1L52A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l52A00
107LA 1L15A 1CU3A 1L81A 162LA 1OWYA 1G1VA 3DN1A 211LA 3L64A 3SB7A 1L30A 1L08A 2OU9A 1L44A 1L0JA 1SWZA 3HT8A 3HU9A 1QT5A 4I7NA 1C60A 1L91A 3NY9A 248LA 1QT8A 1QT7A 1L25A 1SSWA 4I7JA 161LA 1QS9A 249LA 219LA 186LA 1L89A 1L54A 120LA 1L77A 3SBBC 1C6EA 1QTBA 1PQMA 1L97A 259LA 1L36A 1L74A 1C6IA 1L90A 195LA 1QT6A 231LA 1QTHA 3HWLA 126LA 1CV6A 3SBAA 1DYDA 2OTZX 1LLHA 234LA 1QUGA 2LC9A 218LA 1OV5A 2B6XA 171LA 146LA 144LA 4W54A 1C68A 1L55A 1DYGA 2QARC 159LA 3PBLA 1EPYA 2B70A 1P37A 1CU0A 3C82A 252LA 1DYEA 3C8QA 137LA 1OV7A 1T97A 197LA 1C62A 1XJTA 1G07A 125LA 1L96A 1SX2A 3FA0A 1K28A 1QSBA 175LA 112LA 158LA 1D2YA 1L76A 213LA 1CU2A 4W57A 104LA 1OYUA 2O4WA 4W58A 4LZMA 1QS5A 166LA 1LYEA 1QTDA 1C6CA 3F9LA 1L57A 2HUMA 3C81A 3QAKA 1NHBA 1C6HA 2OTYX 114LA 1C66A 1L0KA 3RUNA 2HUKA 1L80A 1L04A 1ZYTA 1G0MA 3G3VA 185LA 250LA 151LA 3HTFA 1L29A 3C7YA 4ARQA 3C8RA 258LA 2O79A 2Q9DA 1LWKA 4W55A 1LPYA 3ODUA 1CV4A 262LA 1QUHA 4K5YA 2RBSA 1L28A 4EKSA 1C6BA 2RBPA 1L40A 2RAYX 3DKEX 1L68A 212LA 255LA 3HH3A 165LA 140LA 2RBOA 4I7KA 214LA 1L52A 1L61A 1L21A 217LA 2B6TA 4ZPUA 4W51A 3CDTA 225LA 3DN8A 1KY0A 5LZMA 260LA 1LYGA 3PDSA 1WTHA 224LA 1TLAA 181LA 1L07A 1L00A 3GUIA 1L39A 1LGWA 1G06A 4LDEA 156LA 1CX7A 1G0PA 1P2LA 1P64A 246LA 119LA 2Q9EA 3DMVA 4ARLA 176LA 199LA 1G0GA 3GULA 2B73A 1L23A 1JQUA 2O7AA 3FADA 3C7ZA 3HTDA 1C61A 1P7SA 1T8AA 4DKLA 127LA 239LA 4EPIA 3SB5A 1L18A 3DN6A 1L93A 1PQKA 168LA 4LDOA 3L2XA 2B7XA 1L37A 4EXMA 1LI6A 3HUAA 1L67A 253LA 180LA 1L32A 2OE4X 1XEPA 138LA 130LA 1C67A 1C6KA 184LA 4EKRA 1P36A 1L51A 164LA 216LA 3CDRA 2ANXA 150LA 1C6GA 1OVHA 238LA 4DAJA 3F8VA 1L41A 3HDFA 230LA 163LA 1L24A 2B72A 243LA 2RB1X 4ARMB 3CDOA 1C6TA 1OVJA 3HT9A 206LA 157LA 4W53A 4LDLA 172LA 1CV3A 1L12A 1C6NA 3GUOA 1C6FA 160LA 142LA 2RH1A 4PJZA 1L50A 1PQJA 3C83A 4I7PA 102LA 1L95A 1CX6A 169LA 233LA 4E97A 237LA 1L60A 191LA 3NYAA 2ANVA 1L27A 1C6AA 222LA 3RZEA 1LI3A 1PQOA 1ZURA 2F47A 4I7SA 4GRVA 1QTCA 226LA 1L17A 1L20A 3OE8A 2LCBA 1LYFA 1JTMA 1QTVA 