1L45A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l45A00
1L23A 1L65A 4DJHA 260LA 4I7MA 159LA 1QT3A 1T8AA 3OE9A 120LA 1QUDA 241LA 3GULA 171LA 1L90A 3DNAA 2B6WA 1QT7A 4OO9A 1G1VA 3DN1A 1LYJA 148LE 1LYHA 2RBSA 1L94A 1D2YA 214LA 3ODUA 1L72A 3C8QA 3L64A 2OE7X 1L43A 233LA 1L45A 3DN4A 1C60A 4ZPUA 183LA 1C6NA 1C65A 1PQOA 1D3MA 107LA 1L98A 3LZMA 3GUNA 3HT7A 1L53A 1L59A 2F47A 1OVJA 254LA 3HT6A 4AQNA 178LA 1L97A 2OE9X 1L08A 2B6ZA 221LA 152LA 1QUOA 1CUPA 1L48A 4W58A 1L29A 4PJZA 1L41A 145LA 185LA 1CUQA 3HDEA 1G07A 1C6LA 1L19A 3DN2A 187LA 1G0QA 1G0LA 1OVKA 4ARPA 161LA 1L63A 1L67A 1L18A 1L35A 1LI3A 1SSYA 4YXAC 1P5CA 234LA 2HUMA 1TLAA 1C6MA 1G0PA 3C83A 1L36A 1L27A 1QUGA 218LA 198LA 199LA 4W51A 228LA 4DKLA 1T97A 2OTYX 1L25A 226LA 1L33A 3PDSA 1DYAA 1LYEA 2Q9DA 2A4TA 3HUKA 168LA 1C6PA 113LA 1L00A 1L87A 3CDQA 1L46A 3DMXA 1L89A 2RBRA 1L58A 1CX7A 1L99A 1P3NA 1L04A 1PQIA 3V2YA 191LA 1CV0A 1L68A 2B75A 1L06A 257LA 2L78A 3SBBC 137LA 108LA 1CU5A 163LA 1L50A 1L71A 173LA 1C6IA 2OE4X 2RBNA 2RH1A 244LA 1L39A 1LGUA 1C6QA 1DYDA 115LA 180LA 256LA 1QT8A 4ARQB 4LDLA 158LA 3NY9A 209LA 1LLHA 1L38A 1K28A 3JR6A 2RBOA 1P7SA 236LA 1L22A 2RB2X 1NHBA 1L73A 1L42A 1D9WA 1LGWA 1LYGA 2LZMA 1SX7A 3HTGA 123LA 205LA 2RAYX 140LA 252LA 4ARMB 1ZWNA 225LA 1P2LA 3C7WA 4EPIA 1QTDA 3HT8A 231LA 1L47A 1L91A 1LPYA 3HH5A 2F2QA 2B73A 1CU0A 1L74A 1T8FA 155LA 4I7PA 3C8SA 2IGCA 1CX6A 2HULA 4ARMA 3HU9A 2B70A 253LA 181LA 222LA 2O79A 1C6AA 172LA 142LA 1L83A 242LA 1KY1A 1OV5A 1QTVA 3HTBA 1G0JA 220LA 245LA 229LA 1C6TA 2RB1X 1QTHA 4W53A 3RUNA 4W54A 186LA 1L85A 1XJUA 1L55A 147LA 1DYEA 1L81A 1C6JA 4W59A 175LA 1LI2A 247LA 3HH3A 227LA 4I7OA 143LA 3G3VA 188LA 1L21A 3NYAA 4YXCA 1C62A 4LZMA 156LA 3VW7A 3V2WA 217LA 1C67A 3FADA 1CU6A 2NTGA 1L75A 1L51A 196LA 110LA 224LA 1L69A 259LA 3GUJA 1KY0A 5LZMA 201LA 1C66A 1L28A 170LA 2QB0B 1L76A 150LA 2O7AA 3RZEA 1PQJA 2OEAX 197LA 1D3FA 3SB5A 3D4SA 3DN8A 3GUPA 4EKRA 3HUQA 1ZURA 164LA 1D3JA 1C6HA 1C69A 1QT4A 4YX7C 125LA 3NY8A 1L60A 160LA 1LYIA 235LA 177LA 1C64A 216LA 3DN3A 1C68A 1QS5A 119LA 