1L52A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l52A00
2B6XA 102LA 1C65A 1D2WA 3QAKA 237LA 1C60A 2NTHA 2LZMA 1C6PA 242LA 4EPFA 3JR6A 146LA 2B6TA 1P6YA 1L27A 1P5CA 1LYGA 262LA 158LA 1L36A 181LA 241LA 1L56A 1CUPA 252LA 186LA 1L41A 1L65A 1C6NA 3SBBC 3SN6R 1G0QA 1T8AA 247LA 141LA 3DN0A 1SWZA 4LDLA 261LA 1L72A 3C7WA 236LA 127LA 256LA 3HT8A 4YXAC 211LA 4ARMA 1L66A 1P37A 1QUDA 245LA 4GRVA 3HUAA 234LA 1L16A 1L95A 3UONA 2RBOA 4EXMA 3DKEX 4EKPA 168LA 1L82A 195LA 3HTGA 3CDRA 187LA 3DN6A 3G3XA 2RBRA 2RB2X 3ODUA 159LA 174LA 1L83A 128LA 1D2YA 205LA 147LA 155LA 4W55A 1L39A 1L94A 1CU3A 1ZWNA 139LA 1QTDA 1L76A 1C68A 1KNIA 1C6DA 1DYDA 1L10A 4I7SA 1C6QA 3GUOA 1L08A 1OV7A 1L04A 3V2YA 1CV4A 3CDVA 4ARLA 1L11A 258LA 2O4WA 1L61A 3OE0A 4DJHA 259LA 1QTVA 1LI2A 4W51A 3F8VA 1D3NA 3CDTA 1LYJA 183LA 3C8SA 214LA 169LA 253LA 4ARJA 119LA 3C80A 1QT8A 3HH4A 3NY8A 1PQOA 111LA 1QSBA 3HH5A 1QTHA 4YX7C 250LA 1C6LA 4I7TA 229LA 1L29A 1C69A 2RBQA 1SX7A 3CDQA 1L63A 1C6KA 1QT4A 4EKQA 1QUGA 2ANXA 3DN8A 1CU6A 1C67A 2RAYX 120LA 109LA 3L2XA 227LA 1L23A 4EPIA 1XEPA 1NHBA 125LA 2F32A 4LDOA 3DN1A 215LA 3C81A 4YXCA 1C6IA 167LA 190LA 1L97A 163LA 1L22A 3SB6A 2F47A 2CUUA 1L99A 1PQDA 1L12A 151LA 3DMVA 1L18A 3RUNA 224LA 1L50A 184LA 1C63A 1ZYTA 3GUIA 189LA 3OE9A 3V2WA 1QUHA 1T97A 137LA 1L71A 3G3VA 4LDEA 4I7PA 1L33A 162LA 1C6JA 1KY1A 1L40A 152LA 1L84A 1CU0A 1L59A 129LA 1DYFA 1TLAA 1KW7A 1P56A 240LA 1L52A 3GUKA 1L91A 3HH6A 1L02A 1PQJA 249LA 1C62A 1T8FA 144LA 178LA 1LYEA 3C8QA 1I6SA 1C6AA 2RB0X 1L64A 2Z6BA 177LA 1L69A 1DYBA 1L06A 238LA 1ZURA 4ARMB 1L43A 1QT5A 173LA 1P3NA 3SBAA 1KS3A 3HUKA 213LA 1KW5A 3NYAA 1CV0A 197LA 1L88A 1PQMA 255LA 2L78A 1OWZA 172LA 1L25A 221LA 1L86A 157LA 1CUQA 2OEAX 1L92A 223LA 1C6HA 1C6BA 3OE6A 4W56A 3DN4A 4W54A 3HU9A 4I7LA 2Q9EA 225LA 1L37A 1QSQA 2F2QA 3SB9A 2IGCA 122LA 2OU0X 1PQKA 1C6TA 1LI3A 3HU8A 1G0JA 1L85A 1L60A 1C6FA 1L74A 4W59A 4PJZA 3RZEA 131LA 4AQNA 1L21A 233LA 2OU9A 1L58A 1LWGA 1L05A 3VW7A 1DYCA 1JTMA 185LA 3DN2A 1L44A 143LA 196LA 1L34A 1C6EA 3LZMA 1C6MA 3C8RA 200LA 1L03A 