1L51A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l51A00
110LA 2NTGA 257LA 4I7TA 1LGXA 1L22A 1CV1A 1LWKA 216LA 107LA 1L37A 2OU0X 1ZYTA 1KY0A 1C60A 261LA 1L06A 1L60A 2RB2X 1L09A 1JQUA 2B70A 146LA 4DAJA 1LYEA 1L39A 1L23A 188LA 242LA 103LA 164LA 212LA 1LGUA 2RBRA 4YXCA 1CU0A 3C7ZA 1L89A 248LA 1CU3A 1G0QA 1PQJA 122LA 1C66A 3DMZA 1CUPA 1D3JA 1D2WA 1L07A 1B6IA 1C6TA 1L28A 2HULA 4LDEA 1L08A 189LA 1L50A 1QT8A 1SX2A 1LI3A 1QUOA 1L0JA 4GRVA 3QAKA 3C7WA 1L14A 225LA 4I7KA 1XEPA 137LA 1T8GA 178LA 2OU9A 3C7YA 1L93A 4AQNA 234LA 1L92A 1OVHA 3V2YA 1L86A 3HT8A 262LA 4I7PA 2IGCA 235LA 1C69A 2RAZX 180LA 3G3VA 1QT7A 3GUNA 3HU8A 2QARC 251LA 196LA 144LA 228LA 142LA 111LA 1DYFA 1L54A 226LA 1L29A 233LA 3K2RA 1L19A 246LA 4IAPA 1L76A 1CU5A 4ARJA 1QUHA 1DYCA 4ARMA 4W53A 3PBLA 1L70A 237LA 1SWYA 1EPYA 4E97A 175LA 1D3MA 1L43A 1L48A 1L97A 245LA 3GUIA 1C65A 3GUPA 184LA 2B75A 1OWYA 2B6TA 1G0MA 1L67A 1LYGA 1NHBA 186LA 1C6GA 1L51A 239LA 1L85A 3C8RA 3OE8A 163LA 1CU2A 1C63A 4W57A 172LA 1L90A 1L03A 2B6WA 1QUDA 1L53A 3CDQA 3GUKA 1L11A 200LA 1QT6A 2OEAX 1L27A 224LA 2LC9A 3C8SA 2HUMA 1C6QA 2RAYX 4S0WA 3VW7A 1QT3A 3GUMA 123LA 1JTNA 152LA 3DMVA 244LA 2B73A 130LA 1L98A 138LA 211LA 118LA 161LA 1DYAA 148LE 1QTDA 1ZWNA 104LA 3HTFA 1C6AA 4EKRA 1L12A 217LA 1L44A 1L94A 3HH5A 4I7JA 1OV5A 1L24A 2B6YA 4EXMA 1L88A 3HTGA 1P36A 129LA 131LA 3GULA 2OTYX 4ARPA 1L20A 214LA 3CDOA 185LA 3DMXA 1L33A 1L74A 1G1VA 2Z6BA 1XJTA 3EMLA 1L49A 1P5CA 1L83A 4PK0A 1KW5A 119LA 2B6XA 3FA0A 254LA 241LA 1TLAA 1L02A 2RB1X 140LA 223LA 4PJZA 4EJ4A 112LA 155LA 1WTHA 1L52A 1LYJA 1P3NA 1KY1A 3HU9A 4YX7C 3PDSA 3FI5A 1L30A 240LA 3SBBC 1D3FA 4W59A 3HH6A 4ARQA 4K5YA 108LA 1C67A 1L80A 4I7SA 1D2YA 1C6IA 1L87A 1L46A 1LYFA 231LA 3C8QA 1L59A 1L0KA 1L68A 128LA 2L78A 198LA 4W56A 1L65A 4LDLA 114LA 1C6JA 3L64A 3ODUA 1L69A 1L66A 4I7LA 252LA 1L16A 1QTZA 2B7XA 3NYAA 1LPYA 1L10A 4DKLA 1G0GA 201LA 3DN6A 199LA 1L63A 1L99A 173LA 158LA 210LA 1T8AA 2F32A 3G3XA 1L05A 3HH3A 1L00A 1QSBA 1L17A 1L55A 1L25A 1DYDA 1L75A 1C6EA 1QTVA 176LA 2ANVA 139LA 