1L01A 2B75A 1L59A 227LA 4EKPA 187LA 1LGUA 109LA 1SX7A 1T8GA 123LA 4YXCA 3DN3A 1D3NA 254LA 1D3FA 1KW5A 200LA 108LA 3OE0A 1CVKA 2F2QA 1L47A 3V2YA 1L88A 4I7TA 1L65A 1LYHA 257LA 1C6QA 1L05A 1L56A 1L98A 139LA 4GBRB 210LA 1L62A 1D2WA 1L87A 1G0JA 1L83A 147LA 178LA 1D3MA 4W52A 1SWYA 1D9WA 236LA 1L48A 1LGXA 183LA 1L99A 4I7MA 3CDQA 4ARPA 2IGCA 2OE7X 1QUDA 201LA 4I7OA 103LA 182LA 1L35A 2RAZX 1QTZA 3C8SA 4EPFA 2RBRA 1L69A 261LA 1L34A 2RBNA 2L78A 2NTGA 3DN0A 1C69A 2RBQA 141LA 4AQNA 2B6WA 1L92A 5I14A 3SB6A 115LA 1OWZA 198LA 3CDVA 1CU6A 1T8FA 4I7RA 1L64A 4ARMA 1L22A 173LA 1L02A 2B6ZA 3C7WA 4YXAC 3EMLA 2QB0B 1PQDA 245LA 3LZMA 1L58A 4EJ4A 4IAPA 143LA 1G0LA 3V2WA 196LA 241LA 3OE6A 2OE9X 1L75A 177LA 1KW7A 2OU0X 1L11A 110LA 2NTHA 4OO9A 1G0KA 1KNIA 1QSQA 2RB2X 4EKQA 3FI5A 3C80A 1I6SA 1L10A 1CUPA 1L85A 1LW9A 1L03A 3GUJA 2A4TA 240LA 1L71A 242LA 2OEAX 2HULA 1P56A 3HDEA 2RB0X 1L73A 1C63A 1L72A 228LA 189LA 2CUUA 3D4SA 1C6PA 4PK0A 1CV0A 1CV5A 2LZMA 2OU8A 1P3NA 1CTWA 1L84A 251LA 220LA 256LA 1KS3A 1L14A 3DN2A 152LA 149LA 1XJUA 192LA 2F32A 1KY1A 1P5CA 1D3JA 1L26A 1LWGA 229LA 3G3XA 155LA 1LYIA 1CV1A 1P6YA 1QUOA 244LA 1L79A 128LA 1L86A 3HTBA 3DNAA 3VW7A 148LE 3HUKA 1G0QA 3DMXA 1CU5A 235LA 1QT4A 1L63A 3G3WA 3NY8A 1L38A 1T6HA 1C6DA 247LA 3K2RA 1L70A 113LA 1C65A 3DMZA 1L46A 170LA 1JTNA 215LA 4ARJA 1C6LA 1L43A 1L16A 3SN6R 1C6MA 205LA 3SB9A 3OE9A 190LA 1OVKA 1DYBA 1L33A 4DJHA 3JR6A 4W56A 4YX7C 111LA 3GUNA 1DYCA 1C6JA 223LA 3HH4A 1ZWNA 3HH5A 7LZMA 1L94A 3DN4A 2Z6BA 3GUPA 4S0WA 1P46A 145LA 1L42A 1L45A 1L31A 1QT3A 4I7QA 3HT7A 232LA 3SB8A 1PQIA 118LA 129LA 3GUKA 1G1WA 3HH6A 188LA 4I7LA 1SSYA 3HUQA 122LA 6LZMA 3HT6A 1LI2A 167LA 1L53A 1L06A 4W59A 3HU8A 3GUMA 1C64A 1CUQA 1L19A 174LA 131LA 1P2RA 2B6YA 1L13A 1L82A 1B6IA 209LA 3UONA 1L49A 1LYDA 1L66A 221LA 1LYJA 1DYFA 1DYAA 1L09A 4ARQB 3HTGA 2B74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J0LA 4QY9A 1L81A 3SB7A 1LAAA 1T6VL 1NMMA 3HU9A 4EMNA 4I7NA 1LMQA 8LYZA 3NY9A 1CKHA 1QT7A 1L25A 1DI5A 4I7JA 1GB7A 1KIQC 1L77A 120LA 1UCOA 3A6BY 3IJUA 1PQMA 2XTHA 