1L31A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKRVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l31A00
3C8RA 4I7PA 1C6EA 3HH3A 1XEPA 108LA 1KS3A 4W56A 2B7XA 1DYDA 3PDSA 2OU9A 1C6QA 1G0KA 4ARJA 1L91A 228LA 150LA 4ARMA 1C6HA 1L01A 187LA 1QS9A 4I7OA 177LA 1C6CA 3OE0A 1L27A 3HDEA 232LA 2HUKA 1ZYTA 156LA 1QT7A 209LA 1P3NA 4E97A 1C69A 159LA 200LA 146LA 1L67A 3FADA 1DYGA 1QUOA 1C6NA 3V2WA 109LA 2OE4X 245LA 4I7TA 3NYAA 255LA 4EKPA 1L47A 1G06A 1LWKA 4EXMA 145LA 140LA 1L03A 3K2RA 3EMLA 1D2WA 1PQKA 1L56A 1CV6A 120LA 1L16A 1XJTA 2OU0X 2RBNA 4LDLA 249LA 3C83A 137LA 3HTGA 1L07A 1G0JA 1L12A 237LA 1L68A 4EJ4A 1DYFA 1L42A 3OE6A 4I7MA 3V2YA 229LA 201LA 119LA 242LA 1L41A 1K28A 258LA 1L58A 223LA 3L2XA 1P5CA 1C6PA 1KW7A 5I14A 1G1WA 1L85A 241LA 110LA 144LA 1PQMA 173LA 166LA 1C6LA 1QT5A 1CVKA 3NY9A 1C6TA 1L54A 1L17A 3GUPA 1D2YA 210LA 3G3XA 2B70A 182LA 4I7QA 1QUDA 1L64A 1P56A 1L83A 1T8GA 2RAZX 2OE9X 190LA 1L59A 1L69A 1L50A 3C82A 2B6WA 4ARMB 1L30A 1LYJA 1DYCA 3SB5A 1D3MA 1OVKA 2RBOA 1KNIA 1OYUA 238LA 3GUOA 1TLAA 103LA 1L62A 1L08A 142LA 1QUHA 2B6XA 4LZMA 1L21A 1C62A 4I7JA 1KY1A 1P6YA 1L51A 254LA 1L40A 224LA 1QSBA 2RB1X 3HT6A 1L0JA 2A4TA 1P2LA 3RUNA 1DYAA 3HDFA 3F9LA 1CU6A 2OU8A 4ARLA 1QTVA 1T97A 1LYGA 3NY8A 1LI3A 181LA 125LA 1JTMA 216LA 1XJUA 1PQDA 1C68A 3DMVA 1L99A 1LYHA 2OTYX 185LA 1L43A 198LA 257LA 152LA 226LA 211LA 1CX7A 1CV1A 2RAYX 1C6BA 141LA 3DN0A 4ARQB 3HWLA 3GUJA 3SBBC 1LPYA 2OTZX 168LA 2O79A 1CU2A 4W57A 1L39A 158LA 174LA 1OWYA 1C6DA 113LA 1G0LA 1EPYA 1PQOA 1QTCA 1CX6A 1CV4A 239LA 1L70A 1L26A 3UONA 1P64A 139LA 1L86A 1T8FA 199LA 4DAJA 1L38A 127LA 2L78A 234LA 1L89A 261LA 3SB6A 112LA 3HT9A 1L45A 195LA 3QAKA 1L94A 1D3NA 3GULA 1L81A 196LA 1L84A 4ARQA 169LA 1L57A 1G07A 4AQNA 4S0WA 3HU8A 1QTHA 1L35A 4W51A 1C6JA 1L63A 2ANVA 4I7LA 191LA 1L05A 1CV5A 244LA 2RBQA 260LA 3CDOA 1QTDA 2LCBA 