1L39A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPERAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l39A00
1CVKA 1LYIA 1OWYA 2B6YA 2B6TA 2F32A 1I6SA 148LE 2ANXA 2B75A 1L41A 126LA 129LA 1CV5A 2RBSA 149LA 3L2XA 108LA 1XEPA 3DKEX 4W57A 3SBBC 1L68A 1DYDA 1T8AA 233LA 1JTMA 2Q9EA 3HTFA 2OE7X 1QTZA 1L11A 1C67A 3GUJA 1L0KA 1G0GA 3GUIA 4PJZA 1L13A 1L54A 1QTBA 3C8QA 2B7XA 180LA 1QUOA 4I7KA 4LDEA 102LA 3HH4A 1G0PA 3PBLA 190LA 1L31A 2RAZX 236LA 122LA 198LA 1D2YA 143LA 1L69A 1OV7A 1P3NA 4W58A 1C65A 1L47A 2OE4X 1CV3A 1QT6A 215LA 1L88A 1QT8A 2OU0X 2RB2X 3HT6A 4LDLA 1LLHA 142LA 2O7AA 1QUDA 1C6LA 3DN0A 3HH6A 220LA 1PQMA 197LA 1LI6A 4ARQA 4W56A 1CX6A 5I14A 1L90A 1CV0A 1L33A 178LA 2CUUA 2OE9X 1WTHA 1LYDA 3DN1A 2RAYX 1P37A 170LA 261LA 187LA 3HDEA 1P5CA 232LA 231LA 1LGXA 1CX7A 2RBNA 1L25A 2F47A 3NYAA 1SX2A 2LC9A 4EKQA 1D2WA 3RUNA 225LA 4EPFA 127LA 112LA 1QUGA 205LA 3RZEA 1QT4A 4W52A 161LA 257LA 175LA 1K28A 3FA0A 3HUAA 4W51A 234LA 3HU8A 4EKPA 184LA 1B6IA 1C66A 1LYEA 1LWKA 174LA 4W53A 217LA 1C6AA 1KS3A 3F9LA 168LA 1L07A 1L99A 1QTHA 115LA 1CU0A 3UONA 165LA 1C6MA 1P64A 1LGUA 3C7WA 3GUMA 4K5YA 4GBRB 155LA 210LA 4W55A 1PQIA 3GULA 1L81A 123LA 3DN2A 1CV6A 125LA 2QB0B 1L36A 1QTCA 1LI3A 1L56A 228LA 138LA 1L32A 1CUPA 1CTWA 3HH5A 256LA 4ARMA 1L77A 144LA 141LA 1L05A 1LYJA 195LA 1P46A 1G0MA 164LA 1OVKA 1CU3A 1C60A 110LA 3FADA 1P56A 2ANVA 1L84A 1C6JA 1SWZA 1L44A 1C6QA 4E97A 3C82A 1C6GA 250LA 1C63A 177LA 1ZURA 255LA 1L92A 1ZYTA 227LA 237LA 2B6XA 4I7SA 1L83A 1G0KA 3HU9A 3QAKA 1L45A 3SBAA 253LA 140LA 1L86A 3CDQA 1C6NA 1KNIA 1L12A 1G1WA 4W54A 1T8FA 1L08A 146LA 1L04A 1L66A 4I7OA 4I7TA 1XJTA 3G3XA 1L64A 2B74A 1P6YA 2O79A 1L95A 104LA 1QS9A 1PQKA 211LA 1L52A 3NY9A 3CDOA 5LZMA 2HULA 1P2RA 4EXMA 242LA 3HH3A 1L17A 3HDFA 4GRVA 1P36A 1OVHA 2Z6BA 1L57A 1L51A 1SSYA 1G06A 1XJUA 7LZMA 3VW7A 1QUHA 1L03A 1L50A 3DN4A 3C83A 4DJHA 4DAJA 1L24A 3V2WA 1L27A 2QARC 1L06A 1L19A 3G3WA 1L28A 1L10A 1L20A 1L39A 1L85A 1KW7A 229LA 243LA 216LA 128LA 4I7PA 3OE0A 181LA 3SB8A 3EMLA 120LA 1L74A 1KY1A 1L30A 2O4WA 111LA 145LA 1C6KA 