1L47A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFETGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l47A00
3PBLA 165LA 201LA 1L28A 3DMVA 1QS5A 4I7LA 1L68A 148LE 1L31A 1DYFA 1OVHA 3NYAA 1SX2A 1L06A 2B6ZA 4PK0A 237LA 1L57A 146LA 1L75A 1P2LA 243LA 113LA 2OU0X 2F47A 2RBSA 169LA 189LA 3QAKA 3C8SA 185LA 1C6DA 3GUPA 1P64A 140LA 4GBRB 1KY1A 3CDTA 175LA 1ZWNA 3GUNA 1T6HA 180LA 3HWLA 210LA 3HU8A 3LZMA 4AQNA 3HTDA 3JR6A 1LYJA 249LA 3FADA 1L05A 1CV5A 1LYDA 226LA 3EMLA 2OTYX 3OE9A 159LA 3G3WA 1C62A 1P37A 235LA 1L84A 2B6XA 1DYCA 2QARC 1QT3A 1G06A 2Q9EA 1L24A 3HH4A 137LA 2OE7X 191LA 1L25A 5LZMA 1L96A 256LA 1L59A 1L17A 1C6IA 172LA 1L50A 1L70A 231LA 1QS9A 110LA 1QT8A 2OEAX 1C63A 225LA 7LZMA 1QT5A 4W54A 1CU3A 2NTHA 1L76A 108LA 1L35A 196LA 166LA 1LI6A 3HUAA 1L43A 3HH6A 198LA 4EXMA 1LYIA 1P6YA 3C80A 4W57A 3V2WA 1C6CA 162LA 1SSYA 1L45A 1LYEA 1C60A 126LA 254LA 1C64A 1G0PA 127LA 213LA 1L82A 1L81A 260LA 3HT9A 1KNIA 3NY9A 3L2XA 4ARQB 1L86A 1L22A 3HTGA 4W56A 2HULA 3K2RA 1PQDA 147LA 104LA 1PQJA 4ARLA 3DN4A 1C69A 3PDSA 1L16A 102LA 1L64A 1K28A 229LA 1C6JA 1G07A 3HTBA 1L94A 1T8AA 1G0QA 3L64A 1L02A 1L41A 4EPFA 1G0JA 1T97A 1L73A 3DN1A 262LA 1QTCA 1L60A 1C6AA 1JTNA 2OU9A 3SB5A 1QUHA 4YX7C 1C6KA 240LA 1L71A 1T8FA 2L78A 2B72A 1DYDA 2HUKA 131LA 1CUPA 1L00A 2HUMA 141LA 1L49A 143LA 1QT6A 2OE9X 1D3NA 4W53A 1CU2A 1C6LA 1KS3A 2RB2X 150LA 171LA 1LGUA 1WTHA 1JQUA 1PQIA 214LA 245LA 1L55A 1L40A 221LA 222LA 3SB6A 212LA 192LA 4W58A 1L95A 1C6GA 1L04A 139LA 4W51A 1L36A 1L18A 1G0KA 176LA 1C66A 1OV5A 2LCBA 1CV3A 3DN3A 1KW7A 4EKQA 1QTHA 111LA 163LA 258LA 3DKEX 3HUKA 1L38A 3ODUA 195LA 155LA 1I6SA 1OWZA 1QSBA 2A4TA 1C65A 1L79A 1DYGA 1LYGA 3HDEA 187LA 119LA 1L07A 1L33A 3C8QA 2B70A 4LZMA 158LA 4ARPA 4E97A 1L89A 112LA 1L52A 120LA 1L48A 1CU0A 1L77A 5I14A 1C6PA 4DAJA 1DYAA 1L47A 3CDOA 4OO9A 2B6YA 2Z6BA 1D3JA 1P56A 1L39A 1L30A 220LA 206LA 244LA 4DKLA 1C6EA 4LDLA 2OU8A 3GUMA 255LA 188LA 1ZURA 4I7OA 177LA 3DMXA 1CX7A 4I7SA 1CV6A 205LA 1SSWA 4PJZA 1C6BA 4I7JA 1L0KA 2IGCA 2CUUA 1L14A 227LA 3D4SA 2RAZX 2RB0X 1L67A 250LA 