1L47A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFETGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l47A00
5LZMA 1L36A 221LA 2RAYX 1P2RA 3HT9A 1DYGA 1P46A 2RH1A 1C6PA 1SSYA 1L62A 245LA 1L28A 2RBNA 241LA 3HTGA 4DKLA 114LA 2HULA 2Z6BA 1L34A 165LA 1EPYA 4DJHA 1D3JA 3CDOA 1C6QA 1L58A 1QT4A 3SB6A 186LA 147LA 1KW7A 4ARMB 2HUKA 3DN3A 3DN4A 228LA 158LA 1C6HA 1L37A 3F8VA 1QSBA 104LA 1LYJA 1L72A 1QTZA 5I14A 163LA 1P37A 215LA 4I7NA 1L09A 112LA 4W52A 1P56A 4EPIA 1P36A 183LA 3C81A 2OE7X 1PQKA 1L73A 1QS9A 4ARPA 1KY1A 3GUJA 1G1WA 1P5CA 2QARC 1QUDA 1L12A 4ARMA 162LA 1L56A 2LC9A 3OE8A 1CV5A 229LA 197LA 1C6IA 1C66A 1L67A 2B75A 1L31A 256LA 1LI3A 1L96A 242LA 1L84A 1L85A 239LA 1C67A 3DMZA 2OE9X 216LA 3PBLA 108LA 1C6EA 249LA 3HH4A 247LA 261LA 3SB7A 1QSQA 4W51A 1QT6A 195LA 210LA 1G0PA 3DNAA 1DYEA 2NTHA 219LA 218LA 1L50A 1L66A 190LA 3FADA 1L45A 1T97A 225LA 4ARJA 3GUIA 173LA 1L23A 1L79A 1L87A 156LA 2B73A 184LA 1G0KA 111LA 4PJZA 2B6YA 213LA 3V2YA 1B6IA 1L18A 238LA 4GBRB 230LA 4EKQA 1LYHA 4I7RA 1KS3A 3C7ZA 1L54A 200LA 1L25A 1T8GA 1L47A 142LA 3HT8A 4I7TA 2RBSA 1L02A 1L21A 1QTHA 3C8RA 3HTBA 2OE4X 126LA 1L75A 1L71A 196LA 1L38A 1LLHA 3CDRA 1C6AA 1LYDA 3C8QA 1CV0A 128LA 1PQJA 3FI5A 175LA 1C6GA 1OWYA 1D3FA 2B72A 3C7WA 127LA 1LGXA 1L43A 2ANXA 1CV1A 1SWZA 1G07A 3DN0A 3HH5A 1NHBA 1LW9A 257LA 4K5YA 1L99A 1CV6A 1L51A 2B74A 4LZMA 1L08A 227LA 1L42A 1L60A 214LA 4YXCA 1L93A 1LYGA 1CVKA 1L32A 1CUQA 146LA 3GULA 3OE9A 1L83A 170LA 1L92A 1OVJA 1LYFA 226LA 2RAZX 2F2QA 3HTDA 1QUOA 1G1VA 1C6LA 1L95A 2LZMA 3G3WA 2O4WA 1L29A 1WTHA 4YX7C 223LA 4LDOA 3DN2A 2QB0B 2OEAX 4I7JA 2A4TA 2B70A 258LA 3GUPA 237LA 3C8SA 157LA 3C82A 155LA 4LDEA 182LA 3D4SA 191LA 3HUAA 4PK0A 2F32A 1CV3A 243LA 2RB0X 3FA0A 1C61A 3OE0A 3SB5A 1L01A 1C6BA 1L05A 3G3VA 3GUNA 3CDVA 1P3NA 2OU0X 4S0WA 3QAKA 1L49A 252LA 251LA 3SB8A 3NY9A 1C63A 1OVHA 1L81A 1KY0A 1XEPA 2RBPA 174LA 3CDQA 3HUQA 1QUGA 192LA 1L35A 2B6ZA 1DYFA 3HDEA 1C6CA 4I7LA 222LA 3HUKA 168LA 3V2WA 1DYCA 4W59A 3GUOA 3NY8A 164LA 4W54A 3HT7A 1QTBA 2RB1X 2NTGA 246LA 1L22A 3SN6R 1QT3A 4W55A 