155LA 247LA 2RBPA 4W58A 4OO9A 1L10A 1G0PA 1OVHA 3HT7A 4W52A 1L24A 4YXCA 3C7ZA 4PK0A 3HTBA 4W59A 220LA 3DNAA 1SX2A 2B6TA 1L95A 1CUQA 1L71A 1C6AA 259LA 243LA 1OVJA 6LZMA 1QT3A 2B73A 4I7NA 1OV5A 122LA 130LA 1L97A 1QSQA 1QS5A 4YX7C 3D4SA 147LA 3HUAA 167LA 1SWYA 3C81A 2B75A 1L34A 1L74A 1C63A 4ARPA 175LA 3SBAA 4EKRA 1P36A 3OE9A 1G0GA 3HU9A 2RBSA 1D9WA 3DMXA 1L20A 205LA 3G3WA 1C65A 2NTGA 1B6IA 1PQJA 2Q9DA 1L44A 157LA 4GBRB 4DKLA 189LA 1L33A 236LA 1KY0A 1LI6A 1L48A 217LA 1L09A 1ZWNA 1L11A 192LA 2B6ZA 2B6YA 3HTFA 1C64A 1LI2A 4ZPUA 1OWZA 3F8VA 1QT6A 3DN8A 4GRVA 1I6SA 143LA 1L19A 1C6IA 1SWZA 107LA 1CV3A 163LA 221LA 1L32A 231LA 104LA 1ZURA 102LA 1L15A 1L0KA 3C80A 149LA 3PBLA 2F2QA 2RH1A 3DN4A 1L76A 131LA 240LA 5LZMA 2B74A 3C8QA 1L72A 227LA 3DKEX 1LGXA 138LA 4IAPA 3GUMA 1L65A 111LA 222LA 2LZMA 2CUUA 2LC9A 164LA 3HH6A 197LA 225LA 1C6FA 171LA 2Q9EA 3CDVA 4EKSA 1L25A 1CU0A 251LA 1WTHA 1C66A 230LA 1L61A 1L90A 3RZEA 212LA 248LA 2B72A 3L64A 1L36A 1LLHA 3HT8A 3LZMA 4W53A 1LYIA 1L18A 123LA 4EPIA 3SB7A 3C8SA 1LYEA 4DJHA 2HULA 1L55A 2OE7X 3C7WA 1D3JA 1SX7A 4EPFA 1JTNA 151LA 4LDOA 1L46A 1G0MA 1L96A 183LA 3DN6A 129LA 7LZMA 3HTDA 3HH5A 2RB2X 250LA 1L66A 4PJZA 253LA 3HH4A 4I7SA 148LE 1P2RA 1P46A 2ANXA 2HUMA 1C6MA 3SB8A 1L82A 1L02A 1C67A 4K5YA 3OE8A 1OV7A 1L53A 4I7RA 1QUGA 1CUPA 1L73A 1L77A 3GUKA 3VW7A 1CU5A 206LA 4EKQA 1C6KA 1L98A 213LA 3G3VA 1L29A 1SSWA 235LA 3GUNA 160LA 3FA0A 1D3FA 1T6HA 4LDEA 1LGWA 1QTZA 1LGUA 3ODUA 3HUQA 115LA 1L87A 3DN2A 126LA 2NTHA 3GUIA 1LWGA 3DN3A 1L13A 1SSYA 256LA 1C61A 1JQUA 1L00A 1DYBA 165LA 170LA 1CTWA 1L14A 1G1VA 1L37A 1L92A 3DN1A 262LA 114LA 3JR6A 252LA 162LA 219LA 2IGCA 1QTBA 233LA 128LA 178LA 172LA 176LA 3DMZA 2OEAX 3C7YA 2O7AA 1CV0A 1L79A 1LW9A 1PQIA 2RB0X 1LYFA 1QT4A 3CDRA 1DYEA 1L52A 1L60A 1L75A 1L93A 1L23A 218LA 2RBRA 1L80A 188LA 3FI5A 1L22A 1L49A 1L06A 1NHBA 