1L40A

Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of t4 lysozyme determined by directed mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPERAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of engineered surface salt bridges to the stability of T4 lysozyme determined by directed mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l40A00
1KW5A 1C65A 2Q9EA 186LA 1L38A 1P36A 1L77A 3SN6R 2F47A 1L87A 1C61A 1LGWA 1OWZA 3V2WA 1LYFA 4LDLA 1C6JA 187LA 1EPYA 1L15A 1QTZA 1L07A 1L06A 114LA 127LA 4GBRB 1C6HA 7LZMA 1DYDA 3HU8A 1L54A 4I7OA 1L23A 1CV5A 1L59A 1D2WA 1L90A 1G0MA 157LA 1L10A 3C8QA 1LI3A 125LA 1L99A 178LA 3C81A 1L97A 1T8GA 1G1WA 1DYFA 243LA 2O7AA 1LW9A 1KS3A 1L98A 1LI6A 1P37A 259LA 223LA 2B6ZA 1L35A 4ARQA 1L82A 249LA 4I7RA 1L28A 1L41A 164LA 1L44A 192LA 171LA 222LA 1L53A 130LA 163LA 1G06A 1L24A 1DYGA 1QTCA 3CDVA 1L51A 1G0PA 1CVKA 248LA 1KW7A 3FA0A 108LA 3C7ZA 1L19A 2ANVA 177LA 1PQIA 166LA 1CU3A 240LA 1LGUA 1L96A 198LA 4EKRA 4DAJA 1QT3A 1L93A 1C6LA 167LA 1P2LA 1P5CA 2OU0X 4I7LA 210LA 3SB9A 1L04A 1L43A 4ZPUA 3GULA 156LA 3HT6A 1KY0A 137LA 1OVJA 1G0KA 226LA 3HDEA 3EMLA 1LWKA 3C80A 191LA 4ARMA 1C6DA 4ARJA 3HU9A 146LA 1L33A 184LA 4W59A 1XJUA 3G3VA 195LA 3SB8A 2HUMA 1QUOA 1L61A 1G0GA 1L62A 3L64A 1OVHA 2ANXA 1L00A 1L92A 2B7XA 1L88A 4LDOA 150LA 1P46A 253LA 1L67A 1CV0A 238LA 3HT8A 1L52A 221LA 3DMZA 120LA 1D3FA 196LA 3RUNA 4OO9A 3C7YA 245LA 2O4WA 1L79A 3HT7A 1LYJA 1CU0A 1QTHA 3HUAA 1CUQA 1PQJA 169LA 1L80A 1LYGA 159LA 233LA 3DNAA 138LA 1I6SA 3FI5A 4EKSA 1ZURA 126LA 183LA 3HTGA 112LA 4I7NA 255LA 4W57A 1KY1A 3K2RA 1C68A 212LA 3G3XA 1G1VA 4W55A 185LA 1DYCA 1QT8A 1C6PA 1L76A 2OU9A 103LA 4W53A 1CU6A 4I7QA 1D3JA 2RH1A 3LZMA 2Q9DA 1PQDA 1D3NA 1L50A 1L13A 115LA 1L69A 227LA 3HH3A 1QS5A 1L29A 1SSYA 220LA 1CX6A 1CTWA 258LA 4IAPA 4YX7C 2QARC 3C83A 3VW7A 3UONA 3DN0A 1L30A 3F9LA 2RBNA 236LA 3CDOA 215LA 148LE 3DN6A 3HUKA 3D4SA 3GUKA 1ZYTA 168LA 1DYEA 1LLHA 3C82A 161LA 4YXAC 4ARPA 4EPIA 131LA 2B74A 1OV7A 3JR6A 241LA 1L56A 3HH4A 1T8AA 2B70A 261LA 4I7PA 1P3NA 2RBSA 1D9WA 1L73A 1C6TA 211LA 228LA 2RBQA 1L49A 152LA 2B72A 229LA 1SSWA 