3SBAA 3LZMA 3DMXA 1C62A 1JTNA 4YXAC 1P6YA 234LA 1ZWNA 250LA 2Q9DA 4GRVA 1D3NA 6LZMA 119LA 107LA 166LA 3HH6A 187LA 2RB2X 220LA 1C60A 137LA 199LA 129LA 1L48A 152LA 185LA 140LA 248LA 3VW7A 1L52A 1CU0A 1L06A 110LA 1LGWA 2Q9EA 1TLAA 3HU8A 3SBBC 122LA 212LA 2B6XA 1L26A 1K28A 4EJ4A 118LA 1XJUA 1C6KA 2ANVA 3GUKA 4ARQA 3K2RA 4I7OA 143LA 188LA 1L15A 1L13A 1L86A 1LYEA 2O7AA 4I7SA 3DN6A 1QT5A 2O79A 149LA 231LA 2CUUA 113LA 1P7SA 1L89A 3DKEX 1G0JA 2B6TA 1L65A 206LA 1C6MA 1JQUA 4OO9A 7LZMA 259LA 125LA 1L17A 235LA 3EMLA 1OVKA 3L64A 1L77A 4E97A 3DN1A 4ZPUA 1L90A 217LA 1G06A 138LA 1L68A 4ARLA 4IAPA 150LA 1L64A 1LGUA 2OTYX 4W57A 1L88A 1D2WA 2RBRA 181LA 1L70A 2HUMA 1QTDA 1L94A 1ZYTA 1I6SA 3DN8A 224LA 2LCBA 1G0LA 1L80A 1T8FA 1L61A 1KW5A 3SB9A 1L27A 1L46A 1QTVA 172LA 3C80A 1LI6A 1QT8A 2IGCA 4W58A 178LA 3C7YA 1CX6A 2OU9A 1L44A 4LDLA 3JR6A 1L14A 1L63A 1L59A 1L57A 1CU3A 240LA 4EXMA 1CTWA 1G0GA 1L0KA 2RBOA 1L24A 1CUPA 1P2LA 1L07A 1CV4A 1C65A 1SX2A 171LA 1CU2A 254LA 131LA 3RZEA 4DAJA 4I7PA 1PQDA 148LE 2B7XA 1DYAA 3DMVA 3RUNA 1L10A 1D2YA 1L40A 3HTFA 1QTCA 103LA 130LA 3ODUA 3HDFA 1L69A 2OTZX 3L2XA 1C68A 4EKSA 1L20A 4AQNA 4I7MA 260LA 1DYBA 1PQIA 1L19A 180LA 2B6WA 244LA 198LA 1XJTA 3HT6A 205LA 1L76A 1L53A 209LA 1T6HA 1G0MA 1D3MA 1L39A 1C6TA 1OV7A 1L11A 123LA 4W53A 2L78A 167LA 232LA 120LA 1OWZA 145LA 3C83A 1LYIA 1CX7A 1CU5A 1LWGA 233LA 1LWKA 1L41A 4ARQB 3UONA 2RBQA 1G0QA 1PQOA 176LA 1C64A 1QUHA 3PDSA 4EPFA 1L30A 169LA 1L16A 1JTMA 159LA 177LA 2OU8A 236LA 115LA 3CDTA 1KNIA 253LA 1C6NA 1L00A 1QS5A 1L91A 1LPYA 102LA 160LA 1L74A 1L98A 144LA 1L97A 4EKRA 1C6JA 1L33A 1OYUA 4I7QA 1L0JA 1C6DA 109LA 1CU6A 1PQMA 211LA 1DYDA 1L55A 1C6FA 3HU9A 1QT7A 1L03A 262LA 3G3XA 3F9LA 189LA 4W56A 2F47A 3HWLA 1D9WA 1T8AA 3HH3A 1SSWA 1P64A 4I7KA 1LI2A 151LA 141LA 1L04A 1C69A 1SWYA 3GUMA 1L82A 3OE6A 255LA 1ZURA 4EKPA 3NYAA 161LA 139LA 201LA 1OV5A 1SX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LZMA 3WVXA 4TWSA 4MR1A 3T36A 1IP6A 1SSYA 1L62A 1LZEA 1IX0A 4DKLA 2VB1A 114LA 2I25L 2FBDA 1LZTA 5KXSA 1UUZC 2D4IA 4OWEA 1C6QA 1L58A 