1L45A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l45A00
3UONA 2OEAX 251LA 1T6HA 3DN6A 1L0JA 1L42A 1DYGA 1QUHA 1G0PA 1D3JA 1L27A 1LYEA 233LA 3C80A 2RH1A 3HTGA 1SWYA 1XJUA 1L66A 1XJTA 256LA 220LA 3QAKA 1D2WA 1L75A 170LA 1P2LA 3GUIA 1LYHA 2B6WA 241LA 182LA 4ARQA 4W58A 1L73A 226LA 1T8GA 237LA 243LA 2O79A 3GUKA 3SB6A 1QUGA 1L04A 4ARQB 1QTBA 3DKEX 1DYCA 1PQMA 221LA 1L77A 1L96A 2ANXA 197LA 1L86A 1LYGA 1ZWNA 219LA 1C68A 161LA 1L80A 156LA 1OWYA 1KW5A 2ANVA 1G0MA 1D3MA 223LA 3CDVA 1D2YA 2RBSA 259LA 1L40A 1L92A 1L31A 1L56A 1LYJA 1OVHA 3HH5A 150LA 1DYEA 4YX7C 1CU5A 1L32A 4W59A 4I7JA 1EPYA 2B6ZA 4EPFA 1I6SA 2OU9A 4EKQA 186LA 1C62A 1QT7A 2OU8A 3DN4A 3NY8A 4PJZA 4S0WA 7LZMA 1DYAA 175LA 4GRVA 144LA 1C6JA 1JTMA 1L93A 1QUDA 240LA 1P6YA 1ZYTA 1C6NA 2NTHA 2O7AA 1LYIA 2F47A 1C6HA 1L11A 1NHBA 3L64A 173LA 1CU0A 1L90A 3OE0A 1L02A 2B73A 1LI6A 1G07A 110LA 234LA 1G1VA 1SSWA 1L09A 1C64A 191LA 108LA 180LA 1C6LA 1L07A 122LA 1G0JA 1L41A 1CV6A 2RBQA 171LA 3C8RA 1L62A 1L79A 200LA 4EKRA 4LDOA 139LA 3DMVA 1L89A 1SSYA 138LA 260LA 1C67A 3CDQA 119LA 1P3NA 1L39A 231LA 1QT6A 1QTZA 3DNAA 143LA 2RBRA 3HTFA 1L81A 3V2WA 1L0KA 1L20A 1PQOA 1QT5A 201LA 1L38A 1L49A 210LA 192LA 1LLHA 1CUPA 1T97A 2RB2X 1SX7A 2RB0X 1OVJA 1QTDA 1ZURA 1QT8A 1P56A 185LA 258LA 3C7WA 3C82A 242LA 244LA 1L14A 1L12A 1L29A 2OE7X 248LA 3PBLA 4ARMA 1B6IA 3HT7A 1C66A 2QB0B 249LA 236LA 1XEPA 2B74A 2RBNA 232LA 147LA 157LA 149LA 214LA 4ARMB 181LA 1LI2A 103LA 1L37A 3CDRA 2HUKA 3GULA 1G06A 3G3WA 1L10A 2B70A 4W51A 3HU8A 2OTZX 1C69A 1CV1A 1L05A 1L91A 1L35A 225LA 1L48A 3FADA 3EMLA 1CVKA 1L01A 1KW7A 4EKPA 215LA 227LA 4W54A 1L28A 1C61A 1L63A 3HUQA 168LA 4ARLA 4ARPA 1D9WA 1CU6A 229LA 1L46A 3DMXA 3HH4A 4YXCA 137LA 1SWZA 2RB1X 1CU2A 3SN6R 217LA 111LA 4IAPA 3V2YA 4AQNA 1L72A 1C6CA 4I7SA 199LA 4LDLA 1L34A 1L16A 1L59A 1T8FA 2L78A 3DN2A 3G3XA 4I7OA 2IGCA 1G0KA 1L94A 4W53A 1CV0A 1G0LA 239LA 1P37A 3OE9A 1QTCA 4I7NA 131LA 4PK0A 2LZMA 1T8AA 1OV7A 1L03A 238LA 164LA 1L18A 1L65A 1QT4A 1L44A 1L21A 3HUKA 3NYAA 1L55A 1L25A 3HT6A 1QS9A 3HWLA 3DN8A 1C6BA 