1L42A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLEIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l42A00
2RBOA 251LA 1L65A 140LA 1C64A 1L09A 119LA 257LA 2RBQA 1L27A 3SN6R 3V2WA 1L43A 209LA 1L13A 1DYFA 227LA 1L28A 1L97A 1PQDA 192LA 1L69A 1L12A 3DN3A 131LA 120LA 147LA 1LWKA 4W54A 162LA 3NY8A 4LDLA 1L98A 1OV5A 2LZMA 176LA 1G1WA 1DYBA 164LA 250LA 104LA 1CUQA 1QTZA 1DYGA 167LA 3DMZA 3FI5A 4ARJA 4W55A 230LA 118LA 1L05A 3HT9A 1CV5A 4ARQA 1LYEA 3L64A 125LA 138LA 1CUPA 4EKSA 2HUKA 2RAYX 249LA 3RZEA 234LA 1L0KA 1QTDA 150LA 1CV6A 1L18A 2OE9X 1C62A 228LA 1L08A 1L23A 2HUMA 114LA 185LA 1LI6A 1G0QA 1D3JA 3GUIA 3HH3A 161LA 3DMVA 3DN0A 1C6HA 3DN6A 4S0WA 4I7NA 1L34A 1L91A 2LCBA 1C6GA 2B75A 2OE4X 201LA 4EKPA 1C67A 1G0PA 175LA 1LYGA 1KY1A 4LDOA 4ARPA 254LA 4I7LA 1D3FA 1D3NA 4I7MA 261LA 1CV1A 1C6JA 7LZMA 2L78A 4W53A 3NY9A 1CV0A 1L84A 1CU2A 1K28A 1SX7A 3SBAA 4GRVA 1L32A 1QT3A 4PK0A 217LA 3PBLA 1OVKA 1LW9A 244LA 1DYCA 1L77A 1LLHA 3HT7A 226LA 214LA 1L94A 5LZMA 1LWGA 183LA 1JTMA 235LA 1T6HA 4I7TA 4DKLA 102LA 4W52A 126LA 3FADA 1L25A 1QTHA 223LA 2RAZX 1L63A 1CV3A 3CDTA 1CU3A 156LA 1SSWA 4EKRA 1L52A 1QT7A 1G0KA 1P56A 1OVHA 2B6XA 152LA 1G06A 1L82A 3HTFA 1LI2A 1OWYA 1C60A 1C6KA 1L26A 3PDSA 199LA 1L95A 1L53A 1L96A 1L89A 3HDFA 2QB0B 4W56A 1L20A 166LA 1CTWA 1L50A 1L03A 1QSQA 4YX7C 1L72A 3HH5A 3QAKA 111LA 160LA 4ARMB 229LA 3HH6A 2F47A 2RBPA 182LA 1C6MA 3C7ZA 1C6DA 3F9LA 3VW7A 1L49A 1QS9A 3GULA 3HU9A 1C6BA 252LA 1L58A 4LDEA 3D4SA 128LA 1OYUA 1OWZA 4AQNA 1T8AA 1EPYA 4I7OA 3OE0A 3HUQA 1PQKA 1QUOA 1P64A 2O7AA 1L21A 240LA 159LA 142LA 242LA 1PQJA 1TLAA 1L71A 1QTCA 1L19A 4OO9A 2B6TA 2B7XA 1QT4A 3F8VA 4I7JA 1LGXA 3CDOA 2OE7X 1L45A 3C8SA 1G1VA 1T8GA 241LA 2B74A 4EPFA 1C65A 1LI3A 1JQUA 186LA 1KNIA 1CU5A 110LA 122LA 1P3NA 4W59A 4PJZA 1CX6A 1QUHA 1T97A 3V2YA 3DN2A 1L62A 1C6TA 1KW7A 1C6PA 1L14A 256LA 1L00A 2HULA 2O4WA 130LA 137LA 174LA 188LA 1C6EA 1L51A 3ODUA 3DN4A 190LA 1SWZA 1ZWNA 5I14A 1G0LA 1G07A 191LA 3C8QA 158LA 1L56A 1G0MA 1C69A 3RUNA 143LA 1QUDA 3HUKA 129LA 187LA 157LA 1L57A 3HH4A 