1L38A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQEKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l38A00
2B6TA 178LA 3C7WA 4YXAC 3SBAA 1OV7A 119LA 239LA 4ARQA 199LA 205LA 3GUNA 3HTDA 1OV5A 1XJTA 1LI2A 2B70A 1G0QA 1C68A 246LA 1SWYA 3C7YA 175LA 2RB0X 3EMLA 1C6CA 1KS3A 3LZMA 1L94A 189LA 1LYFA 3D4SA 1L58A 1LYGA 3C8SA 3HUKA 1G1WA 1L54A 3DKEX 3GUJA 4K5YA 4W55A 4PJZA 201LA 1L20A 251LA 2RAZX 3OE6A 1L07A 3DN0A 1ZYTA 1L65A 1L87A 166LA 2ANVA 241LA 2OU8A 2Q9EA 1CU3A 1C6NA 1XEPA 4AQNA 147LA 1C64A 2NTGA 1LWKA 1LI6A 150LA 3FADA 2A4TA 1L12A 2F47A 172LA 1C6GA 1CU6A 1SX2A 1C6AA 258LA 4DKLA 1LI3A 142LA 184LA 3HU9A 4ARMB 1L40A 1L00A 3HTBA 1L43A 1L57A 1QUHA 240LA 4W57A 200LA 3G3XA 1ZURA 255LA 4ZPUA 247LA 1C66A 242LA 3HT8A 1QT4A 113LA 1G0GA 1P5CA 3DNAA 165LA 1D3MA 3V2YA 4ARPA 1L76A 1LLHA 3GUOA 3PBLA 1XJUA 1L31A 1CUQA 1JTNA 3NYAA 176LA 2QARC 1L45A 168LA 1L61A 1L13A 1C6BA 1LYDA 1L93A 1L74A 1PQIA 2RB2X 1QUGA 1L67A 3PDSA 3G3VA 1L83A 3SB6A 219LA 1QT3A 1P2RA 1P6YA 1KY0A 1L69A 108LA 1L29A 3JR6A 1CV6A 1L80A 1PQMA 3CDQA 1D3JA 1L51A 2CUUA 158LA 1QSBA 3SBBC 1T97A 129LA 174LA 1CV3A 1L44A 197LA 1CV0A 1KY1A 3NY9A 253LA 1P56A 1QTCA 183LA 1QTVA 1P37A 249LA 2RBRA 1P46A 151LA 1QTZA 228LA 1G0KA 1L46A 4EKRA 4YX7C 1L96A 1C69A 1L10A 1LPYA 3RZEA 144LA 3CDRA 3OE0A 120LA 3HDEA 4I7RA 1C6HA 141LA 1CX7A 1CU5A 2IGCA 1G1VA 3C83A 3HDFA 245LA 1C60A 3V2WA 1D2WA 250LA 1L63A 3VW7A 4PK0A 1L33A 2NTHA 1C67A 2B75A 2HUMA 3L2XA 227LA 3C7ZA 190LA 3K2RA 256LA 7LZMA 2OEAX 1C6DA 1L68A 3HWLA 1L39A 2RBSA 195LA 1L09A 4I7KA 2O79A 1QT6A 4DAJA 1C61A 1L49A 3RUNA 112LA 1L50A 3DMZA 3C81A 1L92A 1WTHA 259LA 1L27A 3G3WA 1L90A 123LA 1OVJA 1T8FA 261LA 1C62A 1L42A 2QB0B 4I7TA 3SB9A 138LA 125LA 1L66A 225LA 2Z6BA 1L71A 4GBRB 1T6HA 156LA 3FA0A 3SB5A 1L98A 1LWGA 4LDEA 4W56A 1DYEA 1QUOA 2B7XA 3HU8A 3C80A 1G07A 1D2YA 3ODUA 4EJ4A 1L14A 1L47A 3QAKA 1LGXA 167LA 3OE8A 2RBOA 2OE4X 1L26A 3DN2A 232LA 3HH5A 4I7OA 107LA 1G0JA 1L75A 1L30A 1C6JA 1L86A 2B74A 216LA 1C6KA 3CDOA 169LA 1L52A 4I7JA 1L60A 102LA 4W54A 1L59A 1C6MA 1L37A 1NHBA 1DYBA 131LA 1G0LA 