1C65A 262LA 3SB9A 3PDSA 254LA 4W57A 1CV3A 1QSBA 2RAYX 190LA 187LA 2B6XA 2B6TA 1QTHA 1L13A 3C81A 3DN0A 160LA 1G1WA 2RAZX 5I14A 1P36A 1C6GA 3C8SA 1C6QA 1L06A 3SB5A 128LA 1L08A 151LA 163LA 1CV4A 1G0QA 1LWGA 1L36A 4I7KA 4K5YA 1L51A 3VW7A 1L74A 198LA 177LA 4I7LA 2LC9A 3FI5A 1LYFA 4GBRB 148LE 1L17A 1QS5A 247LA 141LA 2O4WA 3F8VA 2B7XA 1LGXA 2OE4X 3GUMA 1PQJA 3RZEA 1C6KA 253LA 1L54A 184LA 123LA 1L58A 1L83A 2F2QA 1L50A 114LA 3HUAA 3SBAA 1LYDA 3SB7A 4I7PA 178LA 1L71A 1JQUA 3RUNA 2Q9DA 1CU3A 1KY1A 1LPYA 1KY0A 2OE9X 1C6PA 4EXMA 2A4TA 1L43A 4I7TA 2QARC 3GUPA 4LDEA 3HTDA 3ODUA 2HULA 3SB8A 1L98A 3HT9A 3OE6A 4EPIA 4ZPUA 1L99A 3OE8A 1LW9A 3K2RA 165LA 1L88A 1QSQA 1LGWA 1L85A 230LA 1DYDA 1L95A 205LA 3DN3A 1L53A 120LA 196LA 1P46A 115LA 1JTNA 218LA 4I7QA 176LA 1C6EA 1C6FA 3HTBA 3D4SA 1WTHA 1L64A 127LA 4W52A 158LA 2CUUA 1L84A 1L87A 3FA0A 167LA 3C7YA 3GUOA 183LA 255LA 195LA 222LA 1CUQA 1L69A 3HDEA 174LA 1C60A 3NY9A 2B75A 3LZMA 4LZMA 4ARJA 104LA 1P2RA 228LA 142LA 2F32A 3HDFA 4DKLA 1TLAA 4YXAC 1QTVA 1DYBA 250LA 1L15A 224LA 140LA 1OWZA 6LZMA 3C7ZA 2OTYX 1G0GA 188LA 1K28A 206LA 1C6DA 1PQIA 1L97A 257LA 1LGUA 1PQDA 166LA 211LA 3JR6A 3DN1A 1L30A 1CX7A 1LI3A 1P5CA 3GUNA 102LA 130LA 1SX2A 2HUMA 1OVKA 3GUJA 1OYUA 4OO9A 1L26A 118LA 3HU9A 4I7RA 1C6TA 1KNIA 1L61A 1CTWA 1P7SA 1C6IA 1QT3A 209LA 1P64A 1PQKA 1L23A 125LA 1L57A 1L22A 3DMZA 3SBBC 4EKSA 3CDTA 2OU0X 2NTGA 172LA 4EJ4A 1QUOA 1C6AA 4W56A 1DYFA 1L70A 246LA 4E97A 113LA 1L67A 3HT8A 145LA 2Z6BA 159LA 252LA 1L52A 212LA 4W55A 261LA 1KS3A 1L33A 2B6YA 1L76A 2LCBA 2RBPA 1D3FA 2Q9EA 169LA 3C8QA 1L24A 1L68A 1L00A 3F9LA 4DJHA 3G3VA 2RBOA 1CV5A 146LA 4I7MA 126LA 152LA 155LA 1C6MA 245LA 109LA 1CX6A 3CDOA 1OV5A 3HH3A 2B72A 1L47A 1C63A 1L45A 1L60A 112LA 216LA 189LA 3C83A 213LA 235LA 1L19A 1D3NA 1LWKA 162LA 3L2XA 5LZMA 129LA 4DAJA 1L82A 107LA 3HH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OEAX 4NGVA 251LA 1T6HA 4H9AA 4NG1A 1QUHA 4NFVA 233LA 1RI8B 4N5RA 1XJTA 4FDYA 1LKSA 220LA 5APEA 1YROA 1L75A 170LA 1P2LA 182LA 1RE2A 4W58A 2BQOA 3EMSA 243LA 4MCKA 