2OEAX 3HUAA 4I7QA 1L87A 3C7WA 177LA 1DYEA 4K5YA 1L37A 3CDVA 115LA 1LGWA 245LA 1L99A 1C68A 1PQIA 4W51A 1L61A 3GUKA 1C6AA 1L17A 178LA 113LA 180LA 4GBRB 3HT8A 107LA 218LA 2B6ZA 1PQMA 1ZURA 236LA 1KS3A 1XJTA 1L73A 4E97A 155LA 3DN1A 1DYDA 1KY0A 1JTNA 195LA 4DJHA 239LA 3HTDA 169LA 1L01A 3L2XA 1P36A 243LA 3DKEX 184LA 3HWLA 4W57A 1LYDA 1L47A 2B6WA 1SX2A 181LA 3CDQA 2IGCA 1L83A 210LA 1D9WA 216LA 173LA 3SB5A 1LPYA 1L35A 1L80A 213LA 1G0JA 1L44A 1QUGA 172LA 1OV7A 3C83A 222LA 1L11A 1L64A 2Q9DA 3GUMA 1LYFA 1C6IA 2F2QA 3GUNA 139LA 1QT6A 1L88A 3EMLA 1QTVA 3C80A 1QTBA 4I7KA 4IAPA 141LA 4I7PA 1L29A 3C81A 1QS5A 146LA 3HDEA 4ZPUA 4ARQB 1CVKA 3OE9A 1L68A 1L93A 238LA 2QARC 3G3VA 108LA 3OE6A 2RBNA 1C63A 1L0JA 4ARMA 6LZMA 221LA 255LA 1CU6A 1L59A 3GUPA 2A4TA 2RB0X 112LA 2F32A 1P5CA 1CX7A 3DMXA 1KW5A 233LA 1L66A 1L33A 1CV4A 1L74A 2OU9A 3HTBA 1D2WA 3SB7A 1T8FA 1LYJA 2Q9EA 1SWYA 3HU8A 1LYHA 1D2YA 1L15A 3K2RA 144LA 197LA 2OU8A 148LE 1L54A 2ANXA 3SBBC 1NHBA 1C66A 1L90A 3OE8A 1C6LA 2RB2X 1L38A 237LA 2OTYX 168LA 1C6QA 247LA 1L76A 1L31A 3GUJA 1QT5A 4DAJA 1L40A 258LA 259LA 1L30A 170LA 165LA 1QT8A 3JR6A 3UONA 1D3MA 1P2RA 163LA 2B6YA 1ZYTA 1LGUA 2B72A 1XJUA 1L10A 1C6NA 1L07A 3GUOA 3SB6A 4LZMA 2OTZX 1C6CA 2RH1A 1L70A 3DNAA 2B70A 3FA0A 3C8RA 1L36A 231LA 4EKQA 1L06A 171LA 1P2LA 1WTHA 215LA 189LA 219LA 4I7RA 1C61A 3CDRA 127LA 2OU0X 1C6FA 1L67A 2ANVA 248LA 4YXCA 103LA 4W58A 1LYIA 2O79A 225LA 198LA 4YXAC 212LA 1I6SA 196LA 1L46A 200LA 3HT6A 1P7SA 220LA 246LA 211LA 2Z6BA 1L79A 232LA 4EJ4A 1L55A 2NTGA 109LA 1P37A 1B6IA 1L02A 4ARLA 2RBRA 4I7SA 3DN8A 1DYAA 1L92A 4EPIA 4EXMA 3G3WA 1CU0A 205LA 151LA 2RBSA 3SB8A 262LA 2LC9A 1L39A 1PQOA 2NTHA 1L16A 1G0GA 145LA 1P46A 260LA 224LA 1L48A 1L04A 2B73A 1L22A 1L86A 3C7YA 1QSBA 3HTGA 2RB1X 1L24A 1L85A 123LA 1L81A 3G3XA 206LA 149LA 3LZMA 3SB9A 1P6YA 1SSYA 1OVJA 3C82A 253LA 3NYAA 1L42A 2CUUA 1L41A 1L75A 1L60A 1XEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