2QB0B 118LA 1P37A 2F32A 3CDTA 2Z6BA 246LA 1L31A 180LA 1L04A 1G0QA 1T8AA 1QT8A 2F47A 3SN6R 1C6GA 1L88A 4YXAC 3SB9A 1C60A 161LA 184LA 1CU3A 4I7KA 215LA 2O4WA 186LA 3HUKA 3CDQA 214LA 1L28A 1KW5A 1LYDA 4W55A 4W54A 2QARC 1P7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C8RA 1VDSA 1JJ0A 1KS3A 4W56A 5C6JA 4DQ5A 3OJPA 1G0KA 4WM2A 228LA 2MEEA 3ATNA 187LA 4I7OA 4AGAA 3RZ4A 1LHMA 4CJ2A 1TCYA 159LA 2A7DA 4W94A 1I56A 4NGWA 194LA 4N1CC 1QUOA 4A7DA 1JKAA 5KXTA 2Z37A 1HF4A 2LZTA 4BADA 1YAQA 5LVKA 1QTKA 1QSAA 1LZ1A 140LA 1LHJA 5LVHA 2YBHA 3CSQA 1BB4A 4LYTA 1UIBA 4WO9A 5FELA 1XFPL 5KKIA 1XGTC 1OUIA 237LA 4EJ4A 1L42A 3OE6A 4I7MA 3D3DA 2HEDA 4GCFA 2Z2EA 223LA 1B7QA 1G1WA 5KXXA 3W6BA 3QNGA 144LA 2XJWA 4H90A 1F6RA 2BAAA 3LYTA 1REXA 2YBLA 5LVIA 1BVKC 4XJIA 210LA 1CKDA 3WW6A 1F0WA 1IOTA 1L83A 1LJJA 3TXKA 190LA 1L50A 4H93A 3C82A 1LYJA 4I8SA 1H87A 3SB5A 1D3MA 1KNIA 4MR1A 2ZIJA 1JKBA 1GBZA 1QUHA 4H91A 4B4EA 4II8A 224LA 1QSBA 2RB1X 1L0JA 1P2LA 5AMYA 1CU6A 1GF5A 1QTVA 4BAPA 1LYGA 3NY8A 3WU7A 125LA 216LA 1PQDA 3DMVA 2OTYX 2ZWBA 3J4GA 152LA 1BB3A 3LZ2A 1GFEA 2FBDA 2YBJA 1G7MC 1REMA 3DN0A 1HELA 3TXFA 1DPWA 2BPUA 1LMAA 3SP3A 168LA 3CSZA 3G3AB 4TUNA 1EPYA 1QTCA 5KJ9A 1HEWA 1IEEA 2W1XA 4J1BA 1IWXA 1L38A 2L78A 3TMWA 4W96A 2LYMA 261LA 5A3EA 112LA 3QAKA 4UWVA 4Z41A 4WMGA 4WLTA 196LA 4HP0A 1G07A 1A4VA 4TSBA 2DQJY 1IORA 1B7LA 1P2CC 1L05A 1FLQA 2RBQA 260LA 1GBOA 1RJCB 4W58A 1KIQC 4DYGA 1OVHA 5B1FA 4PK0A 3HTBA 1SX2A 4DD1A 1CUQA 1L71A 1GB6A 1OVJA 1OV5A 1UICA 130LA 4H8XA 1AM7A 1N4FA 1QS5A 2YVBA 2G4NA 5HMVA 3SBAA 2MEIA 5F9UA 4ETBA 1P36A 1G0GA 3HU9A 1D9WA 1IOCA 1LHIA 3A90A 1FLYA 4R0FA 2NTGA 3FI7A 4HJZA 4N8ZA 4XJDA 3HFMY 2BQCA 4DKLA 1L33A 1L48A 2LHMA 3EXDA 2EPEA 1L11A 1LHKA 3HTFA 1NBZC 4GLAA 1LSDA 1GFGA 1OWZA 1DI3A 4RLNA 143LA 1C6IA 4OWBA 3WYHA 231LA 104LA 4AXTA 1ZURA 4YEOA 1L15A 5LINA 2F2QA 1L76A 2B74A 5DN4A 1JHLA 