1L60A 1SWYA 4YXCA 1C6NA 3FADA 118LA 2RBRA 3F8VA 242LA 4K5YA 1L11A 1JTNA 1L71A 2HULA 4PK0A 3GUJA 1QTBA 1NHBA 1KNIA 1LGXA 1D3MA 1C6BA 2A4TA 1OYUA 1L16A 206LA 3DKEX 3HTBA 4PJZA 214LA 1L08A 145LA 4I7JA 144LA 3DN4A 1DYBA 2OE9X 102LA 2L78A 1L47A 4W58A 4W54A 4I7TA 149LA 3L2XA 3HUQA 1L95A 1K28A 231LA 1L36A 1L12A 244LA 1L26A 141LA 1QTDA 1QT5A 5I14A 170LA 155LA 1L14A 1SWZA 188LA 1CUPA 111LA 123LA 4W52A 3HH6A 3C8SA 2OEAX 3G3WA 3SBAA 1L0KA 1L63A 165LA 251LA 1WTHA 173LA 213LA 1CV6A 3C8RA 4EKPA 197LA 110LA 1T8FA 1L09A 2RB2X 3GUPA 4I7KA 1OVKA 1T97A 1L42A 190LA 1L57A 4GRVA 2RBOA 1L81A 3RZEA 1P64A 1C6QA 1L18A 1QS9A 4ARMB 119LA 3GUNA 199LA 3SBBC 2Z6BA 3HH5A 1C6CA 4DKLA 1P2RA 1B6IA 1C69A 1L37A 1D2YA 1L84A 2NTHA 4EKQA 3DN8A 162LA 3PBLA 1C6AA 1C6IA 247LA 3HTDA 1QTVA 3OE0A 1L75A 1L58A 5LZMA 122LA 2OTYX 1L02A 2RB0X 2HUKA 3HDFA 1C60A 1L94A 250LA 1L68A 3DN3A 1CV4A 1L72A 1L34A 1C67A 1DYAA 2RB1X 1P6YA 1LPYA 1G0LA 182LA 1OWYA 1G07A 3SB6A 2QB0B 1PQMA 3DN2A 1LI2A 3QAKA 1TLAA 252LA 4S0WA 2B6WA 3HT9A 4EXMA 1T6HA 225LA 1PQOA 1L64A 2OE7X 3CDRA 1XEPA 3HWLA 1QSBA 3C7WA 209LA 234LA 4AQNA 1L21A 139LA 200LA 232LA 1L01A 4EPFA 2LCBA 2F2QA 260LA 3CDTA 4E97A 1JQUA 3HTFA 3NY9A 2OU8A 109LA 1L70A 3DN1A 1L66A 1PQKA 1SX2A 4W56A 3SB5A 2B6TA 1L46A 1QSQA 2CUUA 1L32A 1QUHA 1C64A 181LA 1L05A 1L17A 1L89A 1L55A 262LA 1C6FA 1G0JA 217LA 205LA 4LZMA 246LA 1L31A 1L25A 2RAZX 158LA 1L0JA 1L65A 1XJTA 2B73A 3GUOA 3PDSA 4W51A 176LA 2OE4X 147LA 143LA 180LA 1LYHA 1L22A 107LA 4ARQB 1C6MA 1C62A 1P56A 1CV1A 3OE8A 1L39A 3ODUA 189LA 1L40A 128LA 1CU2A 2OTZX 235LA 2NTGA 1L85A 3DMXA 1CU5A 4I7MA 172LA 254LA 3GUMA 1L74A 216LA 1L48A 2LC9A 1L83A 2B75A 1L20A 1QUDA 151LA 4DJHA 175LA 201LA 2LZMA 3V2YA 174LA 1C66A 224LA 104LA 113LA 1L86A 230LA 257LA 1G0QA 1CX7A 1QUGA 2B6XA 1LWGA 2F32A 3NYAA 1QT4A 3OE6A 1LYIA 256LA 1SX7A 1C6GA 1CV3A 218LA 160LA 2RBPA 1C63A 1QT7A 1C6EA 142LA 1C6KA 1LYEA 3GUIA 2IGCA 4ARLA 129LA 3NY8A 2B6YA 1LYDA 1L45A 1P7SA 1ZWNA 1L91A 3DMVA 237LA 6LZMA 3SB7A 1L27A 1QT6A 4I7SA 1OV5A 1L03A 4EJ4A 2O79A 4LDEA 140LA 1JTMA 2RAYX 239LA 3CDQA 219LA 3OE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C65A 