1G0GA 4I7RA 4W52A 1L03A 3G3WA 1C6BA 1EPYA 1QT5A 250LA 3QAKA 1CV6A 2LCBA 3GUIA 2B6YA 118LA 1G0KA 3HT9A 4EKQA 4S0WA 4I7KA 1L64A 1DYGA 127LA 1P36A 1L10A 240LA 2LC9A 3C82A 3SN6R 1L02A 1LI6A 1ZYTA 195LA 258LA 2B7XA 3EMLA 2NTHA 1L95A 4I7NA 1D3NA 131LA 1L07A 1L34A 3CDOA 239LA 1LWKA 1L01A 2RB0X 4DAJA 1QTCA 1L49A 1L15A 1CV4A 3DMZA 4W55A 1L37A 251LA 1L16A 1L26A 3DKEX 1L44A 1L70A 1KS3A 1LWGA 2Q9EA 1OWZA 1KW7A 1OVHA 1L57A 1PQMA 3DN0A 1I6SA 3FA0A 2QARC 2OU9A 103LA 3OE8A 1XEPA 167LA 190LA 3HU8A 4ARLA 2O4WA 1L13A 1QTZA 223LA 3F8VA 1JQUA 4EXMA 1DYFA 1L77A 2OU0X 1JTNA 1L12A 1L31A 2RAZX 3HWLA 4GRVA 261LA 243LA 1QUHA 1SWZA 182LA 3OE6A 1L79A 1CU2A 1B6IA 189LA 3GUOA 1CVKA 1L17A 262LA 1G0MA 1D2WA 2Z6BA 192LA 3SB6A 126LA 4K5YA 3FI5A 104LA 3SB8A 1LGXA 1OV7A 1OYUA 2ANVA 2CUUA 4I7LA 4EKSA 162LA 1DYCA 1L92A 1PQKA 255LA 211LA 1P6YA 1L62A 144LA 4W57A 139LA 112LA 6LZMA 1L61A 1KNIA 165LA 1P56A 3HDFA 1L84A 2B74A 3CDRA 230LA 114LA 3HTFA 1SSWA 1QT6A 1C6CA 1QS9A 3C8RA 1CV1A 1LW9A 146LA 2B6TA 138LA 3HTDA 219LA 1L0KA 210LA 3HUAA 1KW5A 3L2XA 3SBAA 1C6DA 102LA 3F9LA 232LA 2HUKA 2RBPA 1CV3A 1QTBA 2OTZX 1C6KA 4I7JA 4E97A 213LA 2OU8A 3SB9A 3HH6A 4EJ4A 3OE0A 128LA 4GBRB 3C7YA 212LA 1QSQA 1G06A 1L32A 237LA 1L52A 1DYBA 1C6FA 3DN6A 4IAPA 4EKPA 1P46A 3PBLA 4LDOA 1LYFA 1L66A 1SWYA 4W56A 249LA 238LA 1L54A 1P37A 129LA 1P64A 3G3XA 1L09A 1L86A 248LA 141LA 1L20A 184LA 200LA 122LA 1L14A 3CDVA 1L30A 1CU3A 215LA 2F32A 1CV5A 1C63A 3SB7A 7LZMA 3HH4A 4I7TA 111LA 3GUKA 1G1WA 1L40A 130LA 3UONA 3DMVA 3CDTA 1T8GA 4EPFA 2ANXA 1P2RA 1L93A 151LA 169LA 109LA 1L24A 1L05A 1L88A 1SX2A 4I7QA 1L11A 1QSBA 2B72A 1C61A 4ARJA 1L82A 3K2RA 1L80A 1PQDA 4I7SA 176LA 1LYDA 3C80A 246LA 157LA 3C81A 1CTWA 4LDEA 3C7ZA 3GUMA 5I14A 1L56A 166LA 174LA 2RBQA 1T6HA 1C6EA 1L0JA 206LA 1OWYA 1XJTA 1WTHA 1JTMA 4ARQA 1C6GA 2B6XA 1L96A 149LA 4PK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMOA 4NGVA 260LA 4NWHA 4LT1A 1IR9A 1KIPC 120LA 1CKFA 1NWGA 1LYJA 4NHSA 2BQCA 5KKIA 1GDWA 4H92A 5E4PA 2HTXA 2RBSA 4LT3A 4BAPA 1L72A 3C8QA 4DD3A 3DN4A 1FBIX 1C6NA 