1L32A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKSVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l32A00
1P56A 1C6IA 1NHBA 3SN6R 145LA 1L98A 4K5YA 4PJZA 2HULA 2F47A 220LA 4EKPA 2RH1A 259LA 1L64A 162LA 217LA 1L85A 1QSQA 234LA 172LA 151LA 157LA 252LA 4PK0A 2RBQA 1CUPA 1SWYA 4I7MA 192LA 4W52A 1L89A 3C7WA 3SBBC 243LA 3HTGA 1WTHA 103LA 110LA 1OVJA 209LA 1OV7A 3K2RA 174LA 1L87A 257LA 1OV5A 229LA 1C6AA 152LA 3HT7A 1C6LA 3OE6A 1XJTA 178LA 3FI5A 1DYGA 2QARC 1XEPA 6LZMA 1L69A 4DKLA 3CDOA 2ANVA 1L32A 3OE8A 1L16A 4I7PA 3DN0A 1G07A 1G0KA 182LA 2B72A 212LA 1SX2A 1P64A 3CDRA 1C6BA 1L14A 3DN3A 180LA 4EXMA 2Q9EA 119LA 5LZMA 2O79A 1L91A 1C6MA 3HT8A 1QT5A 2NTHA 3DKEX 3NYAA 1L84A 255LA 1L74A 1L24A 253LA 1P2LA 1LPYA 3CDVA 1CV0A 2QB0B 3GUOA 1C67A 3C7YA 1T8GA 3V2WA 4ARMB 1L79A 118LA 173LA 1QUOA 3DN6A 149LA 2RBPA 1L70A 1L99A 3G3WA 104LA 2B6ZA 4E97A 141LA 1L38A 191LA 232LA 4YXCA 213LA 1L04A 2OTYX 3HH6A 2RBSA 2RBNA 3DMVA 3SB6A 2NTGA 1B6IA 1QTHA 4S0WA 1L53A 1LI2A 1D3FA 3C8SA 3L2XA 3L64A 241LA 1L51A 3HT6A 2RB1X 3EMLA 244LA 111LA 127LA 1C68A 1SSWA 165LA 2L78A 1L11A 1L08A 1PQJA 130LA 1C6QA 188LA 3GULA 1L65A 1L60A 254LA 1CV4A 3SBAA 4EKSA 108LA 1D3JA 1L67A 1G0JA 1C6TA 1LYDA 190LA 4I7KA 247LA 1CU3A 1C6DA 3DMXA 1L75A 160LA 261LA 2RBRA 1L45A 128LA 3SB9A 189LA 249LA 1CV1A 1C64A 3HH3A 1L25A 1L77A 2LZMA 1KW7A 3HU9A 159LA 1LYJA 3UONA 1L92A 1DYAA 4GRVA 3FA0A 4W55A 1LYFA 3HUKA 1CTWA 4EKRA 1QTDA 1C66A 1L26A 1L39A 1L07A 1CU5A 1L68A 3HT9A 3OE9A 3G3XA 1L40A 1L55A 171LA 1LYGA 3LZMA 200LA 230LA 242LA 1L95A 3DN2A 4I7SA 1P5CA 3NY8A 3HU8A 3HUAA 3SB8A 2OTZX 1CV6A 1L58A 3DN4A 4ZPUA 222LA 1PQOA 3HTDA 1G0QA 150LA 1I6SA 2B6WA 4DAJA 126LA 2B6XA 4OO9A 1QT4A 1L15A 4W58A 1PQKA 2O7AA 201LA 3PBLA 227LA 2B70A 205LA 1DYCA 1D9WA 3GUNA 1XJUA 216LA 1C6HA 3DN8A 3F9LA 2B6YA 245LA 3HH5A 137LA 221LA 113LA 2O4WA 1L0JA 3C83A 3DMZA 4GBRB 4W54A 177LA 262LA 5I14A 2OE9X 146LA 1L36A 4W57A 1LWGA 167LA 3C80A 4LZMA 214LA 1OYUA 3DNAA 1LYEA 184LA 1L19A 1L97A 1QTVA 3CDQA 3VW7A 2OU9A 1L41A 2RAYX 1L49A 197LA 1KY0A 102LA 1CU6A 1LGUA 3CDTA 