1P2LA 221LA 3SN6R 196LA 1OV5A 1C6BA 3DN3A 3JR6A 1CV4A 3SB9A 113LA 1DYFA 2RB0X 1L09A 163LA 1L29A 4ARLA 1L34A 1L80A 259LA 1NHBA 3V2YA 6LZMA 1C6CA 3C7YA 3CDRA 3L64A 1D3JA 2NTGA 201LA 247LA 1DYGA 118LA 4YXCA 1L48A 1L18A 1T6HA 1DYAA 2B72A 1LI2A 2OTZX 3GUNA 3G3VA 254LA 1DYEA 3NY8A 137LA 1L15A 157LA 3OE8A 4OO9A 1C62A 172LA 238LA 209LA 1L46A 1T8GA 107LA 1OWZA 188LA 1L89A 1L21A 3FI5A 1L70A 1L96A 3LZMA 1G0LA 1G07A 1CU2A 3HTBA 1C6TA 4PK0A 1JTNA 1L16A 159LA 176LA 3HT8A 2LZMA 173LA 1L23A 260LA 218LA 1G0JA 2LCBA 3F8VA 1L72A 248LA 1G0QA 1T97A 1L55A 1D3MA 244LA 1QT5A 1LYHA 3HWLA 226LA 258LA 189LA 156LA 4DKLA 1L37A 1LWGA 1L38A 1L0JA 1L42A 3D4SA 240LA 3C8SA 1C6FA 171LA 2RBOA 1L94A 1L35A 4I7JA 1TLAA 1L53A 1OVJA 1CU6A 1D3NA 4ZPUA 1SWYA 1L40A 139LA 1L63A 4EKRA 2Q9DA 2RBRA 3HTGA 1CUQA 1DYBA 1OYUA 1L76A 1L67A 3GUOA 4I7QA 1PQOA 3SB6A 1G1VA 1C6DA 3OE9A 1EPYA 1L22A 2NTHA 1L62A 1KY0A 230LA 1D3FA 183LA 4S0WA 219LA 1JQUA 3C81A 192LA 1LGWA 2RB1X 262LA 213LA 4I7NA 3DN6A 3K2RA 130LA 166LA 1L87A 4ARQB 4I7LA 206LA 182LA 3HT9A 1D9WA 1PQDA 114LA 214LA 1L26A 1SX7A 2B6ZA 1QTDA 1C61A 2HUKA 191LA 1LW9A 160LA 3HUKA 1C6PA 1LPYA 1C68A 2OTYX 186LA 2L78A 4IAPA 1L97A 2RBQA 199LA 3HTDA 150LA 1L82A 152LA 1L71A 3ODUA 162LA 2OU9A 224LA 1QSBA 3SB7A 2B73A 2OEAX 1ZWNA 1L60A 1L02A 4YX7C 3C8RA 249LA 1CV1A 4I7MA 1C64A 3C7ZA 1LYGA 151LA 3DMVA 4EJ4A 1QT3A 185LA 1C6IA 1L58A 1LYFA 235LA 3GUPA 4EKSA 2RBPA 2B6WA 3PDSA 3DN8A 1L43A 1L93A 147LA 4AQNA 1QTVA 2HUMA 1C69A 4W59A 167LA 1KW5A 1L01A 3DMZA 1L61A 1C6HA 2IGCA 1L00A 245LA 4ARJA 3SB5A 2B70A 1L65A 131LA 2RH1A 3GUKA 3DMXA 246LA 4YXAC 4ARMB 1L49A 4ARPA 3DNAA 1C6EA 4I7RA 2F2QA 1L59A 222LA 1L14A 1QS5A 1SSWA 2OU8A 3CDVA 109LA 169LA 4LDOA 3OE6A 212LA 239LA 4EPIA 103LA 1QSQA 2A4TA 158LA 3CDTA 1PQJA 200LA 1QT7A 252LA 223LA 1CU5A 1P7SA 119LA 3HT7A 1DYCA 251LA 241LA 1L79A 1L91A 4LZMA 1L73A 3C80A 1L75A 3HUQA 1L98A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CVKA 1KXXA 1HMLA 148LE 2ANXA 1LTMA 1JHLA 1DYDA 3MGWA 4QDNA 1JTMA 1YKYX 4DD7A 2OE7X 1C67A 1HSWA 4PJZA 1GEZA 5I53A 4I7KA 180LA 5APDA 