1CV5A 201LA 1LYHA 244LA 161LA 1L54A 217LA 1L48A 1L19A 107LA 1KY0A 3PBLA 198LA 1L73A 1QTBA 142LA 1L32A 1L75A 1L79A 1LYFA 3HDFA 4EJ4A 4ARPA 3GUJA 4I7JA 3HUQA 226LA 3HTFA 1L42A 1L57A 118LA 166LA 1SX2A 1CV6A 108LA 3PDSA 2B73A 2RB1X 1L28A 175LA 114LA 1L38A 220LA 4W53A 1L98A 3DMZA 1G1VA 1JTNA 1DYEA 2B7XA 1QUOA 212LA 2LCBA 3HTDA 1L93A 257LA 254LA 1L35A 2B72A 2O79A 3GUNA 1C64A 2HULA 2B6YA 3CDOA 1L09A 1G0KA 1XJUA 4I7OA 1G0MA 1LI6A 210LA 2B70A 164LA 2OE7X 4I7NA 4EKRA 1CX7A 1L20A 251LA 2HUMA 1PQIA 1B6IA 1P2RA 4W58A 2B6ZA 1DYAA 4W52A 3DN3A 113LA 180LA 104LA 2OTYX 1SWYA 4DAJA 1QS5A 3SB7A 4GBRB 1OVHA 1QT3A 4ZPUA 1L89A 3FA0A 3FADA 1OVJA 1L67A 3HTBA 1L00A 3D4SA 1G0GA 1OWYA 1CTWA 206LA 3DNAA 3F9LA 209LA 4DKLA 1QT6A 3L64A 2B75A 1CV3A 4LZMA 3HDEA 3C83A 1L51A 170LA 231LA 4EKSA 123LA 1G1WA 239LA 218LA 1L70A 2OU8A 3NY9A 1L77A 1G07A 1LGWA 199LA 2HUKA 228LA 149LA 2ANVA 1P64A 1C6GA 4W57A 216LA 3G3WA 1OV5A 1CU5A 1L0KA 171LA 1P7SA 4E97A 4PK0A 191LA 182LA 1D3FA 1L14A 1DYGA 1L49A 3FI5A 3HT6A 1G06A 5I14A 1L13A 1L45A 4I7KA 2OTZX 1LYDA 110LA 3GUMA 222LA 1C61A 243LA 176LA 219LA 1JQUA 2B74A 6LZMA 2QARC 1CU2A 1LLHA 3GULA 165LA 1QT7A 2A4TA 1G0LA 1P46A 1D9WA 1QTCA 2O7AA 145LA 1L87A 2RBSA 232LA 3C7ZA 3HWLA 2LC9A 4I7MA 5LZMA 138LA 1EPYA 4OO9A 235LA 2RBNA 1C66A 1T6HA 3HT9A 260LA 3EMLA 1L31A 3DMXA 1L62A 2RBPA 3K2RA 4ARQB 1CVKA 1CV1A 1LGUA 2RAZX 4S0WA 1L46A 1XJTA 1D3JA 4ARQA 1SSWA 3OE8A 156LA 1L0JA 1L01A 1L68A 2NTGA 2RH1A 115LA 1LGXA 1L53A 1L17A 1L96A 1L80A 1L81A 1P2LA 1L47A 2Q9DA 1OYUA 1OVKA 1WTHA 1L15A 1C6CA 150LA 1L30A 1L55A 1LWKA 1D3MA 1L24A 4IAPA 2B6WA 1L26A 3GUPA 1CX6A 1LPYA 160LA 1SSYA 140LA 188LA 4I7RA 1L07A 3HH3A 3SB8A 248LA 3SB5A 1K28A 1QS9A 2OE9X 4I7QA 3C82A 1QTZA 1LW9A 148LE 126LA 2QB0B 1G0PA 1LYIA 7LZMA 1P36A 246LA 230LA 1T8GA 3HT7A 103LA 2OE4X 130LA 192LA 1L90A 112LA 3C7YA 4K5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6XA 5KXRA 2Y8PA 1GHLA 1TAYA 3N9AA 2NTHA 5HNCA 1KIQC 3WULA 1L56A 4GLVA 186LA 1L41A 1C6NA 3SBBC 2ZIJA 1HNLA 1LZ8A 1JTTL 3DN0A 1L72A 1GB9A 1QUDA 245LA 3HUAA 1LMQA 