1L48A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l48A00
157LA 1CV6A 184LA 1QUOA 1QUHA 1CV5A 1QT4A 175LA 1EPYA 2CUUA 1KW7A 4LDLA 1LI3A 1L25A 1OWYA 1G0LA 4EJ4A 2B6TA 2RBQA 2QB0B 3GUKA 1L45A 1L07A 256LA 215LA 1LYHA 107LA 145LA 2B75A 3L64A 262LA 1L53A 209LA 1L67A 2LCBA 4I7OA 6LZMA 2O79A 148LE 2OTZX 1JQUA 4S0WA 161LA 1L50A 1L56A 186LA 1L69A 2OTYX 1CUQA 1L85A 1KW5A 1QTHA 3GULA 223LA 1B6IA 241LA 2F47A 2B74A 1L96A 3V2WA 4I7PA 1L00A 1WTHA 188LA 1C6KA 3C8RA 1LGXA 187LA 1L73A 5LZMA 1G06A 3DN8A 1DYCA 1CX6A 214LA 2RAYX 4EKRA 1L03A 4I7TA 1L60A 4ARMA 1L41A 2B70A 1SWYA 1LLHA 1QT8A 1JTMA 2LZMA 3NY9A 159LA 1SX7A 1L11A 152LA 158LA 1SX2A 1L66A 199LA 3ODUA 2RBPA 3SN6R 4ARPA 1PQMA 210LA 1L88A 1D2YA 3EMLA 4W51A 1KNIA 3F9LA 110LA 172LA 1CU0A 3JR6A 4W58A 1PQKA 3HWLA 171LA 1OV5A 4YXCA 102LA 1LWGA 3OE8A 4W52A 4LZMA 3G3VA 1OYUA 4I7LA 1L48A 4I7MA 4PK0A 3CDOA 240LA 4LDEA 1QTZA 150LA 2A4TA 3K2RA 3RUNA 4YX7C 1KS3A 1CU3A 1L46A 2B73A 1C6NA 1L72A 1OVKA 1DYGA 231LA 2OE9X 2F32A 162LA 1LW9A 236LA 1C6LA 1L76A 3LZMA 3SB9A 1P5CA 3UONA 1D3MA 3SB5A 1L44A 1QS9A 229LA 211LA 1G0KA 4W53A 1L37A 2RBSA 3CDVA 182LA 1L86A 1LYGA 1C66A 2QARC 235LA 190LA 139LA 141LA 1L19A 123LA 1L05A 4W59A 1L09A 2NTGA 4EPFA 243LA 168LA 1L84A 1T8AA 3C7ZA 227LA 4I7QA 1P37A 3HTGA 1L61A 1PQOA 219LA 216LA 3C7WA 2Q9EA 1L21A 1C6JA 127LA 1DYFA 1C61A 1L59A 1L08A 4ARLA 1C6DA 144LA 2OE4X 3QAKA 198LA 4EKSA 1DYAA 3CDTA 108LA 129LA 2Q9DA 3FA0A 4K5YA 3HUQA 1L33A 1L0JA 2RB2X 1OWZA 4W54A 1C65A 1G0PA 2F2QA 140LA 1L23A 3RZEA 2B6ZA 142LA 183LA 1T8FA 2O7AA 4ZPUA 3SB6A 1C6HA 1L93A 1L94A 206LA 3C8QA 2RH1A 3FI5A 3DMVA 1ZURA 1QTDA 1JTNA 2RAZX 3V2YA 3FADA 4PJZA 1L82A 103LA 1C67A 201LA 151LA 3DKEX 4OO9A 1L40A 1L95A 4GBRB 1L28A 1OV7A 2RB0X 1D3NA 245LA 1L24A 3HTFA 1L83A 149LA 4DAJA 248LA 3HT6A 160LA 200LA 3VW7A 4DJHA 146LA 1C6MA 4AQNA 128LA 118LA 1L16A 244LA 1QUGA 3G3XA 155LA 173LA 1XJUA 1XJTA 4I7NA 234LA 1C68A 147LA 1CV4A 1L17A 1PQJA 2NTHA 1L58A 1LYFA 1C6EA 252LA 1L47A 109LA 232LA 1CVKA 3C7YA 222LA 4ARQA 2RB1X 1C6FA 3DNAA 1K28A 2OU0X 1LWKA 1L38A 