5I14A 1C61A 7LZMA 2Q9DA 255LA 2O4WA 1OVJA 3DKEX 3LZMA 1K28A 3JR6A 190LA 3SB6A 1CUQA 3DN8A 209LA 2LCBA 1CV5A 1L56A 2B72A 1CV3A 165LA 1PQMA 4ARMB 174LA 3SBAA 1C6HA 1L21A 1C62A 4W52A 1CX7A 2LZMA 4I7RA 1C6KA 1CU6A 1OVKA 1L57A 4EKSA 3HUKA 1CX6A 1L81A 1CV6A 3HT9A 3OE0A 3C82A 2NTHA 1KNIA 2Q9EA 4LZMA 3OE6A 102LA 2ANXA 218LA 1OYUA 120LA 192LA 2RBOA 3CDVA 149LA 3SB5A 1LYIA 3GUOA 238LA 1L47A 4GBRB 1G0JA 1T8FA 1DYGA 1L01A 1P7SA 147LA 143LA 182LA 1C68A 3OE9A 3HDFA 1G0PA 3DN1A 3C80A 3F9LA 3RUNA 3HT7A 1CV4A 1L32A 1C6CA 1L36A 3SN6R 1L77A 150LA 1QUGA 229LA 3NY8A 1LYHA 1LW9A 115LA 1C6LA 1CVKA 2F2QA 3C81A 2O79A 4ZPUA 2O7AA 1L04A 1L84A 249LA 1SX7A 2B74A 1C6PA 4OO9A 3HDEA 2OU8A 3HUQA 4EKPA 1D9WA 156LA 168LA 1L38A 1C6NA 259LA 3DNAA 3GUJA 1L34A 113LA 4W51A 2OTZX 3HTBA 109LA 1L26A 219LA 181LA 3HT6A 191LA 1LI6A 2RBSA 206LA 3DN2A 1PQKA 1QTBA 1L72A 2RBNA 160LA 1C6MA 3SB9A 1SSYA 215LA 1CTWA 1XJUA 227LA 2CUUA 1L13A 3UONA 3V2WA 1OWZA 1P2LA 3F8VA 162LA 4W54A 1PQOA 1PQIA 2B6ZA 3DN4A 3HUAA 4EPFA 4I7MA 4ARQB 195LA 2A4TA 1PQDA 2RBQA 1G06A 1C6DA 4LDOA 3NY9A 1L62A 2F47A 1L18A 1QT5A 3C83A 2RB0X 1L82A 247LA 127LA 260LA 3FADA 126LA 4I7NA 1JTMA 232LA 1P6YA 1P37A 3RZEA 4EPIA 1DYEA 1G07A 1SSWA 1T97A 1L42A 1L41A 1LYDA 1L64A 4YXAC 6LZMA 5LZMA 3SB8A 151LA 1QT4A 1QS9A 222LA 1LLHA 4I7QA 166LA 1CV0A 2OE9X 1L31A 1P56A 1G0KA 1L73A 1L95A 4W55A 3SB7A 1DYBA 157LA 3CDTA 2RH1A 1QTCA 253LA 2OE7X 170LA 1QTHA 256LA 236LA 4I7OA 1P2RA 1QS5A 1T6HA 1KS3A 1L61A 1OV7A 1L71A 1G1WA 3G3WA 159LA 171LA 1L79A 1C6BA 1LI2A 1SWZA 1P64A 4DJHA 3HH4A 243LA 1LGWA 2QB0B 230LA 167LA 1QSQA 1KW7A 197LA 177LA 3DN3A 1D3NA 145LA 1L35A 4W58A 250LA 3CDRA 187LA 141LA 1ZURA 205LA 213LA 4EKQA 1L96A 3HTDA 4ARLA 183LA 1L40A 1LWGA 1C64A 1L91A 3D4SA 3L2XA 1L58A 220LA 1P46A 125LA 258LA 2HUKA 2RBPA 1L15A 169LA 1C6FA 1G0LA 3HWLA 3DN0A 2OE4X 1L45A 221LA 1I6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T36A 1LGXA 1MELL 216LA 1H87A 1HNLA 4XN6A 5FDJA 3WU9A 1ZYTA 1KY0A 1L60A 2HTXA 1LZSA 1JQUA 1WVVA 1IP6A 1XGTC 1LHMA 212LA 4ETCA 3EMSA 3G3AB 