1L36A

Toward a simplification of the protein folding problem: a stabilizing polyalanine alpha-helix engineered in t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Toward a simplification of the protein folding problem: a stabilizing polyalanine alpha-helix engineered in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-12-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l36A00
1L87A 178LA 3OE8A 1L47A 1L17A 1P56A 1L88A 1L83A 233LA 201LA 1L26A 2OTZX 257LA 4EXMA 1L51A 1L91A 169LA 1L13A 1CTWA 258LA 141LA 1LYFA 183LA 3G3WA 3GULA 142LA 1C63A 2OU0X 1PQJA 3F8VA 112LA 1QTVA 167LA 2LCBA 3HTFA 1CV3A 240LA 252LA 151LA 242LA 1NHBA 3DNAA 3OE9A 1C6KA 127LA 1L50A 1L10A 1P5CA 4W59A 118LA 1L80A 1L95A 2OU9A 4ARMB 1L30A 4DJHA 1C6LA 2NTGA 168LA 1QTDA 3DKEX 126LA 210LA 3V2WA 1QSBA 250LA 1OVKA 1P64A 243LA 138LA 1D2YA 1LI3A 1T6HA 205LA 1L90A 1L02A 171LA 4W58A 4EKSA 2O79A 2RB0X 165LA 1L98A 1OVJA 3NY9A 2QB0B 3DN2A 1DYFA 1L70A 2B74A 1L06A 1CUPA 1XJTA 1L36A 1LYIA 120LA 1LLHA 196LA 3HTBA 3C81A 1L60A 147LA 3SBBC 1L55A 1C6MA 3G3XA 259LA 1L37A 4AQNA 254LA 1I6SA 4I7NA 3HH4A 1L99A 1L96A 1SX2A 4W57A 3SN6R 1L41A 1QTBA 4EJ4A 1KS3A 1C62A 4W54A 119LA 1B6IA 2F32A 176LA 140LA 2LZMA 241LA 173LA 190LA 6LZMA 3DN4A 4YX7C 1LGWA 2RB1X 3GUIA 1L68A 3QAKA 4S0WA 3HT8A 181LA 1SWYA 1D3NA 1QT6A 1L75A 1XJUA 1L62A 3DMVA 226LA 1L84A 3VW7A 1L24A 1G0LA 1L0JA 3NYAA 1C61A 1P36A 108LA 5LZMA 3RUNA 1CU6A 4I7KA 1LYJA 231LA 1L54A 104LA 3L64A 251LA 2B72A 1QUGA 1LGXA 175LA 2NTHA 255LA 1LYDA 2O7AA 1C6TA 192LA 1L33A 218LA 221LA 3C8SA 3GUJA 3NY8A 1L53A 1L69A 1L00A 1QT4A 1T97A 1L61A 172LA 1L85A 1L09A 1WTHA 4W52A 1L39A 223LA 249LA 166LA 1QT7A 253LA 2B6TA 1D3MA 3C83A 1CU5A 1XEPA 2O4WA 1L04A 159LA 1P46A 4LDLA 4EKRA 1CX6A 211LA 188LA 162LA 1LWKA 107LA 1CV1A 200LA 225LA 3HH5A 1L40A 137LA 187LA 1L12A 229LA 4W55A 2ANXA 214LA 4EKPA 109LA 1C6JA 1L58A 1L20A 3C7ZA 2B75A 1QT5A 3HU9A 197LA 123LA 1L57A 157LA 261LA 2OE4X 4W51A 1L05A 1G0QA 1C66A 191LA 1KNIA 2OE9X 1L28A 2RBOA 245LA 1C64A 1TLAA 1C6EA 1L81A 1LW9A 3DN0A 3G3VA 3HWLA 2CUUA 1CV4A 1D3FA 1L44A 180LA 3DN1A 3HT6A 1DYEA 2HUKA 1C68A 4LDOA 3CDRA 1L66A 2OTYX 