5B07A 138LA 4NGOA 2LC9A 197LA 5APCA 1NMMA 2Q9EA 5D5CA 1CU0A 4PPOA 6LYTA 1CJ8A 1WTHA 1IP6A 230LA 132LA 4GCDA 3RZEA 4H9FA 154LA 5HNLA 1B7SA 4W53A 3P65A 4EPIA 1UBZA 3C7WA 4OW1A 4EPFA 151LA 1L46A 1RE2A 1UC0A 4Z46A 1FBIX 1UIEA 2W1MA 3HH5A 5C6LA 4I7SA 1LSEA 3J6KA 4GN4A 2ANXA 2HUMA 1C6MA 2F30A 1L82A 5FDJA 2IFFY 1C67A 1OUAA 5E4PA 1YKZX 4I7RA 1LMOA 1L73A 1L77A 5APFA 1HC0A 5II3A 206LA 1IC7Y 2LZ2A 3A91A 4NGJA 1OUGA 1A2YC 3G3VA 1NF5A 1OUJA 1EQ4A 1GE2A 1T6HA 4OWHA 3ODUA 1QTZA 1LGUA 1WQPA 115LA 1L87A 2EQLA 2NTHA 4LYCA 1G7JC 1B5UA 4NFVA 3GUIA 4CFPA 1L13A 1PZYA 5DL9A 3M18B 4QY9A 1DYBA 1UUZC 1L14A 1CTWA 5KXKA 1EL1A 1G1VA 5KXSA 2F4AA 252LA 178LA 4CHXA 2YBMA 2OEAX 4G4BA 4NGVA 3A95A 4NHIA 5APDA 4ANRA 1LZDA 4B49A 1PQIA 4HTKA 1HMKA 2I26L 5LXWA 1QT4A 1L52A 1L75A 1L93A 218LA 3CT1A 2RBRA 2MECA 4G4CA 2ZYPA 180LA 1G0QA 3CQLA 1C45A 3E3DA 4LFPA 3AZ7A 3SN6R 1BB6A 1GB7A 1C60A 3WXUA 2C8PA 1GFUA 4J7VA 4I7KA 1NKHA 3HUKA 3CDQA 1LYDA 1IC4Y 4W54A 4ARMA 1P7SA 1JJ1A 1LSMA 1VDTA 3PDSA 2OU9A 2Z18A 150LA 1IVMA 1C6HA 4HSFA 3OE0A 3HDEA 232LA 2HUKA 1IR7A 4GCEA 1FDLY 3AYQA 1J1PY 4E97A 1C69A 2BQAA 1REZA 1OQMA 1GB9A 2HEAA 2I25L 5ILCA 1JSFA 1L67A 3FADA 1DYGA 2Z39A 1LZ4A 1CJ7A 3NYAA 4ETEA 1G06A 4NHPA 1D0KA 1LZBA 145LA 4KT3A 1D2WA 1L56A 1CV6A 2OU0X 1L16A 1XJTA 137LA 1GFJA 1L12A 2XTHA 201LA 119LA 3TXIA 1RI8B 5LVGA 5T3FA 1L58A 4RW2A 1LZAA 1KW7A 1J1OY 1L85A 2ZYCA 4HPIA 4N0JA 1LYOA 1C6LA 1IWYA 3NY9A 2Q0MX 1DZBX 1XEJA 3GUPA 1NDMC 5FCPA 4XENA 182LA 4WLYA 5KXWA 1P56A 3A3QA 4BS7A 5FHWA 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1GB2A 2RBSA 3DMXA 1B6IA 3AB6A 1IP4A 1ZVYB 4DQ7A 189LA 1LI6A 2Y8PA 4H1PA 4OWCA 1INUA 1GFAA 4ML7A 1C64A 4LYBA 3N9CA 2D4JA 1QT6A 3TMVA 3D9AC 107LA 1CV3A 5LAFA 5KXNA 1L0KA 149LA 1BWJA 4YOPA 1GDXA 3W6AA 3PBLA 1IWWA 2RH1A 5L3IA 3TXHA 1IOQA 2HU3A 227LA 3DKEX 1JSEA 3GUMA 1L65A 111LA 222LA 2LZMA 2CUUA 3HH6A 