1LOZA 5LVJA 1L16A 5LVHA 1VDQA 4KXIA 3DKEX 2MEFA 3A93A 1OUCA 1FN5A 1JITA 4ETAA 4WO6A 4HPIA 174LA 1D2YA 147LA 4DDCA 4CGEA 4HTKA 4PRUA 1ZWNA 3P65A 5I53A 1FKVA 1B7OA 3GUOA 1L08A 1CV4A 4TSCA 258LA 1GB6A 1L61A 3RW8A 1LPIA 259LA 3A90A 5FELA 1D3NA 1UIAA 3C8SA 1HC0A 3KAMA 169LA 1KIPC 253LA 3NY8A 3HH4A 3AB6A 1QTHA 1C6LA 5KJ9A 1LYOA 132LA 4I7TA 4UWUA 4WLYA 4EKQA 1C6KA 1QT4A 1CU6A 1NHEA 1GEZA 4QEQA 3RT5X 2RAYX 3L2XA 4ET9A 1L23A 4WG1A 4EPIA 125LA 3W3EA 1AM7A 4NGWA 3B0IA 190LA 163LA 1L22A 3SB6A 1GFKA 1GPQC 189LA 4NGLA 2BQHA 2D4KA 1QUHA 1OUEA 2H5ZA 3HBHA 1T6VL 3AGGG 1B7PA 1GE0A 1L84A 153LA 1GD6A 2MEEA 1CU0A 1D0MA 129LA 1L59A 240LA 1KW7A 2G4PA 3GUKA 1B7QA 1WQOA 4NIJA 4MCKA 178LA 2IHLA 2W1XA 1HEPA 1C6AA 5L9JA 177LA 1GFGA 4GCBA 1FLWA 4NG8A 2BQOA 173LA 5LYZA 1DI4A 3HUKA 1SQ2L 213LA 3LZTA 1B7SA 1CV0A 255LA 2L78A 2I25L 1LJFA 1L25A 1JSEA 3A34A 4UWVA 2B5ZA 1GFRA 157LA 3W6BA 4DD2A 1JSFA 4W56A 3DN4A 4WM2A 1JJ3A 1GB2A 225LA 1L37A 2I26L 4XJHA 5KXYA 3TMWA 3SB9A 122LA 1QUSA 1C6TA 1IOQA 4B4EA 1L74A 3CT0A 1GF9A 4R6CA 2D6BA 1N4FA 5KXMA 2N5ZA 4AXTA 2MEIA 3LZMA 135LA 1QDTA 4NGOA 200LA 1LYHA 1V7TA 3A6CY 1L48A 1L19A 1B5WA 4ZFPA 1I56A 4ZEEA 5A3ZA 3PBLA 2YVBA 2MEDA 1L75A 1L79A 3TMUA 4LT3A 1C08C 5APFA 4C3WA 3CQLA 1F6SA 1L42A 1DQJC 3HTFA 5B59A 4WL6A 2RB1X 3CT5A 114LA 2D91A 1JTNA 1DYEA 1IX0A 1QUOA 2LCBA 4YEMA 1L93A 257LA 254LA 1L35A 2B72A 3LYOA 2B6YA 3B0KA 1L09A 1XJUA 4I7OA 1JKDA 2B70A 5KXSA 1FDLY 4H9FA 1CX7A 3J6KA 1HMLA 1MLCE 1GB7A 3BKVA 5F9UA 180LA 1QS5A 4E3UA 1OVHA 2CWIA 1GBZA 4FDYA 1CTWA 1NQIA 3F9LA 4DWXA 1B0DA 1CV3A 3HDEA 5LIOA 3C83A 1XGPC 5LYMA 1G1WA 4HSFA 5APDA 5HQ1A 3RU5A 2HUKA 228LA 149LA 1IR8A 5IHGA 3CT1A 4DQJA 4J0LA 3TMVA 4M6DA 1GFJA 3ZVQA 1HEWA 1D3FA 2LHMA 1DPXA 4H94A 1WVVA 3FI5A 1REXA 1FBIX 1LSFA 1WQRA 2DQCY 1NDMC 1W6ZA 1LYDA 1LSCA 4PHIA 3WW6A 2QARC 1CU2A 2Z12A 2XBRA 4H93A 4CFOA 3AZ7A 5T3FA 1CJ6A 154LA 3WVXA 1QTCA 1D9WA 2FBBA 2DQDY 145LA 3C7ZA 2G4QA 1ALCA 3LZ2A 2LC9A 2HECA 5LZMA 3WUAA 1WTNA 5DL9A 2RBNA 1YAPA 1BB4A 3TXDA 3IWRA 3K2RA 4ARQB 1BWIA 1C46A 1HEQA 3N9CA 1D3JA 4ARQA 1SSWA 1TBYA 