1C65A 3WU7A 3BKHA 4UWVA 5KXXA 1FLYA 1JKDA 1T3PA 1L53A 4HP0A 1VFBC 4AQNA 5IDDA 178LA 1GB8A 1REZA 4W58A 1VATA 1Z55A 185LA 5T3FA 1WVUA 1G07A 3DN2A 1L19A 1G0QA 1B2KA 1L63A 1LI3A 5FDJA 4N1EI 2DQIY 1HEOA 4H9CA 1G0PA 5DM9A 2Y8PA 3ZVQA 1NDGC 1OUDA 218LA 228LA 4OWHA 1IWZA 1IOQA 4CGEA 3B72A 1GB0A 1HSXA 1T97A 1L25A 1L33A 3PDSA 5HNCA 4ZIXA 2A4TA 1C6PA 1P2CC 5J7CA 2HEAA 1IWXA 4NGZA 4RW2A 3IJVA 1L46A 3DMXA 2RBRA 1CX7A 1P3NA 1PQIA 2B75A 1XEIA 134LA 1LZ1A 4G49A 137LA 3CSQA 4HTQA 1AZFA 1WQRA 244LA 2RH1A 3AZ5A 4I8SA 1LGUA 115LA 3W3EA 4LDLA 4IATA 4TX7A 1JTTL 2ZNXY 1P7SA 2XBSA 2HEFA 4LFPA 5F14A 2D4JA 2RB2X 4EOFA 8LYZA 1L42A 1LGWA 5ILCA 1LYGA 2BLYA 2BQFA 2RAYX 1ZWNA 1P2LA 2CJLA 3HT8A 231LA 2F2QA 1LSZA 2YBMA 1L74A 2HULA 4ETEA 2N5ZA 2B70A 253LA 3W6FA 2D6BA 4E3UA 4HJZA 2O79A 4G4HA 172LA 3J4GA 242LA 2H5ZA 1WQPA 1LHLA 1C6TA 1BB4A 4WLXA 1B5WA 1L85A 1GB7A 3N9AA 1DYEA 1IP1A 1O23A 4B1AA 1LOZA 175LA 4DDBA 1JUGA 1RI8B 1WQQA 143LA 188LA 1IC5Y 4H9HA 5LAGA 1C62A 1B7LA 4LZMA 5KXNA 217LA 1LZ8A 3FADA 2CDSA 1GD6A 1I20A 1VDTA 1B7SA 4Z3MA 1JSEA 196LA 2YBHA 3D9AC 1HEMA 259LA 3CB7A 2BQNA 5LZMA 3ZEKA 4I0CA 2QB0B 1L76A 2H9JA 1WQOA 4N0JA 3A8ZA 3HUQA 1VDSA 1HFZA 1LSDA 1FLWA 1WTNA 1ZURA 1C69A 1LKRA 2Z2EA 1UACY 2BQEA 2X0AA 1TDYA 1L60A 1LYIA 1TAYA 1C68A 1E8LA 1JHLA 1QS5A 1G0GA 4I7RA 4W52A 1UIBA 4HJYA 1QT5A 250LA 1D0LA 3GUIA 4GN5C 2B6YA 2DQEY 4MR1A 1G0KA 5KXTA 4NG8A 4EKQA 4H90A 2LZTA 4S0WA 127LA 4Z41A 1ZV5L 2ZQ4A 3A34A 240LA 3SN6R 4TSBA 3T6UA 1IR8A 1GFAA 1ZYTA 3HBHA 2NTHA 4I7NA 1D3NA 1L07A 1L34A 239LA 1L01A 2FBBA 1JKAA 3B0KA 3WPLA 1L49A 4W55A 1EL1A 1L16A 5LA8A 1L44A 1KS3A 5ILFA 2Q9EA 1QDRA 2B5ZA 2YBIA 3DN0A 2OU9A 103LA 167LA 4BAFA 223LA 1LSPA 1HEQA 5APEA 1MLCE 1JJ0A 4OW1A 5HNLA 1LYSA 1JTNA 2RAZX 4ET9A 5B06A 2HEDA 4QGZA 1GF8A 1L79A 1CU2A 4PRUA 189LA 1JIYA 2MEDA 1CVKA 1UICA 1YANA 3WVXA 2Z6BA 3B6LA 4K5YA 3EXDA 1GFEA 5FHWA 1OV7A 1WTMA 1G7HC 4I7LA 211LA 3BKVA 3AYQA 3FI7A 3CQLA 2Z18A 3HDFA 4NGJA 2B74A 3TXHA 1LSCA 1I1ZA 1C10A 1OUEA 1LW9A 3A6CY 1B7QA 4B4EA 5KKJA 3OJPA 1AKIA 3P4ZA 1EQ4A 1L0KA 3HUAA 4LFXA 4LYOA 4TTDA 