4B4IA 237LA 234LA 4LT2A 4H9HA 5FDJA 227LA 3BKVA 4DJHA 1FLYA 4WM6A 3A91A 2EKSC 1GFHA 3TXIA 4LYOA 1GB0A 166LA 120LA 1QSAA 1L42A 2D4KA 4NGIA 3AJNA 1LYFA 1CV6A 1LZSA 2BQAA 5I54A 4WG1A 4WO6A 1KXWA 2YBJA 2LYMA 1VDTA 5FSTA 3HTBA 129LA 4WL7A 4DD1A 3HBHA 3PDSA 1QTVA 5I4WA 1LZ8A 5C6JA 4QDNA 2B6TA 1XJTA 3AZ5A 5DL9A 2B74A 5JENB 1GF3A 2G4QA 1GB6A 4NGZA 140LA 5LVGA 1JKDA 1LSZA 1LZGA 1L02A 1LGWA 1G7HC 4OWBA 3WUAA 1QUDA 2BQOA 4GBRB 2LC9A 220LA 4DAJA 4M4OA 1C67A 8LYZA 4DDCA 3GUIA 214LA 5E4PA 1REYA 161LA 211LA 1KXXA 2OE4X 4G4BA 1LHHA 1HSWA 1D2YA 225LA 196LA 1C60A 1C64A 5LYTA 3UONA 1L0JA 222LA 1T8FA 1IWZA 1CX6A 2ZILA 4ARQA 2YVBA 1L09A 4HTKA 3B6LA 1P2CC 3P4ZA 1GPQC 1XEJA 1L64A 4I8SA 4I7TA 232LA 1LZEA 5A3ZA 1QUOA 1B5ZA 1LSGA 4PRUA 185LA 1LYDA 5APFA 3ZVQB 149LA 1B5UA 1LJEA 1UIGA 2B70A 1VDSA 3A95A 1B0DA 1WVUA 4LYTA 1YROA 1BGIA 4NFVA 1L0KA 242LA 3N9CA 226LA 3WW5A 3CT1A 4EJ4A 4BS7A 3AB6A 3WXTA 2A7DA 1GFJA 1BB4A 3LYMA 1V7SA 4TSBA 259LA 4RLMA 1IWWA 1T6VL 1IR9A 1GF8A 2O4WA 3WMKA 243LA 2BQLA 3AGGG 4Z41A 1LHJA 1G0QA 3VWOA 5DLAA 1BWIA 1HMKA 4LFXA 1FLWA 3WYHA 1B7PA 1TAYA 2RSCA 3PBLA 5APEA 3HBEX 2B72A 1L46A 4MCKA 2RBSA 2Q9EA 104LA 1IX0A 3DN6A 1P6YA 2LCBA 2Z38A 1HEQA 1PS5A 1CV4A 1BHZA 2D91A 4CFOA 5B07A 4KXIA 5LA8A 1LJFA 5L3HA 4R6CA 1YIKA 1MELL 1L62A 1GB3A 3CQLA 231LA 1LKRA 4YX7C 4D9ZA 4W53A 5T3FA 1L54A 1JTOL 5FEKA 131LA 1OUFA 4H8XA 1L53A 1OVKA 2MEEA 1HERA 4LDOA 1B9OA 1QDRA 2OE7X 1L40A 1CJ7A 3DN0A 111LA 3SB5A 4Z46A 4ANRA 3NYAA 1XSFA 3EBAB 1KW5A 4WM3A 3EO5A 1C6NA 1D0KA 4XJHA 1C45A 1CJ8A 1GBWA 5F16A 2RBRA 1IWUA 2PC2A 5HNLA 1JTPL 1L17A 1GDXA 1HHLA 4DQJA 4DC4A 1CU3A 4ML7A 4NGKA 4ETAA 1DYCA 4HJVA 2NTHA 3WUMA 1CVKA 2ZWBA 4HV1A 2FBDA 5AMYA 2BQDA 2W1MA 4HP0A 3HH3A 4YM8A 1L48A 4NGOA 2CWIA 1L76A 2W1LA 4E97A 2ANVA 2MEDA 4RLNA 4WM2A 4NGLA 1GAYA 4M6DA 1NDMC 1LZDA 1SX2A 3LYTA 1GFUA 4EKRA 4QEQA 1TEWA 5LVJA 1LYSA 4GCEA 1LHLA 4I7JA 1LPYA 4K5YA 1LI2A 1YL0X 3OE9A 2BQFA 1XGUC 1IP4A 1D2WA 4Z3MA 1LMPA 4W57A 3DKEX 1T6HA 1ZWNA 3GUPA 4CGEA 3M18B 1C6PA 2C8OA 3HTGA 1G0JA 4EPIA 5KXSA 1EL1A 1L83A 2F2QA 4WLYA 1JKCA 1LYIA 1L50A 4HTNA 1GF9A 3HT6A 209LA 4XADA 3QNGA 4NHIA 1JUGA 1OUBA 151LA 1L82A 4NSJA 2ZNWY 1TCYA 1G1WA 236LA 3HH5A 1DYBA 3CSQA 4CJ2A 4DQ7A 1IWTA 180LA 1GFGA 215LA 1L65A 3DN3A 183LA 1I56A 3GUKA 4NSHA 1B7QA 3TMVA 1QIOA 1D0MA 1LYZA 4MSTA 1L12A 2B7XA 1L79A 4G49A 255LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LYZ A;  218L A;  2BAA A;  2ZIJ A;  4W52 A;  123L A;  4ARP A;  4EPF A;  1BB7 A;  3SB7 A;  1FN5 A;  1JIY A;  1C6C A;  174L A;  1LZC A;  2X0A A;  5KXZ A;  1DKJ A;  135L A;  1L95 A;  2BQI A;  2Z12 A;  4TTD A;  3HBD A;  1B5Y A;  3WPK A;  2Q0M X;  1YQV Y;  1YAP A;  1LZN A;  2LZM A;  3OJP A;  1NF5 A;  4YEM A;  1W08 A;  212L A;  4GCB A;  1N4F A;  1GB5 A;  1QQY A;  1IWY A;  1HF4 A;  1B5W A;  3K2R A;  4WO9 A;  1JIS A;  1L08 A;  1GF5 A;  5I53 A;  3AYQ A;  201L A;  3TXJ A;  1HC0 A;  7LZM A;  2I26 L;  1BB3 A;  1QT3 A;  1JJ0 A;  1QTZ A;  1SWZ A;  1HNL A;  4LFP A;  3SB6 A;  1JPO A;  1TBY A;  4NG8 A;  2YBN A;  1L29 A;  1LMC A;  3WL2 A;  1L06 A;  1JTM A;  4XEN A;  143L A;  1WQR A;  238L A;  5A3E A;  4W59 A;  2DQG Y;  4RW1 A;  4TUN A;  1L34 A;  1LHM A;  1C08 C;  4J1B A;  2BQB A;  2CGI A;  3F8V A;  3TXF A;  1LI6 A;  4OWE A;  4ETC A;  1DKK A;  1DZB X;  1JKB A;  3FI5 A;  4XJB A;  4WL6 A;  4LZT A;  1L66 A;  4YEO A;  2H9K A;  1CU2 A;  1JSE A;  1IY4 A;  4NEB A;  1P64 A;  3GXK A;  3C82 A;  4QY9 A;  4P2E A;  5B1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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