1SWZA 1L73A 1DYFA 4ARQB 1L13A 1PQIA 1T8FA 142LA 3HDFA 2RB0X 115LA 168LA 1SX7A 3HWLA 1L66A 2LCBA 1L62A 260LA 1LWKA 198LA 1L35A 3C8QA 1L76A 2B75A 156LA 1JTNA 1L71A 1QT3A 122LA 228LA 1L90A 1QTCA 155LA 1EPYA 1L82A 4I7JA 131LA 170LA 1LGWA 2B6TA 3GUJA 147LA 2HUKA 1P2RA 1CU2A 7LZMA 1OWYA 1C65A 1P36A 2B73A 4LDOA 1LW9A 1L22A 1LYHA 1L0KA 4I7LA 1D3MA 114LA 1D2YA 161LA 195LA 3HUQA 211LA 1G1WA 2RBOA 1KY1A 1KS3A 251LA 239LA 1D2WA 139LA 1L56A 1OWZA 1L48A 169LA 4W53A 1P46A 3GUKA 233LA 1L34A 1L09A 1KNIA 1L44A 2RB2X 4ARMA 1G06A 1T97A 236LA 210LA 140LA 1K28A 2ANXA 181LA 1L96A 196LA 163LA 1ZWNA 248LA 3D4SA 1OVHA 1G1VA 3JR6A 4EJ4A 1T8AA 3RUNA 1JTMA 246LA 2B74A 1L93A 3HTBA 1QTBA 120LA 1C6CA 1L06A 1QUHA 4W51A 1L52A 2OE4X 1L46A 4DJHA 4ARPA 1C6FA 1DYBA 1L88A 183LA 231LA 1QT7A 1C6NA 1LLHA 1G0GA 1C69A 3HH4A 164LA 1C6JA 3GUIA 1PQDA 4EPFA 3FADA 199LA 206LA 1T6HA 1L01A 1L21A 1L43A 250LA 176LA 1QSBA 1L17A 107LA 1P6YA 2OU8A 235LA 1KW5A 4EKQA 2CUUA 1L31A 1L37A 1L02A 1L20A 1D3NA 1OVKA 129LA 215LA 1P3NA 226LA 1C60A 1ZURA 1L42A 1L12A 3SB5A 144LA 1L47A 2A4TA 1L57A 3C82A 3GUMA 2RAZX 2Q9DA 2IGCA 1PQMA 1LYIA 3SB7A 225LA 1L81A 2OEAX 3GUPA 1CV5A 4AQNA 3ODUA 1CV3A 1L80A 3HTFA 148LE 1L18A 2HUMA 1L94A 4I7OA 1L59A 4LDLA 4ARLA 187LA 223LA 175LA 2OU0X 1L33A 3QAKA 4I7NA 1QTZA 123LA 3F8VA 1L29A 218LA 3RZEA 238LA 1QS9A 1QUGA 158LA 1TLAA 1L23A 1L50A 4I7RA 3V2YA 1C62A 1C6PA 1P37A 1L72A 4IAPA 1G0PA 3G3VA 1L28A 1C6KA 1ZYTA 186LA 1L27A 2LC9A 224LA 4I7TA 2OE7X 4LDEA 1L83A 1C63A 1CX6A 1L05A 1LI3A 1G0LA 125LA 1L86A 240LA 1QUDA 1CUQA 143LA 1L10A 1DYDA 166LA 258LA 1CX7A 1C61A 1L30A 3PDSA 1SSYA 1C6EA 109LA 185LA 1L03A 1DYEA 3C8RA 3C7ZA 4I7QA 1L61A 4YX7C 1QT8A 1P7SA 2Z6BA 4ARQA 4ARJA 1LGXA 3NY9A 219LA 1CVKA 1LI6A 112LA 4EPIA 1C6GA 4YXAC 1L63A 1G0MA 1CU0A 1L00A 4W59A 4W56A 2B7XA 2F32A 3C81A 1JQUA 2F2QA 1QS5A 256LA 3HDEA 1QT6A 3OE0A 237LA 138LA 3DN1A 1L54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XEKA 4TSBA 1NHBA 3ATNA 4K5YA 4PGJB 4PJZA 2XBSA 1BB6A 2HULA 5A3ZA 4EKPA 3TXDA 4DDBA 2RH1A 3SP3A 1ZMYL 1IC7Y 4NHIA 1C43A 252LA 1CKDA 