1JTMA 1PQJA 114LA 2B6WA 1OWYA 1B6IA 1L53A 1L05A 1P64A 1SSWA 1L72A 230LA 4ARMA 103LA 1L62A 2B73A 1C6IA 127LA 104LA 143LA 1CUPA 1G06A 2OE9X 1P2LA 1L34A 3GUPA 1CTWA 237LA 1L82A 2HUKA 111LA 171LA 1K28A 126LA 2L78A 222LA 221LA 1SWZA 226LA 214LA 4EKPA 118LA 3HUAA 1L91A 4I7QA 1PQKA 2RBPA 152LA 1LGWA 3HH4A 164LA 163LA 4LDOA 1L85A 186LA 1L48A 3NY8A 252LA 3C8QA 3CDVA 3GUKA 1L73A 1QS9A 1L0KA 4ARJA 215LA 217LA 2OU9A 155LA 1L64A 3HT6A 2OE7X 1L03A 4ARQB 181LA 196LA 1L25A 2O7AA 4GRVA 1LGUA 2RBNA 2LZMA 4ARLA 139LA 1ZWNA 262LA 209LA 1L01A 1SSYA 4E97A 1QT5A 1C6PA 1CX6A 236LA 3DN4A 4I7NA 4DJHA 1C6TA 2B6XA 1LW9A 4EKQA 1C63A 235LA 148LE 1L23A 115LA 213LA 3HUQA 210LA 157LA 3DN1A 1L88A 3DN3A 1DYDA 4I7MA 160LA 1TLAA 1OVKA 1QS5A 3GUIA 1QSQA 3GUMA 1JQUA 4W58A 170LA 1SX7A 4YXCA 1L81A 140LA 1DYFA 1C6FA 1C6QA 1L0JA 1T8GA 1KW5A 2B6YA 233LA 3SB8A 1C6EA 4IAPA 1L77A 109LA 1KNIA 1QT7A 1CU2A 2LCBA 191LA 2B72A 3HH6A 4W52A 192LA 224LA 122LA 173LA 2RAYX 2LC9A 1L18A 2HULA 1QUDA 1L89A 1QTBA 212LA 1L84A 1LYHA 145LA 248LA 1DYAA 229LA 4LZMA 1L15A 1L17A 137LA 3DMVA 1C65A 1L32A 1L41A 182LA 1LYEA 3GULA 1DYGA 3C82A 234LA 2OTYX 4EPIA 2Q9DA 2OU0X 187LA 1L04A 3UONA 1L02A 1I6SA 1CVKA 4S0WA 177LA 3F8VA 1L24A 1OYUA 220LA 4LDLA 5LZMA 211LA 4EXMA 1L38A 128LA 4I7LA 3DN6A 1CU0A 1LYIA 2OTZX 1L79A 1D9WA 1G0MA 1P36A 2ANXA 3C8RA 1D3FA 1L08A 3SB7A 1L06A 1LYJA 130LA 218LA 3F9LA 1CV5A 260LA 1L22A 1OWZA 3FI5A 1QTDA 4EPFA 1T8AA 1OVHA 243LA 3HTFA 244LA 2B6ZA 3SN6R 4I7PA 1QT8A 5I14A 1P7SA 1DYCA 1C6LA 146LA 2RB1X 161LA 185LA 1L16A 257LA 3HTGA 1L99A 3HH3A 1L35A 2RBQA 4W59A 188LA 4I7SA 1L55A 1L56A 223LA 3HT7A 1G0PA 1L97A 4W51A 162LA 1L36A 159LA 1L21A 1L11A 1KW7A 6LZMA 110LA 1CV4A 3HT9A 238LA 3CDTA 231LA 4W53A 1P3NA 206LA 3DMXA 1CV1A 180LA 2F32A 254LA 2O4WA 3DN8A 1D3NA 2RH1A 1QTHA 1EPYA 3L64A 3OE9A 1PQDA 198LA 1PQOA 2F2QA 1L19A 4OO9A 149LA 1L70A 4EKSA 1L95A 1L28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6TA 178LA 3C7WA 4YXAC 4H9HA 3HBHA 2DQEY 3EBAB 4GCBA 3ATNA 3HTDA 3GUNA 5APDA 1OV5A 2HEFA 1C45A 3WXUA 1G0QA 1GE4A 1C68A 175LA 2RB0X 