1CU0A 4N9RA 2VB1A 4NSIA 3C7ZA 3TXJA 3M18B 1YROA 1L28A 3A3RX 1L08A 189LA 3TXGA 1SX2A 4ETDA 3QAKA 1GF9A 3WL2A 2I6ZA 225LA 2MEGA 4I7KA 1XEPA 1LSNA 3C7YA 5DM9A 4AQNA 234LA 1OVHA 3HT8A 3P64A 1GE4A 1C69A 1QT7A 2G4PA 1IVMA 2YBMA 3P65A 3SP3A 5I4XA 154LA 1DYFA 1B7OA 5APDA 1N4FA 1LJIA 2G4QA 3N9CA 5DN5A 4YM8A 207LA 4H8XA 4Z98A 246LA 4IAPA 1OUHA 1AZFA 1YKZX 5B59A 1DYCA 1CKGA 2BPUA 1IWUA 5EBHA 2LZ2A 1EPYA 1LZ5A 3CSRA 4XJIA 1D3MA 3GUIA 1LSMA 1LZRA 2B75A 4NWEA 4IJ4A 4NHTA 4WOAA 163LA 1T3PA 2DQIY 172LA 2B6WA 1QUDA 3GUKA 2D6BA 200LA 4NWHA 224LA 4XENA 3C8SA 4S0WA 3EO5A 2HU3A 1NQIA 1V7TA 3GUMA 1LZEA 3TXIA 3DMVA 5C6LA 244LA 2LZTA 4OOOA 2DQJY 2B73A 4G4CA 1B5XA 2I26L 3A90A 1RFPA 148LE 1UCOA 4GN3A 104LA 2Z2EA 1VEDA 1XEKA 1C6AA 1KXYA 1OV5A 1GEZA 131LA 3GULA 4ARPA 3CDOA 4DDCA 185LA 3DMXA 1L33A 5D5FA 1D6QA 1L74A 4NGYA 1XJTA 1XGRC 2DQCY 2DQHY 1L83A 3A91A 1GB2A 119LA 1WQOA 4PGJB 1B5WA 1BWIA 4PRUA 4H9AA 1JJ0A 140LA 4EJ4A 112LA 3ZVQB 2C8PA 3HU9A 1C45A 2F4AA 3SBBC 2YVBA 1QDTA 4ARQA 5JENB 1IEEA 3W6FA 1SLYA 1D2YA 3CB7A 1L87A 1LYFA 1L0KA 1L68A 128LA 2L78A 1KIQC 198LA 4DD0A 1UC0A 4LDLA 3ODUA 2XBSA 1FBIX 1QTKA 2B7XA 2MECA 2ZIJA 5L9JA 1L10A 3A93A 1G0GA 4R6CA 1ALCA 3DN6A 210LA 1WQQA 4G4BA 4GCBA 1UA6Y 1GF8A 4LT2A 1TDYA 4D9ZA 2XJWA 1IORA 3W6CA 1XFPL 1YAMA 2H9JA 1WQRA 7LZMA 2Q9DA 2O4WA 4RDSA 1GFUA 3RT5X 209LA 2BQBA 2BQEA 1CV5A 3WMKA 1RE2A 4GN4A 2Z2FA 4NFVA 2D4IA 1C6HA 5HQ1A 1CX7A 1C6KA 1CU6A 1OVKA 1L57A 2ZQ3A 1B5UA 2XQOA 3CT0A 3C82A 2NTHA 3OE6A 5F14A 1B7PA 1LZ8A 1YKXX 192LA 4KPMA 3GUOA 3AGGG 1L47A 1NF5A 1P7SA 2ZYCA 3DN1A 3F9LA 4NHPA 1L36A 1L77A 150LA 1JSEA 1CJ6A 115LA 1LW9A 3ULRA 1BVKC 3HFMY 2D91A 4C5FA 5LXWA 249LA 4G49A 9LYZA 4WLTA 4H94A 2MEFA 3RNXA 3TXDA 4Z3MA 1D9WA 3TMVA 1I1ZA 3GUJA 1VFBC 4HPEA 4WLDA 1LMNA 1YILA 1L34A 113LA 3F6ZA 2Q0MX 1REXA 1LSPA 181LA 1NBZC 3HT6A 4C3WA 191LA 1LI6A 4G4HA 2RBSA 3WVXA 160LA 1B0DA 1BB6A 1JEFA 227LA 1L13A 3V2WA 1OWZA 162LA 4ANRA 3HUAA 5ILFA 3NY9A 4H9HA 4PJ2C 2F47A 1TEWA 3AW6A 5E9RA 4B4EA 4DQ7A 247LA 1IWVA 3FADA 1LYOA 126LA 3D9AC 4I7NA 4EPIA 1DYEA 1G07A 