1L45A 2Q9DA 4LDEA 1PQDA 2B70A 1OV5A 1QTCA 2RBRA 148LE 155LA 1QUOA 1L29A 2HUMA 158LA 228LA 3PDSA 4ARMA 3C80A 1C6PA 4ARLA 1P37A 3HTDA 1DYBA 262LA 185LA 114LA 230LA 3HT9A 238LA 1G0GA 4YXAC 3C8RA 1KW7A 1OV7A 1OVHA 2B73A 1LWGA 199LA 4I7MA 2OE7X 1L07A 1D3JA 4ZPUA 2QARC 149LA 1L56A 1D9WA 2ANVA 222LA 144LA 1PQMA 1C65A 177LA 1PQKA 3SB8A 1L76A 2RBQA 3GUNA 3SBAA 1C69A 3DN8A 4EPFA 139LA 1G1WA 1T8GA 1JQUA 3HUAA 1QS9A 3HU8A 1EPYA 1QT8A 110LA 4DAJA 1L49A 2B6YA 1G0JA 1P7SA 3C7YA 4DKLA 3HDFA 1L01A 3V2YA 4EPIA 2F2QA 3C8QA 1L21A 1QTZA 184LA 1C6FA 1CU3A 1L79A 128LA 3SB9A 4E97A 2OEAX 232LA 2B6XA 4I7TA 4LZMA 1L43A 1C6CA 1C6GA 7LZMA 1DYGA 103LA 3FADA 1P3NA 3HDEA 4OO9A 2RAYX 113LA 163LA 1DYDA 1QT3A 1ZYTA 3CDOA 1QUDA 3D4SA 1L94A 1OWZA 2B6ZA 1L32A 1QSQA 1L71A 1L42A 1CU0A 1LPYA 1T8AA 3HUQA 1L0KA 1C67A 247LA 3CDQA 3JR6A 145LA 161LA 1L18A 1OWYA 1L63A 234LA 3ODUA 239LA 1SX7A 1L22A 219LA 4PJZA 1L14A 4GRVA 215LA 4I7SA 2B7XA 182LA 4W56A 3SB7A 1L74A 2Z6BA 1L59A 4GBRB 198LA 130LA 1L64A 1L86A 3DMXA 146LA 3HH3A 150LA 3GUKA 4ARQB 4ARJA 3SB5A 3DN3A 3GUMA 3HT7A 1L11A 1KY0A 227LA 195LA 256LA 1C6IA 244LA 1CV0A 3GUOA 131LA 237LA 3UONA 3HUKA 129LA 189LA 1C6NA 1CV6A 1DYAA 1L97A 4K5YA 1KW5A 3CDTA 3F9LA 1ZWNA 3DN6A 1L73A 1L67A 1OYUA 111LA 2HULA 1L31A 1P6YA 3L2XA 125LA 143LA 3OE6A 2A4TA 1C60A 4ARQA 4I7LA 4I7RA 1CVKA 122LA 174LA 2LC9A 3C82A 1L65A 3FI5A 1L89A 1LYEA 152LA 2RB2X 213LA 2RBPA 4YXCA 4W53A 1G0MA 1KY1A 2L78A 1G06A 1L03A 3PBLA 4I7OA 235LA 1P2LA 2RH1A 216LA 246LA 170LA 2OU8A 1K28A 1G0PA 1CUQA 5I14A 4I7PA 1G1VA 1QUHA 248LA 3LZMA 4I7JA 4ARPA 1L16A 1L92A 2B6WA 2RAZX 160LA 2IGCA 1JTNA 2RBNA 1T8FA 1LGUA 217LA 209LA 3DMZA 3HH6A 1L46A 3HTGA 3SB6A 1L72A 1L15A 1LI2A 220LA 1QS5A 236LA 1L48A 1L08A 164LA 1L27A 1C6DA 1L23A 1SSYA 1LI6A 206LA 2RBSA 260LA 3C7WA 1L38A 1ZURA 1G07A 186LA 1L93A 4EKQA 3OE0A 1C6QA 3FA0A 1L77A 224LA 1CX7A 2Q9EA 3RZEA 1SSWA 1L34A 115LA 1D2WA 1DYCA 1L19A 1L82A 1G0KA 4I7QA 2F47A 4IAPA 4PK0A 1L35A 1PQIA 3GUPA 3K2RA 156LA 1CV5A 1JTMA 3CDVA 1LYGA 1PQOA 1C6AA 1C6BA 1SWZA 1C6HA 1LYHA 1P2RA 212LA 1L25A 1QTHA 102LA 3EMLA 1CU2A 1L52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ3A 