1CKHA 3FE0A 1GF0A 2PC2A 2OU8A 3HH6A 4EJ4A 1KIQC 128LA 3C7YA 4IASA 1CKGA 1LHIA 2ZQ3A 1GFJA 1L52A 1IC7Y 3DN6A 1REXA 5LVKA 1P46A 238LA 1L54A 1P37A 3G3XA 1BVKC 1L20A 3KAMA 184LA 1LYZA 3CDVA 4DQJA 4WLYA 1C63A 3SB7A 7LZMA 3HH4A 3GUKA 5C6IA 1F6RA 1HF4A 4DD1A 5APFA 3CDTA 4EPFA 3WVYA 4GCFA 1UIAA 109LA 1L24A 4NHPA 1L05A 1QSWA 1CKCA 2ZNWY 4I7QA 154LA 3W6AA 1L82A 3HFMY 3WUAA 1IWUA 5JENB 1LJNA 246LA 3C81A 1CTWA 5I14A 174LA 2RBQA 5FSTA 1JJ3A 1C6EA 5M1YA 1WVVA 1OWYA 4W94A 1WTHA 1JTMA 3AB6A 1XGRC 4DQ5A 5L9JA 2XBRA 1QDTA 4NSHA 1L23A 4I7MA 4DD9A 2D4KA 5LYMA 3GULA 171LA 3DNAA 1GF7A 4N9RA 3WPKA 1LZ6A 1QT7A 4J1AA 4WM6A 2XTHA 3MGWA 2DQCY 5KXOA 1XGUC 1OUCA 1JTPL 4NHTA 2AUBA 1V7SA 1D2YA 2BQMA 4H9BA 1RFPA 1IWYA 1OUJA 2FBDA 3L64A 1L43A 233LA 4GCBA 1L45A 5C6LA 3SP3A 4ZPUA 5D5FA 1YAOA 1PQOA 1D3MA 4XJDA 1D0KA 3LZMA 1LSNA 3GUNA 3HT7A 1IOSA 4OWBA 1LJIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMO A;  4NGV A;  260L A;  4NWH A;  4LT1 A;  1IR9 A;  1KIP C;  120L A;  1CKF A;  1NWG A;  1LYJ A;  4NHS A;  2BQC A;  5KKI A;  1GDW A;  4H92 A;  5E4P A;  2HTX A;  2RBS A;  4LT3 A;  4BAP A;  1L72 A;  3C8Q A;  4DD3 A;  3DN4 A;  1FBI X;  1C6N A;  1C65 A;  3WU7 A;  3BKH A;  4UWV A;  5KXX A;  1FLY A;  1JKD A;  1T3P A;  1L53 A;  4HP0 A;  1VFB C;  4AQN A;  5IDD A;  178L A;  1GB8 A;  1REZ A;  4W58 A;  1VAT A;  1Z55 A;  185L A;  5T3F A;  1WVU A;  1G07 A;  3DN2 A;  1L19 A;  1G0Q A;  1B2K A;  1L63 A;  1LI3 A;  5FDJ A;  4N1E I;  2DQI Y;  1HEO A;  4H9C A;  1G0P A;  5DM9 A;  2Y8P A;  3ZVQ A;  1NDG C;  1OUD A;  218L A;  228L A;  4OWH A;  1IWZ A;  1IOQ A;  4CGE A;  3B72 A;  1GB0 A;  1HSX A;  1T97 A;  1L25 A;  1L33 A;  3PDS A;  5HNC A;  4ZIX A;  2A4T A;  1C6P A;  1P2C C;  5J7C A;  2HEA A;  1IWX A;  4NGZ A;  4RW2 A;  3IJV A;  1L46 A;  3DMX A;  2RBR A;  1CX7 A;  1P3N A;  1PQI A;  2B75 A;  1XEI A;  134L A;  1LZ1 A;  4G49 A;  137L A;  3CSQ A;  4HTQ A;  1AZF A;  1WQR A;  244L A;  2RH1 A;  3AZ5 A;  4I8S A;  1LGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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