5FHWA 1QT4A 1RJCB 186LA 3N9CA 1GFTA 3DN4A 228LA 1C6HA 4LT1A 3TXBA 1L72A 1GD6A 3T6UA 5I14A 1GE0A 5APDA 4EPIA 1NWGA 1GFHA 1L73A 1LSZA 4ARMA 3RU5A 229LA 1B5VA 197LA 2G4PA 1UIBA 2XBSA 1IWYA 1GF4A 2WARA 1XGPC 1LJ4A 239LA 3TMWA 5LA8A 1LHKA 3A92A 216LA 5M1YA 4Z3MA 261LA 3SB7A 3ZVQA 1QUSA 2W1MA 4N0JA 3DNAA 1QIOA 3TXIA 2NTHA 2NWDX 218LA 2Q0MX 1LHJA 4M4OA 4LYZA 2D91A 1NKHA 1BWJA 3GUIA 1KXYA 1JKAA 1FKVA 1GFUA 184LA 1LTMA 3A91A 4PJZA 4ETBA 2B6YA 3V2YA 2Z2FA 1B6IA 1L18A 5HMVA 4GBRB 1CKDA 4B1AA 1DQJC 1UICA 1L54A 1GF3A 1L25A 1L47A 207LA 4I7TA 1UIHA 3C8RA 1YKYX 4PGJB 4G4HA 1C08C 3FI5A 3C8QA 1CV0A 128LA 5I4YA 1HEWA 3TMVA 1LSGA 1D3FA 2C8PA 1WQRA 2B72A 1L43A 5APCA 1LKRA 2MEIA 1G07A 3ATOA 257LA 2B74A 227LA 1L42A 1YANA 1L32A 5DLAA 4WL6A 146LA 4PJ2C 7LYZA 1G7LC 1L83A 3A95A 226LA 1HSWA 1GPQC 1LZRA 1GFKA 1VDSA 1RE2A 1EQ4A 1F10A 2FBBA 1QUOA 1G1VA 3G3WA 1LZBA 2LZMA 2O4WA 1GFJA 1WTHA 1LJJA 223LA 1OUGA 1IWVA 4LDOA 4H8YA 4DD1A 3WW6A 2HU1A 4NGLA 1JSEA 3GUPA 4R0FA 155LA 2EPEA 1GE3A 4PK0A 1CV3A 243LA 1XGQC 2RB0X 4KT3A 2YBNA 1C6BA 4LGKA 4DYGA 1L49A 4B4IA 252LA 1FLUA 3SB8A 3NY9A 1ZVHL 1KY0A 1VDQA 1QUGA 1L35A 1LSCA 3TMXA 222LA 3OK0A 1GBYA 3GUOA 3NY8A 3HT7A 1FLWA 6LYTA 3N9AA 1LZ4A 3SP3A 1L22A 3SN6R 4W55A 2BQBA 5D5CA 2BQIA 1OUBA 4MSTA 4TSCA 1B7NA 5E9RA 250LA 2Q9DA 5KXOA 3G3AB 3KAMA 4DC4A 5IDDA 187LA 2DQIY 2YBJA 4GLVA 1B0DA 1JTOL 3AGGG 4NGZA 2XQOA 1CU0A 3A6BY 1WQNA 4LZTA 3SBBC 212LA 5KXWA 1K28A 1CKFA 1HENA 1XJUA 3K2RA 1L15A 4I7SA 2O7AA 2MEHA 2W1XA 5LA5A 1G0JA 1L65A 1LJGA 1LHHA 125LA 2HU3A 4G49A 3EMLA 1LPIA 5L9JA 217LA 1QSWA 4L41A 138LA 153LA 1L68A 1HERA 2ZIKA 2DQGY 1LHMA 4EMNA 1BWHA 4DT3A 1DZBX 1D2WA 1IP1A 3DN8A 3J4GA 1L27A 1OUCA 1QTVA 1LI6A 4W58A 4J1BA 1C7PA 3C7YA 1IR8A 4ETEA 1BGIA 3AZ7A 4HV2A 1DI3A 1B7SA 1L14A 3LZ2A 2ZYPA 1CU3A 240LA 1CTWA 1L0KA 2ZYCA 1L24A 1EL1A 1BVXA 1CV4A 1CU2A 1HFYA 3RZEA 3DMVA 1GXXA 3RUNA 1L10A 3AYQA 5I53A 1JWRA 1L20A 1GWDA 5B1FA 3QNGA 260LA 180LA 2B6WA 4DD9A 1QUTA 205LA 209LA 1G0MA 1D3MA 1L39A 3CT0A 5KJ9A 1WQQA 4R6CA 3W6AA 232LA 4H8ZA 1B7PA 5HLLA 120LA 1HFXA 3ZEKA 3CSRA 4I0CA 4ANRA 5I4WA 