1UICA 4QY9A 2O79A 3EXDA 4W94A 4ARQB 5F14A 4MR1A 1DPXA 1L96A 2MEBA 2Z2EA 4GLAA 3A90A 161LA 1WQOA 1L80A 4H8ZA 156LA 3TXEA 1BQLY 4ZEEA 5KXPA 3TXHA 1D3MA 1L40A 1VDSA 1HFZA 1OVHA 3HH5A 1CU5A 4W59A 3TMXA 1GB5A 1I6SA 2OU9A 4EKQA 1C62A 2H5ZA 3EBAB 4TSCA 2OU8A 3NY8A 4PJ2C 4PJZA 3TXJA 2Q0MX 3LYZA 1LZ9A 9LYZA 1GXXA 3CSZA 2BQLA 144LA 5HLLA 1L93A 240LA 4XJGA 1ZYTA 1C6NA 3WPKA 4Z3MA 1L11A 5KJ9A 6LYTA 1ZVYB 173LA 1KXWA 2B73A 110LA 3IJUA 234LA 1L09A 4OOTA 1HMKA 180LA 3K3TA 1JTTL 1IWYA 5E9RA 1C6LA 4O34A 1L41A 1CV6A 3TXIA 171LA 4HTNA 3C8RA 4WG1A 2BQHA 1GFUA 1L89A 3W6CA 260LA 2HU3A 1C67A 119LA 1VATA 231LA 1QTZA 2HEFA 3DNAA 1XGPC 4DYGA 5KXTA 4CFOA 5KKIA 3P64A 4DQ7A 1L20A 1YKZX 1SQ2L 4XJFA 1L38A 4H9BA 192LA 1NHEA 2DQIY 1C7PA 2CDSA 1JTPL 5APFA 1P56A 3C82A 1YL1X 2CWIA 4D9ZA 248LA 2D4KA 3PBLA 4N1EI 2B74A 4WL7A 147LA 157LA 1OP9B 214LA 3TXDA 1LI2A 1L37A 2DQCY 2Z37A 4IATA 5DM9A 5LVKA 4W51A 1H87A 1VAUA 225LA 1GDXA 4I8SA 2Z18A 4EKPA 4HPIA 3WL2A 1GWDA 4LYTA 1L63A 2YVBA 4ARPA 1D9UA 3HH4A 3TXFA 4YXCA 4H92A 1UACY 3AB6A 137LA 3HFMY 1GF4A 217LA 3FI7A 1HENA 1LZBA 3AZ7A 5LVGA 1TCYA 4J1BA 199LA 1WTNA 1T8FA 3G3XA 4I7OA 2GV0A 4WO6A 4RLMA 1AT6A 1FLWA 1L94A 1G0LA 1P37A 4PK0A 2LZMA 1T8AA 238LA 1T3PA 1QT4A 1L44A 2FYCA 7LYZA 1QS9A 4A7DA 1C6BA 1B7QA 1GB6A 4W57A 3QY4A 1LJKA 1FN5A 4XJDA 1LHIA 1QTHA 5D5FA 2N5ZA 3B6LA 4DD9A 4GN5C 3SB5A 3WU9A 163LA 4GCEA 2MEHA 1XGUC 3HBEX 4K5YA 1LCNA 3VW7A 1L74A 4TUNA 1UIFA 4MSTA 4H8XA 2O4WA 1LGXA 1FLQA 3GUMA 1LHJA 3AW7A 2VB1A 3WUNA 1L83A 4ETDA 4LYZA 3LYOA 3HUAA 3SB7A 4I7PA 1LMNA 1JQUA 2A4TA 1LYOA 4UWNA 5HMVA 1GAYA 3A94A 3WPLA 4WM5A 3HTDA 4H9EA 4Z41A 1EQ4A 3A95A 4LT1A 3M18B 3OE8A 4WM3A 165LA 1L88A 2PC2A 1QSQA 1LGWA 1V7TA 230LA 1DYDA 1LSCA 1FDLY 205LA 1UBZA 1CJ9A 115LA 1I20A 176LA 4NGLA 1C43A 4NHQA 4J1AA 3EO5A 2LHMA 1L87A 5B1GA 183LA 1IY3A 1C60A 2B75A 2ZNXY 1HEOA 3LZMA 4LZMA 2F32A 3HDFA 5DN5A 1TLAA 4YXAC 1LZEA 4HP0A 1QTVA 1DYBA 250LA 2DKVA 1B5VA 188LA 1AT5A 3B72A 5KXYA 4BADA 257LA 1LGUA 3CT0A 1LZ8A 166LA 1QTKA 211LA 2NWDX 3A91A 3M3UA 1LSMA 3TXBA 1BB3A 1UIBA 5IHGA 3KAMA 2BQBA 