1P36A 1QTBA 4S0WA 1C61A 219LA 3HDFA 4ZPUA 1G1WA 252LA 125LA 142LA 1OYUA 1D9WA 1P7SA 1LW9A 1L03A 1KW5A 1JTMA 1QTZA 3G3XA 3NY8A 4YXCA 1L01A 3HU9A 1L58A 168LA 3HT7A 4I7KA 199LA 1P46A 183LA 1NHBA 1L15A 2ANVA 2B6TA 3RUNA 3DMZA 4ARMA 1CUQA 1G0GA 241LA 1L61A 2O4WA 1L23A 1XJUA 1D3MA 1L27A 164LA 2Q9DA 1SX7A 1G0MA 4I7QA 1L34A 4I7RA 1C6TA 3C7YA 157LA 223LA 1G1VA 1D2YA 1CTWA 1L21A 107LA 1L93A 3HH5A 4EJ4A 1L88A 261LA 161LA 1L99A 3SBAA 1L74A 1LYHA 1L85A 130LA 109LA 2B74A 1L56A 3HT6A 1L69A 1LYFA 103LA 2RH1A 1TLAA 1B6IA 4LDOA 1CX6A 1QTDA 3OE8A 3OE0A 2B73A 1C67A 170LA 2LZMA 1L87A 6LZMA 248LA 1QT7A 2F2QA 3HTFA 1LWGA 1KY0A 3DN0A 1PQMA 3HT8A 1QSQA 1CV0A 3G3VA 3CDVA 2RBOA 1P5CA 230LA 2RBQA 4DJHA 236LA 4I7PA 1OWYA 1ZYTA 4I7NA 129LA 178LA 4I7TA 1L80A 1L62A 3DN2A 1PQKA 1L46A 1L09A 1L19A 128LA 4EKPA 184LA 4K5YA 1LLHA 2RB1X 114LA 233LA 1DYEA 2ANXA 3C7ZA 239LA 1L83A 1OV7A 3FA0A 173LA 4IAPA 181LA 3C7WA 1L37A 151LA 1LGWA 2B7XA 3C82A 1DYBA 4W59A 3RZEA 1QUDA 4YXAC 3CDQA 1EPYA 3SB7A 1L29A 216LA 1D2WA 211LA 1QUOA 232LA 4ARQA 167LA 1CU6A 251LA 3GULA 1L54A 3SBBC 1QT4A 3V2YA 1L92A 1L20A 1C6QA 122LA 246LA 3GUOA 4GRVA 4I7MA 209LA 1CV1A 1L98A 2O7AA 4LDEA 1G0LA 1OVJA 4EKRA 247LA 228LA 1PQOA 2RBPA 2OTZX 2B75A 1SWYA 253LA 138LA 4W52A 3C8RA 145LA 1L51A 242LA 2LC9A 2B6WA 1P2RA 257LA 1C6FA 3HUQA 2O79A 4ARJA 3GUIA 1QUGA 174LA 3GUJA 1L08A 1L11A 197LA 1P3NA 4EKSA 1L97A 1LPYA 1T8GA 1LI2A 149LA 156LA 2F32A 3DN6A 123LA 1CU5A 1D3FA 3SB9A 3C83A 218LA 3DNAA 1L65A 3C81A 3F9LA 238LA 1LWKA 1L10A 224LA 160LA 1L32A 200LA 1LI3A 2RAYX 1L66A 1L0JA 3GUKA 259LA 1C68A 1L53A 3CDRA 1XJTA 1QTVA 215LA 2RBNA 3HH3A 3SB8A 152LA 2QB0B 144LA 1L13A 2OE4X 217LA 1L12A 1SWZA 4W55A 1L42A 115LA 4EPIA 1LGXA 1L63A 3SN6R 1CVKA 2RBRA 3UONA 3F8VA 3VW7A 1L91A 1OVKA 2NTGA 3FI5A 1C6NA 1CV4A 190LA 186LA 3OE6A 1XEPA 1L72A 118LA 182LA 3DN8A 4ARMB 234LA 1L26A 1C6HA 1C6MA 1L44A 1L90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QEQA 1NMMA 201LA 4H8YA 2HEFA 5LVIA 2I6ZA 5KXYA 4MCKA 1OVHA 1L06A 2B6ZA 2AUBA 1L57A 146LA 3TMVA 1L75A 1C46A 4WM1A 1FLQA 1LMAA 2F47A 