3A91A 3T36A 1L0JA 2ZNXY 2ZILA 1GF0A 1L17A 1L53A 4GCEA 3A95A 3W6EA 1OUDA 3B6LA 4DQ7A 1L81A 1P2LA 4WL7A 1B7LA 4Z41A 4N9RA 1C6CA 3AGHA 4OWEA 150LA 4IASA 1L55A 4OWAA 2B6WA 1LZAA 1NDGC 1L26A 4N8ZA 3CB7A 4H8YA 4I7RA 1XSFA 248LA 4XJFA 1QS9A 1YKXX 1QQYA 1KXXA 246LA 2F2NA 2AUBA 2FBDA 4PPOA 4K5YA 3TXEA 1C65A 1CKDA 5LAFA 1C60A 2LZMA 1C6PA 1LJGA 242LA 3JR6A 3OJPA 4GN3A 1P6YA 1P5CA 3LN2A 1F6RA 4H9BA 4NGVA 1L36A 241LA 4TUNA 1DKKA 1LSGA 1HERA 5LVIA 2BLXA 4R0FA 1LSZA 3WU8A 4DQ5A 1UIDA 4HP0A 1C10A 1I20A 1D0KA 127LA 3MGWA 5DN4A 1QIOA 3FE0A 4GRVA 1IY4A 4J1BA 1LMPA 1IWWA 3WXTA 1LTMA 4TWSA 1HFZA 3UONA 2BQLA 1IWYA 1UICA 4I0CA 168LA 1L82A 195LA 3HTGA 1P2CC 187LA 2DQEY 159LA 4ET8A 1YIKA 1L94A 1L76A 194LA 1LZGA 4GCCA 1KNIA 4KPMA 4I7SA 4PJ2C 1OV7A 1L04A 3V2YA 2BQFA 4N0JA 1PS5A 1LJJA 1LJIA 4NEBA 1G7LC 1QTVA 1OUBA 4NHPA 183LA 2BQDA 4LYMA 2BLYA 119LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6X A;  5KXR A;  2Y8P A;  1GHL A;  1TAY A;  3N9A A;  2NTH A;  5HNC A;  1KIQ C;  3WUL A;  1L56 A;  4GLV A;  186L A;  1L41 A;  1C6N A;  3SBB C;  2ZIJ A;  1HNL A;  1LZ8 A;  1JTT L;  3DN0 A;  1L72 A;  1GB9 A;  1QUD A;  245L A;  3HUA A;  1LMQ A;  1LOZ A;  5LVJ A;  1L16 A;  5LVH A;  1VDQ A;  4KXI A;  3DKE X;  2MEF A;  3A93 A;  1OUC A;  1FN5 A;  1JIT A;  4ETA A;  4WO6 A;  4HPI A;  174L A;  1D2Y A;  147L A;  4DDC A;  4CGE A;  4HTK A;  4PRU A;  1ZWN A;  3P65 A;  5I53 A;  1FKV A;  1B7O A;  3GUO A;  1L08 A;  1CV4 A;  4TSC A;  258L A;  1GB6 A;  1L61 A;  3RW8 A;  1LPI A;  259L A;  3A90 A;  5FEL A;  1D3N A;  1UIA A;  3C8S A;  1HC0 A;  3KAM A;  169L A;  1KIP C;  253L A;  3NY8 A;  3HH4 A;  3AB6 A;  1QTH A;  1C6L A;  5KJ9 A;  1LYO A;  132L A;  4I7T A;  4UWU A;  4WLY A;  4EKQ A;  1C6K A;  1QT4 A;  1CU6 A;  1NHE A;  1GEZ A;  4QEQ A;  3RT5 X;  2RAY X;  3L2X A;  4ET9 A;  1L23 A;  4WG1 A;  4EPI A;  125L A;  3W3E A;  1AM7 A;  4NGW A;  3B0I A;  190L A;  163L A;  1L22 A;  3SB6 A;  1GFK A;  1GPQ C;  189L A;  4NGL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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