251LA 1L65A 257LA 1C64A 2RBQA 1BWHA 4YEMA 1L13A 227LA 1B7NA 2CJLA 3AZ4A 1L12A 1LZTA 120LA 4LDLA 1L98A 2LZMA 2BQGA 3A6CY 176LA 2DQEY 4N8ZA 5LVHA 4LT2A 4W55A 5B06A 1B5VA 230LA 4WM3A 138LA 1WVUA 4X3BA 2RAYX 1HENA 1LZAA 1D0MA 5DL9A 1CV6A 3P4ZA 1C62A 1J1PY 1G0QA 4QEQA 1VDSA 2EIZC 3DN0A 1IX0A 1C6HA 1EQEA 1QQYA 2LCBA 2B75A 1GF0A 201LA 3BKVA 4EKPA 1G0PA 5ILFA 1JPOA 1LSBA 5KXRA 1P2CC 4ARPA 1C45A 1D3FA 1D3NA 1LCNA 1NF5A 4ML7A 1C43A 1JKAA 1L84A 1CU2A 4IATA 4PK0A 217LA 2ZNXY 3F6ZA 4OWAA 4B4IA 4NHIA 4DT3A 1UIEA 1IP6A 4RW2A 5LZMA 235LA 4I7TA 4GLVA 1JUGA 5DN4A 3ZVQA 4NSGA 3FADA 3P68A 1L25A 4LYOA 2RAZX 1GEZA 1CV3A 3WUNA 4GN4A 3LYOA 2EPEA 1SSWA 1L52A 1BGIA 5LVGA 1LSZA 1WQMA 1G0KA 1P56A 2MEDA 1TEWA 1LHKA 1LI2A 1OWYA 1TCYA 2ZYPA 4DWXA 1FLYA 1LHJA 4GCDA 2QB0B 2YSSC 3TXKA 1L50A 1RI8B 1QSQA 4YX7C 111LA 1IP2A 1HF4A 4ARMB 4P2EA 1NDGC 4H9BA 182LA 3T6UA 4DYGA 3F9LA 4C3WA 1GB7A 1WVVA 2MEGA 1L58A 1ZV5L 4LDEA 3D4SA 2XBRA 1CKGA 1EPYA 3EXDA 1IC5Y 1QUOA 4W96A 2FBDA 2HU1A 2MEEA 4LYMA 193LA 5EBHA 1TLAA 1L71A 3B0KA 1QTCA 3F8VA 1QT4A 4I7JA 1BWJA 3CDOA 3EO5A 4ETCA 1LHHA 1G1VA 1WTMA 1LJHA 1GBYA 241LA 2B74A 1GF5A 2D91A 1KNIA 1LJNA 9LYZA 1T97A 5I53A 3V2YA 1KW7A 4DD7A 2CWIA 3HBDA 1L00A 174LA 188LA 1IR9A 1XEJA 3FI7A 4H8XA 1B7RA 190LA 1B7LA 1ZWNA 1G07A 191LA 4D9ZA 2YVBA 1OUJA 1LYOA 2CGIA 1C10A 4NHTA 1C69A 3AW6A 1G7HC 1C46A 1GBXA 1LHMA 2A7DA 2Z37A 1AM7A 1L57A 3TXBA 3HH4A 2BPUA 4WO6A 2D4JA 177LA 1HEPA 3CDVA 1F6RA 115LA 245LA 3AW7A 1C68A 4LGKA 2VB1A 2ZIJA 5APFA 3GUKA 5HNLA 3VWOA 3J6KA 4GBRB 4ETEA 4M4OA 107LA 218LA 2B6ZA 1OUEA 1ZURA 3D9AC 4WG7A 1GBOA 1XJTA 1L73A 2W1XA 5I5QA 1HMLA 1HC0A 4E97A 155LA 1IWWA 3DN1A 1KY0A 5KKJA 3WH1A 195LA 4WLDA 239LA 1UIFA 3LN2A 1UC0A 1W6ZA 1H6MA 2B6WA 2BQNA 2IGCA 3N9AA 173LA 1LPYA 2F2NA 4CFOA 1IORA 1LZYA 2Q9DA 5A3EA 4RLNA 2PC2A 1XGUC 1C6IA 1L88A 3EMLA 3TXHA 4OWEA 2HEAA 1JSFA 4I7PA 1XSFA 1OUDA 1T3PA 4DC4A 1LZRA 4NFVA 1NWGA 1LKSA 4W94A 3WXUA 2BQMA 108LA 4HP0A 3A6BY 1C63A 4NGYA 255LA 1EQ4A 2F32A 1UICA 4KPMA 1CX7A 3DMXA 4O34A 1D6QA 233LA 1L74A 3HTBA 1D2WA 3SB7A 1T8FA 4H9HA 1XEKA 1LYJA 2Q9EA 3HU8A 5E4PA 4B49A 1L15A 3TXGA 1TBYA 2MEFA 2OU8A 2ANXA 3SBBC 1YKYX 4WM6A 1C66A 4WLYA 4NGVA 1C6LA 2RB2X 