4XYYA 153LA 4WM3A 3D4SA 1LYGA 3HUKA 1GBXA 3J4GA 5L3HA 4YF2A 1L54A 1GB6A 4W55A 5LINA 4WL7A 251LA 4TSBA 3DN0A 2FYCA 2PC2A 1L65A 241LA 2OU8A 207LA 4HTNA 1C6NA 1XEPA 4A7DA 4NIJA 4AQNA 1LWKA 4DD9A 2WARA 3FADA 4ANRA 172LA 1SX2A 4CHXA 3TXGA 4DKLA 4N5RA 4NGJA 3W6AA 5B07A 3HTBA 4H8YA 1QUHA 4RW1A 3G3XA 1JTTL 1B5VA 5I4XA 3A91A 1C66A 5LAFA 5DN5A 4WLTA 2IFFY 2HEEA 1GFHA 2Z39A 1DI3A 2D4JA 4X3BA 1L31A 2F4AA 2QARC 1L45A 1LJ4A 1BWHA 3D3DA 1GD6A 2IHLA 1JITA 1L93A 3A93A 3PDSA 1QUGA 1LZRA 4NHQA 4WM4A 1LHHA 3IJVA 1DKKA 3JR6A 1REXA 1WQNA 1CV6A 1PQMA 1L51A 2CUUA 3P4ZA 5E4PA 5KXSA 1GAYA 158LA 4DD2A 1CV0A 3NY9A 253LA 1P56A 3M18B 1B5WA 1QTVA 4J0LA 1LSMA 1D0MA 1QTZA 4ZFPA 1G0KA 1JWRA 1LMOA 5FEKA 2HECA 1B0DA 3N9CA 1LPYA 4NHSA 1EQEA 1YAQA 2IGCA 1J1XY 1OUHA 1OUEA 1LZAA 1LKRA 4KL7A 3V2WA 1L63A 1IR8A 4PK0A 1L33A 2C8OA 1LAAA 4LT0A 1GFGA 1IP4A 4W96A 3L2XA 1LSPA 1YKYX 1LJIA 1NMMA 1LZCA 3RNXA 2DQIY 5I53A 3RUNA 1LSYA 1IO5A 1G7MC 3DMZA 4LYBA 4ETEA 4N0JA 5B05A 1L27A 4RLMA 4HV2A 2LYMA 1OVJA 261LA 1L42A 1ZMYL 4TX7A 125LA 4LT1A 5KJ9A 3FA0A 1CJ9A 4WG1A 1JTPL 1LWGA 4PJ2C 1OUIA 1QUOA 4MR1A 132LA 3C80A 1G07A 1D2YA 4EJ4A 1ALCA 1L14A 1L47A 5LA5A 1LGXA 2OE4X 3LYOA 2B74A 5KXXA 1GXV2 2D91A 1C6KA 3CDOA 1LTMA 1IC4Y 4I7JA 1L60A 1JIYA 1KIQC 1C6MA 4FDYA 1PQJA 1MELL 4CJ2A 2BQOA 1IWUA 1LHJA 1LPIA 4NGIA 1UIFA 135LA 1LZ8A 1L72A 1RI8B 5FSTA 230LA 4ARMA 103LA 1C6IA 1CUPA 5K7OA 4RW2A 3TXKA 2EQLA 1L34A 237LA 3EMSA 1RCMA 1IEEA 5E9RA 126LA 2ZIJA 5LVHA 4EKPA 118LA 2YBJA 152LA 2LYOA 2G4PA 4PRQA 186LA 1LJKA 1G7HC 1XGQC 3CDVA 3OJPA 1D0LA 1L0KA 215LA 3WUNA 3A6BY 2OE7X 1L03A 4DD7A 1BB6A 1AZFA 5HNCA 4N9RA 1NHEA 4NSGA 1L25A 1DQJC 4GRVA 1OP9B 2RBNA 3P65A 1ZWNA 1UIHA 262LA 209LA 1SSYA 5B06A 1QT5A 236LA 1CX6A 3DN4A 1IY3A 3ZVQA 4DJHA 1D9UA 1C6TA 4LZTA 2W1MA 2FYDA 1YAMA 148LE 4B4JA 3DN3A 1B7RA 160LA 1TLAA 170LA 4YXCA 9LYZA 6LYZA 4HTKA 2ZYCA 2BQDA 1T8GA 3SB8A 1C6EA 4IAPA 1L77A 109LA 1QT7A 1HF4A 5T3FA 192LA 1NQIA 173LA 3OK0A 4GCDA 1L18A 1QIOA 1OUFA 212LA 1DI5A 1HNLA 1LYHA 4M4OA 229LA 1IWTA 1L15A 2F2NA 1L41A 1LZBA 2OTYX 3B0OA 5APEA 5LAGA 2RSCA 1CVKA 3A95A 