2F4GA 1P56A 4MCKA 5LVIA 1L88A 2CGIA 4H91A 201LA 1L26A 1OUGA 1FLWA 4OOTA 2BQBA 3GULA 1C63A 1GBWA 1QTVA 4TX7A 2C8PA 242LA 1IWZA 4I8SA 5B1GA 2EIZC 118LA 2OU9A 4ARMB 1LZ4A 3D3DA 5LINA 3V2WA 1QSBA 2YSSC 1P64A 5LIOA 1T6HA 1HEOA 4W58A 1AZFA 4RLNA 1L70A 1GF5A 2DKVA 2G4NA 4LYZA 1LYIA 3W3EA 196LA 2Z39A 5LA5A 1L55A 2YBHA 4WG7A 259LA 3LN2A 1F10A 4LT3A 1L99A 3LYTA 4IJ4A 1YKYX 1C62A 1JKCA 2F32A 3TXIA 2BQMA 1J1OY 3F6ZA 6LZMA 4YX7C 3QAKA 181LA 1HENA 2N5ZA 1QT6A 1UIAA 1HELA 133LA 1L62A 4H9CA 1L84A 1L24A 3WXTA 4ETDA 1LZNA 1NQIA 1IOSA 3RUNA 1CU6A 1HFZA 104LA 3L64A 4XADA 1DPWA 2B72A 1HSXA 255LA 4WO6A 2O7AA 1V7SA 1GFAA 1GF7A 2XJWA 4Z98A 4CJ2A 5HNCA 193LA 1GFHA 1L69A 3ZEKA 1QT4A 2YBIA 1IIZA 1LMPA 2HEBA 4W52A 1L39A 1OUFA 223LA 4H9FA 1NKHA 1LSBA 253LA 5HQ1A 3J6KA 2MEHA 1JTOL 1BB7A 1CU5A 2BQIA 1LSYA 1WVVA 159LA 1NBZC 162LA 188LA 1NDMC 1CV1A 200LA 225LA 1GDXA 1C43A 1IOQA 137LA 1IP1A 1C6JA 5B1FA 4QGZA 2B75A 3ATNA 1GB9A 1C45A 2OE4X 1LZ9A 4L41A 1L05A 1G0QA 1C66A 5A3ZA 2OE9X 1L28A 1C64A 5DLAA 4NIJA 1D3FA 5K7OA 180LA 1GB6A 1HFYA 4H9IA 1GFEA 5LVJA 5B05A 1L66A 3T36A 2OTYX 1L45A 4LDEA 2B70A 1XGQC 2VB1A 4LYBA 1JEFA 4CFPA 1IWVA 158LA 5LYTA 4DT3A 5KKIA 4QY9A 3C80A 185LA 1UIBA 2C8OA 4LYMA 1KIPC 2HU3A 4DWXA 1BGIA 4WL6A 238LA 1G0GA 4YXAC 1KW7A 1OVHA 2B73A 1LSCA 4H9AA 1F6RA 1QTKA 4H8YA 2Z12A 2MECA 1PS5A 4ZPUA 3B0IA 1B7RA 4YEOA 2ANVA 5APFA 1C65A 5I53A 5L3IA 177LA 1PQKA 1GB3A 3M3UA 3SB8A 1L76A 3CSZA 139LA 1T8GA 4HP0A 2HTXA 4Z41A 3HUAA 1EPYA 4H94A 1L49A 2F4AA 4H8XA 1L01A 1GPQC 1YAMA 1REXA 3AGGG 3CSRA 1C6FA 1UICA 2YVBA 128LA 1LZGA 1GB0A 4NSHA 2B6XA 1OP9B 1L43A 1I20A 2HEFA 1DYGA 4R6CA 1G7JC 1CKHA 3FADA 1P3NA 4D9ZA 4OO9A 2RAYX 1DYDA 4ML7A 1D9UA 3WUNA 1IOTA 1L32A 1DXJA 1L42A 4XJHA 1CU0A 2DQHY 161LA 1OWYA 4GN3A 239LA 1WTMA 1SX7A 1GBXA 1A2YC 1L22A 1JSFA 4DD1A 219LA 4PJZA 1CJ6A 215LA 4GRVA 4I7SA 1TBYA 2GV0A 1L59A 4IASA 1L64A 4HTQA 4ARJA 1QUTA 2FBDA 3W6FA 2FYCA 195LA 3A92A 3BKVA 1DI4A 2W1XA 1UIEA 3UONA 3A96A 129LA 189LA 1C6NA 4NHPA 3TXHA 1CV6A 1YL0X 1YILA 2ZILA 4K5YA 1REZA 1KW5A 3RT5X 1J1XY 1ZWNA 1HSWA 5JENB 4NGLA 2HULA 1LZCA 1IWUA 1KIRC 1GAYA 5KXTA 4NGZA 3LYMA 1GE0A 4PJ2C 1QTEA 