4PK0A 4TTDA 1DKKA 4W52A 3C7WA 4NSGA 209LA 3QE8A 2HEAA 1OV7A 3K2RA 257LA 1C6AA 3HT7A 3K3TA 1C6LA 2YBIA 3CQLA 3OE6A 1UCOA 1LAAA 4NHTA 3RNXA 6LZMA 1L69A 4DKLA 2ANVA 3OE8A 4DWXA 1YILA 4ZFPA 1JSFA 182LA 3P4ZA 1P64A 3CDRA 3DN3A 4G4BA 2Q9EA 5LZMA 4UWUA 1NBYC 1L91A 1C45A 1GBXA 2YBLA 4HPEA 2HUBA 5T3FA 3TXHA 255LA 3LYMA 2BQJA 3C7YA 1T8GA 3V2WA 1QUOA 4J1AA 4HTQA 3N9CA 3GXRA 3G3WA 104LA 3FE0A 213LA 1D0LA 1L04A 2OTYX 1YKZX 4XJHA 1JSEA 2HU3A 2RBSA 3SB6A 1LSAA 1B2KA 2A7DA 1D3FA 3L2XA 1GFRA 5ILFA 241LA 3N9AA 5F9UA 2RB1X 3EMLA 3CSZA 111LA 1B5WA 1L11A 1L08A 4D9ZA 3GULA 3BKHA 4LZTA 1L65A 5J7CA 1C10A 254LA 1LZAA 1RE2A 3WXUA 1BQLY 4EKSA 1D3JA 1C6TA 4I7KA 1REYA 1C6DA 1GAZA 3DMXA 4II8A 5LXWA 1L45A 3SB9A 3W6CA 189LA 4NGKA 1C64A 1L25A 3HU9A 2ZNXY 1LSPA 1L92A 4GRVA 1DYAA 1GEVA 1WQMA 3OJPA 4R0FA 1QTDA 4NG8A 3HT9A 1L40A 1L55A 4WO9A 6LYZA 3LZMA 2PC2A 1IIZA 1CV6A 5C6LA 1GE0A 222LA 1LJHA 150LA 1I6SA 2B6WA 4ETDA 1B7LA 126LA 4W96A 1QT4A 4BS7A 1JJ3A 5L9JA 2AUBA 1GB5A 1XSFA 4W58A 2W1XA 194LA 5LAFA 201LA 2B70A 1G7IC 1YL1X 4NG1A 1NBZC 4NGZA 1HEPA 2BPUA 3DMZA 1CKHA 4ML7A 1L36A 2LYMA 1FLYA 4W57A 4LZMA 2I26L 1E8LA 3DNAA 4J7VA 3P64A 1L97A 1QTVA 3VW7A 1L49A 5KXMA 1BWHA 1NF5A 102LA 4LT2A 4EOFA 2I25L 1CU6A 1LSGA 1SWZA 5FCPA 1DYFA 4ARQB 1L13A 1PQIA 3HDFA 3RT5X 1AKIA 1SX7A 4WG7A 1L62A 1HSWA 3WUAA 5LA5A 3C8QA 1L76A 1LMTA 1DI4A 2B75A 4FJRA 1L71A 4NGYA 1L90A 5FEKA 1QTCA 1LMNA 4L41A 1NWGA 1EPYA 3A6CY 4I7JA 4KT3A 131LA 5KXRA 1LGWA 4E3UA 147LA 1CU2A 1OWYA 5LAGA 2B73A 2DBTA 1PZYA 1D2YA 5KY1A 195LA 211LA 4W94A 1J1XY 5DN5A 2D4KA 1RJCB 2G4PA 2Z38A 5L3HA 1ALCA 3ZVQB 3GUKA 1GXV2 1LKRA 1WQRA 5LVIA 4YOPA 4PHIA 1G06A 1GB8A 1K28A 2ANXA 196LA 4EJ4A 6LYTA 4I8SA 1IWTA 4UWNA 3TXBA 1FBIX 3RUNA 5LA8A 1JTMA 4BAPA 5B1FA 4O34A 1QTBA 1L06A 1QUHA 1L46A 4DJHA 4ARPA 5KXXA 1LHKA 1GFHA 183LA 1LLHA 1BB5A 1LZYA 1LJKA 1PQDA 5KXZA 3B6LA 5F16A 5LYTA 1YAQA 3LN2A 4GCBA 1JTPL 1GD6A 206LA 3B0OA 1L01A 1L21A 176LA 1QSBA 1N4FA 4H9EA 1P6YA 2OU8A 4EKQA 2CUUA 1P3NA 1UIAA 1L42A 144LA 1L47A 3C82A 1TDYA 5I5QA 1CV5A 1LHHA 1XGUC 3WMKA 1CV3A 4WM5A 1EQ5A 1HNLA 3W6FA 148LE 