3CDQA 1C62A 163LA 164LA 7LZMA 1CUPA 221LA 178LA 2B6WA 2HUKA 1L10A 4EKPA 251LA 1C6GA 1QTVA 1L12A 165LA 1T8GA 3L2XA 4E97A 3PDSA 1L01A 1L65A 2B6XA 3C80A 261LA 1C6PA 1KY1A 195LA 189LA 196LA 1QTCA 224LA 3DN0A 3HTBA 113LA 1LI6A 1L74A 3SBBC 1QT3A 1G0JA 205LA 1L91A 1T97A 1L13A 2OU9A 239LA 2HULA 197LA 1P3NA 1L22A 230LA 4GRVA 1L99A 1L27A 1L32A 1L14A 4ARMB 246LA 3G3WA 138LA 1CV3A 1CU2A 218LA 167LA 1G0GA 1L79A 3HT8A 1L80A 1L30A 1D3FA 4YXAC 125LA 1L52A 2OEAX 1L18A 1LYDA 1P64A 228LA 169LA 166LA 180LA 259LA 4DKLA 4EPIA 1L04A 254LA 181LA 2HUMA 114LA 170LA 1L51A 4EKQA 1G0QA 4LDOA 1L15A 137LA 3PBLA 212LA 3GUNA 3HH5A 225LA 1L62A 130LA 1C6TA 4IAPA 1SSYA 1C60A 122LA 156LA 2RBNA 1LGUA 1SWZA 1C6QA 2OU8A 1ZWNA 1L35A 3C81A 1L06A 1C6IA 185LA 3HT9A 1L29A 3OE0A 177LA 1QT7A 3NYAA 1LYIA 1L92A 1G0MA 1L89A 4ARJA 2B7XA 1L64A 1L87A 1QT6A 4I7KA 1L34A 4EXMA 2B72A 237LA 1I6SA 255LA 1XEPA 3HU8A 238LA 1QUDA 3GUPA 4W56A 1LYJA 1CV1A 257LA 1QSQA 2LC9A 174LA 4W55A 192LA 1L97A 1DYBA 1C64A 2O4WA 1LI2A 1OVHA 112LA 2Z6BA 1L98A 1C69A 1ZYTA 3C83A 191LA 233LA 1G07A 4I7SA 3SBAA 3C8SA 3HT7A 1C63A 1P7SA 226LA 176LA 1P36A 1L20A 3OE6A 3HDEA 3SB8A 1QSBA 3OE9A 247LA 1D3JA 1OVJA 3DMZA 217LA 250LA 3GUOA 3HTDA 1L31A 3HH6A 1P46A 213LA 260LA 1P56A 131LA 1DYDA 2OE7X 1L26A 3NY8A 120LA 115LA 1CV0A 3CDRA 1QTBA 111LA 1LYEA 1L57A 3D4SA 1L90A 2L78A 1C6CA 1T6HA 2B6YA 1PQDA 3DN6A 3GUJA 1L0KA 1P2RA 249LA 1LPYA 1L63A 3HDFA 1L81A 1CTWA 3HH3A 1G1VA 1D9WA 3GUIA 2ANXA 1L55A 3DMXA 126LA 1CU5A 1L36A 143LA 1QS5A 220LA 1TLAA 3DN2A 1CU6A 1C6AA 1QT5A 3HH4A 1G1WA 2IGCA 1L75A 1L02A 1NHBA 1KY0A 1LGWA 2RBRA 104LA 4I7JA 2ANVA 3DN4A 3HUKA 3DN3A 1L54A 258LA 1CX7A 1L68A 1L71A 3F8VA 1P6YA 3SB7A 1L70A 242LA 1C6BA 1D2WA 1L43A 3HUAA 4W57A 1PQIA 253LA 3GUMA 3DN1A 1L77A 4ARQB 5I14A 1SSWA 4I7RA 1L49A 1P2LA 2RBOA 1DYEA 1L39A 119LA 3HU9A 1L42A 3C82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKCA 1QUOA 3M18B 2W1XA 1UICA 1G0LA 1GE0A 3LZ2A 3TMVA 4EJ4A 135LA 2RBQA 3A8ZA 4HTNA 3HBDA 1C46A 1UIGA 1JEFA 3N9AA 1BB5A 5K7OA 2BQGA 1IP2A 3M3UA 2B75A 1L67A 1I56A 