169LA 4H9EA 1LMTA 3EMSA 3P66A 1KY1A 4PJ2C 2H9KA 1REYA 3TXHA 1HMKA 1IOSA 3HU8A 4CHXA 3LZMA 1IOQA 1LZ1A 1DKKA 4AQNA 3HTDA 2I26L 4NSIA 3FADA 1GFEA 1LYDA 5KKIA 1C62A 1I20A 2LYMA 8LYZA 5HLLA 1GB9A 1G06A 2CGIA 5D5CA 172LA 2W1YA 4QGZA 231LA 1QS9A 1QT8A 3F6ZA 1C63A 1LPIA 225LA 4Z3MA 1LZCA 2NTHA 1DI5A 1YILA 3CT0A 1L43A 1YAMA 3AGHA 1GAYA 1GF0A 1CJ6A 4XJBA 1SSYA 4WG7A 2LZ2A 4W94A 1NDGC 213LA 1RI8B 1L81A 1JPOA 260LA 1CJ9A 3L2XA 4ARQB 5APCA 1LCNA 2ZQ4A 2EQLA 3HTGA 5FCPA 1PQDA 1PQJA 1XGTC 2DKVA 229LA 1G07A 1LHMA 3WVYA 3P4ZA 3CQLA 5LIOA 1G0JA 1T97A 1GE4A 1GXV2 3DN1A 1YIKA 1L60A 1JTNA 1T3PA 1QIOA 1W08A 1JKBA 4M4OA 1SQ2L 131LA 1CUPA 1L00A 2BLYA 2PC2A 4HV2A 4WLTA 1HEQA 2XJWA 4KT3A 1CJ8A 3RNXA 1LZSA 1UIHA 1VDPA 1WTNA 1RJCB 4C5FA 1B7PA 1C6LA 2N5ZA 2RB2X 1LGUA 1LSMA 5FELA 1B7MA 1LMNA 1HHLA 1L40A 221LA 4DD7A 222LA 132LA 1Z55A 212LA 2D6BA 1LHHA 1JSEA 1L04A 1YL1X 6LYZA 2G4PA 3RZ4A 1CKCA 1OV5A 2LCBA 3DN3A 1KW7A 111LA 4H9CA 3HUKA 3ODUA 1QSBA 1B5WA 1DYGA 3P65A 1GWDA 4LT3A 3CSQA 4LZMA 1BB4A 2X0AA 1G7JC 1QTKA 3ATNA 120LA 1L48A 5I14A 1D9UA 2EPEA 3T6UA 1IO5A 1DYAA 4YM8A 1F0WA 3CDOA 1D0LA 1AKIA 4A7DA 1P56A 1SLYA 2OU8A 3LYOA 3GUMA 4I7SA 4W96A 1CV6A 3WW6A 1SSWA 4PJZA 1C6BA 1L0KA 5K7OA 2IGCA 5B07A 2CUUA 1HERA 250LA 5KXKA 5F9XA 3HDFA 252LA 125LA 1GDXA 142LA 1LW9A 1GFHA 1WQRA 4RDSA 1IEEA 1TEWA 4HJZA 1B7QA 1L15A 1LMCA 1JKCA 2CJLA 1TDYA 3RUNA 1GFJA 4YOPA 2O4WA 1GXXA 5DN5A 1L27A 3ULRA 4WM3A 4XJHA 1SX7A 1YAQA 4I7RA 1D2YA 3HBHA 3HH5A 1L88A 261LA 5AMYA 161LA 1L74A 1L85A 109LA 135LA 1LHLA 1LYFA 1KXXA 1ZV5L 4LT1A 4DT3A 1B6IA 3P68A 1CX6A 1QTDA 1C67A 1LMQA 4II8A 4NGJA 1J1PY 1RCMA 5LINA 1KY0A 3J4GA 2LYZA 4HSFA 4AXTA 208LA 5I4XA 230LA 4DJHA 236LA 4G4BA 129LA 1GB6A 2FYDA 1LZAA 1LSNA 1B2KA 3DN2A 1LKSA 1JKAA 1L46A 5F14A 1UIDA 4EKPA 4N1CC 3E3DA 3A3RX 3EBAB 3WU9A 2YBMA 1D0MA 2ANXA 5B06A 1OV7A 173LA 181LA 3C7WA 1GAZA 151LA 3W6DA 3SB7A 2HU1A 2Z37A 1D2WA 1QTEA 232LA 167LA 251LA 3WULA 5FDJA 4ETCA 4DQJA 1L20A 246LA 1HFYA 3GUOA 4OWEA 3RW8A 4I7MA 4LDEA 4CGEA 2F4AA 4LYOA 4GLAA 247LA 228LA 1PQOA 2RBPA 2OTZX 1SWYA 253LA 1BGIA 1UBZA 145LA 