4NHTA 1HEMA 3F8VA 4NSHA 1DI4A 220LA 4LDLA 5LZMA 128LA 3CT0A 4LT3A 4Z3MA 1LMPA 1CU0A 4ZIXA 2OTZX 4WM5A 1D3FA 3VWOA 1GAZA 1L08A 4YEOA 3HBEX 218LA 4NSJA 1B5XA 3FI5A 1JJ1A 1WQMA 1MLCE 1NKHA 2BQCA 1CKFA 3TMXA 146LA 2RB1X 1L16A 3LYMA 3LHMA 3CT5A 1CJ8A 1IVMA 1FKVA 4W59A 4ML7A 223LA 3HT7A 2H5ZA 1CJ7A 4W51A 1RFPA 1GF8A 3AZ5A 1KW7A 4N8ZA 3HT9A 1BQLY 1G7JC 1P3NA 2MEHA 1DXJA 1CKDA 206LA 1CV1A 5LVGA 2F32A 1UIEA 1QDTA 2YBHA 2RH1A 1CKCA 4DQ7A 1TEWA 4CGEA 4H9BA 1L70A 2YDGA 1VAUA 1L28A 119LA 239LA 1HHLA 199LA 1BVKC 2B70A 1GBYA 1HFYA 1SWYA 3C7YA 4GCFA 3EMLA 1OUJA 1GF7A 1L94A 1KIRC 1L58A 3N9AA 3C8SA 1OUBA 3GUJA 1GFJA 4K5YA 4PJZA 201LA 3A3RX 2HEBA 4YENA 2MEGA 1GE2A 3AYQA 1HELA 4B0DA 1JKCA 4NSIA 1LHLA 2YBIA 147LA 1NDMC 4OWHA 2D4KA 5L3IA 5F14A 1LZTA 1XFPL 2DQDY 3WL2A 2I25L 258LA 4C3WA 1IP1A 3CSQA 1NF5A 142LA 184LA 1CJ6A 3TMWA 1QQYA 4D9ZA 1L43A 3GXRA 1KIPC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6T A;  178L A;  3C7W A;  4YXA C;  4H9H A;  3HBH A;  2DQE Y;  3EBA B;  4GCB A;  3ATN A;  3HTD A;  3GUN A;  5APD A;  1OV5 A;  2HEF A;  1C45 A;  3WXU A;  1G0Q A;  1GE4 A;  1C68 A;  175L A;  2RB0 X;  4XYY A;  153L A;  4WM3 A;  3D4S A;  1LYG A;  3HUK A;  1GBX A;  3J4G A;  5L3H A;  4YF2 A;  1L54 A;  1GB6 A;  4W55 A;  5LIN A;  4WL7 A;  251L A;  4TSB A;  3DN0 A;  2FYC A;  2PC2 A;  1L65 A;  241L A;  2OU8 A;  207L A;  4HTN A;  1C6N A;  1XEP A;  4A7D A;  4NIJ A;  4AQN A;  1LWK A;  4DD9 A;  2WAR A;  3FAD A;  4ANR A;  172L A;  1SX2 A;  4CHX A;  3TXG A;  4DKL A;  4N5R A;  4NGJ A;  3W6A A;  5B07 A;  3HTB A;  4H8Y A;  1QUH A;  4RW1 A;  3G3X A;  1JTT L;  1B5V A;  5I4X A;  3A91 A;  1C66 A;  5LAF A;  5DN5 A;  4WLT A;  2IFF Y;  2HEE A;  1GFH A;  2Z39 A;  1DI3 A;  2D4J A;  4X3B A;  1L31 A;  2F4A A;  2QAR C;  1L45 A;  1LJ4 A;  1BWH A;  3D3D A;  1GD6 A;  2IHL A;  1JIT A;  1L93 A;  3A93 A;  3PDS A;  1QUG A;  1LZR A;  4NHQ A;  4WM4 A;  1LHH A;  3IJV A;  1DKK A;  3JR6 A;  1REX A;  1WQN A;  1CV6 A;  1PQM A;  1L51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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