1L36A 1QTHA 3HWLA 126LA 1CV6A 1LZ9A 2LC9A 2ZIKA 4H93A 207LA 4WM4A 2DQCY 4W54A 5KXZA 1IWXA 6LYZA 1L55A 4MCKA 2QARC 4GCBA 1YKXX 2FYDA 1T97A 4XJGA 1F6RA 1BWHA 1NDMC 1G07A 1L96A 1WQNA 1LJ4A 3WUNA 5I4WA 1D2YA 1B7RA 4HV1A 4W96A 1QS5A 166LA 1LYEA 5LYMA 4XJBA 1QTDA 2YBIA 1L57A 4Z98A 4RW1A 4ZEEA 2OTYX 1C66A 1L0KA 3WPLA 4XENA 1L04A 2Z12A 5HMVA 1L29A 4LT3A 1IWVA 1QTKA 3C8RA 4NHTA 1LWKA 1CV4A 3HFMY 1HMLA 2IHLA 4K5YA 3WU9A 1L28A 1JJ1A 1P2CC 1L68A 2DQAA 132LA 1CJ8A 140LA 2RBOA 4I7KA 1LSYA 214LA 1L52A 1WQRA 5I54A 4W51A 4BS7A 225LA 1KXYA 1D0LA 2BQIA 3BKHA 1KY0A 2MEDA 4NHIA 1TLAA 4KXIA 1D0MA 2Z39A 1L07A 3T36A 3CT1A 1GE2A 3FE0A 156LA 5DLAA 1P64A 119LA 1G0GA 2O7AA 4RLMA 2BQMA 1DPXA 1JKCA 1IP3A 3HTDA 3A92A 4WG1A 4DT3A 2BQJA 1P7SA 4HPEA 2BQOA 127LA 2X0AA 4HJZA 1LHKA 1GFEA 1EQ4A 1PQKA 1SLYA 4LDOA 2B7XA 1L37A 4WMGA 4CJ2A 1C67A 1P36A 164LA 5C6JA 216LA 1OUIA 1HHLA 2ZQ4A 4ET8A 3F8VA 5ILFA 3A67Y 4DD0A 1I20A 1L24A 1ZVHL 4HTQA 3ATOA 1VDTA 1IX0A 1C6TA 1A4VA 3HT9A 157LA 4WM3A 1LHHA 1N4FA 5LYTA 2D4KA 4PJZA 1PQJA 1INUA 1BGIA 233LA 237LA 1B7MA 3MGWA 2ANVA 4N8ZA 1C6AA 1ZURA 2F47A 3M3UA 3BKVA 4YOPA 2W1MA 2HU1A 1QTCA 1B5YA 5LXWA 3A8ZA 3A3RX 1FBIX 4HSFA 3EMSA 2BQAA 4DD2A 227LA 4EOFA 4EKPA 1IWTA 2HECA 2HEFA 123LA 5FEKA 1LZDA 1D3NA 254LA 200LA 2BLXA 108LA 3RU5A 1GDXA 2G4NA 5HNCA 1L65A 4G4BA 2F4AA 2HEDA 2ZILA 5IDDA 1GE3A 1L56A 3W6DA 5FCPA 210LA 178LA 4W52A 4I0CA 1ZV5L 1L48A 4H94A 2Z37A 1FKQA 1QIOA 4I7MA 1IWUA 3B0IA 1DKJA 1GF7A 5L3HA 2OE7X 201LA 4I7OA 1HERA 182LA 3C8SA 1YAQA 1CJ9A 1QDRA 3DN0A 1GF3A 2RBQA 1D9UA 5FSTA 1AZFA 1NDGC 2BQLA 1L92A 3J6KA 1BWJA 1JIYA 1UUZC 4H91A 3C7WA 1JUGA 3RZ4A 1WQMA 1HC0A 1YAPA 4NHSA 4NWHA 1JEFA 1D6PA 2EPEA 1G0LA 3V2WA 4C3WA 5HNLA 2OE9X 3TXKA 177LA 3AW6A 4H9HA 1G0KA 5KJ9A 1L10A 1LYYA 1L85A 1WQQA 4NGKA 3AZ5A 1LSEA 1L71A 5LVJA 5KKJA 1L73A 189LA 3D4SA 1B5VA 5A3EA 4KT3A 4PK0A 2OU8A 3EXDA 3W6AA 1CTWA 220LA 1KS3A 3DN2A 4IATA 1XJUA 5KXYA 1KY1A 1P5CA 1D3JA 1L26A 1LWGA 1MELL 1LSPA 4OWCA 244LA 1L79A 5APFA 1FLUA 1L86A 5KXRA 3VW7A 3TXJA 2FBDA 1CU5A 1GPQC 3T6UA 3K2RA 1LSDA 5LAFA 113LA 