1GEVA 1LSZA 1GB7A 2LYMA 4S0WA 1CKFA 4LT2A 3A6BY 4WM3A 1YAPA 1L85A 2ZIKA 5I4XA 223LA 1CNSA 2G4PA 4WM4A 4ZEEA 5IDDA 4NGIA 5J7CA 5LZMA 1G06A 3DN8A 1CX6A 214LA 2Z18A 4H1PA 1IY4A 1SWYA 1UCOA 2BQEA 3CQLA 1L11A 4ML7A 1GF0A 1J1XY 3TXBA 1T3PA 1BVKC 1B0DA 4PRUA 3WUMA 199LA 194LA 3EMLA 1DI3A 1KNIA 3F9LA 172LA 1GFKA 4W58A 1IVMA 5C6IA 1FN5A 3OE8A 3B0OA 1IR7A 1JKCA 4LZMA 1LZAA 4IJ4A 1UIEA 4NHQA 4MR1A 1L48A 4PK0A 240LA 1GAYA 4ET8A 1NHEA 1QTZA 3K2RA 4YM8A 1OP9B 1XEKA 1C6NA 1LMTA 2F32A 1LSEA 1LW9A 1HFZA 4B4IA 4HPIA 2BQOA 2H9KA 2Z39A 1C6LA 1TBYA 3LZMA 1P5CA 3UONA 1C43A 211LA 4WLDA 2DQEY 1GE2A 4W53A 2RBSA 9LYZA 1C66A 190LA 1NF5A 1OUEA 4NSGA 4LZTA 5KXSA 1L05A 4J1BA 5HNCA 1IR9A 3A94A 3C7ZA 1L84A 4GCBA 219LA 216LA 1L21A 1GBYA 1C6JA 4ARLA 1C6DA 1GFUA 144LA 4ETBA 3QAKA 5KXTA 3CDTA 108LA 129LA 2Q9DA 4K5YA 3HUQA 4CHXA 4W54A 1G0PA 5APEA 4LGKA 4H8XA 4NGJA 4G4CA 1L93A 4LFPA 3C8QA 2H9JA 1DI5A 1JTNA 1KXWA 5KXKA 3LYTA 4PJZA 3WXUA 2LYZA 2ZYPA 4DD7A 5E9RA 2C8PA 1L95A 4GBRB 1L28A 2W1YA 1NBZC 1PS5A 4DAJA 1EQ5A 3HT6A 2YSSC 3EBAB 4C3WA 1QUSA 146LA 1JPOA 118LA 244LA 173LA 1XJUA 1XJTA 1LJ4A 234LA 1C68A 5F16A 5I53A 1CV4A 1FDLY 4G49A 1F0WA 3C7YA 2RB1X 1K28A 5HMJA 5KXLA 3CDQA 1CKDA 5JENB 3A96A 1LMNA 3D9AC 164LA 1CUPA 2I25L 1L10A 251LA 1QTVA 4ETAA 165LA 1T8GA 2W1LA 3PDSA 1IWZA 1L65A 2B6XA 1LSPA 1CJ7A 1C6PA 189LA 4OWAA 196LA 1AT6A 1LZBA 1UBZA 1LI6A 5LYMA 1L74A 1QT3A 205LA 1T97A 1L13A 2HULA 1L99A 4PRQA 4L41A 2X0AA 138LA 3FE0A 4N9RA 1D0KA 3HT8A 1L80A 4CJ2A 2HUBA 1GE1A 1D3FA 1L52A 1LZSA 5L9JA 1QDTA 4KPMA 1KIQC 1XFPL 5APFA 1HFXA 2DQDY 1I1ZA 1B7MA 4OOTA 4LDOA 1D9UA 137LA 1Z55A 1LJIA 212LA 2YBNA 4I8SA 3TXGA 1SSYA 2RBNA 1GB3A 1GF6A 4J7VA 177LA 1OQMA 3NYAA 1L92A 1DPWA 2WARA 1G0MA 1YROA 1FLUA 4I0CA 4XJFA 4LYZA 2ZILA 1L34A 2BLYA 4LYOA 237LA 1I6SA 4OWHA 1BB3A 1LZ8A 1IP3A 255LA 1CJ9A 4DDAA 1QUDA 4D9ZA 1REXA 5I4WA 4W55A 1LJJA 1TEWA 1ZV5L 4G9SA 4LYTA 4NGWA 1JUGA 6LYTA 2Z6BA 1ZYTA 191LA 1C63A 4H91A 1XGRC 2BAAA 2HU3A 1H87A 3TXIA 5F14A 4HP0A 4NIJA 250LA 2MEBA 5B1GA 4H8YA 1G7MC 4DC4A 213LA 1IO5A 1P56A 3AGHA 131LA 2F30A 