1TBYA 1FN5A 1QUGA 2BQMA 3GUJA 4G4CA 1GF5A 1LPYA 1YKYX 2BQLA 149LA 1LZ5A 3AZ7A 4YEOA 4WO9A 1OP9B 218LA 3DNAA 4LYMA 4H8ZA 2Q0MX 4XJDA 2CWIA 1XGRC 1LI3A 2RAYX 3A6BY 5KXWA 1GB5A 1QTVA 2RBNA 3HH3A 2QB0B 3M3UA 2OE4X 3AW6A 3D3DA 1SWZA 4W55A 1GPQC 4HJYA 4EPIA 4I0CA 1LJHA 1JHLA 1C6NA 4I8SA 5C6JA 3OE6A 1XEPA 1HC0A 118LA 1G7HC 1GE1A 4XENA 3W6AA 234LA 5F81A 3WPLA 3A94A 1GE0A 1L44A 1L90A 3WL2A 5KXZA 1L28A 2BQEA 3DMVA 4D9ZA 1UUZC 1AZFA 2IFFY 5I5QA 1L68A 148LE 1DYFA 4NWHA 1SX2A 4PGJB 1OUGA 113LA 1IP5A 1VFBC 2F2NA 1DI4A 1LZRA 185LA 4NGVA 1LZ6A 2H5ZA 5LAFA 4GBRB 3GUNA 4WLDA 1T6HA 3M18B 3TXDA 1IP6A 3WW5A 4OWCA 4NHSA 2ZNXY 249LA 4G49A 1A4VA 1CV5A 159LA 1IY4A 1P37A 1QSWA 4PRQA 1L84A 2QARC 3A91A 1QT3A 4GCFA 3HH4A 1L24A 1IP3A 137LA 191LA 1L25A 4QY9A 1XGUC 153LA 1L50A 2BQNA 3TMXA 2HEEA 1PZYA 4TUNA 5HMJA 1KIRC 1P2CC 4DD0A 1CU3A 1GB0A 108LA 1L35A 4P2EA 1DPWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QEQ A;  1NMM A;  201L A;  4H8Y A;  2HEF A;  5LVI A;  2I6Z A;  5KXY A;  4MCK A;  1OVH A;  1L06 A;  2B6Z A;  2AUB A;  1L57 A;  146L A;  3TMV A;  1L75 A;  1C46 A;  4WM1 A;  1FLQ A;  1LMA A;  2F47 A;  169L A;  4H9E A;  1LMT A;  3EMS A;  3P66 A;  1KY1 A;  4PJ2 C;  2H9K A;  1REY A;  3TXH A;  1HMK A;  1IOS A;  3HU8 A;  4CHX A;  3LZM A;  1IOQ A;  1LZ1 A;  1DKK A;  4AQN A;  3HTD A;  2I26 L;  4NSI A;  3FAD A;  1GFE A;  1LYD A;  5KKI A;  1C62 A;  1I20 A;  2LYM A;  8LYZ A;  5HLL A;  1GB9 A;  1G06 A;  2CGI A;  5D5C A;  172L A;  2W1Y A;  4QGZ A;  231L A;  1QS9 A;  1QT8 A;  3F6Z A;  1C63 A;  1LPI A;  225L A;  4Z3M A;  1LZC A;  2NTH A;  1DI5 A;  1YIL A;  3CT0 A;  1L43 A;  1YAM A;  3AGH A;  1GAY A;  1GF0 A;  1CJ6 A;  4XJB A;  1SSY A;  4WG7 A;  2LZ2 A;  4W94 A;  1NDG C;  213L A;  1RI8 B;  1L81 A;  1JPO A;  260L A;  1CJ9 A;  3L2X A;  4ARQ B;  5APC A;  1LCN A;  2ZQ4 A;  2EQL A;  3HTG A;  5FCP A;  1PQD A;  1PQJ A;  1XGT C;  2DKV A;  229L A;  1G07 A;  1LHM A;  3WVY A;  3P4Z A;  3CQL A;  5LIO A;  1G0J A;  1T97 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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