233LA 1NBZC 1VDTA 4UWVA 1GBXA 4N1EI 176LA 1C64A 1QUHA 1HEPA 1L30A 1MLCE 3A93A 4RLNA 1CKGA 5LVHA 2OU8A 2XBRA 135LA 177LA 4N1CC 4XENA 236LA 115LA 1GF8A 1GB7A 1GF7A 2EKSC 4PPOA 1JSFA 1L00A 3QY4A 4H94A 5ILCA 1L33A 1L0JA 1IWWA 4XJGA 4XJDA 211LA 1DYDA 3E3DA 4HJYA 1PS5A 1B7QA 262LA 3F9LA 4W56A 3HH3A 2ZNWY 4I7KA 141LA 1BB6A 1C69A 3GUMA 1L82A 4TSBA 3NYAA 4I8SA 4IASA 139LA 1SX7A 4WM6A 4NFVA 1L36A 2RAYX 4WO6A 4HSFA 1UC0A 3HT9A 1DYGA 3WVYA 1KIPC 5DN4A 5LYMA 3TXEA 1JTPL 6LYZA 1V7SA 4LYMA 2CGIA 1L34A 4ML7A 1IP5A 165LA 1QDRA 4OWAA 4GCFA 3CDOA 5KXKA 133LA 1JTTL 2HUKA 2DQHY 2Z19A 1JJ1A 1YKZX 1BB4A 158LA 1L37A 4AXTA 1GBWA 5KXPA 3W6DA 1HNLA 163LA 1P37A 215LA 3VWOA 4WO9A 3A34A 1XFPL 5IHGA 4NSHA 4CHXA 3C81A 5KXYA 1BB3A 1HFZA 1PQKA 1QS9A 4ARPA 1KY1A 2LZ2A 1G1WA 1P5CA 2QARC 4DD7A 1L56A 5LVKA 1IR9A 3AZ4A 3OE8A 2YVBA 4NGOA 1L67A 2B75A 5HNLA 2ZILA 256LA 132LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LZM A;  3WVX A;  4TWS A;  4MR1 A;  3T36 A;  1IP6 A;  1SSY A;  1L62 A;  1LZE A;  1IX0 A;  4DKL A;  2VB1 A;  114L A;  2I25 L;  2FBD A;  1LZT A;  5KXS A;  1UUZ C;  2D4I A;  4OWE A;  1C6Q A;  1L58 A;  5FHW A;  1QT4 A;  1RJC B;  186L A;  3N9C A;  1GFT A;  3DN4 A;  228L A;  1C6H A;  4LT1 A;  3TXB A;  1L72 A;  1GD6 A;  3T6U A;  5I14 A;  1GE0 A;  5APD A;  4EPI A;  1NWG A;  1GFH A;  1L73 A;  1LSZ A;  4ARM A;  3RU5 A;  229L A;  1B5V A;  197L A;  2G4P A;  1UIB A;  2XBS A;  1IWY A;  1GF4 A;  2WAR A;  1XGP C;  1LJ4 A;  239L A;  3TMW A;  5LA8 A;  1LHK A;  3A92 A;  216L A;  5M1Y A;  4Z3M A;  261L A;  3SB7 A;  3ZVQ A;  1QUS A;  2W1M A;  4N0J A;  3DNA A;  1QIO A;  3TXI A;  2NTH A;  2NWD X;  218L A;  2Q0M X;  1LHJ A;  4M4O A;  4LYZ A;  2D91 A;  1NKH A;  1BWJ A;  3GUI A;  1KXY A;  1JKA A;  1FKV A;  1GFU A;  184L A;  1LTM A;  3A91 A;  4PJZ A;  4ETB A;  2B6Y A;  3V2Y A;  2Z2F A;  1B6I A;  1L18 A;  5HMV A;  4GBR B;  1CKD A;  4B1A A;  1DQJ C;  1UIC A;  1L54 A;  1GF3 A;  1L25 A;  1L47 A;  207L A;  4I7T A;  1UIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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