2HUMA 1L59A 1AT5A 4RLMA 1GB3A 4BAFA 1CJ9A 1HERA 1PS5A 134LA 3QAKA 1QTZA 4HPIA 1WVVA 123LA 3F8VA 1L29A 1LZSA 4UWVA 1I56A 1UACY 158LA 2G4NA 1TLAA 1L23A 1IR9A 1C62A 1C6PA 2C8OA 1G0PA 1GE3A 2EIZC 1BGIA 1ZYTA 4YM8A 186LA 3QNGA 2LC9A 4LDEA 2OE7X 3AW7A 2HU1A 4Z98A 1G0LA 1L86A 1GF0A 4LFPA 166LA 258LA 1C61A 1L30A 1SSYA 1XGPC 109LA 1LZRA 3EO5A 2BLYA 3A92A 3QY4A 4N5RA 2DQFC 4XYYA 1DYEA 1XFPL 3C8RA 3A91A 3AZ7A 1L61A 1P7SA 1FDLY 1GFVA 4ARJA 4LYTA 1L63A 1L00A 4W59A 3C81A 1QT6A 4Z3MA 1L54A 3CT5A 5K7OA 1GE1A 1OUCA 3CT1A 1L64A 162LA 1B7QA 1L85A 1QSQA 2BQKA 157LA 2RBQA 1OUAA 3TXFA 1SWYA 4I7MA 1L89A 243LA 4ZEEA 1WTHA 1GDXA 4A7DA 1OV5A 3TXIA 229LA 1IORA 3WPLA 4LYZA 4DD7A 3WPKA 3FI5A 2D91A 5DL9A 1GB7A 1B5XA 1L32A 1NMMA 1I20A 1GFKA 1JJ0A 1IO5A 4ANRA 4EXMA 4ETEA 1OUGA 1LZ5A 4C5FA 1AT6A 9LYZA 3TMWA 1C6MA 3HT8A 1QT5A 1JJ1A 1L84A 3TXJA 3WUMA 3TMUA 1GAYA 1L24A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XEK A;  4TSB A;  1NHB A;  3ATN A;  4K5Y A;  4PGJ B;  4PJZ A;  2XBS A;  1BB6 A;  2HUL A;  5A3Z A;  4EKP A;  3TXD A;  4DDB A;  2RH1 A;  3SP3 A;  1ZMY L;  1IC7 Y;  4NHI A;  1C43 A;  252L A;  1CKD A;  4PK0 A;  4TTD A;  1DKK A;  4W52 A;  3C7W A;  4NSG A;  209L A;  3QE8 A;  2HEA A;  1OV7 A;  3K2R A;  257L A;  1C6A A;  3HT7 A;  3K3T A;  1C6L A;  2YBI A;  3CQL A;  3OE6 A;  1UCO A;  1LAA A;  4NHT A;  3RNX A;  6LZM A;  1L69 A;  4DKL A;  2ANV A;  3OE8 A;  4DWX A;  1YIL A;  4ZFP A;  1JSF A;  182L A;  3P4Z A;  1P64 A;  3CDR A;  3DN3 A;  4G4B A;  2Q9E A;  5LZM A;  4UWU A;  1NBY C;  1L91 A;  1C45 A;  1GBX A;  2YBL A;  4HPE A;  2HUB A;  5T3F A;  3TXH A;  255L A;  3LYM A;  2BQJ A;  3C7Y A;  1T8G A;  3V2W A;  1QUO A;  4J1A A;  4HTQ A;  3N9C A;  3GXR A;  3G3W A;  104L A;  3FE0 A;  213L A;  1D0L A;  1L04 A;  2OTY X;  1YKZ X;  4XJH A;  1JSE A;  2HU3 A;  2RBS A;  3SB6 A;  1LSA A;  1B2K A;  2A7D A;  1D3F A;  3L2X A;  1GFR A;  5ILF A;  241L A;  3N9A A;  5F9U A;  2RB1 X;  3EML A;  3CSZ A;  111L A;  1B5W A;  1L11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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