190LA 4ET8A 4GN5C 1NWGA 236LA 2W1MA 1YKZX 1GBZA 3BKVA 1BB4A 4W58A 2MEHA 3LN2A 1GHLA 215LA 3A91A 142LA 1BB3A 1LJFA 1XGQC 3SP3A 1IVMA 1LSGA 4RDSA 1OUHA 2LYZA 5LA8A 1L90A 1L33A 178LA 2OE9X 1LYDA 3DN1A 2RAYX 4LT3A 170LA 261LA 1IP1A 1P5CA 2XBRA 2HEAA 2RBNA 4WM2A 2Z37A 4HV2A 2HTXA 1A4VA 1SX2A 2LC9A 1DQJC 4GLAA 1OP9B 3AW7A 4EPFA 1B7MA 1QUGA 4LT2A 1UIHA 5I4XA 1IIZA 175LA 1ALCA 1KXWA 234LA 3HU8A 4NGWA 3WVXA 4EKPA 4ETBA 1C66A 1LWKA 174LA 1OUDA 217LA 1C6AA 1G7MC 5L3IA 1L99A 1CU0A 1HELA 5LXWA 1P64A 1LGUA 2BQKA 1PQIA 123LA 4MSTA 2HU1A 125LA 4HTKA 2QB0B 5IDDA 1QTCA 1L32A 1CTWA 4OWHA 144LA 1UBZA 1LYJA 1LJKA 1XEIA 1G0MA 3TMXA 1C45A 2ZIJA 1C60A 3CSRA 5FCPA 2ANVA 1C6JA 1H87A 5HQ1A 1C6QA 4E97A 1C6GA 1BVXA 1IP2A 2B6XA 4I7SA 1FKQA 3OK0A 3CDQA 1J1OY 1XEJA 3LZ2A 1GBYA 4I7OA 4I7TA 4M4OA 5FEKA 1XJTA 1LSNA 4B0DA 1L64A 1C08C 2O79A 1QS9A 1SQ2L 1REYA 2HULA 2YDGA 1P2RA 1XGRC 5HNLA 2W1LA 3ULRA 1UIFA 1GFRA 1JJ0A 3HDFA 1EQ5A 1P36A 1OVHA 2Y8PA 1L57A 1SSYA 2EKSC 1G06A 1QUHA 1L50A 5J7CA 4J7VA 4DAJA 1HEPA 1GDXA 1L24A 3V2WA 4XJGA 132LA 1WVVA 4ZIXA 2EQLA 1V7TA 3B0KA 135LA 2H9JA 4NHSA 1L39A 5LYZA 1KW7A 1BB6A 1LZBA 216LA 1GF9A 5E9RA 1ZMYL 181LA 3SB8A 3ZEKA 2W1YA 1L74A 1LZGA 1HF4A 1OUJA 196LA 5LYMA 2YSSC 2ZYCA 4TTDA 6LYTA 2ZILA 3GXRA 1J1XY 5IHGA 113LA 1DYFA 6LZMA 3V2YA 1D6QA 1KIRC 1JISA 4YXCA 3OJPA 1L18A 1T6HA 2B72A 1D6PA 3TXHA 1AT6A 2OTZX 4OWAA 5LVIA 1LZTA 254LA 1YIKA 2DQAA 1D9UA 3AJNA 1GF4A 4OO9A 4IATA 1UIEA 172LA 5KXMA 4NHTA 1CJ9A 188LA 3LZMA 3HTBA 3WULA 5I4WA 1LZAA 4R6CA 2MEIA 3J4GA 1AM7A 1MLCE 2LZMA 3KAMA 260LA 218LA 2BQBA 2LCBA 3A96A 3HBDA 3LYOA 1FBIX 4NEBA 1UCOA 2DQGY 1G0QA 1T97A 5KXLA 1BB5A 1JKBA 3EXDA 5KXYA 1L38A 1L42A 1LOZA 1OUEA 1C6FA 2RBOA 1VDQA 1UUZC 1L94A 2A7DA 4XJIA 4TWSA 4N9RA 1VDPA 2D4KA 1L53A 1OVJA 1D3NA 5L3HA 4ETAA 2F4GA 4RLMA 5LVKA 2Q9DA 4WG7A 1CKCA 1PQOA 3SB6A 3OE9A 1EPYA 1GE2A 1GB0A 230LA 1KY0A 2LYMA 3ZVQB 5LYTA 219LA 154LA 2RB1X 4G4HA 5M1YA 5E4PA 5T3FA 1GDWA 2FYCA 2HU3A 1GE4A 1C7PA 206LA 1GF7A 1YAOA 182LA 5B05A 214LA 1LZ9A 2B6ZA 5LVJA 1QTDA 5A3ZA 4EMNA 3HFMY 1C6PA 2RBQA 1GE0A 1L82A 1BWHA 2YBNA 