3SP3A 1DKJA 3BKVA 1LYEA 1FLWA 3WU7A 1KIPC 3GUJA 1B5ZA 1P2RA 1RI8B 4QEQA 3A34A 1IOSA 249LA 3P65A 4DD9A 3HDFA 1IOQA 1CTWA 1B5VA 3HH3A 1D9WA 1YAQA 1L55A 3LYOA 2DQFC 1CU5A 1CKGA 4WM5A 220LA 3DN2A 3CT5A 1QT5A 5APDA 3HH4A 4NG8A 2IGCA 1L02A 1GWDA 104LA 2DQAA 2YBHA 1LAAA 4OWEA 2XTHA 242LA 5II3A 1L43A 2D6BA 2YDGA 3G3BB 3GUMA 1LSMA 1GF9A 4N8ZA 4EMNA 1L77A 4ARQB 5I14A 4I7RA 1GFGA 5A3EA 1XGUC 5HQ1A 2FBDA 2D4IA 1UC0A 3C82A 1F6RA 184LA 1QUHA 1CV5A 1IWTA 4GCFA 175LA 1EPYA 2CUUA 4UWVA 4BAFA 5B07A 5LAGA 2B6TA 2QB0B 3WUAA 1VDTA 1B7RA 3IJVA 3A91A 1GFEA 3WUNA 215LA 145LA 3B72A 1B7SA 4HJYA 1LJEA 4KL7A 1GF8A 2BQBA 6LZMA 1BGIA 1L50A 1YILA 1L56A 1LMOA 1DPXA 2MEIA 2OTYX 4B1AA 1KW5A 1G7IC 3GULA 4ETDA 4NHSA 4N0JA 4DDCA 241LA 2F47A 2B74A 4WMGA 4WL6A 3V2WA 1L00A 1AM7A 3C8RA 4NWEA 3OJPA 4I7TA 1L60A 1HEMA 1JHLA 3GXKA 1LLHA 1JTMA 1WTNA 159LA 1FLQA 1AT5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CKC A;  1QUO A;  3M18 B;  2W1X A;  1UIC A;  1G0L A;  1GE0 A;  3LZ2 A;  3TMV A;  4EJ4 A;  135L A;  2RBQ A;  3A8Z A;  4HTN A;  3HBD A;  1C46 A;  1UIG A;  1JEF A;  3N9A A;  1BB5 A;  5K7O A;  2BQG A;  1IP2 A;  3M3U A;  2B75 A;  1L67 A;  1I56 A;  1GEV A;  1LSZ A;  1GB7 A;  2LYM A;  4S0W A;  1CKF A;  4LT2 A;  3A6B Y;  4WM3 A;  1YAP A;  1L85 A;  2ZIK A;  5I4X A;  223L A;  1CNS A;  2G4P A;  4WM4 A;  4ZEE A;  5IDD A;  4NGI A;  5J7C A;  5LZM A;  1G06 A;  3DN8 A;  1CX6 A;  214L A;  2Z18 A;  4H1P A;  1IY4 A;  1SWY A;  1UCO A;  2BQE A;  3CQL A;  1L11 A;  4ML7 A;  1GF0 A;  1J1X Y;  3TXB A;  1T3P A;  1BVK C;  1B0D A;  4PRU A;  3WUM A;  199L A;  194L A;  3EML A;  1DI3 A;  1KNI A;  3F9L A;  172L A;  1GFK A;  4W58 A;  1IVM A;  5C6I A;  1FN5 A;  3OE8 A;  3B0O A;  1IR7 A;  1JKC A;  4LZM A;  1LZA A;  4IJ4 A;  1UIE A;  4NHQ A;  4MR1 A;  1L48 A;  4PK0 A;  240L A;  1GAY A;  4ET8 A;  1NHE A;  1QTZ A;  3K2R A;  4YM8 A;  1OP9 B;  1XEK A;  1C6N A;  1LMT A;  2F32 A;  1LSE A;  1LW9 A;  1HFZ A;  4B4I A;  4HPI A;  2BQO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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