1WQPA 5LVKA 2L78A 1L03A 3PBLA 1P2LA 216LA 4XN6A 5E9RA 3CT1A 4H9HA 1NWGA 2EKSC 1G1VA 6LYTA 1B5YA 4DD0A 248LA 1XEKA 160LA 5KXZA 2RBNA 209LA 1NDGC 1L46A 1L72A 1HERA 1L15A 1LI2A 4NHQA 1L08A 1SSYA 4LT2A 1IVMA 1ZURA 5FSTA 4ETCA 1L93A 1IC7Y 4ET9A 115LA 2DQCY 1SQ2L 4I7QA 1L35A 1VDQA 3GUPA 1B5ZA 3P65A 1JTMA 1IC5Y 1DKKA 1LJKA 212LA 1P2RA 1WQNA 102LA 4H9BA 1D6PA 3EBAB 4B49A 1FLQA 1L87A 1L17A 4NGOA 1LSFA 4OOOA 4RW1A 1L51A 1L13A 258LA 3A34A 141LA 3B6LA 1LYFA 1NBYC 3IWRA 3G3WA 1OUBA 2LCBA 5E4PA 3HTFA 1CV3A 240LA 252LA 3QE8A 4HJVA 4NY5A 3OE9A 4BAPA 1C6KA 1L50A 1L10A 3B0KA 1ZMYL 1FLYA 1B9OA 3P4ZA 1L95A 1LJGA 2W1LA 1TAYA 5LVHA 1QTDA 3A93A 126LA 4YOPA 5AMYA 1LSGA 2XTHA 1OVKA 1IY3A 1B7MA 1HF4A 1D2YA 4DYGA 1L02A 1BVXA 3HBEX 165LA 1FDLY 2QB0B 4NWHA 3DN2A 1DYFA 2AUBA 1G7LC 3WPKA 120LA 1LLHA 1GE4A 2MEEA 4DD2A 1L60A 147LA 9LYZA 4UWUA 4AQNA 1YIKA 4I7NA 1YAQA 1TCYA 3HH4A 3WUMA 1LOZA 1QTBA 1KS3A 1IR9A 3LYZA 4NGVA 4HPIA 176LA 4PPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ3 A;  2F4G A;  1P56 A;  4MCK A;  5LVI A;  1L88 A;  2CGI A;  4H91 A;  201L A;  1L26 A;  1OUG A;  1FLW A;  4OOT A;  2BQB A;  3GUL A;  1C63 A;  1GBW A;  1QTV A;  4TX7 A;  2C8P A;  242L A;  1IWZ A;  4I8S A;  5B1G A;  2EIZ C;  118L A;  2OU9 A;  4ARM B;  1LZ4 A;  3D3D A;  5LIN A;  3V2W A;  1QSB A;  2YSS C;  1P64 A;  5LIO A;  1T6H A;  1HEO A;  4W58 A;  1AZF A;  4RLN A;  1L70 A;  1GF5 A;  2DKV A;  2G4N A;  4LYZ A;  1LYI A;  3W3E A;  196L A;  2Z39 A;  5LA5 A;  1L55 A;  2YBH A;  4WG7 A;  259L A;  3LN2 A;  1F10 A;  4LT3 A;  1L99 A;  3LYT A;  4IJ4 A;  1YKY X;  1C62 A;  1JKC A;  2F32 A;  3TXI A;  2BQM A;  1J1O Y;  3F6Z A;  6LZM A;  4YX7 C;  3QAK A;  181L A;  1HEN A;  2N5Z A;  1QT6 A;  1UIA A;  1HEL A;  133L A;  1L62 A;  4H9C A;  1L84 A;  1L24 A;  3WXT A;  4ETD A;  1LZN A;  1NQI A;  1IOS A;  3RUN A;  1CU6 A;  1HFZ A;  104L A;  3L64 A;  4XAD A;  1DPW A;  2B72 A;  1HSX A;  255L A;  4WO6 A;  2O7A A;  1V7S A;  1GFA A;  1GF7 A;  2XJW A;  4Z98 A;  4CJ2 A;  5HNC A;  193L A;  1GFH A;  1L69 A;  3ZEK A;  1QT4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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