4ET8A 1KIRC 1JHLA 1QT3A 209LA 125LA 4EKSA 2XQOA 2XTHA 1C6AA 1NMMA 4G49A 145LA 1D6QA 1RJCB 4HJZA 3SP3A 4H9FA 159LA 3ULRA 4WM1A 1OUFA 1LSFA 1L33A 1REXA 2A7DA 1L76A 1BB6A 194LA 2A7FA 1L68A 5LYMA 1OUJA 1IWUA 3G3AB 126LA 152LA 1TAYA 3J4GA 4H9IA 5E4PA 112LA 216LA 2MEDA 2W1XA 5D5CA 235LA 162LA 129LA 3FADA 4X3BA 3DN6A 2D91A 1L42A 1DYGA 4ZIXA 3AGHA 1LYEA 2RH1A 3HTGA 5M1YA 1GFAA 3TXGA 1XJUA 256LA 1D2WA 3GUIA 3CSRA 2B6WA 241LA 4ARQA 4XN6A 1LHHA 2ZWBA 1QTBA 1DYCA 1KIPC 1PQMA 1LPIA 5KXZA 197LA 3LYMA 1LYGA 1DI4A 2HEBA 1IWTA 1IOQA 1JKAA 1G0MA 3CDVA 5F9UA 259LA 1L92A 1F6RA 4N8ZA 4GCDA 5B1FA 1IWVA 150LA 1L32A 4YENA 186LA 4LYBA 5KXSA 2Z12A 1C46A 4DQJA 1XFPL 4S0WA 1IOSA 2Z39A 1NBYC 175LA 1JTMA 1JUGA 1QUDA 2X0AA 4XYYA 3TMWA 3WPJA 4LT0A 1LJEA 4UWUA 1ALCA 1C6HA 1UA6Y 208LA 1YAOA 4RW2A 4XJBA 2ZIJA 3L64A 4B49A 1GXV2 4NSJA 1L90A 1CU0A 4OWCA 5I4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OEA X;  4NGV A;  251L A;  1T6H A;  4H9A A;  4NG1 A;  1QUH A;  4NFV A;  233L A;  1RI8 B;  4N5R A;  1XJT A;  4FDY A;  1LKS A;  220L A;  5APE A;  1YRO A;  1L75 A;  170L A;  1P2L A;  182L A;  1RE2 A;  4W58 A;  2BQO A;  3EMS A;  243L A;  4MCK A;  1UIC A;  4QY9 A;  2O79 A;  3EXD A;  4W94 A;  4ARQ B;  5F14 A;  4MR1 A;  1DPX A;  1L96 A;  2MEB A;  2Z2E A;  4GLA A;  3A90 A;  161L A;  1WQO A;  1L80 A;  4H8Z A;  156L A;  3TXE A;  1BQL Y;  4ZEE A;  5KXP A;  3TXH A;  1D3M A;  1L40 A;  1VDS A;  1HFZ A;  1OVH A;  3HH5 A;  1CU5 A;  4W59 A;  3TMX A;  1GB5 A;  1I6S A;  2OU9 A;  4EKQ A;  1C62 A;  2H5Z A;  3EBA B;  4TSC A;  2OU8 A;  3NY8 A;  4PJ2 C;  4PJZ A;  3TXJ A;  2Q0M X;  3LYZ A;  1LZ9 A;  9LYZ A;  1GXX A;  3CSZ A;  2BQL A;  144L A;  5HLL A;  1L93 A;  240L A;  4XJG A;  1ZYT A;  1C6N A;  3WPK A;  4Z3M A;  1L11 A;  5KJ9 A;  6LYT A;  1ZVY B;  173L A;  1KXW A;  2B73 A;  110L A;  3IJU A;  234L A;  1L09 A;  4OOT A;  1HMK A;  180L A;  3K3T A;  1JTT L;  1IWY A;  5E9R A;  1C6L A;  4O34 A;  1L41 A;  1CV6 A;  3TXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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