1C7PA 4NG8A 2OTYX 168LA 3LYTA 3WVXA 247LA 1UCOA 1QT5A 4DD9A 2BQDA 1HEWA 3W6EA 1REYA 3ZVQB 4DDAA 1QT8A 4WM5A 4NGKA 1IVMA 5KKIA 134LA 1L10A 3SB6A 5LAGA 2B70A 3C8RA 231LA 1IOSA 171LA 1P2LA 1G7MC 1C61A 2ANVA 248LA 4GCCA 5C6JA 1IC7Y 4W58A 1KXWA 4NIJA 5FSTA 3HFMY 1BB7A 196LA 1V7TA 1UIDA 220LA 1FKQA 1L79A 4EJ4A 1LJJA 1L55A 1IP7A 2IFFY 2NTGA 3W6AA 3A92A 3W6FA 3DN8A 3G3WA 5KJ9A 1CU0A 205LA 2RBSA 1PQOA 4DDBA 1KXXA 5LVKA 3C7YA 1B7OA 1VATA 2RB1X 1L24A 3G3XA 1KIQC 1LAAA 206LA 4HPEA 4NG1A 4NY5A 3SB9A 2B5ZA 2CDSA 1SSYA 1OVJA 3RT5X 1LSEA 2BQHA 3NYAA 1LKRA 2Z12A 1GFTA 5KY1A 4NHPA 1L42A 1FKVA 3B0IA 2YBMA 119LA 4HJVA 1L27A 2DQHY 3CSZA 2G4NA 1L97A 1PQDA 4GLAA 3TXIA 4W54A 1LWKA 5KXXA 4A7DA 1OV5A 1ZVHL 4ETDA 164LA 104LA 1CUQA 5IHGA 5J7CA 1QTZA 2BLYA 4I0CA 3DMZA 1JKDA 5T3FA 118LA 1L05A 3HT9A 1D0KA 2GV0A 1CV5A 1LHLA 1LYEA 4ARQA 125LA 1CUPA 5DN5A 2HUKA 249LA 234LA 1HFYA 1L0KA 2YBLA 1L18A 4J7VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 251L A;  1L65 A;  257L A;  1C64 A;  2RBQ A;  1BWH A;  4YEM A;  1L13 A;  227L A;  1B7N A;  2CJL A;  3AZ4 A;  1L12 A;  1LZT A;  120L A;  4LDL A;  1L98 A;  2LZM A;  2BQG A;  3A6C Y;  176L A;  2DQE Y;  4N8Z A;  5LVH A;  4LT2 A;  4W55 A;  5B06 A;  1B5V A;  230L A;  4WM3 A;  138L A;  1WVU A;  4X3B A;  2RAY X;  1HEN A;  1LZA A;  1D0M A;  5DL9 A;  1CV6 A;  3P4Z A;  1C62 A;  1J1P Y;  1G0Q A;  4QEQ A;  1VDS A;  2EIZ C;  3DN0 A;  1IX0 A;  1C6H A;  1EQE A;  1QQY A;  2LCB A;  2B75 A;  1GF0 A;  201L A;  3BKV A;  4EKP A;  1G0P A;  5ILF A;  1JPO A;  1LSB A;  5KXR A;  1P2C C;  4ARP A;  1C45 A;  1D3F A;  1D3N A;  1LCN A;  1NF5 A;  4ML7 A;  1C43 A;  1JKA A;  1L84 A;  1CU2 A;  4IAT A;  4PK0 A;  217L A;  2ZNX Y;  3F6Z A;  4OWA A;  4B4I A;  4NHI A;  4DT3 A;  1UIE A;  1IP6 A;  4RW2 A;  5LZM A;  235L A;  4I7T A;  4GLV A;  1JUG A;  5DN4 A;  3ZVQ A;  4NSG A;  3FAD A;  3P68 A;  1L25 A;  4LYO A;  2RAZ X;  1GEZ A;  1CV3 A;  3WUN A;  4GN4 A;  3LYO A;  2EPE A;  1SSW A;  1L52 A;  1BGI A;  5LVG A;  1LSZ A;  1WQM A;  1G0K A; 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