1C65A 1TEWA 3DMZA 5LVKA 2H5ZA 1DXJA 3SN6R 1LZYA 1B7PA 190LA 1H87A 5L9JA 3CT0A 1LZGA 4WM1A 3JR6A 4W56A 1B9OA 4GCEA 1LOZA 2G4PA 1WTMA 1UACY 223LA 3ULRA 4ET9A 3HH4A 3HH5A 4BAPA 1L94A 2Q0MX 5F14A 1GB6A 2ZYPA 2CGIA 1P46A 4PGJB 1L31A 3A34A 4B4JA 1GB9A 4ML7A 1LZAA 2ZWBA 3HH6A 167LA 4DD1A 1C64A 1CUQA 1L19A 1DPWA 1CKCA 4BADA 2B6YA 3UONA 3QNGA 221LA 1XEIA 3HBEX 4ARQB 1IOQA 4GN4A 4FDYA 3WULA 1OWYA 5APEA 1JITA 3B0KA 3L64A 3RT5X 1L08A 2HEAA 1L0JA 1QT5A 2EIZC 2Z2FA 1GEVA 5AMYA 1IOTA 1L91A 1GF9A 1QT8A 1LSAA 1EQEA 1SSWA 1QS9A 1UIBA 2CWIA 1IEEA 5T3FA 4TSBA 1KXWA 4GLAA 3SBBC 1GFAA 208LA 4W94A 259LA 1QT6A 231LA 3SBAA 3A94A 1LLHA 1LYOA 2HEBA 1LHMA 1FDLY 4DDCA 218LA 1HENA 1C68A 1LCNA 1IP5A 1GFUA 2C8OA 1DKKA 1CU0A 2EQLA 3C82A 2F4GA 1DYEA 4XADA 137LA 1OV7A 2H9KA 1LZ1A 4B49A 4NEBA 197LA 3GXKA 4G49A 125LA 1K28A 1QSBA 158LA 1W6ZA 1GEZA 4LFXA 2O4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4J0L A;  4QY9 A;  1L81 A;  3SB7 A;  1LAA A;  1T6V L;  1NMM A;  3HU9 A;  4EMN A;  4I7N A;  1LMQ A;  8LYZ A;  3NY9 A;  1CKH A;  1QT7 A;  1L25 A;  1DI5 A;  4I7J A;  1GB7 A;  1KIQ C;  1L77 A;  120L A;  1UCO A;  3A6B Y;  3IJU A;  1PQM A;  2XTH A;  1L36 A;  1QTH A;  3HWL A;  126L A;  1CV6 A;  1LZ9 A;  2LC9 A;  2ZIK A;  4H93 A;  207L A;  4WM4 A;  2DQC Y;  4W54 A;  5KXZ A;  1IWX A;  6LYZ A;  1L55 A;  4MCK A;  2QAR C;  4GCB A;  1YKX X;  2FYD A;  1T97 A;  4XJG A;  1F6R A;  1BWH A;  1NDM C;  1G07 A;  1L96 A;  1WQN A;  1LJ4 A;  3WUN A;  5I4W A;  1D2Y A;  1B7R A;  4HV1 A;  4W96 A;  1QS5 A;  166L A;  1LYE A;  5LYM A;  4XJB A;  1QTD A;  2YBI A;  1L57 A;  4Z98 A;  4RW1 A;  4ZEE A;  2OTY X;  1C66 A;  1L0K A;  3WPL A;  4XEN A;  1L04 A;  2Z12 A;  5HMV A;  1L29 A;  4LT3 A;  1IWV A;  1QTK A;  3C8R A;  4NHT A;  1LWK A;  1CV4 A;  3HFM Y;  1HML A;  2IHL A;  4K5Y A;  3WU9 A;  1L28 A;  1JJ1 A;  1P2C C;  1L68 A;  2DQA A;  132L A;  1CJ8 A;  140L A;  2RBO A;  4I7K A;  1LSY A;  214L A;  1L52 A;  1WQR A;  5I54 A;  4W51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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