6LZMA 1LYDA 1IOCA 5M1YA 1QT4A 1FKVA 2HECA 1HFYA 2G4NA 1LLHA 1JHLA 1LKRA 2OE9X 1UIBA 2XTHA 1BVXA 1L73A 1OP9B 4W55A 2RH1A 4I7OA 1T6HA 2FBDA 1GB7A 1J1XY 1OV7A 1L71A 2A7FA 1GHLA 3G3WA 4KXIA 171LA 1LI2A 1LYSA 1PZYA 2QB0B 230LA 1QSQA 3TXFA 4GCFA 2D4KA 1J1OY 1D3NA 4DD3A 145LA 1DI5A 141LA 3TXEA 4H8YA 2DQEY 3L2XA 1L15A 169LA 1GXXA 4OWEA 1HENA 3RW8A 4NG8A 1JKAA 2OE4X 1CKFA 1D0MA 4I7TA 4YEMA 1OUAA 1CV1A 1DI3A 2ZNXY 2BLXA 1LWKA 1NDMC 107LA 1YAQA 4DD9A 1GB8A 1LHJA 5FCPA 1C60A 2BQIA 2B70A 146LA 1GFJA 1L39A 1BB7A 2RBRA 3N9EA 1WTNA 2HUBA 248LA 1G0QA 1DKJA 1JKCA 5FEKA 1CUPA 1B9OA 3BKVA 1D2WA 1L07A 1C6TA 1BWHA 4LDEA 1LI3A 4GRVA 5APEA 1UIAA 1VAUA 1OUGA 3C7WA 1LZYA 1HFXA 137LA 3E3DA 178LA 1L93A 1YKYX 1GF4A 1LSAA 1UUZC 1T6VL 2QARC 251LA 196LA 3AJNA 144LA 1JKBA 111LA 226LA 1L29A 233LA 3K2RA 1UICA 3AGHA 1F6RA 1E8LA 1EQ5A 5LYTA 4DC4A 3PBLA 1L70A 2YBLA 4LYBA 1QSAA 2EPEA 1L43A 1L48A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3T36 A;  1LGX A;  1MEL L;  216L A;  1H87 A;  1HNL A;  4XN6 A;  5FDJ A;  3WU9 A;  1ZYT A;  1KY0 A;  1L60 A;  2HTX A;  1LZS A;  1JQU A;  1WVV A;  1IP6 A;  1XGT C;  1LHM A;  212L A;  4ETC A;  3EMS A;  3G3A B;  1CU0 A;  4N9R A;  2VB1 A;  4NSI A;  3C7Z A;  3TXJ A;  3M18 B;  1YRO A;  1L28 A;  3A3R X;  1L08 A;  189L A;  3TXG A;  1SX2 A;  4ETD A;  3QAK A;  1GF9 A;  3WL2 A;  2I6Z A;  225L A;  2MEG A;  4I7K A;  1XEP A;  1LSN A;  3C7Y A;  5DM9 A;  4AQN A;  234L A;  1OVH A;  3HT8 A;  3P64 A;  1GE4 A;  1C69 A;  1QT7 A;  2G4P A;  1IVM A;  2YBM A;  3P65 A;  3SP3 A;  5I4X A;  154L A;  1DYF A;  1B7O A;  5APD A;  1N4F A;  1LJI A;  2G4Q A;  3N9C A;  5DN5 A;  4YM8 A;  207L A;  4H8X A;  4Z98 A;  246L A;  4IAP A;  1OUH A;  1AZF A;  1YKZ X;  5B59 A;  1DYC A;  1CKG A;  2BPU A;  1IWU A;  5EBH A;  2LZ2 A;  1EPY A;  1LZ5 A;  3CSR A;  4XJI A;  1D3M A;  3GUI A;  1LSM A;  1LZR A;  2B75 A;  4NWE A;  4IJ4 A;  4NHT A;  4WOA A;  163L A;  1T3P A;  2DQI Y;  172L A;  2B6W A;  1QUD A;  3GUK A;  2D6B A;  200L A;  4NWH A;  224L A; 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