2Q9EA 193LA 1L77A 3SN6R 1JISA 1L87A 2F30A 3QE8A 4KT3A 3V2WA 1GB0A 1LYFA 1NBYC 4LDLA 5LXWA 3LYTA 4XN6A 2FYCA 4I7OA 1L23A 1G0MA 2MEBA 2EPEA 4LT3A 4WLTA 1UIAA 1UBZA 178LA 208LA 259LA 1GB7A 1LI6A 1LZCA 2BQBA 1GAZA 1B5YA 1L28A 5KXTA 4LT2A 1L41A 4TSCA 164LA 1IP6A 3WXTA 5E4PA 1L53A 130LA 1G06A 3BKHA 2H9KA 1L24A 1DYGA 1VDQA 1L51A 1G0PA 1KW7A 3C7ZA 3LHMA 177LA 166LA 3AZ5A 5KXWA 3WL2A 2BQHA 240LA 2D6BA 1INUA 4EKRA 1L93A 1P2LA 1D0LA 4XJDA 4XJIA 1DI4A 1NF5A 3SB9A 4ZPUA 3GULA 1OVJA 1CJ7A 3EMLA 1C6DA 146LA 1D6PA 4W94A 1IOQA 133LA 4HPIA 3SB8A 2HUMA 3WVXA 1L61A 3L64A 4XJFA 2HU1A 2B7XA 1DI3A 1P46A 3GXKA 4EMNA 4NGLA 120LA 2LYOA 2BLYA 1RI8B 1GF7A 245LA 4J1AA 1LYJA 207LA 1G7LC 1B0DA 1LJ3A 4DD2A 4HPEA 1ZURA 1HNLA 4UWUA 126LA 3TXBA 5B07A 2YBIA 3K2RA 2HUBA 4M4OA 1REXA 212LA 4WLDA 3G3XA 1LZAA 1G1VA 4W55A 3FE0A 3J4GA 1DYCA 1YKYX 103LA 4RLMA 2RH1A 1OUDA 3CQLA 5LYMA 1PQDA 1D3NA 1L13A 227LA 3HH3A 3B0KA 2MECA 1CX6A 1CTWA 1IWZA 4NGKA 1FLYA 4IAPA 5LAGA 1YAQA 1W08A 2HEAA 2QARC 3C83A 2Z39A 1L30A 5KXRA 1VATA 1HEWA 1LHLA 2RBNA 4H9HA 4H9FA 2BQIA 148LE 4G49A 3HUKA 3D4SA 3GUKA 4Z46A 4RDSA 1RE2A 2H5ZA 1JTTL 1UIFA 168LA 4EPIA 161LA 2B74A 5IDDA 3HH4A 1TCYA 261LA 1QTEA 4N9RA 1C6TA 1IX0A 228LA 4QDNA 152LA 1GE4A 229LA 5HMVA 118LA 1QSAA 3F8VA 4K5YA 2HULA 3AW7A 1NKHA 3CB7A 1IWVA 1LYSA 1OUJA 4RW1A 1QTBA 4WMGA 1GB9A 1GF3A 1D3MA 5I5QA 5APCA 1L08A 8LYZA 4I7JA 1LHMA 4OWEA 4W58A 5F16A 1LMQA 3HUQA 1H87A 1K28A 231LA 1L12A 1TDYA 1LSYA 1QDRA 3ZEKA 1SWZA 1L14A 1GFEA 188LA 123LA 1TEWA 2FYDA 3SBAA 4H8XA 213LA 3C8RA 1LHIA 4OWBA 1CKGA 4EKPA 197LA 1T8FA 1L09A 4I7KA 5C6LA 2XJWA 190LA 5EBHA 3EMSA 3TXJA 1GF5A 4LYTA 4GRVA 4HV2A 4AGAA 1QS9A 4H93A 3IJVA 5F9XA 1YAOA 1JJ1A 4DKLA 2C8PA 1C69A 2YDGA 1D2YA 2NTHA 1C6AA 1HHLA 1HSWA 247LA 3HTDA 2BQCA 1JKCA 2W1MA 5LZMA 122LA 1B9OA 2A7DA 1UACY 250LA 1GF4A 4ETBA 1EQEA 3DN3A 1CV4A 1LHJA 5LVHA 3A34A 3EXDA 1L72A 5K7OA 4HTNA 1DYAA 1LTMA 1T6VL 3D9AC 3LZ2A 1LPYA 2DQGY 1NWGA 5HLLA 1B5WA 2MEGA 3SB6A 3DN2A 3TXDA 1LZSA 4GCEA 1LYOA 3WPKA 4LYZA 1YIKA 4WG7A 1AM7A 1PQOA 1KXXA 4WM5A 1XEPA 3C7WA 209LA 1OUGA 5IHGA 139LA 4WM2A 132LA 1TBYA 232LA 1L01A 