1YAMA 225LA 6LYZA 3OK0A 1B7MA 1C66A 2CJLA 3WUMA 1GPQC 133LA 3TXEA 1QQYA 212LA 2B72A 3L64A 3LZMA 1L18A 3LN2A 1JWRA 1F10A 1HNLA 1SX7A 4GN3A 3WULA 1G0MA 4NGIA 5KXMA 1LJIA 1GBSA 129LA 1LOZA 3HTDA 4LYMA 250LA 253LA 148LE 1ALCA 4HJVA 3SB8A 5IHGA 3OE8A 1JISA 2F2NA 4IATA 5I4YA 5M1YA 1QUGA 1GE4A 4U3XB 1GXXA 3AW6A 1CU5A 4EKQA 2BQJA 2DQEY 1L29A 3B6LA 1SSWA 1IOSA 3FA0A 1JUGA 4DD7A 1QTEA 2D4KA 3A93A 1LTMA 3P68A 1LGWA 4OWEA 5LA5A 1LZ5A 2HEFA 1O23A 256LA 1ZMYL 4WM5A 1L37A 4G4HA 1JTPL 219LA 1GB5A 233LA 172LA 5ILFA 4C5FA 3DMZA 3C7YA 1JITA 1L79A 4NG8A 1IWZA 2YDGA 1LYFA 3A67Y 188LA 4ZIXA 1L49A 1L06A 1NHBA 5KXPA 2QB0B 118LA 2F32A 4ZFPA 1IWTA 1IP2A 1FLUA 1L31A 2W1YA 3IWRA 2X0AA 2DQDY 4WM4A 1DXJA 1WVUA 3SB9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C8R A;  1VDS A;  1JJ0 A;  1KS3 A;  4W56 A;  5C6J A;  4DQ5 A;  3OJP A;  1G0K A;  4WM2 A;  228L A;  2MEE A;  3ATN A;  187L A;  4I7O A;  4AGA A;  3RZ4 A;  1LHM A;  4CJ2 A;  1TCY A;  159L A;  2A7D A;  4W94 A;  1I56 A;  4NGW A;  194L A;  4N1C C;  1QUO A;  4A7D A;  1JKA A;  5KXT A;  2Z37 A;  1HF4 A;  2LZT A;  4BAD A;  1YAQ A;  5LVK A;  1QTK A;  1QSA A;  1LZ1 A;  140L A;  1LHJ A;  5LVH A;  2YBH A;  3CSQ A;  1BB4 A;  4LYT A;  1UIB A;  4WO9 A;  5FEL A;  1XFP L;  5KKI A;  1XGT C;  1OUI A;  237L A;  4EJ4 A;  1L42 A;  3OE6 A;  4I7M A;  3D3D A;  2HED A;  4GCF A;  2Z2E A;  223L A;  1B7Q A;  1G1W A;  5KXX A;  3W6B A;  3QNG A;  144L A;  2XJW A;  4H90 A;  1F6R A;  2BAA A;  3LYT A;  1REX A;  2YBL A;  5LVI A;  1BVK C;  4XJI A;  210L A;  1CKD A;  3WW6 A;  1F0W A;  1IOT A;  1L83 A;  1LJJ A;  3TXK A;  190L A;  1L50 A;  4H93 A;  3C82 A;  1LYJ A;  4I8S A;  1H87 A;  3SB5 A;  1D3M A;  1KNI A;  4MR1 A;  2ZIJ A;  1JKB A;  1GBZ A;  1QUH A;  4H91 A;  4B4E A;  4II8 A;  224L A;  1QSB A;  2RB1 X;  1L0J A;  1P2L A;  5AMY A; 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