4H94A 2OU9A 1OUBA 1QSBA 3SB7A 1LYOA 2B73A 2F4AA 2OEAX 2YBMA 1L02A 3WL2A 4BS7A 4YX7C 1IR9A 4LYOA 4I7MA 3A93A 3CT5A 1LYGA 1LCNA 1LZEA 3DMVA 4EJ4A 4I0CA 1CKGA 4PGJB 1BGIA 1L58A 4C5FA 1LYFA 1LSZA 3GUPA 2RBPA 4TSCA 2CWIA 4AQNA 1B0DA 4W59A 1KW5A 3IJUA 2IGCA 245LA 2B70A 1QSWA 2RH1A 3TMWA 3J6KA 2MEDA 1WQOA 1HC0A 1IY3A 4I7RA 4ARPA 4BAFA 1LJ4A 1L59A 3CDVA 109LA 4NWEA 212LA 2C8OA 3WUAA 2LZTA 3W6EA 2A4TA 1LJ3A 1EL1A 200LA 4II8A 134LA 4U3XB 1CU5A 3HT7A 4HJVA 4ANRA 2EPEA 1UICA 4A7DA 4LZMA 3QNGA 1E8LA 4NGLA 2BPUA 1IC4Y 1L75A 1AT5A 1LYIA 2F32A 1I6SA 1L41A 4WG1A 3L2XA 1XEPA 4YF2A 4XJFA 1T8AA 1IC5Y 1WQQA 2Q9EA 4B1AA 1XGTC 5DM9A 5D5FA 1L54A 3C8QA 2B7XA 3HH4A 3PBLA 1L31A 2RAZX 4CHXA 2Q0MX 4H8YA 4WLYA 2BLYA 2D4IA 143LA 1LSDA 1C65A 4NGYA 4NGKA 4H1PA 5KKJA 2EIZC 2WARA 4WMGA 1MELL 1FLYA 1C6LA 3HH6A 1LJJA 1I1ZA 4XJHA 1FLWA 1D0KA 2DKVA 4W56A 2CUUA 4X3BA 1WTHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CVK A;  1KXX A;  1HML A;  148L E;  2ANX A;  1LTM A;  1JHL A;  1DYD A;  3MGW A;  4QDN A;  1JTM A;  1YKY X;  4DD7 A;  2OE7 X;  1C67 A;  1HSW A;  4PJZ A;  1GEZ A;  5I53 A;  4I7K A;  180L A;  5APD A;  190L A;  4ET8 A;  4GN5 C;  1NWG A;  236L A;  2W1M A;  1YKZ X;  1GBZ A;  3BKV A;  1BB4 A;  4W58 A;  2MEH A;  3LN2 A;  1GHL A;  215L A;  3A91 A;  142L A;  1BB3 A;  1LJF A;  1XGQ C;  3SP3 A;  1IVM A;  1LSG A;  4RDS A;  1OUH A;  2LYZ A;  5LA8 A;  1L90 A;  1L33 A;  178L A;  2OE9 X;  1LYD A;  3DN1 A;  2RAY X;  4LT3 A;  170L A;  261L A;  1IP1 A;  1P5C A;  2XBR A;  2HEA A;  2RBN A;  4WM2 A;  2Z37 A;  4HV2 A;  2HTX A;  1A4V A;  1SX2 A;  2LC9 A;  1DQJ C;  4GLA A;  1OP9 B;  3AW7 A;  4EPF A;  1B7M A;  1QUG A;  4LT2 A;  1UIH A;  5I4X A;  1IIZ A;  175L A;  1ALC A;  1KXW A;  234L A;  3HU8 A;  4NGW A;  3WVX A;  4EKP A;  4ETB A;  1C66 A;  1LWK A;  174L A;  1OUD A;  217L A;  1C6A A;  1G7M C;  5L3I A;  1L99 A;  1CU0 A;  1HEL A;  5LXW A;  1P64 A;  1LGU A;  2BQK A;  1PQI A;  123L A;  4MST A;  2HU1 A;  125L A;  4HTK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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