3CDTA 2OU8A 1L66A 3WVYA 1L46A 1W6ZA 1YQVY 1UIEA 1QUHA 1C64A 5LA8A 4HSFA 2Z12A 3HFMY 1L05A 1L17A 1C6FA 217LA 3AGGG 3CT5A 246LA 1L31A 1L0JA 1UCOA 2B73A 3PDSA 1JKBA 180LA 2BQJA 1HFYA 4ARQB 1C62A 3WYHA 1L85A 1CU5A 1D9UA 1NMMA 1L20A 1QUDA 1CKDA 151LA 1YKZX 257LA 1L86A 2MEHA 3MGWA 1QUGA 1KIQC 1WQNA 1YAPA 5DL9A 3OE6A 1BVKC 5I4WA 3ZVQB 1GFHA 1QT7A 5II3A 1C6EA 5LVGA 1C6KA 4N1EI 3AJNA 1PS5A 2D4KA 1DPXA 2B6YA 5B06A 1L45A 1JEFA 4YF2A 1WQPA 4WL7A 4WL6A 1QT6A 4P2EA 4NGZA 2BPUA 1L03A 2YVBA 3TXEA 140LA 3HBEX 3EBAB 3CDQA 1D6QA 1G7JC 3LYOA 4XJHA 4I8SA 4DWXA 1LJHA 2LHMA 1GXXA 2IHLA 3W6DA 1C61A 1J1OY 1REZA 2DQHY 5A3ZA 1C6JA 187LA 1EPYA 1FBIX 2ZQ3A 3TXKA 114LA 4XYYA 4B4EA 7LZMA 1IO5A 3HU8A 3RW8A 1GF0A 4IATA 157LA 4HTKA 4NEBA 1KXYA 4WM4A 3A92A 2I26L 1VFBC 1HFZA 243LA 2O7AA 1OUBA 3TMWA 2B6ZA 4ARQA 4I7RA 4J0LA 1GFUA 1IP5A 1YANA 2LYMA 2ZNWY 2BQDA 3F6ZA 5FDJA 5KXNA 3FA0A 108LA 1L19A 1PQIA 1CU3A 1UIHA 5D5FA 1L96A 198LA 4J7VA 4DAJA 1QT3A 2Y8PA 4TUNA 167LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C65 A;  2Q9E A;  193L A;  1L77 A;  3SN6 R;  1JIS A;  1L87 A;  2F30 A;  3QE8 A;  4KT3 A;  3V2W A;  1GB0 A;  1LYF A;  1NBY C;  4LDL A;  5LXW A;  3LYT A;  4XN6 A;  2FYC A;  4I7O A;  1L23 A;  1G0M A;  2MEB A;  2EPE A;  4LT3 A;  4WLT A;  1UIA A;  1UBZ A;  178L A;  208L A;  259L A;  1GB7 A;  1LI6 A;  1LZC A;  2BQB A;  1GAZ A;  1B5Y A;  1L28 A;  5KXT A;  4LT2 A;  1L41 A;  4TSC A;  164L A;  1IP6 A;  3WXT A;  5E4P A;  1L53 A;  130L A;  1G06 A;  3BKH A;  2H9K A;  1L24 A;  1DYG A;  1VDQ A;  1L51 A;  1G0P A;  1KW7 A;  3C7Z A;  3LHM A;  177L A;  166L A;  3AZ5 A;  5KXW A;  3WL2 A;  2BQH A;  240L A;  2D6B A;  1INU A;  4EKR A;  1L93 A;  1P2L A;  1D0L A;  4XJD A;  4XJI A;  1DI4 A;  1NF5 A;  3SB9 A;  4ZPU A;  3GUL A;  1OVJ A;  1CJ7 A;  3EML A;  1C6D A;  146L A;  1D6P A;  4W94 A;  1IOQ A;  133L A;  4HPI A;  3SB8 A;  2HUM A;  3WVX A;  1L61 A;  3L64 A;  4XJF A;  2HU1 A;  2B7X A;  1DI3 A;  1P46 A;  3GXK A;  4EMN A;  4NGL A;  120L A;  2LYO A;  2BLY A;  1RI8 B;  1GF7 A;  245L A;  4J1A A;  1LYJ A;  207L A;  1G7L C; 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